西藏小型猪的线粒体DNA控制区分析

目的 研究西藏小型猪的遗传标记以及与其他国内地方猪的亲缘关系.方法 扩增102 头西藏小型猪以及16 头巴马小型猪、17 头贵州香猪的线粒体DNA控制区,测序并与国内其他猪进行比较.结果 西藏小型猪线粒体DNA D-loop区分三个区域.串联重复序列区处于中间位置,包含有15～29 个10 bp的重复片段,分为A、B 两种类型.D-loop 3′端340 bp,与国内其他猪的序列相同比较保守;5′端704 bp,共有22个变异位点.由22 个变异位点中归纳出25 个单倍型,其中有两种主要的单倍型,分别占34.4%和36.6%.根据三个转换位点:305、500、691,将西藏小型猪分成了两组,几乎与串联重复序列所分的A、B两组类型相对应.与西藏小型猪相比,巴马小型猪和贵州香猪D-loop 5′端变异位点较少,分别只有4 种和2 种单倍型,串联重复区也只有一个类型.结论 西藏小型猪可能有两个母系祖先并且与我国西南地区的品种猪有较近的亲缘关系;不同的串联重复片段类型和5′ 端的变异位点可以联合组建西藏小型猪的遗传标记.     

西藏小型猪群体遗传结构分析

目的 了解西藏小型猪的群体遗传结构.方法 针对所优选出的40个微卫星位点设计引物,对35头南方医科大学饲养的西藏小型猪样本进行PCR扩增,扩增产物采用STR扫描技术进行测定,分析西藏小型猪的群体遗传结构.结果 西藏小型猪群体平均有效等位基因数为4.6187,平均杂合度为0.7576,平均多态性信息含量0.7463.结论 西藏小型猪群体具有丰富的遗传多样性,符合封闭群动物遗传特性.     

三种小型猪线粒体DNA控制区的比较研究

目的分析五指山小型猪、巴马小型猪和贵州香猪线粒体DNA控制区碱基序列,比较研究不同猪种的遗传标志。方法应用PCR技术分别对这三种小型猪的血液总DNA样品中线粒体DNA D-loop区进行扩增,测序比对。结果猪的线粒体DNA D-loop区分3个区域。Ⅰ区（靠近5′端区域）704 bp,五指山小型猪在此区共有6个变异位点,通过6个变异位点中归纳出3个单倍体,而巴马小型猪在此区有9个变异位点,通过9个变异位点归纳出4个单倍体,贵州香猪在此区共有6个变异位点,通过6个变异位点归纳出3个单倍体。     

筛选适用于小型猪遗传检测的微卫星位点

目的 筛选用于封闭群小型猪遗传检测的微卫星位点.方法 从资料和GenBank中选取扩增效果好、等位基因多、均匀分布于小型猪18条常染色体和X染色体上的100个微卫星位点,合成引物,对封闭群小型猪基因组进行PCR扩增及条件优化.PCR产物采用琼脂糖凝胶电泳、聚丙烯酰胺凝胶电泳和STR扫描技术进行分析和比较,选择多态性好的位点.结果 筛选出32个分布于不同染色体且等位基因多的微卫星位点.结论 筛选出了应用于封闭群小型猪遗传检测的微卫星位点.     

西藏小型猪ESR基因PvuⅡ多态性与生长繁殖性能相关分析

目的了解ESR基因PvuⅡ位点在西藏小型猪中的多态性分布情况;研究其在西藏小型猪上的遗传效应,为西藏小型猪生长繁殖性状的分子遗传标记辅助选择提供实验依据。方法记录44头西藏小型猪母猪繁殖性能,并对其所产仔猪的生长性能进行测定,采用PCR-RFLP方法对ESR基因PvuⅡ位点进行多态性与生长繁殖性能进行相关性分析。结果西藏小型猪ESR候选基因PvuⅡ位点表现出多态性,为AA、A8、BB型,A、B等位基因频率特征。初产胎的产仔数在不同基因型间差异存在显著性,不同基因型间产仔数呈BB〉AB〉AA的趋势,初产胎和经产胎的母猪其他指标在不同基因型间差异均没有显著性。结论提高西藏小型猪猪群ESR基因PvuⅡ位点B等位基因频率,有利于提高西藏小型母猪的产仔数。     

