重庆市2011-2016年风疹病毒基因特征分析

目的 通过对重庆市2011-2016年分离的风疹病毒进行基因型别鉴定及系统进化分析,为预防和控制风疹提供分子流行病学依据.方法 收集重庆市2011-2016年风疹病毒核酸检测阳性病原学标本进行病毒分离,通过序列测定鉴定其基因型别;与GenBank中风疹各型别参考毒株及其他省市所获毒株进行进化树构建和遗传距离分析.结果 2011-2013年风疹毒株主要为1E基因型(94/103);2014-2016年主要为2B基因型(50/56),仅2014年有1株2A基因型毒株.重庆株系与其他省市毒株核苷酸同源性1E型为97.63%~99.73%,平均98.90%;2B型为95.77%~99.73%,平均98.30%.系统树上重庆毒株并未与其他省市株系相互隔离.结论 重庆市风疹优势基因型近年已经逐渐由1 E型替代为2B型.重庆市的风疹病毒基因型在不断变化,优势株与其他省市呈共同进化状态.     

2013-2016年江西省麻疹病毒分离株H基因特征分析

目的 探究江西省2013-2016年麻疹病毒的流行特点与流行趋势.方法 用Vero/SLAM细胞对麻疹病毒进行分离培养,对获得的麻疹毒株扩增其H基因序列,并对获得的基因片段进行核苷酸序列的测定,再与Gengbank上麻疹各基因型别的参考序列进行比对,分析其亲缘关系、同源性等变异情况.结果 2013-2016年获得75株...     

新疆部分地区麻疹野病毒分离与基因特征分析

目的 探讨新疆目前流行的麻疹病毒的基因型别和特征。方法 采用 Vero/SLAM 细胞分离培养麻疹病毒,通过反转录－聚合酶链反应方法扩增麻疹病毒 N 基因羧基末端456 bp片段,并对 PCR 产物进行序列测定和同源性分析。结果 2013-2014年新疆分离到7株麻疹病毒均为H1a基因亚型,与Shanghai-191同源性为89.5%～87.3%;与世界卫生组织推荐用于鉴定基因型别的6株H1基因型同源性为91.0%～99.3%,与目前3株流行H1a亚型同源性为97.3%～100.0%。结论 H1a基因亚型仍为新疆本土流行病毒株的优势亚型,近年来引起新疆麻疹流行的麻疹病毒基因序列存在着不同程度的差异,可能来自于不同的传播链,麻疹病毒株H1a亚型的持续传播与易感人群的累积和人口流动有密切关系。     

陕西省2000-2007年麻疹野病毒基因特征分析

目的阐明2000-2007年陕西省流行的麻疹野病毒分离株的基因特征,为控制并消除麻疹提供依据。方法2000-2007年采集陕西省麻疹暴发和散发患者的咽喉拭子标本147份,用EB病毒转化的狨猴淋巴母细胞（B95a）分离到麻疹病毒21株,通过逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）,从分离到的麻疹病毒株中扩增出核蛋白基因羧基末端450个核苷酸片段,再对扩增产物进行核苷酸序列测定和基因分型。结果21株麻疹病毒均属H1基因型,其中H1a18株,H1b3株,H1a和H1b在450个核苷酸片段中的差异为2％～4％。结论H1a和H1b在陕西省的流行状况提示,流行优势株的变化可能受本土病毒变异和邻省输入病毒的双重影响;同时在陕西省存在同一毒株的持续循环。     

2015－2016年北京市急性呼吸道感染病例肺炎支原体流行特征分析

目的 分析北京市2015－2016年急性呼吸道感染病例中肺炎支原体的流行特征,为其防控提供科学依据。方法 以2015年1月至2016年12月就诊于北京市各区哨点医院的急性呼吸道感染病例为研究对象,收集其咽拭子、痰、鼻咽抽吸物等呼吸道样本。采用实时荧光PCR法检测样本中肺炎支原体及其基因型别,病例性别、年龄、发病时间、临床表现的不同基因型肺炎支原体阳性率的比较采用χ2检验。结果 所有样本中的肺炎支原体阳性率为4.69%（652/13 904）,其中P1-Ⅰ、P1-Ⅱ和未分型阳性样本分别为238、230和184份;经χ2检验,P1-Ⅰ型与P1-Ⅱ型阳性率差异无统计学意义（χ2=0.139,P=0.709）。男、女性病例阳性率分别为4.35%（342/7 866）和5.13%（310/6 038）,差异有统计学意义（χ2=4.726,P=0.030）。6～岁年龄组阳性率最高,60～岁最低,各年龄组阳性率差异有统计学意义（χ2=347.600,P=0.001）。2016年肺炎支原体阳性率（5.18%）高于2015年（4.11%）（χ2=8.889,P=0.003）,10－ 12月阳性率高于其他月份（χ2=225.000,P=0.001）。肺炎病例中肺炎支原体阳性率（6.45%）高于急性上呼吸道感染病例（1.65%）（χ2=166.800,P=0.001）。结论 2015－2016年北京市急性呼吸道感染病例中,P1-Ⅰ型与P1-Ⅱ型肺炎支原体同时流行,女性患者、6～岁儿童与青少年为肺炎支原体感染的高发人群,不同年龄组病例易感基因型不同,2016年较2015年高发,各季节均有散发病例,10－12月为流行高峰,肺炎支原体的感染更易导致肺炎。     

