等位基因特异性多重聚合酶链反应方法用于快速检测结核分枝杆菌利福平耐药株

目的建立检测耐利福平(RFP)结核分枝杆菌的等位基因特异性多重聚合酶链反应(multiplex allele specific polymerase chain reaction,MAS-PCR)方法,快速、特异地检测rpoB基因核心突变区的主要突变,用于快速诊断结核分枝杆菌对利福平的耐药性。方法根据结核分枝杆菌的rpoB序列,分别设计出3对特异性寡聚核苷酸引物,采用MAS-PCR技术,分别检测rpoB基因上531、526、516这3个最常见的突变位点的突变。结果对临床分离的利福平敏感株(15株)及利福平突变株(81株)进行检测,以直接测序结果为参照,对利福平耐药株的总检出率为81.5%(66/81)。结论MAS-PCR方法敏感、特异,可快速、简便地检测结核分枝杆菌rpoB基因突变,有利于耐药结核分枝杆菌的快速检测。     

利用DNA芯片技术检测新疆结核分枝杆菌rpoB基因与对利福平耐药水平的关系

目的研究新疆地区结核分枝杆菌rpoB基因的突变与对利福平耐药水平的关系。方法采用DNA芯片技术对耐利福平菌株rpoB基因进行检测。结果 46株结核分枝杆菌利福平初始耐药分离株,对利福平高耐药株30株,低耐药株13株。DNA芯片检测显示43株发生基因突变,低耐药株突变主要在526位点,少数在531位点;高耐药株主要在526位点及531位点上,其中3株为526和516位点同时发生联合突变,其余3株未见突变。结论以结核分枝杆菌标准株H37Rv为对照,新疆结核分枝杆菌对利福平耐药表现为结核分枝杆菌RNA聚合酶的β亚基的编码基因rpoB基因的点突变,而高耐药则表现为rpoB基因的526位和531位点突变及联合突变特征。     

六安地区结核分枝杆菌耐药基因katG 和rpoB 的突变特征

目的 分析临床分离的结核分枝杆菌katG 和rpoB 基因的突变情况与耐药之间的关系,了解六安地区耐药结核分枝杆菌的基因突变特征。方法 采用比例法对六安地区65 株结核分枝杆菌临床分离株进行药敏试验;通过特异性引物,对目的基因片段katG 和rpoB 进行扩增、测序后进行分析。结果 60 株结核分枝杆菌中分别有有9 株耐异烟肼和14 株耐利福平,其中同时耐异烟肼和利福平的6株。9 株耐异烟肼菌株中,4 株katG 在315（Ａ GC→ACC 或ACA）位点发生突变,占44.4％;14 株耐利福平菌株中,11 株rpoB 分别在516（GAC→GTC）、526(CAC→CGC 或TAC)和531(TCG→TTG)位点发生突变,占总耐药菌株的78.6％;6 株同时对利福平和异烟肼耐药,其中5 株katG 或rpoB 基因发生突变,占83.3％。结论 六安地区结核分枝杆菌耐异烟肼和耐利福平分别主要是由katG 和rpoB 基因突变引起,其中耐异烟肼主要在315（AGC→ACC 或ACA）位,而耐利福平在516（GAC→GTC）、526(CAC→CGC或TAC)和531(TCG→TTG)位,都发生了突变。     

应用等位基因特异性多重聚合酶链反应同步检测结核分枝杆菌的耐药性

目的建立可同步检测结核分枝杆菌katG和ropoB基因突变的等位基因特异性多重聚合酶链反应（MAS-PCR）的方法，以快速检测结核分枝杆菌对利福平（RFP）和异烟肼（INH）的耐药性。方法根据结核分枝杆菌katG和rpoB基因序列，分别设计特异性寡聚核苷酸引物，采用MAS-PCR技术，分别检测katG基因315位点和rpoB基因中531、526和516三个最常见的突变位点。结果19株INH敏感株中均未发现katG基因315位点的突变，耐药株中发现有79．2％（61／77）的菌株存在突变；15株RFP敏感株中未发现rpoB基因突变。MAS-PCR方法可检测出81．5％（66／81）的利福平耐药株。结论MAS-PCR方法对katG和rpoB基因的同步检测有较高的敏感性和特异性，有望用于耐药结核分枝杆菌的快速检测。     

