中国人类免疫缺陷病毒-1 vpr基因多态性及其临床意义

目的 分析来自中国不同地区HIV-1感染者的vpr基因序列变异位点及与国外以往研究的异同,为进一步研究HIV-1 vpr基因变异的意义及其与感染者临床病情的关系奠定基础.方法 RT-PCR及套式PCR法对398例HIV-1感染者行HIV-1 vpr基凶扩增,并进行氨基酸序列分析,了解HIV vpr基冈的多念性、离散率和常见变异位点.同时将发现常见变异位点感染者的相应病毒水平、淋巴细胞亚群及临床病程的进展进行对比分析.结果 对398份血标本行HIV-1 vpr基因扩增,分析后可用氨基酸序列为153份.HIV-1 Vpr氨基酸序列分型主要足CRF01_AE 51,63%,C亚型24.84%,B亚型17.65%,CRF03_AB 3.92%,CRF08_BC 1.31%.HIV Vpr序列中第77位氨基酸84.3%为谷氨酸,与以往国外报道的R77Q变异与AIDS长期病情无进展(LTNP)璃彳切卡廿关的观点有明显差异.HIV Vpr第、63、70、85、86、89、94位氨基酸的变异,有可能使感染者的临床进展趋缓.结论 我围HIV Vpr分型仍以M组为主,其中 CRF01_AE占优势.HIV-1 Vpr中氨基酸序列某些位点的变异可能与感染者临床表现相关.     

昆明市2006年注射吸毒者中HIV-1基因亚型分析

目的研究分析昆明市2006年注射吸毒者中艾滋病病毒-1型（HIV-1）的基因亚型流行情况,为更清楚地掌握昆明市HIV流行模式,制订抗病毒治疗方案和疫苗研发提供参考数据。方法采用“一对一”的问卷调查,收集基本人口学特征及HIV感染危险行为信息,采集血样,利用套式聚合酶链反应（Nested—PCR）对HIV前病毒的gag基因进行扩增,对扩增产物进行纯化、测序,通过构建系统进化树和在线比对来判定序列所属基因亚型。结果62名研究对象所感染HIV—lgag基因被成功扩增、测序、判定基因亚型。其中1人所感染的HIV-1为CRF01-AE重组型,其余均为CRF07BC重组型或CRF08-BC重组型。12名对象除注射海洛因外,还发生过商业性行为,感染CRF01-AE的对象就是发生过商业性行为的注射吸毒者。结论2006年发现的HIV-1阳性注射吸毒者中,CRF07-BC、CRF08-BC重组型毒株占据了绝对优势,同时存在CRF01-AE的流行。     

浙江省2003-2005年HIV-1感染者分子流行病学研究

目的掌握浙江省2003-2005年新发现感染者艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)毒株基因亚型分布和变异情况。方法对2003-2005年浙江省境内检测新发现的HIV-1感染者进行一般流行病学调查并采集血样,提取前病毒DNA,使用套式聚合酶链反应对gag基因区进行扩增并测定其序列。结果采集143份血样,112份扩增阳性,检出CRF01-AE亚型43例,CRF07-BC 37例,CRF08-BC 11例,B亚型20例,CRF02-AG 1例。CRF01-AE分布在11个市中的9个市,主要存在于异性性途径感染者中(53.5%),并已成为外省籍注射吸毒感染者的主要构成(44.8%)。CRF01-AE和CRF07-BC的亚型组内平均离散率在静脉吸毒感染者和性传播感染者中比较,差异有统计学意义。结论浙江省2003-2005年新检出感染者HIV-1毒株呈现多重组型别特征,CRF01-AE成为分布最广的类别,呈现扩大流行的趋势。HIV-1在性乱人群之间的传播要比在注射吸毒人群复杂,变异更大。     

