TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR法检测SIV/SHIV病毒RNA拷贝数方法的建立

目的建立TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR方法,测定猴免疫缺陷病毒(SIV)及SHIV病毒的RNA拷贝数。方法利用TaqMan探针,建立实时荧光定量RT-PCR方法,通过对本室SIV/SHIV病毒RNA定量外标准品RS的定量分析,优化反应体系,检测TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR方法的灵敏度、特异性和重复性。结果该方法检测灵敏度可达4.60×101copies/μL,特异性及重复性良好,对同一样品进行16次重复检测,其循环阈值的平均标准偏差为0.066。结论TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR法特异性、敏感性高,稳定性好,可用于定量测定猴免疫缺陷病毒(SIV)及SHIV病毒RNA载量。     

SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR测定猴免疫缺陷病毒RNA拷贝数方法的建立

.学者论坛·在动物实验中解决临床难题···························，·······································································……顾玉东(3)基因〕:程     

风疹病毒RNA Taq Man实时荧光定量RT-PCR方法及参考标准的建立

目的建立风疹病毒RNA TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法,制备风疹病毒RT-PCR扩增子作为该方法的参考标准品。方法设计引物与探针,优化PCR条件,建立风疹病毒RNA实时荧光定量RT-PCR方法,并制备风疹病毒RT-PCR扩增子作为该方法的参考标准品。结果制备的风疹病毒特异性扩增子参考标准品为503 bp的片断,原液浓度为2.75×109copies/μl,纯度为92%;采用该特异性扩增子参考标准品建立的标准曲线相关系数r为-0.9993（r2=0.9986）,P〈0.001。结论本研究建立的风疹病毒特异性扩增子参考标准品稳定性好,纯度高;特异性扩增子参考标准品浓度的对数值与Ct值之间具有良好的线性关系,证实了本研究建立的风疹病毒RNATaqMan实时荧光定量RT-PCR方法定量的准确性。因而,建立的风疹病毒RNA实时荧光定量RT-PCR方法简便快捷、定量准确,可用于临床标本中风疹病毒RNA的定量检测。     

实时荧光定量TaqMan-PCR检测小鼠多瘤病毒方法的建立

目的 建立一种快速、特异、敏感的小鼠多瘤病毒 (murine polyomavirus, MPyV)荧光定量 TaqMan PCR检测方法, 用于MPyV核酸的检测。 方法 根据GenBank中小鼠多瘤病毒基因组序列设计了一对特异性引物及TaqMan探针, 扩增长度为69 bp的片段, 通过优化反应体系和反应条件, 对构建的重组质粒标准品进行检测, 并绘制标准曲线, 进行特异性、敏感性和重复性试验。最后用建立的方法对人工感染MPyV的肺脏、脾脏和粪便, 及86 份小鼠临床样本进行检测, 验证在临床应用中的效果。 结果 所建立的检测方法特异性强, 只能在小鼠多瘤病毒DNA中检出荧光信号, 检测灵敏度达到100拷贝, 批内和批间重复性好, 检测结果变异系数(CV)均小于1.13%, 人工感染MPyV小鼠的肺脏、脾脏和粪便均为阳性, 对86份临床样本进行检测, 有3份样本呈阳性(阳性率为3.5%)。 结论 建立的MPyV荧光定量TaqMan-PCR检测方法特异性强、敏感性高、重复性好, 适合用于MPyV临床诊断、日常监测和流行病学调查。     

猴免疫缺陷病毒(SIV)实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的建立快速、敏感、特异的猴免疫缺陷病毒(SIV)TaqMan探针实时荧光定量PCR检测方法,对SIV病毒核酸进行定量检测。方法 RT-PCR扩增SIVmac251保守gag基因序列796 bp片段,进行TA克隆,构建标准品质粒pMD-SIVgag。通过对SIV定量外标准品的定量分析,优化反应体系,检测TaqMan探针实时荧光定量PCR方法的灵敏度、特异性和重复性。结果所建立的SIV QPCR检测方法,质粒DNA模板在107～102拷贝之间表现较好线性和相关性,标准曲线所得斜率为-3.26,相关系数为0.999。检测灵敏度达到200拷贝,方法重复性测试,检测25份临床样品CV%均小于1%。结论建立的SIV QPCR检测方法特异性、敏感性高,稳定性好,可用于定量测定猴免疫缺陷病毒(SIV)核酸拷贝量。     

