基于网络药理学和分子对接技术研究黄芩治疗糖尿病脑病的作用

目的 采用网络药理学和分子对接技术研究黄芩治疗糖尿病脑病的作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索黄芩主要活性成分和作用靶点，通过OMIM、GeneCards、TTD及DrugBank等数据库筛选糖尿病和阿尔茨海默病的主要靶点，构建活性成分-靶点网络；利用STRING 11.0进行蛋白质互作分析，构建PPI网络以筛选重要靶点；运用Metascape库对关键交集靶点进行GO和KEGG富集分析；利用Cytoscape 3.7.2将分析得到的重要靶点和通路构建药物成分-疾病靶点-通路网络；进一步对关键活性成分和核心靶点进行分子对接验证。结果 筛选出黄芩重要活性成分有汉黄芩素、黄芩素、金合欢素、降穿心莲黄酮等，PPI网络中关键交集靶点61个，核心靶点有AKT1、IL-6、MAPK14、TNF、PRKCA、VEGFA等。GO富集分析得到细胞组成101条，分子功能76条，生物过程1 413条；KEGG通路富集分析得到258条，主要涉及AGE-RAGE信号介导的糖尿病并发症通路、IL-17、MAPK、TNF、PI3K-Akt信号通路、胰岛素抵抗通路等。分子对接结果可知，汉黄芩素、金合欢素、黄芩素、红...     

基于复方网络药理学和分子对接技术研究丹蒌片治疗冠心病的作用机制

运用网络药理学和分子对接方法探究丹蒌片在冠心病治疗过程中的活性成份以及可能的作用机制,为后续临床试验的广泛靶向代谢组学分析提供参考,为其治疗冠心病提供现代医学理论依据。首先通过TCMSP数据库获取丹蒌片复方中药材有效成份和药物潜在靶点,通过Drugbank和Genecards数据库筛选出冠心病疾病靶点,将筛选出的药物靶点与疾病靶点取交集,获取丹蒌片治疗冠心病的靶点集。通过String数据库对靶点集进行PPI分析,并筛选核心靶基因。基于Metascape数据库对交集基因进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析,最后采用Auto Dock、Pymol软件对丹蒌片关键作用成分与作用靶点进行分子对接验证和可视化处理。结果共筛选得到165个丹蒌片活性成份,344个药物靶点,获得冠心病疾病靶点947个,145个药物与疾病交集基因。通过GO功能富集分析和KEGG通路分析,结果主要涉及AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路等。分子对接结果显示药物8种关键活性成分与作用靶点受体蛋白对接良好。该研究初步揭示了丹蒌片药物活性成份...     

基于网络药理学-分子对接技术研究柴胡治疗卒中后抑郁的药效物质基础及作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术,探讨柴胡治疗卒中后抑郁（Post-stroke Depression, PSD）的潜在活性成分和可能的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和蛋白质序列数据库（Uniprot）筛选出柴胡主要活性成分及其靶点基因,并将目标蛋白名称标准化,通过GeneCards、OMIM数据库获取PSD靶点基因;对两者靶点取交集后采用STRING数据库构建柴胡治疗PSD的潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络图;利用Cytoscape-v3.9.1软件进行核心靶点筛选;利用DAVID数据库对潜在靶点进行基因本体（GO）功能富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后,利用PyMol软件和AutoDockTools-1.5.7软件对柴胡主要活性成分与核心靶点使用分子对接技术绘制相应的分子对接图。结果：共筛选得到柴胡活性成分17个,去重后对应靶点175个,疾病靶点852个,经Venny数据库预测到疾病-药物交集靶点45个。GO功能富集分析结果显示共获得323个GO功能注释,KEGG通路富集分析结果显示获得106条信号通路。分子对接...     

