基于网络药理学-分子对接技术研究柴胡治疗卒中后抑郁的药效物质基础及作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术,探讨柴胡治疗卒中后抑郁（Post-stroke Depression, PSD）的潜在活性成分和可能的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和蛋白质序列数据库（Uniprot）筛选出柴胡主要活性成分及其靶点基因,并将目标蛋白名称标准化,通过GeneCards、OMIM数据库获取PSD靶点基因;对两者靶点取交集后采用STRING数据库构建柴胡治疗PSD的潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络图;利用Cytoscape-v3.9.1软件进行核心靶点筛选;利用DAVID数据库对潜在靶点进行基因本体（GO）功能富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后,利用PyMol软件和AutoDockTools-1.5.7软件对柴胡主要活性成分与核心靶点使用分子对接技术绘制相应的分子对接图。结果：共筛选得到柴胡活性成分17个,去重后对应靶点175个,疾病靶点852个,经Venny数据库预测到疾病-药物交集靶点45个。GO功能富集分析结果显示共获得323个GO功能注释,KEGG通路富集分析结果显示获得106条信号通路。分子对接...     

基于网络药理学及分子对接技术研究荷丹片治疗代谢综合征的机制

目的：运用网络药理学和分子对接技术探究荷丹片治疗代谢综合征的机制。方法：通过检索TCMSP、Chemistry Database和ETCM数据库,获取荷丹片所含中药的活性成分;通过PubChem、SwissTargetPrediction、SEA和Batman-TCM数据库,获取荷丹片相关作用靶点;通过GeneCards、CTD和DisGeNET疾病数据库获取代谢综合征的靶点。将两者靶点取交集,得到药物-疾病交集靶点,并导入STRING平台进行蛋白质-蛋白质相互作用网络分析;通过Cytoscape软件构建网络模块及模块功能注释分析,导入Metascape平台进行基因本体论（GO）功能及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;最后采用AutoDockTools进行分子对接验证。结果：筛选出荷丹片治疗代谢综合征活性成分共129个,共同靶点80个;GO富集分析显示,荷丹片治疗代谢综合征与蛋白质二聚化活动、受体配体活动等分子功能有关,与质膜穴样内陷、分泌颗粒内腔等细胞组成有关,与活性氧代谢过程、有机氮化合物的细胞反应等生物过程相关。KEGG通路主要涉及非酒精性脂肪肝病、在糖尿病并发症...     

基于网络药理学和分子对接探讨强力定眩片治疗高血压的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接技术,探讨强力定眩片治疗高血压的作用机制。方法：使用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中药分子作用机制的网络药理学在线分析工具（BATMAN-TCM）平台检索强力定眩片活性成分,使用Swiss Target Prediction数据库,对活性成分进行靶点预测。通过GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、治疗靶点数据库（TTD）得到高血压相关靶点,整合药物靶点和疾病靶点,获取交集靶点。使用Cytoscape软件构建药物-活性成分-作用靶点-疾病网络图,筛选核心成分。利用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选核心蛋白。使用MCODE对PPI网络进行蛋白聚类分析。利用DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,Hiplot分析平台进行基因本体（GO）富集分析,再使用Autodock Vina和Pymol实现核心成分-核心蛋白的分子对接。结果：检索得到强力定眩片活性成分44个,作用靶点679个,疾病相关靶点2 367个,药物与疾病的交集靶点305个。KEGG分析显示,交集基因主要富集于PI3K-AKT信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路、钙信号通路、cAMP信号通路、HIF-1等信号通路。GO富集分析显示,交集基因主要富集于循环系统调控过程、血管管径调节、MAPK级联正向调节、血压调节等过程。分子对接结果显示,主要核心成分与核心蛋白均有较好的结合活性。结论：强力定眩片可能通过调控肾素-血管紧张素-醛固酮系统、血管平滑肌收缩、氧化应激、钙离子通道等方式,起到降低血压的功效。     

