DNA修复基因XPD单核苷酸多态与胆道癌遗传易感性

目的:研究核苷酸切除修复基因XPDAsp312Asn位点以及Lys751Gln位点多态与上海市区人群胆道癌风险的关系。方法:采用全人群病例-对照研究的方法运用PCR-RFLP对443名胆道癌患者和448名正常对照进行基因型分析。比较各基因型在病例与对照中分布频率的差异,并探讨基因、环境因素在胆道癌发生过程中的作用。结果:与携带XPD 751Lys/Lys基因型者比较,携带Gln/Gln基因型者罹患胆道癌的风险显著增加(校正OR=6.32;95%CI=1.16~34.53)。按解剖部位分析显示,风险增高只限于壶腹部癌(校正的OR=13.17;95%CI=1.71~101.38)。携带312Asn/Asn基因型者罹患壶腹部癌的风险显著高于携带Asp/Asp基因型者(校正后OR=20.09;95%CI=1.13~357.99)。在不伴有胆石症人群中,751Gln/Gln基因型携带者罹患胆道癌风险增加(校正后OR=5.92;95%CI=1.05~33.36),提示在不伴有胆石症人群中,遗传因素可能是发生胆道癌的影响因素。而在饮酒人群中携带751Lys/Gln或Gln/Gln基因型者较携带Lys/Lys基因型者患胆道癌风险增加约3倍。结论:XPD 312Asn等位基因以及751Gln等位基因可能是中国上海地区人群胆道癌尤其是壶腹部癌风险的遗传易感因素。     

DNA修复基因XPD 312 Asn和751Lys多态性与非吸烟女性肺癌的关系

目的 着色性干皮病互补基因D(xeroderma pigmentosum group D,XPD)是一种重要的DNA损伤修复基因,其常见的多态是位于751密码子的A→C颠换和312密码子G→A转换。本研究旨在探讨XPD基因751位点和312位点单核苷酸多态性与非吸烟女性肺癌易感性的关系。方法 采用病例-对照研究方法,纳入非吸烟女性肺癌患者222人和对照222人。以聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法分析XPD基因Lys751Gln和Asp312Asn多态基因型。结果 携带至少1个751Gln等位基因者和携带至少1个312Asn等位基因者患肺癌的风险均显著增高,调整OR分别为3.36(95%CI为2.29-4.90)和1.83(95%CI为1.16-2.91)。结论 XPD基因Lys751Gln和Asp312Asn多态是非吸烟女性肺癌的遗传易感因素。     

食管癌中ERCC2/XPD和XRCC1基因多态性的表达

目的:探讨DNA损伤修复基因ERCC2/XPD和XRCC1基因多态性与食管癌遗传易感性的关系。方法:采用病例对照研究设计,选取100例食管癌病例和80例正常对照。选取ERCC2/XPD Lys751Gln和XRCC1 Arg399Gln基因多态性为研究位点,以聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法进行多态性检测,应用Logistic回归计算OR值及95%CI,比较不同基因型与食管癌发病风险的关系。结果:病例组和对照组中变异型等位基因ERCC2/XPD Lys751Gln的频率分别是15.7%和13.0%。与野生基因型Lys/Lys相比,携带XPD Lys/Gln和Gln/Gln基因型者患食管癌的危险度比值比(odds ratio,OR)分别是1.94(95%CI:1.22～3.36)和0.56（95%CI:0.15～2.64)。变异型等位基因XRCC1 399Gln的频率在病例组和对照组中分别是29.8%和30.2%,与野生基因型XRCC1 Arg/Arg相比,带Arg/Gln和Gln/Gln基因型者患食管癌的OR分别是0.94(95%CI:0.69～1.31)和1.83(95%CI:0.84～3.89)。分析结果提示饮酒、酸泡菜与XPD Lys751Gln基因多态存在交互作用,交互效应OR值分别为2.24(95%CI:1.18～2.87)和2.53(95%CI:1.71～3.46),携带XPD Lys751Gln和XRCC Arg1399Gln突变基因者若同时暴露于酸泡菜或酒精,则患食管癌的危险显著增加,相较未暴露于上述因素者,OR值均增大。结论:DNA损伤修复基因ERCC2/XPD和XRCC1单核苷酸多态性可能与当地居民食管癌遗传易感性有关,与饮酒、酸泡菜存在交互作用。     

