猴副流感病毒SV5 PCR检测方法的建立与初步应用

目的建立检测SV5的PCR方法并加以初步应用。方法根据GenBank中报道的SV5序列,针对其中的SH基因设计引物进行PCR反应,扩增产物进行测序并用BLAST软件进行同源性比对,同时利用限制性内切酶的酶切反应以证实此PCR反应的特异性。在此基础上设计巢式PCR提高此方法的灵敏度。利用此方法对20份猴肾源细胞培养物和40份血清标本进行检测。结果利用设计的引物扩增出的序列测序结果证实与报道的SV5SH基因相对位置的序列一致。AccⅢ限制性内切酶可对PCR产物进行特异性酶切。巢式PCR比一次PCR的敏感度有所提高。用此方法检测的20份猴肾源细胞培养物和40份血清标本结果为阴性。结论初步建立了检测SV5病毒的PCR方法,排除实验室用20份猴肾源细胞培养物和40份血清标本SV5的污染。     

猴D型反转录病毒巢式PCR检测方法的建立

目的建立SRV-1巢式PCR检测方法并进行初步应用。方法针对SRV-1env基因的保守区序列,设计特异性引物,以感染SRV-1 Raji细胞提取出的含有前病毒DNA的基因组DNA为模板,进行巢式PCR反应。扩增产物测序后与GenBank报道的序列进行同源比对。将DNA样本进行10倍梯度稀释,以检测巢式PCR反应的灵敏度。使用该方法对正常Raji细胞以及感染SIV、STLV的外周血淋巴细胞DNA样本进行扩增,检测该方法的特异性。用建立的巢式PCR方法检测40份储存猴血标本。结果使用巢式PCR扩增出的特异片段经测序分析,结果证实与GenBank报道的序列一致。所建立的巢式PCR检测法检测限度可达1.5×10-3ng/μL,而且方法特异。用此方法检测40份猴血标本,未检测到阳性标本。结论初步建立SRV-1的巢式PCR检测方法,该方法灵敏、特异,为SRV-1的检测提供了一个快速、有效的手段。     

SIV模型猴石蜡包埋淋巴结组织DNA的提取及病毒基因检查

从取材于３只ＳＩＶ感染治疗猴和４只ＳＩＶ艾滋病模型猴治疗前后的１１份石蜡包埋淋巴结活检组织中提成基因组ＤＮＡ，分别用ＰＣＲ和巢式ＰＣＲ方法检测ＳＩＶ病毒基因，ＰＣＲ共检出１０份阳性，巢式ＰＣＲ检测１１价样品均阳性，而同期采样的猴外周血标本病毒分离仅３份阳性，ＰＣＲ扩增产物的特异性用限制性内切酶酶切反应得到证实。实验说明，从淋巴结组织中检测ＳＩＶ的病毒基因较外周血病毒分离更能真实地反映病毒感染状况，本研究将对全面和正确评价艾滋病药吻和疫苗治疗效果提供帮助。     

湖北省不同年份汉坦病毒的RT-PCR检测及分型

目的：探讨湖北省不同年份引起肾综合征出血热的汉坦病毒的主要型别，为进一步研究该型汉坦病毒的基因变异打下基础。方法：根据汉坦病毒M基因片段G1编码区核苷酸序列设计I型和Ⅱ型分型引物，利用RT—PCR对105份不同年份的病程在7日以内的肾综合征出血热(HFRS)患(经临床诊断和ELISA确诊)血清标本进行检测及基因分型，并对扩增出的基因片段选用3种限制性内切酶AluI、RsaI、MboI进行酶切分析。结果：用I型引物通过：RT—PCR检测75份血清标本(1996～2000年)和30份血清标本(1986～1987年)的阳性率分别为77．3％和10％，而用Ⅱ型引物检测前阳性率为8．0％，后均为阴性。对4份I型引物扩增产物用3种限制性内切酶进行酶切分析，发现4份阳性产物其限制性片段长度多态性均与I型汉坦病毒标准株76～118完全不同，但其中3份与I型汉坦病毒湖北地方株HV114相同，1份与HV114不完全相同。结论：不同年份引起湖北地区HFRS的主要毒株均为I型汉坦病毒(HTN)湖北地方株。     

