中麻黄基因组DNA不同提取方法的比较

目的:比较不同DNA提取方法,选择最适于中麻黄基因组的方法.方法:采用改良CTAB,SDS法、试剂盒法提取中麻黄基因组DNA;用琼脂糖凝胶电泳法和紫外分光光度法检测所得总DNA的得率和纯度,并进行ISSR-PCR扩增检测.结果:3种方法均可从新鲜中麻黄中提取出产量较高的基因组DNA,但其中改良CTAB法提取的总DNA纯度高,质量好,扩增产物的电泳条带也较明显;SDS法和试剂盒法提取的总DNA质量差,不适用于下游分子生物学实验.结论:改良十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法为中麻黄基因组DNA提取的最佳方法,该方法提取的基因组DNA适用于中麻黄基因组PCR扩增和其他分子生物学研究.     

沉香DNA的提取及其ITS2-PCR体系的优化

目的:建立沉香的总DNA提取方法及r DNA第二内转录间隔区序列(ITS2)聚合酶链式反应(PCR)扩增体系。方法:分别采用改良的CTAB法、改良的CTAB法联合DNA提取试剂盒法及DNA提取试剂盒法提取沉香总DNA,利用通用引物ITS2P1/ITS2P2扩增r DNA ITS2目的片段,通过正交试验优选沉香的PCR扩增条件并对目的片段进行测序。结果:改良的CTAB法联合DNA提取试剂盒法提取总DNA的A260 nm/A280 nm1.79,质量浓度350 mg·L-1,PCR扩增目的片段产率最高。不同因素水平对沉香ITS2-PCR反应的影响顺序为模板DNA引物Taq DNA聚合酶d NTP。最佳反应体系为20μL体系,DNA模板40 ng,引物0.2 mmol·L-1,d NTP 0.5 mmol·L-1,Taq DNA聚合酶1.5 U。测序获得的目前片段长度230 bp,与Gen Bank中瑞香科沉香属白木香序列相似性100%。结论:CTAB法联合DNA试剂盒法可简单、快速获得高质量沉香总DNA,正交试验可快速获得ITS2目的片段,为沉香的分子鉴定和系统发育分析提供参考。     

DNA提取4种中药材方法的筛选

目的筛选龙胆Gentiana scabra Bunge、锁阳Cynomorium songaricum Rupr、天花粉Trichosanthes kirilowii Maxim.、菟丝子Cuscuta chinensis Lam.的DNA提取方法。方法通过试剂盒法、SDS法、高盐低p H法、CTAB法以及改良PVP法,对4种中药材DNA进行提取。紫外分光光度、琼脂糖凝胶电泳和PCR扩增进行检测,SPSS20.0软件进行统计学分析。结果改良PVP法所得4种中药材DNA的得率均较高。SDS法和改良PVP法提取的DNA条带较清晰,高盐低p H法提取者呈弥散状态,试剂盒法和CTAB法提取者几乎看不到条带。试剂盒法和改良PVP法提取的DNA可完全扩增ITS2和psb A-trn H序列,而其他3种方法未能完全扩增。结论改良PVP法高效简单,最适合提取这4种中药材DNA。     

不同栽培品种橘皮中主要活性成分的动态积累

目的：利用不同方法对白及基因组DNA进行提取,比较提取质量的差异,找到一种最适于白及基因组的DNA提取方法,以满足白及DNA条形码研究的需要。方法：采用十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）法、十二烷基硫酸钠（SDS）法、碱裂解法和经本文改良的CTAB法提取白及叶片基因组DNA,利用琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度法及PCR扩增效果检测所提DNA的质量。结果：CTAB法、SDS法和改良CTAB法均能从白及中提取到基因组DNA,而碱裂解法几乎提取不到。其中改良CTAB法提取的DNA纯度和完整度均高于其他方法,PCR扩增效率达到100 %,且扩增条带明亮清晰。结论：经本文改良的CTAB法是提取白及基因组DNA的最佳方法,该方法提取的基因组DNA适用于DNA条形码研究。     

