1株中国人HCV—2a型基因组部分cDNA序列的种系发生树分析

用反转录套式PCR（RT－PCR）法从陕西地区1例NANB型肝炎患者血清中扩增出部分E区的cDNA片段,克隆于PGEM－T载体中用全自动序列分析仪进行双向测序,测得的序列以及已发表的同一分离株5′NRC、C区序列,分别同Genbank中注册的36株已知基因型的HCV相应区段的序列比较,构建种系发生树。结果：5′NCR区相应序列构建的种系发生树表明该分离株为2型,而用C驱和E区构建的种系发生树均表明该分离株为2a型,提示该分离株为2a型;对同一病原体来说,其基因区段的变异度不同,则种系发生树分析的结果不完全相同,变异度大的结果较准确。     

丙型肝炎病毒西安株2a型包膜蛋白E区部分cDNA的分析

丙型肝炎病毒 (ＨＣＶ)包膜蛋白区 (Ｅ区 )基因是ＨＣＶ基因组中变异最大的部位 ,不同分离株的核苷酸差异可达40 %左右[1] 。作者对陕西省ＨＣＶ地方株的全部Ｅ1,部分Ｅ2 /ＮＳＩ区进行了序列测定 ,并与已发表的多个株做同源性比较。1 材料和方法 :ＨＣＶ血清取自西京医院丙型肝炎患者 ,血清经 5′非编码区通用引物ＲＴ ＰＣＲ确认ＨＣＶＲＮＡ阳性 ,引物参照ＨＣ Ｊ6设计[2 ] 。序列分别为 :Ｒ1( )ＧＴＧＧＧＴＡＡ ＧＧＴＣＡＴＣＧＡＴ(6 95～ 712 ) ,Ｒ2 ( )ＧＣＣＧＡＣＣＴＣＡＴＧＧＧＧＴＡＣ (731～ 748) ,Ｒ3(- )ＡＣＣＴＡＧＴ…     

我国部分地区丙型肝炎病毒5′端部分基因序列的比较

目的 :测定我国部分地区丙型肝炎病毒 (HCV)分离株的 5′端部分cDNA序列 ,研究其基因型以及变异特点 ,为丙型肝炎的治疗和预后判断提供参考依据。方法 :用反转录套式聚合酶链反应 (RT -nPCR)法和 5′NCR区引物对我国部分地区 9株HCVRNA阳性血清进行扩增 ,扩增产物为 2 56bp ,将其纯化连接到PGEM -T载体上 ,然后进行测序 ,并与已发表的 50株HCV全序列的相应序列比较 ,并用种系发生法分析。结果 :该 9株HCV5′NCR核苷酸序列的同源性为93.0 %～ 99.6% ,其中 7株之间的同源性为 98.8%～ 99.6% ,另两株为 99.6%。同其它 50株同源性比较结果提示 ,7株属 1b型 ,2株属 2a型 ,种系发生法分析也支持这一结果。变异分析结果表明 ,同一亚型的核苷酸变异特点相似。结论 :该 9株HCV分离株分属 1b型和 2a型 ,该区同源性较高 ,但同一亚型的核苷酸变异特点相似。     

戊型肝炎病毒基因ORF1、ORF2阳性选择分析

目的 探讨戊型肝炎病毒基因2个主要读码框(ORF)1、(ORF)2是否存在阳性选择位点.方法 P P收集戊型肝炎基因全序列,利用MEGA 3.0软件进行序列比对,校对密码子.PHYLIP 3.6构建NJ进化树,PAML4.0分析阳性选择位点.结果 平均进化率估计提示ORF1、ORF 2均以净化选择为主,平均ω分别为0.029,0.024;中性进化模型显示有ORF 1有93%的位点属于保守位点.平均ω=0.018;ORF 2有98%的位点属于保守位点,平均ω=0.018;阳性选择模型分析结果提示ORF 1、ORF 2没有阳性选择位点.结论 HEV进化过程中可能不存在阳性选择的进化模式.     