东北地区汉族人群XPD单核苷酸多态性与结肠癌易感相关性的研究

目的:研究核苷酸切除修复基因XPD单核苷酸多态性与东北地区汉族人群结肠癌风险的关系.方法:以聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法分析170例结肠癌患者标本XPD基因Asp312Asn和Lys751Gln多态性.比较不同基因型与结肠癌风险的关系.结果:Lys751Gln多态在结肠癌患者中的分布和正常对照组差异无统计学意义,与结肠癌风险无关.结肠癌患者中Asp/Asn和Asn/Asn基因型频率明显高于正常对照组,P=0.016;与携带312 Asp/Asp基因型者比较,携带至少1个312 Asn等位基因者(即Asp/Asn和Asn/Asn基因型)罹患结肠癌的风险增加2.11倍(95%CI:1.21～3.66).结论:XPD基因Asp312Asn多态是东北地区汉族人群结肠癌遗传易感因素.     

XPD基因多态性与非吸烟女性肺癌易感性的关系

背景与目的 着色性干皮病互补基因D（xeroderma pigmentosum group D，XPD）是一种重要的DNA损伤修复基因，其常见的多态是位于751密码子的A→C多态。本研究旨在探讨XPD基因751位点单核苷酸多态性与非吸烟女性肺癌易感性的关系，并探讨油烟暴露与基因多态性交互作用对肺癌风险的影响。方法 采用病例-对照研究方法，纳入非吸烟女性肺癌患者105人和对照105人。以聚合酶链反应-限制性片段长度多态性方法分析XPD基因Lys751Gln多态基因型。结果 携带至少1个751Gln等位基因者患肺癌的风险显著增高，调整OR为2．80（95％CI为1．21～6．48）。携带等位基因751Gln又有油烟暴露的个体患肺癌的风险较两个危险因素单独作用时更高，校正OR为6．85（95％CI为1．69～27．67，P=0．007）。结论 XPD基因Lys751Gln多态是非吸烟女性肺癌的遗传易感因素。携带XPD751Gln等位基因又有油烟暴露的非吸烟女性患肺癌的风险明显增高。     

非小细胞肺癌RAD51、ERCC2和BAG-1基因多态性的表达

目的:研究DNA修复基因RAD51和着色性干皮病基因(ERCC2/XPD)以及Bcl-2结合抗凋亡基因1(Bcl-2 associated athanogene 1,BAG-1)基因多态性与非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)遗传易感性的关系。方法:采用病例对照研究设计,选取100例非小细胞肺癌病例和80例正常对照。以ERCC2/XPD Lys751Gln和RAD51 codon 135以及BAG-1codon 324基因多态性为研究位点,聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法对多态性进行检测。应用Logistic回归计算OR值及95%CI,比较不同基因型与NSCLC发病风险的关系。结果:ERCC2/XPD 751基因型在病例组的分布频率为C/C型69例(69%)、C/A型26例(30%)和A/A型5例(5%)。与野生基因型C/C型相比,携带ERCC2/XPD C/A基因型和A/A基因型者患NSCLC的危险度比值比(odds ratio,OR)分别是1.53(95%CI:1.15-3.32)和0.58(95%CI:0.15-2.39)。BAG-1 codon 324基因型的分布频率为C/C型81%(81/100)、C/T型19%(19/100)以及T/T型0%(0例)。与野生基因型C/C型相比,携带BAG-1 C/T基因型者患NSCLC的OR是1.28(95%CI:1.08-2.74)。RAD51 codon 135基因型的分布频率为G/G型67%(67/100)、G/C型33%(33/100)、未现C/C型。与野生基因型G/G型相比,RAD51 G/C基因型者患NSCLC的OR是1.03(95%CI:1.06-2.29)。分析结果提示吸烟、环境危险因素与XPD Lys751Gln基因多态存在交互作用,交互效应OR值分别为2.24(95%CI:1.18-2.87)和2.53(95%CI:1.71-3.46),携带XPD Ly s751Gln突变基因者若同时暴露于吸烟、环境危险因素下,则患NSCLC的危险显著增加,相较未暴露于上述因素者,OR值均增大。结论:BAG-1和ERCC2/XPD以及RAD51基因多态性可能与当地居民NSCLC遗传易感性有关,ERCC2/XPD与吸烟、饮酒、环境危险因素存在交互作用。     

