湖北省HIV-1流行毒株的基因序列测定和亚型分析

１９９６年８月下旬采集２０份湖北省ＨＩＶ１感染者外周血，分离单个核细胞（ＰＢＭＣｓ）提取核酸使用ＰＣＲ进行扩增获得ＨＩＶ１膜蛋白（ｅｎｖ）基因的核酸片段，并对其Ｃ２Ｖ３及邻区３５０～４５０个核苷酸序列进行了测定和分析。研究结果表明，这２０份样品均为Ｂ亚型的ＨＩＶ１毒株序列，彼此间的基因离散率为１．９％。与国际ＡＥ亚型参考序列及部分地区Ｂ亚型代表株序列相比较，湖北的２０个毒株与流行与我国云南德宏、四川和河南等地的Ｂ亚型毒株序列十分接近，均属于泰国Ｂ亚型；它们的基因离散率在１．９％～３．２％的范围内。根据以上数据及其它资料提示，ＨＩＶ１在湖北的流行时间不长，该流行区毒株的传入与流行在云南德宏州的相同亚型ＨＩＶ１毒株密切相关。     

陕西省HIV-Ⅰ流行毒株亚型分析

目的 了解陕西省近年来发现的人类免疫缺陷病毒(HIV)感染者所携带毒株的基因序列特征、亚型种类和毒株来源以及在各高危人群中的分布,推断其传播来源和流行趋势,为本省艾滋病防治工作提供技术资料.方法 对HIV感染者进行流行病学相关因素调查,无菌采集HIV感染者抗凝全血,提取前病毒DNA,应用套式聚合酶链式反应(nested-PCR)扩增其膜蛋白基因env,对其C2～V3区及邻区的核苷酸序列进行测定,用GCG软件(Wisconsin 公司)进行亚型分析.结果 35份样本PCR扩增阳性并得到相应序列.经基因离散率计算和系统树分析,共发现4种HIV-1基因亚型和重组毒株,即HIV-1 B'、C、CRF01-AE和CRF-BC重组型.其中泰国B'亚型为主要流行株,占82.35%(28/34),主要来源于既往采供血者及其配偶;其次是CRF-BC重组型,占11.77%(4/34),主要来源于吸毒人群:CRF01-AE和C亚型各1份,分别占2.94%,均来自劳务输出的归国人员.该组样本B'亚型内的基因离散率为5.2%(n=23);而CRF-BC亚型内的基因离散率为0.9%(n=3),彼此间显示出较近的传播关系.结论 陕西省HIV-1流行株以泰国B'亚型为主,发生在与既往有偿采供血相关的地区和人群,已有6～7年的流行史;首次在当地吸毒人群中发现HIV-1 CRF-BC重组型,并且显示近期高度流行的趋势.加强对既往有偿献血人群和吸毒人群的行为干预,控制HIV病毒在家庭内和吸毒人群中的传播,将是今后本省艾滋病防治工作重点之一.     

东莞市HIV-1流行株pol基因序列特征和亚型分析

目的 了解东莞市人类免疫缺陷病毒Ⅰ型（human immunodeficiency virus type 1,HIV-1）感染者的流行病学特征及亚型的分布情况。方法 选取50例样本,收集流行病学资料,采用RT-PCR法扩增pol基因序列并测序,应用BioEdit、Genotyping和MEGA等生物学软件对pol基因进行序列分析。结果 收集的50例样本最终成功扩增得到32份样本的pol基因序列,其中CRF01_AE亚型12例;CRF_07BC亚型11例;B亚型7例;CRF55_01B亚型2例。各亚型基因离散率分别为CRF01_AE是（0.075±0.039）、CRF07_BC是（0.030±0.009）、B亚型是（0.073±0.022）,各亚型之间的基因离散率差异有统计学意义（F=41.055,P<0.001）,CRF01_AE亚型和B亚型内毒株间的基因离散率均大于与CRF07_BC亚型（P值均小于0.001）。结论 CRF01_AE和CRF_07BC亚型在东莞市HIV-1流行株中占优势,CRF07_BC亚型在各亚型之间的基因离散率最小。     

