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1.
目的采用网络药理学方法探讨蛇床子抗骨质疏松的可能分子途径。方法利用中药系统药理学数据库(TCMSP)筛选蛇床子活性成分,预测靶蛋白和相互作用蛋白;用TTD和CTD数据库查询骨质疏松靶蛋白,预测相互作用蛋白,构建药物–靶蛋白–疾病交互网络;用DAVID数据库富集并分析靶蛋白信号通路;通过Systems Dock软件将蛇床子活性成分与重要的靶蛋白进行分子对接验证。结果筛选得到蛇床子活性成分19个、靶蛋白72个、骨质疏松疾病靶蛋白118个;经相互作用蛋白(PPI)网络交集后,获得药物和疾病共同靶蛋白91个;富集得到26条信号通路;β-谷固醇、豆甾醇、24-epicampesterol、poriferast-5-en-3β-ol与SRC、ESR1靶蛋白具有良好的分子对接活性。结论蛇床子可能通过激活甲状腺激素信号通路中的SRC和ESR1起到治疗骨质疏松的作用。  相似文献   

2.
[目的]采用网络药理学与分子对接探究益气养阴通络方干预类风湿关节炎(RA)的作用机制。[方法]通过中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)、本草组鉴(HERB)和文献查阅获得复方活性成分与靶点,采用Genecards、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)等数据库获得疾病靶点,然后采用数据库计算出益气养阴通络复方成分与疾病的交集靶点。对交集靶点施行功能和通路富集分析,选取益气养阴通络方核心药物靶点与关键化合物施行分子对接。[结果]网络药理学共筛选出益气养阴通络方的83种活性成分和779个潜在靶点,RA相关靶点5 393个,交集靶点465个,其中交集核心靶点9个(分别为SRC、STAT3、MAPK3、MAPK1、HSP90AA1、PIK3R1、GRB2、AKT1、PIK3CA)。富集得出PI3K-AKT、癌症相关及神经活性配体-受体相互作用等通路,其中PI3K-AKT信号通路可能是复方干预RA的关键通路之一。对接计算表明,益气养阴通络方的11种主要活性成分与关键靶点SRC、STAT3、PIK3R1、AKT1均有较稳定的结合,其中与AKT的结合可能最大。[结论]益气养阴通络方通过多成分-...  相似文献   

3.
目的:基于网络药理学探讨二仙汤治疗早发性卵巢功能不全(POI)的作用靶基因和信号通路。方法:首先,通过公共数据库筛选当归芍药散的有效成分及作用靶点和疾病的疾病靶点;其次,确定二仙汤治疗POI的作用靶基因,并在STRING数据库中收集作用靶基因之间的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)信息,同时建立药物活性成分与作用靶基因网络;最后,借助ClusterProfiler R软件完成基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析。结果:筛选得到二仙汤有效成分共92个,作用靶基因205个,确定疾病基因3 425个,有效化合物-作用靶点网络总共包括239个节点和1 153条相互作用关系,关键活性化合物有槲皮苷、山柰酚、β-谷甾醇、豆甾醇、木犀草素等,通过PPI网络得到173个核心蛋白;GO富集分析主要涉及共获得生物过程(BP)1 939个,细胞组分(CC)72个,分子功能(MF)141个;KEGG通路富集筛选得到164条信号通路,主要包括为磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-AKT)信号通路、促分裂原活化的蛋白激酶(MAPK)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。结论:本研究发现二仙汤中槲皮苷、山柰酚、β-谷甾醇、豆甾醇、木犀草素等活性成分可通过PI3K-AKT信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路作用于MAPK1、AKT1、JUN、RELA等靶点进行综合调控,从而发挥治疗POI的作用。结论:本研究初步明确了二仙汤治疗POI的作用靶基因和通路,为之后的研究准备了条件。  相似文献   