基于网络药理学及分子对接技术的痰热清胶囊治疗新冠肺炎的物质基础及机制研究

目的运用网络药理学及分子对接技术分析痰热清胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的物质基础及潜在作用机制。方法通过文献检索痰热清胶囊化学成分,运用SwissADME平台对纳入的药物成分根据类药性及口服生物利用度筛选主要活性成分,并借助SwissTargetPrediction平台预测成分靶点信息,运用Cytoscape3.7.0软件构建药物-成分-靶点网络。在GeneCards平台检索冠状病毒肺炎的相关疾病靶点,通过STRING平台对药物成分与疾病的交集靶点构建PPI网络,同时将交集靶点导入Metascape平台获取GO基因功能注释及KEGG富集分析结果。最后借助AutoDock软件将药物成分与COVID-19 3CL水解酶进行对接。结果经筛选获得痰热清胶囊主要活性成分26个,对应靶点293个。PPI核心网络关键靶点15个;GO功能分析获得关键条目50条;KEGG富集分析得到相关信号通路19条;分子对接结果显示熊去氧胆酸、芦丁、鹅去氧胆酸、木樨草苷、汉黄芩苷、黄芩苷与COVID-19 3CL水解酶有较好的亲和力。结论痰热清胶囊主要成分可通过多靶点、多通路治疗新冠肺炎。     

基于网络药理学和分子对接探讨强力定眩片治疗高血压的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接技术,探讨强力定眩片治疗高血压的作用机制。方法：使用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中药分子作用机制的网络药理学在线分析工具（BATMAN-TCM）平台检索强力定眩片活性成分,使用Swiss Target Prediction数据库,对活性成分进行靶点预测。通过GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、治疗靶点数据库（TTD）得到高血压相关靶点,整合药物靶点和疾病靶点,获取交集靶点。使用Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点-疾病网络图,筛选核心成分。利用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选核心蛋白。使用MCODE对PPI网络进行蛋白聚类分析。利用DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,Hiplot分析平台进行基因本体（GO）富集分析,再使用Autodock Vina和Pymol实现核心成分-核心蛋白的分子对接。结果：检索得到强力定眩片活性成分44个,作用靶点679个,疾病相关靶点2 367个,药物与疾病的交集靶点305个。KEGG分析显示,交集基因主要富集于PI3K-AKT信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路、钙信号通路、cAMP信号通路、HIF-1等信号通路。GO富集分析显示,交集基因主要富集于循环系统调控过程、血管管径调节、MAPK级联正向调节、血压调节等过程。分子对接结果显示,主要核心成分与核心蛋白均有较好的结合活性。结论：强力定眩片可能通过调控肾素-血管紧张素-醛固酮系统、血管平滑肌收缩、氧化应激、钙离子通道等方式,起到降低血压的功效。     

基于网络药理学探讨雷公藤多苷治疗桥本病的潜在作用机制

目的 探讨雷公藤多苷治疗桥本病的潜在作用机制。方法 利用TCMSP数据库、文献挖掘获得雷公藤多苷活性成分,PharmMapper数据库预测活性成分靶点,GeneCards、OMIM数据库获得桥本病相关靶点,利用Venn在线工具筛选两者的交集基因,STRING平台构建蛋白相互作用(PPI)网络,DAVID数据库对交集基因进行GO功能、KEGG通路富集分析,构建活性成分-靶点-通路网络。最后通过分子对接工具SYBYL X2.0进行分子对接。结果 筛选出雷公藤多苷活性成分30种,成分靶点82个,疾病靶点1 373个,交集靶点38个,GO分析8个条目,KEGG分析46条通路,成分-靶点网络的重要靶点与成分-桥本病靶点-通路网络的重要靶点的交集是CASP3、EGFR、MAPK1、MAPK8,雷公藤弗定B1是唯一与4个靶点均有关联的化合物。分子对接结果显示,雷公藤弗定B1与交集靶点结合良好。结论 雷公藤多苷中多种活性成分通过调控NF-κB、MAPK、PI3K/Akt等信号通路作用于介导细胞凋亡的CASP3、EGFR等多个靶点来治疗桥本病。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制＊