陕西省HIV-Ⅰ流行毒株亚型分析

目的了解陕西省近年来发现的人类免疫缺陷病毒（HIV）感染者所携带毒株的基因序列特征、亚型种类和毒株来源以及在各高危人群中的分布,推断其传播来源和流行趋势,为本省艾滋病防治工作提供技术资料。方法对HIV感染者进行流行病学相关因素调查,无菌采集HIV感染者抗凝全血,提取前病毒DNA,应用套式聚合酶链式反应（nested-PCR）扩增其膜蛋白基因env,对其C2～V3区及邻区的核苷酸序列进行测定,用GCG软件（Wisconsin公司）进行亚型分析。结果35份样本PCR扩增阳性并得到相应序列。经基因离散率计算和系统树分析,共发现4种HIV-1基因亚型和重组毒株,即HIV-1 B’、C、CRF01-AE和CRF-BC重组型。其中泰国B’亚型为主要流行株,占82.35%（28/34）,主要来源于既往采供血者及其配偶;其次是CRF-BC重组型,占11.77%（4/34）,主要来源于吸毒人群：CRF01-AE和C亚型各1份,分别占2.94%,均来自劳务输出的归国人员。该组样本B’亚型内的基因离散率为5.2%（n=23）;而CRF-BC亚型内的基因离散率为0.9%（n=3）,彼此间显示出较近的传播关系。结论陕西省HIV-1流行株以泰国B’亚型为主,发生在与既往有偿采供血相关的地区和人群,已有6～7年的流行史;首次在当地吸毒人群中发现HIV-1 CRF-BC重组型,并且显示近期高度流行的趋势。加强对既往有偿献血人群和吸毒人群的行为干预,控制HIV病毒在家庭内和吸毒人群中的传播,将是今后本省艾滋病防治工作重点之一。     

四川省HIV- 1 流行毒株的基因序列测定和亚型分析

使用PCR对 9份采集于 1996年中旬的四川省经血液途径感染的HIV - 1阳性感染者外周血单个核细胞 (PBMCs)样品进行扩增 ,获得HIV - 1膜蛋白 (env)基因的核酸片段 ,并对其C2-V3及邻区 350～ 4 50个核苷酸序列进行了测定和分析。结果表明 ,9份样品中存在B和C两种亚型的HIV - 1毒株序列 ,其中B亚型 5份 ,彼此间的基因离散率为 1.4 % ;C亚型 4份 ,在不包括sc3号样品的情况下彼此间的基因离散率为 2 .6% ,而sc3号样品与其它 3份样品在核苷酸序列上的差异却达 11.5%。与A～E参考亚型及部分B和C亚型代表株序列相比较 ,属四川B亚型的 5个毒株与包括泰国、缅甸及中国云南德宏在内的B亚型毒株序列十分接近 ,基因离散率在 3.6%～4 .3%的范围内 ;属四川C亚型的 4个毒株除sc3外则与代表印度毒株的C亚型共享序列及德宏C亚型毒株序列十分相似 ,其基因离散率均为 3.1% ,与非洲C亚型毒株nof的基因离散率为13.1% ,而sc3号序列与印度、中国德宏和非洲C亚型HIV - 1的基因离散率却在 10 .1%～ 17.2 %的范围内。提示 ,HIV - 1在四川的流行时间不长 ,且其B和除sc3之外的C亚型毒株的传入与流行在云南德宏州的相同亚型HIV - 1毒株密切相关 ,而由sc3所代表的C亚型毒株则存在目前还尚不了解的其它传入来源。     

辽宁省2008-2010年HIV-1基因亚型分布特征及流行病学分析

HIV-1毒株的感染力较强,是目前HIV流行的主要病毒株和重点研究对象[1].HW-1分为M(main)、O(outlier)和N(non-M-non-O)3个组.其中M组又分为A～K亚型.近年又证实了至少16种各种亚型的重组型CRF 01至CRF016.本研究对59例HIV-1感染者血浆样本进行基因扩增和序列分析并收集相关流行病学资料,结果报道如下. 1.材料与方法: (1)样本来源:选取2008-2011年经病毒载量检测,载量＞1000 copy/ml的59例样本进行HIV蛋白酶(PR)和反转录酶(RT)基因区的扩增和测序.     