新乡地区结核分枝杆菌利福平耐药株基因型研究北大核心CSCD

目的分析新乡地区结核分枝杆菌利福平耐药株基因型,为控制耐药性发展与耐药株传播奠定基础。方法收集患者痰液样本370例,鉴定结核分枝杆菌。对菌株进行耐药性分析及rpoB基因扩增及测序,分析耐药株基因型。结果370例新乡地区患者中分离174株结核分枝杆菌,分离率为47.03%。其中,2016-2018年各分离结核分枝杆菌29、63和82株,分离率为36.25%、45.32%和54.30%。2016年29株结核分枝杆菌对利福平、异烟肼、链霉素、氧氟沙星的耐药率分别为48.28%、44.83%、34.48%和27.59%;2017年63株结核分枝杆菌耐药率分别为61.90%、47.62%、38.10%、26.98%;2018年82株结核分枝杆菌耐药率分别为70.73%、57.32%、39.02%和35.37%。111株利福平耐药的结核分枝杆菌中,87株发生rpoB基因变异,基因突变率为78.38%。其中Ser→Leu在521位点突变58株(52.25%)和His→Leu在526位点突变22株(19.82%)是主要基因突变类型。此外,有24株(21.62%)未发生变异。结论2016-2018年新乡地区患者结核分枝杆菌分离率逐年增高。结核分枝杆菌对利福平耐药率最高,且逐年增高。利福平耐药株的耐药性产生的主要机制是rpoB基因发生位点突变。     

144株结核分枝杆菌的耐药情况及耐药机制分析

目的分析结核分枝杆菌的耐药情况及耐药机制,为临床治疗用药提供指导。方法收集2015-2017年就诊结核病患者培养标本,分离结核分枝杆菌,剔除重复菌株。采用纸片扩散法进行药敏试验,根据2015年CLSI标准判定药敏结果。采用PCR扩增目的基因并进行测序,分析耐药基因分布及突变情况。结果本研究共分离结核分枝杆菌144株,2015年分离的39株菌株对利福平、对氨基水杨酸钠、氟喹诺酮的耐药率分别为17.95%、20.51%和25.64%,2016年分离的48株菌株耐药率分别为22.9%、12.50%和33.33%,2017年分离的57株菌株耐药率分别为36.84%、10.53%和40.35%。2015年分离株检出rpoB基因3株,thyA基因4株,gyrA基因5株,同时检出rpoB和gyrA基因2株,同时检出rpoB、thyA和gyrA基因1株;2016年分离株检出rpoB基因4株,thyA基因2株,gyrA基因8株,同时检出rpoB和gyrA基因3株,同时检出rpoB、thyA和gyrA基因2株;2017年分离株检出rpoB基因11株,thyA基因2株,gyrA基因12株,同时检出rpoB和gyrA基因5株,同时检出rpoB、thyA和gyrA基因2株。基因测序发现,rpoB基因突变位点主要包括456位C→T、451位C→A以及441位G→T,rpoB基因突变33株,突变率22.92%;thyA基因突变位点主要为19位和168位的C碱基缺失,thyA基因突变13株,突变率9.03%;gyrA基因突变位点主要包括94位A→C/G、90位C→T以及91位C→T,gyrA基因突变40株,突变率27.78%。结论结核分枝杆菌对临床常用抗结核药的耐药性与菌株基因突变情况直接相关,rpoB基因、gyrA基因以及thyA基因的突变情况是导致菌株对利福平、氟喹诺酮类药物以及对氨基水杨酸钠耐药的主要原因,但仍存在其他耐药机制。     

