呼吸道合胞病毒实时荧光定量PCR检测

目的 建立一种快速、准确诊断人呼吸道合胞病毒(hRSV)早期感染的实时荧光定量PCR检测方法。方法 以hRSV最保守的N基因序列为参考,设计两对特异的引物和一条TaqMan荧光探针,在LightCycler定量PCR检测仪上对93例下呼吸道感染患儿进行hRSVRNA检测,并与病毒分离培养、常规PCR、巢式PCR方法和ELISA法相比较。结果 以PCR模板浓度来定义,该方法线形范围为1×10²~1×10⁷cDNAcopies/μl,灵敏度达1×10²cDNAcopies/μl,和巢式PCR相同,比常规PCR高10倍。用人脊髓灰质炎病毒Ⅰ型、柯萨奇病毒2型、甲型、乙型流感病毒、腺病毒7型作对照,均无预期扩增产物和荧光的产生;该方法在LightCycler和Rotor-Gene两种仪器上的定量结果具有一致性;采用该法对93例患儿行FQ-PCR检测出阳性44例(43.9%),ELISA方法检测阳性4例(4.3%),两者相关性不高。hRSV浓度的高低与患儿临床症状之间的关系不是很明显。结论 该方法可快速、灵敏、特异、定量检测hRSV,在hRSV感染的早期诊断和疗效监测方面具有良好的应用前景。     

呼吸道合胞病毒实时荧光定量PCR检测

OBJECTIVE: To Establish a rapid and objective quantitative fluorogenic real-time PCR assay for early detection of human respiratory syncytial virus (hRSV). METHODS: Two pairs of primers and one TaqMan Fluorogenic probe that are specific for the recognition of the most conservative N gene of hRSV for virus detection with LighCycler PCR in 93 nasopharyngeal secretion specimens collected from infants and young children. The assay was compared with virus isolation, routine PCR, nested PCR, and enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA). RESULTS: This TaqMan assay had a sensitivity of 1 x 10(2) cDNA copies/microl with a dynamic range between 1 x 10(2) and 1 x 10(7) cDNA copies/microl, which was the same as that of nested PCR, but 10 times more sensitive than routine PCR. The specificity of the assay was evaluated by comparing hRSV with polivirus type 1, coxsackie virus type 2, influenza A, influenza B and adenovirus type 7. A PCR product of the expected size (195 bp) was produced and fluorescence signal detected for hRSV, but not for any of the other viruses. The results in LightCycler and Rotor-Gene instrument were consistent. Forty-four specimens (43.9%) were hRSV-positive with this assay and 4 (4/93,4.3%) were hRSV-positive with ELISA, showing rather low correlation between the two methods. No visible relation was found between the concentration of hRSV RNA and severity of the disease. CONCLUSION: This assay is rapid, sensitive, specific and quantitative, and has the potential of wide application for early diagnosis of hRSV infection and evaluation of the therapeutic effect.     

登革热病毒RNA实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立

目的 建立TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR方法,测定登革热病毒(DV)及DV病毒的RNA拷贝数.方法 利用TaqMan探针,建立实时荧光定量RT-PCR方法,通过对登革热病毒RNA定量外标准品的定量分析,优化反应体系.检测TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR方法的灵敏度、特异性和重复性.结果 该方法检测灵敏度可达1×103 copies/mL,特异性及重复性良好,对同一样品进行5次重复检测,其循环阈值的平均标准偏差为O.792.结论 TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR法特异性、敏感性高,稳定性好,可用于定量测定登革热病毒及DV RNA载量.     

实时荧光定量RT-PCR检测鼻咽癌骨转移相关基因表达的研究

目的研究CXCR4、CTGF、MMP-1、IL-11、MST1R、ETV-1 6种基因在鼻咽癌细胞5-8F与骨共培养前后的表达情况,分析这些基因在鼻咽癌骨转移中的作用。方法采用基于SYBR GREENⅠ法的实时荧光定量RT-PCR检测5-8F细胞与骨共培养前后骨转移相关基因的表达情况。结果5-8F细胞与骨共培养后CXCR4、CTGF、MST1R、ETV-1的表达水平较共培养前差异有显著性(P<0.05),均表达上调;MMP-1、IL-11则差异无显著性。结论实时荧光定量RT-PCR能够敏感、特异地检测出鼻咽癌细胞在与骨组织共培养前后的mRNA的表达变化,方法准确可靠,操作方便;CXCR4、CTGF、MST1R、ETV-1有可能成为判断鼻咽癌骨转移的潜在标志物。     