4.
王静  崔霞 《中医药导报》2020,26(12):109-115
目的:利用网络药理学方法筛选黄芪的有效成分、潜在靶点及作用通路,建立一个"药物-有效成分-疾病-靶基因"的网络,探讨黄芪治疗反复呼吸道感染的作用机制。方法:基于中药系统药理学技术平台(TCMSP)、蛋白数据库(Uniprot)、GeneCards数据库和OMIM数据库筛选出黄芪的有效化学活性成分及作用靶点,以及与疾病共同作用靶基因,采用Cytoscape(3.7.2)软件构建出黄芪治疗反复呼吸道感染的网络图(黄芪-有效化学成分-反复呼吸道感染-靶基因);将药物与疾病共同靶基因上传到STRING数据库,构建蛋白质相互作用网络图(PPI),并运用R语言对PPI筛选出核心基因。利用R语言及Bioconductor平台对关键的靶点基因进行基因本体(GO)富集分析和基因相互作用(KEGG)通路分析。结果:通过筛选,预测出黄芪治疗反复呼吸道感染的有效活性成分共有16个,作用于疾病的有效基因有88个,主要通过调控IL-6、MAPK8、EGFR、VEGFA、ESR1、CASP3等核心靶基因及调控TNF信号通路、PI3K-AKT信号通路、AGE-RAGE等信号通路来发挥对反复呼吸道感染的治疗作用。结论:黄芪治疗反复呼吸道感染具有多成分、多靶点、多途径的特点,在今后的研究中可以选取具有代表性靶基因IL6、EGFR、VEGFA,以及PI3K-AKT信号通路进行探索。  相似文献   

5.
目的采用网络药理学方法分析补肾益心片治疗高血压的作用机制,为其临床与应用提供参考。方法检索中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)获取补肾益心片活性成分,运用DRAR-CPI服务器、GeneCards和OMIM等数据库筛选活性成分治疗高血压的作用靶点。采用Cytoscape3.6.0软件构建补肾益心片活性成分-高血压靶点网络。结合String数据库和Cytoscape的NetworkAnalyzer分析蛋白相互作用关系。采用Systems Dock Web Site进行活性成分与靶点分子对接。并进行GO分析、KEGG通路富集分析。结果筛选出补肾益心片活性成分30个,作用于62个靶点,主要通过调节肾素-血管紧张素系统、Toll样受体信号通路、PI3K-AKT信号通路和Jak-STAT信号通路等发挥治疗高血压的作用。结论本研究初步揭示了补肾益心片治疗高血压的多成分、多靶点作用机制,可为后续研究提供参考。  相似文献   

6.
目的:本研究基于网络药理学和分子对接方法探讨四逆散治疗功能性消化不良的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)搜索四逆散中中药的活性成分与作用靶点,利用GeenCard、OMIM数据库搜索功能性消化不良的疾病靶点,利用R语言取得药物与疾病的共同靶点,通过Cytoscape3.7.2构建药物-疾病靶点网络,利用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,通过DAVID进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。通过Autodock Tools 1.5.6对核心靶点和核心成分进行对接验证。结果:共筛选出四逆散活性成分144个,有效作用靶点223个,药物疾病共同靶点152个。PPI网络发现AKT1、IL-6、MARK、JUN、STAT3等可能是四逆散治疗功能性消化不良的关键靶点。GO功能富集发现了795个GO条目,KEGG通路富集分析共筛选出作用通路127条,主要富集基因数量较大的通路有PI3K-AKT信号通路、MAPK信号通路、TNF信号通路等。分子对接验证显示核心靶点和核心成分有较强的结合活性。结论:四逆散中的有效成分主要通过AKT1、IL-6、MARK、JUN、STAT3等靶点调节多条信号通路从而发挥治疗功能性消化不良的作用。  相似文献   

