霍乱弧菌LAMP快速检测方法的建立及应用

目的 建立环介导等温扩增技术(LAMP)快速检测霍乱弧菌.方法 针对霍乱弧菌外膜蛋白的ompW基因设计特异引物,优化反应条件,建立霍乱弧菌的LAMP检测方法.通过对47株细菌及模拟污染现场,检测该方法的灵敏度、特异度和实用性.结果 活菌计数方法表明建立的LAMP方法检测霍乱弧菌的灵敏度为1.6×10~2 cfu/ml.在人工污染霍乱弧菌的粪便及海水标本中检测的敏感度为1.6×10~3 cfu/ml,在牛奶标本中敏感度为1.6×10~4 cfu/ml.检测21株霍乱弧菌均为阳性,26株非霍乱菌则全部阴性,特异度为100%.结论 建立的LAMP方法检测霍乱弧菌灵敏度、特异度高,可用于霍乱现场监测和流行病学调查.

Abstract：

Objective To establish a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) method for rapid diagnosis of Vibrio cholerae. Method Based on the ompW nucleic sequence of Vibrio cholerae, a pair of primers was designed for LAMP. The reaction conditions were optimized, and the specificity, sensitivity, and practicability of LAMP were tested using 47 baterial strains and simulated contaminated sites. Results The results of viable bacterium count showed that LAMP was capable of detecting Vibrio cholerae at a level as low as 1.6×10~2 cfu/ml. The minimal detectable concentration was 1.6×10~3 cfu/ml for simulated contaminated samples such as feces and seawater, and 1.6×10~4 cfu/ml for contaminated milk. All the 21 strains of Vibrio cholerae yielded positive results in LAMP, and the 26 strains of other bacteria all showed negative results, with a detection specificity of 100%. Conclusion The established LAMP method has high specificity and sensitivity for detecting Vibrio cholerae and is applicable in field monitoring and epidemiological study of Vibrio cholerae.     

LAMP快速检测沙门菌invA基因的方法建立与应用

目的：建立一种环介导等温扩增（loop-mediated isothermal amplification, LAMP）,反应快速检测沙门茵的方法。方法：根据美国国立卫生研究院基因序列数据库（GenBank）上的鼠伤寒沙门菌的特异invA和fimA（登录号：M90846和M18283）基因序列,设计特异引物,提取标本DNA,然后以LAMP技术扩增invA基因,PCR方法扩增厅棚基因,采用琼脂糖电泳观察结果。结果：91份血培养阳性报警瓶,LAMP和PCR法检测出阳性18份,与最终培养结果一致;30份粪便标本,LAMP和PCR法检测出阳性5份,培养阳性3份,LAMP测限达到10^2CFU／mL。结论：LAMP是一种简便、快速、特异和敏感的检测临床和环境标本中沙门菌的有效方法。     

快速检测单核细胞增生李斯特菌LAMP方法的建立

目的:建立一种检测单核细胞增生李斯特菌核酸的快速、特异的环介导等温扩增(Loop-mediated isothermalamplification,LAMP)方法。方法:针对单核细胞增生李斯特菌的李斯特菌溶血素hlyA基因设计4条LAMP引物,在水浴箱内65℃保温约60 min,完成对单核细胞增生李斯特菌的扩增,扩增产物经肉眼、SYBR Green I染色和电泳鉴定。利用LAMP和PCR方法同时检测1株单核细胞增生李斯特菌和10株非单核细胞增生李斯特菌(对照组)来验证LAMP方法的特异性。用LAMP和PCR方法分别检测一系列稀释后的单核细胞增生李斯特菌菌液,比较两者的敏感性。结果:经肉眼、加染料和电泳均能观察到1株单核细胞增生李斯特菌LAMP扩增阳性反应,10株非单核细胞增生李斯特菌没有出现LAMP扩增。LAMP敏感度比PCR高,LAMP检测单核细胞增生李斯特菌的检测下限为3 cfu/ml,PCR检测下限>300 cfu/ml。LAMP检测速度比PCR更快,只需要60 min。结论:建立了一种检测单核细胞增生李斯特菌的快速、特异的LAMP方法。     

