高良姜及其混淆品的分子鉴定

目的:探讨基于ITS2条形码序列鉴定高良姜及其混淆品的新方法.方法:本研究对高良姜及其混淆品6个物种9份样品的ITS2序列进行PCR扩增和测序,同时扩大研究范围从GenBank上下载同属共15个物种37个样本.用MEGA4.1计算其种间、种内的K2P距离,并分析各样本间ITS2序列二级结构的差异,最后利用ITS2序列重构其系统发育树.结果:高良姜基源植物种内最大K2P距离为0.0171,与混伪品的种间最小K2P距离为0.0469;高良姜及其混淆品的ITS2二级结构存在明显差异;重构的系统发育树显示高良姜的不同来源聚在一支,能较好与混淆品区分.结论:ITS2序列能够成功鉴定高良姜及其易混淆品,可以作为高良姜及其混淆品的分子鉴定工具.     

基于ITS2序列鉴定川贝母及其混伪品基原植物

本研究对川贝母5种不同基原植物ITS2序列进行PCR扩增和测序;同时扩大研究范围,从GenBank上下载川贝母及其常见混伪品共10个物种13个样本的ITS2序列。用MEGA4.1计算其种间、种内的K-2-P距离,并分析各样本间ITS2序列二级结构的差异,最后利用ITS2序列重构其系统发育树。结果显示川贝母基原植物种内最大K-2-P距离为0.0276,与混伪品的种间最小K-2-P距离为0.0583;川贝母及其混伪品的ITS2二级结构存在明显差异;重构的系统发育树显示川贝母不同基原物种聚为一支,能较好与混伪品区分。研究结果表明ITS2条形码序列能够成功鉴定川贝母及其混伪品的原植物,为川贝母混伪鉴别提供了新工具。     

ITS2序列鉴定小茴香及其常见混伪品

目的 探讨基于ITS2序列鉴定小茴香及其混伪品的新方法.方法 对小茴香4份样品的ITS2序列进行PCR扩增和测序,同时从GenBank上下载小茴香及其常见混伪品共6个物种42个样本.用MEGA4.1计算其种间、种内的K-2-P距离,并分析各物种间ITS2序列二级结构的差异,最后利用ITS2序列构建其系统发育树.结果 小...     

板蓝根与南板蓝根及其混淆品的ITS2条形码鉴定

目的:利用ITS2条形码鉴定区分中药板蓝根与南板蓝根及其混淆品蓼蓝和大青。方法:提取4种中药基原植物基因组DNA扩增ITS2序列,隐马尔科夫模型HMMer进行序列注释,Clustal W法进行序列比对,K2P模型计算种内和种间遗传距离,邻接法构建进化树。结果:遗传距离分析显示,4个物种的最大种内遗传距离为0.034,最小种间遗传距离为0.347,最大种内遗传距离大于最小种间遗传距离。同时4个物种可以在进化树上明显区分开来。结论:ITS2序列可以用于板蓝根与南板蓝根及其混淆品蓼蓝和大青的分子鉴定,相较于传统鉴定方法,该方法更加高效与准确。     

藏药材榜嘎及其混伪品的DNA条形码鉴定研究

目的:利用DNA条形码技术对榜嘎及其混伪品进行鉴别,为藏药榜嘎的鉴定提供准确可靠的依据。方法:通过分析榜嘎及其混伪品ITS和ITS2序列的遗传距离、种内种间变异并构建NJ系统发育树,以评价ITS2和ITS序列的鉴定效率。结果:本研究中ITS2和ITS序列扩增效率相同,在blast比对和遗传距离距离分析上,ITS序列表现出更强的鉴定能力;通过K2P距离构建NJ树,ITS2和ITS序列在榜嘎与混伪品间的种间变异无统计学意义,但ITS序列对易混物种的鉴定效率较高。结论:ITS序列可作为鉴定榜嘎及其混伪品的有效条形码。     