用PCR-RFLP技术检测皮肤感染性肉芽肿组织中的分支杆菌

目的:探讨用聚酶链反应-限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)方法快速检测皮肤感染性肉芽肿组织中的分支杆菌.方法:皮肤感染性肉芽肿患者的组织标本5份,提取组织DNA进行巢式PCR扩增,对PCR产物分别用Hha Ⅰ、Mbo Ⅰ、BstU Ⅰ3种限制性内切酶进行酶切,聚丙烯酰胺凝胶电泳,进行RFLP分析,并与培养结果进行比较.结果:从2份临床诊断为游泳池肉芽肿的组织标本中检测出海分支杆菌,从1份诊断为皮肤感染性肉芽肿的标本中检测出结核分支杆菌,此3例结果与培养鉴定结果完全一致.另两份标本分别检测出结核分支杆菌和偶发分支杆菌.结论:用PCR-RFLP方法可以快速鉴定皮肤感染性肉芽肿中的分支杆菌,可协助临床进行疾病的早期诊断和及时治疗.     

泰泽菌PCR检测方法的建立及初步应用

目的 建立和应用泰泽菌巢式PCR检测方法。方法 参照日本学者Goto检测泰泽菌16S rDNA序列设计的两对引物,对PCR的检测条件进行了改进和优化。结果 巢式PCR反应的外引物能引导扩增出一条625 bp的DNA片段,内引物则能引导扩增出一条196 bp的DNA片段。此625 bp和196 bpDNA片段的大小均与Goto报道的结果完全一致。试验证明196 bp的阳性带为泰泽菌16S rDNA特异性保守片段。通过将泰泽菌阳性肝组织标本经系列稀释的试验表明,该PCR方法的检测灵敏度为2个菌。另外,将阳性对照标本扩增的625 bp DNA片段作核酸序列测定,发现其碱基序列与Goto报道的泰泽菌MSK株及RJ株16S rDNA序列均有99％同源性。结论 根据上述结果,我们应用本方法对普通级小鼠、大鼠、金黄色地鼠肝组织标本各5份、普通级豚鼠肝组织标本10份、沙鼠肝组织标本10份、MHV3感染的小鼠肝组织1份进行了初步检测,结果未发现带菌动物。     

HBV耐拉米夫定多聚酶基因变异检测方法的建立

目的：建立一种简便，准确，实用的乙型肝炎病毒（HBV）耐拉米夫定多聚酶基因变异检测方法。方法：根据已公布的HBV DNA序列，在HBV多聚酶基因区设计合成了两对寡核苷酸引物，其中一只为错配引物；应用巢式错配聚合酶链反应（PCR）特异性扩增含有HBV多聚酶基因YMDD基序的片段，扩增产物用限制性内切酶（NdeI)酶切，琼脂糖凝胶电泳，观察酶切后目的片段的限制性片段长度多态性（RFLP）图谱，部分标本进行DNA测序。结果：（1）所建立的巢式错配PCR－RFLP法，从DNA提取到酶切后电泳分析仅需要11小时，灵敏度高，可以检测到10^3copies/ml的HBV DNA；特异性强，结果准确，经DNA测序证实。（2）检测20例长期服用拉米夫定的慢性乙型肝炎患者的系列血清，发现YMDD变异者（45％）9例，YMDD野毒株者（55％）11例 ，表明该法可有效地鉴别HBV YMDD野毒株与变异株。结论：本实验所建立的用于检测HBV耐拉米夫定多聚酶基因变异的巢式错配PCRRFLP方法简单，敏感，特异，适用于一般实验室及大规模的人群调查。     

PCR-RFLP与多引物对PCR乙肝病毒基因分型方法的比较

目的　PCR RFLP与多引物对PCR的乙肝病毒基因分型方法学比较。方法　自行设计利用限制性内切酶MboⅠ、BsTNⅠ、BsmAⅠ、HpaⅡ酶切S基因片段鉴定HBV基因型 (A～F)的PCR RFLP方法。分别利用该方法和多引物对PCR对贵州地区 14 9份HBsAg、HBVDNA阳性血清进行病毒基因分型。结果　 14 9份乙肝患者血清中PCR -RFLP方法成功分型 12 8份 (85 .91% ) ,多引物对PCR方法成功分型 10 8份 (72 .4 8% )。两种方法均能成功分型的标本 10 7份 ,其中B型 5 2份 ,C型 5 5份 ;两种方法分型结果完全一致。结论　本PCR RFLP基因分型方法与多引物对PCR方法的分型结果一致 ,但PCR RFLP方法的成功率及敏感度较高 ,图谱简单易读 ,适用于大样本筛检及临床应用     