树鼩粪便中沙门氏菌LAMP检测方法建立及应用

目的建立树鼩粪便沙门氏菌的环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)检测方法,并对此方法进行初步应用。方法根据沙门氏菌种属特异性基因inv A(侵袭蛋白基因A)的保守序列,设计合成特异性LAMP引物。分别设定十个反应温度即57℃~66℃和十个反应时间即24~42 min进行优化,并测定本方法的特异性和灵敏度;同时进行普通PCR实验,作为本方法的验证和比较。用建立的LAMP法对91份野生来源的树鼩稀便样品进行检测。结果优化反应条件选出反应温度为62℃,反应时间34 min;该方法对沙门氏菌的灵敏度可达3.36×101CFU/m L,比普通PCR方法高10~100倍;对10种树鼩来源的肠道细菌进行LAMP检测,只有沙门氏菌属的肠炎沙门氏菌和乙型副伤寒沙门氏菌检测为阳性,其余为阴性;对91份野生树鼩粪便样品进行LAMP检测,阳性检出率为20.88%;LAMP法的所有反应可在40 min内完成。结果可通过肉眼观察颜色变化直接判定。结论所建立的LAMP方法具有便捷、快速、灵敏、特异等特点,可用于树鼩粪便中沙门氏菌的大规模快速检测。     

LAMP和PCR法检测痢疾志贺菌的特异性和灵敏性比较

目的建立环介导等温扩增技术(LAMP)快速检测痢疾志贺菌,并对其特异性、灵敏度与传统PCR进行比较。方法以痢疾志贺菌侵袭性质粒抗原H基因(ipaH)为靶序列,设计6条特异性引物(内引物、外引物和环引物各2条),优化LAMP反应体系及反应条件,检测LAMP反应的灵敏度、特异性及模拟样品,同步与PCR进行比较。结果 LAMP法和PCR均能特异性地扩增出志贺菌靶DNA,而其他非志贺菌均未扩增出特有条带。检测细菌纯培养物和模拟食品的灵敏度LAMP法分别为5.3×101cfu/ml、6.8×101cfu/ml,PCR法分别为5.3×102cfu/ml和6.8×102cfu/ml。结论利用LAMP技术,可快速、灵敏、简便地检测痢疾志贺菌,与PCR方法比较,特异性强、操作简便、检测成本低、耗时短,有望发展成为快速检测痢疾志贺菌的有效手段。     

LAMP在下呼吸道感染病原菌快速检测中的临床应用

目的 利用环介导等温扩增检测（loop mediated isothermal amplification,LAMP）即呼吸道病原菌核酸联合检测法（13联）分析痰标本病原菌的检出情况,为临床诊疗提供病原学循证依据。方法 选取2022年1月至12月铜仁市人民医院收治的1642例下呼吸道感染患者作为研究对象,采集痰标本/肺泡灌洗液进行LAMP（13联）检测,分析呼吸道病原菌检出情况及其与性别、年龄、季节的关系。结果 13种呼吸道病原菌的总体检出率男性明显高于女性（P<0.01）。在不同年龄组中,3~6岁患者流感嗜血杆菌和肺炎链球菌的检出率、6~18岁患者肺炎支原体的检出率、>60岁患者耐甲氧西林葡萄球菌、嗜麦芽窄食单胞菌和肺炎克雷伯菌的检出率均明显高于其他组（P<0.05）。在不同季节组中,肺炎链球菌和肺炎衣原体好发于春季,肺炎支原体在秋节感染率最高,差异均具有统计学意义（P<0.05）。结论 LAMP可快速检测出病原菌,为下呼吸道感染的预防及临床诊疗提供病原学依据。     

环介导等温扩增技术检测间日疟原虫方法的建立及应用分析

目的建立一种快速、简便的检测间日疟原虫的环介导等温扩增方法(LAMP)并与常规PCR方法作比较。方法根据间日疟原虫环子孢子蛋白(CSP)基因序列合成2对特异性LAMP引物,优化Mg2+浓度、dNTPs浓度、BstDNA聚合酶添加量、反应温度、时间以及设计引物缺省试验。评估优化后的LAMP反应的特异性和灵敏性。检测133份患者血样,以显微镜检方法为金标准,比较LAMP和多重PCR法检测间日疟原虫的敏感性和特异性。结果 LAMP法检测重组质粒DNA(Pv-rDNA)的灵敏度达到10-10,为传统PCR方法的100倍。镜检确诊的68例间日疟、43例恶性疟和22例非疟疾患者中,LAMP法和多重PCR检测间日疟原虫的敏感性为98.53%和97.06%,两法基本相当(χ2=0.34,P>0.05);特异性为86.15%和100%,LAMP法低于多重PCR法,差异有统计学意义(χ2=9.67,P<0.05)。LAMP法的阳性预测值和阴性预测值分别为88.16%和98.25%,多重PCR的阳性预测值和阴性预测值分别为100%和97.01%。结论 LAMP法检测间日疟原虫具有快速简便、敏感性高、设备要求低的特点,具有较好的应用前景。     