目的 采用网络药理学和分子对接技术研究黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的主要化学成分、可能的作用靶点以及相关信号通路，探讨其多成分-多靶点-多通路的潜在作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索黄芪-紫苏子的化学成分；运用PubChem数据库和Swiss Target Prediction数据库筛选其潜在靶点；借助GeneCards数据库检索COPD相关靶点，与黄芪-紫苏子化合物靶点进行交集筛选出共同靶点作为研究靶点；使用Cytoscape3.2.1软件构建“中药-化学成分-靶点-疾病”网络；将上述共同靶点导入String数据库获取数据后在Cytoscape3.2.1软件中构建蛋白质-蛋白质相互作用网络（protein-protein interaction，PPI），然后进行核心靶点筛选；利用Metascape数据库进行GO和KEGG通路富集分析；使用RCSB PDB数据库、Pymol和Autodock Vina软件进行分子对接；采用A549细胞进行体外活性实验评价槲皮素和异鼠李素的抗炎作用，验证网络药理学及分子对接结果的科学准确性。结果 黄芪-紫苏子的“中药-化学成分-靶点-疾病”网络包含34个化学成分和74个治疗COPD的潜在靶点，其核心化学成分主要为黄酮类化合物；另PPI网络中核心靶点主要涉及ALB、TP53、AKT1等；GO功能富集得到GOBP条目1841条，GOCC条目109条，GOMF条目105条；KEGG通路富集筛选得到130条信号通路，其中靶点在AGE-RAGE信号通路、PI3K-AKT 信号通路和HIF-1信号通路等富集较为集中。分子对接结果显示，黄芪和紫苏子的核心化合物中的黄芪异黄烷苷、木犀草素、槲皮素以及异鼠李素等黄酮类成分对ALB具有较高亲和力。体外活性验证中槲皮素和异鼠李素具有显著的抗炎活性。结论 黄芪-紫苏子配伍可通过多成分、多靶点和多通路调控炎症因子释放，达到治疗COPD的效果，为其分子机制研究奠定一定的基础。     

基于网络药理学与分子对接技术的侗药马卡列丙治疗骨折作用机制研究

目的：采用网络药理学及分子对接技术研究马卡列丙治疗骨折的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）、SymMap、中医百科全书（ETCM）和SwissTargetPrediction数据库筛选马卡列丙经皮吸收成分的靶点；在OMIM和GeneCards数据库检索骨折靶点；构建成分靶点和疾病靶点韦恩图，获取共有靶点；利用STRING和Cytoscape绘制共有靶点蛋白相互作用（protein-protein interaction,PPI）图，通过degree值筛选核心靶点；并对核心靶点运用DAVID进行Gene Ontology(GO)分析和KEGG分析；采用Auto dock Vina软件对核心成分与核心靶点进行分子对接。结果：20个经皮吸收成分获得252个靶点，骨折靶点1403个，共有靶点56个，通过网络筛选出25个核心靶点，关键靶点涉及MMP9、SRC等。GO功能富集分析得到条目114个（P<0.05）,KEGG通路富集分析筛选得到21条信号通路。分子对接结果显示马卡列丙中的Tryptophan;3,4-dicaffeoylquinic acid;5-p...     

