基于生物信息学挖掘结肠癌预后相关生物标志物

目的 基于生物信息学挖掘结肠癌预后相关生物标志物。方法 利用基因表达汇编数据库下载结肠癌芯片数据集GSE25070和GSE115313,获取结肠癌组织样本43例、正常结肠组织样本44例,筛选出两个芯片数据集的共同差异基因。构建共同差异基因的蛋白互作网络,采用基因本体论、京都基因和基因组百科全书分析功能和通路。从癌症基因组图谱数据库获取结肠癌组织样本454例,利用R软件对共同差异基因表达水平与结肠癌患者预后的关系作整体分析,筛选出可能的结肠癌预后相关生物标志物。绘制Kaplan-Meier生存曲线比较各个基因高、低表达组患者生存率,采用单因素Cox回归分析结肠癌患者预后的影响因素,以验证结肠癌预后相关生物标志物。结果 筛选得到共同差异基因19个,包括表达上调基因2个、表达下调基因17个;主要存在于肾素分泌和胰腺分泌通路;涉及的生物过程有蛋白质三聚体,细胞成分有细胞外泌体、质膜的整合成分和膜的锚定成分等,分子功能有细胞内钙激活氯离子通道活性、氯离子通道活性。CLCA1、ITLN1和PARM1是结肠癌预后相关生物标志物。结论 CLCA1、ITLN1和PARM1是结肠癌预后相关生物标志物。     

肝癌相关标志物的研究进展

肝细胞癌是目前世界上致死率最高的恶性肿瘤之一，目前临床主要是利用甲胎蛋白（AFP）和影像学检查来进行肝癌的早期诊断。但是甲胎蚤白的辅助诊断具有较高的假阳性率和假阴性率。近年来，多种新的肝癌标志物被相继发现，如甲胎蛋白异质体（AFP—L3）、脱-1-羧基凝血酶原（DCP）、磷脂酰基醇蚤白聚糖-3（GPC-3）、1-谷氨酰转移酶（γ—GGT）、转化生长因子β1（TGF-β1）、胰岛素样生长因子（IGF）-Ⅱ、热休克蛋白等。这些新的标志物，成为肝癌研究的热点，并有希望改变肝癌，络床早期诊断和疗效监测的现状。     

肿瘤微环境中免疫与基质细胞相关基因在肺腺癌中的预后价值

目的:鉴别与肺腺癌预后相关的免疫与基质细胞基因。方法:501例肺腺癌基因表达数据来自癌症基因组图谱（TCGA）数据库。肺腺癌样本的免疫和基质评分从ESTIMATE数据库中获取。χ2检验分析基质、免疫评分与患者临床病理特征的相关性。采用t检验以及Cytoscape中的Mcode模块筛选差异表达基因（DEGs）。采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线。结果:基质细胞评分与M分期显著相关（χ2=6.391,P=0.011）。免疫评分与M分期（χ2=4.769,P=0.029）、T分期（χ2=11.672,P=0.009）和总生存期（χ2=6.334,P=0.009）显著相关。基于免疫评分的DEGs有262个,基于基质评分的DEGs有391个。基因功能富集分析和蛋白-蛋白相互作用网络分析差异表达基因,富集分析表明,DEGs参与调节免疫应答、抗原结合、免疫应答和受体结合。生存分析表明POSTN（P=0.0181）、PLEK（P=0.0434）、LY86（P=0.0136）、HCK（P=0.0487）对肺腺癌患者具有预后价值。结论:基质细胞相关基因POSTN高表达与患者不良预后相关,免疫细胞相关基因PLEK、LY86、HCK高表达预示患者预后较好。     

CLEC12B在肝癌中的表达及其临床意义

目的:研究CLEC12B在肝癌组织中的表达,探索其在肝癌发生发展及预后中的作用。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)下载肝癌数据集,获得CLEC12B基因表达谱和临床资料。比较CLEC12B在肝癌和癌旁组织中的表达差异;分析CLEC12B在肝癌组织中的表达与临床病理学参数和疾病预后的相关性;利用基因富集化分析预测CLEC12B影响肝癌发生发展的机制。结果:与癌旁组织相比,CLEC12B在肝癌组织中呈低表达。CLEC12B表达状态是影响肝癌患者预后的独立因素,高表达患者总体生存期优于低表达患者。CLEC12B高表达富集到DNA修复,低表达则富集到炎症反应等基因集。结论:CLEC12B可能通过炎症及DNA修复等影响肝癌发生发展及预后。     

