基于网络药理学研究女贞子-淫羊藿药对活性成分抗骨质疏松的分子机制

目的基于网络药理学探讨女贞子-淫羊藿中活性成分,通过筛选抗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的活性靶点,完成“活性成分-靶点-通路”的图解,阐述女贞子-淫羊藿联合应用的分子调控机制及其配伍的科学性。方法女贞子和淫羊藿的活性成分使用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)进行筛查,采用维恩图对其进行筛查,OP的活性靶点运用疾病靶点数据库进行筛选,将以上数据导入网络可视化软件Cytoscape 3.7.1进行整理,对有效靶点可以使用KEGG数据库进行信号通路富集分析。结果女贞子、淫羊藿活性成分根据药物相似性(DL)和口服生物利用度(OB)值检索出潜在活性成分共33个,及其相对应的227个潜在作用靶点;检索疾病靶点数据库得出与OP密切相关的靶点190个;KEGG通路富集分析,治疗OP的关键通路主要为破骨细胞分化通路、癌症途径等12条信号通路。结论女贞子-淫羊藿配伍的多成分在治疗OP方面具有多靶点、多通路的中医药特点。     

基于网络药理学探究当归补血汤治疗骨质疏松症的分子作用机制

目的基于系统网络药理学方法探讨当归补血汤治疗骨质疏松(OP)的分子作用机制。方法通过TCMSP平台筛选当归补血汤主要化学成分、对应靶点及靶标基因,借助Gene Cards数据库获取OP已知的相关靶点,将药物靶基因映射到疾病靶基因获得当归补血汤作用于OP的预测靶点;利用Cytoscape 3.5.1软件构建有效活性化合物-疾病靶点网络图以及STRING数据库绘制PPI网络,最后借用R 3.6.3软件进行关键蛋白分析,GO功能分析和KEGG通路富集分析。结果获得当归补血汤有效活性化学成分共17个,关键成分7个,药物作用于疾病的交集靶点130个,关键靶点30个; GO功能分析揭示当归补血汤治疗OP涉及生物功能主要有核受体活性、配体转录因子活性、调控序列特异性DNA结合、类固醇激素受体活性、细胞因子受体结合、细胞因子活性等; KEGG富集结果显示与糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、乙型肝炎、前列腺癌、TNF信号通路等密切相关。结论本研究体现当归补血汤能通过多成分、多靶点、多通路作用于OP,可能与其发挥抗氧化作用和雌激素样作用有关,可为下一步实验验证提供理论基础。     

基于网络药理学和分子对接挖掘黑骨藤治疗强直性脊柱炎的作用机制

目的：运用网络药理学技术研究黑骨藤治疗强直性脊柱炎的作用机制。方法：通过检索文献和TCMSP数据库获取黑骨藤的活性成分信息。疾病靶点基因由DISGENET数据库和GeneCards数据库获得,通过瑞士目标预测数据库预测药物成分靶点,借助cytoscape软件构建“中药-化合物-靶点”网络,使用STRING在线平台下载靶点相互作用数据,构建PPI蛋白相互作用网络,挖掘核心靶点;运用DAVID平台对所预测核心靶点网络中的蛋白进行GO功能富集分析、KEGG通路富集分析。最后将筛选出的主要活性成分与核心靶点在pymol、autotool等软件下完成分子对接。结果：筛选出黑骨藤12个有效成分及422个药物靶点,与强直性脊柱炎交集靶点71个,其主要成分有异丙基二烯酚、汉黄芩素、山奈酚等,核心靶点是STAT3、MAPK1、MAPK14、JAK2、JAK1等。GO功能和KEGG通路分析获得主要通路：参与生长激素信号通路JAK-STAT级联反应、JAK-STAT级联、STAT蛋白的酪氨酸磷酸化、Th17细胞分化、Th1和Th2细胞分化等。分子对接显示,成分与靶点都可有效结合,汉黄芩素与JAK1结构最优。...     

肉苁蓉治疗慢性肾脏病和骨质疏松症的潜在双效成分及作用机制

目的 运用网络药理学和分子对接技术探讨肉苁蓉治疗慢性肾脏病合并骨质疏松症(CKD-OP)的潜在双效成分及作用机制。方法 通过多个数据库和文献检索筛选出肉苁蓉的活性成分及其对应靶点与慢性肾脏病(chronic kidney disease，CKD)和骨质疏松症(osteoporosis，OP)疾病相关靶点的交集，于STRING数据库构建PPI网络，经CytoHubba插件筛选核心靶点后在DAVID数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析，于Cytoscape构建活性成分-核心靶点-信号通路网络后获得关键成分、关键靶点和关键信号通路，最后在AutoDockTools进行分子对接验证。结果 得到肉苁蓉治疗CKD-OP关键成分3个(槲皮素、β-谷甾醇、红景天苷)，关键靶点6个(TNF、AKT1、MAPK1、JUN、RELA和PTGS2)，关键信号通路3条(TNF 、NF-κB 和Oxytocin 信号通路)。结论 初步揭示肉苁蓉通过“多成分-多靶点-多途径”的特点治疗CKD-OP的潜在分子药理机制，为中药现代化和CKD-OP的治疗提供了理论依据和思路。     