哈蟆油药材基因组DNA提取方法的比较

目的:建立一种适合于哈蟆油药材基因组DNA的提取方法,为该药材的后续分子鉴定奠定基础。方法:采用十二烷基硫酸钠(SDS)法,改良SDS法,Chelex-100法,异硫酸氰胍(Gu SCN)法,试剂盒法及改良试剂盒法提取哈蟆油基因组DNA,利用琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度法及细胞色素C氧化酶Ⅰ(COⅠ)序列的引物聚合酶链式反应(PCR)扩增对DNA产量及质量进行检测。结果:Chelex-100法,改良SDS法,Gu SCN法及改良试剂盒法均能从哈蟆油药材中提取得到基因组DNA,SDS法和试剂盒法提取不到。其中改良SDS法得到的DNA质量良好,得率高,但操作繁琐;改良试剂盒方法得到的DNA质量较好,但得率低,成本高;Chelex-100法操作简单快速、得率高,但得到的DNA质量较差;Gu SCN法提取的DNA含有较多杂质,会抑制PCR反应。结论:Chelex-100法、改良SDS法及改良试剂盒法均可得到满足PCR扩增要求的DNA,实践中可根据条件选择适宜方法来提取哈蟆油基因组DNA。     

广山药总DNA提取方法的比较

目的:建立一种稳定高效获得广山药总DNA基因组的提取方法,为同科属及同类植物总DNA提取提供参考依据,便于应用分子生物学进行鉴定。方法:通过采用试剂盒法、改良CTAB法和SDS法对广山药的新鲜叶子、新鲜块茎、干燥块茎和新鲜嫩茎进行DNA提取,在进行琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度法进行纯度检测。结果:3种方法均可以从不同的提取部位中提取到基因组DNA,但通过天根新型植物DNA提取试剂盒提取到的DNA纯度最高,CTAB法次之,SDS法最差。结论:利用市售总DNA提取试剂盒提取DNA,方法简便高效,所提DNA效果好。     

灰毡毛忍冬花蕾总RNA提取方法的研究

目的:探讨灰毡毛忍冬花蕾总RNA提取的有效方法。方法:采用SDS法、Trizol法、普通试剂盒法、改良CTAB法、多糖多酚试剂盒法、改良多糖多酚试剂盒法提取灰毡毛忍冬花蕾总RNA并比较其效果。结果:SDS法、Trizol法和普通试剂盒法均不适用于本样品总RNA的提取;改良CTAB法、多糖多酚试剂盒法、改良多糖多酚试剂盒法均能有效去除蛋白质、多糖多酚及DNA,OD260/280为1.86-2.00,OD260/230为1.96-2.63,电泳条带清晰,RNA完整性好,且通过RT-PCR扩增能获得特异性条带。但以多糖多酚试剂盒法提取效果最佳。结论:改良CTAB法、多糖多酚试剂盒法、改良多糖多酚试剂盒法均适合灰毡毛忍冬花蕾总RNA提取,完全满足后续RT-PCR等分子生物学研究。     

破布木果基因组DNA不同提取方法比较研究

目的采用不同方法对维药破布木果基因组DNA进行提取,为破布木果基因组DNA的研究提供参考。方法采用改良CTAB(十六烷基三乙基溴化铵)法和改良SDS(十二烷基磺酸钠)法提取破布木果基因组DNA,并采用分光光度法和琼脂糖凝胶电泳技术检测提取DNA的纯度和浓度。结果分光光度法检测结果表明,用改良CTAB法提取的基因组DNA纯度优于改良SDS法,无蛋白质和RNA污染。琼脂糖凝胶电泳结果表明,2种方法提取得到的基因组DNA电泳图谱均有明显的主带出现,但改良SDS法提取的基因组DNA降解较多。结论改良CTAB法可以提取相对较高质量的破布木果基因组DNA。     

