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相似文献
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1.
目的 基于网络药理学方法探析生血补髓汤预测骨质疏松症的分子作用机制。方法 通过TCMSP和TCMID数据库检索生血补髓汤的活性成分和对应靶点;通过GEO DataSets数据库获取骨质疏松症GSE84500和GSE35958疾病芯片并合并数据;将生血补髓汤对应靶点与疾病差异基因取交集,获得生血补髓汤防治骨质疏松症预测靶点;利用Cytoscape 3.8.1软件构建“中药-疾病”可视化调控网络。交集基因导入STRING 11.0平台获得PPI网络,利用CytoNCA进行PPI拓扑分析。利用R语言对交集基因进行GO和KEGG富集分析。利用Dycharts平台绘制KEGG通路分类占比饼图。利用Cytoscape 3.8.1软件构建“成分-靶点-通路”可视化调控网络。结果 筛选得到生血补髓汤活性成分87个,包括槲皮素、木犀草素、山奈酚等;交集基因97个,PPI拓扑分析核心基因17个,包括血管内皮生长因子A(VEGFA)、白细胞介素-6(IL-6)、转录因子AP-1(JUN)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)等。GO富集分析共得到条目1 645条;KEGG富集分析得到通路115条,主要涉及脂质...  相似文献   

2.
目的 基于网络药理学和分子对接研究探讨“黄连-茵陈”药对治慢性萎缩性胃炎(CAG)的作用机制。方法 在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中检索获得“黄连-茵陈”药对的活性成分、作用靶点及分子结构,建立数据集,再通过GeneCard、CTD、TTD数据库筛选CAG疾病靶点,与“黄连-茵陈”药对活性化合物作用靶点取交集,利用Cytoscape软件构建“药物-成分-靶点-疾病”网络,利用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,通过聚类分析获取核心成分与核心靶点,利用DAVID数据库对交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后利用AutoDok Tool、Pymol软件将核心靶点与核心成分进行分子对接验证。结果 经筛选获得“黄连-茵陈”药对活性化合物26种,筛选后活性化合物对应靶点86个,CAG靶点639个,“黄连-茵陈”活性化合物成分与CAG交集靶点38个,核心成分为槲皮素、异鼠李素、β-谷甾醇等,高于平均Degree值的靶点蛋白有白细胞介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、Ju...  相似文献   

3.
目的 基于网络药理学及分子对接方法探讨大豆异黄酮(SI)治疗骨质疏松(OP)的可能作用机制。方法 通过文献检索收集SI所含成分,并利用SwissADME数据库根据Lipinski类药五原则评估各成分的药代动力学参数,筛选SI有效活性成分。通过STITCH及SwissTargetPrediction数据库预测SI有效活性成分的作用靶点;通过TTD、DrugBank及DisGeNET疾病数据库获取OP疾病相关靶点。将SI活性成分靶点与OP疾病相关靶点导入Draw Venn Diagram在线平台,得到两者交集靶点(共同靶点),即SI治疗OP的潜在作用靶点。利用Cytoscape 3.7.1软件构建SI治疗OP的“活性成分-潜在作用靶点”网络。通过STRING数据库和Cytoscape软件对交集靶点进行蛋白相互作用(PPI)分析,并用cytoHubba插件筛选出核心靶点。利用Metascape平台对交集靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析。利用AutoDock Vina软件对SI有效活性成分与核心靶点进行分子对接。结果 共收集大豆异黄酮成分12种,通过SwissADME数据库筛选出3种有效...  相似文献   

4.
王国庆  刘伟  黄菲 《河南中医》2023,(10):1526-1533
目的:基于网络药理学探讨浙贝母-夏枯草治疗甲状腺结节(thyroid nodules)的作用机制。方法:在中药系统药理数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索浙贝母、夏枯草的化学成分,利用PharmMapper数据库获取化学成分靶点,并采用Cytoscape 3.7.1软件构建“药物-活性成分-靶点”网络。基于Genecards数据库、在线人类孟德尔遗传数据库、治疗靶点数据库获得甲状腺结节相关靶点。将有效成分相关靶点与疾病靶点导入韦恩图网站进行在线分析,获得交集靶点,并利用STRING数据库构建蛋白互作网络(protein-protein interaction networks, PPI)模型,利用Cytoscape 3.7.1软件构建PPI网络并筛选核心靶点。将药物及其活性成分、交集靶点及疾病导入Cytoscape 3.7.1软件绘制成“药物-活性成分-交集靶点-疾病”网络图。利用Metascape数据库对交集靶点进行基因本体...  相似文献   