基于网络药理学的济生肾气丸治疗骨质疏松症的分子机制研究

目的应用网络药理学分析技术研究济生肾气丸治疗骨质疏松症(OP)的分子作用机制。方法通过TCMSP数据库查询并筛选出济生肾气丸全方共10味中药的活性成分及有效靶点;检索Comparative Toxicogenomics Database (CTD)、Gene Cards、Online Mendelian Inheritance in Man(OMIM)三大疾病靶点数据库查询骨质疏松症相关靶点;利用Venny 2.1统计复方与疾病的交集靶点,并绘制Venn图。利用Cytoscape 3.6软件,绘制活性成分-交集靶点网络图。将交集靶点导入String数据库后获得的数据经Cytoscape的Cyto Hubba插件构建蛋白互作网络图。通过DAVID数据库进行基因功能GO分析和KEGG通路富集分析,并利用R-studio软件进行气泡图绘制。利用Cytoscape绘制核心靶点与KEGG通路的网络图。结果济生肾气丸中共得到63个活性成分,预测出211个相关靶点;经过三大数据库共检索出OP相关靶点3 126个;复方与疾病交集靶点132个。通过Cytoscape构建交集基因蛋白互作网络图与核心靶点-通路网络图,按照连接节点(degree)大小排列显示济生肾气丸主要通过作用于AKT1、MAPK1、IL6、MAPK8、JUN、VEGFA等靶基因及调控肿瘤坏死因子信号通路、白细胞介素17信号通路、AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化信号通路等发挥治疗OP的作用。结论济生肾气丸治疗OP具有多成分、多靶点、多系统的特点,其作用机制可能通过抑制破骨细胞的生成、刺激成骨细胞的活性、调节骨代谢平衡、降低炎症反应等途径有关。     

基于网络药理学对龟甲抗骨质疏松的作用机制研究

目的 运用网络药理学探讨龟甲治疗骨质疏松（osteoporosis,OP）的作用机制。方法 通过中药系统药理学成分分析平台（BATMAN-TCM）数据库及文献获得龟甲活性化合物,再通过TTD、Drugbank 、DisGeNET、OMIM数据库获取OP疾病相关靶点,取二者交集得到龟甲-OP疾病靶点。采用在线分析工具Metascape对龟甲治疗骨质疏松靶基因进行基因本体论（gene ontology,GO）及京都基因与基因组百科全书（kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析。结果 获得龟甲成分共40个（氨基酸类、脂肪酸类、酯类、甾醇类、其他类）,龟甲-OP疾病交集靶点15个（UGT2B17、PTGS2、SLC22A6、SLC22A10、PTGER2、SRC、COMT、TNF 、ESR1、CYP19A1、ESR2、AR、PGR、ITGB3、FPDS）。龟甲活性化合物关键靶点的KEGG富集分析表明其主要与神经活性配体-受体相互作用、氨酰- tRNA生物合成、谷氨酸能突触等信号通路相关。龟甲抗骨质疏松靶基因GO富集分析表明其主要与对类固醇激素的反应、上皮细胞增殖的调控、脂质定位的调节等相关,KEGG通路富集结果解释15个基因主要与类固醇激素生物合成、甲状腺素信号途径、癌症的途径信号通路相关。结论 龟甲治疗OP的作用机制呈多靶点、多途径的特性,不仅影响骨代谢相关途径,还可影响体内多种代谢途径。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨益气养阴汤治疗甲状腺癌术后的作用机制

目的：利用网络药理学和分子对接技术探讨益气养阴汤治疗甲状腺癌术后的作用机制。方法：通过本草组鉴（HERB）数据库检索益气养阴汤10味药物化学成分,通过PubChem、SwissADNE筛选药物活性成分,Swiss target prediction预测活性成分作用靶点。在Gene Cards、OMIM、DisGeNET、Drug Bank数据库检索获得甲状腺癌术后的疾病靶点。Venny2.1.0平台获得药物与疾病的交集靶点,使用String数据库构建交集靶点蛋白互作网络,并导入Cytoscape3.9.1筛选得到核心靶点蛋白;借助Cytoscape3.9.1构建药物-活性成分-靶点网络图,并获取关键活性成分;使用Metascape数据库进行GO和KEGG富集分析;对关键靶点和关键成分进行分子对接验证。结果：得到益气养阴汤活性成分157种,预测活性成分作用靶点507个,甲状腺癌术后相关疾病靶点1817个,药物活性成分—疾病交集靶点154个。PPI分析得到SRC、HSP90AA1、PIK3R1、PIK3CA、AKT1为关键靶点基因,槲皮素、山柰酚、木犀草素为关键活性成分,分子对接显示关键靶...     

