辽宁省乙型脑炎病毒分离及进化树分析

目的 分离鉴定2007年辽宁省蚊虫携带流行型乙型脑炎(乙脑)病毒及基因型别.方法 用细胞培养方法分离病毒,对致金黄色地鼠肾细胞系(BHK-21)细胞病变(CPE)的病毒进行逆转录-聚合酶链式扩增(RTPCR)检测;扩增的目标片段进行序列测定;用Mega3.1软件、以邻位相连法构建进化树.结果 共分离到22株病毒,RT-PCR检测结果表明,均为乙型脑炎病毒;随机选择其中3株病毒的基因序列进行基因型鉴定分析,均为Ⅰ型乙型脑炎病毒.3株病毒E基因编码结构域(Domain)区段分析结果显示,其核苷酸和氨基酸同源性分别为99.3%和100%;与疫苗株SA14-14-2的Domain区相比,共有12个氨基酸位点变异.结论 辽宁省蚊虫标本中分离的病毒均为基因Ⅰ型乙型脑炎病毒,其中E基因所编码Domain区E-327(S→T)位点发生的变异,提示在辽宁省首次分离到乙型脑炎病毒变异株.     

多重逆转录聚合酶链反应检测主要上呼吸道病毒

目的：建立用多重逆转录聚合酶链反应（mRT-PCR）检测甲1型、甲3型、乙型流感病毒以及呼吸道全胞病毒（RSV）A型、B型等主要上呼吸道病毒的方法，以快速检测上呼吸道感染主要病毒及对甲型、甲亚型、乙型流感病毒在上海地区人群感染、流行情况设计。方法：采用经MDCK细胞接种培养的甲3型、乙型流感病毒和Hep-2细胞接种培养的RSV A型、B型标准毒株病毒液，以及甲1型、甲3型、乙型流感病毒和RSV A型、B型混合毒株病毒液，使用5组引物，分别为HA1-5al和Hal-3al（甲1型流感病毒）、HA3-5al和HA3-3al和HA3-3al（甲3型流感病毒）、NP-5b1和NP-3bl（乙型流感病毒）、RSVAF和RSVAR(RSVA型)、RSVBF和RSVBR(RSVB型)，经mRT-PCR，琼脂糖凝胶电泳，于紫外灯下观察上述病毒特异核苷酸条带。结果：甲1型、甲3型、乙型流感病毒，RSVA型、B型分别在431，210，390，334，183bp处出现清晰的5条DNA条带。结论：应用5组引物，mRT-PCR可用于快速检测临床上呼吸道感染标本中的流感病毒和RSV，并可对其进行分型，对上呼吸道病毒感染性疾病的诊断和流感的监测方面是非常重要的。     

诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan—MGB探针实时荧光PCR的检测研究

目的建立特异、灵敏的诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan—MGB探针实时荧光PCR快速检测方法。方法根据GenBank诺如病毒遗传组Ⅱ型代表株保守序列设计特异引物对和TaqMan～MGB探针，调整引物、探针浓度，优化最佳反应条件，建立一步法实时荧光PCR快速检测反应体系，进行灵敏度、特异性、稳定性试验，以评价反应体系，并与引物P289／P290常规RT—PCR进行灵敏度比较。结果诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan—MGB探针实时荧光PCR检测时限短，仅1h就出结果；最低检出下限为100拷贝/mL，比引物P289／P290常规RT—PCR灵敏度高100倍；与轮状病毒、腺病毒、星状病毒、甲肝病毒无交叉反应；4份核酸含量不同的标本重复检测5次，平均G值变异系数范围0．96％-2．27％。结论诺如病毒遗传组Ⅱ型TaqMan—MGB探针实时荧光PCR快速、特异、灵敏、稳定性好。可应用于突发公共卫生应急检测，提高快速检测能力。     

逆转录-套式PCR检测汉坦病毒感染的实验研究

目的：探讨逆转录一套式聚合酶链反应（RT—nested—PCR）检测汉坦病毒（Hantavirus，HV）感染的准确性和敏感性。方法：用RT—nested—PCR和直接免疫荧光法（direct immunofluorescence，FA）分别检测深圳市2005年肾综合征出血热宿主动物监测中捕获的鼠类中HV的感染情况。结果：在76份特异性总抗体阳性的鼠肺标本中，用RT—nested—PCR检出61份抗原阳性，而FA仅检出47份阳性。结论：RT—nested—PCR是一种比较准确的检测汉坦病毒感染的方法，其敏感性高于FA。     

