中国肠炎沙门菌脉冲场凝胶电泳分子分型数据库的分析

目的 了解近几年我国肠炎沙门菌临床分离株的流行病学及脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型特点,为以实验室为基础的食源性疾病暴发的发现及疫情控制提供依据。 方法 根据PulseNet公布的沙门菌PFGE分型方案,对2004-2012年分离自我国13个省(直辖市)的981株肠炎沙门菌进行流行病学及PFGE分子分型分析。 结果 981株肠炎沙门菌经XbaⅠ酶切,PFGE获得126种带型,其分辨能力(D值)为0.8336。优势带型为JEGX01.CN0003、JEGX01.CN0001、JEGX01.CN0002、JEGX01.CN0005和JEGX01.CN0016。暴发相关带型是JEGX01.CN0003、JEGX01.CN0001和JEGX01.CN0150。肠炎沙门菌优势带型PFGE的共有条带分别为(0.8%)655、325、310、245、178和110 kbp。 结论 我国肠炎沙门菌临床分离株存在PFGE优势型别,PFGE对于肠炎沙门菌XbaⅠ单酶切分型能力有限,用于暴发确认或发现时需多种酶切联合使用,提高分辨能力。     

2012－2018年江苏省无锡市肠炎沙门菌药物敏感性与分子分型研究

  目的   分析2012 — 2018年江苏省无锡市肠炎沙门菌分离株的药物敏感性和分子分型。   方法   收集2012 — 2018年分离自无锡市食源性疾病监测哨点医院门诊腹泻患者、从业体检人员、食物中毒以及环境水样监测的110株肠炎沙门菌菌株,采用BD Phoenix全自动细菌鉴定/药敏系统测试方案和脉冲场凝胶电泳（PFGE）方法,进行药物敏感性试验和PFGE分子分型分析。   结果   110株肠炎沙门菌对环丙沙星、厄他培南、亚胺培南、美罗培南、阿奇霉素和头孢他啶/阿维巴坦6种抗生素均敏感,对萘啶酮酸、氨苄西林和氨苄西林/舒巴坦的耐药率较高;77（70.00%）株菌为多重耐药,以耐3种抗生素为主（45.45%,50/110）。PFGE将110株菌分为39个带型,各带型包含1～31株菌,EN17、EN21和EN24为优势带型。   结论   无锡市肠炎沙门菌耐药状况严重,应引起重视,菌株的分子分型多样,具有优势带型。     

2008－2018年北京市人源鼠伤寒沙门菌的耐药与分子分型研究

  目的  分析2008—2018年北京市人源鼠伤寒沙门菌的耐药特征及分子分型特征。  方法  基于肠道病原监测平台收集的分离于2008—2018年的109株人源鼠伤寒沙门菌,采用生化检测试剂条和血清凝集试验进行菌株复核,采用微量肉汤法进行药敏试验,通过聚合酶链式反应方法检测β-内酰胺类、喹诺酮类和大环内酯类药物相关耐药基因,并通过脉冲场凝胶电泳（PFGE）进行分子分型分析。  结果  北京市鼠伤寒沙门菌对传统抗生素普遍耐药,多重耐药率达52.29%,对临床一线推荐药物环丙沙星、头孢类药物和阿奇霉素的耐药率分别为21.10%,17.43%和1.83%。 还发现了对头孢类药物和环丙沙星共同耐药以及对头孢类药物和阿奇霉素共同耐药的菌株。 耐药基因检测结果显示,耐头孢类药物菌株中,最常见的超广谱β-内酰胺酶基因是bla_TEM-1,其次是bla_CTX-M-14,同时也首次于鼠伤寒沙门菌中发现了bla_OXA-29基因的携带。 环丙沙星耐药主要与gyrA、parC和parE基因的点突变有关。 耐阿奇霉素菌株中未检测出相关耐药基因。PFGE分子分型结果显示,109株菌可分为67个带型,存在包含13株菌的优势带型。  结论  北京市人源鼠伤寒沙门菌耐药形势严峻,PFGE图谱呈多态性分布,相同PFGE带型菌株间具有更相似的耐药谱,需进一步加强肠道病原菌的耐药监测以有效控制耐药性的传播扩散。     