5.
目的:运用网络药理学方法探讨蠲哮汤对哮喘的防治作用及可能的分子机制。方法:利用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)筛选蠲哮汤药物活性成分及作用的靶蛋白,通过PubChem和Swiss Target Prediction数据库收集活性成分作用靶点的基因名,从GeneCards和OMIM数据库中获得哮喘疾病相关靶点,利用Venny 2.1.0获得的二者交集靶点即为蠲哮汤治疗哮喘的潜在作用靶点。利用Cytoscape 3.9.0软件构建“中药-活性成分-作用靶点”网络图,采用STRING数据库构建蠲哮汤治疗哮喘潜在作用靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络,并利用Cytoscape 3.9.0软件对其进行拓扑学分析,筛选出核心靶点。进一步利用DAVID数据库对筛选得到的靶点进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,进一步筛选重要化合物与疾病靶点,进行分子对接预测。结果:共得到蠲哮汤60个潜在活性成分,预测到110个作用靶点。收集哮喘靶点1 432个,取交集得到蠲哮汤治疗哮喘的作用靶点36个,对应活性成分23个,其中以槲皮素、山柰酚、芦丁和柚皮素为主。拓扑分析得到3...  相似文献   

6.
目的:通过网络药理学方法探讨赤芍有效成分治疗血吸虫病及肝纤维化的潜在作用机制。方法:通过TCMSP数据库检索并收集赤芍有效成分及其对应的作用靶点,借助UniProt数据库将靶点蛋白的genename转换为genesymbol;通过GeneCards、OMIM、TTD疾病数据库搜集血吸虫病及肝纤维化相关靶点;将赤芍成分靶点和疾病靶点取交集,获得赤芍治疗血吸虫病及肝纤维化的潜在靶点,利用Cytoscape 3.8.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病”和“成分-靶点-通路”网络;通过STRING数据库对交集靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析,采用Cytoscape 3.8.2软件进行分析和可视化呈现;通过Metascape数据库进行基因本体(GO)功能、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:筛选得到赤芍活性成分29种,成分靶点与血吸虫病及肝纤维化疾病的交集靶点19个,其中肿瘤抑制蛋白(TP53)、前列腺素内过氧化物合酶(PTGS2)、肿瘤坏死因子(TNF)、基质金属蛋白酶9(MMP9)、白细胞介素-6(IL-6)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、白细胞介素8...  相似文献   

7.
通过网络药理学、分子对接技术和体外细胞实验,探究通关藤Marsdenia tenacissima治疗卵巢癌(ovarian cancer, OC)的主要活性成分和潜在作用机制。文献检索获取通关藤中活性成分,利用SwissTargetPrediction数据库获得药物的潜在靶点;借助Therapeutic Target Database(TTD)、Online Mendelian Inheritance in Man Database(OMIM)、GeneCards、PharmGKB等数据库检索OC相关靶点,并利用韦恩在线分析工具将药物靶点和疾病靶点取交集;运用Cytoscape软件构建“成分-靶点-疾病”网络,依据其节点度值筛选出核心成分;根据筛选出来的药物与疾病交集靶点,利用STRING平台和Cytoscape软件构建交集靶点的蛋白相互作用(PPI)网络,依据节点度值筛选出核心靶点;借助DAVID数据库对潜在治疗靶点进行GO功能富集和KEGG通路分析;并采用AutoDock等软件对部分活性成分与潜在靶点进行分子对接验证;最后选用SKOV3细胞在体外对通关藤提取物的抗卵巢癌活性进行验证...  相似文献   

8.
目的:运用网络药理学和分子对接研究桂枝汤治疗动脉粥样硬化(atherosclerosis, AS)的分子机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)获取桂枝汤组方中药的活性成分及相关靶点,通过Cytoscape 3.9.1构建“桂枝汤-活性成分-作用靶点”网络并进行拓扑分析,筛选桂枝汤治疗AS的关键活性成分。借助GeneCards、DisGeNET、DrugBank数据库筛选AS疾病靶点;将中药活性成分相关靶点与疾病靶点导入Venny 2.1.0软件,获取交集靶点,即为桂枝汤治疗AS的潜在靶点。将潜在靶点导入到STRING 11.0数据库构建蛋白质互作(protein-protein interaction, PPI)网络并进行拓扑分析筛选核心靶点。使用R软件对潜在靶点进行基因本体(gene ontology, GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes ...  相似文献   

