基于肺腺癌组织中可变剪接数据构建剪接因子-可变剪接调控网络的生物信息学分析

目的 利用生物信息学方法筛选与肺腺癌（LUAD）患者生存相关的可变剪接（AS）事件,构建剪接因子（SF）-AS调控网络,为LUAD患者的预后评价提供新思路。 方法 由癌症基因组图谱（TCGA）数据库中下载LUAD患者转录组数据和临床数据。从SF表达和RNA靶点（SpliceAid2）数据库中下载LUAD患者AS数据。对LUAD患者生存相关AS事件进行单因素Cox回归分析。采用LASSO回归分析和多因素Cox回归分析构建LUAD患者预后风险模型,基于该模型计算每种AS事件的风险评分,采用 Kaplan-Meier（K-M）生存分析和受试者工作特征曲线（ROC）评价模型的可靠性。通过Cox 回归分析风险模型、临床参数与LUAD患者独立预后的关系。采用Pearson检验对SF和与预后相关的AS事件进行相关性分析,并通过Cytoscape软件构建SF-AS互作网络。 结果 筛选获取与生存相关的AS事件43 948个,共7种类型,主要以外显子活跃（ES）事件和可变终止子（AT）事件为主。构建AS事件预后风险模型,基于该模型风险评分将LUAD患者分为高风险组和低风险组,K-M生存分析,高风险组LUAD患者总生存（OS）率较低风险组低（P<0.05）。ROC曲线分析,LUAD患者预后风险模型预测性良好,曲线下面积（AUC）为0.824。SF-AS调控网络,12个与预后相关SFs正向或负向调节AS事件,可预测LUAD患者的不良预后。 结论 筛选了与LUAD患者预后相关的AS事件和上游的调控因子SF,构建了SF-AS网络,为进一步研究AS事件与LUAD患者预后的相关性提供理论依据。     

基于生物信息学分析剪接因子SRSF11在胃癌中的表达及临床意义

目的 基于数据库分析剪接因子SRSF11在胃癌中的表达及其与临床病理特征、预后的关系,并探讨相关机制。方法 基于癌症基因组图谱（TCGA）、基因表达综合（GEO）数据库分析SRSF11在胃癌中的表达情况;利用UALCAN、KM Plotter评估SRSF11表达与临床病理特征、预后的关系;利用TIMER工具分析SRSF11表达对肿瘤微环境免疫细胞浸润的影响;结合TCGA spliceSeq中可变剪接数据和RNA-seq数据分析SRSF11调控的可变剪接事件和基因,并对靶基因进行基因本体论（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果 胃癌组织中SRSF11表达明显上调（P <0.05）,且与患者淋巴结转移和TP53基因突变有关（P <0.05）;SRSF11高表达与胃癌患者预后不良相关（P <0.001）;SRSF11表达可影响胃癌中多种免疫细胞的浸润水平,巨噬细胞高浸润量与患者预后不良相关（P <0.05）;靶基因KEGG富集分析显示主要参与病毒感染、溶酶体、三磷酸腺苷结合盒转运体和肿瘤相关信号通路等。结论 SRSF11在胃癌组织中呈现高表达,且...     

基于TCGA在宫颈癌肿瘤微环境中挖掘免疫疗效相关的预后基因

目的 结合生物信息学方法,使用肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中宫颈癌表达谱数据,通过ESTIMATE算法分析肿瘤微环境挖掘有价值的预测免疫治疗疗效相关的预后基因.方法 从TCGA数据库下载宫颈癌数据,运用R软件ESTIMATE包将宫颈癌基因表达谱数据分为高低免疫/高低基质评分组,通过limma包计算各组差异基因,最终...     

胃癌中异常表达剪接因子的生物信息学分析及功能

目的采用生物信息学方法分析胃癌中有表达差异的剪接因子,研究异常表达的富含丝氨酸苏氨酸蛋白家族中的剪接因子10(SRSF10)对胃癌细胞表型的影响。方法通过癌症基因组图谱数据库(TCGA)下载胃癌以及癌旁组织的RNA-seq数据,对其采用生物信息学方法进行分析,最终得到胃癌中差异表达的剪接因子。从中挑选出SRSF10研究其对胃癌发生发展的影响,利用RNA干扰技术构建SRSF10敲低的胃癌细胞,同时采用MTS、Transwell以及细胞划痕方法研究敲低SRSF10后对胃癌细胞表型的影响。结果胃癌中差异表达的剪接因子有48个,其中表达上调35个,表达下调13个。挑选表达上调的剪接因子SRSF10进行进一步研究,发现SRSF10敲低后的胃癌细胞与正常胃癌细胞相比增殖减慢,迁移能力降低,划痕愈合能力下降。结论胃癌患者中存在较多有表达差异的剪接因子,可能在胃癌发生发展中起到重要作用。剪接因子SRSF10在胃癌发生发展中可能发挥重要的作用。     