大青叶及其混淆品的ITS2序列鉴定研究

目的:对中药材大青叶及其混淆品进行分子鉴定,以确保该药材的质量以及临床疗效。方法:采用PCR直接测序法,测定核基因ITS2区,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,用软件MEGA4.0进行相关数据分析,构建NJ(邻接)树,并利用Koetschan等建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构。结果:大青叶基源植物菘蓝ITS2序列长度为191bp,其种内平均K2P遗传距离(0.002)远小于其与混淆品的种间平均K2P遗传距离(0.882);由所构建的系统聚类树图可以看出,各物种均表现出了单系性,而同时又与其它物种明显区分开;比较ITS2二级结构发现,各物种在4个螺旋区的茎环数目、大小、位置以及螺旋发出时的角度均有明显差异。结论:ITS2作为条形码可以方便快捷的鉴别大青叶正品及其混淆品,对药典中其它药材的相关研究也具有重要的参考价值。     

基于matK序列的积雪草与其易混品的分子鉴定方法分析

目的:积雪草容易与多种混淆品相互混淆,本研究拟基于mat K序列探讨积雪草与其混淆品鉴定的新方法。方法:从Gen Bank核酸数据库下载积雪草、过路黄、连钱草和乌蔹莓的mat K序列,应用Clustal X 2.1软件进行SNP鉴别位点分析,应用MEGA5.0软件计算种内种间(K2P)遗传距离和构建邻接(NJ)系统聚类树。结果:获得积雪草与过路黄各5个mat K序列及连钱草和乌蔹莓各1个mat K序列,分析显示积雪草与其混伪品的mat K序列存在较大差异,具有近百个SNP位点,且其中多是积雪草特有的,可用于分子鉴定。且积雪草最大种内K2P遗传距离0.001,远远小于其与混伪品的种间K2P遗传距离0.242~0.293,构建的系统发育树显示积雪草与其混淆品可明显分开。结论:综合以上分析,mat K序列为鉴定积雪草及其混淆品提供了新的分子鉴定方法。     

大青叶及其混淆品的ITS2序列鉴定研究

目的:对中药材大青叶及其混淆品进行分子鉴定,以确保该药材的质量以及临床疗效.方法:采用PCR直接测序法,测定核基因ITS2区,所得序列经CodonCode Aligner拼接后,用软件MEGA4.0进行相关数据分析,构建NJ(邻接)树,并利用Koetschan等建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构.结果:大青叶基源植物菘蓝ITS2序列长度为191bp,其种内平均K2P遗传距离(0.002)远小于其与混淆品的种间平均K2P遗传距离(0.882);由所构建的系统聚类树图可以看出,各物种均表现出了单系性,而同时又与其它物种明显区分开;比较ITS2二级结构发现,各物种在4个螺旋区的茎环数目、大小、位置以及螺旋发出时的角度均有明显差异.结论:ITS2作为条形码可以方便快捷的鉴别大青叶正品及其混淆品,对药典中其它药材的相关研究也具有重要的参考价值.     

细小种子类毒性药材天仙子的DNA 条形码鉴定

目的：毒性中药的误用滥用对人类健康造成了严重危害。本研究应用DNA条形码技术对细小种子类毒性药材天仙子及其混淆品进行鉴定,为中药材的安全使用提供保障。方法：使用试剂盒提取61份样本的总DNA,通过聚合酶链式反应（PCR）扩增其ITS2序列并双向测序,应用Codon Code Aligner v 4.25对测序峰图进行校对拼接,去除低质量序列及引物区获得ITS2 序列。用MEGA 6.0 软件计算物种种内和种间Kimura2-Parameter（K2P）遗传距离,分析变异位点并构建邻接（NJ）系统聚类树。结果：天仙子的基原植物莨菪种内最大K2P遗传距离为0.005,远小于其与混淆品之间的种间最小K2P遗传距离（0.360）;NJ树结果显示莨菪独自聚为一支,表现出良好的单系性,与混淆品明显区分开。结论：ITS2序列能准确鉴别毒性药材天仙子及其混淆品,为保障临床用药的安全提供了有效的技术手段。     

