2012-2019年北京市昌平区散发腹泻病例四种病毒监测结果分析

目的 对北京市昌平区2012-2019年散发腹泻病例4种病毒监测结果进行分析,了解其流行特征.方法 采集此期间辖区2家哨点医院肠道门诊散发腹泻病例便样本960份,提取核酸后用实时荧光RT-PCR方法检测A组轮状病毒、GⅠ/GⅡ组诺如病毒、星状病毒和肠道腺病毒,用描述性流行病学方法从时间、性别和年龄分布分析其流行特征.结...     

宁波市食源性腹泻患者中3种相关病毒的检测与分型

目的了解腹泻患者中食源性相关病毒感染情况与流行特征,为防控病毒性胃肠炎提供依据。方法采集2 129份食源性腹泻患者粪便标本,用实时荧光定量PCR法检测轮状病毒、诺如病毒和甲型肝炎病毒核酸;用NSP4和VP1基因对轮状病毒和诺如病毒流行株分别测序。结果检出轮状病毒核酸52份,阳性率为2.44%,以A组感染为主;检出诺如病毒核酸113份,阳性率为5.31%,以Ⅱ型为主。VP1基因将诺如病毒分为GⅠ.2、GⅡ.6和GⅡ.17 3个型;A组轮状病毒均带NSP4毒力基因。全年均可检出病毒,秋冬季是发病高峰;全人群均可检出,5岁~及其以下年龄组的阳性率高于18岁~年龄组,差异有统计学意义(P0.05)。结论检测发现A组轮状病毒和GⅡ.17型诺如病毒是本市病毒性胃肠炎主要流行病原。病原感染途径多样、带毒者多、人群普遍易感、全年均可检出,本市人群随时有暴发疫情的可能。应加强关注,强化检测,以减少疾病的流行。     

一起养老院急性胃肠炎疫情的病原学分析

目的明确一起养老院感染性腹泻疫情的病原体及其基因型别。方法通过流行病学调查,查明罹患率。对发病老人和部分工作人员进行肛拭子采样,采用细菌培养检测常规肠道致病菌,应用胶体金法检测轮状病毒,采用实时荧光定量RT-PCR进行诺如病毒核酸检测,应用常规RT-PCR扩增部分NoV阳性株衣壳蛋白的N/S区,PCR产物纯化回收、测序,利用Clustal X、MEGA4.1软件分析其基因序列。结果 21份病例及工作人员肛拭子样本,肠道致病菌和轮状病毒均为阴性,19份样本诺如病毒核酸阳性,毒株排除重组株的可能,测序样本均属GⅡ.4型诺如病毒,其与Hu/NSW696T/2006/AUS（EF684915）的同源性高达99%。结论经诺如病毒核酸序列分析,该疫情是一起由GⅡ.4-2006b型诺如病毒引起的急性胃肠炎暴发。     

2008年广州市婴幼儿诺如病毒感染流行特征及基因型研究

目的了解广州市5岁以下婴幼儿诺如病毒感染状况及对诺如病毒阳性株进行基因型分析。方法收集广州市2008年5家病毒性腹泻监测点医院的门诊临床诊断为病毒性腹泻的5岁以下患儿临床资料及粪便标本692份,采用ELISA方法检测轮状病毒、腺病毒、星状病毒和诺如病毒抗原,将诺如病毒抗原阳性的标本用RT-PCR方法进行诺如病毒核酸扩增,阳性产物回收、纯化并测序,结合GenBank中的相关序列进行型别流行特点分析。结果 692份标本中,ELISA方法检测4种病毒的阳性率分别为轮状病毒31.9%(221/692)、诺如病毒21.2%(147/692)、腺病毒6.1%(42/692)、星状病毒1.2%(8/692),混合感染占6.8%(47/692)。诺如病毒腹泻病例发病高峰在9—11月份,占51.7%(76/147),2岁以下病例数占91.8%(135/147)。临床症状以腹泻、呕吐、发热、腹痛为主。147份诺如病毒ELISA阳性标本中RT-PCR方法检测诺如病毒核酸阳性率为84.4%(124/147),经测序及与GenBank中的相关序列比对,证实124份均属诺如病毒GⅡ遗传组,其中1份是GⅡ2型,其余均为GⅡ4型,GⅡ4型中又有不同分支。结论诺如病毒是广州市5岁以下儿童病毒性腹泻的常见病原之一,仅次于轮状病毒,常见于2岁以下婴幼儿,流行优势株基因型为GⅡ4型。     