9.
目的:运用网络药理学的方法探讨黄柏治疗湿疹的潜在作用靶点及作用机制。方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索获取黄柏的化合物成分及相应靶点;在Gene Cards数据库和OMIM数据库及TTD数据库中检索并筛选出湿疹疾病靶点,利用Cytoscape 3.8.2软件得到黄柏-活性成分-靶标基因的可视化网络图;将湿疹与黄柏对应靶点共同导入Venny 2.1.0生成交集靶点,通过STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,最后利用Metascape数据库进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因及基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:通过筛选得到槲皮素(Quercetin)、β-谷甾醇(beta-sitosterol)等黄柏的关键化合物共25个,潜在靶点200个;通过3个疾病数据库检索共获得湿疹的相关靶点1 364个,导入Venny 2.1.0生成了54个交集靶点。富集分析结果显示:黄柏治疗湿疹主要涉及脂多糖反应(respone to lipopolysaccharide)、白细胞黏附调节(regulation of leukocyte cell-cell adh...  相似文献   

10.
目的 基于网络药理学方法探析桃核承气汤治疗精索静脉曲张的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、UniProt数据库、化源网、PharmMapper数据库筛选桃核承气汤中桃仁、大黄、甘草、桂枝、芒硝5味药物活性化合物和相关作用靶点,通过GeneCards数据库搜索精索静脉曲张相对应的疾病靶点,使用韦恩图对药物靶点与疾病靶点进行交集获得两者交集靶点,再通过Cytoscape 3.8.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病”网络图,将交集靶点导入STRING数据库进行剖析,并绘制蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,通过Metascape数据库对“化合物-疾病”交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,在Omicshare云工具将富集结果可视化。结果 共得到桃核承气汤活性成分141个,作用靶点230个,精索静脉曲张疾病靶点208个,交集靶点40个,其中起主要作用的活性成分为槲皮素、山萘酚、β-谷甾醇等,核心靶点为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、肿瘤坏死因子(TNF)、肿瘤蛋白p53 (TP53)等;GO功能富集...  相似文献   

11.
目的:采用网络药理学的方法预测三棱-莪术药对治疗子宫内膜异位症(EMT)的主要活性成分、靶点及信号通路,探讨其作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索三棱-莪术药对的中药化学成分,以口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18为阈值筛选潜在的活性化合物;通过TCMSP查询活性化合物对应的靶标;运用GeneCards和人类孟德尔遗传数据库(OMIM)预测疾病靶点;利用韦恩图找到活性成分靶点和疾病靶点的交集靶点;使用Cytoscape 3.7.2软件构建疾病-药物-有效成分-靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;采用String在线数据库和Cytoscape软件绘制交集靶点PPI网络;最后借助R软件和Bioconductor生物信息软件包进行基因本体(GO)功能富集分析及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并使用Cytoscape软件绘制靶点-信号通路网络图。结果:筛选得到三棱-莪术活性成分8个,对应靶点77个,EMT相关靶点1 600个,交集靶点34个。GO功能富集分析结果显示三棱-莪术药对可影响1 054个生物学过程、22个细胞组分和65个分子功能。KEGG通路富集分析得到91条通路,三棱-莪术药对治疗EMT主要与雌激素信号通路、IL-17信号通路、AGE-RAGE信号通路、甲状腺激素信号通路、P53信号通路等有关。结论:三棱-莪术药对治疗EMs具有多靶点、多途径、多通路的特点。  相似文献   

12.
目的:基于网络药理学探讨柴胡-黄芩治疗慢性肾功能衰竭(chronic renal failure, CRF)的作用机制。方法:基于中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索柴胡、黄芩的活性成分及其相关靶点。通过在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)和GeneCards数据库检索CRF相关靶点。应用Draw Venn Diagram在线工具将柴胡、黄芩活性成分相关靶点与CRF相关靶点取交集并绘制韦恩图,得到的交集靶点即柴胡-黄芩治疗CRF的潜在靶点,采用Cytoscape3.8.0软件构建“活性成分-潜在靶点”网络图。采用STRING11.0数据库构建潜在靶点蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络,并筛选柴胡-黄芩治疗CRF的核心靶点。将潜在靶点导入Metascape平台进行基因本体(gene onto...  相似文献   