7.
目的:应用网络药理学的方法预测苗药黑骨藤治疗类风湿性关节炎(RA)的作用机制。方法:利用中药系统药理学(TCMSP)数据库、CNKI、PubMed以及文献查阅的方法筛选黑骨藤活性成分,在Swiss Target Prediction数据库中预测活性成分的靶点,采用Genecards数据库、OMIM数据库检索RA疾病靶点,构建"药物-成分-疾病-靶点"网络图,构建核心靶点的蛋白-蛋白互相作用(PPI)网络图,并进行基因本体(GO)生物过程与KEGG通路富集分析。结果:检索出黑骨藤治疗RA的活性成分10个,主要为甾类及萜类,药物-疾病的共同靶点352个,如AKT1、IL-6、VEGF、MAPK3等,涉及细胞凋亡、一氧化氮(NO)合成、血小板激活、蛋白磷酸化、细胞增殖、T细胞聚集等多个GO生物过程,以及PI3K-AKT、ErbB、催乳素、雌激素、VEGF等多个信号通路。结论:黑骨藤可能通过介导PI3K-AKT、ErbB、雌激素、VEGF等信号通路参与抑制细胞凋亡、促进细胞增殖、促进NO合成、抑制炎症反应等过程,发挥抗RA作用。  相似文献   

8.
目的:基于网络药理学探讨陈皮-半夏药对治疗慢性支气管炎(CB)的作用机制。方法:采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)、BATMAN-TCM数据库和文献检索获得陈皮-半夏的潜在活性成分及其对应的靶点;从基因组数据库(GeneCards)收集慢性支气管炎疾病的作用靶点,整理得到陈皮半夏活性成分与疾病的交集靶点;采用Cytoscape软件构建“药物-活性成分-靶点”网络图,借助String数据库平台构建蛋白质相互作用网络(PPI);进一步利用David数据库对筛选得到的靶点进行GO和KEGG分析;利用Autodock-Vina软件进行活性成分和核心靶点对接验证。结果:研究获得陈皮活性成分12个,半夏活性成分9个,取交集获得91个治疗CB的靶点,其中AKT1、MAPK3、TP53、HSP90AA1、JUN、IL1B、MAPK1等为核心靶点;靶点主要分布于细胞表面、质膜等,与酶、血红素、蛋白质结合分子功能有关,参与缺氧、脂多糖、药物、外源性刺激反应等生物过程,涉及AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路。分子对接结果显示,陈皮-半夏药对中主要活性化...  相似文献   

9.
目的:基于网络药理学等方法探讨二仙汤加减方治疗脊髓损伤(SCI)的有效性及相关机制。方法:在动物层面验证方剂的有效性,然后通过网络药理学方法进行化合物、靶点预测和网络分析,根据中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和UniProt数据库选择方剂的化学成分和靶标,并从GeneCard和Drugbank数据库中收集SCI的治疗靶标。使用String数据库分析蛋白质-蛋白质相互作用。然后利用Cytoscape_v3.7.1构建网络,利用Metascape数据库进行基因本体富集分析和京都基因和基因组百科全书富集分析。结果:动物实验显示二仙汤加减可明显缓解脊髓损伤,增加大鼠后肢行为学评分。网络药理学研究结果表明二仙汤加减方剂中18味中药共检索到5 353个基因,去重筛选后共获得319个基因,共检索到SCI靶基因3 237个基因,去重后共获得2 638个基因,二者共表达基因216个。方剂中的川芎、当归、丹参、香附、延胡索、淫羊藿、郁金等关键活性成分可能通过AKT1、MAPK3、NFKBIA、FOS、PIK3CG等关键基因介导cAMP、PI3K/AKT、MAPK、TNF等信号通路,起到治疗SCI的作用。结论:二仙汤加减对SCI治疗效果显著,网络药理学研究表明了多靶点、多组分二仙汤加减可能通过cAMP信号通路、PI3K/AKT信号通路发挥治疗SCI的作用。  相似文献   