桂北地区HIV-1感染者HIV-1病毒亚型分布观察

目的观察桂北地区HIV感染者HIV-1病毒亚型分布。方法采集桂北地区80例HIV-1感染者的静脉血,提取其中单个核细胞的DNA,用巢氏PCR扩增病毒膜蛋白env基因的C2-V3区,对PCR纯化产物进行测序,并应用GCG软件等对序列进行分析。结果通过PCR扩增得到env基因序列55份,分属4个亚型,分别为B型1份,CRF07-BC型19份,CRF08-BC型23份,CRF01-AE型8份,C型4份。感染途径为静脉吸毒者16例,性34例,非法献血2例,不详3例。16例吸毒感染者中CRF08-BC型12例,CRF07-BC型4例。34例性行为感染者中CRF07-BC型19例,CRF08-BC型11例,CRF01-AE型4例。结论桂北地区HIV感染者存在HIV-1亚型多样。静脉吸毒感染者以CRF08-BC型为主。性行为感染者以CRF07-BC型和CRF08-BC型为主。     

出入境人群HIVenv基因部分序列特征和亚型研究

目的 对出入境人员中的艾滋病病毒(HIV)感染者进行病毒基因型测定，监测国内外流行的HIV毒株的状况及其变化。方法 用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)或直接套式PCR方法扩增HIVenv基因C2-V3区及其邻近的基因片段，然后直接进行核苷酸序列测定，与国际标准亚型序列比较，确定基因型并进行系统分析。结果 2003年确认的19例HIV阳性样品中，15例扩增出目的基因片段并进行了序列测定，确定为B亚型4例，B’亚型2例，D亚型2例，CRF01-AE重组亚型1例，CRF02-AG重组亚型6例。这些不同亚型的HIV-1感染者来自包括中国在内的6个国家。HIV-1基因型的分布与我国国内有很大不同。结论 出入境人群中HIV-1基因型种类多且复杂，监测出入境人群HIV基因型及其变化对于发现和鉴定新型变异毒株十分重要。     

重庆市HIV-1流行毒株的基因序列测定和亚型分析

目的对重庆市流行的艾滋病（AIDS）病毒1型（HIV-1）进行分子流行病学调查,为艾滋病预防控制策略的制定提供依据.方法用套式聚合酶链反应（nested-PCR）对31份重庆市HIV-1抗体阳性者外周血单个核细胞（PBMC）中前病毒DNA的膜蛋白基因的C2-V3区,及其邻区300个核苷酸序列进行测定和分析.结果31份标本中有21份扩增阳性并得到相应序列,扩增率为67.6%.经过基因离散率计算和系统树分析后证实：1份标本为CRF01-AE流行重组毒株,20份标本为HIV-1 BC重组毒株.结论目前重庆市HIV-1 BC重组病毒为优势流行株,为有效控制HIV流行,需要重点在吸毒人群中开展行为干预措施.     

福建省HIV-1流行毒株基因分型与流行特征分析

目的了解HIV-I流行株在福建省感染人群中的基因亚型分布及流行特征。方法随机抽取福建省2003-2005年发现的70例HIV感染者血样，提取前病毒DNA进行体外扩增，获得核心蛋白（gag）、包膜蛋白（env）及pol区基因的核酸片段，并对各基因区核苷酸序列进行测定和序列分析。结果选取46份流行病学资料以及不同基因区域序列资料完整的样本进入亚型分析，结果显示目标人群中存在B、C2种亚型以及CRF07-BC、CRF08-BC、CRF01-AE3种流行重组型，以及国内未见报道的B／F重组毒株、A1／D重组毒株等，其中以CRF01-AE重组毒株为主，占69．56％。基因亚型的流行特征分析显示，本省感染的HIV患者中以CRF01-AE重组型占多数，可能的新型重组型全部分布于境外感染者中；在性接触传播的感染者（71．74％）中呈现多种亚型分布的特征；随着时间变化福建省HIV感染者的亚型分布发生变化。结论福建省HIV-I亚型分布众多，各亚型在不同感染地分布不平衡，性乱人群中的亚型分布较为复杂，从总的亚型流行特征来看，HIV-1在我省有流行加快的趋势。     