13.
目的:基于网络药理学探讨生脉散治疗病毒性心肌炎(VMC)的主要活性成分及其潜在作用机制。方法:运用本草组鉴数据库(HERB)初步获取生脉散的活性成分,结合SwissADME和SwissTargetPrediction平台筛选其中的主要活性成分,并预测其靶点。通过GeneCards及DisGeNET数据库筛选VMC相关靶点。取药物靶点与疾病靶点交集,获得生脉散治疗VMC的潜在治疗靶点。运用STRING数据库构建潜在治疗靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,并通过Cytoscape 3.7.1软件挖掘PPI网络中的核心靶点。运用Cytoscape 3.7.1软件构建“中药-活性成分-靶点-疾病”相互作用网络图,将潜在治疗靶点导入DAVID 6.8数据库进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:本研究共筛选出生脉散治疗VMC的有效活性成分151个,涉及55个潜在治疗靶点,405个生物过程,36个细胞组分,55个分子功能和147条代谢通路。结论:生脉散可通过调控细胞因子、蛋白激酶、天然免疫基因等多靶点、多途径干预VMC的进程,为其临床应用提供了理论...  相似文献   

14.
贾凯杰  韩翔宇  于慧  赵盼 《河南中医》2023,(10):1518-1525
目的:通过酶抑制实验考察核桃楸皮总黄酮的降糖作用,并利用网络药理学与分子对接的方法研究核桃楸皮总黄酮治疗2型糖尿病的潜在作用机制。方法:提取纯化核桃楸皮总黄酮部位后采用DNS法测定核桃楸皮总黄酮对α-淀粉酶的抑制作用。将文献报道的核桃楸皮的27种黄酮类成分输入中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)进行筛选。将筛选后的活性成分导入Swiss Target Prediction数据库进行靶点预测。将核桃楸皮黄酮类活性成分与相关靶点导入Cytoscape 3.9.1软件构建“化合物-靶点”网络,并筛选主要活性成分。在Genecards、TTD、DisGeNET数据库中搜集2型糖尿病相关的靶点,利用在线工具Venny 2.1得到活性成分靶点和疾病靶点的交集靶点,并绘制Venn图。在STRING数据库中输入交集靶点得到网络关系,利用Cytoscape 3.9.1软件构建PPI网络并进行拓扑分析。通过Metascape分析平台对交...  相似文献   

15.
目的:基于网络药理学和分子对接技术探讨四逆散治疗勃起功能障碍(erectile dysfunction, ED)的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索四逆散组方中药的活性成分及作用靶点,并运用Cytoscape3.9.1软件可视化“四逆散-活性成分-靶点”网络图。利用治疗靶标数据库(therapeutic target database, TTD)、人类基因数据库(GeneCards?:the human gene database)、在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)、DisGeNET数据库筛选疾病相关靶点。通过Venny2.1.0将药物活性成分靶点与ED相关靶点进行映射,取交集,即为四逆散治疗ED的潜在靶点。将交集靶点与对应药物活性成分导入Cytoscape3.9.1软件,构建“四逆散-活性成分-潜在靶点-疾病”网...  相似文献   

16.
目的:运用网络药理学及分子对接技术探讨连翘治疗痤疮的作用机制。方法:利用Gene Cards、OMIM和NCBI数据库收集相关的痤疮靶点,并通过中药系统药理数据库与分析平台(TCMSP)检索连翘的有效成分。利用Swiss Target Prediction数据库获取连翘活性成分的靶点。将痤疮相关靶点与连翘活性成分靶点取交集即为连翘治疗痤疮的潜在靶点,利用STRING数据库构建靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络,并将结果导入Cytoscape 3.7.1软件进行拓扑分析,提取核心靶点。运用DAVID数据库对核心靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,构建“活性成分-核心靶点-通路”网络,并进行拓扑分析,筛选得到核心成分和核心靶点。通过Auto Dock Vina进行分子对接,验证核心成分和核心靶点的相互作用。结果:共获得连翘活性成分19个,对应靶点509个、疾病靶点1 561个、共有靶点89个,经过蛋白质-蛋白质相互作用分析及拓扑分析,得到核心靶点16个,核心靶点涉及681个基因功能条目和160条通路(P <0.05)。对“活性成分-核心靶点-通路”网络图进行拓扑分析,共筛选...  相似文献   