基于TCGA数据库和GEO数据库分析SERPINE1在胃癌中的表达和预后影响

目的 分析SERPINE1在胃癌组织中的表达及其临床意义。方法 通过检索肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库,了解SERPINE1在33种癌症组织中的表达情况。通过检索癌症基因组图谱(TCGA)数据库,下载375例胃癌组织和32例癌旁组织的RNA-Sep数据和临床信息,通过检索基因综合表达(GEO)数据库GSE54129数据集下载了111例胃癌组织和21例癌旁组织的基因表达谱芯片,分别将TCGA和GSE54129数据集中的SERPINE1进行癌组织和癌旁组织的表达差异分析,COX分析TCGA数据集中临床基线资料和SERPINE1 mRNA表达水平对胃癌患者预后的影响。绘制Kaplan-Meier生存曲线和受试者工作特征曲线(ROC)分析SERPINE1 mRNA表达与预后的关系。通过基因富集分析(GSEA)挖掘并预测SERPINE1参与的通路。结果 TIMER数据库分析表明,SERPINE1在8种癌组织中明显高表达(P<0.05)。TCGA数据集、GSE54129数据集分析表明,在胃癌组织中SERPINE1表达高于癌旁组织(P<0.001)。多因素COX分析表明,病理Sta...     

基于TCGA数据库分析整合素αV在胃癌中的表达差异及临床意义

目的 利用癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库分析整合素αV(integrinαV,ITGAV)在胃癌中的表达差异及临床意义.方法 在TCGA数据库获取胃癌临床病例资料及对应的ITGAV mRNA转录组数据,利用R软件分析ITGAV在胃癌组织样本及正常胃组织样本中的mRNA表达差异,分析其表达差异与胃癌患者临床病理特征及预后的关系.基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)预测ITGAV在胃癌中调控的可能信号通路.结果 ITGAV在胃癌组织中的mRNA表达量显著高于正常胃组织(W=3161,P=8.837×10-6).ITGAV的表达水平与胃癌患者的T分期、N分期、病理分期及分化程度相关(P<0.05).ITGAV高表达组的患者的生存时间显著短于ITGAV低表达组患者(P=0.00049).单因素分析结果显示T分期、N分期、M分期、病理分期、年龄及ITGAV表达量与胃癌的预后相关(P均<0.05).多因素分析结果显示ITGAV的表达水平与年龄是影响胃癌患者预后的独立危险因素(P均<0.05).ITGAV mRNA高表达样本富集到Janus激酶/信号转导与转录激活子(Janus kinase/signal transducer and activator of tranions,JAK STAT)信号通路、Toll样受体4(Toll-like receptor 4,TLR4)信号通路、转化生长因子(transforming grow th factoryβ,TGF-β)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)信号通路、趋化因子(Chemokine)信号通路、哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(mammalian target of rapamycin,mTOR)信号通路、erb-b受体酪氨酸激酶(erb-b tyrosine kinase receptor,ERBB)信号通路及血管内皮生长因子(vascular endothe-lial growth factor,VEGF)信号通路上调(P均<0.05).结论 ITGAV在胃癌组织中高表达,且ITGAV表达水平与胃癌恶性程度及不良预后具有一定的相关性,并通过上调JAK STAT等信号通路在胃癌中发挥作用.     

基于TCGA数据库构建口腔鳞状细胞癌预后模型

目的 构建预测OSSC患者预后的模型。方法 从TCGA数据库下载了OSCC队列相关数据,并筛选出DEGs,将TCGA-OSCC队列样本分为训练集和测试集。在训练集中筛选出与预后相关的DEGs并建立预后模型,并在测试集中验证预后模型的预测能力。结果 最终筛选出10个与OSCC预后相关的DEGs,风险评分是影响OSCC患者预后的独立指标。对训练集样本进行KM生存分析(P<0.01)和ROC曲线分析(AUC=0.80),证实了预后模型的良好性能,并在测试集中得到了验证。结论 本研究构建的预后模型可以准确预测OSCC患者预后,有助于对患者实施个性化治疗方案。     