鼠疫耶尔森菌的多重PCR检测方法

目的研究一种快速、特异的检测鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的多重聚合酶链反应(PCR)方法。方法选用针对鼠疫菌F1抗原基因、pla基因、inv基因和一段鼠疫特异染色体序列设计的4对引物,以鼠疫菌及其他肠道致病菌DNA为模板并加入内部对照模板,在同一扩增体系中进行PCR扩增。结果鼠疫菌DNA模板可扩增出预期产物,而其他菌株只能扩增出内部对照模板的片段。结论多重PCR方法具有较高的特异性。可迅速、有效地将鼠疫菌与其他肠道致病菌相鉴别,也可应用于鼠疫监测。     

优化的套式核酸体外扩增方法用于甲型流感病毒快速诊断的研究

目的临床上对流感的有效控制与治疗在于实验室快速与准确的诊断,这对于指导用药和避免滥用抗生素具有重要意义。RT_PCR在流感病毒检测中特异性和灵敏度较强,nestedmultiplexRT_PCR法可以在此基础上提高灵敏度。实验的目的是应用分子生物学方法对流感病毒进行快速诊断。方法我们结合流感病毒M基因、NS基因、HA基因的结构和进化特性设计多元引物达到流感病毒的型和亚型准确与快速的鉴定。结果甲型流感病毒以M基因保守区域设计引物,PCR后电泳带为413bp;甲型流感病毒以HA基因分亚型,H1N1亚型PCR后电泳带为348bp,H3N2亚型PCR后电泳带为291bp,H5N1亚型PCR后电泳带为326bp。结论应用优化的套式核酸体外扩增方法进行流感病毒的型与亚型的诊断是比较快速的,且所需要的病毒量少(0.01～0.1TCID50),灵敏度较高。     

多重聚合酶链反应检测流感嗜血杆菌

目的 建立检测流感嗜血杆菌的多重聚合酶链反应(M-PCR)方法 .方法 合成扩增流感嗜血杆菌编码P6外膜蛋白基因的引物(Hi),鉴定流感嗜血杆菌种特异性;合成扩增流感嗜血杆菌编码荚膜基因的引物(Hi-cap),鉴定菌株是否具有荚膜;设计并合成6对扩增流感嗜血杆菌不同血清型(荚膜型)编码摹因的引物(Hia-Hif),鉴定菌株的血清型,以其他呼吸道常见病原体菌株做对照,应用M-PCR方法 对200株临床分离的疑似流感嗜血杆菌菌株进行鉴定和血清分型.结果 M-PCR方法 检测流感嗜血杆菌具有高度的敏感性和特异性.对照菌株应用种(Hi)、荚膜(Hi-cap)和荚膜型(Hia-Hif)特异引物没有扩增出DNA片段.M-PCR方法 检测DNA的最低检测量为0.935 Pg.对临床分离的200株疑似流感嗜血杆菌鉴定,189株为流感嗜血杆菌,与API R NH鉴定结果 一致.其中1株具有荚膜,为f血清型,与玻片凝集法鉴定结果 一致.结论 M-PCR方法 检测流感嗜血杆菌具有较高的敏感性和特异性,可用于流感嗜血杆菌感染病例标本的快速检测和病例诊断.     

直接免疫荧光法与多重逆转录聚合酶链反应对呼吸道感染常见病毒的诊断价值

目的 探讨直接免疫荧光法(DFA)和多重逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)对呼吸道常见病毒人鼻病毒(HRV)感染患者分泌物的检测,判断其临床诊断价值.方法 选取2010年2月-2011年12月收集的急性呼吸道感染患儿鼻咽分泌物210例,分别用DFA和RT-PCR进行检测,对两组测定方法的检测结果进行判定.结果 多重RT-PCR检出112份阳性标本,阳性率为53.33％,DFA检测出89份阳性标本,阳性率为42.38％,两组比较,差异有统计学意义(x2=27.623,P＜0.01).结论 DFA检测方法可以广泛适用于临床检测中;多重RTPCR检测方法的敏感性高,检测病毒的范围广,可以做亚型鉴定方法,适用于呼吸道病毒流行病学的调查研究.     

Detection of anthrax vaccine virulence factors by polymerase chain reaction.

In Italy, an attenuated Bacillus anthracis strain, named 'Carbosap', is used for immunization against ovine and bovine anthrax. Analysis on 'Carbosap', Sterne vaccine strain F34 and Pasteur vaccine strain SS104, were performed using primers specific for the sequences, encoding the toxic factors, located on plasmids pXO1 and pXO2 and primers specific for the chromosome. The results obtained from polymerase chain reaction (PCR) assay revealed the presence of both plasmids pXO1 and pXO2 in 'Carbosap' strain. This study showed that the 'Carbosap' vaccine strain has a different plasmid pattern in comparison to Pasteur vaccine strain SS104 and Sterne vaccine strain F34.