通用引物检测登革热病毒NS1基因及其酶切分型

目的：利用通用引物经逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测登革病毒RNA，并经限制性内切酶酶切鉴定病毒型别。方法：用C6／36细胞培养登革病毒，碘化钠法提取病毒RNA，利用通用引物进行RT-PCR，对PCR产物用Mav I限制性内切酶酶切鉴定。结果：应用通用引物RT-PCR方法可检测到含量为0．212ng／L的病毒RNA，扩增的产物及酶切片段与预期的靶序列长度和限制酶谱分析相一致。结论：用登革病毒NS1区通用引物通过RT-PCR并经酶切分型，是诊断登革病毒感染的一种简易快速的方法。     

限制性内切酶结合半巢式PCR法检测人肝癌P16抑癌基因启动子区甲基化研究

目的 建立甲基化敏感的限制性内切酶结合半巢式降落PCR方法,研究原发性肝癌P16基因启动子区甲基化状态.方法 针对P16基因启动子区富含CpG的序列,设计3条引物,进行半巢式降落PCR扩增,检测原发性肝癌P16基因启动子区甲基化状态;并将P16基因启动子区340 bp片段克隆到pMD18-T载体,E.coli JM109扩增此质粒后经CpG甲基化酶M.Sss Ⅰ处理,再用Hpa Ⅱ酶切验证获得P16基因启动子区甲基化阳性的质粒P16Pm 并进行特异性和灵敏度实验.以此甲基化敏感的限制性内切酶结合半巢式降落PCR方法检测40例人原发性肝癌和3例正常人肝组织DNA样品的P16基因启动子区甲基化状态.结果 所采用的Hpa Ⅱ酶切后半巢式PCR方法的特异性强,灵敏度达100 fg;对40例人原发性肝癌组织DNA样品P16基因的启动子区甲基化状态检测显示甲基化阳性率为30%(12/40),3例正常人肝组织均为阴性(0/3).结论 P16抑癌基因启动子区甲基化可能与肝癌发生发展有关.本实验方法简便、成本低廉,并有高度的特异性与灵敏度,在大规模检查中有实际应用价值.     

猴副流感病毒5型实时荧光定量PCR方法的建立与初步应用

目的建立猴副流感病毒5型（SV5）实时荧光定量PCR方法,并初步应用于猴样本检测。方法根据SV5病毒NP基因保守片段设计特异引物和TaqMan探针,使用分子生物学方法制备质粒标准品,建立SV5实时荧光定量PCR方法;对该方法的线性、敏感性、特异性及稳定性进行测定;并使用该方法对24个猴样品进行检测。结果成功建立SV5实时荧光定量PCR方法;该方法线性范围为（6．8×10^9～6．8×10^5）copy／μL,灵敏度为6．8copy／μL,批内变异系数（CV）为0．63％～8．71％,批间CV为1．52％-12．38％,而且方法特异性好;在24个猴肺样品中未检测出阳性。结论该方法的建立为实验动物和动物源性生物制品中SV5的定量检测奠定了基础。     

套式PCR检测细菌16SrRNA基因

目的　应用套式PCR建立快速检查方法来检测血液中是否含有细菌。方法　采用细菌 1 6SrRNA基因通用引物 ,通过套式PCR方法对细菌进行扩增 ,并对其灵敏度、特异性作一评价。结果　临床常见细菌扩增反应为阳性 ,其他病原微生物及人类基因组DNA为阴性。结论　本法具有敏感、快速、特异、准确的优点 ,是一种可靠的实验手段     