鼠伤寒沙门菌分子分型及耐药性特点

目的了解广州市鼠伤寒沙门菌的分子分型以及耐药性特点。方法利用脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型技术对鼠伤寒沙门菌进行分子分型,采用纸片扩散(K-B)法进行药敏试验,且采用WHONET 5.6软件对药敏结果进行耐药分析。结果 PFGE结果聚类分析将44株鼠伤寒沙门菌分为15型,其中PFGE9型、PFGE8型、PFGE3型为广州市的优势菌型,菌株比例为54.5%(24/44)。耐药表型分型可将其分为21型,多重耐药菌占61.4%(27/44)。结论广州市鼠伤寒沙门菌分子分型呈多样性,分离株的多重耐药较为严重。     

一起幼儿园肠炎沙门菌食物中毒事件的调查

本次事件共有81名儿童患病,罹患率为48.2%,主要症状为发热(100%)、腹泻(98.8%)、腹痛(97.5%)、呕吐(69.1%);从患者粪便和食物蛋炒饭中分离的肠炎沙门菌PFGE图谱完全一致,且与生鸡蛋涂抹样品中分离株的相似度为96.2%,提示为一起由鸡蛋中的肠炎沙门菌污染导致的食物中毒事件。     

2008-2018年四川省肠炎沙门菌暴发的分子分型比较

  目的  比较四川省肠炎沙门菌暴发菌株的分子分型方法,为暴发溯源提供快速可靠的依据。  方法  采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）、多位点可变数目重复序列分析（MLVA）、规律间隔成簇短回文重复序列（CRISPR）、多位点序列分型（MLST）和基于全基因组测序的单核苷酸多态性（WGS-SNP）对2008 — 2018年四川省肠炎沙门菌暴发分离株进行分型。 以辛普森多样性指数（DI）为指征,比较单一方法及方法联用的分型能力差异。  结果  PFGE、MLVA、CRISPR和MLST单独使用时,其DI值均＜0.9,PFGE_XbaⅠ和MLVA联合使用DI值能提高到0.9以上,WGS-SNP的DI 值最高,可达0.971。  结论  对四川省肠炎沙门菌暴发菌株进行分子分型的最适方法为WGS-SNP,在缺乏基因组分析能力的情况下,推荐使用PFGE_XbaⅠ与MLVA联合的方法。     

2018-2020年福建省南平市沙门菌分子分型及耐药性分析

目的 了解2018—2020年福建省南平市沙门菌血清学分型、分子分型及耐药情况,为沙门菌引起的食源性疾病的溯源和临床合理用药提供指导。方法 依据GB 4789.4-2016《食品安全国家标准食品微生物学检验沙门菌检验》微生物检验方法和《食源性疾病监测工作手册》对收集到的样本进行检测,采用分离培养及生化实验进行沙门菌鉴定,利用玻片凝集法进行血清学试验,利用脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术对分离到的菌株进行遗传相关性分析,用微量肉汤稀释法进行耐药性分析。结果 55株沙门菌菌株分属21种血清型,以肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌为主,分别占30.90%和29.09%;食品中分离的沙门菌有19种血清型,食源性疾病病例中分离的沙门菌有4种血清型;菌株的PFGE形成13种带型,具有多态性,相似度为37.29%～100.00%,总体相似度达到63.77%。同一血清型可出现不同的PFGE带型,部分肠炎、鼠伤寒、唐卜逊沙门菌出现成簇现象。沙门菌对氨苄西林、萘啶酸、磺胺异恶唑有较高的耐药性,分别达到67.27%、65.45%、54.55%。对三代头孢菌素类药物（头孢他啶、头孢西丁）和庆大霉素以及阿奇霉素等药物敏感。...     