基于网络药理学和分子对接探究枸杞子-菟丝子“异病同治”2型糖尿病性骨质疏松症和肾病综合征的作用机制

目的：运用网络药理学方法探讨枸杞子-菟丝子“异病同治”2型糖尿病性骨质疏松症（DOP）和肾病综合征（NS）的作用机制。方法：通过TCMSP数据库筛选枸杞子-菟丝子的主要活性成分和作用靶点,利用UniProt数据库及Perl语言进行规范以及转化为标准基因名称,利用Cytoscape3.9.1软件构建药物-活性成分-靶点网络。通过GeneCards、OMIM及PharmGkb数据库搜集DOP和NS相关疾病靶点,将疾病靶点与药物靶点取交集,通过STRING数据库构建交集靶点的蛋白相互作用网络并筛选核心蛋白;对交集蛋白运用Rx4.1.3软件及R脚本进行GO功能富集和KEGG通路分析,运用Autodock 4.2软件进行分子对接。结果：筛选后得到枸杞子-菟丝子活性成分42个,作用靶点208个;DOP、NS疾病靶点分别为2834个、2114个,共有靶点915个,疾病和药物交集靶点86个。GO富集分析得到分子功能121条;KEGG通路富集分析获得126条信号通路,靠前的通路为糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、脂质与动脉粥样硬化信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化信号通路、IL-17信号通路,...     

基于网络药理及分子对接分析《普济方》痤疮外治古方特色角药作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接分析《普济方》痤疮外治古方特色角药的作用机制。方法 利用TCMSP和TCMID筛选《普济方》痤疮外治古方特色角药的有效成分和作用靶点,通过UniProt数据库注释靶点基因;通过DisGeNET、DrugBank、GeneCards、OMIM数据库获取痤疮疾病靶点;将药物靶点与疾病靶点取交集,运用R语言通过Bioconductor数据库对交集靶点进行GO-BP及KEGG通路富集分析;通过STRING数据库对交集靶点进行蛋白相互作用（PPI）分析,利用Cytoscape3.8.2软件MCODE插件对PPI网络进行聚类,获得关键靶点。通过AutoDock Tools 1.5.6软件对关键靶蛋白受体和化合物配体进行分子对接验证。结果 筛选得到《普济方》痤疮外治古方特色角药有效成分37个,药物与疾病交集靶点23个。GO富集分析结果显示,特色角药参与核受体活性、类固醇激素受体活性、配体激活转录因子活性、类固醇结合等生物学过程;KEGG通路富集分析结果显示,特色角药以雌激素信号通路为代表的类固醇类性激素信号调控通路为主要调控作用途径。分子对接结果表明,特色角药4个关键化...     

基于网络药理学和分子对接探讨消炎利胆片治疗急性胆囊炎的作用机制

目的：基于网络药理学方法和分子对接技术探讨消炎利胆片治疗急性胆囊炎的潜在作用机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、化学专业数据库及ETCM数据库检索获取消炎利胆片的化学成分,通过Swiss ADME数据库进一步筛选活性成分并导入Swiss Target Prediction数据库预测药物相关靶点。利用Gene Cards数据库和OMIM数据库检索急性胆囊炎相关靶点,通过Venny 2.1在线平台获取“药物-疾病”交集靶点,并将“药物-疾病”共同靶点导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络。利用DAVID数据库对“药物-疾病”共同靶点进行基因本体论（GO）功能注释和京都基因与基因百科全书（KEGG）通路富集分析。运用Cytoscape软件构建“药物成分-靶点-信号通路”网络,计算网络拓扑学参数并筛选消炎利胆片发挥治疗急性胆囊炎作用的重要活性成分及核心靶点,通过Auto Dock平台进行分子对接验证。结果：共获得44个消炎利胆片活性成分及186个药物相关靶点,获得823个急性胆囊炎潜在靶点,取交集后得到“药物-疾病”共同靶点33个,这些靶点主要涉及磷脂酰...     

