人类Gfi1基因SYBR Green I实时荧光定量PCR检测方法的建立

目的 建立测定人类Gfi1mRNA表达量的SYBR Green I实时荧光定量PCR方法,为进一步研究新基因的功能奠定基础.方法 以Gfi1基因为靶基因设计引物.构建携带GficDNA的质粒plox-Gfi1,经过纯化,质粒浓度测定,拷贝数的计算及10倍的梯度稀释制备标准品.应用ABI stepone PCR仪对Cfi...     

人TIM-1和TIM-3 mRNA实时SYBR Green Ⅰ定量RT-PCR检测方法的建立

目的建立实时SYBR Green I定量RT-PCR检测人TIM-1和TIM-3mRNA的方法。方法从人外周血单个核细胞提取的总RNA中逆转录扩增人TIM-1和TIM-3的cDNA,将将纯化的人TIM-1和TIM-3的扩增产物分别与pMD18-T Simple载体进行连接,转化宿主菌DH5α,提取重组质粒DNA,PCR鉴定并测序分析。纯化质粒并检测260nm吸光值,确定重组质粒原液的拷贝浓度并以此制备荧光定量PCR梯度浓度标准品,进行实时荧光定量PCR实验。结果建立了TIM-1和TIM-3基因基因mRNA表达实时荧光定量PCR检测方法,检测灵敏度达103拷贝,线性范围为103-107拷贝。阈值循环数(Ct)与PCR体系中起始模板量的对数值之间有着良好的线性关系,线性相关系数分别为1.00和1.00,扩增效率分别为1.070和1.023,批内及批间变异系数5%。熔解曲线分析表明,产物为特异的单峰。结论我们成功建立检测人TIM-1和TIM-3的实时荧光定量PCR方法,为进一步研究人TIM-1和TIM-3功能奠定基础。     

ROX参比荧光在实时荧光定量RT-PCR检测Nrf2mRNA中的应用

目的 建立大鼠Nrf2 mRNA实时荧光定量RT-PCR检测方法,评价ROX参比荧光在其分析中的归一化校正作用.方法 采用Taq Man探针法构建大鼠Nrf2 mRNA实时荧光定量RT-PCR检测方法;取大鼠混合cDNA的Nrf2 PCR产物,经凝胶电泳和测序鉴定反应特异性;取PCR标准品10个浓度梯度(2.0×109～2.0×100)各1份进行实时荧光定量RT-PCR检测,分析ROX参比荧光校正与否的标准曲线的线性范围的变化;取高、中、低值重组质粒样本各1份进行批内重复20次和批间连续20次实时荧光定量RT-PCR检测,分析ROX参比荧光校正与否的批内、批间重复性差异.结果 成功建立大鼠Nrf2 mRNA实时荧光定量RT-PCR检测方法;大鼠混合cDNA的Nrf2 PCR扩增片段与预期122 bp相符,测序结果扩增片段序列正确,PCR特异性好;标准品PCR扩增结果的标准曲线线性范围未经ROX参比荧光校正为2.0×109～2.0×102拷贝/μl(R2＞0.99),校正后为2.0×109～2.0×100拷贝/μl(R2＞0.99),校正后线性范围变宽100倍.高、中、低值样本重复性分析结果显示未经ROX参比荧光校正批内Ct变异系数(CV)为4.1%、2.7%、2.1%,批间CV为4.3%、3.0%、2.4%,校正后批内CV为0.7%、0.5%、0.4%,批间CV为1.0%、0.8%、0.7%,ROX参比荧光校正后样本Ct离散程度均低于未校正组,批内、批间的高值、中值浓度样本(高值组批内和批间t值分别为4.843、2.566,中值组批内和批间t值分别为4.293、4.423,P均＜0.05),但低浓度组的Ct离散度的差异无统计学意义(低值组批内和批间t值分别为0.753、1.279,P均＞0.05).结论 在构建大鼠Nrf2实时荧光定量RT-PCR检测方法中,加入ROX参比荧光,可加宽PCR标准曲线的线性范围,提高检测重复性,为准确分析大鼠模型Nrf2 mRNA表达水平奠定了基础.     