3种新近发现的呼吸道病毒感染流行病学研究

目的 调查2011年1 ～12月急性呼吸道感染病人的人偏肺病毒、人冠状病毒和人博卡病毒的流行特点.方法 采集2011年1 ～12月笔者医院收治的急性呼吸道感染患者鼻咽拭子标本1158份,采用巢式PCR法检测hMPV、HCoV-NL63、HBoV的核苷酸,分析hMPV、HCoV-NL63、HBoV的流行特点.结果 hMPV的检出率为1.47％,检出率在2月份最高,为4.76％,临床诊断全部为上呼吸道感染;hMPV感染在7个月～1岁组的检出率最高.HCoV-NL63的检出率为0.78％,检出率在7月份最高(2.65％),临床诊断全部为上呼吸道感染;HCov-NL63感染在7个月～1岁组的检出率最高.HBoV的检出率为1.55％,检出率在6月份最高(8.77％),临床诊断为下呼吸道感染14例,上呼吸道感染4例;HBoV感染在7个月～1岁组的检出率最高.结论 人偏肺病毒在秋冬季节发生率较高,人冠状病毒在夏秋季节发生率较高,人博卡病毒在5-6月份发生率较高,3种病毒均在婴幼儿中发生率较高.     

实时荧光定量RT-PCR在麻疹病毒检测中的应用价值

目的探讨实时荧光定量RT-PCR在麻疹病毒检测中的应用价值。方法选取2015年10月至2017年3月淮阳县疾病预防控制中心收治的280例疑似麻疹患者,所有患者均接受酶联免疫吸附试验(ELISA)与实时荧光定量RTPCR检测,对比两种检测方法的阳性率。结果 280例疑似麻疹患者中,经实时荧光定量RT-PCR检测咽拭子中麻疹病毒核酸阳性的有166例,阳性率为59.29%;ELISA法检测出血清麻疹Ig M阳性的有139例,阳性率为49.64%。实时荧光定量RT-PCR检测阳性率较ELISA法高,差异有统计学意义(P<0.05)。出疹当天标本的实时荧光定量RT-PCR阳性率为56.52%,ELISA法检测阳性率为17.39%。随着时间的推移,ELISA法检测阳性率不断上升,而实时荧光定量RT-PCR检测在第4天开始逐渐下降。实时荧光定量RT-PCR对出疹2 d内标本检测阳性率较ELISA法高,差异有统计学意义(P<0.05);对于出疹后2 d及2 d以上的标本,两种检测方法阳性率对比,差异无统计学意义(P>0.05)。结论实时荧光定量RT-PCR在麻疹病毒检测中具有较高应用价值,可早期诊断麻疹病毒,是一种安全、可靠的检测方式。     

实时荧光定量RT-PCR检测肝癌组织中miR-122a及miR-224的表达

目的 运用实时荧光定量RT-PCR方法分析miR-122与miR-224两种miRNAs在原发性肝细胞癌(HCC)中的表达,探讨以miRNAs为靶点在早期肝癌中的临床诊断意义.方法 采用基于2(-△△ACT)的实时荧光定量RT-PCR法对35例肝癌组织及癌旁组织的miR-122a及miR-224进行了定量分析,结果经由Noahernblot验证.结果 与正常组织相比,在所有的被检肝癌组织中,均发现了miR-122a有不同程度的表达下调(P<0.01),而上述肝癌组织中的miR-224的定量结果显示该miRNA表达显著增加(P<0.001).结论 HCC组织中存在上述两种miRNAs表达水平的改变.实时荧光定量RT-PCR法为早期、准确的在临床上检测肝组织癌变提供了新的思路.     

TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR法检测SIV/SHIV病毒RNA拷贝数方法的建立

目的建立TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR方法,测定猴免疫缺陷病毒(SIV)及SHIV病毒的RNA拷贝数。方法利用TaqMan探针,建立实时荧光定量RT-PCR方法,通过对本室SIV/SHIV病毒RNA定量外标准品RS的定量分析,优化反应体系,检测TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR方法的灵敏度、特异性和重复性。结果该方法检测灵敏度可达4.60×101copies/μL,特异性及重复性良好,对同一样品进行16次重复检测,其循环阈值的平均标准偏差为0.066。结论TaqMan探针实时荧光定量RT-PCR法特异性、敏感性高,稳定性好,可用于定量测定猴免疫缺陷病毒(SIV)及SHIV病毒RNA载量。     

SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR测定猴免疫缺陷病毒RNA拷贝数方法的建立

.学者论坛·在动物实验中解决临床难题···························，·······································································……顾玉东(3)基因〕:程     