基于网络药理学与分子对接探讨肝乐颗粒治疗非酒精性脂肪性肝病的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接的方法探讨肝乐颗粒治疗非酒精性脂肪性肝病的潜在分子作用机制。方法:通过TCMSP、Swiss TargetPrediction数据库得到肝乐颗粒中各个药物的有效活性成分及对应的蛋白质靶点,GeneCards数据库获取非酒精性脂肪性肝病的疾病靶点,利用Venny软件取药物和疾病的交集靶点,运用Cytoscape3.7.1软件创建“药物-化合物-靶点”网络图,并联合String平台对药物-疾病交集靶点进行蛋白质网络互作分析,将筛选过的核心基因导入David数据库进行GO功能富集及KEGG通路分析,应用AutoDock和Pymol软件对活性成分与关键靶点进行分子对接验证。结果:肝乐颗粒中的药物成分作用于非酒精性脂肪性肝病的靶点93个,拓扑分析出83个核心靶点信息,GO分析共包含288条生物过程、55条分子功能、33条细胞组成等376条富集结果,KEGG通路分析发现86个条目,其中主要涉及PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路等多条信号通路。分子对接结果显示,肝乐颗粒治疗非酒精性脂肪性肝病的主要活性成分槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚、柚皮素、异鼠李素、芒柄花素等与A...     

基于网络药理学和分子对接技术研究黄芪-白花蛇舌草治疗非小细胞肺癌的作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术，探讨黄芪-白花蛇舌草抗非小细胞肺癌(NSCLC)的潜在活性成分和作用机制。方法：利用TCMSP和Uniprot数据库获取黄芪-白花蛇舌草的主要活性成分及靶点基因；GeneCards、OMIM数据库获取NSCLC靶点基因；绘制韦恩图得到疾病和活性成分共同靶点；STRING数据库构建中药成分靶蛋白-疾病靶蛋白的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络；Cytoscape 3.9.1软件绘制成分-靶点网络图，通过网络拓扑分析筛选出关键靶点及成分；DAVID数据库及Bioinformatics平台进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析；PyMol软件和AotoDock软件绘制相应的分子对接图。结果：经筛选共得到653个黄芪-白花蛇舌草活性成分靶点和6178个疾病靶点，两者交集靶点154个。GO功能富集到747个生物过程、83个分子功能和150个细胞组分，KEGG通路富集分析得到167条信号通路。分子对接结果显示，PTGS1蛋白与活性成分槲皮素、山柰酚、芒柄花黄素均结合稳定。结论：黄芪-白花蛇舌草可能通过槲皮素、山柰酚、芒柄花黄...     

基于生物信息学分析Scoparone对肝癌的作用机制

目的：研究茵陈活性成分6,7-二甲氧基香豆素（Scoparone）治疗肝癌的分子机制。方法：使用GEO数据库下载肝癌的芯片数据,从TCMSP数据库检索Scoparone的作用靶点,使用R软件获取肝癌差异基因;通过Jvenn和Cytoscape3.9.1软件筛选两者交集靶点,构建蛋白互作网络,进一步使用R软件对核心交集靶点进行GO、KEGG分析;使用AutoDockTools1.5.7及AutoDockVina软件进行分子对接,对活性成分与核心靶点的结合能力进行验证;使用TCGA数据库进行核心基因的生存预后分析。结果：得到肝癌显著性差异基因1 788个、Scoparaone作用靶点100个,筛选出药物-疾病交集靶点97个。PPI拓扑分析得出的核心靶点有JAK1、JAK2、EGFR、ICAM1、KDR等。GO功能富集分析主要涉及氧化应激反应、蛋白质酪氨酸磷酸化及修饰、PI3K级联的正调节等,KEGG通路分析在主要富集在EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药机制、PI3K/Akt信号通路、上皮细胞信号传导通路、Rap1信号通路、Ras信号通路、MAPK信号通路、VEGF信号通路等途径。分子对接验证显示...     