原发性肝癌肿瘤标志物对疗效转移和预后的研究进展

原发性肝癌是一种常见的恶性肿瘤,好发于中年男性人群,其病情凶险,进展迅速,死亡率较高,严重威胁着患者的生命安全。随着医学技术的不断发展进步,临床上对肝癌的诊断方法也不断发展。目前临床上已发现了多种与原发性肝癌相关的肿瘤标志物。肿瘤标志物对肿瘤的诊断、治疗、转移以及预后有着重要的作用,且多种肿瘤标志物联合检测已被众医学领域所认。根据多年的临床经验对原发性肝癌肿瘤标志物对临床的影响进行综述,包括甲胎蛋白(α-fetoprotein,AFP)、β-连环蛋白(β-catenin)、CD44、细胞间粘附因子-1(ICAM-1)、PTEN抗癌基因、转化生长因子(TGF)、血管内皮因子(VEGF)、环氧化酶(COX)、基质金属蛋白酶(MMPs)。     

基于数据库挖掘皮肤黑色素瘤微环境预后生物标志物

目的 通过探索肿瘤微环境(TME)来确定与皮肤黑色素瘤(SKCM)预后生存相关基因,并进一步构建评估SKCM患者预后的风险预测模型。方法 根据癌症基因组图谱(TCGA)数据库和ESTIMATE算法计算SKCM患者的免疫评分和基质评分,筛选高分组与低分组之间的差异表达基因(DEG),并进一步通过功能富集分析、蛋白质相互作用网络(PPI)、生存分析和Lasso回归分析筛选预后显著相关基因,最终利用预后显著相关基因构建风险预测模型。结果 471例SKCM病例纳入本研究,根据免疫评分和基质评分的中位数,将236例评分≥中位数的患者纳入高分组,235例评分<中位数的患者纳入低分组。高免疫评分组和高基质评分组的中位生存时间分别显著长于低免疫评分组和低基质评分组(P值均<0.05)。Kaplan-Meier生存曲线显示,免疫评分、基质评分均与SKCM患者的生存时间呈正相关(P=0.000 11、0.046)。SKCM患者中高分组和低分组的基因表达数据分析结果显示,高分组和低分组具有不同的基因表达谱。基于免疫评分的结果显示,高分组有1 257个基因上调,20个基因下调[log_2<...     

CALB2介导的肿瘤微环境免疫细胞浸润在肝癌复发中的作用机制分析

[摘要] 目的 利用生物信息学技术分析筛选出与肝癌复发相关的核心基因及信号通路,为探索肝癌复发的分子机制提供理论依据。方法 从TCGA和GEO数据库下载肝癌相关数据集,利用edgeR算法筛选差异表达基因。选择关键基因后,应用LASSO-Logistic回归分析构建复发预测模型。 ssGSEA、CIBERSORT和MCP算法用于评估免疫浸润细胞。结果 共筛选出343个复发相关差异表达基因。富集分析表明,大多数基因富集于细胞分化、跨膜转运蛋白、转运乙酰胆碱复合物。蛋白质-蛋白质相互作用网络分析确定了 12 个关键基因。然后,通过 Lasso-logistic 回归分析确定了一个独立的风险评分模型,其中包括3个基因 SST、CALB2 和 DRD2。该风险评分显示出较好的预测能力,并且还构建了基于风险评分的临床列线图。此外,证明了CALB2在肿瘤组织中低表达,与肿瘤微环境中的免疫浸润细胞呈正相关。结论 复发相关基因模型可以提供较好的预测患者复发的能力,其中的核心基因CALB2 可以在肝癌复发中发挥关键作用。     