阿尼昂尼昂病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

目的 建立阿尼昂尼昂病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法.方法 针对阿尼昂尼昂病毒nsP1基因设计特异性引物和探针,以珠海国际旅行卫生保健中心之前构建的MS2病毒样颗粒为标准品,采用一步法建立实时荧光定量RT-PCR检测方法,并对该方法的检测下限、特异性、精密度、抗干扰能力、符合率进行评价.结果 建立的阿尼昂尼昂病毒实...     

Allglo探针与TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测猴免疫缺陷病毒的比较

目的比较Allglo 探针和TaqMan探针荧光定量RT-PCR检测SIV 的灵敏度下限和重复性。方法把SIV 标准品进行梯 度稀释成6 个浓度,每个浓度同时提取12 个标本进行批内差异分析,每个标本提取12 次进行批间差异分析之后进行逆转录 并用TaqMan探针和Allglo 探针进行定量PCR检测。批内差异分析者每个标本同时进行逆转录和上机检测,批间差异分析 者分12 次进行逆转录和检测,对这两种探针的PCR结果利用ABI7300 定量PCR仪所携带的软件和相关的统计学方法进行 分析。结果TaqMan 探针和Allglo 探针法检测SIV 标准品的灵敏度下限均为50 copies/mL。重复性结果显示：批内结果差 异分析显示Allglo 探针法最大变异系数为0.63%,最小变异系数为0.33%,TaqMan 探针法最大变异系数为1.33%,最小变异 系数为0.2%;批间结果差异分析显示Allglo 探针法最大变异系数为1.77%,最小变异系数为0.95%,TaqMan探针法最大变异 系数为1.86%,最小变异系数为1.03%。结论在荧光定量RT-PCR 法检测猴免疫缺陷病毒中,Allglo 探针法可能优于 TaqMan探针法。     

SYBR GreenⅠ实时荧光定量RT-PCR测定肠道病毒71型(EV71)RNA拷贝数方法的建立

目的建立SYBR GreenⅠ荧光染料实时定量RT-PCR方法,测定实验动物等来源的EV71病毒RNA。方法运用EV71VP1保守区引物,优化real time RT-PCR条件,运用NASBA方法扩增EV71病毒RNA,计算拷贝数,经10倍系列稀释做出标准曲线,作为EV71病毒RNA定量检测的外标准品。结果应用Qiagen公司QuantiTect SYBR Green RT-PCR Kit,该标准品可精确定量到100copies/μL,PCR扩增效率达到99.5%。结论 SYBRGreenⅠ荧光染料实时定量PCR法测定EV71病毒RNA拷贝数的方法敏感性高、稳定性好,可用于EV71病毒RNA载量的定量测定。     

多重荧光定量PCR测定登革热I~IV型方法的建立与初步评价

目的 探讨多重荧光定量PCR 测定登革热Ⅰ～Ⅳ型方法的建立与初步评价。方法 针对登革热Ⅰ～Ⅳ型使用自建的引物探针对反应条件及温度进行调整,且对阳性样本进行不同浓度的稀释,检测自建多重荧光定量PCR 在登革热Ⅰ～Ⅳ型测定中的重复性、灵敏性及特异性。结果 6 份登革热阳性样本通过自建的检测方法来进行检测,全部能够显示明显的S 曲线扩增,且与原有确证方法相比,不同型别的结果一致。其他10 份病毒阳性样本及阴性样本全部没有显示扩增曲线,提示自建的检测方法特异性良好。分别检测登革热Ⅰ～Ⅳ型,变异系数（CV%）值水平范围：0.51～5.51,提示重复性较好。使用自建的多重荧光定量PCR 对登革热不同型别进行检测的平均用时与ELISA 法相比无显著差异（t=1.561,P＞0.05）。通过自建的多重荧光定量PCR 测定通过仪器来完成核酸的自动提取,在仪器当中加样、上机之后不需要另外的操作,充分降低了发生污染的风险。结论 本次研究设计建立的登革热Ⅰ～Ⅳ型多重荧光定量PCR 检测方法,在重复性、灵敏性及特异性方面均较为理想;且相比ELISA 法在加样后无需另外手动操作,更加简易方便。     