广东口岸HIV流行毒株基因亚型分析

目的通过对广东口岸国际旅行人员中人类免疫缺陷病毒(HIV)感染者的亚型分析,监测出入境口岸HIV毒株的流行状况及其变化。方法从36例HIV-1抗体阳性样品中提取病毒RNA,逆转录后套式聚合酶链反应(Nested-PCR)扩增HIVgag基因核心蛋白p17/p24片断,对PCR产物直接进行核苷酸序列测定,所获序列与各亚型国际参考序列比对,确定基因型并进行系统进化树分析。结果36例样品gag区序列分析共发现8种HIV-1亚型和重组型,其中CRF BC重组型14例(38.9%)(CRF07 BC重组型13例,CRF08 BC重组型1例),CRF01AE重组型12例(33.3%),CRF02 AG重组型3例(8.3%),B亚型2例(5.6%),Al、C、G及J亚型各1例(2.8%),1例样品分型不明确。这些不同亚型的感染者来自包括中国在内的11个不同国家和地区。结论广东口岸国际旅行人员中HIV-1亚型和重组型种类复杂多样,通过监测国际旅行人员中HIV感染者基因型分布及其变异,发现和鉴定新型毒株,对于艾滋病的预防和控制十分重要。     

HIV-1早期感染婴儿病毒亚型及env区V3环氨基酸特征分析

目的分析中国I型艾滋病病毒（HIV-1）感染婴儿基因亚型的分布情况,以及env区V3环氨基酸序列特征。方法利用巢式聚合酶链反应（nPCR）扩增HIV-1前病毒脱氧核糖核酸（DNA）env区和pol区的基因序列,使用ChromasPro、MEGA 4.0、BioEdit软件进行HIV-1基因分型以及env区V3环氨基酸序列的特征分析。结果对65名HIV-1感染婴儿的100份干血斑样本（DBS）分别进行HIV-1 env区和pol区扩增,最终扩增成功的样本为63份和84份;其中45名感染婴儿的59份DBS两基因区均扩增成功。依据两基因区域均扩增成功的45名感染婴儿样本进行基因分型,结果为：CRF_BC亚型占73.3%（33/45,包括CRF_07-BC 21份,CRF_BC-08 11份）,CRF01-AE亚型占20.0%（9/45）,B′亚型占4.4%（2/45）,G亚型占2.2%（1/45）。对env区扩增成功的63份样本的V3环顶端四肽特征序列进行分析,结果显示存在5种类型,分别为GPGQ、GPGR、GPGS、GLGR和GQGR,以GPGQ为主。53份样本可能使用CCR5作为辅助受体,3份样本可能使用CXCR4作为辅助受体,7份样本不能做出预测。结论婴儿感染的HIV-1亚型呈现多样性分布;HIV-1V3环顶端氨基酸序列以GPGQ为主;大部分婴儿样本可能使用CCR5作为辅助受体。     

武汉市HIV-1相关基因序列分析及亚型分布

目的研究武汉市HIV感染人群中的HIV毒株的亚型分布特点和流行规律。方法采集武汉市60名已被确认为HIV-1感染者的抗凝全血样品,提取前病毒DNA,用巢式聚合酶链反应方法（nested-PCR）扩增病毒膜蛋白env基因的C2-V5区及gag基因的部分区段,对PCR纯化产物直接测序,并应用GCG软件对序列进行分析。结果通过PCR扩增得到60份样品的结果,其中env基因序列45份、gag基因序列52份。依据env和gag区基因序列,与HIV-1各个亚型国际参考株比较,通过系统进化分析,最后确定武汉市样品分属5个亚型,分别为HIV-1B亚型中的泰国B（B’）亚型32份,流行重组型CRF07-BC12份,流行重组型CRF01-AE9份,A亚型1份和C亚型6份。结论武汉市存在多种HIV-1亚型,应加强对HIV-1毒株亚型变异的监测,及时调整防治策略。     

深圳市HIV-1分子流行病学及不同亚型混合感染研究

目的 了解深圳市HIV分子流行病学及不同亚型混合感染情况.方法 对429例HIV-1感染者进行详细的流行病学调查,提取外周静脉抗凝血中的病毒核酸,RT-PCR巢式扩增病毒的包膜蛋白(env)和核心蛋白(gog)基因的核酸片段,结合HIV数据库和Mega软件分析测序结果,建立进化树,确定每个基因的亚型.结果 在400份合...     