1995-2016年新疆维吾尔自治区伤寒沙门菌脉冲场凝胶电泳分子分型分析

目的 通过对新疆维吾尔自治区（新疆）1995-2016年伤寒沙门菌进行分子流行学特征分析,为今后监测和疫情预警提供依据。方法 利用脉冲场凝胶电泳（PFGE）对527株伤寒沙门菌进行分子分型和流行特征研究。结果 527株伤寒沙门菌分为145个PFGE带型,条带相似度为57.42%~100.00%。有部分带型多年持续存在,且出现在不同地区。共发现32组分子分型成簇性病例。结论 新疆伤寒沙门菌在基因型上存在高度多态性,同时也有优势带型长期连续存在,且存在分子分型成簇性病例,需要加强实验室监测。     

应用脉冲场凝胶电泳技术对肠炎沙门菌食物中毒溯源分析

目的 了解两起食物中毒事件的相关性,确定传染源及传播路径。方法 对采集的215份样本进行致病菌分离培养,将分离到的菌株进行生化鉴定和血清分型;并应用脉冲场凝胶电泳技术（pulsed field gel electrophoresis,PFGE）对其进行同源性分析。结果 共检出27株肠炎沙门菌,其中4株分离自留样食品,3株分离自厨师,20株分离自患者。PFGE图谱显示27株菌中有26株条带完全一致,1株菌与其他26株菌有1个条带的差异,两者相似性为96.3%。结论 两起食物中毒事件的原因是冷菜制作过程中受到携带肠炎沙门菌厨师的污染。PFGE技术适用于食物中毒事件中传染源的追踪及传播路径的明确。     

2014—2018年仙桃市伤寒沙门菌分子分型及耐药性分析

目的了解仙桃市伤寒沙门菌的耐药性及分子分型特征。方法收集2014—2018年分离的29株伤寒沙门菌开展药敏试验、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型及多位点序列分型(MLST)分析。结果药敏结果显示,29株伤寒沙门菌中27株菌对26种临床常见抗菌药物均为敏感/中度敏感,余2株菌有不同程度的耐药性,其中1株菌株耐药谱分布较广,对β-内酰胺/β-内酰胺抑制剂复合物类药物耐药。PFGE结果显示,29株伤寒沙门菌可分为6种PFGE型别,其中流行优势型为HuBXTSal003型别。MLST分型显示,29株菌株共有2种序列型,其中ST2为优势ST型。结论仙桃市伤寒沙门菌株存在优势PFGE带型及优势ST型,有多重耐药菌株出现。     

2003-2014年浙江省宁波市乙型流行性感冒病毒血凝素和神经氨酸酶基因变化特征分析

目的 分析2003-2014年宁波市乙型流行性感冒(流感)病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)的分子流行病学特征。方法 采集宁波市2003-2014年哨点监测医院的流感样病例标本进行流感病毒分离鉴定,选取不同时期的乙型流感毒株进行HA和NA基因序列测定,采用生物信息学软件分析变异和进化。结果 宁波市乙型流感病毒Victoria和Yamagata两大普系流行株的HA及NA基因在2003-2014年间每年均有不同程度的氨基酸序列变异,其中最明显的为2005年与2009年的Victoria系毒株及2007年与2010年的Yamagata毒株变异。每当HA基因序列发生明显变异时NA基因也同时出现明显的变异,而且有时NA基因的变异比HA基因更明显。同时发现2013-2014年流行的乙型流感病毒为Yamagata系HA与Victoria系NA的重配株。结论 乙型流感两大谱系流行株的HA基因发生变异时NA基因也会出现变异,甚至较HA基因更快。2013-2014年宁波市乙型流感高发的流行株为Yamagata系HA与Victoria系NA基因的重配株。     

