中国肠炎沙门菌脉冲场凝胶电泳分子分型数据库的分析

目的 了解近几年我国肠炎沙门菌临床分离株的流行病学及脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型特点,为以实验室为基础的食源性疾病暴发的发现及疫情控制提供依据。 方法 根据PulseNet公布的沙门菌PFGE分型方案,对2004-2012年分离自我国13个省(直辖市)的981株肠炎沙门菌进行流行病学及PFGE分子分型分析。 结果 981株肠炎沙门菌经XbaⅠ酶切,PFGE获得126种带型,其分辨能力(D值)为0.8336。优势带型为JEGX01.CN0003、JEGX01.CN0001、JEGX01.CN0002、JEGX01.CN0005和JEGX01.CN0016。暴发相关带型是JEGX01.CN0003、JEGX01.CN0001和JEGX01.CN0150。肠炎沙门菌优势带型PFGE的共有条带分别为(0.8%)655、325、310、245、178和110 kbp。 结论 我国肠炎沙门菌临床分离株存在PFGE优势型别,PFGE对于肠炎沙门菌XbaⅠ单酶切分型能力有限,用于暴发确认或发现时需多种酶切联合使用,提高分辨能力。     

中国六省伤寒沙门菌的脉冲场凝胶电泳分析及数据库的建立

目的对中国六省分离的伤寒沙门菌进行脉冲场凝胶电泳（PFGE）分析,初步建立中国伤寒沙门菌的数据库。方法采用PFGE技术,对中国1979-2005年六省分离的伤寒沙门菌用XbaⅠ酶切,用BioNumerics软件对PFGE图谱进行分析,并且建立中国分子分型数据库。结果收集的417株菌株共有288种不同的PFGE带型,相似性系数在55.2%～100%之间,不同的省份和年份之间有交叉带型。结论中国伤寒沙门菌的菌株变异较大,不同的省份可能存在不同克隆系的伤寒沙门菌菌株的流行。 通过建立中国伤寒沙门菌PFGE带型数据库,对中国以后伤寒沙门菌的监测具有重要的意义。     

2014—2018年仙桃市伤寒沙门菌分子分型及耐药性分析

目的了解仙桃市伤寒沙门菌的耐药性及分子分型特征。方法收集2014—2018年分离的29株伤寒沙门菌开展药敏试验、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型及多位点序列分型(MLST)分析。结果药敏结果显示,29株伤寒沙门菌中27株菌对26种临床常见抗菌药物均为敏感/中度敏感,余2株菌有不同程度的耐药性,其中1株菌株耐药谱分布较广,对β-内酰胺/β-内酰胺抑制剂复合物类药物耐药。PFGE结果显示,29株伤寒沙门菌可分为6种PFGE型别,其中流行优势型为HuBXTSal003型别。MLST分型显示,29株菌株共有2种序列型,其中ST2为优势ST型。结论仙桃市伤寒沙门菌株存在优势PFGE带型及优势ST型,有多重耐药菌株出现。     

89株山夫登堡沙门菌脉冲场凝胶电泳分子分型及耐药性分析研究

目的 分析2005-2011年杭州市下城区89株山夫登堡沙门菌的脉冲场凝胶电泳(pulse-field gel electrophoresis,PFGE)分子型别和耐药性,建立杭州市沙门菌指纹图谱数据库。 方法 89株山夫登堡沙门菌用XbaⅠ酶切、PFGE获得电泳图谱,使用BioNumerisc统计软件聚类分析比较同源性。采用K-B法测定菌株对抗生素敏感性。 结果 以相似度85%为判定标准,89株山夫登堡沙门菌可分为10个PFGE带型,其中68株集中在一个PFGE基因型内。不同年份基因型无明显规律性。89株山夫登堡沙门菌对所选11种抗生素敏感性85.19%。 结论 杭州市下城区2005-2011年分离的89株山夫登堡沙门菌有明显的克隆株优势带型存在,对抗生素敏感性较高。     

2016-2019年北京市海淀区沙门菌血清分布、分子分型及耐药性分析

  目的  分析北京市海淀区沙门菌血清分布、脉冲场凝胶电泳（PFGE）分型和耐药情况,并找出其相关性,从而掌握海淀区沙门菌的流行特征和耐药现状。  方法  对2016 — 2019年北京市海淀区检出的76株沙门菌进行血清分型、PFGE分型和药敏试验。  结果  肠炎沙门菌菌株占比最高,为59.2%（45/76）;76株沙门菌经PFGE聚类分析得到35种带型,各带型之间相似度为48.7%～100.0%,其中,51株沙门菌聚集形成4个簇（带型相似度≥85%）;76株沙门菌药物敏感率最高的为亚胺培南100.0%（76/76）,中介率最高的为左氧氟沙星80.3%（61/76）,耐药率最高的为萘啶酸68.4%（52/76）;总体多重耐药率为52.6%（40/76）,呈现出27种多重耐药谱。  结论  2016 — 2019年北京市海淀区沙门菌血清型和PFGE带型一致性很高,同一血清型菌株PFGE带型相同或相似度很高。 相同血清型沙门菌,PFGE带型相同或成簇的菌株间耐药谱有很强的关联性。     