前列腺特异性膜抗原cDNA的克隆及用于临床前列腺癌的检测

目的获得前列腺特异性膜抗原(PSMA)基因,应用巢式反转录聚合酶链反应(RT-PCR)检测前列腺癌(PC)患者外周血中PSMA mRNA.方法从人前列腺癌细胞系LNCaP中提取总RNA,经RT-PCR扩增PSMA基因,克隆入pUC19质粒中,用全自动荧光测序仪测定其序列.根据PSMA cDNA序列设计合成引物,应用巢式RT-PCR方法检测36例PC患者和23例前列腺增生(BPH)患者外周血中PSMAmRNA,结果与巢式RT-PCR方法检测前列腺特异抗原(PSA)mRNA比较.结果获得了PSMA基因(由2 253 bp组成,可编码751个氨基酸),与已发表的PSMA cDNA序列一致.应用巢式RT-PCR方法检测PC患者外周血PSMA mRNA灵敏度和特异度分别为66 7%和100.0%,与巢式RT-PCR方法检测PC患者外周血PSA mRNA(灵敏度和特异度分别为30.6%和87.0%)比较差异显著.结论成功地克隆了PSMA基因并应用于临床PC诊断,巢式RT-PCR方法检测患者外周血中PSMA mRNA在PC诊断中的真实性和可靠性明显优于PSA mRNA.     

两例TTV感染者不同TTV克隆的DNA序列分析

目的探讨TTV的基因变异及其与致病性的关系。方法在ORF1区的高变区设计特异性引物建立巢式多聚酶链反应（PCR），扩增献血员与慢性非甲-庚型重型肝炎患者血清中的TTV DNA。PCR产物纯化回收后进行分子克隆，每例挑选10个不同TTV DNA克隆进行测序。不同们TTV DNA克隆之间及其与日本株TA278之间进行序列比较并进行进化树分析。结果成功地构建了TTV DNA克隆。与G1a亚型TA278的序列相比较有74％～95％的同源。献血员存在2种不同的TTV病毒株，其序列有7％的差异，都为G1a亚型。慢性非甲-庚型重型肝炎患者中存在7种不同的TTV病毒株，彼此之间序列有5％～24％不同，分别属于G1a和G1b亚型。结论慢性非甲-庚型重型肝炎患者中TTV的基因变异比献血员中的复杂得多。TTV基因变异的复杂性及其基因变异过程中可能产生的强毒力病毒株均有可能在其致病机制中起一定作用。G1b亚型可能有一定的致病性。     

Alu-LTR PCR检测整合型HIV-1实验方法的优化

目的对Alu-LTRPCR检测整合型HIV-1的实验方法进行优化。方法收集20例HIV-1感染患者及10例健康对照者的抗凝血标本,纯化CD4+T细胞并提取DNA,根据整合型HIV-1DNA的特点设计引物,首轮PCR5′端引物来自于人类保守的Alu序列,3′端引物来自于HIV-1LTRU5区序列,扩增片段包含了整合位点上游的人类基因组DNA序列和整合的HIV-1LTR的序列。第二轮引物针对HIV-1LTRU3区的序列。在首轮PCR基础上,PCR产物稀释后进行第二轮PCR。结果经过优化的Alu-LTRPCR,20例HIV病人全部检测到整合的HIV-1。结论经优化后,Alu-LTRPCR检测整合型HIV-1的实验方法的灵敏度明显提高。     

多联实时荧光PCR检测几种重要肠道致病菌的实验研究

目的建立一种能同时检测志贺氏菌(Sh)、O139霍乱弧菌(O139VC)和空肠弯曲菌(CJ)的多联实时荧光PCR定量方法。方法根据Sh的ipaH基因序列、O139VC的wbfR基因序列、CJ的c基因序列的开放读码框(orf),分别利用ABI primer experess 2.0和DNAStar中的Primer Select软件设计出数对特异性的引物和探针,筛选出最佳的各组引物和探针组合,对引物、探针的浓度、Mg2 浓度、Taq酶的用量、反应条件等进行优化,从而建立了检测临床标本中Sh、O139VC和CJ的多联荧光PCR反应体系和检测方法。结果实验显示该方法具有特异性强,灵敏度高,均达到100copies/ml。结论多联实时荧光PCR方法可同时定量地检测临床标本中Sh、O139VC、CJ,结果显示快速简便,准确高效,有利于上述病原菌所致疾病的早期诊断和治疗。     