基于ITS序列鉴别石斛类药材

获得高质量的DNA是中药石斛分子鉴别的关键所在。研究比较DNA提取方法(试剂盒提取、CTAB法),从石斛类药材中提取可用于PCR扩增的基因组DNA,基于ITS序列分析进行药材基原鉴别。结果表明,采用改良CTAB法(大量提取),从22批石斛类药材中富集并提取到基因组DNA,通过克隆测序获得ITS序列,同研究积累的石斛属植物ITS序列资料与Genbank序列数据库进行比对分析,根据序列相似性程度从12批黄草药材中鉴定石斛14种,近似种5种;从10批枫斗中鉴定石斛6种,近似种3种。该方法弥补了传统生药学鉴定方法在石斛类药材鉴别上的局限性,具有一定的应用前景。     

ITS2序列对牛樟等樟属植物鉴定评估及聚类分析研究

目的:应用ITS2序列及其二级结构对牛樟等樟属植物进行鉴定效率评估及聚类分析研究,以期发现与牛樟亲缘关系较近的物种。方法:比较DNA提取试剂盒和改良CTAB法对牛樟等样品总DNA的提取效果;应用Bio Edit v7.0.9.0与MEGA 6.0软件将以ITS2序列进行PCR扩增的目的序列与Gen Bank中同源性较高的同属序列构建系统进化树,并应用ITS2数据库网站预测其二级结构。结果:改良CTAB法提取的DNA纯度比试剂盒稍低,但浓度较高;针对本研究中16个樟属样品,ITS2对其鉴定成功率为62.5%;基于ITS2序列的种间亲缘关系中最接近牛樟的树种为细毛樟。结论:ITS2序列作为植物鉴定条形码之一,对樟属植物鉴别率略低,可见其通用性有待考证;在对于樟属植物的聚类分析研究中,ITS2序列可结合其二级结构构型,为樟属种间遗传关系和亲缘关系鉴定提供参考。     

改良CTAB法提取新疆一枝蒿干叶基因组DNA

目的:从自然干燥的新疆一枝蒿中提取高质量的基因组DNA,为该药材的分子生物学研究提供参考。方法:采用2种改良十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法与常规CTAB法提取新疆一枝蒿中基因组DNA,通过加适量聚乙烯吡咯烷酮(PVP)研磨样本,在核裂解前用细胞核裂解液(STE)洗涤多酚类和多糖类物质,利用95%乙醇室温沉淀DNA等措施。改良CTAB法2与1相比不用液氮研磨样本。通过琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度法和相关序列扩增多态性(SRAP)检测提取DNA的质量。结果:2种改良CTAB法所得DNA质量均优于常规CTAB法,DNA完整性较好,A260 nm/A280 nm在1.8~2.0,多糖类杂质去除较为干净。SRAP检验条带清晰、多态性良好。结论:2种改良CTAB法均适用于高质量新疆一枝蒿干叶基因组DNA的提取,得到的DNA纯度和完整性均较理想,可为后续分子生物学研究提供良好模版。     

应用DNA提取改良和二次聚合酶链反应技术检测乌头及其炮制品

【目的】筛选适用于9种乌头属植物根茎炮制前后DNA提取的方法。【方法】采用基于十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）法、十二烷基硫酸钠（SDS）法的12种改良方法提取9种乌头属植物根茎炮制前后DNA,考察提取缓冲液种类、聚乙烯吡咯烷酮（PVP）添加、水浴时间、DNA沉降方式对乌头属植物根茎炮制前后DNA提取的影响,以及二次聚合酶链反应（PCR）技术对乌头炮制品ITS2片段浓度提高的影响。【结果】不同缓冲液与水浴时间互作提取DNA效应不同,2×CTAB（含2.5mol/LNaCl）水浴3h提取的9种乌头生品DNA的ITS2扩增效果最佳,2×CTAB（含1.4mol/LNaCl）水浴3h提取的9种乌头炮制品DNA的ITS2扩增效果最佳。添加PVP或添加PVP+改变DNA沉降方式对生品DNA提取影响不大,但对炮制品有明显的抑制作用。经过二次PCR可显著提高炮制品ITS2的扩增效率。【结论】提取缓冲液和水浴时间的有效互作提取DNA以及二次PCR技术的应用可提高乌头属植物根茎ITS2片段制备效率,为DNA条形码技术广泛应用于乌头属药材提供必要的技术支持。     