“乳病消片”抗乳腺癌作用机制研究：基于网络药理学和分子对接技术

目的：通过网络药理学和分子对接方法探讨“乳病消片”治疗乳腺癌的作用机制。方法：通过中药系统药理数据库（TCMSP）筛选乳病消片成分及其靶点,通过GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank数据库筛选乳腺癌潜在靶点。通过Cyktoscape 3.8.0软件构建“化合物-疾病靶点”网络图。通过STRING数据库获取蛋白相互作用数据,再将数据导入Cytoscape 3.8.0软件构建PPI网络,并用得分高的基因建立关键子网络。使用R软件对交集靶点进行GO功能、KEGG通路富集分析。借助Chem3D、Pymol、AutoDock等软件进行分子对接。结果：共筛选出485个药物活性成分,相关靶点2 288个,乳腺癌潜在靶点共1 967个,交集靶点143个。通过PPI分析,发现MDM2、TP53、CDKN1A、RB1、ESR、JUN、FOS和CCND1为核心靶点。GO富集分析与氧化应激相关,核心靶点主要富集在内分泌抵抗通路、脂质和动脉粥样硬化等信号通路。分子对接结果表明药物有效成分与核心靶点MAPK3有较强结合力。结论：研究发现,“乳病消片”可通过调控基因表达、细胞凋亡、...     

炙甘草汤“异病同治”冠心病心律失常和肺纤维化的网络药理学机制研究

【目的】采用网络药理学和分子对接技术探讨炙甘草汤“异病同治”冠心病心律失常和肺纤维化的作用机制。 【方法】 在中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和本草组鉴（HERB）中检索炙甘草汤所有中药有效成分,运用 SwissTargetPrediction数据库预测作用靶点,利用Cytoscape软件构建药物-靶点网络图并进行网络拓扑分析得到核心药物靶 点。在GeneCards、OMIM数据库中获取冠心病、心律失常和肺纤维化的疾病靶点,利用Venny软件获得中药与疾病交集靶 点。交集靶点导入STRING在线数据库构建蛋白相互作用网络,数据导入Cytoscape软件中进行可视化处理并筛选出核心靶 点。使用Metascape数据库对交集靶点进行基因本体论 （GO） 功能富集分析和京都基因与基因组百科全书 （KEGG） 通路富集分 析。对核心交集靶点与核心药物靶点通过CB-DOCK2在线平台进行分子对接验证及绘制热图可视化处理。 【结果】共筛选出 炙甘草汤活性成分137个,去除重复值共得到对应药物靶点848个。共获得冠心病疾病靶点9 962个、心律失常疾病靶点 5 735个、肺纤维化疾病靶点7 722个。Venny平台处理获得药物-疾病交集靶点362个,经网络拓扑分析得出度值较高的潜在 核心靶点有GAPDH、IL-6、ALB、STAT3、TNF、MMP-9等。GO功能富集分析显示,炙甘草汤“异病同治”涉及的主要生 物过程 （BP） 有对激素的反应、循环系统过程、磷代谢过程的正调控、对外源性刺激的反应、对有机物的反应等,主要细胞 组分 （CC） 有脂筏、受体复合物、细胞质核周区、树突、薄膜侧面等,主要分子功能 （MF） 有蛋白激酶活性、激酶结合、蛋白 质均聚活性、核受体活性、血红素结合等。KEGG通路富集分析显示,炙甘草汤“异病同治”涉及的主要信号通路有脂质与 动脉粥样硬化、钙信号通路、cAMP信号通路、胰岛素抵抗、cGMP-PKG信号通路、JAK-STAT信号通路、NF-κB信号通路 等。分子对接结果提示炙甘草汤的主要活性成分靶点与“异病同治”疾病核心靶点之间均存在较好的结合活性。 【结论】炙 甘草汤主要通过调控JAK-STAT、NF-κB、cAMP等信号通路,作用于IL-6、STAT3、TNF、MMP-9等基因靶点,发挥“异 病同治”冠心病心律失常和肺纤维化的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芩苷治疗高血压作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接技术探讨黄芩苷治疗高血压的作用机制。方法 运用TCMIP、Swiss和Pharmmapper数据库获取黄芩苷作用靶点；通过GeneCards数据库和DisGeNET数据库获取高血压疾病靶点；黄芩苷作用靶点与高血压疾病靶点相映射得到二者交集靶点，将交集靶点导入STRING数据库中，获取交集靶点网络数据，将数据导入Cytoscape 3.8.2软件绘制作用靶点PPI网络图，并根据度值大小筛选出核心靶点；借助DAVID数据库对交集靶点进行GO和KEGG富集分析；利用Vina 1.1.2软件进行黄芩苷与度值从大到小排名前5位的核心靶点的分子对接。结果 共获取黄芩苷作用靶点415个、高血压疾病靶点4 352个，经过靶点映射获取黄芩苷治疗高血压的作用靶点237个，进一步筛选出核心靶点60个；GO富集分析涉及信号转导、凋亡过程负调控等476个生物学过程，质膜、线粒体等61种细胞组分，蛋白质结合、蛋白激酶活性等128个分子功能；KEGG富集分析涉及PI3K/Akt信号通路、MAPK信号通路等141条信号通路；分子对接结果显示黄芩苷与核心靶点表现出良好的亲和力，进一步验证了...     