10.
目的 使用网络药理学方法来探究防衰益寿丸中君药抗衰老作用并验证。方法 采用中药系统药理学数据库和分析平台等数据库筛选防衰益寿丸君药的活性成分及活性成分作用靶点;在GeneCards、DigSee和OMIM疾病数据库中检索衰老相关靶点;借助Uniprot数据库查询其活性成分对应靶点基因名称;采用Cytoscape 3.7.2软件构建成分、疾病、两者交集靶点网络图;借助STRING数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白互作网络;通过R 3.6.1软件对防衰益寿丸君药抗衰老靶基因进行GO和KEGG富集分析;将核心靶点与对应的化合物进行分子对接验证,并通过动物实验验证网络药理学预测结果。结果 研究共筛选出31个活性化合物,预测得到152个作用靶点,共收集2257个衰老靶点。通过靶点映射表明药物活性成分作用于AKT1、TNF、MAPK8、MPAK1、CASP3等97个共同表达靶基因,发现靶基因主要参与被动跨膜转运蛋白活性、铵离子结合、血红素结合、脂多糖的反应等生物过程。通过调节糖尿病并发症中AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、MAPK信号通路等发挥抗衰老作用。分子对接验证结果表明核心靶点AKT1、MAPK1、TNF及HMOX-1靶点可与活性成分原阿片碱、花生四烯酸及山奈酚小分子化合物稳定结合。动物实验结果表明防衰益寿丸能够调控多条通路改善小鼠的学习记忆能力,改善大脑胆碱能神经通路功能,增加脑内乙酰胆碱的含量,改善老龄小鼠血脂水平。结论 研究初步探究并验证了防衰益寿丸君药抗衰老作用的核心活性成分(人参皂苷类成分、山奈酚、花生四烯酸、原阿片碱等)及关键靶基因(如AKT1、TNF、CASP3、MAPK1、HMOX1等),网络关系构建及通路富集(如糖尿病并发症AGE-RAGE通路、TNF信号通路、MAPK信号通路等),揭示了药物抗衰老的潜在通路和机制,体现了中药的多成分-多靶点-多途径的药理作用,为进一步深入阐释其抗衰老机制奠定了基础。  相似文献   

11.
目的 利用网络药理学预测分析和动物模型试验验证的方法,对红花调控皮肤色素沉着的调控机制进行研究。方法 利用TCMSP数据库筛选红花的有效成分和相应的作用靶点,在GeneCards数据库收集皮肤色素沉着疾病的靶点,通过String数据库分析潜在靶点的蛋白互作,并利用David数据库对通路进行富集分析,随后采用Cytoscape3.7.2 软件构建有效成分-靶点-通路的网络。通过UVB豚鼠动物模型和蛋白芯片技术检测MAPK通路中关键蛋白的含量。结果 网络药理学预测了红花有22个活性成分和351个靶点,色素沉着疾病有203个靶点,红花活性物调控色素沉着的交集靶点有26个。其中,红花调控皮肤色素沉着的主要活性成分为槲皮素、木犀草素、黄芩素等;潜在的靶点为AKT1、MAPK1、EGFR等;核心通路为黑色素瘤、P13K-Akt信号通路、MAPK信号通路等。动物蛋白芯片的实验结果显示,红花提取物参与调控MAPK/MITF通路,可抑制p38、p-JNK、p-MAPK1、MITF的表达水平。结论 本研究预测了红花治疗皮肤色素沉着可能的作用机制,为红花治疗皮肤色素沉着的应用和研究提供了参考。  相似文献   

12.
杨艳妮  袁培培  冯敖梓 《中草药》2022,53(5):1463-1470
目的 采用网络药理学方法和分子对接技术,探讨巴戟天治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的作用机制.方法 通过TCMSP、GeneCards、OMIM、TTD以及String数据库获得巴戟天活性成分、作用靶点以及RA相关疾病靶点,采用Cytoscape3.7.1软件绘制"化学成分-靶点-R...  相似文献   

