基于网络药理学探讨温胆汤治疗高血压分子机制

目的运用网络药理学探讨温胆汤治疗高血压的分子机制。方法通过TCMSP和中医药整合药理学研究平台(TCMIP)筛选温胆汤的潜在活性成分和作用靶点,通过药物靶标数据库(TTD)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、GeneCards数据库收集高血压疾病靶点,STRING数据库进行蛋白相互作用分析,采用Cytoscape v3.7.1构建网络,再用ClueGO进行GO功能和KEGG通路富集分析,最后以适合的分子和靶点进行分子对接。结果共筛选出温胆汤141个潜在活性成分和108个潜在治疗靶点;通过cytoHubba中MCC算法筛选出排位前20的核心靶点,GO分析包含164条显著性条目,包括生物过程133条、分子功能24条、细胞定位7条。KEGG通路富集筛选出7条枢纽通路,且活性成分与靶点间对接良好。结论温胆汤可通过多途径、多靶点治疗高血压,可为其临床应用提供数据。     

基于网络药理学探讨水蛭防治股骨头坏死的作用机制

目的基于网络药理学探讨水蛭防治股骨头坏死(ONFH)的潜在作用机制。方法应用中药综合数据库(TCMID)及BATMAN-TCM分析工具筛选出单味中药水蛭的活性成分及作用靶点,检索与疾病靶点有关的数据库GeneCadrs、TTD、OMIM筛选ONFH的作用靶点,进而筛选水蛭与ONFH的交集核心靶点,并运用Cytoscape 3.7.1软件构建化合物-靶点-疾病网络,基于DAVID数据库对靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析。结果基于BATMAN-TCM分析工具预测得出水蛭防治ONFH的活性成分13个和交集靶点28个;GO功能富集分析得到条目153个,其中生物过程条目117个、细胞组成条目10个、分子功能条目26个;KEGG通路富集分析得出条目35个,主要包括PPAR信号通路、TNF信号通路、AMPK信号通路、NF-κB信号通路、TLR信号通路等。结论基于网络药理学初步探讨并验证了水蛭防治ONFH多成分-多靶点-多通路的整体调节作用特点,预测了水蛭防治ONFH的潜在作用机制,以期为其活性成分研究与实验研究提供科学依据。     

基于网络药理学探讨肾衰饮治疗糖尿病肾病的作用机制

目的:根据网络药理学方法对肾衰饮治疗糖尿病肾病(DKD)的作用机制进行探讨。方法:利用中药分子机制生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)、中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对肾衰饮中有效成分进行筛选及靶点预测,检索GeneCards、TTD、DisGeNET数据库筛选DKD靶点,利用韦恩图在线平台筛选肾衰饮治疗DKD交集靶点,借助网络拓扑分析插件CytoNCA筛选五苓散治疗DKD核心靶点,使用Cytoscape 3.7.1建立化合物-疾病-靶点调控网络,基于DAVID数据库对核心靶点进行GO功能富集和KEGG信号通路富集分析。结果:基于BATMAN-TCM、TCMSP得到肾衰饮的178个有效成分和280个潜在靶点,筛选获得与DKD疾病发生、发展相关的靶点2 699个,借助网络拓扑分析插件CytoNCA筛选肾衰饮治疗DKD核心靶点31个,GO功能富集分析得到条目346个,其中生物过程条目278个、分子功能条目44个、细胞组成条目24个,主要包括氧化应激、脂质反应、生长因子受体结合、细胞因子受体结合、转录因子结合、血小板α颗粒等功能途径;KEGG信号通路富集分析得出条目101个,主要包括AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路、FoxO信号通路、MAPK信号通路等通路途径。结论:基于网络药理学初步探讨并验证了肾衰饮治疗DKD多成分、多靶点、多通路的整体调节作用特点,预测了肾衰饮治疗DKD的潜在作用机制,以期为其活性成分研究与实验研究提供科学依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨虎杖-金钱草药对治疗肝癌作用机制