一起GI、GⅡ型诺如病毒混合感染疫情的病原鉴定及基因特征分析

目的 对2018年湖州一起赴泰国旅游团游客中发生的急性胃肠炎疫情进行诺如病毒核酸检测及基因分型。方法 采用real-time RT-PCR方法对送检的疫情标本进行GI和GⅡ型诺如病毒核酸检测。采用RT-PCR方法对阳性标本进行RdRp区和VP1区部分片段的扩增和测序。综合系统进化分析和重组分析结果判定病毒基因型别。结果 送检的8例病例的粪便标本均为诺如病毒核酸阳性。其中5份标本为GI、GⅡ诺如病毒核酸同时阳性,3份标本为GⅡ诺如病毒核酸阳性。8份阳性标本有5份测序成功。系统进化分析结果显示本次疫情检出的GⅡ型诺如病毒为GⅡ. P17-GⅡ. 17基因型,GI型诺如病毒为GI. P4-GI. 5重组株。结论 该起赴泰国旅游团游客中发生的急性胃肠炎疫情是由GⅡ. P17-GⅡ. 17和GI. P4-GI. 5基因型诺如病毒混合感染所致,推测感染来源来自泰国曼谷旅行期间。     

1起学校诺如病毒急性胃肠炎暴发的病原学检测

目的 对1起学校急性胃肠炎暴发疫情进行病原学检测分析。方法 对该学校暴发疫情的急性胃肠炎病例、厨房工作人员及病例对照采集肛拭子标本,提取核酸RNA,应用实时荧光RT-PCR试剂盒进行诺如病毒、札如病毒、轮状病毒、腺病毒、星状病毒检测,对阳性标本进行核衣壳编码区RT-PCR扩增、序列测定和系统进化分析。结果 21份患者肛拭样本中有16份GII型诺如病毒实时荧光RT-PCR阳性;所有标本的札如病毒、轮状病毒、腺病毒、星状病毒检测阴性。14份诺如病毒核酸阳性标本获得321bp目标片段序列,彼此间核苷酸相似性100%,提示同一来源;GenBank的BLAST结果显示,本次诺如病毒疫情毒株与GⅡ.2的参考株AY134748(Snowmoutain/1976/US)、X81879 (Melksham/1989)同源性最高,进化树上处于同一进化分支,属于GⅡ.2群。结论 该起学校急性胃肠炎暴发疫情是由诺如病毒GⅡ.2感染所致。     

单管多重荧光定量RT-PCR方法鉴别A组轮状病毒及诺如病毒GⅠ型和GⅡ型

目的建立能同时检测A组轮状病毒、诺如病毒GⅠ型和GⅡ型的多重荧光定量RT-PCR方法。方法分别选用轮状病毒NSP3基因、诺如病毒GⅠ型和GⅡ型orf1与orf2基因中的64 bp、90 bp和185 bp片段作为荧光定量PCR检测的靶标,设计引物和Taq Man探针,构建标准品,绘制标准曲线,评价检测方法的重复性、特异度和灵敏度,并对138份粪便标本进行检测及测序验证。结果 3种病毒对应的标准曲线分别为:轮状病毒:y=-3.9lgx+41.204;诺如病毒GⅠ型:y=-3.06lgx+40.716;诺如病毒GⅡ型:y=-3.29lgx+41.538,质粒标准曲线的方差系数为0.997,灵敏度达到每个反应102copy/μl,特异度强。138份样本中检出A组轮状病毒、诺如病毒GⅠ型和GⅡ型的检出率分别为32.6%、5.8%和26.1%,与基因测序比对结果相符。结论构建可用于A组轮状病毒及诺如病毒GⅠ型和GⅡ型的多重荧光定量RT-PCR方法快速、特异且灵敏,可用于临床病原诊断和流行病学调查。     

哈尔滨市2010年病毒性腹泻病原调查

目的了解哈尔滨市病毒性腹泻的病原组成及其流行情况,为疾病防控提供依据。方法 2010年6-10月在哈尔滨市儿童医院和哈尔滨市第六医院采集疑似病毒性腹泻患者粪便样本44份,使用轮状病毒、腺病毒、星状病毒、诺如病毒和札如病毒特异性引物,采用PCR、套式PCR或一步RT-PCR方法进行病毒核酸检测,进而分析病原构成。结果共检测样本44份,其中A组轮状病毒G9型2份,腺病毒1份,星状病毒2份,诺如病毒GⅠ型1份,诺如病毒GⅡ型1份,札如病毒1份,病原检测阳性率为18.18%,没有混合感染。结论 PCR方法用于腹泻病毒检测特异、快速、敏感、易于分型,在44份病毒性腹泻患者样本中共检测到5种腹泻病毒。提示哈尔滨市病毒性腹泻病原复杂。     