新乡地区结核分枝杆菌利福平耐药株基因型研究

目的分析新乡地区结核分枝杆菌利福平耐药株基因型,为控制耐药性发展与耐药株传播奠定基础。方法收集患者痰液样本370例,鉴定结核分枝杆菌。对菌株进行耐药性分析及rpoB基因扩增及测序,分析耐药株基因型。结果 370例新乡地区患者中分离174株结核分枝杆菌,分离率为47.03%。其中,2016-2018年各分离结核分枝杆菌29、63和82株,分离率为36.25%、45.32%和54.30%。2016年29株结核分枝杆菌对利福平、异烟肼、链霉素、氧氟沙星的耐药率分别为48.28%、44.83%、34.48%和27.59%;2017年63株结核分枝杆菌耐药率分别为61.90%、47.62%、38.10%、26.98%;2018年82株结核分枝杆菌耐药率分别为70.73%、57.32%、39.02%和35.37%。111株利福平耐药的结核分枝杆菌中,87株发生rpoB基因变异,基因突变率为78.38%。其中Ser→Leu在521位点突变58株(52.25%)和His→Leu在526位点突变22株(19.82%)是主要基因突变类型。此外,有24株(21.62%)未发生变异。结论 2016-2018年新乡地区患者结核分枝杆菌分离率逐年增高。结核分枝杆菌对利福平耐药率最高,且逐年增高。利福平耐药株的耐药性产生的主要机制是rpoB基因发生位点突变。     

rpoB基因点突变与结核分枝杆菌对利福平耐药相关性的研究

目的了解浙江地区分离的结核分枝杆菌临床菌株对利福平（RFP）的耐药率及该菌rpoB基因点突变与RFP耐药性的关系。方法从浙江地区肺结核病人的痰液或咽拭子标本中分离并鉴定结核分枝杆菌72株。采用K-B纸片法和E-试验法检测上述结核分枝杆菌临床菌株对RFP的耐药性。采用PCR检测上述结核分枝杆菌临床菌株rpoB基因携带率。通过对RFP敏感或耐药各10株结核分枝杆菌临床菌株rpoB基因T-A克隆后测序，了解该基因氨基酸序列第516、526和531位点突变情况及其与RFP耐药性的关系。结果38．9％（28／72）结核分枝杆菌临床菌株对RFP耐药。所有结核分枝杆菌临床菌株均携带rpoB基因。1株RFP敏感的结核分枝杆菌临床菌株rpoB基因氨基酸序列中出现S526L点突变。5株RFP耐药的结核分枝杆菌临床菌株rpoB基因氨基酸序列中出现S526L点突变，另5株发生H531D点突变，但均未发现516位氨基酸突变或526和531位氨基酸联合突变。结论浙江地区分离的结核分枝杆菌临床菌株有较高的RFP耐药频率。上述结核分枝杆菌临床菌株对RFP耐药性与rpoB基因氨基酸序列526或531位点突变密切相关。     

结核分枝杆菌北京基因型菌株rpoB基因突变特征研究

目的分析结核分枝杆菌临床分离株北京基因型的rpoB基因突变特点。方法同时采用IS6110-限制性片段长度多态性（IS6110-RFLP）,间隔区寡核苷酸分型（Spoligotyping）方法对102株结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型,确定北京基因型。采用反相斑点杂交方法检测ropB基因突变。结果 73.5%（75/102）的临床分离株是北京基因型,62株（60.8%,62/102）利福平耐药株中有52株（83.9%,52/62）为北京基因型,10株为非北京基因型;40株利福平敏感株中北京基因型23株,非北京基因型17株。47株北京基因型和7株非北京基因型存在ropB基因突变,最普遍的点突变发生在526位点。结论尽管北京基因型与非北京基因型在ropB基因突变特征上无显著性差别,但北京基因型菌株利福平耐药率和rpoB基因突变率显著高于非北京基因型菌株;以PCR为基础的反相斑点杂交方法具有较高的敏感度和特异度,适用于大批量结核分枝杆菌利福平耐药性的初筛。     