贵州省HIV-1毒株基因亚型变异特征分析

目的 分析贵州省人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)毒株亚型的变异特征,为获得性免疫缺陷综合征(艾滋病,AIDS)防治提供科学依据.方法 收集贵州省1998、2002、2007年HIV-1感染者190例,采集血液样品,采用巢式聚合酶链反应(nested PCR)扩增env基因并进行测序分析,与国际标准亚型毒株和其他地区阳性株进行对比,根据[同源性、离散率等]分析HIV-1毒株亚型的变异特征.结果 贵州省HIV-Ⅰ毒株经变异产生3种新亚型毒株,B、B′、C亚型通过基因重组变异为CRF 07-BC、CRF08 -BC流行性重组亚型毒株;E亚型毒株变异成了CRF01-AE重组亚型毒株;3种亚型毒株分别占当年核酸检测阳性数的63.41％、36.59％、52.10％;CRF07-BC、CRF08-BC与来源于印度的C.IN.92.同源,CRF01-AE与从欧美传入泰国的01 AE.TH90.同源;变异后的BC亚型组内基因离散率为(0.049±0.007)％,AE亚型的组内基因离散率为(0.064±0.008)％.结论 贵州省的HIV-1毒株具有高度变异特性;HIV-Ⅰ变异毒株在传播和流行中较易形成当地流行的优势毒株.     

2011-2013年柳州市部分HIV-1毒株gag基因测定及亚型分析

目的 了解2011-2013年柳州市人类免疫缺陷病毒1（human immunodeficiency virus 1, HIV-1）亚型分布、流行毒株情况。方法 从2011-2013年柳州市HIV-1毒株样本中采用单纯随机抽样方法抽取120株作为研究对象,将120份样本从血浆中抽提核酸RNA,扩增HIV-1 gag基因片段,送至北京六合华大基因科技股份有限公司测序。合格序列利用数据库分析亚型以及利用MEGA5构建系统进化树。结果 得到合格的gag基因片段98条序列。来自gag基因片段的序列分析重组流行毒株（circulate recombinant forms, CRFs）的重组亚型CRF01_AE占95.9%（94/98）,异性传播比例为79.8%（75/94）;重组亚型CRF07_BC占4.1%（4/98）。样本1LZ022和1LZ032,1LZ025和3LZ029的bootstrap值分别为99.0%,100.0%,两两之间传播途径不同。结论 2011-2013年,柳州市HIV-1以重组亚型CRF01_AE为主。柳州市重组亚型CRF01_AE从吸毒人群向异性接触感染人群蔓延。利用系统进化关系结合传播途径,便于分析传染源,为艾滋病干预措施提供有力佐证。     

九江市HIV-流行毒株基因序列测定和亚型分析

目的：了解九江市HIV-1流行毒株的亚型分布情况。方法：对采集的6份九江市HIV-1感染者的血浆样品进行RT—PCR扩增，获得GAG基因的核酸片断进行核苷酸序列分析。结果：在6份样品中发现B’亚型HIV-1毒株四株，B亚型和A／E重组亚型HIV-1毒株各一株。结论：HIV-1流行毒株亚型在九江市分布情况复杂，防控形势严峻。     

不同途径感染人群HIV-1亚型分布

目的 了解河北省石家庄市不同感染人群人类免疫缺陷病毒I型(HIV-1)亚型及分布特点。方法 从石家庄市报告的148例HIV-1抗体阳性者抗凝全血中提取前病毒DNA,用套式聚合酶链反应(nested-PCR)扩增病毒膜蛋白(ENV)基因的C2-V3区并进行序列测定,与国际标准参考序列比较确定亚型。结果 148例样品分属8个亚型,45例为欧美B,37例为CRF07-BC,35例为泰国B(B'),25例为CRF01-AE,C和CRF02-AG各2例,CRF03-AB和CRF11-CPX各1例。结论 既往供受血人员和注射吸毒人群感染的HIV-1亚型相对单一,性传播亚型分布较广。     