一起诺如病毒所致急性胃肠炎的病原学调查

目的确定天津市一起水源性急性胃肠炎暴发的致病原。方法采集病例粪便标本,饮用深井水标本,采用荧光定量(Real-time PCR)检测病毒核酸,包括轮状病毒、杯状病毒、星状病毒和肠道腺病毒,阳性标本进行逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增及测序分析。对粪便标本进行常见肠道致病菌的检测。结果采集粪便标本33份,检出诺如病毒GⅠ型阳性5份(15.2%),诺如病毒GⅡ型阳性12份(36.4%),诺如病毒GⅠ型、GⅡ型均阳性3份(9.1%)。经测序分析1株GⅠ型为GⅠ/14基因型;4株GⅡ型中,2株为GⅡ/8型,1株为GⅡ/6型,1株为GⅡ/2基因型。轮状病毒(A,B,C组)、札如病毒、星状病毒、肠道腺病毒和肠道致病菌检测均为阴性。3份饮水标本中轮状病毒(A,B,C组)、诺如病毒(GⅠ型,GⅡ型)、札如病毒、星状病毒、肠道腺病毒检测均为阴性,常见肠道致病菌检测结果均为阴性。结论本次水源性急性胃肠炎暴发系由诺如病毒GⅠ型/Ⅱ型混合感染引起。     

北京市丰台区首起GⅡ.8诺如病毒暴发疫情的实验室鉴定及基因特征分析

目的对北京市丰台区某小学2014年5-6月间首起GⅡ.8诺如病毒感染性肠胃炎暴发疫情进行病原体鉴定及基因分型,为防控提供科学依据。方法采用实时荧光定量PCR法对12份病例标本进行诺如病毒核酸检测,阳性标本经RT-PCR扩增RNA多聚酶区部分序列,使用Bio Edit及Mega5.2.2软件对扩增序列进行同源性及进化分析。结果20件疫情标本检出12件诺如病毒核酸阳性,阳性率60.00%,序列分析表明为GⅡ.8型。结论此次诺如病毒感染性腹泻暴发疫情可能是由于学生间接触传播导致,是丰台区首次发现由GⅡ.8型诺如病毒引起的急性胃肠炎暴发疫情,需要加强监测。     

北京地区诺如病毒分子生物学特点初步研究

目的了解北京地区诺如病毒的分子生物学特点。方法收集北京市2007年1—3月非细菌性胃肠炎暴发和散发病例，采集患者粪便标本，使用逆转录聚合酶链反应（RT—PCR）对粪便标本进行诺如病毒RNA检测，对RT—PCR阳性标本的PCR产物进行克隆测序。结果检测38例粪便标本，共有27例阳性。随机选择其中4例PCR产物进行克隆测序，获得4株诺如病毒序列进行比对分析，结果显示，该4株病毒序列与诺如病毒GⅡ／4型参考株同源性最高，其中与荷兰和日本提交的诺如病毒GⅡ／4型变异株最为接近，同源性分别为97．8％～98．5％和95．2％～95．9％。系统发生树分析表明，该4株诺如病毒与荷兰、日本流行的GⅡ／4型变异株处于同一分支上。结论北京地区存在诺如病毒GⅡ／4型变异株流行，其与2006年荷兰和日本的诺如病毒流行株属同一类GⅡ／4型变异株。     

Changing pattern of prevalence and genetic diversity of rotavirus,norovirus, astrovirus,and bocavirus associated with childhood diarrhea in Asian Russia, 2009–2012