基于缺氧相关基因甲状腺癌预后模型的研究

目的 通过检索肿瘤与癌症基因组图谱（TCGA）及hypoxiaDB数据库中甲状腺癌的相关数据,建立一个基于差异表达的缺氧相关基因模型。方法 比较TCGA数据库和hypoxiaDB数据库中的基因,获得与甲状腺癌缺氧相关的差异表达基因。随后进行基因功能富集分析、构建蛋白质-蛋白质相互作用网络、筛选出具有预后价值的缺氧相关基因来建立并验证预后模型。结果 共发现326个缺氧相关甲状腺癌基因。功能富集分析表明,这些基因主要参与生物功能调节。单因素Cox回归分析结果显示,共有23个基因与甲状腺癌预后相关,其中,11个基因通过多因素Cox分析构建了新的预后模型。结果显示,高风险评分（P <0.005）的患者总生存期比低风险评分的患者短。对甲状腺癌患者预后价值的单变量分析结果显示,构建的预后模型与患者的总体生存率显著相关。结论 本研究的模型对甲状腺癌的预后有很好的预测作用。     

HMGB2基因表达对原发性肝癌患者临床病理和预后的影响

目的:探讨高迁移族蛋白B2(HMGB2)在原发性肝癌中的表达及临床意义。方法:从癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载人正常肝组织和肝癌组织中的HMGB2基因mRNA二代测序数据及相应的临床病理资料,分析HMGB2在肝癌及正常肝组织的表达差异,结合临床病理及随访资料,采用Kaplan-Meier进行预后分析,采用COX回归进行危险因素的单、多因素分析,并利用GSEA软件进行富集分析。结果:HMGB2 mRNA在肝癌组织中表达量明显高于正常肝组织(P<0. 01);HMGB2高表达与Grade病理分级密切相关,且病理分级越高,HMGB2表达越高(均P<0. 05),HMGB2高表达组肝癌患者总生存率及无病生存率明显低于HMGB2低表达组,差异具有显著性(P<0. 01)。HMGB2和肿瘤TNM分期可作为评价肝癌患者预后的独立危险因素。HMGB2可能参与细胞周期调控、细胞黏附、p53信号通路、基因切除修复等。结论:HMGB2的高表达与肝癌患者的临床病理及预后显著相关,可以作为潜在的评估肝癌患者预后的标志物和肿瘤治疗的靶标。     

免疫相关LncRNA与乳腺癌预后关系分析及预后风险模型建立

目的 探讨免疫相关LncRNA的表达与乳腺癌预后的关系,构建乳腺癌免疫相关LncRNA预后风险模型.方法 从TCGA公共数据库下载乳腺癌的转录组数据和临床病理信息,利用Perl软件提取乳腺癌数据表达矩阵,采用R语言使用共表达法提取免疫相关LncRNA,单因素和多因素Cox回归分析筛选预后相关LncRNA,根据最佳AIC...     

戒酒硫导致肝损伤的临床特征和预后指标

背景与目的：关于戒酒硫引发的肝毒性发生率，目前仍缺乏相关的系统数据和最重要的临床特征，该研究旨在探讨瑞典戒酒硫肝毒性的本质和发生频率。方法：回顾性分析1966--2002年瑞典药物不良反应咨询委员会（SADRAC）收集的所有与戒酒硫相关的肝脏药物不良反应（ADR）病例资料，并基于国际统一标准进行因果关系评估。结果：所有肝脏ADR患中，至少82例与戒酒硫有关，死亡或接受肝移植8例，其中16％出现黄疸。患（65％为男性）的中位年龄为45岁，且中位治疗42d。死亡或接受移植的胆红素值高于存活患（P〈0．0001），但在年龄和治疗持续时间上与康复患无明显差别。肝活检发现，有嗜酸性粒细胞浸润则预后良好，而肝实质细胞减少则预后不良。结论：由戒酒硫引起的肝中毒有相当高的病死率，其过敏反应的组织学表现是普遍现象，而胆红素升高和肝实质细胞减少则是死亡或肝移植患仅有的预测因素。     

肿瘤标志物对乳腺癌预后的评估

目的寻找更好的乳腺癌肿瘤标志物。方法分析了几种肿瘤标志物对乳腺癌预后的评估。结果肿瘤标志物对乳腺癌预后的评估有重要的意义。结论在判断预后时,肿瘤标志物会提供很多信息。     