云南滇南小耳猪与广西巴马小型猪mtDNA D-Loop的初步研究

目的研究封闭群滇南小耳猪与广西巴马小型猪线粒体DNA（mtDNA）的多态性,探索小型猪遗传监测的方法。方法用18种限制性内切酶对23头滇南小耳猪和21头广西巴马小型猪mtDNA D-loop的PCR产物进行RFLP分析。结果滇南小耳猪和广西巴马小型猪的mtDNA D—loop在品种内和品种间均表现出相同的酶切图谱,未见多态性。结论滇南小耳猪与广西巴马小型猪mtDNA D—loop的遗传多样性贫乏,mtDNA PCR—RFLP技术在其遗传监测中不具应用价值。     

催乳素受体基因多态性对西藏小型猪繁殖性能的影响

目的了解催乳素受体（PRLR）基因AIuI位点在西藏小型猪中的多态性分布情况;研究其在西藏小型猪上的遗传效应,为生长繁殖性状的分子遗传标记辅助选择提供实验依据。方法收集44头西藏小型猪母猪窝产仔数及离乳仔数数据,测定所产仔猪的初生重和离乳重,采用PCR-RFLP方法测定PRLR基因AIuI位点多态性,并与上述生长繁殖性能指标进行相关性分析。结果西藏小型猪PRLR侯选基因AIuI位点表现出多态性,分为AA、AB、BB,频率分别为0.273、0.500、0.227。经产母猪的仔猪初生重在不同基因型间存在显著性差异,而初产和经产母猪的其他生长繁殖指标在不同基因型间均未达到显著性水平。结论本研究中PRLR基因AIuI位点多态性AA、AB、BB不同基因型之间窝产仔数和离乳仔数差异不显著。     

肝细胞性肝癌线粒体DNA D-loop区基因突变的研究

目的 研究肝细胞性肝癌组织线粒体DNA D-loop区基因的突变情况.方法 选择40例肝细胞性肝癌组织和其相应癌旁组织,取对应患者外周静脉血,提取线粒体DNA后进行PCR扩增和测序.结果 40例肝细胞性肝癌组织线粒体DNA D-loop区中,发生突变16例(40.0%),共发现突变位点34个,其中16个位点为点突变,5个位点发生插入,13个位点发生缺失;另外新发现2个多态性位点.结论 线粒体DNA D-loop区是一个具有高度多态性和突变性的区域,在肝细胞性肝癌组织中突变率较高.     

线粒体D-loop区单核苷酸多态性与食管鳞状细胞癌患者发病年龄关系的研究

目的 探讨线粒体D-loop区单核苷酸多态性与食管鳞状细胞癌患者发病年龄关系.方法 2003-2005年在河北医科大学第四医院完成食管鳞状细胞癌患者线粒体D-loop区测序55例,单核苷酸多态性与患者发病年龄的关系分析采用Kaplan-Meier法,组间比较使用Log-rank检验.结果 经Log-rank检验,单核苷酸多态位点16266C/T基因型与发病年龄有关,多态位点16266T基因型患者发病早于16266C基因型患者,差异有统计学意义(P＜0.05).结论 线粒体DNA D-loop区基因多态性位点可作为食管鳞状细胞癌患者发病年龄的预测标记,同时线粒体D-loop区多态性位点有助于识别早发的食管鳞状细胞癌患者.     

米非司酮对恒河猴促性腺激素分泌水平的抑制作用

目的测定西藏小型猪以及巴马小型猪、贵州香猪和五指山猪的mtDNA控制区5’端序列,比较研究其遗传变异和与国内家猪的亲缘关系。方法扩增四种小型猪的mtDNA控制区5’端,测序并进行所测序列多重比对,确定变异位点、单倍型,并建立亲缘关系树。结果与荣昌猪相比,西藏小型猪mtDNA控制区5’端侧翼区704bp,有20个变异位点,由此归纳出26个单倍型;其中有两种主体单倍型,三个转换位点（305,500,691）的碱基分别为t,a,a和c,g,g。巴马小型猪、贵州香猪和五指山猪mtDNA控制区5’端变异位点较少,分别只有4、4、3种单倍型。亲缘关系树的分析表明,西藏小型猪与其它三种小型猪有较近的亲缘关系。结论西藏小型猪群体存在遗传分化,与巴马小型猪、贵州香猪和五指山猪亲缘关系较近;巴马小型猪、贵州香猪和五指山猪遗传均一性较高,可能与长期的人工选择有关。     