This hospital-based surveillance study was carried out in Novosibirsk, Asian Russia from September 2009 to December 2012. Stool samples from 5486 children with diarrhea and from 339 healthy controls were screened for rotavirus, norovirus, astrovirus, and bocavirus by RT-PCR. At least one enteric virus was found in 2075 (37.8%) cases with diarrhea and 8 (2.4%) controls. In the diarrhea cases, rotavirus was the most commonly detected virus (24.9%), followed by norovirus (13.4%), astrovirus (2.8%) and bocavirus (1.1%). Mixed viral infections were identified in 4.3% cases. The prevalence of enteric viruses varied every season. Rotavirus infection was distributed in a typical seasonal pattern with a significant annual increase from November to May, while infections caused by other viruses showed no apparent seasonality. The most common rotavirus was G4P[8] (56%), followed by G1P[8] (20.1%), G3P[8] (5.5%), G9P[8], G2P[4] (each 1.3%), six unusual (1.2%), and five mixed strains (0.5%). Norovirus GII.3 (66.5%) was predominant, followed by GII.4 (27.3%), GII.6 (3.7%), GII.1 (1.6%), and four rare genotypes (totally, 0.9%). Re-infection with noroviruses of different genotypes was observed in four children. The classic human astrovirus belonged to HAstV-1 (82%), HAstV-5 (8%), HAstV-4 (4.7%), HAstV-3 (4%) and HAstV-2 (1.3%). Consecutive episodes of HAstV-1 and HAstV-4 infections were detected in one child with an 8-month interval. Bocavirus strains were genotyped as HBoV2 (56.5%), HBoV1 (38.7%), HBoV4 (3.2%) and HBoV3 (1.6%). In the controls, norovirus strains belonged to GII.4 (n = 4), GII.1, GII.3, and GII.6, and HBoV2 strain were detected. Most of the detected virus isolates were characterized by a partial sequencing of the genomes. The genotype distribution of most common enteric viruses found in the Asian part of Russia did not differ considerably from their distribution in European Russia in 2009–2012.     

2016 - 2018无锡市腹泻病疫情中诺如病毒的分子流行病学特征

目的 鉴定无锡市2016年3月 - 2018年3月急性腹泻病突发疫情中诺如病毒的感染流行情况,并对病原体进行分子特征研究。方法 对疫情上送的暴发急性病例标本,采用荧光PCR初步判定病原体,常规RT - PCR检测诺如病毒RNA聚合酶和衣壳蛋白基因片段,并进行序列测定和分子特征分析。结果 在30起暴发疫情中共有162份标本经荧光PCR检测均为诺如病毒核酸阳性,其中154份标本RT - PCR检测判为GII型诺如病毒,120份标本成功测序。测序结果显示,2016 - 2018年突发疫情中有5种基因型,分别是GII.P16 - GII.2、GII.P17 - GII.17、GII.4_Sydney2012、GII.4_NewOrleans和GI.6,2017年之前以GII.17病毒株流行为主,2017之后新的GII.P16 - GII.2重组株成为无锡市病毒性腹泻疫情中的绝对优势株。结论 诺如病毒是无锡市腹泻病疫情的最常见病原体,其最新的优势流行株是GII.P16 - GII.2重组株,和全国趋势一致。     

2017—2018年成都地区诺如病毒聚集性疫情病原基因型分析

目的 分析2017—2018年成都地区诺如病毒聚集性疫情中病毒基因型构成情况,为疾病防控工作提供依据。方法 选取2017—2018年诺如病毒聚集性疫情标本,对病毒基因RdRp及VP1区片段测序,构建进化树并进行同源性分析。结果 测序结果显示,68份肛拭子标本中 16.2%(11/68)为GⅠ群(包括GⅠ.2、GⅠ.3和GⅠ.5型),83.8%(57/68)为GⅡ群(包括GⅡ.P16-GⅡ.2、GⅡ.P17-GⅡ.17、GⅡ.P8-GⅡ.8、GⅡ.P12-GⅡ.3、GⅡ.P7-GⅡ.6和GⅡ.P15-GⅡ.15型)。2017年以GⅡ.P16-GⅡ.2型为主;2018年GⅠ群及GⅡ.P17-GⅡ.17型均显著增加,同时检出其他4种基因型。各基因型病毒变异不明显,核苷酸同源性为93.4%~100%。结论 2018年成都地区诺如病毒流行株基因型构成较2017年复杂,可能与聚集性疫情增长有关。应持续监测诺如病毒基因型流行情况,及时掌握病毒变异动态,以期提高疾病防控的预警能力。     