基于DNA条形码的岭南特色药材广东海桐皮、木棉花与其混淆品的分子鉴定

目的：本研究主要应用第二内转录间隔区（ITS2）序列作为DNA条形码进行分析,建立对岭南中药广东海桐皮、木棉花与其混淆品的快速鉴定法。方法：收集广东海桐皮等9个物种样本,提取样本基因组DNA,扩增ITS2 基因片段,对其产物进行双向测序。所得序列采用CodonCode Aligner进行拼接。利用MEGA 6.06软件进行种间变异及遗传距离分析,并构建系统进化树。结果：9个物种的ITS2序列长度范围为224-237bp,物种的种内遗传距离（0.000-0.017）明显小于种间遗传距离（0.045-0.820）,NJ和ML聚类树显示,各物种样本独聚一支,表现出单系性。结论：ITS2序列能够有效鉴别植物海桐皮、木棉花与其混淆品,为其基原植物鉴定提供依据,为保证用药真实及其临床疗效提供分子鉴定方法。     

基于DNA条形码对凉山虫草及近缘物种和其混伪品的分子鉴定

目的：结合ITS基因和COI基因对《四川省中药材标准》收录的凉山虫草和近缘物种及当地市场上出现的混伪品进行分子鉴定,考察其方法的可行性。方法：对收集的28份样品通过DNA提取、PCR扩增,分别获得其ITS 序列和COI 序列。用Codon Code Aligner V3.7.1,Mega 5.0等软件进行比对分析,构建基于ITS 序列和COI 序列的样品的NJ 树,进行聚类分析。结果：凉山虫草和近缘物种及混伪品寄生真菌的ITS 序列种间最小K-2P距离大于各物种种内最大K-2P距离：种内变异小,种间差异较大,从而基于ITS序列的NJ 树能将凉山虫草与其他近缘物种及其混伪品很好地归属;凉山虫草和近缘物种及其混伪品寄主昆虫的COI序列种间最小K-2P距离大于各物种种内最大K-2P距离：种内变异小,种间差异较大,通过遗传距离及NJ树的分析能将凉山虫草与其他近缘物种其及其混伪品及其他近缘物种很好地区分。结论：结合ITS序列和COI序列的DNA条形码技术可以很好地鉴定凉山虫草与其近缘物种及其混伪品,并对虫草属的系统学和分类研究提供了技术支持。     

基于ITS2序列的中药材藤梨根DNA分子鉴定

目的：通过DNA条形码鉴定技术区分中药材藤梨根及其常见混伪品。方法：对采集的中药材藤梨根样品及其常见混伪品进行DNA 提取,PCR扩增和测序,运用CodonCode Aligner 3.5.7对所获ITS2序列进行拼接。应用MEGA 5.0软件计算藤梨根及其常见混伪品的Kimura 2-parameter（K2P）遗传距离,并构建NJ（邻接）系统聚类树,最后分析种间ITS2序列的二级结构差异。结果：中药材藤梨根两种基原植物的平均种内K2P遗传距离分别为0.001和0.002,远小于藤梨根与其常见混伪品之间的平均K2P遗传距离0.120;藤梨根与其常见混伪品的ITS2二级结构也存在明显差异;NJ树显示藤梨根的基原植物聚在一起,与混伪品可明显区分,但无法区别所有猕猴桃属植物。结论：ITS2序列可高效区分藤梨根及其常见混伪品,弥补了传统鉴定方法的不足,提高了鉴定效率及准确性。     

基于ITS2条形码序列的京大戟及其易混品的DNA分子鉴定

目的 对京大戟及其易混品进行DNA分子鉴定,以保证京大戟的用药安全.方法 对京大戟及其18种易混品共29份样品的内转录第二间隔区(ITS2)条形码序列进行分析.对京大戟ITS2序列种内序列变异,京大戟与其易混品间的种间序列差异进行分析比较,并构建京大戟及其易混品的NJ树.结果 京大戟ITS2序列种内变异较小,平均K-2...     