实验用西藏小型猪线粒体DNA控制区变异类型及其血液指标比较研究

目的 分析实验用西藏小型猪线粒体DNA控制区碱基序列变异分化类型,比较血液生理生化指标的差异,为实验动物新品种的培育奠定分子遗传学基础.方法 采集59头西藏小型猪血液,分别进行全基因组DNA提取、线粒体DNA控制区的扩增、测序并分类,同时进行血液生理生化指标的测定和比较研究.结果 根据串联重复区重复片段的变化,西藏小型猪线粒体DNA控制区分为A、B两种类型,分别占57.6%和42.4%,几乎与5'端序列在305、500和691的三个主要转换位点的变化相对应.A、B两类西藏小型猪18项血液生理生化指标统计结果显示,红细胞数(RBC)差异(P<0.01)有统计学意义,其他指标差异均无统计学意义.结论 根据线粒体DNA控制区序列碱基变异,西藏小型猪分为两个类群,两个群体之间红细胞数存在明显差异.

Abstract：

Objective To analyze the mitochondrial DNA (mtDNA) D-loop region sequence variation in Tibet Mini-Pigs in relation to the blood parameters and provide the molecular genetic basis for developing new species of laboratory animals.Methods The genomic DNA was extracted from the whole blood samples of 59 Tibet mini-pigs to amplifying the mtDNA D-loop for sequence analysis. Nine physiological and nine biochemical blood parameters of Tibet mini-pigs were measured .Results Based on the variation of the tandem repeat motif, the mtDNA D-loop region of Tibet mini-pigs was classified into two types, namely type A and B with the percentage of 57.6% and 42.4%, respectively, roughly matching the 3 transform sites (305, 500, 691) at the 5' end. In the 18 blood parameters, only red blood cell count showed significant differences between types A and (P<0.01). Conclusion Based on the sequence variation of the mtDNA D-loop region, Tibet mini-pigs can be divided into two types that show a significant difference in red blood cell count.     

Mutations in the D-loop region of mitochondrial DNA in g astric cancer

Objective: To investigate the mutations in the D-loop region of mitochondrial DNA (mtDNA) in gastric cancer.Methods: The mtDNA of D-loop region was amplified by PCR and ,sequenced in 20 samples from gastric cancer tissue and adjacent normal membrane. Results: There were 7/20(35% ) mutations in the mtDNA of D-loop region in gastric cancer patients. There were four microsatellite instabilities among the 18 mutations. Nine new polymorphisms were identified in 20 patients. Conclusion: The mtDNA of D-loop region might be highly polymorphoric and the mutation rate is high in patients with gastric cancer.     

Study on mitochondrial DNA diversity among 7 inbred strains of mice

Objective：To study the genetic variation of mitochondrial DNA （mtDNA） among common laboratory strains of inbred mice. Methods： The genetic polymorphism of mtDNA among 4 classical laboratory strains of inbred mice and 3 inbred strains of mice established in China was analyzed by polymerase chain reaction coupled with restriction fragment length polymorphism（PCR-RFLP） and PCR coupled with single-stranded conformation polymorphism（PCR-SSCP）. Results： With regard to the D-loop （Displacement loop, D-loop）, tRNA^ Met＋Glu＋Ile, and ND3 （NADH dehydrogenase subunit 3, ND3） gene fragments of mtDNA from these mice,no variation was revealed by PCR-RFLP at 46 restriction enzyme sites. Further analyzed by PCR-SSCP,the D-loop 5＇fragment and 3＇end fragment of mtDNA from these mice also showed no genetic variation. Conclusion： Owing to maternal mode of inheritance of mtDNA,the results indicate that these common inbred strains of mice share the same maternal lineage.     