荭草DNA提取方法实验研究

目的利用不同方法对荭草DNA提取,比较提取质量的差异,为研究药材的遗传多样性、种类鉴定和基因指纹图谱的构建等提供优质基础。方法采用改进的CTAB法和SDS法提取荭草叶片基因组DNA,利用琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度法测定样品OD260/OD280的比值,检测所提DNA的纯度和质量。结果采用CTAB法提取的荭草基因组DNA样品的纯度和浓度均高于SDS法,其DNA的OD260/OD280值为1.801～1.993,CTAB法所提的DNA泳带分布较集中,无拖尾现象,其DNA浓度能够满足RAPD、SSR/ISSR扩增模板的需求。结论改良CTAB法是提取荭草基因组DNA的最佳方法。     

三叶青基因组DNA提取与ISSR体系构建

目的构建三叶青ISSR反应体系,为三叶青种质资源遗传多样性分析、品种选育与分子鉴定奠定基础。方法用常规CTAB法、SDS法、改良CTAB法、试剂盒法提取三叶青叶片基因组DNA,采用正交设计试验L12(34),在4个主要因素的3个水平上进行ISSR体系构建,用12个不同种源三叶青样品验证体系稳定性。结果改良CTAB法提取的三叶青叶片基因组DNA质量最好,纯度高,试剂盒法次之,常规CTAB法与SDS法所提DNA质量较差。构建的ISSR最佳反应体系为:20μl反应体系中,Taq酶用量0.5U,模版DNA20ng,d NTPs0.20mmol/L,引物0.4μmol/L,2μl 10×Buffer缓冲液(Mg2+浓度1.5mmol/L)。结论采用正交设计方法构建的三叶青ISSR体系经检验,稳定可靠,可用于三叶青种质资源遗传分析。     

忍冬干叶基因组DNA提取方法的研究

目的从变色硅胶干燥的忍冬叶片中提取高质量的基因组DNA.方法分别采用常规CTAB法与改良CTAB法提取干叶的DNA,通过琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度法、酶切检测其质量,并与鲜叶的提取效果比较.结果改良CTAB法所得DNA优于常规CTAB法,电泳条带清晰,完整性好,纯度高,能被EcoR I完全酶切.从变色硅胶干燥的忍冬叶片中提取的DNA质量与鲜叶无明显差异,且产率更高.结论改良CTAB法适合忍冬干叶基因组DNA的提取.     

忍冬干叶基因组DNA提取方法的研究

目的：从变色硅胶干燥的忍冬叶片中提取高质量的基因组DNA。方法：分别采用常规CTAB法与改良CTAB法提取干叶的DNA，通过琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度法、酶切检测其质量，并与鲜叶的提取效果比较。结果：改良CTAB法所得DNA优于常规CTAB法，电泳条带清晰，完整性好，纯度高，能被EcoRⅠ完全酶切。从变色硅胶干燥的忍冬叶片中提取的DNA质量与鲜叶无明显差异，且产率更高。结论：改良CTAB法适合忍冬干叶基因组DNA的提取。     

中药DNA条形码鉴定中的DNA提取方法研究

目的：建立一种直接从药材中提取DNA的方法以满足中药材DNA条形码研究的需要。方法: 以麦冬药材为实验对象,对比5种常用植物DNA提取方法,筛选出最优方法后,对不同部位入药的10种中药材进行DNA提取,采用琼脂糖凝胶电泳及PCR扩增效果进行检测。结果：改良的CTAB法较适合药材DNA提取,虽然所有样品DNA都出现降解,但基于ITS2序列引物PCR扩增成功率为90%。结论：通过增加药材的预处理、核分离液等步骤,并改良CTAB浓度等措施,CTAB法能够用于上述不同药用部位入药的9种药材DNA提取,可以为中药DNA条形码鉴定中的DNA提取提供参考。     