可变剪切事件在胰腺癌中的发生及其临床意义

目的探索胰腺癌(PAAD)中存在的差异RNA剪接模式,分析可变剪切(AS)事件与胰腺癌临床预后的关系。方法自癌症基因组图谱(TCGA)中下载RNA-seq数据、临床数据资料,提取剪接因子(SF)表达量;采用TCGA SpliceSeq工具下载提取AS事件数据,评估7种可变剪切类型在胰腺癌病例中的发生情况;采用Kaplan-Meier分析及Cox回归分析评估AS事件风险值和生存时间之间的相关性,并探索PAAD的独立危险因素;采用Cytoscape构建基于生存相关的AS事件与SF的调控关系网络。结果PAAD中与生存相关的AS事件以外显子跳跃(ES)类型多见,外显子互斥(ME)类型较少;各亚型AS事件对生存影响不同,低风险组的预后较好,且风险值可作为PAAD独立预后因素(P<0.01,AUC=0.765)。剪接网络提示PAAD患者中剪接因子的表达与AS事件之间具有相关性。结论AS事件风险值可作为PAAD的独立预后因子,且SF对AS事件的调控呈多样性,SF可能会作为PAAD治疗的潜在靶点。     

基于TCGA数据挖掘发现ITGB2可能影响急性髓细胞白血病的预后

〔目的〕通过癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的急性髓细胞白血病患者的转录本数据和临床数据,探寻AML的骨髓微环境中与肿瘤浸润免疫细胞(TICss)的相关预后基因.〔方法〕通过TCGA数据库下载AML患者的RNA-seq数据,通过R语言软件采用CIBERSORT和ESTIMATE算法计算其中肿瘤免疫细胞和基质细胞成分比例,Kaplan Meier分析绘制生存曲线,利用COX回归分析和蛋白互作网络(PPI)进行差异基因分析,随后利用韦恩图确定PPI和COX回归分析的集合基因.Kaplan Meier生存分析预测集合基因与AML患者的生存预后情况,后续进行基因集富集分析(GSEA)分析其相关富集通路、TICss比例及相关性分析.〔结果〕在AML的骨髓微环境中免疫细胞成分与预后相关(P<0.05),β2-整合素(ITGB2)在COX回归和PPI网络两个基因集中均存在,低表达ITGB2的AML患者生存预后更好(P<0.05).GSEA结果显示,高表达ITGB2与多条免疫相关信号通路相关,TICss分析发现ITGB2与9种免疫细胞相关.〔结论〕IT-GB2的表达量可能与AML患者的不良预后相关,可能通过影响骨髓微环境的免疫细胞发挥作用,提示ITGB2可能作为AML靶向治疗的潜在生物学靶点.     

基于数据库挖掘皮肤黑色素瘤微环境预后生物标志物

目的 通过探索肿瘤微环境(TME)来确定与皮肤黑色素瘤(SKCM)预后生存相关基因,并进一步构建评估SKCM患者预后的风险预测模型。方法 根据癌症基因组图谱(TCGA)数据库和ESTIMATE算法计算SKCM患者的免疫评分和基质评分,筛选高分组与低分组之间的差异表达基因(DEG),并进一步通过功能富集分析、蛋白质相互作用网络(PPI)、生存分析和Lasso回归分析筛选预后显著相关基因,最终利用预后显著相关基因构建风险预测模型。结果 471例SKCM病例纳入本研究,根据免疫评分和基质评分的中位数,将236例评分≥中位数的患者纳入高分组,235例评分<中位数的患者纳入低分组。高免疫评分组和高基质评分组的中位生存时间分别显著长于低免疫评分组和低基质评分组(P值均<0.05)。Kaplan-Meier生存曲线显示,免疫评分、基质评分均与SKCM患者的生存时间呈正相关(P=0.000 11、0.046)。SKCM患者中高分组和低分组的基因表达数据分析结果显示,高分组和低分组具有不同的基因表达谱。基于免疫评分的结果显示,高分组有1 257个基因上调,20个基因下调[log_2<...     

基于TCGA数据库分析CENPA在肝细胞肝癌中的表达及临床意义

目的 基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析着丝粒蛋白A(CENPA)基因在肝细胞肝癌(HCC)中的表达情况以及临床意义.方法 从TCGA数据库中通过筛选得到240例HCC患者和50例癌旁组织样本完整的临床病理及生存资料,评价CENPA基因在肝癌组织和癌旁组织中的表达情况.并根据CENPA基因中位表达水平将其分为低表...     