DD3基因实时荧光定量RT—PCR检测前列腺癌特异性方法的建立

目的 建立DD3基因实时荧光定量PCR检测前列腺癌特异性方法,为前列腺癌的快速诊断提供分子诊断依据.方法 根据Genebank中的 DD3 mRNA全序列,设计DD3基因的特异引物和探针,采用基因重组技术构建用于DD3基因检测的定量标准品;建立DD3基因的实时荧光定量方法.结果 成功构建了用于DD3基因荧光定量PCR检测的标准重组质粒和DD3基因实时荧光定量PCR方法;经稳定性、特异度、重复性和敏感度实验方法学评价,DD3基因实时荧光定量PCR方法的最低检测限为1.64 copy/ml,线性范围为1.64～1.64×1012copy/ml.结论 DD3基因实时荧光定量PCR检测前列腺癌特异性方法的建立,将为前列腺癌特异性诊断及其临床应用奠定方法学基础.     

不同分期胃癌患者外周血淋巴细胞Foxp3 mRNA表达水平的研究

目的 采用SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR,研究不同分期胃癌患者外周血淋巴细胞Foxp3 mRNA的表达水平.方法 普通RT-PCR结合胶回收制备Foxp3 mRNA-CDS标准品,利用标准品制备定量PCR标准曲线,对曲线进行灵敏度、精密度和特异性分析,用SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR检测40例胃癌和8例正常对照外周血Foxp3 mRNA.结果 获得Foxp3全长CDS标准品,标准曲线范围（2.8×10^2）～（2.8×10^8）拷贝/μl,最低检测值280拷贝/μl,批内和批间变异系数（CV）＜5%.Foxp3基因在胃癌患者外周血表达水平显著高于健康对照（P＜0.01）,表达水平与肿瘤分期显著相关（P＜0.05）.结论 Foxp3基因上调表达与胃癌的发生、发展和预后有关.     

实时定量PCR检测胃癌组织miR-20a及初步应用

目的建立检测人胃癌组织中miR-20a的实时荧光定量PCR方法。方法建立miR-20a标准曲线,评价该法检测的线性范围及灵敏度;对标准质粒扩增产物进行熔解曲线分析和琼脂糖凝胶电泳检测以分析该法的特异性。取高、中、低3份不同浓度的标准质粒进行批内和日间变异系数(CV)的检测,分析该法的重复性。收集70例胃癌患者手术切除的癌组织和对应的癌旁组织,定量检测组织中miR-20a的表达水平。结果构建的实时荧光定量PCR法的灵敏度为101copies/μL,扩增的线性范围为101～109copies/μL;扩增产物的熔解曲线峰和电泳片段特异;3份不同浓度标准质粒定量检测的批内CV分别为6.33%、4.74%、5.89%,日间CV分别为9.45%、6.29%、7.48%。定量结果显示75.7%(53/70)胃癌组织中miR-20a的表达高于癌旁组织,差异有显著性(Z=-4.427,P<0.01)。结论建立的实时荧光定量PCR检测miR-20a的方法准确、快速、灵敏、特异,可用于胃癌组织中miR-20a的检测。     

一种KRAS基因突变检测方法的建立及初步应用

目的建立一种KRAS基因实时荧光定量PCR-Sanger测序突变检测方法,并初步探讨其临床应用价值。方法以KRAS基因热点突变区域12、13密码子为研究位点设计特异性扩增、测序引物,利用已知野生型、突变型样品以TA克隆技术构建相应质粒作为标准品,建立KRAS基因实时荧光定量PCR—Sanger测序突变检测方法,并进行方法学和应用评估。结果成功构建了KRAS基因12、13密码子野生型、突变型质粒。建立了KRAS基因实时荧光定量PCR—Sanger测序突变检测方法,该方法灵敏度高（9．39×10^1copies／uL）,重复性好（实时荧光定量PCR部分批内、批间变异系数分别为1．60％、2．54％）。该法与传统Sanger测序法同时检测40例临床样品,结果符合率为100％。结论本研究成功建立了可用于临床样品检测的KRAS基因实时荧光定量PCR—Sanger测序突变检测方法。     