基因多态性与成人急性白血病易感性关系的研究

目的研究我国汉族人群基因多态性与成人急性白血病易感性的关系.方法按照1:1配对病例对照方法采集江苏汉族人群成人急性白血病病例与对照的外周血,应用PCR-RFLP技术,从代谢酶、受体、DNA修复基因三个层面检测CYP1A1(C6235T)、GSTT1、GSTM1、NQO1(C609T)、P2X7(A1513C)、XRCC1(Arg399Gln)、XPD(Lys751Gln)基因多态性的分布,分析上述基因位点多态性和成人急性白血病易感性的关系,以及基因与基因间的交互作用.结果应用配对病例对照的X2检验分析得出CYP1A1、P2X7、XPD突变型和GSTT1缺失基因型在病例与对照组中的分布有统计学差异(P＜0.05),CYP1A1、GSTT1、P2X7、XPD基因可能是成人急性白血病的易感基因,其OR值分别为3.1957、1.9008、1.9983和2.1842;按病理类型分析,CYP1A1可能是急性髓性白血病、CYP1A1与XPD可能是急性淋巴细胞性白血病的易感基因.应用logistic多元回归模型分析得出CYP1A1(6235T)与XRCC1(399Gln)突变基因型之间,P2X7(1513C)与XRCC1(399Gln)突变基因型之间具有协同作用,其OR值分别为5.720和5.027,有统计学意义(P＜0.05).结论携带CYP1A1、P2X7、XPD突变等位基因者,携带GSTT1缺失型基因者患急性白血病的危险性可能增加;其中携带CYP1A1突变等位基因者患成人急性髓性白血病的危险性可能增加,携带CYP1A1与XPD突变等位基因者患成人急性淋巴细胞性白血病的危险性可能增加;同时携带CYP1A1(6235T)与XRCC1(399Gln)突变基因型或P2X7(1513C)与XRCC1(399Gln)突变基因型患成人急性白血病的危险性比单独携带其中一个突变基因型者明显增加.     

XPD751基因多态性与胃癌易感性的Meta分析

目的探讨XPD 751基因多态性与胃癌患病风险的关系。方法检索VIP、CBM、CNKI、Pubmed、EMBASE等数据库,收集有关XPD Lys751Gln基因多态性与GC易感性的病例对照研究,提取纳入文献的相关数据进行Meta分析。以病例组及对照组XPD Lys751Gln基因型分布的比值比(odds ratio,OR)为效应指标,对文献进行异质性检验,应用Rev Man 5.14软件对数据进行合并分析,计算合并OR值及95%可信区间(CI)。结果共14个病例对照研究符合纳入标准,累计病例2852例,对照6424例。Meta分析结果显示:Gln-allele与GC易感性无关联性(P>0.05);亚组分析:中国人群[Gln/Gln vs.Lys/Lys,OR=3.23(95%CI=2.28-4.56,I2=0%,P<0.001);Gln/Gln vs.Lys/Gln+Lys/Lys,OR=2.42(95%CI=1.74-3.38,I2=0%,P<0.001);Gln-allele vs.Lys-allele,OR=1.28(95%CI=0.81-2.02,I2=88%,P=0.28)];混合人群组各基因型之间比较,均无统计学差异(P均>0.05)。结论 XPD 751Gln/Gln基因型可能是中国人群GC的易感基因型,尚需要开展更大、更严谨的研究证实。     