基于网络药理学和分子对接技术研究黄芪-白花蛇舌草治疗非小细胞肺癌的作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术，探讨黄芪-白花蛇舌草抗非小细胞肺癌(NSCLC)的潜在活性成分和作用机制。方法：利用TCMSP和Uniprot数据库获取黄芪-白花蛇舌草的主要活性成分及靶点基因；GeneCards、OMIM数据库获取NSCLC靶点基因；绘制韦恩图得到疾病和活性成分共同靶点；STRING数据库构建中药成分靶蛋白-疾病靶蛋白的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络；Cytoscape 3.9.1软件绘制成分-靶点网络图，通过网络拓扑分析筛选出关键靶点及成分；DAVID数据库及Bioinformatics平台进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析；PyMol软件和AotoDock软件绘制相应的分子对接图。结果：经筛选共得到653个黄芪-白花蛇舌草活性成分靶点和6178个疾病靶点，两者交集靶点154个。GO功能富集到747个生物过程、83个分子功能和150个细胞组分，KEGG通路富集分析得到167条信号通路。分子对接结果显示，PTGS1蛋白与活性成分槲皮素、山柰酚、芒柄花黄素均结合稳定。结论：黄芪-白花蛇舌草可能通过槲皮素、山柰酚、芒柄花黄...     

基于网络药理学和分子对接探讨肉苁蓉苯乙醇总苷对肝细胞癌的潜在分子机制

目的：通过网络药理学及分子对接技术,探讨肉苁蓉苯乙醇总苷(CPhGs)治疗肝细胞癌(HCC)的潜在分子机制。方法：应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)等数据库及文献收集肉苁蓉苯乙醇总苷的活性成分及潜在作用靶点。通过TTD,GeneCards等数据库获得与HCC相关的疾病基因,得到药物靶点与疾病靶点的交集为肉苁蓉苯乙醇总苷治疗HCC的潜在作用靶点,将交集靶点导入蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选关键靶点。将关键靶点导入DAVID数据库,进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最终,利用Autodock vina软件对筛选出的蛋白与肉苁蓉苯乙醇总苷活性成分进行分子对接。结果：肉苁蓉苯乙醇总苷中有29种活性成分及410个靶基因,涉及PI3K-AKT信号通路、癌症信号通路、癌症蛋白聚糖通路、VEGF信号通路等以发挥治疗HCC的作用。分子对接结果显示,筛选的靶点受体蛋白与活性成分具有较好的结合活性。结论：肉苁蓉苯乙醇总苷可能通过多组分、多靶点和多途径的方式调节癌细胞、血管生成等相关靶标和途径,从而对HCC产生治疗作用。     

基于生物信息学分析Scoparone对肝癌的作用机制

目的：研究茵陈活性成分6,7-二甲氧基香豆素（Scoparone）治疗肝癌的分子机制。方法：使用GEO数据库下载肝癌的芯片数据,从TCMSP数据库检索Scoparone的作用靶点,使用R软件获取肝癌差异基因;通过Jvenn和Cytoscape3.9.1软件筛选两者交集靶点,构建蛋白互作网络,进一步使用R软件对核心交集靶点进行GO、KEGG分析;使用AutoDockTools1.5.7及AutoDockVina软件进行分子对接,对活性成分与核心靶点的结合能力进行验证;使用TCGA数据库进行核心基因的生存预后分析。结果：得到肝癌显著性差异基因1 788个、Scoparaone作用靶点100个,筛选出药物-疾病交集靶点97个。PPI拓扑分析得出的核心靶点有JAK1、JAK2、EGFR、ICAM1、KDR等。GO功能富集分析主要涉及氧化应激反应、蛋白质酪氨酸磷酸化及修饰、PI3K级联的正调节等,KEGG通路分析在主要富集在EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药机制、PI3K/Akt信号通路、上皮细胞信号传导通路、Rap1信号通路、Ras信号通路、MAPK信号通路、VEGF信号通路等途径。分子对接验证显示...     