13.
杨柳  张王宁  刘月涛  李爱平  秦雪梅 《中草药》2019,50(8):1828-1837
目的运用网络药理学的方法探讨黄芪治疗肾病综合征(NS)的分子作用机制。方法通过TCMSP数据库和文献挖掘获取黄芪主要活性成分,利用Pharm Mapper服务器、GeneCards和CoolGeN数据库预测和筛选黄芪活性成分的作用靶点。采用String数据库和Cytoscape软件绘制蛋白相互作用网络,通过Systems Dock Web Site对成分与靶点进行分子对接验证。借助DAVID数据库对靶点进行GO分析和KEGG通路分析,采用Cytoscape软件构建成分-靶点-通路-疾病网络。结果筛选得到黄芪25个活性成分,涉及47个作用靶点。网络分析结果表明,靶点主要涉及氧化应激、足细胞凋亡和脂质代谢等生物过程,通过调节Ras、Rap1、MAPK、PI3K-Akt和AGE-RAGE等信号通路来发挥治疗NS的作用。结论黄芪中黄酮类、皂苷类等活性成分可能是其治疗NS的物质基础,其作用机制涉及抗细胞凋亡、抗氧化应激和调节脂质代谢等。  相似文献   

14.
李霞  曹旺  唐标  邓常清 《中草药》2020,51(15):3987-3995
目的采用网络药理学方法探讨黄芪-当归配伍改善血管内膜增生的药效物质和可能的作用靶点。方法利用TCMSP数据库,获取黄芪-当归的有效成分,利用Pharmmaper数据库搜集活性成分所对应的靶标。通过Genecards、DigSeE和OMIM数据库,收集血管内膜增生相关的靶标,并与药物作用靶标相比较,筛选出共同部分,作为药物成分作用的预测靶标。利用STRING获取预测靶蛋白之间的相互关系,根据相互关系大小筛选出核心靶标。利用Cytoscape 3.6.1软件,绘制"药物-成分-疾病-靶标"网络图、核心靶标相互作用网络图。用R语言进行核心靶标的KEGG通路富集分析和GO生物过程分析。结果收集到黄芪-当归药对的20个活性成分,共得到193个潜在药物作用靶点、487个潜在疾病靶点,主要作用于EGFR、ESR1、ALB、MAPK8、PGR等多个靶标,涉及PI3K-Akt、MAPK、Ras等多条信号通路以发挥抗血管内膜增生的作用。结论基于网络药理学方法,初步探讨了黄芪-当归配伍改善血管内膜增生可能的靶标和信号通路,可为黄芪-当归配伍作用机制的研究提供参考。  相似文献   

15.
基于网络药理学探讨黄芪治疗糖尿病肾病作用机制   总被引:4,自引:1,他引:3  
宋建波  廖晖  李元平 《中草药》2020,51(11):2988-2996
目的利用网络药理学方法研究黄芪治疗糖尿病肾病(DN)的作用机制。方法以化合物的口服生物利用度(OB)和类药性(DL)为标准,依据中药药理学技术平台(TCMSP)数据库、小分子靶点预测平台(Swiss Target Prediction)、人类基因组注释数据库(Genecards)预测和筛选黄芪的活性成分及治疗DN的作用靶点。采用Metascape数据库对作用靶点的基因本体(GO)注释和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路进行富集分析和蛋白功能归属。结果从黄芪中筛选得到槲皮素、山柰酚、异鼠李素、芒柄花素、黄芪皂苷I~IV等24个活性成分,作用于172个DN靶点,筛选出表皮生长因子受体、血管内皮生长因子受体、丝裂原活化蛋白激酶、白细胞介素-6、肿瘤坏死因子等18个关键靶点。调节晚期糖基化终末产物及其受体(AGEs-RAGE)介导的信号通路、磷酯酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B/叉头框转录因子O(PI3K/Akt/Fox O)信号通路、核转录因子-κB(NF-κB)信号通路、Janus激酶/信号转导子和转录激活因子信号通路等关键代谢通路。参与物质代谢、氧化还原、信号转导、炎症反应等多种生物过程。结论黄芪及其活性成分通过多个靶点、多条通路发挥治疗DN的作用。  相似文献   