不同基因型HCV混合感染的优势基因型和优势序列

目的 分析不同基因型HCV混合感染者体内“优势基因型”及“优势序列”的分布情况。方法 应用套式PCR从一例维吾尔族HCV感染者血清中,扩增出C区部分基因片段（357bp）,将其克隆于T载体中进行基因型分析,并对不同基因型的C区片段进行序列测定。结果 随机挑取15个阳性克隆,进行HCV PCR基因型分析,结果其中有1株Ⅰ型,13株Ⅱ型,1株Ⅲ型。对我们所测的13个Ⅱ型株基因序列进行比较发现,其中有6株序列完全一样（占46.2％）。结论 在此混合型HCV感染者体内,不仅存在以Ⅱ型HCV为主的“优势基因型”,还存在同一基因序列HCV为主的“优势序列”。     

蒙古国人丙型肝炎患者HCV RNA检测及基因型的研究

目的通过检测丙型肝炎病毒基因分型,探讨蒙古国抗-HCV阳性患者血清中HCV基因型流行株特征。方法采用基因芯片法对蒙古国183例抗-HCV阳性患者血清标本进行基因型检测,同时检测相关病毒学及肝功能生化指标,分析基因型分布特点和临床意义。结果 183例抗-HCV阳性患者中HCV RNA阳性134例(73.2%),其中基因1b型68例(50.7%),2a型59例(44.0%),并有少量的1a、3a、1b+2a和其它3例混合型。结论抗-HCV阳性并非HCV感染直接标志,蒙古国感染HCV患者的基因型以1b和2a型为主,比例基本相当;基因型在性别上人群分布差异无统计学意义。     

广东省流行的3株登革热2型病毒基因组全序列测定及分析

目的测定广东省3株登革热2型病毒的全序列,探讨其来源及基因型。方法运用RT PCR法扩增来自广东省的登革热2型GD09/93、GD05/98和GD19/2001病毒株的全序列,采用遗传距离法构建进化树。结果3株登革热2型病毒的全基因组长度均为10 723 nt,5′及3′端各有一非编码区,结构基因和非结构基因位于基因组97~10 269 nt之间,共编码3391个氨基酸,读码结构完全相同。GD05/98与GD09/93、GD05/98与GD19/2001、GD09/93与GD19/2001之间的碱基序列同源性分别为93.3%、92.4%和97.6%,氨基酸序列同源性分别为96.7%、96.5%和98.5%。结论3株登革热2型病毒均对乳鼠致病,与对乳鼠不致病的参考株（DEN2-04株）比较共有18个氨基酸位点的差异引起极性或电荷变化,PrM-134、NS2A-153、NS4B-102所带电荷的变化对抗原性影响较大。GD05/98株与泰国分离株同为Ⅱ基因型,GD09/93和GD19/2001株与印度尼西亚、澳大利亚、台湾株分在Ⅳ基因型;表明我国登革热2型病毒有不同的基因型,而不同时期也存在同一种基因型传播。     

新疆猪戊型肝炎病毒株CHN-XJ-SW33全基因组序列分析

目的测定从新疆南部地区分离的猪戊型肝炎病毒(HEV)株全基因组序列,并在此基础上分析猪HEV与人源HEV的关系。方法设计HEV基因4型通用PCR引物,用逆转录巢式聚合酶链反应法(RT-nPCR)分段扩增猪HEV株CHN-XJ-SW33的全基因组序列;用cDNA末端快速扩增法(RACE)扩增其末端序列;对扩增的目的片段进行克隆测序,并对拼接后的基因组进行序列比对和进化分析。结果除3′poly(A)尾外,CHN-XJ-SW33基因组全长为7 238 nt,由3个开放读码框(ORF1-3)组成,分别编码1 706、674和114个氨基酸。CHN-XJ-SW33全基因组序列与HEV基因1-3型病毒株同源性仅为72.1%~74.9%,而与HEV基因4型病毒株同源性高达82.8%~95.5%,其中与日本人源中国输入型HEV株JKO-ChiSai98C同源性最高,为95.5%。基因进化分析显示,CHN-XJ-SW33属于HEV4a基因亚型。结论猪HEV与人HEV在全基因组核苷酸序列上高度同源,提示基因4型HEV可能由猪传染给人。     