Mutations of mitochondrion DNA in mouse tumors

Objective： To ascertain the variations of mitochondrion DNA （mtDNA） in mouse tumors and to inquire into the relationship between mutations of mtDNA and carcinogenesis Methods： The variations of D-loop, ND3 and tRNA^Met＋Glu＋Ile gene fragments of mtDNA from six tumor cell lines of mice were analyzed by PCR technology with restriction fragment length polymorphism analysis （polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism, PCR-RFLP） and single strand conformation polymorphism analysis （SSCP-PCR） method. Results： ND3 and tRNA^Met＋Glu＋Ile gene fragments ofmtDNA from the tumors showed no variation in 27 endonuclease sites; D-loop ofmtDNA from Hca-F had an additional endonuclease sites of Hinf I in contrast to that of the inbred mouse. Deeply analyzed by PCR-SSCP, the D-loop ofmtDNA was found to possess mutations in 4 of 6 tumors. Conclusion： D-loop is the hot spot of tumor mtDNA mutation which can act as contributors to the carcinogenic     

F1代西藏小型猪早期生长发育特点

目的研究西藏小型猪早期生长发育的规律。方法对本基地F1代西藏小型猪的体重、体长、胸围、体高、体温、呼吸频率、心率及血液生理生化指标进行了测定。结果西藏小型猪体型小,生长性能稳定,生长速度与原产地西藏小型猪基本一致;西藏小型猪的体温、呼吸次数和心率与原产地西藏小型猪相近,且雌雄之间差异不显著(P>0.05);F1代雌雄间除嗜碱性粒细胞、单核细胞数和尿素氮外其他指标也基本一致,大部分指标与人接近。结论由于西藏小型猪体型小、生长性能稳定,血液生理生化值与人类相近,因而是理想的医学研究用实验动物。     

线粒体DNA D-loop区单核苷酸多态性与类风湿关节炎发病年龄的关系研究

背景　类风湿关节炎（RA）为临床常见疾病,其发病原因尚不明确。既往研究显示,40~60岁为RA的高发年龄,线粒体DNA（mtDNA）D-loop区的单核苷酸多态性（SNP）对肿瘤、肾病等多种疾病的发病年龄具有预测价值,但是,其与RA患者发病年龄的关系尚未见报道。目的　探讨mtDNA D-loop区SNP与RA发病年龄的关系。方法　选取2017年5—12月于河北医科大学第二医院风湿免疫科住院的85例RA患者为研究对象,提取RA患者外周血中mtDNA,通过PCR扩增和基因循环测序,分析mtDNA D-loop区的SNP位点。采用Kaplan-Meier法绘制RA患者发病年龄生存曲线,并采用Log-rank法进行检验;采用Cox比例风险模型分析发病年龄的风险因素。结果　Log-rank检验结果显示,mtDNA D-loop区SNP位点16519,携带低频率等位基因T基因型的患者发病年龄早于携带高频率等位基因C基因型的患者（χ2=5.395,P=0.020）。Cox比例风险模型结果显示,mtDNA D-loop区SNP位点16519是RA发病年龄的独立预测因子〔HR=1.750,95%CI（1.047,2.925）,P=0.033〕。结论　RA的发病年龄可能与mtDNA D-loop区SNP有关,对于mtDNA D-loop区SNP序列的分析有助于早期识别发生RA的高风险患者。     

高低转移小鼠肝癌细胞线粒体DNA遗传变异的研究

目的 检测和分析转移特性不同的两个小鼠肝癌细胞亚系线粒体DNA(mtDNA)的遗传变异,探讨线粒体DNA遗传改变与肿瘤发生发展的关系.方法 PCR-RFLP和序列测定技术.结果 对mtDNA的tRNA Ile GlN Met基因和ND3基因以及D-loop片段进行的扩增和限制性片段长度多态性分析结果 显示,无扩增片段长度呈多态性,且这两个肝癌细胞系mtDNA的所有限制性片段方式和大小完全一致.序列测定发现,这两个肝癌细胞系在线粒体DNA的 D-loop区存在序列差异.结论 mtDNA 非编码区内的遗传改变,反映了肿瘤发生发展过程中环境和遗传因素的影响,有可能与肿瘤细胞的恶性表型有关.