16.
基于网络药理学的双丹方治疗冠心病的作用机制研究   总被引:2,自引:0,他引:2  
目的利用网络药理学的方法探索双丹方治疗冠心病(CHD)的活性成分和分子作用机制。方法采取类药五原则筛选双丹方活性成分;经TCMSP数据库获得双丹方活性成分的靶蛋白,并在OMIN数据库查找CHD的靶点蛋白;运用Cytoscape软件构建双丹方活性成分-潜在靶点、双丹方活性成分-CHD疾病靶点的相互作用网络,通过度等网络拓扑特征评价筛选出双丹方在CHD作用的核心靶点;通过STRING数据库进行蛋白质相互作用分析;采用斑马鱼模型研究双丹颗粒的促进血管生成作用。结果从TCMSP数据库得到双丹方中丹参酮、丹皮酚等39个活性成分和205个蛋白质靶点,筛选出与双丹方作用CHD的IL6、MAPK1、TP53、AKT1、VEGFA等核心靶点111个,GO分析共包含RNA调节、炎症反应、G蛋白偶联、类固醇激素受体活性、细胞分化、血管收缩等19条富集结果。利用DAVID数据库对相关通路富集,筛选出对冠心病具有作用的VEGF信号通路、FXO信号通路、ErBb信号通路等13条通路。结论通过网络药理学验证了双丹方多成分、多靶点、整体调节的作用特点,预测了双丹方在CHD中的主要作用机制。  相似文献   

17.
目的基于网络药理学分析方法探讨黄连抗结直肠癌的物质基础和作用机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、中医药整合药理学研究平台(Integrative Pharmacology-based Research Platform of Traditional Chinese Medicine,TCMIP)及文献检索收集黄连的主要活性成分,并利用PubChem得到其活性成分的结构信息。采用SwissTargetPrediction数据库检索活性成分作用靶点,在GeneC ards和Open Targets数据库检索结直肠癌疾病相关靶点,并与活性成分靶点取交集作为黄连治疗结直肠癌的潜在作用靶点,导入Cytoscape构建黄连活性成分-结直肠癌疾病靶点网络图。利用STRING构建靶蛋白互作网络。根据拓扑分析筛选黄连治疗结直肠癌的关键药效成分与核心靶点。应用DAVID(Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery)数据库对核心治疗靶点进行GO生物学功能及KEGG通路富集分析。结果黄连62个活性成分通过调控91个结直肠癌相关的疾病靶点,产生了134对化合物-靶点关系,其中黄酮醇类(如槲皮素)和生物碱类(如小檗碱)均发挥了中药作用,参与了体内细胞对化学压力的反应、氧化应激、磷酸化、蛋白激酶B信号传导等生物过程,干预PI3K-AKT、蛋白聚糖、Ras、Rap1、ErbB、HIF-1、FoxO、VEGF、花生四烯酸代谢等信号通路发挥抗结直肠癌的作用。结论黄连中的黄酮醇类和生物碱类等多成分,可通过多靶点、多通路协同发挥抗结直肠癌的作用,CA1、CA12、CA2、CA9、AKT1、EGFR、PTGS2和SRC等可能是其核心治疗靶点,PI3K-AKT、Ras、Rap1和VEGF等可能是其主要作用通路。  相似文献   

18.
目的 通过数据挖掘、网络药理学及分子对接技术分析含三七的保健食品的组方规律并对其潜在的机制进行研究。方法 通过检索国家市场监督管理总局及药智网含三七的保健食品,采用频数统计和关联规则等方法分析基本信息及组方规律。通过检索TCMSP等数据库、整理相关文献获得三七相关化学成分及潜在靶点;根据保健功能频次分析结果,从GeneCards等数据库中筛选相关的潜在靶点信息;借助R语言相关软件包、String数据库、Cytoscape软件等筛选出关键成分和关键靶点。随后进行蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析,根据度(degree)值筛选出核心靶点,并进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。最后,利用分子对接技术验证核心靶点和关键成分的作用亲和力。结果 共收集含三七保健食品345个,保健功能频次出现最多的是有助于增强免疫力。获得三七相关化学成分684个,其中有效成分339个及靶基因2 078个,获得免疫力相关的...  相似文献   

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