目的：通过网络药理学及分子对接方法探究虎杖-金钱草药对治疗肝癌的作用机制。方法：以TCMSP、TCMIP、BATMAN-TCM、HERB、GeneCards、OMIM、DisGeNET、TTD数据库为来源,获取虎杖及金钱草的活性成分、作用靶点及肝癌疾病靶点。使用STRING数据库和Cytoscaape软件对共同靶点绘制蛋白质相互作用网络（PPI）获取核心靶点。应用DAVID数据库进行GO功能富集分析与KEGG通路富集分析。应用Cytoscape构建“药物-活性成分-靶点-疾病-信号通路”网络。最后运用AutoDock Tools、PyMOL进行分子对接验证。结果：经过筛选得到“虎杖-金钱草”治疗肝癌的潜在核心靶点17个。GO功能分析得到663条结果,KEGG通路富集分析主要涉及癌症通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等139条通路。分子对接结果显示,虎杖-金钱草主要活性成分与关键潜在作用靶点Akt1、Src、EGFR、HSP90AA1和ErbB2均能自发结合且具有较好的亲和力。结论：虎杖-金钱草可能结合多个成分和靶点,调控多条通路发挥靶向治疗肝癌的作用。     

基于网络药理学探讨心衰合剂治疗心力衰竭的分子机制

目的 基于网络药理学探讨心衰合剂治疗心力衰竭的分子作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集心衰合剂中药物的活性成分并筛选出相对应的靶点;通过GeneCards、DrugBank、OMIM、PharmGKB及TTD数据库获取心力衰竭疾病靶点;通过R语言4.04软件获得候选治疗靶点,通过Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-有效成分-疾病靶点”网络,通过基因间功能关联关系数据库(STRING)对侯选治疗靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用PPI(网络)分析,再利用Cytoscape的CytoHubba插件筛选得到核心治疗靶点;通过R语言4.04软件对候选治疗靶点进行基因本体(GO)功能富集分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;最后使用Vina 1.1.2软件分析核心治疗靶点与其对应的药物活性成分进行分子对接。结果 共得到心衰合剂活性成分216个、潜在作用靶点284个,心力衰竭靶点11 215个,候选治疗靶点255个,并筛选得到7个关键成分,核心治疗靶点15个,GO功能富集分析条目2874个,KEGG通路富集分析通路175条。心衰合剂治疗心力衰...     

基于网络药理学与分子对接的蒲公英抗乳腺癌的机制研究

[目的]基于网络药理学和分子对接法研究蒲公英抗乳腺癌的作用机制,以期为其临床抗乳腺癌机制的阐明提供参考。[方法]通过Batman-TCM、TCMID、TCMSP和CancerHSP数据库筛选蒲公英有效成分及其作用靶点,运用Cytoscape软件构建蒲公英有效成分与其靶点的互作网络;通过GeneCards、OMIM、TTD、DisGeNET、Pharmgkb、Malacards数据库筛选乳腺癌疾病靶点;通过STRING构建蛋白互作网络（PPI）,并通过DAVID数据库对核心靶点进行GO功能注释和KEGG通路富集分析;通过Pymol软件和AntoDock软件预测结合能力。[结果]通过4个成分靶点数据库和6个疾病数据库共筛选到10个蒲公英潜在有效成分和136个作用靶点,1 856个乳腺癌疾病靶点,41个潜在靶点基因;PPI网络中得到10个蒲公英治疗乳腺癌的关键靶点,经过GO和KEGG分析后得到53条GO分析结果和12条KEGG通路,GO分析结果表明蒲公英抗乳腺癌可能与RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录起始过程、核染色质、DNA结合等过程相关;KEGG分析结果表明蒲公英抗乳腺癌可能涉及癌症通路、含血清...     

基于网络药理学探究补肾活血汤治疗股骨头坏死的作用机制

目的:采用网络药理学方法筛选补肾活血汤治疗股骨头坏死的作用靶点,明确其作用机制。方法:通过中药系统药理数据库(TCMSP)检索补肾活血汤11味中药的所有化学成分并筛选作用靶点;通过GeneCards、CTD、OMIM等数据库查询股骨头坏死的疾病靶点;利用R语言筛选药物和疾病的核心靶点,进而构建靶点的相互作用网络图;基于DAVID数据库对靶点进行GO通路富集分析和KEGG通路富集分析。结果:以口服利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18作为化合物分子筛选条件,共筛选出补肾活血汤162个活性成分和1244个相应靶点蛋白,其中与股骨头坏死261个疾病相关靶点相交的核心靶点为21个。GO通路富集分析共得到826条结果,其中生物过程741条,细胞组成20条,分子功能65条。KEGG通路富集分析共得到23条通路,经进一步筛选,得到在治疗股骨头坏死中发挥潜在作用的3条通路,分别为癌症蛋白多糖通路、甲状腺激素信号通路、癌症相关通路。结论:补肾活血汤治疗股骨头坏死具有多成分、多靶点、整体调节的特点,其作用机制可能是通过抑制炎症、氧化应激等促进成骨。     