广东省东莞市1株麻疹野病毒核蛋白基因分析

目的分析2008年广东省东莞市疫情中分离到的1株麻疹病毒的核蛋白基因序列,了解毒株基因型别及其核蛋白基因变异情况。方法采集麻疹疫情中病例的尿液标本,用VERO-SLAM细胞进行病毒分离培养,对分离到的病毒株通过反转录-聚合酶链反应（RT-PCR）扩增麻疹病毒核蛋白基因片段,对扩增产物进行测序并与麻疹各基因型代表株及沪191疫苗株进行序列比对和构建进化树分析。结果分离到的麻疹病毒株属于H1基因型H1a亚型。与China93-2毒株同源性最高,为99.1%,与China94-7毒株同源性为97.1%,与其他几株H1亚型的同源性则在97.6%～98.0%之间。与沪191疫苗株同源性为92.9%。结论此次疫情中的毒株属于H1基因型H1a亚型,与中国其他地区的流行情况一致。与其同亚型的毒株相比变异较小。     

2007-2020年上海市布鲁氏菌分离株分型方法研究

目的 对2007-2020年上海市人间布鲁氏菌分离株进行分子特征分析,了解菌株基因分型和聚类,为布鲁氏菌病(布病)的预防和控制提供依据.方法 收集2007-2020年上海市人感染布鲁氏菌临床分离株20株;采用生化方法和AMOS-PCR进行鉴定;运用多位点序列分型(MLST)、多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)和...     

2014年浙江省丽水市人感染H7N9禽流感病毒分离株基因特征分析

目的 测定浙江省丽水市1株H7N9禽流感病毒8个基因序列,从分子水平分析其基因特征和遗传变异特点。方法 对人感染H7N9禽流感确诊病例标本在P3实验室进行犬肾传代细胞培养;反转录-聚合酶链反应扩增病毒8个RNA片段后测定基因序列;通过生物信息学软件将8个序列与GISAID和GenBank数据库下载的序列进行多重比对和匹配,发现基因特征,分析病毒关键位点的分子变异情况,最大似然法绘制系统进化树用于基因进化分析。结果 从病例标本中分离到病毒:A/Zhejiang/LS01/2014(H7N9),测序获得8个基因核苷酸全序列。HA裂解位点只包含2个碱性氨基酸,HA蛋白受体结合关键氨基酸位点发生A134T、G186V和Q226L变异;在PB2蛋白上发现E627K突变;M2蛋白上发现耐药位点S31N。LS01株HA基因与A/chicken/Zhejiang/DTID-ZJU01/2013(H7N9)的同源性最高(98.90%),NA基因与A/chicken/Changzhou/C08/2013(H9N9)的同源性最高(98.60%),LS01株其他6个编码内部蛋白的基因均与禽源H9N2株高度同源(99.10%~99.89%)。LS01株HA和NA基因与沪苏浙一带流行的H7N9禽流感病毒株位于同一亚分支,有着直接的进化关系,在相近地域有进化关系较近的禽类流感病毒存在。结论 A/Zhejiang/LS01/2014(H7N9)株8个基因序列均符合禽源H7N9亚型禽流感病毒特征,其病原基因均为禽类来源。HA裂解位点具有低致病性禽流感病毒基因特点,Q226L和E627K位点发生变异可能与其对人具有高致病力相关。     