基于网络药理学和分子对接探究枸杞子-菟丝子“异病同治”2型糖尿病性骨质疏松症和肾病综合征的作用机制

目的：运用网络药理学方法探讨枸杞子-菟丝子“异病同治”2型糖尿病性骨质疏松症（DOP）和肾病综合征（NS）的作用机制。方法：通过TCMSP数据库筛选枸杞子-菟丝子的主要活性成分和作用靶点,利用UniProt数据库及Perl语言进行规范以及转化为标准基因名称,利用Cytoscape3.9.1软件构建药物-活性成分-靶点网络。通过GeneCards、OMIM及PharmGkb数据库搜集DOP和NS相关疾病靶点,将疾病靶点与药物靶点取交集,通过STRING数据库构建交集靶点的蛋白相互作用网络并筛选核心蛋白;对交集蛋白运用Rx4.1.3软件及R脚本进行GO功能富集和KEGG通路分析,运用Autodock 4.2软件进行分子对接。结果：筛选后得到枸杞子-菟丝子活性成分42个,作用靶点208个;DOP、NS疾病靶点分别为2834个、2114个,共有靶点915个,疾病和药物交集靶点86个。GO富集分析得到分子功能121条;KEGG通路富集分析获得126条信号通路,靠前的通路为糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、脂质与动脉粥样硬化信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化信号通路、IL-17信号通路,...     

基于网络药理学与分子对接探讨肝乐颗粒治疗非酒精性脂肪性肝病的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接的方法探讨肝乐颗粒治疗非酒精性脂肪性肝病的潜在分子作用机制。方法:通过TCMSP、Swiss TargetPrediction数据库得到肝乐颗粒中各个药物的有效活性成分及对应的蛋白质靶点,GeneCards数据库获取非酒精性脂肪性肝病的疾病靶点,利用Venny软件取药物和疾病的交集靶点,运用Cytoscape3.7.1软件创建“药物-化合物-靶点”网络图,并联合String平台对药物-疾病交集靶点进行蛋白质网络互作分析,将筛选过的核心基因导入David数据库进行GO功能富集及KEGG通路分析,应用AutoDock和Pymol软件对活性成分与关键靶点进行分子对接验证。结果:肝乐颗粒中的药物成分作用于非酒精性脂肪性肝病的靶点93个,拓扑分析出83个核心靶点信息,GO分析共包含288条生物过程、55条分子功能、33条细胞组成等376条富集结果,KEGG通路分析发现86个条目,其中主要涉及PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路等多条信号通路。分子对接结果显示,肝乐颗粒治疗非酒精性脂肪性肝病的主要活性成分槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚、柚皮素、异鼠李素、芒柄花素等与A...     

基于网络药理学与分子对接技术探讨降糖消渴颗粒治疗糖尿病作用机制

目的运用网络药理学和分子对接技术预测降糖消渴颗粒治疗糖尿病的作用靶点和信号通路, 分析可能的作用机制。方法通过ETCM数据库筛选降糖消渴颗粒的活性成分及作用靶点;检索DisGeNET、GeneCards数据库获得糖尿病靶点, 绘制韦恩图取交集靶点;利用STRING数据库进行基因转换和网络相互作用分析;采用Cytoscape 3.6.0构建PPI网络;运用分子对接技术进行验证;通过Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果共筛选出降糖消渴颗粒128个活性成分, 对应靶点607个。糖尿病相关靶点1 240个, 核心靶点53个。分子对接提示, 活性成分和核心靶点有良好的结合能力。GO功能分析得出46个功能条目, KEGG分析得出15条通路。结论降糖消渴颗粒通过多成分、多靶点参与多种生物过程, 包括影响脂质代谢和动脉粥样硬化、AD、AMPK信号通路、Apelin信号通路、胰高血糖素信号通路, 调节葡萄糖稳态。     

