儿童下呼吸道人类偏肺病毒感染的临床流行特征

目的 了解儿童人类偏肺病毒（hMPV）呼吸道感染的流行情况及临床特征。方法 收集2004年8月-2005年1月我院452例急性下呼吸道感染儿童的呼吸道分泌物标本，采用直接免疫荧光抗体法检测呼吸道合胞病毒、流感病毒甲型和乙型、副流感病毒1～3型和腺病毒，以上病毒检测阴性的245份标本再用逆转录-聚合酶链反应法（RT-PCR）检测hMPVM基因，随机挑选部分PCR扩增产物送核苷酸测序作基因分析。结果 245份标本中hMPV阳性例数为59例（241％），452例患儿中单一hMPV感染率13．1％。冬季月份中hMPV检出数高于其他呼吸道病毒。59例hMPV感染患儿，平均月龄27．7月，各年龄组hMPV检出率差异无显著性（P〉0．05）。hMPV感染者临床特征与其他呼吸道病毒感染无明显差异（P〉0．05）。23份hMPVM基因部分核苷酸片段与GenBank中hMPV M基因序列同源性为82．8％～100％，基因进化树分析提示存在2种不同的hMPV基因。不同hMPV基因型感染者的临床表现差异无显著性（P〉0．05）。结论 hMPV是2004年冬季我院儿童下呼吸道感染流行的病毒病原，临床表现无特征性，2种不同基因型感染的临床特征也相似。     

2010－2020年江西省腹泻儿童人星状病毒感染情况及基因型分析

  目的  了解2010—2020年江西省腹泻儿童人星状病毒的感染情况以及病毒基因型。  方法  收集2010—2020年江西省儿童医院15岁以下腹泻儿童的粪便标本,使用实时荧光定量反转录聚合酶链式反应进行人星状病毒核酸检测,对人星状病毒核酸阳性的标本采用反转录聚合酶链式反应对ORF2基因部分区域扩增并进行序列测定分析。  结果  2010—2020年共采集粪便标本2 403份,检出人星状病毒核酸的标本72份,总阳性率为3.00%,5岁以下年龄组的阳性率为3.03%,2岁以下年龄组的感染者占比为84.72%;人星状病毒在同年11月至次年3月的检出率较高;基因测序获得47条病毒ORF2区序列,经比对分析,其中基因1型38条,基因2型1条,基因4型3条,基因5型1条,基因6型4条。  结论  人星状病毒是引起2岁以下儿童腹泻的重要病原体,2010—2020年江西省流行的星状病毒主要为基因1型,2010年亦存在基因6型的流行。     

新型人冠状病毒NL63在急性呼吸道感染婴幼儿中的检出及鉴定

目的了解深圳和汕头地区婴幼儿急性呼吸道感染病原体中新型人冠状病毒NL63(HCoV NL63)的存在状况,初步探讨其流行规律及其所致疾病的临床特征。方法收集急性呼吸道感染婴幼儿呼吸道分泌物标本690份。应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术检测HCoV-NL63的1b基因,筛选出的阳性标本再进行HCoV-NL63的1a基因检测,未检测出HCoV-NL631a基因的阳性标本再进行核苷酸测序鉴定。同时,在所有HCoV-NL63阳性标本中检测流感病毒A、B型,副流感病毒1、3型,呼吸道合胞病毒、鼻病毒、人偏肺病毒、腺病毒和人博卡病毒。结果 690份标本中,共检出HCoV-NL63阳性7份,阳性率为1.0%(7/690),均为单一病毒感染。7份HCoV-NL63阳性产物的核苷酸序列同源性为86.0%～97.4%,分属两种不同的基因簇。婴幼儿感染者可表现为上呼吸道或下呼吸道感染症状;感染高峰期在夏、秋季节,以10月感染率最高(3.8%)。结论深圳、汕头地区婴幼儿急性呼吸道感染病原体中存在HCoV-NL63。     