LAMP技术在肺部非典型感染病原体检测中的应用

目的探讨利用现代生物技术开发一套可以快速、准确而且高通量检测肺部3种常见非典型感染病原体的检测方法。方法采用环介导等温核酸扩增技术(LAMP)对导致肺部非典型感染的肺炎支原体、肺炎衣原体及嗜肺军团菌3种常见病原体的特异性DNA片段进行扩增,结合基因芯片杂交技术鉴定这3种肺部非典型感染的病原体。结果采用LAMP技术对目的核酸进行扩增,肺炎支原体、肺炎衣原体及嗜肺军团菌3种致病菌特异性核苷酸片段同时布阵在一张芯片上,证明该鉴定系统可检测出的DNA浓度为104拷贝大小,特异性高,芯片质量稳定。结论 LAMP技术结合基因芯片杂交技术可发挥独特的检测优势,能为常见的肺部非典型感染病原体最终鉴定提供进一步佐证,可提高检验鉴定结果的准确性,具有简便快速、灵敏度高、特异性好等优势。     

犬瘟热病毒RT-LAMP检测方法的建立和初步应用

目的利用环介导等温扩增(LAMP)技术建立一种检测犬瘟热病毒感染的新方法。方法根据GenBank中NP基因序列,设计4条LAMP特异性引物,对反应条件、特异性、可视化效果和应用效果进行研究。结果在60℃等温的条件下、1 h内可完成RT-LAMP扩增过程;特异性和可视效果良好;对63份临床标本进行检测,阳性检出率为71.4%(45/63),检出率高于RT-PCR的63.5%(40/63)。结论建立的RT-LAMP检测方法,显示了较高的特异性和敏感性,而且兼具高效、快捷、可视化的优势,为临床检测犬瘟热病毒感染提供了一种快速简便的新途径。     

LAMP与RT-PCR法检测痰结核分枝杆菌的效果比较

目的 比较环介导等温扩增技术(LAMP)和实时荧光PCR技术(RT-PCR)检测结核分枝杆菌的效果.方法 可疑肺结核患者痰标本118份,分别采用痰涂片镜检、罗氏固体培养基培养、LAMP、RT-PCR方法进行结核分枝杆菌检查.结果 结核分枝杆菌阳性检出率痰涂片镜检38%、罗氏固体培养基培养41%、LAMP 45%、RT-PCR 55%,4种方法阳性检出率比较差异有统计学意义(P＜0.05);以常规罗氏固体培养法为标准,LAMP法的灵敏性和特异性分别为92.0%(46/50)和86.8%(59/68),与罗氏培养法比较差异无统计学意义(P＞0.05),一致性强(Kappa=0.777);PCR法的灵敏性和特异性分别为86.0%(43/50)和66.2%(45/68),与罗氏培养法比较差异有统计学意义(P＜0.01).结论 RT-PCR检测法阳性率最高,但特异性低;LAMP法灵敏性和特异性较高,与传统培养法一致性好,操作简便易行、快速准确.     

环介导等温扩增技术检测铜绿假单胞菌的研究

用环介导等温扩增技术(LAMP)快速、灵敏地检测铜绿假单胞菌.利用铜绿假单胞菌gbca基因,特异性设计3对LAMP引物,在反应体系中添加羟基萘酚蓝(HNB)荧光染料,通过反应前后颜色的变化肉眼观察结果,并用琼脂糖凝胶电泳加以验证.对临床标本利用LAMP和PCR法平行检测,验证该法灵敏度、特异性.针对铜绿假单胞菌DNA特异性引物的LAMP法可以扩增,其他无扩增产物.本实验建立的LAMP法具备简便、快速、特异性强和灵敏度高的特点,适于实际应用.     