2012－2016年北京市胸科医院肺结核合并症患者的回顾性分析

目的 对北京市胸科医院住院肺结核患者合并症情况进行回顾性分析,为改善结核病的诊断和治疗提供参考。方法 收集于2012－2016年间初次住院的艾滋病病毒抗体检测阴性、年龄>15岁的肺结核患者的病历资料,分析肺结核合并症谱、主要合并症的时间、人群分布特征。结果 共纳入初次住院的肺结核患者9 653例。8种肺结核合并症包括营养不良（19.49%,1 881/9 653）、2型糖尿病（19.18%,1 851/9 653）、贫血（16.70%,1 612/9 653）、白细胞减少症（3.53%,341/9 653）、病毒性肝炎（3.46%,334/9 653）以及与呼吸系统相关的肺癌（1.65%,159/9 653）、慢性阻塞性肺疾病（1.61%,155/9 653）、矽肺（0.81%,78/9 653）均为老年组（≥60岁）高于中青年组（<45岁和45～59岁）（P<0.05）;男性组高于女性组（P<0.05）;除白细胞减少症和病毒性肝炎外,其他均为无业组高于在职组（P<0.05）。结论 该结核病专科医院肺结核的主要合并症为营养不良、2型糖尿病、贫血。男性、年龄≥60岁的肺结核患者易出现合并症。应规范肺结核合并症患者的诊疗研究,提高对复杂肺结核病的诊断治疗水平。     

西安市手足口病肠道病毒71型分离株VP1区基因特征分析

目的：了解西安市2012年手足口病肠道病毒71型分离株VP1区基因特征,探讨基因型与病情轻重间的关系。方法采集肠道病毒71型（EV71）患者咽拭子或粪便标本,按等概率法随机选择6例普通型和6例重型EV71分离株,用逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）对EV71分离株进行VP1区基因扩增及核酸测序,并将测序结果与EV7各基因型代表株进行同源性和遗传进化分析。结果12株EV71分离株的基因型为C4基因亚型,其与C4亚型代表株VP1区核苷酸和氨基酸同源性最高,分别91.8%~93.0%和98.3%~99.3%,6例普通型和6例重型EV71分离株在VP1基因型区无明显差异,对12株EV71分离株进行遗传进化分析显示,12株流行株与C4亚型代表株聚集于同一个分支。结论西安12株EV71流行株的基因型属于C4亚型,基因型与病情严重程度可能无关。     

2012－2015年云南省狂犬病病毒糖蛋白基因进化特征分析

目的 了解云南省2012－2015年35株狂犬病病毒（RABV）糖蛋白（G）基因的进化特征及流行病学特点。方法 在云南省狂犬病流行区采集可疑犬脑组织以及狂犬病患者脑组织和唾液标本,用直接免疫荧光法进行病毒抗原检测,阳性标本提取病毒核酸,通过反转录聚合酶链式反应（RT-PCR）扩增RABV的G基因序列,用MEGA 5.0软件邻接法（NJ）进行系统进化树分析。结果 经RT-PCR和序列测定获得2012－2015年云南省35株RABV的G基因序列,并与2006－2011年获得的云南省11株RABV及邻省和东南亚地区的15株RABV的G基因序列进行系统进化分析。结果表明,云南省46株RABV中,除2006年的Tc06株属于China-Ⅵ进化群外,其他45株均属于China-Ⅰ进化群。云南省China-Ⅰ进化群流行株在2006－2015年间每年均有分布,其中,2006－2011年10株,2012－2015年35株,分布于云南省10个州（市）并与来自四川、贵州和湖南省的China-Ⅰ进化群病毒株的进化关系最为接近。China-Ⅵ（Tc06）则与缅甸、老挝和越南的东南亚进化群病毒株亲缘关系最近。结论 2012－2015年,RABV China-Ⅰ进化群在云南省狂犬病流行区广泛分布,属云南省主要进化群并具较强的传播速率,期间云南省未再发现China-Ⅱ、China-Ⅲ和China-Ⅵ等进化群病毒株的流行。     

3株马赛分枝杆菌的分离鉴定及特征分析

摘要:目的：报告对临床分离的3株马赛分枝杆菌的种型鉴定和特征分析。 方法：对3株临床分离株进行生化鉴定、16S rRNA和rpoB基因测序鉴定,用微量肉汤稀释法进行药敏实验。 结果：生化鉴定无法确定种型,且光滑型/粗糙型菌落差异明显;16S rRNA鉴定结果显示,其与龟-脓肿分枝杆菌群高度同源（相似度>99.7%）,联合rpoB基因测序分析可鉴定为马赛分枝杆菌;药敏试验结果显示,其对万古霉素、利奈唑胺、头孢西丁等耐药,其中粗糙型菌耐药性更强。 结论：马赛分枝杆菌是近年来出现的新型致病菌,其粗糙型感染应予以重视。     