深圳汕头地区呼吸道感染患儿人偏肺病毒的检出及病原学初步研究

目的：了解人偏肺病毒（hMPV）在深圳汕头地区的感染情况及临床特征。方法收集2010年10月～2012年6月呼吸道感染住院患儿及健康体检儿童鼻咽抽吸物及咽拭子标本共1217例,采用 RT-PCR方法对其进行 hMPV基因筛查,随机选取5份扩增阳性产物进行核酸测序,将所得序列与 GenBank中的序列进行比较和进化树分析。同时,对阳性标本的临床资料进行分析。结果1137份感染患儿标本中检测到hMPV 51份（阳性率4.49％）,2,3,4月为发病高峰,感染患儿主要在3岁以下,占检出率的80.4％,5份阳性标本基因序列与 GenBank 中公布的多株 hMPV N 基因同源性达80.8％～98.4％。进化树分析显示分属于两个不同的基因进化族。51例阳性患儿临床症状均表现为发热、咳嗽、喘息,临床诊断主要为支气管肺炎24例,喘息型肺炎17例,毛细支气管炎9例,上呼吸道感染1例。80例健康体检儿童的呼吸道标本均未检测到 hMPV特异基因片段。结论 hMPV是引起深圳汕头地区3岁以下儿童呼吸道感染的重要病原体之一,并有一定的季节性,其感染无特异的临床表现。流行的 hMPV株存在两种不同基因型。     

2016年浙江省湖州市急性胃肠炎病例诺如病毒感染状况及其基因型别特征

目的 调查浙江省湖州市急性胃肠炎病例诺如病毒的感染状况、基因型别及其动态变化趋势。方法 于2016年采集湖州市食源性疾病主动监测哨点医院的急性胃肠炎病例粪便标本。采用特异性引物探针,应用real-time RT-PCR对标本进行诺如病毒核酸检测。同时对阳性标本衣壳蛋白基因片段进行扩增和测序,结合在线分型工具和序列系统进化分析诺如病毒基因型别。结果 501份急性胃肠炎患者粪便标本检出诺如病毒阳性101份,阳性率20.16%,以GⅡ基因组为主（86.14%）;男性检出率为20.75%（50/241）,女性检出率为19.54%（51/260）,差异无统计学意义。不同年龄段病例均检出诺如病毒,5岁儿童检出率最高。诺如病毒感染全年均有发生,但6-9月呈低流行状态。2016年湖州市流行的诺如病毒基因型别多样,包括GⅡ.17、GⅡ.4 Sydney_2012、GⅡ.3、GⅡ.13、GⅠ.6、GⅡ.2、GⅡ.6、GⅠ.7共8种基因型别。GⅡ.17和GⅡ.4 Sydney_2012呈月份交替流行。结论 湖州市急性胃肠炎病例诺如病毒基因型别多样,且呈交替流行现象,应进一步加强监测各型别诺如病毒在本地的流行范围及型别分布变化情况。     

深圳地区急性上吸呼道感染住院患儿人偏肺病毒感染现状及基因分析

目的了解深圳地区急性上呼吸道感染(acute upper respiratory tract infection,AURTI)住院患儿人偏肺病毒(human metapneumovirus,hMPV)的感染现状及hMPV优势亚型的流行情况。方法收集2015年6月～2016年6月在深圳市龙华区人民医院和福田人民医院因ALRTI住院的患儿鼻咽吸取物或咽拭子标本1720份,同时收集同期健康儿童呼吸道标本6 0份,采用Qiagen One-step RT-PCR法对标本中的hMPV进行筛检,并随机选取6例hMPV阳性标本采用CEQ8800测序仪对扩增产物进行正反测序,采用BLAST软件将测序所得的基因序列与GenBank中的代表株进行序列比对分析。结果 1 720例AURTI住院患儿的鼻咽吸取物或咽拭子标本共检出hMPV阳性标本362例,阳性率为21.05%(362/1720),其中男童阳性率为10.06%(173/1720),女童阳性率为10.99%(189/1720),不同性别患儿阳性率的差异无统计学意义(χ~2=0.917,P0.05),而健康儿童hMPV全为阴性;1岁组AURTI住院患儿hMPV感染阳性率为3 1.4 6%,明显高于其他组,差异有统计学意义(χ~2=6.105～11.97 3,P(0.05～0.01);1～3月AURTI住院患儿感染hMPV阳性率最高为4 9.7 4%,明显高于其他月份,差异有统计学意义(χ~2=7.927～1 5.038,P0.05～0.01);6株hMPV阳性毒株的病毒核苷酸与代表株同源性为91.0%～100.0%;6株hMPV阳性毒株分别属于A2b和B1及B2亚型。结论 hMPV是引起深圳地区AURTI住院患儿感染的主要病原之一,好发于冬春季节和1岁以下儿童,且同时存在A和B两个基因型流行。     