山东省HIV-1B亚型毒株分子流行病学研究

目的　了解人类免疫缺陷病毒 1型 (HIV -1B)亚型毒株在山东省的流行分布情况和传播规律。方法　采集 17份HIV -1感染者的外周静脉防凝血 ,提取前病毒DNA进行体外扩增 ,获得包膜蛋白 (env)基因的核酸片段 ,并对其C2 -V3及邻区的核苷酸进行测定和分析。结果　系统树和基因离散率分析发现这 17份血样均为HIV -1B亚型感染 ,且感染毒株距离泰国B亚型代表株RL42最近 ,离散率为 9 16± 3 3 4 ,17毒株之间的离散率为 11 69±4 19。氨基酸序列分析发现 ,V3环顶端 4肽基序呈多态性 ,有 6种形式。结论　HIV -1B亚型在山东省地理分布广 ,并涉及 3类人群两种传播途径 ,且毒株出现较大变异 ,具有广泛传播的潜在危险     

山东省HIV-1C亚型毒株的分子流行病学研究

目的 了解HIV—1C亚型毒株在山东省不同人群中的流行传播情况，分析其传染来源和传播规律。方法 采集7份HIV—1感染的外周静脉防凝血，提取前病毒DNA进行体外扩增，获得包膜蛋白(env)基因的核酸片段，并对其C2—V3及邻区的核苷酸进行测定和分析。结果 7份血样均为HIV—1C亚型感染，系统树和基因距离分析发现，其中5株靠近07—BC重组毒株，2株靠近08—BC重组毒株。结论 山东省C亚型有重组株存在的可能，且人群分布广，传播途径多样，具有广泛传播的潜在危险。     

HIV-1重组毒株gag区快速基因分型方法

目的建立一种简便、快速基因分型方法,对广西人类免疫缺陷病毒（HIV-1）重组毒株gag基因区进行亚型鉴定。方法从HIV阳性样本中提取核酸,使用HIV-1 M组通用引物对gag区进行第1轮扩增,第2轮使用分别检测C亚型和CRF01-AE重组型的二套特异性引物放入同一反应管中进行扩增,根据不同亚型扩增的目的带位置不同判断亚型。另外设计了一套引物,专门用于检测B’/C重组毒株。扩增出的所有样本均进行基因测序和系统树分析以验证结果。结果54份样本中,经基因测序和系统树分析证实CRF08-BC样本4份（7.41%）,CRF01-AE样本46份（85.18%）,4份（7.41）无法确定亚型。经亚型特异性引物PCR法检测出4份（100%）B’/C重组毒株,45份（97.83%）CRF01-AE重组毒株,灵敏度为98%,特异性为100%。2种方法检测结果经差异性检验显示,P〉0.05,差异无统计学意义,结果一致性高达98.15%。与基因分析结果吻合。重复实验显示,B’/C的平均重复性为100%（20/20）,CRF01-AE为98.3%（59/60）。结论该方法具有简便、快速,高度灵敏度和特异性的特点,可直接对广西HIV-1重组毒株CRFO 1-AE gag基因区进行分型。     

Gag/IFNα-2b融合基因在痘苗病毒中共表达研究

目的　本实验将编码AIDS病毒 (HIV -1)核心蛋白gag与编码干扰素 (IFNα -2b)基因插入以痘苗病毒复制非必需区血凝素 (HA)基因为侧翼 ,牛痘病毒包涵体 (ATI)启动子和串联的p7 5突变型早期启动子为基本构件的痘苗病毒表达载体 (pJ3 8) ,经与野生型痘苗病毒在细胞内同源重组 ,获得具有生物活性的重组痘苗病毒vJ3 8gag/IFNα -2b。方法　经免疫荧光、Dot -ELISA、SDS -PAGE、Western -blot等方法检测表达产物 ,分析免疫小鼠后血清抗体IgGOD4 90 值与T淋巴细胞的变化。结果　vJ3 8gag/IFNα -2b能表达Gag/IFNα -2b融合蛋白 ,分子量约 60kDa。免疫小鼠实验表明血清抗体IgGOD4 90 值、CD+ 4、CD+ 8T淋巴细胞计数的组间比较 (P <0 0 0 1) ,含IFNα -2b与单纯vJ3 8gag组相比 (P >0 0 5) ,但呈渐进性增高的趋势。 结论　重组痘苗病毒表达的gag/IFNα -2b融合蛋白具有良好的免疫原性和免疫反应性     