2012~2014年泌尿系感染大肠埃希菌耐药性的变迁

目的 对泌尿系感染大肠埃希菌进行病原学及耐药性分析,为临床治疗泌尿系感染提供依据。方法 收集2012年1月至2014年12月所有泌尿系感染患者分离出的大肠埃希菌240株,菌株鉴定采用美国BD公司的Phoenix-100全自动细菌分析仪,药敏试验采用肉汤稀释法和K-B纸片法。结果 大肠埃希菌检出最多的科室是泌尿外科占22.5%,其次为肾内科12.9%,重症医学科11.3%,老年病科9.6%,神经内科8.8%。神经内科重症病区7.9%;该菌对于临床经验一线药物氨苄西林、头孢唑林、复方新诺明、氨苄西林/舒巴坦耐药率都比较高,3年平均耐药率分别为93.0%、77.2%、74.1%、81.5%;喹诺酮类药物左旋氧氟沙星3年的平均耐药率超过75%,且3年来逐年上升,2014年的耐药率与2013年和2012年相比差异均具有统计学意义(P<0.05);对头孢哌酮/舒巴坦(15.9%)、哌拉西林/他唑巴坦(21.6%)、亚胺培南(3.3%)、美洛培南(3.3%)比较敏感;对阿米卡星的耐药率较低为13.2%,但对同属于氨基糖苷类的庆大霉素耐药率比较高(65.0%)。结论 大肠埃希菌的感染分布及药敏特点都在不断变化着,因此临床医生应根据药敏结果合理选择抗生素。     

89株山夫登堡沙门菌脉冲场凝胶电泳分子分型及耐药性分析研究

目的 分析2005-2011年杭州市下城区89株山夫登堡沙门菌的脉冲场凝胶电泳(pulse-field gel electrophoresis,PFGE)分子型别和耐药性,建立杭州市沙门菌指纹图谱数据库。 方法 89株山夫登堡沙门菌用XbaⅠ酶切、PFGE获得电泳图谱,使用BioNumerisc统计软件聚类分析比较同源性。采用K-B法测定菌株对抗生素敏感性。 结果 以相似度85%为判定标准,89株山夫登堡沙门菌可分为10个PFGE带型,其中68株集中在一个PFGE基因型内。不同年份基因型无明显规律性。89株山夫登堡沙门菌对所选11种抗生素敏感性85.19%。 结论 杭州市下城区2005-2011年分离的89株山夫登堡沙门菌有明显的克隆株优势带型存在,对抗生素敏感性较高。     

2006-2012年上海市基于网络实验室的肠炎沙门菌耐药监测

目的 建立区域性网络实验室监测和分析肠炎沙门菌的耐药特征变化为科学防治提供参考依据。 方法 2006-2012年,上海市8个区域公共卫生实验室和24家临床实验室依据标化方法分离184株肠炎沙门菌食源环境菌株与1146株肠炎沙门菌腹泻病例菌株,使用纸片扩散法(K-B法)检测菌株对16种抗生素的耐药性,应用WHONET软件建立耐药数据库。 结果 历年中肠炎沙门菌在禽肉中污染率最高(155/184);实验室诊断病例主要分布在5岁以下和18~59岁、1~4岁病例明显高于1岁以下、60岁以上病例呈逐年上升趋势。所有肠炎沙门菌对萘啶酸耐药率均超过90%;多重耐药株(对氨苄西林-氯霉素-链霉素-磺胺异噁唑-四环素耐药型,ACSSuT)存在于鸡肉和2009年的1例食物中毒暴发病例中;耐头孢吡肟食源和腹泻株分别出现在2011年和2008年;腹泻株对环丙沙星和头孢噻肟的耐药率高于食源株;低年龄组病例对三代头孢和环丙沙星耐药的菌株分别约占2/3和1/2。 结论 上海市肠炎沙门菌腹泻病例存在社区内获得和食源性感染等不同因素,肠炎沙门菌多重耐药型ACSSuT可能是潜在的高致病性流行株。提高临床实验室常规诊断能力,优化和减少老年人和婴幼儿对抗生素暴露,重视多重耐药菌株导致的疾病负担。     

Antimicrobial resistance in non-typhoidal Salmonella from human sources, Spain, 2001-2003