5株玫瑰单胞菌的临床分离、鉴定和特征分析

目的：对2011－2013年我院收集的5株来源临床的玫瑰单胞菌进行分析,探讨玫瑰单胞菌的病原学特点。方法：采用生化鉴定、API 20NE、Vitek系统GN卡、RapID NF和16S rRNA基因测序对该5株菌进行鉴定,Kirby-Bauer法进行药敏试验。结果：玫瑰单胞菌不在API 20NE和Vitek鉴定的数据库范围内;RapID NF数据库涵盖了玫瑰单胞菌,但仅2株正确鉴定为玫瑰单胞菌属。采用16S rRNA基因测序分析,5株菌分别鉴定为黏液玫瑰单胞菌（3株）、吉氏玫瑰单胞菌（1株）和河口玫瑰单胞菌（1株）。药敏结果显示,5株菌对碳青酶烯类、氨基糖苷类和喹诺酮类药物均敏感,对单环内酰胺类、青霉素类和头孢类等抗菌药物呈现广泛耐药。结论：16S rRNA基因测序是玫瑰单胞菌最佳的临床鉴定方法,玫瑰单胞菌对抗菌药物呈现耐药应引起临床重视。     

2013年北京市首例输入性D_9基因型麻疹毒株的分离和鉴定

目的分离并鉴定北京市输入性D9基因型麻疹毒株。方法使用Vero/SLAM细胞,对可疑麻疹输入性病例的咽拭子和尿液标本进行麻疹毒株的分离培养。用反转录-聚合酶链反应扩增麻疹病毒核蛋白(N)基因羧基末端676个核苷酸片段,对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,并以羧基末端450个核苷酸片段构建基因亲缘关系树,进行遗传距离及核苷酸同源性分析。结果该病毒分离株BJCY13026-2和世界卫生组织D9基因型代表株Victoria.AUS(维多利亚.澳大利亚)12.99在基因亲缘性关系树上同属一个分支,核苷酸同源性为95.8%,氨基酸同源性为96%;和其他23个基因型代表株的核苷酸和氨基酸同源性分别在88.1%~95.6%和90.7%~96.7%。和中国大陆目前所使用的麻疹疫苗株沪191相比对,其核苷酸和氨基酸同源性分别为91.1%和90.0%;和中国目前流行的麻疹病毒绝对优势本土基因型H1a基因型代表株相比对,其核苷酸和氨基酸同源性分别为89.4%和91.3%。结论该输入性病例的病毒分离株为麻疹病毒D9基因型。     

禽流感病毒分离株HA基因的克隆及序列分析研究

禽流感(AI)是由正粘病毒科型流感病毒引起的传染性疾病综合征。该病1878年首次报道于意大利,现已蔓延到许多国家。根据禽流感病毒(AIV)对某一宿主致病性的差异,可将其分为高致病性禽流感病毒(HPAIV)和低致病性禽流感病毒(LPAIV)。根据表面结构蛋白血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)抗     

江西省布鲁菌分离株的鉴定及分子特征分析

目的 对江西省近几年分离的布鲁菌进行鉴定和分型,同时检测rpoB基因的携带情况并分析其遗传多态性。方法 利用BCSP31-PCR对分离的菌株进行布鲁菌鉴定,利用AMOS-PCR对布鲁菌进行种型分析,利用普通PCR对rpoB基因进行检测,将rpoB基因的PCR扩增产物进行测序并用MEGA6.0软件进行多态性分析。结果 经鉴定32株布鲁菌全部为羊种布鲁菌,通过对rpoB基因的PCR扩增产物序列分析显示羊种布鲁菌rpoB基因同源性较高。结论 江西省近年人感染的布鲁菌均为羊种布鲁菌,且近几年人感染的羊种布鲁菌rpoB基因高度同源。     