17.
目的 基于网络药理学与分子对接技术探讨地骨皮调血脂的作用机制。方法 使用TCMSP数据库并查阅相关文献确定地骨皮活性成分;采用SwissTargetPrediction、GeneCard和OMIM数据库预测地骨皮活性成分靶点和高脂血症相关靶点,应用Venny 2.1取两者交集;运用Cytoscape 3.8.2软件绘制成分-靶点-疾病网络;应用String数据库构建交集靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络;将交集靶点输入Metascape数据库进行基因本体(gene ontology,GO)功能及京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,利用Cytoscape3.8.2软件绘制地骨皮活性成分-靶点-通路网络,预测其调血脂作用机制;采用分子对接和细胞实验进一步探究地骨皮的调血脂作用机制。结果 共筛选出地骨皮潜在活性成分14个以及153个交集靶点;GO功能和KEGG通路分析发现主要涉及过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome prol...  相似文献   

18.
刘婧  李佳 《河南中医》2023,(4):543-551
目的:运用网络药理学探讨痛泻要方对腹泻型肠易激综合征(diarrhea predominant irritable bowel syndrome, IBS-D)的潜在作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)获得痛泻要方中四味中药的药物活性成分,并通过TCMSP、Swiss Target Prediction及Pharmapper数据库得到各活性成分的潜在作用靶点。使用在线人类孟德尔遗传数据库(online mendelian inheritance in man, OMIM)、Gene Cards数据库获取IBS-D疾病对应的靶点,将疾病靶点与药物靶点取交集,获得痛泻要方治疗IBS-D的潜在作用靶点,运用Cytoscape 3.7.1软件构建“中药-活性成分-潜在靶点”网络图,并进行拓扑分析筛选关键成分。利用String数据库对潜在作用靶点进行蛋白质相互作用分析,构建蛋白质相互作用(protein-p...  相似文献   

19.
目的:研究川芎治疗三叉神经痛的有效成分并从分子层面揭示其作用机制。方法:检索中国知网、PubMed数据库,筛选川芎活性成分;利用PubChem数据库获取活性成分结构,并将其导入Swiss Target Prediction获取作用靶点;使用在线数据库GeneCards、OMIM、DrugBank获取三叉神经痛的相关靶点;将川芎作用靶点与三叉神经痛相关靶点通过映射获取川芎治疗三叉神经痛的潜在靶点,构建药物-成分-靶点-疾病网络。将潜在靶点导入STRING数据库,建立潜在靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络,利用Cytoscape 3.9.1软件对其绘图进行优化及筛选核心靶点,并进行聚类分析;通过Metascape数据库对潜在靶点进行基因本体论(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;运用Auto Dock软件对川芎活性成分和核心靶点进行分子对接,评价其结合能力。结果:共收集川芎活性成分21种、作用靶点728个、三叉神经痛相关靶点394个、川芎治疗三叉神经痛潜在靶点51个;绘制药物-成分-靶点-疾病网络,得到14种有效成分作用于三叉神经痛相关靶点。由蛋白质-蛋白质相互作用网络得到5...  相似文献   

20.
施敏  刘富林  夏旭婷  张婷 《世界中医药》2023,(15):2128-2133
目的:借助网络药理学和分子对接技术探讨黄芪治疗慢传输型便秘的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选黄芪的活性化合物并预测其作用靶点,借助Cytoscape 3.7.2软件构建黄芪活性成分-靶点网络图;以“slow transit contipation”为关键词在OMIM及GeneCards数据库检索慢传输型便秘相关靶点,并与黄芪化合物作用靶点取交集,将共同靶点导入String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,将PPI导入Cytoscape 3.7.2进行拓扑分析;利用R语言进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析预测其作用机制;通过Swiss Dock在线分子对接工具对关键靶点进行分子对接。结果:黄芪筛选得到20个活性成分,对应作用靶点189个,与慢传输型便秘的共同靶点143个,交集String数据库和Cytoscape 3.7.2拓扑分析度值靠前的靶标为血管内皮生长因子A(VEGFA)、丝氨酸苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、胱天蛋白酶3(CASP3)、白细胞介素-6(IL-6)。GO功能富集分析得到生...  相似文献   

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