OBJECTIVES: To determine the current state of antimicrobial resistance among non-typhoidal Salmonella strains isolated from humans in Spain. METHODS: All strains of Salmonella from human sources received in the reference laboratory from 2001 to 2003 were serotyped and phage types were determined in the most common serovars. A systematic sampling procedure was carried out in order to obtain a random sample for susceptibility testing. The selected strains were tested for susceptibility to 12 different antimicrobial agents by a disc diffusion method using Mueller-Hinton agar. Results were scored as susceptible, moderately susceptible or resistant, according to CLSI criteria. RESULTS: From 2001 to 2003, 5777 strains of Salmonella were tested for susceptibility. Fifty per cent of strains of Salmonella Enteritidis were resistant to nalidixic acid. This was the most frequent resistance pattern of this serovar and it was characteristic of PT1, the most frequent phage type of Salmonella Enteritidis in Spain. Seventy-four per cent of Salmonella Typhimurium strains were resistant to four antibiotics or more. Resistance to ampicillin, chloramphenicol, streptomycin, sulphonamide and tetracycline was the most frequent resistance pattern of Salmonella Typhimurium and it was characteristic of DT104, the most frequent phage type in Spain. Sixty-nine per cent of Salmonella Hadar strains were resistant to at least four antibiotics. CONCLUSIONS: The results of our study showed both a worrying percentage of strains of Salmonella Enteritidis resistant to nalidixic acid and of strains of Salmonella Typhimurium with a pattern of resistance to four antibiotics or more. Surveillance of antimicrobial resistance should carry on and improve in order to be able to evaluate the control measures carried out for decreasing resistance in Salmonella, specifically that addressed to the prudent use of antimicrobial agents by farmers and veterinarians.     

1998-2000年沙门菌属耐药性变迁

目的：调查1998－2000年伤寒、副伤寒和非伤寒沙门菌耐药性的变迁。方法：纸片扩散法（K－B法），依照美国临床实验室标准化委员会制定的2000年版的标准。结果：1．1998－2000年伤寒和副伤寒沙门菌237株（其中伤寒沙门菌191株，甲、乙、丙副伤寒沙门菌46株）对临床常用抗菌药的耐药性变化不大；而122株非伤寒沙门菌则增长较快，其中对氨苄西林的耐药率从1998年的26．6％增加到2000年的46．3％，复方磺胺甲E唑从20．0％到59．3％，环丙沙星从10．0％到29．6％。2000年氯霉素和四环素的耐药率分别为31．5％和50．0％。2．在非伤寒沙门菌分离株中，肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌为主要血清型。3．此次分析中发现3株多重耐药谱为ACTStCp的鼠伤寒沙门菌。结论：除复方磺胺甲E唑外，伤寒、副伤寒沙门菌对临床常用抗菌药仍很敏感。非伤寒沙门菌对临床常用抗菌药耐药率逐渐增加，加强其耐药性监测是非常必要的。     

脉冲场凝胶电泳和多位点串联重复序列分析 应用于中国鼠伤寒沙门菌分型能力的评价

目的 比较脉冲场凝胶电泳(PFGE)和两种国际多位点串联重复序列分析(MLVA)分型方法用于我国鼠伤寒沙门菌分子分型的能力,并初步确定适用于我国鼠伤寒沙门菌MLVA分型中的VNTR位点。 方法 根据国际PulseNet公布的沙门菌PFGE分型方案、MLVA分型方案(包含7个VNTR位点,简称MLVA_PN)及欧洲食源性疾病监测网公布的鼠伤寒沙门菌MLVA分型方案(包含5个VNTR位点, 简称MLVA_EU),对来自我国5个省(直辖市)的175株鼠伤寒沙门菌进行分子分型分析,并结合流行病学资料,评价这三种分型方法对我国分离的鼠伤寒沙门菌的分型能力。 结果 175株鼠伤寒沙门菌经XbaⅠ酶切,PFGE后,获得56种带型,其分辨能力(D值)为0.8823。对其中的主优势带型JPXX01.CN0001菌株55株进一步用第二种内切酶BlnⅠ酶切后,获得6种带型。用MLVA_EU分型,获得96种型别,D值为0.9758。应用MLVA_PN分析,获得98种型别, D值为0.9763。 两种MLVA分型方法对菌株的分辨能力几乎相同,且分型结果具有较高的一致性。对流行病学调查显示为鼠伤寒沙门菌暴发患者和食物来源的菌株进行PFGE双酶切及MLVA分型,三种分型方法获得一致性结果,均显示这些菌株具有明显的聚集性。 结论 两种MLVA分型方法的分辨能力均高于PFGE,在确认鼠伤寒沙门菌引起的暴发事件时,采用需时较短,操作更方便的5个VNTR位点的MLVA分型方法可满足菌株聚集性分析。     