HCV HVR—1基因变异与HCV感染慢性化的关系

丙型肝炎病毒（HCV）感染是世界性公共卫生问题，其一个重要的特征是感染的慢性化。HCV基因组的高度变异可能是感染慢性化的一个重要原因。HCR-1是HCV基因组中最活跃的区域。本文就HVR-1及其变异规律、HVR-1与特异性免疫以及HVR-1与感染慢性化之间的关系作了综述。     

我国部分地区HCV感染者抗—HCV抑制率的研究

收集了我国部分地区ＨＣＶ感染者血清３６３份，分别做了抗－ＨＣＶＥＬＩＳＡ和抗－ＨＣＶ中和抑制试验。结果显示，我国不同地区（甚至同一地区不同民族）ＨＣＶ感染者抗－ＨＣＶ抑制率不同，而且中和抑制试验前后平均ＯＤ值的差异也有所不同，特别是西藏地区藏族和新疆地区维吾尔族分别只有３．２％和３０．８％抗－ＨＣＶ（＋）血清能被同种多肽抗原所抑制，提示我国不同地区人群（甚至同一地区不同民族）ＨＣＶ感染者的抗－ＨＣＶ免疫反应性不同，并可能与不同地区的ＨＣＶ变异性有关。     

Phylogenetic Analysis of Hepatitis C Virus Isolates from Tunisian Patients

There is little information on the epidemiology characterisation of HCV isolates in Tunisia. Previous report showed predominance of genotype 1b. In this study, 32 HCV isolates from genotypes 1a (n = 10), 1b (n = 14), 2 (n = 4), 3a (n = 3) and 4 (n = 1) were genotyped by sequencing and phylogenetic analysis on the non-structural 5b (NS5b) region. The isolates originated from 14 patients with chronic hepatitis, 10 haemophiliacs and eight healthy blood donors. NS5b sequence grouping was concordant with previous 5' untranslated region (5'UTR) genotyping results in 91% of cases. Most of the Tunisian isolates were closely related to the European ones, except for genotype 4 which seems to be related mostly to isolates from Egypt. Isolates from genotype 1a obtained from haemophiliacs showed distinct clustering and nucleic divergence from those obtained from non-haemophiliac patients, this underlines the particular mode of contamination of this group of patients.     

不同感染途径丙型肝炎患者HCV基因分型

目的探讨江苏省丙型肝炎病毒(HCV)基因型的分布及其与感染途径、肝功能等因素的关系。方法按照Simmonds分型方法对505例不同感染途径的丙型肝炎患者进行HCV基因型分型检测并分析年龄、性别、肝功能以及感染途径与HCV基因型的关系。结果505例HCV RNA阳性标本中,1a型8例(1.6%),1b型348例(68.9%),2型24例(4.8%),3型40例(7.9%),1b/2混合型67例(13.3%),1b/3混合型13例(2.6%),2/3混合型4例(0.8%),1a/1b混合型1例(0.2%);不同性别、年龄人群HCV基因型分布差异均无统计学意义(均P>0.05);不同HCV基因型人群丙氨酸转氨酶(ALT)、天门冬氨酸转氨酶(AST)水平差异均无统计学意义(均P>0.05);不同感染途径人群HCV基因型分布差异有统计学意义(χ² =73.348,P <0.001)。结论江苏省丙型肝炎患者HCV基因型以1b型为主,1a型HCV在中国大陆地区流行程度有扩大趋势,HCV基因型与其感染途径有关。     