河南省艾滋病毒I型膜蛋白基因序列特征和亚型研究

目的　了解在河南省流行的人类免疫缺陷病毒(HIV)毒株的流行情况及亚型特征。方法　用套式聚合酶反应(nested -PCR)对28份河南省内的HIV-1感染者外周血单个核细胞(PBMc)中的膜蛋白基因进行扩增,并对C2-V3及其邻区350 -450个核苷序列进行测定和分析。结果　28份样品间的基因离散率为5.72%,与流行于云南的(泰国B)毒株基因离散率 为5.80%,与其它国际亚型,欧美B、A、C、D、F、G、H、J、O亚型基因离散率均在18.05%以上。系统树分析显示,28份毒株与 泰国B亚型聚在一起而远离其它国际亚型。其毒株V3环四肽序列泰国B亚型基因型GPGQ8例占28.57%,欧美B亚型基 因型GPGR13例占46.43%.结论　河南省流行的HIV株属B′亚型,其毒株来自与泰国接壤的云南,在河南流行的时间约在 6～10年,其V3环顶端四肽序列特征以GPGR为主。     

福建省HIV-1 新近感染者流行毒株基因亚型及其流行特征分析

目的 了解福建省HIV-1 新近感染者流行毒株的亚型分布和流行特征。方法 随机抽取福建省2011－2012 年使用BED捕获酶免疫试验检出的104 例新近感染者血样标本,采用反转录巢式PCR扩增,gag、pol 和env 基因片段,并测定和分析核酸序列。结果 目标人群中存在B亚型和01_AE、07_BC、08_BC、55_01B 四种流行重组型,其中以01_AE 和07_BC 流行重组型为主,分别占45.68%和35.80%。基因亚型的流行特征分析显示,亚型分布中01_AE 所占比例下降,07_BC 所占比例上升;性传播是主要感染途径,其中同性传播比例明显上升。结论 福建省HIV-1 流行毒株亚型分布众多,随着时间推移,亚型构成和传播途径已发生改变,应加强对HIV-1感染的分子流行病学趋势动态监测。     

维吾尔族HIV-1感染者gag基因序列分型研究

目的 通过扩增乌鲁木齐维吾尔族HIV-1感染者gag基因片段,确定该民族HIV-1感染者流行株的基因亚型. 方法 对68例新疆乌鲁木齐市HIV-1感染者的血浆标本的RNA,用巢式PCR扩增gag基因片段,将所得到的序列与国际标准株进行比较,确定被检标本的亚型. 结果 在68例HIV感染者的血浆标本中,共成功扩增35例gag基因片段,扩增率为51.47％.经BLAST初步判断和构建进化树并与国际标准株比对确认,35例感染者感染的HIV毒株序列中,发现均为CRF07_ BC亚型.35例毒株之间的平均基因距离为(0.043±0.003),与3例CRF07_ BC亚型国际参考株之间的平均基因距离在(0.034±0.004) ～(0.039±0.005)之间. 结论 新疆乌鲁木齐市HIV-1感染者以CRF07_ BC亚型为主要流行株.35例序列相互之间以及与3株不同来源的国际参考毒株之间表现出高度的同源性.     

1例输入性HIV-1 G亚型毒株的检出及基因组序列分析

目的　对1例输入性HIV-l G亚型感染者病毒基因组进行序列测定,并进行系统进化分析。方法　采集在本地区艾滋病监测中发现的1例HIV-1 G亚型感染者的血清,提取病毒RNA,利用反转录巢式-PCR技术扩增并测定病毒近似全长基因序列。结果　获得此毒株近似全长基因组序列,长度为8695 bp。重组分析结果显示,此毒株序列中无其他亚型的基因型片段插入,为HIV-1 G亚型毒株;系统进化树显示,此毒株与尼日利亚流行株G.NG.1995.NG1937.AF069937亲缘关系最近,基因离散率为8.95%。此G亚型毒株以趋化性细胞因子受体5作为辅助受体,V3区有1个氨基酸缺失,糖蛋白GP120中有8个位点因多糖空洞而导致糖基化位点缺失。结论　本研究从分子流行病学角度证实该毒株为境外输入性毒株,此毒株序列的测定和分析对于本地区HIV流行趋势和HIV毒株多样性研究均具有重要意义,提示我们需加强艾滋病监测,防止境外毒株与本地毒株发生重组和流行。