脉冲场凝胶电泳和多位点串联重复序列分析 应用于中国鼠伤寒沙门菌分型能力的评价

目的 比较脉冲场凝胶电泳(PFGE)和两种国际多位点串联重复序列分析(MLVA)分型方法用于我国鼠伤寒沙门菌分子分型的能力,并初步确定适用于我国鼠伤寒沙门菌MLVA分型中的VNTR位点。 方法 根据国际PulseNet公布的沙门菌PFGE分型方案、MLVA分型方案(包含7个VNTR位点,简称MLVA_PN)及欧洲食源性疾病监测网公布的鼠伤寒沙门菌MLVA分型方案(包含5个VNTR位点, 简称MLVA_EU),对来自我国5个省(直辖市)的175株鼠伤寒沙门菌进行分子分型分析,并结合流行病学资料,评价这三种分型方法对我国分离的鼠伤寒沙门菌的分型能力。 结果 175株鼠伤寒沙门菌经XbaⅠ酶切,PFGE后,获得56种带型,其分辨能力(D值)为0.8823。对其中的主优势带型JPXX01.CN0001菌株55株进一步用第二种内切酶BlnⅠ酶切后,获得6种带型。用MLVA_EU分型,获得96种型别,D值为0.9758。应用MLVA_PN分析,获得98种型别, D值为0.9763。 两种MLVA分型方法对菌株的分辨能力几乎相同,且分型结果具有较高的一致性。对流行病学调查显示为鼠伤寒沙门菌暴发患者和食物来源的菌株进行PFGE双酶切及MLVA分型,三种分型方法获得一致性结果,均显示这些菌株具有明显的聚集性。 结论 两种MLVA分型方法的分辨能力均高于PFGE,在确认鼠伤寒沙门菌引起的暴发事件时,采用需时较短,操作更方便的5个VNTR位点的MLVA分型方法可满足菌株聚集性分析。     

2010-2013年广东省深圳市南山区腹泻患者沙门菌血清学和脉冲场凝胶电泳分析

目的 分析广东省深圳市南山区2010-2013年哨点医院腹泻患者分离的沙门菌血清型分布和脉冲场凝胶电泳(PFGE)带型. 方法 对1868份腹泻患者的粪便标本进行沙门菌分离、鉴定、血清学分型和脉冲场凝胶电泳. 结果 共分离到92株沙门菌,总分离率为4.93%.4～10岁年龄组腹泻病例的沙门菌分离率最高,达23.21%,1～3岁组次之,达8.26%,1岁组和11岁各年龄组分离率差异无统计学意义,介于1.45%～5.41%.性别和分离年份差异无统计学意义.92株沙门菌分布于19种血清型,鼠伤寒沙门菌最多,占38.04%,肠炎沙门菌次之,占31.52%,第3位是斯坦利沙门菌,占7.61%.61株沙门菌可以分为41种PFGE带型,每种带型最多有7株菌.鼠伤寒门菌产生17个PFGE带型,主要带型为 T1型,肠炎沙门菌的带型为E1型.发现2起家庭聚集性的沙门菌感染,1起为罗森沙门菌感染导致的1对双胞胎幼儿发病,另1起为1对夫妇和1位老人在家庭聚餐后感染肠炎沙门菌. 结论 4～10岁年龄组腹泻病例沙门菌分离率最高,需高度重视该年龄组的卫生习惯和卫生状况;本地区腹泻患者沙门菌血清型以鼠伤寒沙门菌、肠炎沙门菌为主;PFGE分型及时能对传染病的预防和控制起到重要作用.     

应用脉冲场凝胶电泳分型技术对江西省伤寒菌株的分析

目的 分析江西省1986年以来伤寒爆发疫情菌株的分子分型特征.方法 对所收集的伤寒沙门菌株利用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术进行菌株的分子分型.结果 40株伤寒菌株分离自1986、1987、2000和2003年的伤寒患者和带菌者,利用PFGE可分为16个型.不同年份、不同地点爆发的伤寒菌株带型不同,同一年份同一地点爆发的伤寒菌株带型也有差异.结论 基于PFGE的分子分型能很好地应用于菌株特征的分析,伤寒杆菌在不同年份变异较大.常规的疫苗是否能应对不同PFGE型菌株的流行值得关注.     