应用基因阵列法快速检测结核分枝杆菌rpoB基因突变

目的　研制一种新型的基因阵列 ,用于结核分枝杆菌耐利福平分离株rpoB基因突变的快速检测。方法　根据结核分枝杆菌rpoB基因序列设计寡核苷酸探针并制作基因阵列 ,用生物素标记的引物扩增结核分枝杆菌rpoB基因突变热点的目的片断 ,与基因阵列杂交 ,同时以聚合酶链反应 单链构象多态性 (PCR SSCP)技术及DNA测序法为对照。结果　 111株结核分枝杆菌临床分离株经PCR SSCP分析 ,4 1株RFP敏感株SSCP图谱与结核分枝杆菌标准株相同 ;70株耐RFP菌株中 ,6 3株(90 % )SSCP图谱与结核分枝杆菌标准株不同 ,其余 7株SSCP图谱与结核分枝杆菌标准株相同。基因阵列检测结果 4 1株RFP敏感株杂交图谱与标准株完全相同 ,70株耐RFP临床分离株中 ,6 3株检测到rpoB基因突变 ,检出率为 90 % ;其中 37株 (5 3% ) 5 31位丝氨酸 (Ser)置换 ,15株 (2 1% ) 5 2 6位组氨酸(His)置换 ,11株 (16 % )其他位置的氨基酸置换。基因阵列检测结果与PCR SSCP及测序结果一致。结论　用基因阵列法可简便、快速、准确地检测出大多数结核分枝杆菌耐利福平分离株的rpoB基因突变。     

中国耐利福平结核分支杆菌rpoB基因突变特点

目的 为了阐明中国结核分支杆菌耐利福平析rpoB基因突变特点。方法 对242株结核分支杆菌临床分离包括rpoB基因核心区域81个碱基在内的588个碱基进行序列测定,其中耐利福平株193株,利福平敏感株46株,人工诱导的耐利福平株3株。结果 89．1％（172．193）的临床分离耐药株存在rpoB基因突变,而46株敏感株无突变。531位氨基酸突变率为46．1％;526位氨基酸突变率为17．1％;联合突变发生率为12．4％;还有4株细菌发生同义突变;未检测到发生缺失或插入突变的菌株。高耐药组（耐250μg/ml利福平）531位氨基酸的突变率显著高于低耐药组（耐50μg/ml利福平）,P＜0．05。结论 中国结核分支杆菌耐利福平株的rpoB基因突变的发生率约为90％,其中最常见的突变位点是531位丝氨酸和526位组氨酸,两者突变率之和约为63％;利福平高耐药组531位氨基酸发生突变的几率高于低耐药组;受度蓖株未发现搬运入或缺失突变;DNA序列分析对临床用药有指导意义。     

应用线性探针分析快速检测耐利福平结核分支杆菌的rpoB基因突变

目的：检测上海地区耐利福平结核分支杆菌的rpoB基因突变,评估线性探针分析（LiPA)法快速检测突变位点的意义。方法：对58株结核分支杆菌rpoB基因片段进行PCR扩增及DNA测序,从中选取18株耐药株和10株敏感株并应用LiPA法检测其突变位点,结果：LiPA法准确地检测出18株耐药株中17株的rpoB基因突变,10株敏感株均无突变;LiPA法检测耐药菌的敏感性为94．4％,与药敏结果的符合率为96．4％,结论：LiPA法可用于耐利福平结核分支杆菌rpoB基因的快速检测,而且具有较高的敏感性。     

耐多药结核分枝杆菌基因突变分析

目的对临床分离的耐多药结核分枝杆菌株进行基因突变分析。方法对耐多药结核分枝杆菌临床分离菌株进行耐药基因的PCR检测,利用基因序列测定方法分析耐药基因突变情况。结果从耐多药结核病（MDR-TB）患者临床分离菌株中快速检测到rpoB、katG、rpsL、embB基因及其突变。耐多药菌株、全耐及单耐利福平分离菌株均检测rpoB基因点突变,突变位点主要为第516、526和531常见密码子,1例MDR-TB出现第479位和第531位密码子同时突变。耐多药菌、全耐菌及单耐异烟肼的菌株均检测有katG基因点突变,突变位点均为第2066位碱基C突变为Go全耐菌和对乙胺丁醇（EMB）耐药的耐多药菌株均检测有embB基因点突变,突变位点均为第306位密码子ATG突变为ACG。全耐菌和对链霉素（SM）耐药的MDR-TB菌株均检测有rpsL基因点突变,突变密码子为CCT突变为CTT,其中从1株对SM敏感的MDR-TB中也检测到突变。全敏感株、标准株及利福平（RIF）、异烟肼（INH）或EMB敏感的耐药株均无rpoB、katG或embB基因突变。结论PCR及基因序列测定可快速检测耐多药结核基因,结核分枝杆菌耐多药性与多个基因突变相关。     