基于网络药理学及分子对接探讨六味地黄汤治疗原发性干燥综合征的作用机制

目的 探讨六味地黄汤治疗原发性干燥综合征(primary sjogren’s syndrome, pSS)的作用机制。方法 使用公共数据库平台TCMSP、GeneCards、DrugBank、PHARMGKB、OMIM和TTD对六味地黄汤组成药物的活性成分、作用靶点及PSS的疾病靶标进行检索,将药物成分靶点与疾病靶标取交集得到六味地黄汤治疗pSS的潜在靶点;使用STRING 11.5数据库获得六味地黄汤治疗PSS的蛋白互作网络(PPI),并通过Cytoscape 3.7.2软件分析得到核心靶点;通过基因本体(GO)富集分析、基因组百科全书(KEGG)通路富集分析筛选差异生物过程及靶点通路;使用Auto Dock 1.5.6及Pymol 2.2.0软件进行分子对接,验证核心靶点与活性成分之间的亲和力。结果 筛选得到六味地黄汤的药物活性成分74个,作用靶点184个,PSS疾病相关靶点1161个,药物-疾病交集靶点69个。数据分析显示,六味地黄汤的主要活性成分包括槲皮素、山柰酚、豆甾醇、海风藤酮和薯蓣皂苷元,六味地黄汤治疗pSS的8个核心靶点包括AKT1、CASP3、JUN、MMP9、NFK...     

基于网络药理学探讨雷公藤多苷治疗桥本病的潜在作用机制

目的 探讨雷公藤多苷治疗桥本病的潜在作用机制。方法 利用TCMSP数据库、文献挖掘获得雷公藤多苷活性成分,PharmMapper数据库预测活性成分靶点,GeneCards、OMIM数据库获得桥本病相关靶点,利用Venn在线工具筛选两者的交集基因,STRING平台构建蛋白相互作用(PPI)网络,DAVID数据库对交集基因进行GO功能、KEGG通路富集分析,构建活性成分-靶点-通路网络。最后通过分子对接工具SYBYL X2.0进行分子对接。结果 筛选出雷公藤多苷活性成分30种,成分靶点82个,疾病靶点1 373个,交集靶点38个,GO分析8个条目,KEGG分析46条通路,成分-靶点网络的重要靶点与成分-桥本病靶点-通路网络的重要靶点的交集是CASP3、EGFR、MAPK1、MAPK8,雷公藤弗定B1是唯一与4个靶点均有关联的化合物。分子对接结果显示,雷公藤弗定B1与交集靶点结合良好。结论 雷公藤多苷中多种活性成分通过调控NF-κB、MAPK、PI3K/Akt等信号通路作用于介导细胞凋亡的CASP3、EGFR等多个靶点来治疗桥本病。     

基于网络药理学探讨三物黄芩汤治疗乳腺癌分子机制

目的：基于网络药理学探讨三物黄芩汤治疗乳腺癌的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选三物黄芩汤有效活性成分及潜在靶点,在Genecard、OMIM和TTD数据库中寻找乳腺癌相关靶点基因,取三物黄芩汤靶点基因与乳腺癌相关靶点基因共同靶点。通过Cytoscape 3.5.0软件构建“三物黄芩汤活性成分-潜在靶点-乳腺癌”网络图。运用String数据库构建构建蛋白质互作（PPI）网络图。对潜在靶点基因进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路分析。结果：TCMSP数据库筛选得到三物黄芩汤有效活性成分83个,主要包括有木犀草素、槲皮素、菜豆素、汉黄芩素、黄芩素、黄芩苷以及地黄多糖等。与乳腺癌相关潜在作用靶基因99个,KEGG富集通路分析主要包括脂质-动脉粥样硬化信号通路、化学致癌作用-受体激活通路、PI3K/Akt信号通路以及IL-17信号通路等。结论：三物黄芩汤具有多活性成分,能通过多靶点、多通路发挥乳腺癌治疗作用。     

基于网络药理学探讨徐长卿-紫草-地肤子治疗湿疹的作用机制

目的 通过网络药理学探讨徐长卿-紫草-地肤子治疗湿疹的有效成分及作用机制.方法 首先,利用TCMSP平台检索徐长卿、紫草、地肤子的化学成分和作用靶点,在DrugBank、OMIM、GeneCards和TTD四个数据库筛选出治疗湿疹的靶标;其次,通过Uniprot数据库对靶点进行基因注释,利用Venny 2.1在线工具获...     