江西省水痘-带状疱疹病毒基因特征研究

目的了解江西省2010至2013年流行的水痘-带状疱疹病毒的基因型别。方法选取2010年至2013年南昌市的水痘-带状疱疹临床诊断病例,采集疱疹液和(或)咽拭子标本,提取水痘病毒DNA,对病毒基因组的ORF22区及ORF68区进行扩增、测序和分析,将测序结果与Gene Bank的VZV参考株的基因序列进行比较。结果采集到的84份标本中共有55份检测到水痘-带状疱疹病毒核酸;ORF22区的测序结果经与水痘带状疱疹病毒J基因型的代表株p-Oka株及水痘疫苗代表株v-Oka株的基因序列进行对比,发现6个关键位点完全相同;对ORF68区的测序结果进行比对并未发现任何突变。结论江西省2010-2013年流行性的水痘-带状疱疹病毒均为J基因型。     

江西省2011年-2015年呼吸道感染儿童人博卡病毒感染分析

目的 了解近几年人博卡病毒在江西省呼吸道感染儿童中的流行情况.方法 采集2011年8月至2015年12月1508例江西省呼吸道感染儿童的咽拭子或支气管灌洗液样本,利用RT-PCR对博卡病毒进行检测.结果 1508例患儿呼吸道标本中86例患儿被检测出博卡病毒阳性,阳性率为5.70%.小于等于1岁的儿童的阳性率最高,且男性患儿的阳性率大于女性患儿.主要流行时间为5-8月.HBoV感染与其他呼吸道病毒混合感染率达到了60.47%.结论 HBoV是引起江西省儿童呼吸道感染的主要病原体之一,多发于低龄,男性患儿,以夏季高发.且与其他呼吸道病毒有较高的混合感染率.     

儿童急性下呼吸道感染病毒感染的检测与分析

目的研究分析儿童急性下呼吸道感染病毒病原的构成特点。方法收集临床162例确诊急性下呼吸道感染病例的肺泡灌洗液,用试剂盒法进行病毒核酸提取和检测。结果162例急性下呼吸道感染病例中病毒感染阳性病例119例,阳性率73．5％。119例阳性病例中检出：流行性感冒病毒（IFV）3例、呼吸道合胞病毒（RSV）22例、腺病毒（ADV）4例、副流感病毒（PIV）46例、偏肺病毒（hMPV）17例、冠状病毒（COV）6例、博卡病毒（HBoV）20例。其中混合性感染47例,占29％,两种病毒混合感染38例,三种病毒混合感染8例,四种病毒混合感染1例。结论病毒是儿童急性下呼吸道感染的重要感染原因,患儿感染呈混合性感染趋势,两种病毒感染情况最多见。     