2017年四川省内江市鼠伤寒沙门菌监测与分子分型研究

目的 了解四川省内江市食源性鼠伤寒沙门菌分子分型结果与流行情况,为该菌的防控提供参考依据。方法 收集内江市所有哨点医院食源性疾病病例资料,并采集粪便标本进行沙门菌分离培养,使用脉冲场凝胶电泳（PFGE）进行分子分型,使用Bionumerics 6.6软件进行电泳图谱分析。结果 2017年共分离到48株鼠伤寒沙门菌,主要分离自儿童。5-10月是发病高峰,病例占全年的89.6%（43/48）,7月发病最多（17/48）。PFGE分型结果获得39种带型,每种带型包含菌株1~5株不等,相似度区间（65%~100%）,有5组相似度100%的菌株,但病例之间无密切接触史,其中1组均有皮蛋暴露史。结论 内江市鼠伤寒沙门菌在儿童中流行较广,夏秋季节感染患者多,皮蛋可能是潜在的感染来源。分子分型结果提示菌株之间有一定的关联性,少数菌株具有引起暴发的潜力,应加强该菌的监测和防控。     

鼠伤寒沙门菌分子分型及耐药性特点

目的了解广州市鼠伤寒沙门菌的分子分型以及耐药性特点。方法利用脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型技术对鼠伤寒沙门菌进行分子分型,采用纸片扩散(K-B)法进行药敏试验,且采用WHONET 5.6软件对药敏结果进行耐药分析。结果 PFGE结果聚类分析将44株鼠伤寒沙门菌分为15型,其中PFGE9型、PFGE8型、PFGE3型为广州市的优势菌型,菌株比例为54.5%(24/44)。耐药表型分型可将其分为21型,多重耐药菌占61.4%(27/44)。结论广州市鼠伤寒沙门菌分子分型呈多样性,分离株的多重耐药较为严重。     

北京地区2010-2015年宋内志贺菌脉冲场凝胶电泳分型及耐药特征分析

目的 分析北京市2010-2015年分离的259株宋内志贺菌脉冲场凝胶电泳（pulsed field gel electrophoresis,PFGE）分型及耐药特征。方法 收集2010-2015年分离到的宋内志贺菌259株,经生化及血清型鉴定后,应用PFGE分型并用最小抑菌浓度法（minimal inhibition concentration,MIC）进行12种药物的耐药检测。结果 259株宋内志贺菌经PFGE图谱聚类分析后,发现宋内志贺菌有A、B两个优势簇,2010-2015年A簇菌株所占构成比逐年增高;耐药结果显示257株为耐药菌株,其中245株为多耐药菌株,占所有耐药菌株的95.33%。对头孢曲松（CRO）的耐药性有明显升高。结论 北京地区近年宋内志贺菌有较高的同源性,A簇菌株已经成为目前北京地区宋内志贺菌的优势簇。对三代头孢类药物CRO等耐药性上升可能与临床上大量应用三代头孢药物以及A簇菌株增多有关,多耐药谱的情况也更加复杂,提示应合理使用抗生素。     

广东省惠州市集中空调系统冷却水及冷凝水中嗜肺军团菌脉冲场凝胶电泳分型分析

目的 分析广东省惠州市公共场所集中空调系统冷却水及冷凝水中分离的嗜肺军团菌的基因特征,初步建立惠州市嗜肺军团菌脉冲场凝胶电泳（PFGE）分型数据库。方法 采用PFGE技术,对2012-2016年惠州市公共场所集中空调系统冷却水及冷凝水中分离的35株嗜肺军团菌进行电泳分析获得指纹图谱,并用BioNumerics 6.6软件对其进行聚类分析。结果 35株嗜肺军团菌分为29种不同的PFGE带型,菌株间带型相似系数为21.70%~100.00%。每种带型包含1~3株菌,存在5组带型一样的菌株,不存在优势型别;相同PFGE型别的菌株均来源于同一场所;同一场所存在2种以上不同PFGE型别;部分场所的冷却水和冷凝水中分离的菌株存在相同PFGE型别;相同血清型别的菌株经PFGE分型后得到不同的图谱,各菌株间PFGE图谱差异较大。结论 惠州市公共场所集中空调冷却水及冷凝水中分离的嗜肺军团菌呈现基因多样性。     

Rapid diagnosis of typhoid fever by PCR assay using one pair of primers from flagellin gene of Salmonella typhi