基于网络药理学和分子对接探讨疏风止痉方治疗耐药性癫痫的作用机制

[目的] 探讨疏风止痉方治疗耐药性癫痫的作用机制。[方法] 在中药系统药理数据库（TCMSP）筛选疏风止痉方12味中药活性成分,并预测作用靶点;运用GeneCards、OMIM数据库获取耐药性癫痫相关基因,获得DRE相关靶点;利用R4.0.0语言筛选药物和疾病的交集靶点,借助String数据库构建靶点蛋白互作网络;通过Cytoscape 3.7.2软件构建中药-化学成分-疾病靶点网络;使用R语言进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,利用Cytoscape软件构建KEGG关系网络;最后通过AutoDock Vina对重要化合物作分子对接验证。[结果] 得到潜在作用靶点165个,筛选出槲皮素、木犀草素、山柰酚、汉黄芩素、柚皮素5个主要化学成分,7个核心靶点PT－GS2、HSP90AA1、ESR1、AR、MAPK1、AKT1、MAPK3,基因富集分析得到2 584条GO功能条目和171条KEGG通路。分子对接结果表明疏风止痉方中主要活性成分与核心作用靶点具有良好的结合活性。[结论] 该研究初步揭示了疏风止痉方治疗耐药性癫痫的作用机制,主要是通过抗病毒、抑制炎症、神经保护等作用起到协同增效作用,为临床合理应用提供了理论依据。     

基于网络药理学探讨桂芍配伍治疗骨关节炎的作用机制

目的运用网络药理学技术研究“桂枝—白芍”药对治疗骨关节炎的主要活性成分和靶点,进而探讨桂芍治疗骨关节炎的潜在作用机制。方法通过检测网络数据库平台(TTD、DrugBank和GeneCards)数据库构建骨关节炎疾病靶点;通过检测TCMSP、HIT数据库筛选桂枝—白芍药对活性成分及靶点。利用Cytoscape3.7.2软件构建活性成分—靶点网络图,并对靶点进行KEGG及GO富集分析。结果从“桂枝—白芍”药对中共筛选出17个有效成分,与骨关节炎相关作用靶点40个,KEGG与GO富集分析显示“桂枝—白芍”药对主要与癌症、免疫、炎症以及细胞衰老、凋亡等信号通路有关。结论本研究利用网络药理学的方法,初步揭示了“桂枝—白芍”药对对于骨关节炎的主要活性成分、治疗靶点及相关信号通路,为进一步深入研究其作用机制提供了参考。     

基于网络药理学分析柴胡加龙骨牡蛎汤治疗不寐的作用机制

[目的]基于网络药理学技术探讨柴胡加龙骨牡蛎汤治疗不寐的作用机制.[方法]采用中药系统药理学分析平台(TCMSP),根据OB≥30％,DL≥0.18以及BATMAN数据库,查找柴胡加龙骨牡蛎汤方中的有效成分,通过Swiss Target Prediction平台进行靶点的预测分析,筛选潜在靶点;通过检索OMIM数据库、...     

基于网络药理学探讨星蒌承气汤治疗急性脑梗死的作用机制

目的：基于网络药理学探讨星蒌承气汤治疗急性脑梗死的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）结合文献检索获取星蒌承气汤有效药物成分;在Swiss Target Prediction数据库预测药物成分相关靶点;利用在线人类孟德尔遗传（OMIM）数据库、GeneCards数据库获取急性脑梗死疾病相关靶点;绘制韦恩图得到星蒌承气汤治疗急性脑梗死的潜在作用靶点;采用String数据库、Cytoscape 3.8.0软件构建潜在作用靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络、药物-成分-疾病-靶点网络;使用DAVID 6.8数据库对潜在作用靶点进行基因本体（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果：通过TCMSP结合相关文献检索共获得星蒌承气汤药物有效成分47个,包括芹菜素、香叶木素、胆酸等;得到星蒌承气汤治疗急性脑梗死潜在作用靶点85个,包括STAT3、ESR1、CCNB1等;共获得GO富集分析功能条目225条,包括生物过程（BP）132条,细胞组分（CC）34条,分子功能（MF）59条;KEGG信号通路共20条,主要包括花生四烯酸代谢、胆汁分泌、cAMP信号通路等。结论：基于网络药理学,从分子层面阐释了星蒌承气汤治疗急性脑梗死的机制可能为抑制氧化应激、抗炎、调节能量代谢、抗凋亡等,为后续实验研究、新药研发提供了线索和依据。     