深圳地区儿童呼吸道感染人类偏肺病毒检出及鉴定

目的 应用呼吸道感染常见病毒快速筛查技术检测人类偏肺病毒(human metapneumovirus,hMPV),并对检出的hMPV进行分子生物学鉴定.方法 采用Luminex 100多功能悬浮点阵检测技术和多重PCR技术同时筛查检测呼吸道合胞病毒、流感病毒、人类偏肺病毒等7种病毒、11个亚型.人类偏肺病毒的鉴定采用hMPV核蛋白基因特异性片段PCR扩增、核酸测序,并进行进化树分析.结果 47份临床标本共筛查出病毒19株,检出率40.2%(19/47),其中呼吸道合胞病毒8份、占检出病毒的42.1%(8/19),流感病毒7份(占36.8%),副流感病毒、鼻病毒、柯萨奇病毒、人类偏肺病毒各1份(占5.3%).检出的这例人类偏肺病毒为深圳地区首例,经hMPV核蛋白基因特异性片段核酸序列分析,其与hMPV日本株、北京株、泰国株的同源性＞98%.进化树分析表明深圳株的病毒核蛋白基因与北京株、日本株、泰国株等在同一基因进化簇中.结论 人类偏肺病毒可能是儿童呼吸道感染的主要病毒之一,应引起临床的重视.多功能悬浮点阵和多重PCR技术对病毒感染件疾病的快速筛查具有实用价值,尤其在解决流行病病原学分析方面具有重要意义.     

自贡市第四人民医院2016~2019年呼吸道感染患者常见病毒感染分析

目的分析自贡市第四人民医院2016~2019年呼吸道感染患者,了解病毒在人群中的感染情况及流行特点。方法对自贡市第四人民医院经临床确诊为呼吸道感染患者8299例,采集鼻咽生物标本,采用免疫荧光法,检测七项呼吸道病毒,统计分析病毒在不同情况下人群中的感染情况及流行特点。结果自贡市第四人民医院2016~2019年呼吸道感染患者检出病毒的总阳性率为28.39%,以流感病毒A型、合胞病毒、流感病毒B型为主;感染类型以单个病毒感染为主,两种或两种以上病毒感染仅为1.59%,混合感染以合胞病毒合并其他种类病毒为主;秋、冬季是呼吸道病毒感染的高发季节,0~6岁儿童为主要感染群体,病毒感染在性别方面没有明显差异。结论通过分析呼吸道病毒在不同年龄、年份、季节以及不同性别人员中流行病学特征,有利于知晓不同病毒在该区域的流行感染特点,便于制定预防措施,为诊断治疗提供有效帮助。     

2016-2018年江苏省无锡市儿童呼吸道合胞病毒流行病学特征及G基因变异分析

目的 分析2016年1月至2018年12月江苏省无锡市儿童中呼吸道合胞病毒（RSV）感染的流行特征及RSV-G基因变异情况,为江苏省无锡市RSV预防控制提供科学数据。方法 采集2016—2018年江苏省无锡市儿童医院的急性上呼吸道感染样本,使用实时荧光定量聚合酶链式反应技术对采集的样本进行RSV检测,使用双重荧光聚合酶链式反应方法明确A/B亚型,选取部分阳性样本进行G基因测序,比对测序结果与已知的RSV基因序列,确定基因型别和分析G基因的变异情况。结果 2016—2018年RSV总体检出率为9.01%(281/3 120),RSV A亚型为4.07%(127/3 120),RSV B亚型为4.87%(152/3 120),A、B亚型混合感染仅2例。婴幼儿检出率最高为10.77%(196/1820)。每年11月至次年2月占比（69.97%,191/281）远高于其他月份。2016年1月至2017年4月以B亚型为主,2017年9月至2018年12月以A亚型为主。RSV A亚型有1种基因型：ON1,RSV B亚型有1种基因型：BA10。RSV A亚型核苷酸同源性为95.70%～99.00%,...     