丙型肝炎病毒核酸的荧光定量检测及其临床意义

目的:建立实时荧光定量RT-PCR(RFQ-RT-PCR)检测HCV-RNA含量方法的临床应用价值。方法:在HCV基因组5’非编码区(5’-UTR)设计特异性引物和一对杂交探针,PCR扩增目的片段并构建相应基因片段载体,体外转录RNA作为标准品,根据其建立的标准曲线对血清HCV RNA进行定量,同时用传统的巢式RT-PCR进行定性分析。结果:138例样本在HCV抗体阳性患者中,肝硬化和肝癌患者的HCV RNA含量显著高于慢性肝炎患者(P<0.05),而且HCV RNA含量与ALT水平呈正相关(r=0.91)。结论:RFQ-RT-PCR检测HCV-RNA含量比ELISA法具有更好的灵敏度和特异性,能准确反映HCV在体内的复制情况。     

双重荧光定量RT-PCR快速检测流感病毒H1、H3亚型的研究

目的 利用荧光定量RT-PCR技术建立一种快速检测流感病毒H1、H3亚型的方法.方法 根据H1、H3亚型流感病毒HA基因的相对保守序列,设计两对引物及其相应的Taqman探针,利用一步法RT-PCR试剂盒建立优化反应体系后,将荧光定量RT-PCR的产物采用10倍稀释法,即107～100 copies/μl,再次用荧光定量PCR方法检验建立体系的灵敏度和重复性,并建立相对定量标准曲线;利用多种流感病毒和具有相似临床症状的呼吸道病毒检验建立体系的特异性.结果 H1和H3亚型流感病毒的检测灵敏度为102 copies/μl,扩增效率分别为101.35％和113.28％,标准曲线相关系数大于99％,重复性良好,特异度实验未发现有非特异性扩增.结论 本研究建立的双重荧光定量RT-PCR技术可以快速、准确地检测H1、H3亚型流感病毒.     

实时荧光RT-PCR法快速检测流感病毒的应用研究

目的应用实时荧光RT-PCR快速检测2009～2012年河池市流感病毒核酸,为流感的预防控制提供科学依据。方法采集河池市哨点医院的流感样病例和暴发疫点现患病例的咽拭子标本,采用实时荧光RT-PCR方法进行流感病毒核酸检测分型。结果以实时荧光RT-PCR法检测2 090份标本,流感病毒核酸阳性801份,总阳性率为38.28%。其中甲型H1N1流感468份,B型126份,季节性流感H1亚型14份,季节性流感H3亚型109份。结论实时荧光RT-PCR法检测流感病毒具快速、操作方便、特异性强、灵敏度高等优点,值得推广应用。     

实时荧光定量RT-PCR检测肝卵圆细胞Alb和CK-19 mRNA的表达

目的 建立Alb和CK-19 mRNA表达量检测的实时荧光定量聚合酶链式反应(KT-PCK)系统,检测Lewis大鼠肝卵圆细胞(HOC))及其分化细胞中Alb和CK-19 mRNA表达量并分析其意义.方法 用实时荧光定量RT-PCR技术检测分别检测HOC、分化细胞、胆道及肝脏标本中Alb和CK-19 mRNA的表达情况,以上标本各20例.结果 Alb mRNA在HOC(-1.820±0.614)中的表达水平明显低于其在肝脏(-1.139±0.588)中的表达水平(P<0.05);CK-19 mRNA在HOC(-3.852±0.974)中的表达水平明显低于在胆道(-1.739±0.704)、肝脏(-1.926±0.653)、分化细胞(-1.492±0.634)中的表达水平(P<0.05);HOC Alb mRNA表达水平高于CK-19 mRNA表达水平(P<0.05),分化细胞Alb mRNA(-1.758±0.543)表达水平同ck-19 mRNA表达水平差异不明显(P>0.05).结论 使用实时荧光定量KT-PCK检测HOC Alb和CK-19 mKNA的表达克服了传统PCR只能定性不能定量的缺点,为研究Alb和CK-19 mRNA在HOC中的表达提供了相对定量的方法,成功地进行该项实验需要掌控好几个关键环节;HOC中Alb mRNA和CK-19 mRNA表达量低,经过诱导分化后两者表达量明显升高,证实HOC具有分化为肝细胞和胆管上皮细胞的双向分化特性,在本研究的诱导分化条件下HOC主要向胆管上皮细胞分化.     