基于环介导等温扩增技术建立的假丝酵母菌快速检测方法

目的  基于环介导等温扩增技术（LAMP）建立一种假丝酵母菌的快速检测方法。方法  依据假丝酵母属18 S rDNA基因保守序列,采用Primer Explorer V4软件设计引物,建立LAMP扩增方法和反应体系,对体系的4种关键参数和3项性能指标进行优化和探讨,并用临床样本进行方法验证。结果  6种常见假丝酵母菌LAMP法检测均为阳性;最适扩增条件为：温度63～65℃、Bst酶活性4 IU、Mg2+浓度4 mol/L、扩增时间1 h;7种对照菌种及人全血DNA样本LAMP扩增结果均为阴性;检测限为102～107 CFU/ml。经52例临床样本验证,该法敏感性为100%,特异性为95%。结论  该研究建立的LAMP假丝酵母菌检测方法具有实用、简便、快速、特异和敏感的特点,可为临床提供一种新的假丝酵母菌诊断方法。

     

环介导等温核酸扩增检测缓冲液成分的探索

目的 探索环介导等温扩增(LAMP)检测反应体系缓冲液,为我国野战/灾害等紧急输血的血液筛查提供技术支持.方法 通过对LAMP体系不同组分的梯度分析对检测结果的影响进行研究.结果 扩增效率随着反应体系内Mg2+浓度的增高而降低;LAMP反应的扩增效率随着反应体系内Betain浓度的增高而增高.随着Calcein浓度的降低,LAMP反应体系内的绿色荧光逐渐减弱.结论 建立的反应体系具有较好的反应灵敏度及特异性,与成品化的试剂相似,可适用于临床血液病原体筛查.     

环介导等温扩增法直接检测阳性血培养瓶中大肠埃希菌

目的：应用环介导等温扩增技术（LAMP）建立一种快速敏感的直接检测阳性血培养瓶中大肠埃希菌的方法。方法根据美国国立卫生研究院基因序列数据库（GenBank）上大肠埃希菌的lacZ（登录号：M74750）基因序列,设计4条特异引物（2条内引物、2条外引物）,对lacZ基因进行扩增,对扩增反应进行优化。分别验证该方法的特异性及敏感性,并与传统培养法进行比较。结果在300份阳性血培养瓶中,采用LAMP法检测到68株大肠埃希菌,所设计引物对大肠埃希菌扩增的特异性及敏感性均较好,与传统培养法比较,灵敏度和特异性均达100％,但传统培养法的检出时间为3d,而LAMP法的检出时间只需1h。结论LAMP检测大肠埃希菌是快速、低成本、特异性强、灵敏度高的方法,适合临床开展。     

环介导等温扩增技术用于结核病诊断的价值评估

目的 评估环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)在诊断结核病中的应用价值.方法 以疑似活动性结核患者为研究对象.前瞻性收集患者临床标本,分装后进行荧光涂片显微镜镜检、BACTEC MGIT 960液体培养、MTB GeneXpert(Xpert)和L...     

荧光定量PCR和环介导等温扩增方法检测隐球菌CAP10基因的比较研究

目的建立荧光定量PCR和环介导等温扩增技术(LAMP)检测隐球菌荚膜相关蛋白基因(CAP10)的方法,并比较和评价两种方法的优缺点。方法针对新型隐球菌CAP10基因序列,使用在线软件设计引物,并构建质粒标准品,优化反应条件后用荧光定量PCR和LAMP两种方法检测定量的质粒,分析其敏感性和特异性,并检测临床标本。结果荧光定量PCR检测CAP10质粒的敏感性为6.8×101拷贝,LAMP方法的敏感性为6.8×103拷贝,PCR检测阳性率比LAMP方法高。两种方法特异性好,对脑膜炎奈瑟菌、白色念珠菌、热带念珠菌、黄曲霉、黑曲霉和大肠埃希菌的检测结果均为阴性。结论成功建立了检测CAP10基因的荧光定量PCR方法敏感性和特异性高,但是需要特殊仪器;LAMP方法敏感性较低,但其操作简单,无需特殊仪器和设备,加入核酸染料即能观察结果。两者均适用于新型隐球菌感染的检测。