江西省2010年-2014年呼吸道感染腺病毒基因特征分析

目的 了解2010年至2014年江西省儿科呼吸道感染患儿中腺病毒的感染状况及其基因特征.方法 2010年至2014年,共采集呼吸道感染患儿的标本2645份,分别进行了7种常见呼吸道病毒的核酸检测,核酸阳性标本进行病毒分离培养获得毒株.设计可以扩增所有腺病毒基因组Hexon基因片段、feiber基因片段的引物,毒株进行扩增,PCR的产物直接进行测序,测序结果与GenBank的已知型别的序列进行比对,确定腺病毒的型别.结果 在2645份呼吸道标本中,核酸检测腺病毒的阳性标本数为259份,阳性率9.79%,对259份核酸阳性标本进行病毒分离,得到46份毒株,病毒分离率为17.76%.46份标本进行PCR、测序、序列比对分析得知:1型ADV为7例,占15.22%,2型ADV为14例,占30.43%,3型ADV为8例,占17.39%,5型ADV为7例,占15.22%,6型ADV为1例,占2.17%,7型ADV为9例,占19.57%.结论 2010年至2014年,南昌地区的腺病毒感染以2型、3型、7型为主,1型、5型、6型比较少见,暂时未发现新的型别引起的感染.     

江西省呼吸道感染儿童人博卡病毒基因特征分析

目的了解近几年江西省呼吸道感染儿童中人博卡病毒的基因特征和变异情况。方法挑取2011年8月至2015年12月采集的江西省呼吸道感染儿童的人博卡病毒阳性样本,利用RT-PCR对人博卡病毒全基因进行测序,利用DNAStar和Mega对序列进行拼接分析。结果共得到22株人博卡病毒全基因组序列,全都属于HBoV 1型病毒,且Ⅰa簇,Ⅰb簇,Ⅱ组均有流行。毒株间以及与标准株ST2和ST1间的核酸同源性非常高,为97.6%~100%。蛋白质总共有12处氨基酸发生了变异。结论引起江西省儿童呼吸道感染的HBoV较为稳定,未发生明显的变异,但仍应该关注个别位点的变异是否会对病毒感染性及致病性产生影响。     

人肠道病毒D68型在儿童急性呼吸道感染中的临床特征与分子生物学特征分析

目的 了解人肠病毒D68 (EV-D68)在儿童急性呼吸道感染(acute respiratory tract infection,ARTI)中的临床特征及分子流行病学特征. 方法 采集2014年3月至2016年3月年深圳市妇幼保健院住院及门诊年龄1月至14岁符合急性呼吸道感染(ARTI)患儿共13 472份咽拭子分泌物,使用EV通用核酸试剂盒进行肠道病毒检测,EV病毒通用核酸阳性标本通过RT-PCR扩增并测序分型. 结果 在13 472份鼻咽部拭子标本中,EV阳性病例1 222例,阳性率为9.10％,EV-D68感染患儿7例,阳性率0.05％,其VP1扩增序列分离的5株D68均与进化簇1病毒序列具有高同源性,2例与进化簇2有高同源性. 结论 EV-D68可能是急性呼吸道感染的一种新的主要病原体,感染高峰季节可能在秋冬季节,以急性下呼吸道感染(acute lower respiratory tract infections,ALRTI)为主要表现.     

徐州地区急性呼吸道感染患者中人偏肺病毒的检测

目的在本实验室建立一种敏感有效的人偏肺病毒(hMPV)的检测方法、了解徐州地区急性呼吸道患者中人偏肺病毒hMPV的感染情况,分析徐州地区hMPV感染人群的流行病学特点及hMPV感染的临床特征,为hMPV的研究提供一些依据。方法在医院呼吸科门诊就诊的急性呼吸道疾病患者(RTI)中采集咽拭标本,用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)检测hMPV的核蛋白N基因,并对扩增产物进行基因序列的测定后将之与GemBank的hMPV的全序列进行比对。结果2005年1月至2005年3月的75份标本用RT-PCR的方法检测后,确定有12份标本为N基因阳性,检出率为16.0%,扩增产物均经基因序列分析比对。结论徐州地区的急性呼吸系统疾病中存在hMPV感染,且在徐州地区急性呼吸系统疾病中约有16.0%的患者是由hMPV感染引起,其中6岁以下儿童占50%,这些hMPV感染患者的临床症状主要表现为:高烧、咳嗽。     

青岛地区无偿献血者乙型肝炎病毒感染血清学和病毒特征分析

目的 分析青岛地区无偿献血者乙型肝炎病毒感染的血清学及病毒学特征.方法 采用常规的血清学试验和核酸扩增技术对本地区315 520份无偿献血者标本进行联合筛查,对HBsAg-/HBV DNA+标本进行高精度病毒载量检测和补充乙肝5项检测,采用PCR直接测序法获得标本中HBsAg编码基因即S基因序列,分析病毒基因型别及氨基...     