基于网络药理学和分子对接研究补肾促卵方治疗多囊卵巢综合征不孕的分子机制

该文运用网络药理学和分子对接的方法,研究补肾促卵方治疗多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome, PCOS)导致不孕的作用机制。首先,通过TCMSP数据库获取补肾促卵方活性成分和药物潜在靶点;应用GeneCards数据库检索PCOS导致不孕的疾病靶点。将药物靶点与疾病靶点经过Uniprot数据库校正后取交集基因。结合STRING数据库和Cytoscape 3.7.2对交集基因进行PPI分析。应用Cytoscape 3.7.2的ClueGO插件对交集基因进行GO富集分析及KEGG信号通路富集分析。最后运用AutoDockVina和MGLtools软件对补肾促卵方关键活性成分与作用靶点进行分子对接验证。结果在补肾促卵方中共获得136个药物活性成分,314个药物靶点,GeneCards数据库获得136个疾病靶点,49个药物与疾病交集基因;GO富集发现,主要涉及肌肉细胞凋亡过程的调节、小分子代谢过程的正调控、核心启动子结合、RNA聚合酶Ⅱ对pri-miRNA转录的调控、跨膜运输的负调控等生物功能;经过KEGG通路富集分析,其主要涉及MAPK、PI3K-Akt、p53、HIF-1等信号通路。分子对接结果显示槲皮素(quercetin)和PTGS2能稳定的结合并通过氨基酸残基THR206、TRP387、ASN382等发生相互作用。该研究初步揭示了补肾促卵方治疗PCOS导致不孕的多成分、多靶点、多途径作用机制,为进一步研究提供依据。     

基于网络药理学方法预测定喘汤治疗慢性阻塞性肺疾病的作用机制及验证研究

目的：分析定喘汤治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)的分子机制,并通过细胞实验验证定喘汤的药理学作用。方法：在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库中,对定喘汤9味中药进行有效成分筛选,利用UniPort数据库得到中药活性成分相关靶点。随后在五大疾病数据库中以COPD作为关键词进行检索,收集疾病对应的靶点基因。对有效成分-交集靶点网络进行拓扑分析,根据中药有效成分与交集靶点之间连接情况筛选定喘汤治疗COPD关键成分。最后通过基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析确定定喘汤治疗机制并进行分子对接,从整体生物网络角度阐述定喘汤治疗COPD的免疫炎症机制,并通过细胞实验加以验证。结果：本实验筛选得到定喘汤274个活性成分,与疾病交集靶点262个。KEGG富集分析表明核心靶点作用于白细胞介素-17(IL-17)信号通路、NOD样受体信号通路及趋化因子信号通路等多种免疫和炎症反应相关的信号通路,分子对接显示核心化合物与靶点具有良好的对接活性。细胞实验表明,定喘汤能通过磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路,抑制人Ⅱ型肺泡上皮细胞炎症反应,...     