基于网络药理学的中药复方知柏地黄丸治疗代谢综合征的机制研究

目的:应用网络药理学的研究方法挖掘中药复方知柏地黄丸治疗代谢综合征的物质基础及其作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库检索中药复方知柏地黄丸中八味中药的主要活性成分,并进行靶点预测。通过OMIM、TTD、DisGeNET数据库检索代谢综合征的相关靶点,将中药靶点与疾病靶点取交集得到共同作用靶点。应用STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,通过Cytoscape软件对其进行拓扑学分析筛选出核心靶点。最后,基于Metascape软件并进行GO-BP生物功能富集和KEGG通路分析。结果:经数据库分析中药复方知柏地黄丸中含有活性化合物74个,作用靶点906个,其中290个为与代谢综合征共有靶点;通过对共有靶点的拓扑分析,筛选出核心靶点78个,GO-BP生物功能富集以及KEGG通路分析发现,其可通过循环系统、G蛋白偶联受体信号通路、脂多糖调节、调控血压、脂质代谢调节等多种生物学功能以及血管内皮生长因子信号通路、钙信号通路、ErbB信号通路等多条代谢通路发挥其治疗作用。结论:中药复方知柏地黄丸可通过过氧化物酶体增殖激活受体(PPAR)、转录激活因子-3(STAT3)、磷脂酰肌醇激酶(PIK3)等靶点经过循环系统、G蛋白偶联受体信号通路、与环状核苷酸第二信使偶联以及VEGF信号通路、钙信号通路、ErbB信号通路等代谢通路发挥治疗代谢综合征的作用,为其临床和基础研究提供新的科学依据。     

血府逐瘀汤治疗子宫内膜异位症的网络药理学研究

目的以网络药理学方法探讨血府逐瘀汤治疗子宫内膜异位症可能的作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)获取血府逐瘀汤各中药的主要活性成分,再利用Swiss Target Prediction数据库获取与主要活性成分相关性位于前15位的作用靶点。借助GeneCards筛选治疗子宫内膜异位症潜在的作用靶点,用Cytoscape 3.6.0软件建构血府逐瘀汤活性成分-子宫内膜异位症靶点-通路网络图;使用STRING数据库建构靶蛋白相互作用网络,用Cytoscape 3.6.0软件构建蛋白质相互作用网络图,根据Degree值筛选出前5位的靶蛋白,采用Systems Dock Web Site预测筛选出的靶蛋白与活性成分的结合活性。最后,利用g:profiler数据库对关键靶点进行KEGG通路富集分析和GO基因富集分析。结果从血府逐瘀汤中筛选出主要活性成分164个,与子宫内膜异位症相关的作用靶点105个,血府逐瘀汤治疗子宫内膜异位症主要涉及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、雌激素信号转导通路等。结论血府逐瘀汤可作用于子宫内膜异位症的多个靶点,参与多条信号通路的调控,可为其药理机制研究提供新的方向。     

基于网络药理学探讨玄参-麦冬药对治疗焦虑症作用机制

目的 应用网络药理学方法探讨玄参-麦冬药对治疗焦虑症的作用机制,为临床应用玄参-麦冬药对提供依据。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和中医药整合药理学研究平台（TCMIP）收集玄参、麦冬的化学成分,结合TCMSP、SwissADME数据库及文献筛选活性成分,利用Swiss TargetPrediction数据库预测活性成分作用靶点;通过OMIM、GeneCards、DrugBank数据库获取焦虑症的相关靶点,与活性成分作用靶点取交集;利用STRING数据库建立活性成分-疾病共同靶点蛋白相互作用（PPI）网络,采用Cytoscape3.8软件对PPI网络进行MCODE聚类分析,得出关键靶点;利用DAVID6.8数据库对活性成分-疾病共同靶点进行GO和KEGG富集分析,通过活性成分-靶点-通路网络筛选核心活性成分,用分子对接模拟核心活性成分与关键靶点的结合强度。结果 共筛选出玄参-麦冬药对37个活性成分,潜在靶点471个,焦虑症相关靶点753个,活性成分-疾病共同靶点42个,对其PPI网络进行MCODE聚类分析得到4种类簇,筛选出关键靶点14个。GO和KEGG富集分析显...