鸭乙型肝炎病毒核酸荧光定量PCR方法的建立及应用

目的：建立鸭乙型肝炎病毒核酸(DHBV DNA)荧光定量的方法。方法：根据DHBV DNAS基因区的序列设计扩增所需3条引物，通过偶联反应用AmpliSensor荧光信号标记半巢式引物，经过前期不对称扩增、半巢式扩增及在线检测建立DHBV DNA阳性标准品QPCR的标准曲线，并将70份鸭血清分别用荧光定量PCR方法和地高辛标记的DHBV DNA探针斑点杂交的方法检测，比较结果的相关性。结果：DHBV DNA阳性标准品经过30次循环后，扩增产物经2％琼脂糖凝胶电泳检测，可以看出有180bp、70bp两个片段，与设计的片段大小相符，扩增产物的浓度与标准品的起始浓度成正比，扩增指数的数值大小与该循环时己合成的扩增产物的量成正比，起始浓度的大小与要合成的一定扩增产物的量所需的循环次数成反比。用荧定量PCR方法和斑点杂交的方法检测血清中DHBV DNA的结果有良好的相关性(r＝0．97，P＜0.01，ν＝58)。结论：荧光定量PCR方法可作为检测DHBV DNA含量的一个重要手段。     

Alu-反向PCR检测HIV-1整合位点方法的建立

目的建立Alu-反向PCR检测整合型HIV-1DNA的实验方法。方法收集18例HIV-1感染者及12例健康者的抗凝血标本,根据整合型HIV-1DNA的特点设计引物,第一轮PCR5’端引物来自于人类保守的Alu序列,3’端引物来自于HIV-1gag序列,扩增片段包含了整合位点上游的人类基因组DNA序列和整合的HIV-1DNA序列。经PstⅠ酶切后进行自身片段环化,以此为模板设计针对HIV-1LTR和gag保守区域引物,进行巢式PCR。结果 16例HIV-1感染者成功扩增出目的片段,12例健康者均为阴性。结论本实验建立的检测整合型HIV-1的方法为进一步研究HIV病毒储藏库机制提供了参考。     

结核分枝杆菌双重实时RT-PCR检测方法的研究

目的建立检测结核分枝杆菌mRNA表达水平的双重实时RT-PCR反应体系,准确快速鉴定结核分枝杆菌。方法根据GenBank上已发表的结核分枝杆菌表达85B抗原的fbpB mRNA基因序列,进行对比分析,设计合成fbpB引物和探针,其中探针以CY5为报告基团,BHQ3为淬灭基团。根据WHO文献报道合成人类RNase P基因引物和探针,其中探针以FAM为报告基团,BHQ1为淬灭基团。经条件优化后,建立检测结核分枝杆菌mRNA双重实时RT-PCR方法,在同一体系内同时扩增结核分枝杆菌fbpB基因和人类RNase P基因,通过检测10份肺结核患者痰液和10份健康无症状人群痰液,检验方法的特异性、重复性和检测限性。结果肺结核患者痰液fbpB和RNase P基因均扩增阳性,健康无症状人群痰液fbpB均无扩展曲线,RNase P均扩增阳性。重复性检测显示fbpB基因重复检测的变异系数在1%以下,fbpB检测CT值与痰涂片抗酸染色分枝杆菌的数量呈良好的相关性。结论建立了一种快速双重实时RT-PCR方法能同时对结核分枝杆菌fbpB mRNA基因和人类RNase P基因进行检测,在检测fbpBmRNA基因的同时,通过检测RNase P基因监测RNA提取效果和PCR反应扩增效果。     

半套式PCR和DNA探针技术检测Q热立克次体

目的 建立半套式PCR和DNA探针技术由于检测Q热立克次体。方法 依据已知的Q热立克次体的16S和23S rRNA基因及其间区的序列。设计3条引物,建立了扩增16S－23S mRNA基因间区的半套式PCR方法,并将扩增片段制成探针,建立了斑点杂交技术。结果 10株Q热立克次体分离株均可扩增出572bp的PCR条带,而对照菌都为阴性,此半套式PCR方法的灵敏度高达1pg;用九里株扩增片段标记后制成的探针,与10个Q热立克次体分离株的全DNA呈阳性杂交,对照菌为阴性,此杂交方法的灵敏度为0．5ng。结论 基于Q热立克次体16S－23S rRNA基因间区的半套式PCR和DNA探针技术具有较好的特异性和灵敏度,可联合应用于Q热的病原学诊断。