柯萨奇病毒A组16型TaqMan一步法荧光定量RT-PCR快速检测方法的建立

目的建立一种快速、灵敏、特异和准确的一步法荧光定量RT-PCR方法用于检测柯萨奇病毒A组16型(Coxsackieviruses A16,CoxA16)。方法根据GenBank登录的CoxA16基因序列,应用生物学软件进行同源性序列比对后,选出CoxA16高度保守且特异的核苷酸区域polyprotein基因,设计特异性引物和TaqMan探针;构建重组质粒作为阳性标准品,建立检测CoxA16的TaqMan荧光定量RT-PCR方法,并对该方法的特异性、敏感性、重复性进行评价。结果成功建立了CoxA16的FQ-PCR检测方法和定量标准曲线,该方法最低检测限为101个拷贝/μL,与常规PCR相比,敏感性提高100倍。组内和组间重复性实验的变异系数小于2%。该检测方法特异性强,与肠道病毒71型、柯萨奇病毒B组5型、脊髓灰质炎病毒、肠道病毒75型、登革热病毒、霍乱弧菌O1、霍乱弧菌O139、大肠杆菌O157均不发生交叉反应。结论本实验建立的TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,可用于CoxA16感染的日常检测和实验室早期快速诊断。     

用RT-PCR方法检测登革病毒E基因核酸

目的：应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术建立检测登革2型病毒E基因的方法。方法：分别抽提登革2型病毒NGC株和从登革出血热病人血清中分离得到的2型登革热病毒(DV)核酸(RNA)，合成CD-NA第一链，经过RT-PCR得到cDNA产物，用HinfI限制性内切酶酶切鉴定。结果：通过RT-PCR检测登革2型病毒核酸。结论：登革2型病毒E基因核酸的RT-PCR检测方法的建立为快速诊断登革病毒感染提供了可靠的方法。     

实时荧光定量PCR鉴别检测单纯疱疹病毒方法的建立

目的:建立快捷、灵敏、特异的单纯疱疹病毒(HSV)的实时荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)检测及分型方法。方法:选择HSV1和HSV2的糖蛋白B基因设计一对通用引物和对应的探针组建2个FQ-PCR反应体系,应用克隆的质粒建立系列标准品制作标准曲线,进行重复性和敏感性试验,以其他种类的细菌、病毒、真菌进行特异性分析,并用于检测生殖器疱疹患者的HSV1和HSV2。结果:HSV1和HSV2两标准曲线的线性检测范围均为105到1011Copies/L,相关系数均大于0.99,其他种类的细菌、病毒、真菌均未出现特异性扩增;48例生殖器疱疹患者疱液中HSV1和HSV2的检出率分别为6.3%(3/48)和87.5%(42/48)。结论:实时FQ-PCR法鉴别检测HSV1和HSV2,具有快速、特异、灵敏、便捷的特点,有助于HSV感染的流行病学和病理机制的研究;生殖器疱疹患者以HSV2感染为主。     

HCV及HIV二联病毒核酸荧光PCR检测方法的建立

目的建立多联病毒核酸荧光PCR检测方法,为我国核酸检测技术的应用前景提供技术支持。方法使用逆转录实时荧光PCR定量方法（QRT。PCR）检测HCV、HIV病毒,在成功扩增定量单一病毒的基础上,通过主要调整Mg2＋离子、dNTPs、Taq的浓度等优化反应体系,建立同时检测两种病毒核酸的逆转录实时荧光PCR定量检测方法（一步法双检）,并分析双检体系的扩增灵敏度。结果通过优化筛选反应条件,使用QRT．PCR方法成功扩增双模板HCV／HIVRNA,且检测特异性好,灵敏度较高,能达到HCVRNA20IU／ml与HIVRNA80IU／ml的检测灵敏度。结论本试验成功建立能同时检测两种病毒核酸的QRT．PCR方法,为后续研究HBV、HCV、HIV多联荧光病毒核酸检测系统提供了理论依据与技术支持。     

