基于网络药理学的七味通痹口服液治疗类风湿性关节炎作用机制研究

目的研究七味通痹口服液治疗类风湿性关节炎(rheumatoid arthritis,RA)的主要活性成分和潜在的分子作用机制。方法通过分子对接获得七味通痹口服液成分作用的潜在靶蛋白,结合文本挖掘、数据库联用检索出与RA相关的靶蛋白,将其投射到KEGG数据库阐释七味通痹口服液的分子作用机制,并采用体外抗炎活性实验进行验证。结果数据分析结果表明,七味通痹口服液中107个潜在活性成分作用于与RA相关的116个靶点和237条通路。进一步的网络特征分析发现高网络度和介数的分子主要为三萜类、黄酮类、甾醇类和生物碱化合物,部分化合物在实验中对炎症介质的释放具有抑制活性;靶蛋白和通路主要发挥抗炎镇痛,免疫调节,滑膜成纤维细胞的增殖、凋亡、迁移与侵袭和破骨细胞分化、迁移、骨吸收等药理作用。结论七味通痹口服液的活性成分通过与多个靶点蛋白作用,调控多条生物通路,起到减轻关节炎症和肿痛、防止和减少关节的破坏、促进已破坏的关节和骨修复的作用,为七味通痹口服液药效成分分析和作用机制探索提供了研究基础。     

桔梗汤止咳祛痰的网络药理学研究

目的探索桔梗汤止咳祛痰功效的潜在活性成分群和分子作用机制。方法在文献挖掘、多个数据库联用检索与痰多咳嗽相关靶蛋白基础上,利用分子计算结合网络特征分析获得桔梗汤的主要活性成分和潜在的靶点蛋白,并构建分子-蛋白调控网络。结果基于痰多咳嗽相关病变机制,初步筛选出38个靶蛋白和472个小分子;分子对接结果中发现桔梗汤中78个分子(结构特征分析均符合"类药五原则")与靶蛋白相互作用的对接得分较高(Score≥7),其中5个成分来自桔梗,73个成分来自甘草。依据分子对接结果,选取对接得分较高(Score≥7)的128条分子-靶蛋白数据对,通过插件Network analyzer分析网络特征,识别出桔梗汤26个主要活性成分(皂苷和黄酮类化合物等)和13个靶蛋白。结论桔梗汤主要通过其所含的皂苷、黄酮类化合物与TLR4、MMP9、IKK2等多个靶蛋白的作用,起到调控呼吸道过度炎症反应、改善肺功能、抑制黏蛋白过表达、降低咳嗽中枢对刺激反应等作用,最终实现止咳祛痰功效。     

基于网络药理学方法探讨通塞脉片治疗动脉粥样硬化的作用机制

该研究利用网络药理学方法探索通塞脉片治疗动脉粥样硬化的药效物质和分子作用机制。经分子对接、分子-靶蛋白网络分析发现,通塞脉片中有97个分子可与动脉粥样硬化相关靶蛋白产生较好的相互作用(对接得分大于等于7),其中37个分子可作用于2个以上靶点,且具有较高的介数,推测这37个分子可能是通塞脉片治疗动脉粥样硬化的主要活性成分群。同时,所预测活性成分中含有较多的黄酮类和皂苷类化合物,提示该2类成分应在药效物质基础和质量标准研究中重点关注。靶点网络特征分析显示,通塞脉片主要活性成分可通过与Toll样受体(TLR1,TLR2)、基质金属蛋白酶(MMP1,MMP2,MMP3,MMP9)、血管紧张素转化酶(ACE)、白三烯A4水解酶(LTA4-H)、5-脂氧酶(5-LOX)、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPARα,PPARγ)等22个主要靶蛋白作用,起到调节炎症、增加斑块稳定性、保护内皮细胞、参与血脂调节及抗凝等作用,从而参与对动脉粥样硬化病理过程不同环节的调控,最终实现对动脉粥样硬化的治疗。该研究揭示了通塞脉片治疗动脉粥样硬化的主要药效物质及其可能的分子作用机制,印证了通塞脉片多成分、多靶点、整体调节的作用特点,为后续系统进行通塞脉片药效物质基础和作用机制实验研究提供了理论依据。     