深圳地区艾滋病患者HIV-1毒株膜蛋白V3环的氨基酸变异分析

目的了解深圳地区艾滋病患者体内不同HIV-1亚型膜蛋白V3环的氨基酸序列特征及变异特点.方法采用逆转录套式聚合酶链反应（RT-nested-PCR）对艾滋病患者血浆HIV RNA进行扩增,对扩增产物直接测序并进行序列对比、翻译和分析.结果深圳地区艾滋病患者感染HIV病毒分属B与CRF01-AE亚型,病毒V3顶端的四肽特征主要为：GPGQ 48%、GPGR 36%、其他形式16%;其中AE亚型GPGQ百分比为76.9%,B亚型GPGR百分比为75%;还发现DQDR、DQGQ等少见V3环顶端四肽组成形式.V3环发生与SI表型有关的氨基酸突变形式高达80%.结论深圳地区艾滋病患者感染病毒V3环顶端四肽主要为GPGQ与GPGR,V3环序列高度变异,出现一些少见的V3环顶端四肽组成形式值得进一步研究.     

Identification of two CRF11-cpx genomes and two preliminary representatives of a new circulating recombinant form (CRF13-cpx) of HIV type 1 in Cameroon

Recombination is an efficient mechanism of HIV-1 to generate genetic variability. Some of the recombinant forms of HIV-1 that have been described are of epidemic importance, and they are referred to as circulating recombinant forms (CRFs). In this study, we characterized four HIV-1 isolates from Cameroon that had previously been classified as subtype J in the protease gene and as subtype A in the env C2-V5 region. Analyses of the nearly complete genomes revealed that two of the samples (95CM-1816 and 96CM-4496) had the same recombinant structure as CRF11-cpx. The two remaining samples (96CM-1849 and 96CM-4164) constituted a new recombinant virus variant with genomic regions identified as subtypes A, G, J, and CRF01-AE. This mosaic virus structure was found in two individuals who had no direct epidemiological relationship, and may thus represent a new CRF. The fragments that were classified as subtype J in the new recombinant form were more related to subtype J regions of the CRF11-cpx sequences than to the reference strains of subtype J. The complex structures of CRF11-cpx and our new recombinant form, which are both the result of at least four recombination events, exemplify the coming difficulties in characterizing the internal relationships and origins of future recombinant HIV-1 strains. The new recombinant structure has been designated CRF13-cpx in the Los Alamos HIV Sequence Database.     

HIV Type 1 genetic diversity and naturally occurring polymorphisms in HIV type 1 Kenyan isolates: implications for integrase inhibitors

Little is known about the extent and predictors of polymorphisms potentially influencing susceptibility to HIV integrase inhibitors. HIV-1 genetic diversity and drug resistance are major challenges in patient management globally. To evaluate HIV genetic diversity and drug resistance-associated mutations within a Nairobi cohort, genetic analysis of the HIV-1 pol-integrase gene regions was performed on samples collected from 42 subjects and 113 Kenyan intergrase sequences deposited in the Los Alamos HIV database. From the partial pol-integrase sequences analyzed phylogenetically, it was shown that 26 (61.9%) were subtype A1, 9 (21.4%) were subtype D, 5 (11.9%) were subtype C, 1 (2.4%) was subtype A2 and 1 (2.4%) was subtype CRF. Integrase-associated mutations were found in 12 patients, and in all 113 sequences already deposited in GenBank. One sample from this study and five from previous Kenyan integrase sequences had mutations at T97A, which is associated with reduced susceptibility to raltegravir.     