广东省2012年病毒性腹泻病原学特征分析

目的系统掌握广东省病毒性腹泻的病原学特征及变化趋势,为病毒性腹泻防治工作提供参考依据。方法在广东省选择广州、深圳、肇庆等11个地级市23家哨点医院,每家哨点医院每周至少收集≤5岁和〉5岁门诊就诊腹泻病例粪便样本各3份进行轮状病毒和诺如病毒检测。结果2012年广东省11个哨点监测市23家哨点医院共采集门诊腹泻病例粪便样本4644份,轮状病毒和诺如病毒阳性检出率分别为13．94％（645／4627）和22．14％（1028／4644）。轮状病毒≤5岁年龄组阳性率为18．60％（445／2393）,〉5岁年龄组阳性率为8．95％（200／2234）,差异有统计学意义（P〈0．01）。诺如病毒≤5岁年龄组阳性率为21．88％（524／2395）,〉5岁年龄组阳性率为22．41％（504／2249）,差别无统计学意义（P〉0．05）。轮状病毒阳性检出率最高的月份是1月,为41．50％（105／253）;诺如病毒阳性检出率最高的月份是10月,为40．15％（218／543）。从1028份诺如病毒阳性样本中随机抽取226份进行序列测定,结果显示诺如病毒基因型GII型203份、GI型23份。203份GIL型中,GIL4型172份（其中GIL 4Sydney2012变异株87份、GIL 42006b变异株78份、GIL42010变异株4份、未分型3份）。结论2012年广东省病毒性腹泻的优势病毒是诺如病毒,而诺如病毒占优势与出现新的诺如病毒GIL4Sydney2012变异株有关。     

厦门地区婴幼儿腹泻诺如病毒分子流行病学研究

目的:了解厦门地区婴幼儿腹泻诺如病毒(NV)分子流行病学特征。方法:收集2010年5月～2011年4月全年轮状病毒抗原阴性的急性非细菌性腹泻标本,用实时荧光RT-PCR法扩增NV ORF1-ORF2结合区,测序扩增片段后进行比对、分型及构建系统进化树。结果:全年共获得366份标本,共检测出81份为NV阳性标本,其中GI组5例,GII组76例;NV在厦门地区全年可见散发,但在每年7和11月有明显的流行高峰,且腹泻感染患儿主要集中在3岁以下;已分型的NV基因组(55例)以GII-4/2006b占绝对优势,其构成比达60.00%(33/55),其余为GII-3占25.45%(14/55),GII-6占5.45%(3/55),GII-2占3.64%(2/55),此外GII-12、GI-4、GI-5各占1.81%(1/55)。结论:厦门地区NV夏秋季发病率较高,GII-4/2006b变异株为优势株,且感染的NV可能存在病毒重组。     

2012-2014年湖南省感染性腹泻哨点医院儿童诺如病毒感染及基因型别分析

目的 了解湖南省感染性腹泻哨点医院儿童诺如病毒的感染状况及基因型别。 方法 2012年1月-2014年12月采集湖南省哨点医院腹泻患儿的粪便标本,应用诺如病毒特异性引物进行扩增,选择扩增阳性产物进行基因测序和进化分析。 结果 936份粪便标本RT-PCR检测诺如病毒核酸,阳性100份,阳性率10.68%。对40份诺如病毒核酸阳性标本进行基因序列测定与分析,38份为GⅡ型,其中31份为GⅡ.4型。在31株GⅡ.4型中,Sydney 2012和GII.4 Den Haag 2006b各栓出14株。 结论 2012-2014年湖南省哨点医院儿童腹泻病例中诺如病毒的感染率较高,GⅡ.4是优势株,其中GⅡ.4 sydney 2012和Den Haag 2006b是主要型别。     

北京地区婴幼儿急性腹泻病例5种腹泻相关病毒感染状况

目的了解北京地区婴幼儿急性腹泻病例5种腹泻相关病毒的感染状况。方法采集北京地区哨点医院2016年1~12月<60月龄急性腹泻患儿便标本,用实时荧光PCR对A组轮状病毒、诺如病毒、肠道腺病毒、星状病毒进行检测;同时用巢式PCR检测人博卡病毒。结果共采集354份粪便标本,A组轮状病毒检出率13.84%,诺如病毒检出率10.45%,肠道腺病毒检出率4.52%,星状病毒检出率3.95%,人博卡病毒检出率7.34%。混合感染18例,占5.08%。轮状病毒发病高峰为冬季,诺如病毒的发病高峰为春季,其他病毒感染无明显季节特征。2岁以内患儿5种病毒的检出率分别为81.63%、78.38%、81.25%、71.43%、84.62%。结论北京地区急性腹泻患儿5种腹泻相关病毒检出率从高到低依次为:A组轮状病毒、诺如病毒、人博卡病毒、肠道腺病毒、星状病毒;2岁以内患儿是病毒性腹泻的高发人群。