含当归中成药的DNA提取及其分子鉴定

目的:优化含当归中成药的DNA提取方法,并利用叶绿体trn L-F基因及当归特异分子标记对当归中成药进行鉴定。方法:采用传统十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)法,十二烷基磺酸钠(SDS)法,磁珠法以及改良CTAB法对10种含有当归成分的中成药进行DNA提取,利用微量紫外分光光度法、琼脂糖凝胶电泳检测所得总DNA的完整性、纯度和浓度。对10份当归中成药的trn L-F序列进行扩增、测序,对序列进行比对分析并构建系统发育树。利用当归特异鉴别分子标记对10种当归中成药中的当归成分进行分子鉴别。结果:利用改良CTAB法获得了纯度较高,质量较好的DNA。10种中成药中当归的trn L-F序列与正品当归序列相似度为99.88%~100%,系统发育树显示10份中成药中的当归与正品当归聚为一类。利用当归特异性鉴别分子标记进行验证,10种中成药DNA样品均能得到明亮的扩增条带。结论:改良CTAB法可以有效提取当归中成药中的基因组DNA。利用trn L-F序列和当归特异性鉴别分子标记,成功对10份市售当归中成药进行了分子鉴别,为当归类中成药的分子鉴定奠定了基础。     

沉香DNA提取方法及种质资源聚类分析研究

目的：分别建立适用于提取不同类型沉香样品（叶片、干燥枝条、药材）DNA的方法,通过ITS2序列对沉香药材进行种质资源聚类分析。方法：根据沉香叶片、干燥枝条、药材的组织差异,分别采用试剂盒法和优化的CTAB法提取DNA;利用紫外分光光度仪、琼脂糖凝胶电泳、PCR扩增及ITS2序列测定来检测DNA的纯度、浓度及可用性,以比较不同DNA提取方法的效率;将样品测序结果与从GenBank下载的沉香属（Aquilaria spp.）、拟沉香属（Gyrinops spp.）,及沉香药材常见混伪品的ITS2序列,进行聚类分析。结果：优化的CTAB法提取得到的DNA纯度比试剂盒法稍低,但浓度更高。两种方法所提沉香总DNA进行ITS2序列的PCR扩增成功率和测序成功率均为100%。ITS2序列能准确鉴别出4个沉香混伪品和2个拟沉香物种,且15个沉香样品ITS2序列与Aquilaria subintegra（泰国）、Aquilaria sinensis（中国）、Aquilaria crassna（柬埔寨、泰国）三个沉香物种均100%相似。结论：本研究中的两种DNA提取方法均可用于沉香DNA条形码研究;优化CTAB法比试剂盒法更适用于药材DNA的提取,该方法为有关中药材DNA的提取提供了参考;ITS2序列可为沉香种质资源的鉴定和系统发育分析提供必要的实验依据。     

枸杞基因组DNA提取及指纹图谱分析

目的建立一种适于RAPD分析的快速提取枸杞叶片基因组DNA的方法,并利用RAPD技术研究枸杞属植物基因组DNA指纹图谱。方法采用改进的CTAB法提取枸杞冷藏幼叶的基因组DNA,利用RAPD技术对其进行指纹图谱分析。结果改进的CTAB法提取的10份枸杞材料基因组DNA均适于RAPD分析;可提供清晰的RAPD指纹图谱,利用筛选出的2个随机引物对供试材料DNA进行随机扩增,共得到56条带,其中多态性条带44条,多态性百分率为78.6%。结论表明改进的CTAB法提取的枸杞基因组DNA不需经氯化铯梯度离心或柱层析纯化,可以直接用于RAPD分析;RAPD对枸杞属植物进行指纹图谱分析是可行的。