基于网络药理学和分子对接探讨紫苏子治疗糖尿病心肌损伤的机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨紫苏子治疗糖尿病心肌损伤(DMI)的机制。方法 检索TCMSP数据库,筛选出紫苏子的主要活性成分和相关靶点,从Gene Cards和OMIM数据库中筛选获得DMI的相关靶点。将紫苏子的作用靶点与疾病靶点取交集得到紫苏子治疗DMI的潜在靶点,使用STRING 11.0构建PPI网络,并通过网络拓扑分析筛选9个核心靶点。采用Metascape平台分析对交集靶点进行GO和KEGG富集分析。最后运用Auto Dock Vina 1.1. 2进行分子对接验证。结果 共筛选出105个紫苏子活性成分调控DMI的潜在靶点,通过网络拓扑分析中的degree值筛选出ALB、AKT1、IL6、VEGFA、TNF、TP53、CASP3、MAPK1、EGFR等9个核心靶点; GO富集分析筛选出细胞氮化合物反应、有毒物质反应、无机物反应、细胞成分运动的正调控、炎症反应等15个生物学过程; KEGG富集筛选出癌症通路、PI3K-Akt信号通路、前列腺癌、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、流体剪应力与动脉粥样硬化等;分子对接验证结果显示核心靶点与紫苏子核心成分之间有良好的结合...     

基于网络药理学探讨加味十灰散治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的：利用网络药理学方法探究加味十灰散（JWSHS）治疗溃疡性结肠炎(UC)的分子机制。方法：从中药系统药理学数据库与分析平台挖掘JWSHS中17味中药的作用靶点,通过DisGeNET数据库以及GeneCard数据库预测UC的作用靶点,利用Venny在线网站获取JWSHS与UC的交集靶点,将交集靶点导入STRING网站获取交集蛋白互作信息,并利用Cytoscape v3.7.2软件构建蛋白互作网络图,根据拓扑学参数筛选JWSHS治疗UC的核心靶点,运用Cytoscape v3.7.2软件构建成分-核心靶点网络图,根据度值筛选JWSHS作用于UC的关键成分。利用David网站对交集靶点进行生物学过程富集(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路注释分析,并利用R语言绘制可视化气泡图。结果：得到159个交集靶点,筛选得核心靶点27个,核心成分10个,AKT1、IL-6、VEGFA等可能为关键靶点,槲皮素、木犀草素、汉黄芩素等可能为关键成分。GO功能富集分析得到815个条目,KEGG富集筛选得到125条有关通路,癌症信号通路、乙型肝炎信号通路、PI3K/Akt信号通路等可能为关键...     

“乳病消片”抗乳腺癌作用机制研究：基于网络药理学和分子对接技术

目的：通过网络药理学和分子对接方法探讨“乳病消片”治疗乳腺癌的作用机制。方法：通过中药系统药理数据库（TCMSP）筛选乳病消片成分及其靶点,通过GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank数据库筛选乳腺癌潜在靶点。通过Cyktoscape 3.8.0软件构建“化合物-疾病靶点”网络图。通过STRING数据库获取蛋白相互作用数据,再将数据导入Cytoscape 3.8.0软件构建PPI网络,并用得分高的基因建立关键子网络。使用R软件对交集靶点进行GO功能、KEGG通路富集分析。借助Chem3D、Pymol、AutoDock等软件进行分子对接。结果：共筛选出485个药物活性成分,相关靶点2 288个,乳腺癌潜在靶点共1 967个,交集靶点143个。通过PPI分析,发现MDM2、TP53、CDKN1A、RB1、ESR、JUN、FOS和CCND1为核心靶点。GO富集分析与氧化应激相关,核心靶点主要富集在内分泌抵抗通路、脂质和动脉粥样硬化等信号通路。分子对接结果表明药物有效成分与核心靶点MAPK3有较强结合力。结论：研究发现,“乳病消片”可通过调控基因表达、细胞凋亡、...     