复方脑脉通治疗缺血性脑中风多靶点作用的分子对接

目的复方脑脉通用于治疗缺血性脑中风具有重要的意义,在分子对接的基础上筛选复方脑脉通的活性成分并阐明其作用机制。方法将缺血性脑中风的21个关键蛋白靶点与筛选得到的278个复方脑脉通活性分子进行对接。并将具有10个或10个以上靶点的活性分子通过Cytoscape 3.1.1软件建立成分-靶点网络模型进行网络分析。结果脑缺血关键蛋白靶点对接得分大于5.0的活性分子中,川芎有19个,大黄有19个,葛根有16个,人参有4个。结论经过分子对接技术筛选得到的58个活性小分子,仍然需要经过传统的药理学实验进行验证。     

基于网络药理学方法和分子对接技术分析胆通胶囊治疗胆汁淤积症作用机制

目的：采用网络药理学方法和分子对接技术分析胆通胶囊治疗胆汁淤积症的作用机制。方法：使用中药系统药理数据库和分析平台（TCMSP）、本草组鉴（HERB）、PharmMapper和Uniprot数据库搜索胆通胶囊的活性成分及作用靶点。使用GeneCards数据库获取胆汁淤积症的靶点。绘制韦恩图得到药物-疾病交集靶点。利用Cytoscape 3.10.0软件构建胆通胶囊活性成分-靶点网络,得到胆通胶囊的主要活性成分。将主要活性成分、药物-疾病交集靶点通过STRING数据库与Cytoscape 3.10.0软件进行蛋白质相互作用（PPI）网络分析,得到核心靶点。利用DAVID数据库对核心靶点进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。使用PubChem数据库与PyMol、AutoDockTools软件将胆通胶囊主要活性成分与核心靶点进行分子对接。结果：共收集胆通胶囊的活性成分25个,获得疾病靶点1 039个。韦恩图显示,药物-疾病的交集靶点92个。胆通胶囊活性成分-靶点网络分析结果显示,苏齐内酯、决明内酯、番泻苷E、20-殷金醇棕榈酸、（-）-儿茶素和...     

基于网络药理学的桂枝茯苓胶囊治疗痛经、子宫肌瘤和盆腔炎的分子作用机制研究

目的探索桂枝茯苓胶囊治疗痛经、子宫肌瘤和盆腔炎的分子作用机制和潜在活性成分群。方法通过文献挖掘、多个数据库联用检索与痛经、盆腔炎以及子宫肌瘤疾病相关的130个靶蛋白基础上,利用分子计算结合网络特征分析获得桂枝茯苓胶囊的主要活性成分和潜在的靶点蛋白,并将其投射到KEGG数据库阐释桂枝茯苓胶囊的分子作用机制。结果数据分析结果表明,与蛋白相互作用较强的115个活性分子主要分布在桂枝和茯苓中,进一步的网络特征分析发现高网络度和介数的分子主要为五环三萜类和甾醇类化合物;与化合物作用的绝大部分靶蛋白(78.57%)分布在与痛经、盆腔炎及子宫肌瘤密切相关的15条生物通路中,而这些通路涉及到子宫平滑肌的增殖和收缩,子宫内的血管形成和血液循环,雌激素和黄体酮等多种激素的分泌,以及前列腺素等炎症因子合成或释放和相关钙通道的调控等。结论桂枝茯苓胶囊主要是由其所含的五环三萜类和甾醇类化合物与多个靶点蛋白作用,调控多条生物通路(如arachidonic acid metabolism,calcium signaling pathway,Gn RH signaling pathway,complement and coagulation cascades,progesterone-mediated oocyte maturation)来抑制子宫平滑肌收缩和增殖、改善微循环、降低激素分泌和炎症反应(如PGE_2,PGF_(2α),leukotriene B4),从而起到缓解痛经和盆腔炎引起的疼痛、改善子宫肌瘤患者的生活质量的作用。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨追风透骨胶囊对类风湿关节炎和骨关节炎“异病同治”的潜在分子机制＊