基于ITS2和psbA-trnH序列对细小种子类药材车前子的鉴定比较

为考察ITS2 序列和psbA-trnH 序列对车前子药材及其常见混伪品的鉴定能力,该研究对车前子2个基原物种及7种混伪品共71份样本进行了研究。采用MEGA 5.1对获得的ITS2和psbA-trnH进行序列比对,计算种内和种间kimura 2-parameter（K2P）遗传距离,并构建系统发育树。结果显示,车前和平车前的ITS2 序列长度分别为199,200 bp;两者的ITS2序列种内最大 K2P 遗传距离均小于与混伪品的最小种间K2P 遗传距离;基于ITS2 序列构建的NJ 树中,车前、平车前及其混伪品都表现出良好单系性,都能相互明显区分。表明ITS2序列能将车前子药材与混伪品进行很好的区分。车前和平车前的psbA-trnH序列长度均为340 bp,两者的psbA-trnH 序列种内最大K2P 遗传距离小于与混伪品的最小种间K2P 遗传距离;基于psbA-trnH 序列构建的NJ 树结果显示,除大车前外,车前子药材与其余混伪品可以明显区分。因此,ITS2序列作为DNA条形码,车前子及其混伪品具有良好的鉴别能力,对保障车前子用药安全具有重要意义。     

有毒中药土荆皮的ITS2条形码序列分析鉴定

目的:本文选用土荆皮及其5种伪品共37份材料,对ITS2序列进行比较研究。方法:采用CodonCode Aligner3.5.7进行序列拼接,MEGA5.0计算土荆皮的种内及其与混伪品的种间K2P距离,构建NJ分子系统树,并分析土荆皮及其混伪品ITS2序列二级结构的分子形态学特征。结果:土荆皮药材ITS2序列单倍型与其基原植物叶片序列一致;土荆皮及其混伪品的ITS2序列种间遗传距离远大于土荆皮种内样本的遗传距离;NJ树显示土荆皮样品单独聚为一支,药材土荆皮正伪品的ITS2序列二级结构差异显著。结论:ITS2可以作为土荆皮及其伪品鉴定的有效DNA条形码序列。     

砂仁及其混淆品的ITS2序列鉴定

目的 应用内转录第二间隔区(ITS2)序列及其二级结构对砂仁混淆品进行鉴定.方法应用CLUSTALX1.83 软件进行序列比对,比对后的长度为252 bp.用MEGA 4.1计算种间、种内遗传距离,并构建系统进化树.结果ITS2序列可以将砂仁的三个来源阳春砂Amomum villosum、绿壳砂Amomum villo...     

大黄与易混伪品土大黄、虎杖原植物的ITS2序列鉴定

目的分析大黄与其易混伪品原植物的rDNA上的ITS2序列信息,探索鉴定大黄及其混伪品的新方法。方法提取DNA模板后对其ITS2区进行PCR扩增、测序;拼接序列;计算种内种间K2P距离,最后基于K2P距离建立NJ树。结果大黄与其混伪品的最小种间K2P距离(38.6%)大于最大种内K2P距离(8.0%),NJ树中大黄三个基原的不同来源样品聚为一支。结论因此ITS2序列可以作为鉴定大黄与易混伪品土大黄、虎杖的候选条形码序列,DNA条形码技术在中药鉴定中具有极大的前景。     

基于ITS2序列鉴定苗药金铁锁及其混伪品

目的：本研究利用ITS2序列对苗药金铁锁及其混伪品进行鉴定研究,从而确保药材质量,保障临床用药安全。方法：提取金铁锁药材及其混伪品基因组DNA,PCR扩增并双向测序获得ITS2序列。所有序列经过CodonCode Aligner V3.7.1拼接后,采用MEGA5.1软件进行序列比对,计算种内和种间Kimura2-Parameter（K2P）遗传距离,并构建系统发育树。采用相似性搜索法、最近距离法、邻接（NJ）树法对ITS2序列鉴定能力进行评估。结果：金铁锁药材的ITS2序列长度为229 bp,其ITS2序列种内最大K2P遗传距离小于与混伪品的最小种间K2P遗传距离;应用相似性搜索法表明ITS2序列能够准确鉴定金铁锁药材及其混伪品;基于ITS2序列构建NJ树,金铁锁及其混伪品均表现出良好单系性,均能明显区分。结论：ITS2序列能够稳定、准确地鉴定金铁锁药材及其混伪品,DNA 条形码技术可为金铁锁药材及其混伪品的鉴定提供新的方法。