基于网络药理学探讨黄芩、毛冬青药治疗冠心病的作用机制

目的基于网络药理学探讨黄芩、毛冬青药治疗冠心病的作用机制。方法使用中药系统药理学成分分析平台(BATMAN-TCM)对黄芩、毛冬青进行成分分析及靶点基因预测,借助人类基因数据库(GeneCards)获取冠心病的相关靶点基因,使用FUNRICH软件,将药物靶点基因与疾病靶点基因进行映射,得到药物-疾病交集靶点基因。利用STRING数据库得出药物-疾病交集靶点蛋白相互作用网络(PPI),使用Cytoscape 3.7.1软件对中药化学成分-靶点-疾病网络进行分析,借助DAVID 6.8数据库,进行基因本体(GO)生物过程富集分析和KEGG通路富集分析。结果黄芩、毛冬青共有27种活性成分,与冠心病的交集靶点有285个,KEGG通路富集结果显示:黄芩、毛冬青主要通过cAMP信号通路、钙离子信号通路、5-羟色胺能突触、cGMP-PKG信号通路、非酒精性脂肪肝、催产素信号通路、TRP通道炎症介质调控、HIF-1信号通路等治疗冠心病。结论黄芩、毛冬青通过多成分、多靶点、多通路治疗冠心病,其可能是通过cAMP信号通路、钙离子信号通路等发挥对冠心病的治疗作用。     

基于网络药理学与分子对接技术的“陈皮-山楂”药对治疗高脂血症的作用机制研究※

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨“陈皮-山楂”药对治疗高脂血症（HLP）的作用机制。方法 通过使用TCMSP、ETCM和BATMAN-TCM数据库筛选陈皮、山楂的活性成分和作用靶点;通过Genecards、Disgenet和OMIM数据库获取HLP潜在作用靶点;通过Venny网站获取“陈皮-山楂”药对与疾病的交集靶点;使用Cytoscape软件构建活性“成分-疾病-交集靶点”网络图;使用String数据库和Cytoscape软件构建交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用Metascape数据库对交集靶点进行基因本体（GO）生物功能分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;最后利用AutoDock Vina软件对主要活性成分和关键靶点进行分子对接。结果 得到“陈皮-山楂”药对潜在活性成分71个、潜在作用靶点414个,HPL疾病靶点1056个,其中成分与疾病交集靶点共88个;GO生物过程作用于激素反应、细胞对激素刺激的反应等602个条目,GO细胞组分富集作用于转录调节复合物、囊泡腔等23个条目,GO分子功能富集作用于核受体活性、配体激活转录因子活性等47个条目;KEGG通路分析共得到127条通路,与脂肪细胞因子信号通路、PPAR信号通路和AMPK信号通路等有关;分子对接结果证实主要活性成分槲皮素、柚皮素与关键靶点PPARA、TP53结合能力良好。结论 “陈皮-山楂”药对可通过多成分、多靶点、多途径发挥对高脂血症的治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨桂枝附子汤“异病同治”类风湿关节炎与冠心病的作用机制

目的 运用网络药理学的方法探讨桂枝附子汤“异病同治”类分湿关节炎(RA)与冠心病(CHD)的潜在作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选桂枝附子汤的主要活性成分和作用靶点,通过Genecards、TTD、OMIM、PharmGkb、DrugBank数据库数据库搜集RA和CHD的相关疾病靶点,将药物靶点与疾病靶点通过Uniprot校正后,取交集靶点,利用Cytoscape3.9.1软件构建药物-活性成分-靶点网络,获取关键活性成分;通过STRING数据库构建交集靶点的蛋白相互作用网络,并利用Cytoscape3.9.1中的CytoNCA插件对交集靶点进行分析,筛选出核心靶点;运用R4.1.3软件进行GO功能富集和KEGG通路分析,比较关键靶点及KEGG通路富集基因,选取关键活性成分及核心靶点,应用AutoDock vina进行分子对接验证。结果 筛选出桂枝附子汤活性成分154个,主要成分包括槲皮素、柚皮素、山奈酚等;疾病交集靶点146个,核心靶点为AKT1、STAT3、MAPK1、MAPK3、TP53等;GO分析结果表明桂枝附子汤治疗RA与CHD主要涉及氧化应激反应、活性氧代谢过程、脂代...     