CCK及CCKAR基因多态性与胆道癌及胆石症遗传易感性的关系

目的:研究胆囊收缩素(cholecystokinin,CCK)rs747455位点及胆囊收缩素A受体(cholecystokinin A receptor,CCKAR )rs1800856位点的基因多态性与上海市区人群胆道癌及胆石症易感性的关系。方法:采用全人群病例-对照研究的方法,运用实时荧光定量PCR系统对253例胆囊癌、133例肝外胆管癌、53例壶腹癌和440例胆石症患者以及445名正常对照进行CCK rs747455及CCKAR rs1800856位点基因型分析。结果:无胆石个体中携带CCK rs747455位点CT基因型者较携带CC基因型者罹患壶腹癌的风险降低,其比值比(odds ratio,OR)=0.31,95%可信区间(confidence interval,CI)为0.10～0.96,经过Bonferroni校正后此差异仍有统计学意义(P=0.042);饮酒个体中携带rs747455位点TT基因型或CT基因型者较携带CC基因型者罹患胆石症的概率增加(OR=2.81, 95%CI:1.08～7.29;OR=2.93, 95%CI:1.03～8.33),但经过Bonferroni校正后差异无统计学意义(P=0.061)。在CCKAR rs1800856位点的分层分析中未发现该位点与胆道癌及胆石症有显著相关性。结论:CCK基因rs747455位点可能与中国上海人群胆道癌及胆石症的发生相关。     

XPD基因单核苷酸多态性与食管鳞状细胞癌、贲门腺癌发病风险的关联研究

目的：探讨DNA修复基因XPD第10外显子Asp312Asn及第23外显子Lys751Gln单核苷酸多态性（SNP）与河北省食管癌、贲门癌高发区磁县和涉县人群食管鳞状细胞癌（ESCC）、贲门腺癌（GCA）发病风险的关系。方法：采用聚合酶链反应．限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）分析方法检测327例ESCC患者、253例GCA患者和612例健康对照的XPD基因第10外显子Asp312Asn及第23外显子Lys751Gln的SNP基因型，并比较不同基因型以及单体型与ESCC、GCA发病风险的关系。结果：ESCC、GCA患者组中消化道肿瘤家族史阳性个体比例明显高于对照组，上消化道肿瘤家族史可增加ESCC、GCA的发病风险（经性别、年龄、吸烟状况校正后的OR=1．80和1．75，95％CI=1．36～2．38和1．29～2．36）。根据吸烟状况和上消化道肿瘤家族史进行分层分析发现，与A／A基因型相比，携带C等位基因（A／C或C／C基因型）可显著降低非吸烟个体GCA的发病风险（经性别、年龄和上消化道肿瘤家族史校正后的OR=0．50，95％CI=0．26～0．98）。结论：XPD基因Asp312Asn、Lys751Gln SNP可能与河北省食管癌、贲门癌高发区磁县和涉县人群ESCC、GCA的发病风险无关，但分层分析发现携带第23外显子A／C或C／C基因型可能降低非吸烟个体GCA的发病风险。     

RNA-tumour-virus genes and transforming genes: patterns of transmission.

RNA tumour virus genes are contained in the chromosomal DNA of most vertebrates, and may be transmitted vertically from parent to progeny along with other cellular genes, as well as horizontally as infectious particles. Activation of these viral genes may be part of the means by which RNA tumour viruses produce cancer. Viral genes and their possible gene products have been characterized. The envelope glycoprotein, for example, interacts with specific membrane receptors on cell surfaces and the major phosphoprotein binds to specific viral RNA sequences. Type-C viral gene sequences have evolved as the species have evolved, and have been transferred between distantly related species under natural conditions. The presence of genetically transmitted viral genes in several vertebrate species, including primates, and the evidence that they may provide normal functions beneficial to the species carrying them, suggests that the potential to cause cancer is a pathological manifestation of a normal physiological process.     