TaqMan real-time fluorescent quantitative RT-PCR in detection of macrophage in-flammatory protein-2γ mRNA in myocarditis murine

Objective: To study the role of macrophage inflammatory protein (MIP)-2γ in myocarditis pathogenesis in BALB/c mice. Methods: The relationship, between the progression of Coxsarckie virus B3 ( CVB3 ) viral myocarditis and experimental autoimmune myocarditis and MIP-2γ mRNA expression in mouse was studied by TaqMan real-timefluorescent quantitative RT-PCR. Results: MIP-2γ mRNA expression rose on 3 to 5 d after CVB3 infection, reachedpeak on 7 d, and returned to normal level until 14 d, which corresponded well with the disease course. The MIP-2γ/mRNA expression level rose significantly on the day 18 d after immunization with porcine cardiac myosin, which wasconsistent with pathological examination. Conclusion: MIP-2γ/may be involved in the pathogenesis of myocarditis.     

风疹病毒RNA Taq Man实时荧光定量RT-PCR方法及参考标准的建立

目的建立风疹病毒RNA TaqMan实时荧光定量RT-PCR方法,制备风疹病毒RT-PCR扩增子作为该方法的参考标准品。方法设计引物与探针,优化PCR条件,建立风疹病毒RNA实时荧光定量RT-PCR方法,并制备风疹病毒RT-PCR扩增子作为该方法的参考标准品。结果制备的风疹病毒特异性扩增子参考标准品为503 bp的片断,原液浓度为2.75×109copies/μl,纯度为92%;采用该特异性扩增子参考标准品建立的标准曲线相关系数r为-0.9993（r2=0.9986）,P〈0.001。结论本研究建立的风疹病毒特异性扩增子参考标准品稳定性好,纯度高;特异性扩增子参考标准品浓度的对数值与Ct值之间具有良好的线性关系,证实了本研究建立的风疹病毒RNATaqMan实时荧光定量RT-PCR方法定量的准确性。因而,建立的风疹病毒RNA实时荧光定量RT-PCR方法简便快捷、定量准确,可用于临床标本中风疹病毒RNA的定量检测。     

荧光定量RT-PCR快速检测A型流感病毒的研究

目的利用荧光定量RT-PCR技术建立一种快速检测A型流感病毒的方法。方法根据A型流感M基因的相对保守序列分别设计一对引物及其相应的Taqman探针,建立、优化反应体系后,利用10倍稀释法检验方法的灵敏度并建立相对定量标准曲线;特异性检验后利用临床标本与传统的血凝抑制法进行比较。结果A型流感病毒检测反应的灵敏度为2.56×10-6TCID50,标准曲线相关系数为0.999,扩增效率为108.5%,5种非A型流感病毒病原体检测均为阴性,说明此方法只有很好的稳定性、重现性和特异性。结论本研究建立荧光定量RT-PCR技术可以准确检测A型流感病毒,不仅灵敏度高、稳定性好,而且可以对病毒滴度进行定量检测。     

结直肠癌组织定量RT-PCR分析中内参基因的选择

目的:筛选适用于结直肠癌组织样本的内源性参照基因?方法:以10例结直肠癌患者组织总RNA为研究材料,采用实时定量RT-PCR检测GAPDH?ACTINB?UBC?HRPT1和18S rRNA这5个候选内参基因的表达量,应用geNorm和NormFinder两种软件分析选择最佳内参基因?结果:geNorm软件发现GAPDH与ACTINB的M值相对最小,为最佳内参基因组合,18S rRNA的M值最大,稳定度最低;而NormFinder软件分析认为GAPDH表达稳定性最佳,UBC次之?结论:适用于结直肠癌组织样本RT-PCR实验的内参基因为GAPDH,最佳组合为GAPDH与ACTINB,而18S rRNA及HRPT1不是合适的内参基因?     

荧光定量RT—PCR快速检测手足口病病原研究

目的建立荧光定量RT—PCR技术用于检测手足口病的肠道病毒。方法利用TaqMan技术，设计一对共引物及探针，建立、优化反应体系后，构建质粒标准品，利用10倍稀释法建立相对定量标准曲线，根据TCID。倍比稀释，建立灵敏度曲线。特异性检验后利用临床标本与传统的RT—PCR法进行比较。结果定量标准曲线的灵敏度为10^5／μl（R^2=0．999），PCR扩增效率为94％。灵敏度曲线显示检测到的最低浓度值为5．0TCID50／ml（R^2=0．99），PCR扩增效率为97．6％。荧光RT—PCR检出率为80．9％，显著高于RT—PCR（检出率为62．92％）。结论研究建立的荧光定量RT—PCR方法检测肠道病毒敏感性高、特异性好、效率高，可以作为肠道病毒的快速检测方法。