乙型肝炎患者重叠感染丙型肝炎、庚型肝炎病毒的研究

[目的 ]了解乙型肝炎患者重叠感染丙型肝炎病毒 (HCV)、庚型肝炎病毒 (HGV)的情况。 [方法 ]应用 EL ISA法分别对 86 8例乙肝患者、5 17例乙肝病毒携带者检测血清抗 - HCV和抗 - HGV,应用逆转录聚合酶链反应法分别对HCV、HGV感染者进行血清 HCV- RNA、HGV- RNA检测 ,并与乙肝病毒携带者比较。 [结果 ]乙肝患者与乙肝病毒携带者 HCV感染率分别为 14.5 %、2 .3% ,HGV感染率分别为 15 .6 %、3.9% ,HCV和 HGV的重叠感染率分别为 2 .3%、0 .2 % ,两组间 HCV、HGV合并感染率均有非常显著性差异 (P<0 .0 1)。乙肝患者中 HCV感染者 HCV- RNA阳性率14.3% ,HGV感染者 HGV- RNA阳性率 11.9%。 [结论 ]乙型肝炎、丙型肝炎、庚型肝炎可以重叠感染。急慢性乙型肝炎患者的 HCV、HGV重叠感染率不同。     

外科手术患者丙型肝炎病毒感染调查

目的 调查外科患者HCV感染情况。方法 采用酶联免疫吸附的方法和逆转录-聚合酶链反应(PT-PCR)方法进行HCV测定。结果 25500例外科患者中HCV感染率为315%,其中泌尿外科组HCV感染率最高(13.11%),显着高于其它科(P<0.01);其余外科组与正常组相比较差异不显着(P>0.01).抽取500例HCV感染的病例,应用PT-PCR检测HCVRNA,阳性率为77.2%.结论 透析患者是HCV感染的高危人群,加强HCV早期感染的检测十分重要。     

2020年全国医院感染监控网丙型肝炎病毒感染监测报告

目的 了解医疗机构住院患者丙型肝炎病毒(HCV)感染情况及变化趋势, 为制定HCV感染防控策略提供参考依据。 方法 对2020年上报至全国医院感染监控网医院感染横断面调查资料中HCV感染监测结果进行汇总分析, HCV阳性为血清抗-HCV阳性或HCV RNA阳性, 并与2003年调查结果进行比较。 结果 2020年1 573所医院调查住院患者1 071 368例, 其中738 535例患者进行了HCV相关检测, 4 014例存在HCV感染, 检测率为68.93%, HCV阳性率为0.54%。男性患者HCV阳性率为0.60%, 女性患者为0.48%, 两者比较差异有统计学意义(χ²=47.18, P＜0.001)。年龄段以50~＜60岁组HCV阳性率最高(0.76%), 其次为40~＜50岁组, HCV阳性率为0.71%, 各年龄段比较差异有统计学意义(χ²=696.74, P＜0.001)。2003年调查住院患者91 113例, 35 145例进行HCV相关检测, 检测率为38.57%, 775例存在HCV感染, HCV阳性率为2.21%。2020年不同规模医院HCV阳性率为0.46%~0.63%, 以医院床位数600~899张者最高, 不同规模医院患者HCV阳性率比较, 差异有统计学意义(χ²=35.34, P＜0.001)。2020年有12个省/直辖市/自治区HCV相关检测患者人数＞10 000例, HCV阳性率为0.19%~0.81%, 以海南省最高; 不同科室HCV阳性率为0.06%~0.82%, 以儿科HCV阳性率最低, 内科HCV阳性率最高。2003、2020年HCV阳性率均以感染病科最高, 分别为7.95%、3.48%, 2003年其次为整形科(7.72%)、消化科(3.77%)、肾病科(3.57%)、综合重症监护病房(ICU, 3.10%), 2020年其次为消化科(1.35%)、肾病科(1.18%)、内分泌科(0.91%)、综合ICU(0.79%)。 结论 与2003年相比, 2020年HCV阳性率明显下降。HCV感染患者主要分布在感染病科, 其次为消化科、肾病科及综合ICU, HCV感染阳性率存在性别、年龄、地域的差异。     

Phylogenetic Analysis of Spread of Hepatitis C Virus Identified during HIV Outbreak Investigation,Unnao, India