Trends in antimicrobial resistance, phage types and integrons among Salmonella serotypes from pigs, 1997-2000

OBJECTIVES: The objectives of this study were to determine antimicrobial resistance and to identify phage types and class 1 integrons among non-typhoidal Salmonella isolates from 24 pig farms in North Carolina collected between 1997 and 2000. METHODS: A total of 1314 isolates of 30 serotypes from pig faecal samples were collected and analysed over a 3 year period. The isolates were characterized using antimicrobial susceptibility testing, phage typing, PCR and DNA sequencing for class 1 integrons. RESULTS: A high frequency of resistance to antimicrobial agents including tetracycline (85%), ampicillin (47%), co-amoxiclav (23%) and chloramphenicol (21%) was detected. Two multidrug resistance patterns were common in Typhimurium (including variant Copenhagen): isolates with co-amoxiclav, ampicillin, chloramphenicol, streptomycin, sulfamethoxazole and tetracycline (R-type AxACSSuT) [36%] and isolates with ampicillin, kanamycin, streptomycin, sulfamethoxazole and tetracycline (R-type AKSSuT) [45%] resistance patterns. Definitive Type 104 (DT104) was the most common (34%) among eight phage types identified. AKSSuT was found among non-DT104 phage types, particularly DT21 and DT193. Class 1 integrons were detected among various serotypes including Typhimurium, Derby, Muenchen, Worthington, Bere and Muenster. aadA was the most common resistance gene insert, and the oxa30 beta-lactamase resistance gene was also identified among serovar Muenchen. CONCLUSIONS: In this study, two most important multidrug resistance patterns (AxACSSuT and AKSSuT) and phage types of public health significance (DT104 and DT193) constituted two-thirds of the serotype Typhimurium isolates. The findings imply that pigs raised in the commercial production system may pose a risk in serving as reservoirs of resistant Salmonella.     

Characteristic diversity and antimicrobial resistance of Salmonella from gastroenteritis

Salmonella is a leading cause of foodborne disease worldwide and may cause to gastroenteritis. The aim of this study was to determine the prevalence, serotypes, virulence genes, molecular subtyping, and antibiotic resistance phenotype of Salmonella from gastroenteritis in Hubei, China. Of 500 patients stools samples collected from January 2015 to January 2016, 52 (10.40%) samples were contaminated by Salmonella. The results showed that most of the isolates were positive for eight virulence genes that appear on pathogenicity islands, prophages, plasmid, and fimbrial. A total of twelve serotypes were found. Antimicrobial susceptibility results indicated that most strains were resistant to ampicillin (57.69%), kanamycin (53.85%), and tetracycline (40.38%). There were 33 STs on MLST types, and were grouped into two clusters. Thus, our findings provided insights into the dissemination of antibiotic resistant strains, genetic diversity, and improved our knowledge of microbiological risk assessment in Salmonella from gastroenteritis.     

Nitrofurantoin resistance in isolates of Salmonella enteritidis phage type 4 from poultry and humans

All 38 isolates of Salmonella enteritidis phage type (PT) 4 from chickens and 86 of 89 isolates from human patients were resistant to nitrofurantoin. Resistance to other agents was rare. Thirteen of 16 isolates of S. enteritidis other than PT4 were nitrofurantoin-resistant, and resistance to other agents was slightly more common than with isolates of PT4. Only one third of 83 isolates of other salmonella serotypes were nitrofurantoin-resistant, but resistance to other agents was more common and some isolates were multiply resistant. There was generally cross-resistance between nitrofurantoin and furazolidone although there were discrepancies with isolates that had MICs close to the breakpoint. It may be that use of nitrofurans in the poultry industry has selected for colonization and infection with S. enteritidis PT4. This could explain the prevalence of the organism in poultry and in human enteric infection in the United Kingdom.