基于网络药理学及分子对接技术探究复方雷公藤逐痛颗粒干预类风湿关节炎的作用机制

目的 运用网络药理学及分子对接技术探究复方雷公藤逐痛颗粒（CTWPGs）干预类风湿关节炎（RA）的分子作用机制。方法 通过检索相关文献,并运用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中医药百科全书数据库（ETCM）、分子机制生物信息学分析工具（BATMAN）等获取CTWPGs的主要活性成分和作用靶点,利用在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、药物银行（Drug Bank）、基因卡（Gene Cards）、治疗靶点数据库（TTD）等获取RA相关靶点;药物与疾病靶点映射后获取交集靶点,以String数据库对交集靶点构建蛋白互相作用网络,并分析、筛选核心靶点;通过注释、可视化、集成发现数据库（DAVID）对核心靶点进行基因本体论（GO）功能富集分析,以及京都基因和基因组百科全书（KEGG）信号通路分析,采用Cytoscape3.6.0构建CTWPGs“活性成分-靶点-信号通路”的可视化网络。结果 通过筛选获得CTWPGs干预RA的作用成分共47种,得到作用于RA的核心靶点34个。GO功能富集分析共得到357个条目（P<0.05）,其中生物过程条目299个,细胞组成条目21个,分子...     

基于网络药理学和分子对接探讨丹参-郁金治疗多囊卵巢综合征的作用机制

目的:通过网络药理学和分子对接探究丹参-郁金治疗多囊卵巢综合征(PCOS)的作用机制。方法:获取丹参、郁金的中药活性成分及其作用靶点,检索PCOS疾病相关靶点,将二者取交集后利用Cytoscape 372构建“药物-成分-共同靶点”网络。并将共同靶点导入string数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图。再将共同靶点基因导入DAVID数据库进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。最后根据活性成分、作用靶点的相关节点参数进行排序,使用AutoDock Tools将核心活性成分和筛选出的靶基因编码的蛋白进行分子对接。结果:丹参、郁金共筛选出潜在活性成分80个,其中木犀草素、丹参酮Ⅱa、β谷甾醇等19种为主要活性成分,活性成分的作用靶点共157个。PCOS疾病相关靶点1 847个,交集靶点为93个,PPI网络及拓扑学分析显示AKT1、TP53、IL6、VEGFA、MAPK3、MAPK1是丹参、郁金治疗PCOS的核心靶点。GO功能富集分析显示丹参-郁金主要参与RNA信号转导、酶的调控等生物过程,KEGG通路富集分析得到了癌症信号通路、PI3K/AKT、FoxO、HIF-1等20条相关性最高的通路。将核心靶点编码的蛋白作为靶点分别与对应的药物核心活性成分对接,结果良好。结论:通过网络药理学研究及分子对接验证,显示丹参-郁金可通过多靶点、多信号通路对PCOS的疾病发生及进展起到一定的治疗、干预作用。     

基于网络药理及分子对接探讨薏苡仁—浙贝母药对治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制

目的 基于网络药理学方法配合分子对接验证,探讨薏苡仁—浙贝母治疗慢性萎缩性胃炎的可能机制。方法 利用TCMSP数据库获取薏苡仁、浙贝母的主要活性成分及其对应靶点,通过5个疾病数据库,包括GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD和DrugBank,收集慢性萎缩性胃炎疾病相关靶点,将药物对应靶点与疾病相关靶点取交集,得到薏苡仁—浙贝母治疗慢性萎缩性胃炎的作用靶点。Cytoscape软件用于成分与靶点间的网络构建与分析。作用靶点的GO功能富集与KEGG通路富集分析使用R语言完成。靶蛋白间的相互作用网络使用STRING数据库平台构建,并筛选核心靶点。Autodock Vina软件用于分子对接,对核心靶点进行进一步验证。结果 筛选出薏苡仁—浙贝母活性成分7个,对应作用靶点12个,进一步经拓扑分析筛选出CASP3、CASP8、PTGS2、JUN、PPARG共5个核心靶点。KEGG分析显示作用靶点主要富集在白细胞介素-17、P53、肿瘤坏死因子信号通路。通过分子对接证实,核心靶点与对应活性成分间均有较好的结合稳定性。结论 薏苡仁—浙贝母主要通过炎症及肿瘤相关的信号通路实现对慢性萎缩性胃...