基于网络药理学及分子对接技术探究复方雷公藤逐痛颗粒干预类风湿关节炎的作用机制

目的 运用网络药理学及分子对接技术探究复方雷公藤逐痛颗粒（CTWPGs）干预类风湿关节炎（RA）的分子作用机制。方法 通过检索相关文献,并运用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中医药百科全书数据库（ETCM）、分子机制生物信息学分析工具（BATMAN）等获取CTWPGs的主要活性成分和作用靶点,利用在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、药物银行（Drug Bank）、基因卡（Gene Cards）、治疗靶点数据库（TTD）等获取RA相关靶点;药物与疾病靶点映射后获取交集靶点,以String数据库对交集靶点构建蛋白互相作用网络,并分析、筛选核心靶点;通过注释、可视化、集成发现数据库（DAVID）对核心靶点进行基因本体论（GO）功能富集分析,以及京都基因和基因组百科全书（KEGG）信号通路分析,采用Cytoscape3.6.0构建CTWPGs“活性成分-靶点-信号通路”的可视化网络。结果 通过筛选获得CTWPGs干预RA的作用成分共47种,得到作用于RA的核心靶点34个。GO功能富集分析共得到357个条目（P<0.05）,其中生物过程条目299个,细胞组成条目21个,分子...     

基于GEO芯片和网络药理学分析青黛治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的通过GEO芯片和网络药理学预测青黛治疗溃疡性结肠炎的作用机制, 并通过分子对接进行验证。方法利用TCMSP、SymMap数据库、SwissTargetPrediction数据库和Pharmapper数据库检索青黛化学成分及其对应靶点, 借助UniProt数据库对靶点进行规范;通过GEO数据库、DrugBank数据库、OMIM数据库、TTD数据库、Disgenet数据库检索溃疡性结肠炎疾病基因, 并利用Venn在线工具获取药物与疾病的交集基因, 通过STRING数据库、Cytoscape 3.8.2软件构建药物-疾病交集靶点PPI网络;对核心靶点进行GO功能及KEGG通路富集分析, 运用AutoDock Vina 1.2.1软件进行分子对接, Discovery studio Visualizer进行可视化分析。结果共获得青黛10个有效成分和128个药物与疾病交集基因, 进一步分析得到42个核心基因。经GO和KEGG通路富集分析显示, 青黛参与活性氧代谢、血红素结合、蛋白磷酸酶结合、分泌颗粒胞吐、细胞质囊泡、细胞的焦点黏连及细胞底物连接等生物途径, 并通过调控PI3K/Akt信号通路...     

基于网络药理学与分子对接法探讨补肾骨蚀方治疗膝骨关节炎的作用机制

目的:基于网络药理学与分子对接法探讨补肾骨蚀方治疗膝骨关节炎(KOA)的作用机制.方法:通过TCMSP数据库筛选补肾骨蚀方的活性成分及相关靶点,通过Genecards、OMIM数据库获取KOA相关基因数据.使用R软件获取补肾骨蚀方与疾病的交集靶点,利用STRING数据库对交集靶点构建蛋白互作网络,利用R软件进行GO与KEGG富集分析,运行Autodock Vina对活性成分及关键蛋白进行对接.结果:补肾骨蚀方有效成分84种,相关靶点240个,KOA相关靶点2270个,交集靶点124个.GO富集显示包括生物过程相关条目2334条,细胞成分相关条目70条,分子功能相关条目169条.KEGG功能富集分析发现前列腺癌、肿瘤坏死因子信号通路、人巨细胞病毒感染、流体切应力和动脉粥样硬化、糖尿病并发症中AGE-RAGE信号通路、卡波济肉瘤相关疱疹病毒感染等132条信号通路.分子对接初步验证了补肾骨蚀方主要活性成分能与关键靶点发生相互作用.结论:补肾骨蚀方可能通过抑制炎症因子表达,调节骨代谢及抗氧化治疗KOA,这对后续方药研究及临床应用具有指导意义.