RT-PCR结合地高辛标记定量检测猴免疫缺陷病毒RNA

从感染猴免疫缺陷病毒（ＳＩＶ）的恒河猴血浆和培养细胞株中分别纯化病毒ＲＮＡ，经逆转录－聚合酶链反应（ＲＴ－ＰＣＲ）扩增ＳＩＶｇａｇ基因特异的ＤＮＡ片段。将ＲＴ－ＰＣＲ产物用地高辛标记，检测灵敏度比凝胶电泳和斑点杂交提高１００倍。用已知拷贝数的ＲＮＡ作为定量标准，可估计待测样本中ＳＩＶＲＮＡ的拷贝数。     

登革病毒的实验室检测研究进展

登革热是由登革病毒引起的,主要通过媒介伊蚊叮咬而传播的急性传染病。登革热主要流行于热带、亚热带等适于伊蚊生长繁殖的国家和地区。近年来,登革病毒流行范围愈加扩大,严重危害人类的生命与健康。目前全球缺乏特效抗登革病毒药物和理想的登革病毒疫苗,我国迄今没有国家注册的诊断(检测)试剂。加强传播媒介监控,及时发现、隔离与治疗患者是防止登革热暴发流行,减少重症患者和死亡的主要措施。作为及时发现、确诊登革热患者的主要方法,快速准确的检测是登革病毒实验室检测技术的主要研究方向。     

血清新蝶呤检测对登革病毒感染的早期评估

目的探讨血清新蝶呤检测在登革病毒感染早期诊断中的潜在应用价值。方法检测110例登革热(DF)病人血中新蝶呤的含量,将其与50份水痘病人和40份流感病人血中新蝶呤的含量进行比较,155份来自健康献血员的血清作为对照。结果急性期登革热病人血中新蝶呤的平均含量为48.2nmol/L,高于水痘病人、流感病人和健康对照者血中的平均含量(分别为36.3nmol/L、18.8nmol/L和6.7nmol/L,P<0.001)。在已经确诊的登革热病人中,症状出现第一天即可检测到血中新蝶呤含量升高,且在病程第四天升至最大值54.3nmol/L。血中新蝶呤含量升高的水平与热程相关,因而可以用来确定病程长短。结论登革热病人血中新蝶呤含量较健康对照者以及其它病毒感染者显著升高(P<0.001),可以作为早期确定登革热严重程度的指标。     

广州地区白纹伊蚊体内登革病毒的检测

目的了解广州地区登革热传播媒介白纹伊蚊携带登革病毒的情况，为登革热预防控制提供预测预警信息。方法从广州11个行政区及其登革热旧疫点捕获白纹伊蚊成蚊和幼虫（经实验室培育羽化成成蚊），提取登革病毒RNA，One step SYBR Green I实时RT-PCR进行检测。结果2005—2007年从广州地区采集的493批白纹伊蚊（6255只）中，共检测出两份阳性结果，分别来自登革热疫点和旧疫点，经测序证实为登革I型．其余为阴性。最低感染率为0．32。结论本文白纹伊蚊携带登革病毒比率较低，可能与登革病毒在蚊体内传代的递减效应、采样时间滞后以及广州登革热非连续性爆发有关。     

荧光定量RT-PCR检测肿瘤微转移

肿瘤微转移的定量检测不仅有助于肿瘤微转移的早期诊断、判断预后,而且为临床指导化疗提供有效的依据。本文主要论述荧光定量RT-PCR技术检测肿瘤微转移的原理、基本程序、提高定量检测准确性的一些手段及其临床意义。