Using the polymerase chain reaction (PCR) assay, we developed a rapid diagnosis method for Salmonella typhi infection in blood specimens from patients with typhoid fever. Primers were designed from the flagellin gene sequence, which would give an amplification product of 367 base pairs. In this study, the specificity of the assay, with no amplification, was seen for the other Salmonella strains with the flagellin gene, and not for non-Salmonella bacteria. For the sensitivity test, the protocol described allowed the detection of two to three copies of the Salmonella typhi genome, as determined by serial dilution of genomic DNA from Salmonella typhi. With the PCR technique, genomic DNA of Salmonella typhi was detected in 46 of 73 blood samples collected from patients with clinically suspected typhoid fever who had fever within 3 days of admission to the General Hospital, Makassar, South Sulawesi, Indonesia, and who had had no prior antibiotic treatment. The PCR results (63% positive cases) were compared with those of blood culture (13.7% positive cases) and the Widal test (35.6% positive cases), using the same samples from each of the 73 patients admitted to the General Hospital in Makassar. The time taken for PCR analysis of each sample was less than 12h, compared with 3 to 5 days for blood or clot culture. The PCR with one pair of primers can be used as a novel, rapid diagnotic method for typhoid fever, particularly when results of standard culture assays are negative.     

2007-2017年四川省宋内志贺菌分离株脉冲场凝胶电泳分型及耐药性分析

目的了解2007 — 2017年四川省腹泻病例样本宋内志贺菌分离株耐药状况及脉冲场凝胶电泳（PFGE）型别分布。方法将腹泻病例监测中经过生化和血清学鉴定的30株宋内志贺菌进行PFGE分型分析，采用微量肉汤稀释法测定菌株对14种药物的最低抑菌浓度。结果宋内志贺菌分离株仅对头孢西丁敏感，多重耐药菌株占总数的96.67%。 对环丙沙星、阿奇霉素的耐药率超过10%，对包括头孢噻肟在内的7种常见药物耐药率达到50%以上。 分离株可分为16个PFGE型，有2个优势簇占总分离数的80%，其他型别占20%。 在优势簇I中的SCSN-1和SCSN-3中各检测到一起疑似暴发事件。结论2007 — 2017年四川省腹泻病例宋内志贺菌分离株PFGE优势带型明显，且部分带型存在聚集。 菌株耐药情况严重，部分菌株对细菌性腹泻常用抗生素环丙沙星、阿奇霉素和三代头孢中的头孢噻肟耐受。     

Comparison of automated repetitive-sequence-based polymerase chain reaction and spa typing versus pulsed-field gel electrophoresis for molecular typing of methicillin-resistant Staphylococcus aureus

Automated repetitive polymerase chain reaction (PCR) (DiversiLab, bioMérieux, St. Laurent, Quebec, Canada) and single locus sequence typing of the Staphylococcus protein A (spa) gene with spa-type assignment by StaphType RIDOM software were compared to pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) as the "gold standard" method for methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) typing. Fifty-four MRSA isolates were typed by all methods: 10 of known PFGE CMRSA type and 44 clinical isolates. Correct assignment of CMRSA type or cluster occurred for 47 of 54 (87%) of the isolates when using a rep-PCR similarity index (SI) of ≥95%. Rep-PCR gave 7 discordant results [CMRSA1 (3), CMRSA2 (1), CMRSA4 (1), and CMRSA10 (2)], and some CMRSA clusters were not distinguished (CMRSA10/5/9, CMRSA 7/8, and CMRSA3/6). Several spa types occurred within a single PFGE or repetitive PCR types among the 19 different spa types found. spa type t037 was shared by CMRSA3 and CMRSA6 strains, and CMRSA9 and most CMRSA10 strains shared spa type t008. Time to results for PFGE, repetitive PCR, and spa typing was 3-4 days, 24 h, and 48 h, respectively. The annual costs of using spa or repetitive PCR were 2.4× and 1.9× higher, respectively, than PFGE but routine use of spa typing would lower annual labor costs by 0.10 full-time equivalents compared to PFGE. Repetitive PCR is a good method for rapid outbreak screening, but MRSA isolates that share the same repetitive PCR or PFGE patterns can be distinguished by spa typing.     

产气荚膜梭菌分子分型研究进展

产气荚膜梭菌是自然界常见的致病菌,广泛分布于人类和动物的胃肠道、食品和环境中,已被美国、欧盟部分国家及日本列为食源性疾病暴发的主要原因之一。 近年来产气荚膜梭菌感染在全球呈上升趋势。 目前该菌的分子流行病学方面研究较多,常用的分子分型方法包括脉冲场凝胶电泳、多位点序列分型、核心基因多位点序列分型、单核苷酸多态性分析、毒素分型等。 分子分型技术对研究产气荚膜梭菌的暴发溯源、流行情况、遗传演化规律与种群特征具有重要意义,同时分子分型方法的不断创新与改进能够提高产气荚膜梭菌感染检测与诊断的有效性、准确性。