脓肿分支杆菌耐利福平情况及rpoB基因序列的研究

目的 研究脓肿分支杆菌对利福平的耐受程度，并观察不同耐药性的细菌是否存在rpoB基因的突变和突变的性质。方法 用生化法和聚合酶链反应—限制片段长度多态性（PCR-RFLP）法鉴定15例脓肿分支杆菌菌种，测定这些临床病株及标准株ATCC19977对利福平的最低抑菌浓度（MIC），并用PCR方法扩增rpoB的部分序列，直接测序分析。结果 15例脓肿分支杆菌有1株敏感，其余14株与标准株均有较高的MIC；各菌株rpoB基因突变集结区和第146位密码子的核苷酸序列虽有不同，但其编码的氨基酸序列在所有菌株中均相同，而且与结核分支杆菌标准株同一部位的氨基酸序列也完全一致。结论 脓肿分支杆菌对利福平具有较高的耐受性，其耐药机制并不是由于这些部位的rpoB基因的变异所致。     

PCR-SSCP技术快速检测结核分枝杆菌rpoB基因突变的研究

目的 应用PCR-SSCP技术直接快速检测痰标本中结核分枝杆菌rpoB基因突变,评价此方法用于结核分枝杆菌利福平 (RFP)耐药性的意义。方法 以结核分枝杆菌H37Rv为对照、50例耐RFP(单耐和多耐)结核分枝杆菌临床分离株、12例RFP敏感菌株、35例耐RFP肺结核患者痰标本,采用PCR-SSCP检测痰标本和菌株中结核杆菌rpoB基因突变。结果 50例耐RFP菌株中有45例PCR-SSCP条带与结核分枝杆菌H37Rv条带有明显差别,与药敏试验结果做对比,PCR-SSCP检测敏感性为90%,特异性为100%;12例敏感菌株与H37Rv条带一致,35份肺结核病人痰标本,21份痰PCR扩增阳性,15份SSCP图谱与H37Rv图谱有差别,而且PCR-SSCP28份图谱与H37Rv有差别,阳性率为80%。结论 PCR-SSCP检测结核分枝杆菌rpoB基因突变快速、简便、易行,有望用于结核分枝杆菌RFP耐药性的快速测定,并将成为直接检测临床标本中结核分枝杆菌耐RFP快速方法。     

PCR－SSCP技术快速检测结核分枝杆菌 rpoB基因突变的研究

目的 应用PCR-SSCP技术直接快速检测痰标本中结核分枝杆菌rpoB基因突变,评价此方法用于结核分枝杆菌利福平 (RFP)耐药性的意义。方法 以结核分枝杆菌H37Rv为对照、50例耐RFP(单耐和多耐)结核分枝杆菌临床分离株、12例RFP敏感菌株、35例耐RFP肺结核患者痰标本,采用PCR-SSCP检测痰标本和菌株中结核杆菌rpoB基因突变。结果 50例耐RFP菌株中有45例PCR-SSCP条带与结核分枝杆菌H37Rv条带有明显差别,与药敏试验结果做对比,PCR-SSCP检测敏感性为90%,特异性为100%;12例敏感菌株与H37Rv条带一致,35份肺结核病人痰标本,21份痰PCR扩增阳性,15份SSCP图谱与H37Rv图谱有差别,而且PCR-SSCP28份图谱与H37Rv有差别,阳性率为80%。结论 PCR-SSCP检测结核分枝杆菌rpoB基因突变快速、简便、易行,有望用于结核分枝杆菌RFP耐药性的快速测定,并将成为直接检测临床标本中结核分枝杆菌耐RFP快速方法。