An HIV outbreak investigation during 2017–2018 in Unnao District, Uttar Pradesh, India, unearthed high prevalence of hepatitis C virus (HCV) antibodies among the study participants. We investigated these HCV infections by analyzing NS5B and core regions. We observed no correlation between HIV–HCV viral loads and clustering of HCV sequences, regardless of HIV serostatus. All HCV isolates belonged to genotype 3a. Monophyletic clustering of isolates in NS5B phylogeny indicates emergence of the outbreak from a single isolate or its closely related descendants. The nucleotide substitution rate for NS5B was 6 × 10⁻³ and for core was 2 × 10⁻³ substitutions/site/year. Estimated time to most recent common ancestor of these isolates was 2012, aligning with the timeline of this outbreak, which might be attributable to unsafe injection practices while seeking healthcare. HIV–HCV co-infection underlines the need for integrated testing, surveillance, strengthening of healthcare systems, community empowerment, and molecular analyses as pragmatic public health tools.     

肝炎病人中不同基因型TTV的检出及序列分析

目的：了解TTV在肝炎病人中的感染率及基因型别。方法：采用半式套式PCR方法,对72例不同型别的肝炎病人血清进行TTV DNA的PCR检测并对部分阳性株进行序列测定及计算机分析。结果：在72例不同肝炎病人中,共检出39例TTV DNA阳性血清, 总检出率为54．16％。其中在非甲庚型肝炎病人中TTV DNA阳性率为87．5％,而在明确诊断为甲－庚型肝炎病人中TTV DNA阳性率为50％,两组相比差异显（x^2＝4．0278,P＜0．05）。测序的6分离株相互间的核酸同源性为60．4％－93．2％,氨基酸的同源性为54．1％－97．3％。这6个分离株与9个G1、G2代表株核酸的同源性为60．4％－99．1％,氨基酸的同源性为55．4％－98．6％。经系统发育分析表明这6株TTV可分属于G1、G2两个基因型的4个亚型。结论：非甲－庚型肝炎病人的TTV感染率明显高于明确病原的甲－庚型肝炎的病原之一。检出的TTV至少可分属于G1、G2两个基因型中的4个亚型。     

深圳地区HEV流行基因型及动物宿主带毒状况分析

目的了解深圳地区戊型肝炎病毒(HEV)流行基因型及动物宿主带毒状况。方法通过同源比对HEV四种基因型的戊型肝炎病毒序列,选取其保守序列部分设计两对巢式聚合酶链式反应的简并引物,建立一种可同时扩增戊型肝炎四个基因型病毒RNA的PCR快速检测方法。对深圳市采集的80份猪粪便标本和6份戊型肝炎病人血清,提取病毒RNA,然后进行PCR检测,阳性时对扩增片段进行基因序列测定,并进行基因型分析。结果80份猪粪便标本5份HEV—RNA阳性,6份病人血清样本中4份阳性。序列分析显示全部为HEV基因IV型,5份猪标本中的HEV基因序列与GenBank中人HEV的基因序列最相似,同源性为88%～94%。结论深圳地区HEV流行株为基因IV型,而且猪HEV基因序列与人HEV之间有着高度的相似性,证实猪是HEV的宿主,戊型肝炎是一种人兽共患传染病。     

重庆市丙型病毒性肝炎血清流行病学调查

目的了解重庆市丙型肝炎（丙肝）病毒（HCV）感染现状,为制订防治策略提供依据。方法采用多阶段分层随机抽样的方法抽取3251名1-59岁人群进行血清流行病学调查,用酶联免疫吸附试验（ELISA）夹心法检测抗-HCV。结果重庆市1-59岁人群抗-HCV阳性率为0.80%,北碚区感染率最高为1.66%,酉阳县最低为0.38%,城市和农村抗-HCV阳性率分别为1.05%和0.60%。有手术史和献血史人群抗-HCV阳性率分别为2.70%和1.37%。结论重庆市抗-HCV阳性率低于我国人群一般水平,丙肝感染在重庆各地均存在,有献血史人群的丙肝感染率高于无受血献血史人群。