肝肿瘤标志物及临床检测应用

肿瘤标志物AFP、AFPvariants、AFPmRNA、CEA、HCCR、SCCA—IgMIC、DCP、AFU、GPC3、GGT、VEGF在肝肿瘤不同发展阶段含量有显著差异。选择特异性强、敏感度高的肿瘤标志物对肝肿瘤的诊断治疗至关重要。目前肿瘤标志物联合测定仍为肝肿瘤诊断的最好手段。     

基于TCGA数据库分析、筛选并验证前列腺癌诊断或预后标志物

目的:综合分析表达谱数据与DNA甲基化数据,探索新的前列腺癌诊断或预后的标志物。方法:在TCGA公共数据库下载前列腺癌的甲基化水平数据以及mRNA表达数据;利用R软件中的DESeq2包对表达谱数据进行差异表达分析,利用R软件中的limma包对DNA甲基化芯片进行差异甲基化位点分析;采用美国国立卫生研究院的DAVID v6.7在线软件平台进行功能和通路的富集分析;对筛选出的基因进行Kaplan-Meier生存分析以及分子生物学实验验证。结果:差异表达分析得到1 130个差异表达基因,其中759个表达下调,371个表达上调;差异甲基化位点分析获得375个差异甲基化位点,其中8个低甲基化位点,367个高甲基化位点;综合分析发现CBX5、NBPF13P、RARB、RCN1、SRSF5基因的异常甲基化与肿瘤复发风险密切相关;定量PCR显示前列腺癌患者SRSF5 mRNA水平升高（P<0.05）,甲基化特异性PCR显示前列腺癌患者SRSF5甲基化水平降低（均P<0.05）。结论:SRSF5在前列腺癌患者中甲基化水平降低且mRNA表达水平升高,且其低甲基化水平与复发风险密切相关。     

肿瘤标志物在胃癌患者中的诊断及预后价值

目的：探索肿瘤标志物在胃癌患者中的诊断价值。方法：选择2012年2月至2015年1月期间收治的70例疑似胃癌患者为研究对象（观察组）,并在同一时间内,选取70例健康体检者（对照组）,抽取受检者静脉血,分离血清,对比受检者肿瘤标志物CEA、CA19－9水平。结果：观察组患者的CA19－9指标、CEA指标显著优于对照组（P＜0．05）。结论：CA19－9指标、CEA指标应用于胃癌患者诊断中,可降低误诊率。     

肝癌血清肿瘤标志物适配体的筛选及活性鉴定

目的:肝癌血清中含有已知和未知的标志物,可以作为SELEX筛选的靶标,获得一组已知和未知肝癌血清标志物的适配体,为肝癌早期诊断提供新的分子生物学检测方法。方法：收集50例经诊断证实为原发性肝癌患者的血清,以及50例体检无异常的正常人血清,并分别等比例混合制备成肝癌混合血清和正常人混合血清,作为筛选的靶标分子,磁珠作为分离载体。先将磁珠-正常人血清复合物与ssDNA文库结合,取上清再与磁珠-肝癌血清结合,经过洗脱、分离与肝癌血清结合的特异性ssDNA,并进行扩增,链霉亲和素磁珠法制备次级ssDNA,进行9轮筛选,将9轮筛选获得的饱和文库与PMD18-T载体连接进行转化、挑选单克隆团送上海生工进行测序,同时利用流式细胞术测定肝癌血清肿瘤标志物适配体的亲和力(Kd值)。结果：经9轮筛选,成功分离出200个核酸序列,其中序列不同的有10个。结论：特异性检测表明,筛选得到的肝癌血清肿瘤标志物适配体与肝癌血清的结合解离常数均在纳摩尔级水平,其中Seq-1、Seq-16、Seq-17、Seq-56、Seq-72号适配体能高特异性结合肝癌血清,与正常人血清不结合,再通过200例肝癌血清和200例正常人血清进一步鉴定5条肝癌血清肿瘤标志物适配体检出肝癌的阳性率,阳性检出率达91%以上,为肝癌的早期诊断提供了新方法。     