基于肿瘤免疫微环境的胃癌中医药防治

随着"带瘤生存"理念的提出,肿瘤免疫微环境在肿瘤生长、发展及转移中的作用备受关注,调控肿瘤免疫微环境为胃癌的防控提供了新方向。中医药在防控胃癌的生长、进展及转归,或术后及放化疗后的并发症及不良反应等方面有独特优势,与调控胃癌免疫微环境密切相关,主要表现为增强免疫监视、克制免疫抑制、调控免疫逃逸,以改善胃癌免疫微环境,防控胃癌于早期。然而现有研究仍存在一些不足之处:①肿瘤免疫微环境的形成和动态变化是多方面、多靶点的,涉及多种免疫细胞及细胞因子,其在胃癌发生、发展及转归中的具体作用机制有待进一步探究;②中医药治疗方法众多,作用机制和靶点多样,中医药如何通过调控肿瘤免疫微环境防控肿瘤尚需更深入的研究;③目前对于胃癌肿瘤免疫微环境的研究以临床观察类居多,对胃癌分类分型及相关分子机制的研究较少,且临床观察样本量较小,对于全面揭示中医药的调控机制尚有较大提升空间。未来需进一步拓宽肿瘤免疫微环境的内涵,持续完善肿瘤免疫微环境的中医本质,不断探究肿瘤免疫微环境在胃癌进程中发挥的作用,全面分析中医药调控胃癌免疫肿瘤微环境的具体机制,让胃癌的中医药免疫防治更加标准化、规范化。     

基于肿瘤免疫微环境的胃癌中医药防治

随着带瘤生存理念的提出,肿瘤免疫微环境在肿瘤生长、发展及转移中的作用备受关注,调控肿瘤免疫微环境为胃癌的防控提供了新方向。中医药在防控胃癌的生长、进展及转归,或术后及放化疗后的并发症及不良反应等方面有独特优势,与调控胃癌免疫微环境密切相关,主要表现为增强免疫监视、克制免疫抑制、调控免疫逃逸,以改善胃癌免疫微环境,防控胃癌于早期。然而现有研究仍存在一些不足之处:①肿瘤免疫微环境的形成和动态变化是多方面、多靶点的,涉及多种免疫细胞及细胞因子,其在胃癌发生、发展及转归中的具体作用机制有待进一步探究;②中医药治疗方法众多,作用机制和靶点多样,中医药如何通过调控肿瘤免疫微环境防控肿瘤尚需更深入的研究;③目前对于胃癌肿瘤免疫微环境的研究以临床观察类居多,对胃癌分类分型及相关分子机制的研究较少,且临床观察样本量较小,对于全面揭示中医药的调控机制尚有较大提升空间。未来需进一步拓宽肿瘤免疫微环境的内涵,持续完善肿瘤免疫微环境的中医本质,不断探究肿瘤免疫微环境在胃癌进程中发挥的作用,全面分析中医药调控胃癌免疫肿瘤微环境的具体机制,让胃癌的中医药免疫防治更加标准化、规范化。     

选择性剪接和肿瘤免疫关系的研究进展

前体mRNA（pre-mRNA）的剪接是基因表达调控中的重要环节,也是生物功能多样性的分子机制之一。目前已知它包括两种剪接类型：组成性剪接（constitutive splicing）和选择性剪接（alternative splicing）。在组成性剪接中,剪接位点不因细胞种类、发育阶段或环境而改变,因而最终形成的基因及其表达产物也是不变的。     