实时荧光定量PCR检测人胰岛素样生长因子及其受体基因的方法学构建

目的建立检测人胰岛素样生长因子1(insulin-like growth factor-1,IGF-1)、IGF-1受体(IGF-1R)、胰岛素样生长因子2(IGF-2)及IGF-2受体(IGF-2R)基因的实时荧光定量PCR。方法设计并合成检测上述4种基因的引物及TaqMan探针;提取胎盘组织RNA并逆转录为cDNA,分别将扩增的4种基因片段纯化后与质粒载体连接,克隆构建含目的基因片段的重组质粒,分别作为定量检测上述4种基因的标准品;用建立的实时荧光定量PCR检测上述4种基因,并用测序验证。结果 PCR扩增产物经测序分析证实分别为上述4种基因的特异性片段;定量检测IGF-1、IGF-1R、IGF-2及IGF-2R的线性范围分别为1.00×102~1.00×108copies/μL、2.00×102~2.00×108copies/μL、3.00×102~3.00×108copies/μL及5.00×102~5.00×108copies/μL;相关系数(r)分别为0.994、0.993、0.995及0.996;扩增效率分别为92.35%、96.06%、94.92%及98.84%;批间变异系数(CV)分别为1.64%~2.83%、1.73%~1.98%、2.47%~4.09%及2.25%~2.52%;批内CV分别为1.36%、1.02%、1.04%及0.96%。结论建立了高度敏感、特异检测人IGF及其受体的实时荧光定量PCR法。     

荧光定量聚合酶链反应检测基质金属蛋白酶组织抑制因子-1方法的建立

目的　构建含有金属蛋白酶组织抑制因子- 1(TIMP -1)的重组质粒并以其为模板建立荧光定量聚合酶链反应(PCR)技术检测TIMP- 1的标准曲线,为荧光定量PCR准确检测TIMP- 1奠定基础。方法　提取大鼠星状细胞系HSC -T6的mRNA,经RT- PCR扩增TIMP- 1基因后与pGMT Vector连接,转化到大肠杆菌DH5α,以筛选得到的阳性克隆质粒作为标准品进行梯度稀释,分别用Taqman荧光探针技术和SYBRGreenI荧光染料技术进行荧光定量PCR检测,建立标准曲线,并对两者结果进行了对比。同时进行普通PCR检测,与荧光定量PCR方法检测结果进行比较。结果　重组质粒经PCR扩增及序列测定,表明pGMT- TIMP- 1基因已成功克隆。以不同稀释水平的标准品质粒进行荧光定量PCR扩增, 应用Taqman荧光探针技术建立的标准曲线的线性检测范围为7×104 ~7×108 拷贝,检测灵敏度为7×104 拷贝;应用SYBRGreenI荧光染料技术的线性检测范围为7×106 ~7×108拷贝,检测灵敏度为7×106 拷贝,且熔解曲线显示出现非特异性扩增;两种技术相对于普通PCR技术均具有定量功能。结论　所构建的pGMT- TIMP -1基因荧光定量PCR检测标准品应用Taqman荧光探针技术建立的标准曲线线性关系好, 灵敏度和特异性高,准确可靠,此方法可作为荧光定量PCR检测TIMP -1基因的标准方法。     

EvaGreen实时荧光定量PCR检测猪细小病毒方法的建立

目的 建立以EvaGreen为染料的实时荧光定量PCR检测猪细小病毒(PPV)的方法,为血液制品中病毒去除效果的工艺验证提供高效准确的技术平台.方法 根据PPV的VP2基因保守序列,设计并合成引物.对目的片段进行PCR扩增,将扩增的PPV病毒VP2基因片段克隆入PMD19-T载体,重组质粒PMD19-T-VP2经测序鉴定正确后,作为标准品模板,用于标准曲线的绘制和该实时荧光定量PCR方法的灵敏度、特异性和重复性检测的材料.结果 应用重组质粒PMD19-T-VP2制作的荧光定量PCR扩增曲线循环阈值与模板浓度具有良好的线性关系;该方法检测灵敏度的下限能达到102copies/μl;与其他DNA病毒和同种属的细小病毒无明显的交叉反应;连续重复检测高、中、低浓度样品,批内批间变异系数小,重复性好.结论 以EvaGreen为染料的实时荧光定量PCR检测PPV的方法提高了检测灵敏度,缩短了工艺验证的时间.