不同激素受体作为乳腺癌预后标志物的研究进展

乳腺癌是导致女性死亡的主要病因之一,因此现在对于相关标志物及治疗靶位点的研究非常重要。不同亚型乳腺癌其药物治疗反应及远期预后是不同的。例如三阴性乳腺癌雌激素受体-α（estrogen receptor-α,ER-α）,孕激素受体（progesterone receptor,PR）,人类表皮生长因子受体-2（human epidermal growth factor receptor-2,HER-2）均为阴性,完全缺乏可用的生物标志物来评估预后,其治疗反应也较差。近年来体内外实验结果表明,孕激素受体膜组分1（progesterone receptor membrane component 1,PGRMC1）在乳腺癌的发生发展过程中起着重要作用。那么不同激素受体在乳腺癌发展及预后中的预测作用如何,PGRMC1是否有可能成为新型乳腺癌预后标志物?在本篇综述中,将针对这一系列问题进行阐述。     

结直肠癌肝转移患者临床预后分析

目的：探讨影响结直肠癌肝转移病人生存率的临床预后因素。方法：分析新疆医科大学附属肿瘤医院1997～2002年间诊治的结直肠癌肝转移病人88例临床资料,选择性别、年龄、血型、原发肿瘤大小、组织类型、治疗方式、T分期（肠壁浸润深度）、N分期（淋巴结转移情况）、癌胚抗原（CEA）、转移灶大小、转移灶数目等临床因素,寿命表法计算生存率,用Cox比例风险模型（SPSS 13．0统计软件）进行多因素分析。结果：单因素分析显示,治疗方式、原发灶大小、T分期、N分期等为预后影响因素（按a=0．1水平）,多因素分析均显示,仅治疗方式、T分期为影响结直肠癌肝转移预后的重要因素。所有病例总的1、3、5年累计生存率分别为88．6％、12．9％、0％。单纯外科治疗组（31．8％）、综合治疗组（45．5％）及单纯辅助治疗组（9．1％）与未治组（13．6％）比较,1年、3年生存率有显著差异（P均〈0．05）。结论：综合治疗方式为结直肠癌肝转移患者预后的独立保护性因素,可延长患者生存期;T分期是独立的预后危险因素。T分期越大,预后越差。     

消化道肿瘤免疫相关不良事件的临床分析

目的探讨消化系统恶性肿瘤中免疫检查点抑制剂(immune checkpoint inhibitors, ICIs）导致免疫相关不良事件(immune-related adverse events, irAEs)的特征及危险因素。方法 回顾性分析2019年4月至2021年10月北京大学肿瘤医院诊治的95例接受ICIs治疗的消化系统恶性肿瘤患者的临床资料和irAEs发生情况。irAEs、内分泌irAEs危险因素分析采用二元Logistic回归分析。结果 95例患者共应用ICIs治疗458例次,中位应用3例次(范围：1~33例次）。irAEs的发生率为55.8%,3~4级irAEs发生率为9.5%。最常见的irAEs为皮肤irAEs(27.4%）和内分泌irAEs(22.1%）。内分泌irAEs中甲状腺功能减退最常见(16.8%）,肾上腺皮质功能减退(2.1%）和垂体炎(1.1%）少见。多数irAEs发生于免疫治疗初期,78.2%发生于12周内。过敏反应、皮肤irAEs最早发生,中位发生时间分别为2周(范围：0.9～3.1周）和3.8周(范围：0.9～17.9周）,内分泌irAEs中位发生时间为6.9周(范围：3.0～52.1周）。多因素分析显示,女性(OR=5.197, 95%CI：1.166～23.154, P=0.031)和微卫星高度不稳定(microsatellite instability-high,MSI-H） (OR=35.048, 95%CI：2.756～445.787, P=0.006)是内分泌irAEs发生风险增加的独立危险因素,免疫治疗联合化学药物治疗(OR=0.107, 95%CI：0.021～0.412, P=0.001）是内分泌irAEs的独立保护性因素。结论在消化系统恶性肿瘤中应用ICIs具有较好的安全性。女性和MSI-H患者出现内分泌irAEs风险增加,联合化学药物治疗可能降低内分泌irAEs发生风险。