人偏肺病毒亚克隆的构建与鉴定

目的 从临床标本中扩增人偏肺病毒(hMPV)基因片段进行亚克隆,为进一步全面深入地研究人偏肺病毒奠定基础.方法 根据GenBank中已知的hMPV全基因序列设计引物.收集呼吸道感染住院患儿鼻咽抽吸物697例,提取病毒核酸,运用长片段RT-PCR技术扩增目的片段,切割含目的条带的凝胶进行纯化,并将目的片段连接到PJET1.2/blunt克隆载体,转化感受态细胞TOP10,经含氨苄青霉素的抗生素平板筛选,得到阳性克隆,提取质粒,最后对重组质粒进行PCR鉴定和测序鉴定.结果 随机选取5例所获的阳性条带经PCR和测序鉴定,证实确为hMPV基因片段.结论 成功构建了hMPV基因组亚克隆,可用于后续的实验研究.     

2016年浙江省急性胃肠炎患者诺如病毒的分子流行病学特征分析

摘要：目的：探讨2016年浙江省急性胃肠炎患者中诺如病毒的流行病学和基因特征。 方法：收集2016年1月至12月共1 308份急性胃肠炎患者的临床流行病学资料和粪便标本,用一步法双重荧光RT-PCR技术检测诺如病毒GⅠ和GⅡ型,用分层抽样抽取阳性标本核酸进行普通RT-PCR扩增,并对扩增产物进行测序分析。 结果：诺如病毒阳性率为10.55%（138/1 308）,其中GⅠ型12例,GⅡ型118例,GⅠ/GⅡ型混合感染8例。诺如病毒在不同年龄组的阳性率随患者年龄上升而下降,以≥60岁组最低;不同性别组间的阳性率差异无统计学意义;诺如病毒感染全年分布,其中12月阳性率达到顶峰,为37.50%。测序结果显示GⅠ的基因亚型主要是GⅠ.6;GⅡ的基因亚型以GⅡ.4与GⅡ.17为主,分别占40.91%（18/44）和34.09%（15/44）。 结论：诺如病毒是引起2016年浙江省急性胃肠炎的重要病原体,且GⅡ.4和GⅡ.17是主要的基因亚型。     

荧光定量PCR方法检测儿童下呼吸道感染的人博卡病毒

目的建立并应用检测儿童下呼吸道感染病人博卡病毒的荧光定量PCR方法。方法选择人博卡病毒的NS1基因作为目标基因,设计荧光定量PCR引物和检测探针,以重组质粒为标准品建立标准曲线,从而建立特异性检测人博卡病毒的荧光定量PCR方法,并对该方法的特异性、灵敏度、重复性进行评价;应用该方法对下呼吸道感染患儿的痰或吸痰、咽拭子及血清标本进行定量检测。结果本研究以人博卡病毒NS1基因中85bp的特异性保守片段为目标基因建立荧光定量PCR检测方法,质粒标准曲线的相关系数为0.999,灵敏度可达到50拷贝;应用该方法对下呼吸道感染患儿的痰或吸痰、咽拭子和血清标本进行定量检测,在176例痰或吸痰标本中检测到7例阳性标本,阳性率达到3.98%(7/176),另64例咽拭子标本中未检测到阳性标本,总阳性率为2.92%(7/240),240例血清标本均未检测到阳性标本。结论建立的荧光定量PCR方法可以特异、快速、灵敏地对儿童下呼吸道感染的人博卡病毒进行定量检测。痰或吸痰标本较咽拭子或血清标本更适用于人博卡病毒感染的核酸检测。