目的 利用网络药理学方法及分子对接的方法预测追风透骨胶囊治疗类风湿关节炎（rheumatoid arthritis，RA）及骨关节炎（osteoarthritis，OA）的活性成分、作用靶点及相关生物学途径，丰富其异病同治的科学内涵。方法 利用TCMSP、BATMAN-TCM数据库筛选出追风透骨胶囊的活性成分及治疗类风湿性关节炎及骨关节炎的对应靶点，采用Cytoscape 3.7.0软件构建“药物-化合物-共有靶标”网络图，运用STRING平台构建靶蛋白相互作用（protein-protein interaction，PPI）网络，运用R语言数据包进行基因本体功能富集（gene ontology，GO）与京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomics，KEGG）富集分析，预测其作用机制，最后对追风透骨胶囊中的关键活性化合物与PPI中的核心蛋白进行分子对接验证。结果 追风透骨胶囊共筛选有效活性成分276种，涉及共同靶标207个。“药物-化合物-共有靶标”网络图中筛选出关键活性化合物12个，其干预的PPI网络主要涉及STAT3、AKT1、APP等核心蛋白，共有靶标的GO及KEGG富集分析结果主要涉及代谢、炎性反应、肿瘤等相关通路及多种生物学途径。分子对接验证提示β-谷甾醇与核心靶蛋白结合情况最佳，HSP90AA1是追风透骨胶囊中关键化学成分结合活性最优的靶蛋白。结论 追风透骨胶囊中槲皮素、木犀草素、山奈酚等12种关键有效活性成分作用于STAT3、AKT1、APP等12种核心靶蛋白发挥干预OA、RA的药理作用并涉及多种生物学途径，阐释了追风透骨胶囊对OA以及RA异病同治的分子基础。     

基于网络药理学探究金果胃康胶囊治疗慢性萎缩性胃炎和胃上皮内瘤变的分子机制

目的 运用网络药理学和分子对接方法研究自拟复方金果胃康胶囊治疗胃炎-癌转化中慢性萎缩性胃炎(CAG)及胃上皮内瘤变(GIN)阶段的潜在活性成分及作用机制。方法 通过TCMSP数据库、TCMID数据库及上海有机所化学数据库，经文献整理筛选金果胃康胶囊的活性化学成分，并通过Swiss Target Prediction数据库检索各成分并预测靶点。借助OMIM、GenCards数据库获取CAG及GIN靶点。利用String数据库结合Cytoscape软件绘制“靶点-疾病”网络和蛋白互作网络(PPI)。采用Metascape平台进行GO、KEGG富集分析，获得金果胃康胶囊治疗CAG及GIN的潜在作用通路，利用Cytoscape 3.7.1构建成分-靶点-通路图。运用AutoDuck Vina软件等工具进行核心靶蛋白与重要化合物的分子对接验证。结果 金果胃康胶囊中含有70个活性成分，作用靶点共251个。金果胃康胶囊治疗CAG和GIN的共有核心成分为山奈酚、槲皮素、木犀草素等，共有核心靶点为EGFR、AKT1等，在慢性萎缩性胃炎及胃上皮内瘤变中，共有通路为癌症通路、蛋白多糖肿瘤通路等。分子对接结果...     

利用网络药理学方法考察金振口服液抗呼吸道感染的作用机制

目的:应用网络药理学方法研究金振口服液抗呼吸道感染的作用机制。方法:从数据库下载金振口服液所含小分子化合物的结构,计算分子描述符并分析这些化合物的化学空间分布;采用分子对接的方法考察金振口服液所含成分与呼吸道感染相关靶蛋白的相互作用,构建"药-靶网络",预测金振口服液抗呼吸道感染的活性成分及作用靶点。结果:金振口服液中含有的651种化合物均具有较好的类药性;网络分析结果表明金振口服液中的120个成分可与呼吸道感染的23个靶点有较强的相互作用,进一步的分析阐明了金振口服液治疗呼吸道感染的11个重要活性成分及18个潜在作用靶点。结论:金振口服液可能是通过抑制呼吸道病毒(流感病毒、鼻病毒)感染的吸附、复制、脱壳等环节,干扰炎症相关信号通路及调节炎症介质分泌等来发挥对呼吸道感染的治疗作用的。     

基于分子对接模拟预测复方脑脉通治疗缺血性脑卒中的物质基础

目的:运用分子对接技术虚拟筛选复方脑脉通的活性分子,探索复方脑脉通的有效物质基础。方法:选取与脑缺血有关的42个关键蛋白靶标,采用分子对接技术对前期实验得到的能在大鼠血中被辨识和发现的复方脑脉通中的22个化合物进行联合筛选研究,并采用Cytoscape 3.2.1软件建立多成分-蛋白靶标网络模型。结果:通过分子对接虚拟筛选治疗缺血性脑中风的活性小分子,其中有11个小分子与12个以上的靶标蛋白存在相互作用。结论:基于分子对接的虚拟筛选方法可用来寻找脑脉通中治疗脑缺血的活性成分,这些小分子在复方脑脉通调控脑缺血的多个发病环节起到至关重要的作用。