同源异形盒基因与肿瘤

同源异形盒基因是一类特殊的转录调节因子,其表达蛋白通过序列特异性DNA结合活性,调控胚胎的发育和分化.近年来研究发现,同源异形盒基因异常表达与肿瘤的发生和发展密切相关.现综述有关同源异形盒基因在肿瘤发生、发展中的作用及其分子机制等方面的研究进展.     

Proto-oncogenes, growth factor genes, receptor genes, differentiation genes and structural rearrangements in human cancer

Information on chromosomal structural rearrangements in leukemia and solid tumors was retracted from a computerized databank and the literature. A binomial test procedure was used to determine the statistical significance of the observed numbers of breaks. Some 131 human cancer-specific chromosomal structural rearrangements were also taken from the literature. The results showed that breakage and deletion occurred preferentially in bands known to contain proto-oncogenes, growth factor genes, receptor genes and differentiation genes. Therefore, chromosomal structural rearrangements could be used to find and map new genes involved in the genesis and/or progression of neoplasia.     

骨肉瘤差异表达基因的生物信息学分析及关键基因筛选

目的筛选成骨型骨肉瘤与正常成骨细胞的差异表达基因, 寻找成骨型骨肉瘤发生、发展的关键基因。方法从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库获得正常成骨细胞和骨肉瘤组织的基因表达数据集GSE33382, 采用R语言的limma包筛选正常成骨细胞和成骨型骨肉瘤的差异表达基因, 对差异表达基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。采用String数据库构建蛋白交互网络, 应用Cytoscape软件的分子复合物检测(MCODE)插件筛选互作网络中的网络模块, 应用Cytoscape软件中的BiNGO模块对MCODE筛选得到的前3个主要模块所包含的差异表达基因进行基因本体(GO)富集分析。采用MCC算法筛选蛋白互作网络中前10个关键基因。从GEO数据库获得骨肉瘤的基因表达和生存数据集GSE39055, 采用Kaplan-Meier法进行生存分析。选取2005年1月至2015年12月福建医科大学附属第一医院收治的48例成骨型骨肉瘤患者的资料进行验证, 采用免疫组化法测定骨肉瘤组织中STC2蛋白的表达, 结合患者的临床资料进行生存分析。结果从GSE33382数据集...     

Differentially expressed genes analysis and target genes prediction of miR-22 in breast cancer

Objective miR-22 is highly active in breast cancer, especially in the luminal B and HER2 subtypes. However, the detailed potential of the use of target genes for miR-22 in breast cancer are still unclear. In this study, we aimed to discover potential genes and the miRNA-DEGs network of miR-22 in breast cancer using bioinformatics approaches. Methods Analysis of microarray data GSE17508 (including 3 miR-22 knockout samples and 3 controls) obtained from the Gene Expression Omnibus (GEO) database was performed. Differentially expressed genes (DEGs) between the miR-22 knockout samples and the three control samples were detected using GEO2R. The gene ontology (GO) functional enrichment analysis and protein-protein interaction (PPI) network of DEGs were performed using the online tool Metascape and STRING database, separately. The miR-22 and DEG networks were obtained from the miRNet database. Cytoscape software was used to construct and analyze a merged miRNA-DEG network. The online tools database, mirDIP 4.1, was used to predict miR-22 target genes. Results Certain DEGs and miRNAs may be potential targets for predicting and treating miR-22 expressed breast cancer. Conclusion We constructed a prognostic model of rectal adenocarcinomas based on four immune-related lncRNAs by analyzing the data based on TCGA database, with high prediction accuracy. We also identified two biomarkers with poor prognosis (PXN-AS1 and AL158152.2) and one biomarker with good prognosis (LINC01871).