2016－2018年北京市流行性感冒住院病例的流行病学和临床特征分析

目的分析北京市严重急性呼吸道感染（SARI）确诊流行性感冒（流感）病例的流行病学和临床特征,探索疾病严重程度与流感感染型别的关系。方法将北京市2016年8月至2018年7月SARI哨点监测系统纳入的实验室确诊的流感住院患者作为研究对象。 按是否使用有创机械通气、重症监护室（ICU）治疗和死亡将患者分为重症组和轻症组,应用logistic回归模型探索重症与流感感染型别/亚型的关系。结果746例流感住院患者中,≥60岁和<5岁的患者分别占42.4%（316/746）和33.8%（252/746）。甲型和乙型流感感染者分别为598例（80.2%）和148例（19.8%）。其中6例（0.8%）使用了有创机械通气,17例（2.9%）经ICU治疗,4例（0.5%）死亡。 危险因素分析显示,甲型流感患者出现重症的风险为乙型患者的1.3倍（95%CI:0.4 ~ 4.7,P＝0.655）。 甲型H1N1流感患者出现重症的风险为乙型Yamagata系流感患者的2.1倍（95%CI:0.5 ~ 8.5,P＝0.295）。结论流感住院病例以老年人和儿童为主;甲型流感的临床严重程度是否重于乙型流感有待进一步验证。     

2005－2016年北京市侵袭性脑膜炎奈瑟菌分子分型特征研究

目的 了解2005 — 2016年北京市侵袭性脑膜炎奈瑟菌（Nm）分子分型特征,为完善预防控制措施提供依据。 方法 通过玻片凝集对经过生化方法鉴定的24株Nm进行血清分群,用荧光聚合酶链式反应对所有菌株和4份核酸阳性标本进行基因分群检测;采用多位点序列分型方法对收集的28份标本Nm序列进行分型分析,同时对porA和fetA基因进行分型分析。 结果 北京市侵袭性Nm主要为A、B、C血清群,2009年前16份标本全部为A群和C群,2009年后12份标本全部为C群和B群。 A群序列型均属于ST-5克隆群,porA P1.20,9仅在ST-7型中检出,fetA均为F3-1;ST-4821克隆群在C群菌株中占绝对优势,ST-4821型porA有P1.12-1,16-8、P1.7-2,14和P1.20,23-7,fetA均为F3-3。 B群序列型结构复杂、分散。 结论 北京市侵袭性Nm优势菌特征为A:P1.20,9,F3-1:ST-5（ST-5克隆群）和C:P.12-1,F3-3:ST-4821（ST-4821克隆群）,且有A群明显减少、B群增长趋势。 提示侵袭性Nm随时间变迁已经发生改变,需加强其分子流行病学监测,尤其要关注尚无有效疫苗应对的B群菌株。      

2019-2022年宁夏回族自治区人间布鲁氏菌分离株种型鉴定及分子特征分析

目的 对2019—2022年宁夏回族自治区（宁夏）人间布鲁氏菌分离株进行种型和分子分型研究,掌握其分子遗传特征,为宁夏人间布鲁氏菌病（布病）的精准防控提供科学依据。方法 采用AMOS聚合酶链式反应（AMOS-PCR）对布鲁氏菌分离株进行种的鉴定,运用多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）对分离菌株进行分子分型,利用BioNumerics 7.6软件对MLVA结果进行聚类分析。结果 72株布鲁氏菌分离株经AMOS-PCR鉴定显示均为羊种布鲁氏菌。经MLVA分型,Panel1显示具有42、45、63共3个MLVA-8型。Panel2A显示均为41型（4-20-8）,Panel2B显示具有高度多变性;72株菌被分为51个MLVA-16基因型,12个为共享基因型,其余39个为单一基因型。宁夏原州区的布鲁氏菌型别较为丰富,包含3种MLVA-8型别。本研究中的72株布鲁氏菌与多个省份的菌株存在18种完全相同的MLVA-16基因型,表明菌株不仅在宁夏广泛传播,在全国范围内也呈跨地区传播的特点。结论 宁夏人间布病疫情极为严重,通过MLVA-16确定了宁夏布鲁氏菌分离株存在多种基因型,可为后续人间布...     

LEE阴性STEC分离株IHA基因的筛选、克隆及序列分析

尽管类志贺毒素对于STEC感染的临床及病理表现的产生非常重要,但细菌的一些毒性因子,特别是与肠道定居和粘附相关的因子也是病变产生的关键性决定因子。我们通过Southern杂交、克隆、打点杂交和序列测定等方法,获得了LEE阴性STEC O113:H7分离株98NK2染色体上大小为5.2kb的Hind III酶切片段的完全DNA序列,其中包含的一个大小为2088bp的开放阅读框架IhaO113(IrgA homologue adhesin)与LEE阳性STEC O157:H21分离株染色体上的一个假定粘附素IhaO157的核酸序列具有93%的一致性,两者的推导氨基酸序列具有91%的一致性。本研究首次报道了LEE阴性STEC O113:H7分离株染色体上预期与细菌粘附相关的编码基因Iha的完全DNA序列,为进一步研究其致病的分子机制提供了重要的理论依据。