基于肿瘤基质评分的胃癌预后基因分析

目的 分析比较不同肿瘤基质评分胃癌患者的基因表达特征,鉴定与评分相关的胃癌预后基因,以期为临床胃癌诊断和预后提供更精准的手段。方法 从癌症基因组图谱数据库（the cancer genome atals, TCGA）下载胃癌的临床资料和组织转录组测序（ribonucleic acid sequencing, RNAseq）表达数据。从基质免疫评估数据库（estimation of stromal and immune cells in malignant tumor tissues using expression data, ESTIMATE）网站下载TCGA数据库中胃癌患者基质评分信息。获取患者的临床信息、RNAseq表达谱、基质评分。按照基质评分的高低分为高基质评分组和低基质评分组,分析基质评分与胃癌预后的关系。用R语言DEseq2包进行标准化处理和差异分析;WGCNA（weight correlation network analysis, WGCNA）包筛选与基质评分密切相关的差异基因;单因素COX风险比例回归模型（COX proportional model, COX）初步筛选基质评分密切相关基因中与胃癌预后相关的基因;LASSO（least absolute shrinkage and selection operator, LASSO）回归模型筛选出其中影响胃癌预后的关键基因,计算最小λ值;多因素COX回归分析构建关键基因胃癌预后模型,并量化基因表达量与患者生存时间的关系;模型内部绘制关键基因的生存曲线。最后通过其他公共数据库（KM-plotter数据库和Oncomine数据库）验证这些基因在胃癌大样本的表达和预后。结果 基质评分越高的患者表现为预后更差（P<0.05）。对患者的RNA-seq差异表达分析筛选得到1581个差异表达基因;从中通过WGCNA筛选出1015个基因与胃癌基质评分密切相关;单因素COX回归选出377个基因与胃癌患者预后相关（P<0.05）;LASSO回归筛选出12个与胃癌预后相关的关键基因,最小λ=12;多因素COX回归分析显示该模型C指数为0.68,3年生存期和5年生存期的预测值基本贴合实际值,3年生存期曲线下面积（area under the curve, AUC）为0.693,5年生存时间AUC为0.725。12个基因中,ACTA1、ADAMTS12、LINCO1614、MATN3、MTUS2、PLCL1、POSTN、SERPINE1、TPTEP1表达量越高,患者生存期越短,GAD1和MMP16表达量的越低,患者生存期越短;6个基因（ADAMTS12、MATN3、MEGF10、PLCL1、POSTN、SERPINE）各自作为独立危险因素,具有最佳的胃癌预后预测功能（P<0.05）。KM-plotter数据库和Oncomine数据库符合本研究的预测结果。结论 肿瘤基质评分越高的胃癌患者,预后更差、生存周期更短。6个基因ADAMTS12、MEGF10、PLCL1、POSTN、MATN3、SERPINE与患者的肿瘤基质评分及预后密切相关。其表达越高,患者评分越高,预后越差、生存周期越短。本研究鉴定了与胃癌基质评分相匹配的预后基因,提示胃癌基质研究的进一步方向。     

CD40LG是与浸润性乳腺癌肿瘤微环境中免疫和基质相关的预后标志物

目的 旨在寻找与浸润性乳腺癌（BRCA）发生相关的肿瘤微环境（TME）相关基因,以预测其预后并为临床提供治疗靶点。方法 从癌症基因组图谱（TCGA）数据库中检索到RNA转录组数据和临床相关数据。利用ESTIMATE算法计算基质评分和免疫评分。然后通过取交集筛选出差异表达基因（DEGs）。利用蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络和单变量COX回归分析来确定DEGs中的核心基因。选取一个核心基因进行GSEA集富集分析和CIBERSORT分析,以分别区分核心基因表达的功能和肿瘤浸润免疫细胞（TICs）的比例。最终用Western blot和qRT-PCR对CD40LG的表达水平进行临床验证。结果 从TCGA中提取了1222个样本（124个正常样本和1098个肿瘤样本）进行分析,共获得了487个DEG。这些基因主要富集在与免疫相关的途径中。进一步的交叉分析揭示了11个关键基因,包括CD40LG、ITK、CD5、CD3E、SPN、IL7R、CD48、CCL19、CD2、CD52和CD2711,这些基因被证明与乳腺癌TME状态相关。挑选了CD40LG进行进一步研究,结果表明,CD40LG高表达BR...     

利用TCGA数据库分析GRB2在肝细胞肝癌中的表达及临床意义

目的分析GRB2在肝细胞肝癌(HCC)中的表达与HCC患者临床特征及预后的相关性,进而预测GRB2与HCC发生发展的关系。方法从癌症基因组图谱(TCGA)中选取HCC中GRB2的基因表达谱及相关临床和病理资料,分析GRB2在HCC癌组织和癌旁组织中的表达情况以及HCC癌组织中GRB2表达量与HCC患者临床特征及预后的关系。结果 GRB2在HCC癌组织中的表达高于癌旁组织(P<0.05)。GRB2表达水平与HCC临床病理分级、TNM分期、血清甲胎蛋白(AFP)水平相关,HCC临床病理分级、TNM分期、血清AFP水平越高,GRB2表达量越高(P<0.05)。COX多因素分析显示GRB2高表达和TNM分期是影响HCC患者预后的独立危险因素。结论 GRB2可作为促癌基因在HCC患者的肿瘤组织中呈高表达,提示HCC患者预后不良,有望成为早期诊断HCC的分子标志物和判断预后的指标。