天津市HIV/AIDS病人未治疗人群pol基因多态性及耐药性分析

目的了解天津市艾滋病病毒(HIV)感染者/艾滋病(AIDS)病人(简称HIV/AIDS病人)未治疗人群中,耐药基因的变异情况,比较不同基因亚型之间pol基因多态性耐药突变的分布差异。方法收集2010年天津市HIV/AIDS病人未治疗人群的血液样本,提取样本DNA,用巢式聚合酶链式反应扩增病毒pol基因,并进行亚型及耐药基因型分析。结果在79例样品中,扩增并得到有效pol基因序列的共有51例,共发现3种基因亚型。其中CRF01_AE为主要亚型,占49.02%(25/51);其次是B亚型,占41.18%(21/51)。检出耐药者8例,占15.69%(8/51),分别为低度和潜在低度耐药。耐药相关突变位点为K103R、V106I、V106IV、E138G、V179E和V179DINV。不同HIV-1基因亚型中,pol基因蛋白酶区和反转录酶区的基因突变差异较大。结论天津市HIV/AIDS病人未治疗人群中,存在一定程度的耐药问题,应加强对HIV-1耐药情况的监测,及时调整防治策略。     

Human immunodeficiency virus type 1 seroprevalence and antiretroviral drug resistance-associated mutations in miners in Gabon, central Africa

Miners in sub-Saharan African are known to have an extremely high prevalence of HIV-1 infection. We therefore evaluated the prevalence of HIV-1 infection among manganese miners in Gabon, central Africa and examined the diversity of HIV-1 strains by characterizing the polymorphism of the pol gene in order to observe drug resistance-associated mutations. In 857 samples tested, the HIV-1 prevalence was 2.9%. By pol sequence analysis, we showed that all the HIV-1 strains belonged to group M, with a majority of CRF02_AG (57%) followed by subtype A (9%) and CRF01_AE or subtype B (4%). The remaining HIV-1 strains demonstrated discordant genomic results and exhibited a mosaic pol genome (30%). Most of the mutations detected in pol coding regions corresponded to the subtype polymorphism, with no specific antiretroviral drug resistance. To avoid the rapid emergence of resistant viruses in this part of central Africa, continuous surveillance of the circulation of drug-resistant viruses must be maintained to guide treatment strategies.     

广州市男男性行为者HIV-1分子流行病学研究

目的了解广州市男男性行为人群（MSM）中,人类免疫缺陷病毒Ⅰ型（HIV-1）亚型流行状况和基因变异特征。方法从2006～2007年广州市发现的、全部19份经男男性传播感染的HIV-1阳性血清样本,应用套式聚合酶链式反应（Nested—PCR）分别扩增gag和fitly区基因,并测定、分析序列。结果被成功扩增的有17份样本,获得13份env基因序列和17份gag基因序列。经系统进化树分析,11份（64．71％）为CRF01_AE,2份（11．76％）为CRF07_BC,4份（23．53％）为B。各亚型组内基因离散率：在env区,CRF01_AE为（8．27±0．93）,CRF07_BC为（11．04±1．72）,B为（16．65±1．78）;在gag区,CRF01_AE为（5．36±0．68）,CRF07_BC为（4．29±1．14）,B为（11．75±1.35）。V3环顶端四肽分析显示：8份CRF01_AE和2份CRF07_BC V3环顶端四肽均为GPGQ;3份B亚型中2份为GPGR,1份为GWGR。根据V3环关键氨基酸推测辅助受体使用情况,结果显示：所有样本均被预测使用CCR5辅助受体。结论广州市MSM人群HIV-1感染者中,至少存在CRF01_AE、CRF07_BC 2种重组亚型和B亚型的流行,且大部分流行株可能为使用CCR5辅助受体的巨嗜细胞嗜性／NSI毒株。     

MSM人群中流行的HIV-1毒株

男男性行为人群(MSM)是艾滋病流行的高危人群,近年研究发现,该人群的艾滋病流行有明显上升趋势。艾滋病病毒(HIV)具有高度变异性,不同型或亚型的HIV毒株在全球的流行分布并不相同。中国的MSM人群流行的HIV毒株同样具有毒株类型多、不同地区流行的亚型略有不同、CRF01_AE毒株快速增加等特点。