基于网络药理学的穿心莲抗骨质疏松的分子机制研究

目的 基于网络药理学研究方法挖掘穿心莲的活性成分和预测其治疗骨质疏松症的靶点，探究其抗骨质疏松症的分子机制。方法 在TCMSP数据库筛选穿心莲的活性化合物，通过PharmMapper反向对接获得药物作用预测靶点。从GeneCrads和CTD数据库搜索疾病靶点，建立药物-疾病靶标交互作用网络，筛选出穿心莲抗骨质疏松的特异性靶点，富集分析其信号通路。结果 检索到49种穿心莲的活性化合物，筛选出入血活性成分21种。获得206个药物作用预测靶点和与骨质疏松症发生发展相关的691个疾病靶点，通过药物-疾病靶标交互作用网络筛选出36个关键基因。富集分析结果显示穿心莲直接参与骨质疏松症发生发展的信号通路有Adherens junction、MAPK等。它还间接通过神经营养蛋白、VEGF、ErbB、Toll样受体、胰岛素等信号通路调节骨代谢。结论 穿心莲具有治疗骨质疏松症的药物潜能，其作用机制主要通过多靶点和多通路参与骨平衡的调控。     

骨康方君臣佐使药治疗骨质疏松药理机制探讨

目的 基于网络药理学分析骨康方中药治疗骨质疏松(OP)的具体作用机制及其作用靶点、通路的异同。方法 首先通过数据库以及文献检索分别筛选出骨康方中君臣佐使各药的主要活性成分及其作用靶点;同时利用网络数据库得到OP相关的靶点;通过Venny 2.1分别筛选出君臣佐使-OP的交集靶点;然后通过STRING和Cytoscape软件分别构建骨康方中君臣佐使-OP交集靶点的蛋白相互作用(PPI)网络并筛选出关键靶点;最后通过DAVID数据库分别对君臣佐使-OP的关键靶点进行KEGG通路分析,并使用Venny 2.1对KEGG结果进行交集。结果 经交集筛选后获得君臣佐使-OP的关键靶点,其中君药有6个、臣药有30个、佐药有31个和使药有30个,KEGG通路富集结果显示有9条君臣佐使各药关键靶点的共同通路、7条君药所特有的通路、2条臣药特有通路和1条使药特有通路,而佐药无特有的通路。结论 骨康方中君臣佐使各药有共同的调节通路,可能通过MAPK通路治疗OP,同时也有各自特殊的调节机制,发挥独特作用。     

芪骨胶囊治疗绝经后骨质疏松症的分子机制

目的运用网络药理学的方法探究芪骨胶囊治疗绝经后骨质疏松症(postmenopausal osteoporosis,PMOP)的活性成分与潜在分子机制。方法从BATMAN-TCM数据库中获取芪骨胶囊的主要活性成分及其对应的靶点,在Gene Cards数据库和GEO数据库中筛选PMOP疾病靶点,将药物靶点与疾病靶点取交集,运用Cytoscape软件构建"药物-成分-靶点"网络图,同时将交集靶点导入String在线软件构建蛋白互作网络,筛选出核心靶点进行GO(gene ontology)生物过程及KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析。结果筛选获得67个活性成分,核心活性成分包括24-羟基-11-脱氧甘草次酸、菊油环酮、β-谷甾醇、γ-谷甾醇等;获得交集靶点共57个,其中核心靶点有胰岛素(INS)、白介素-6(IL-6)、胰岛素样生长因子-1(IGF-1)等。核心靶点GO生物过程和KEGG通路富集分析结果显示,GO生物过程主要涉及女性怀孕、多细胞生物过程等,KEGG通路主要涉及雌激素信号通路、卵巢甾体生成、流体剪切应力与动脉粥样硬化、白细胞介素17信号通路等。结论对于芪骨胶囊治疗PMOP的作用机制可能与菊花、黄芪、肉苁蓉中的主要成分如α-蒎烯、菊油环酮、β-谷甾醇等有关,并可能通过雌激素、白细胞介素等信号通路作用于人体INS、IL-6、IGF-1等靶点发挥疗效。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨夏枯草治疗甲状腺癌的作用机制

目的 运用网络药理学联合分子对接技术分析夏枯草治疗甲状腺癌的分子机制。方法 利用TCMSP数据库预测夏枯草的主要活性成分,并用TCMSP和PubChem数据库获取所有活性成分对应靶点;通过GeneCards及OMIM数据库收集甲状腺治疗甲状腺癌的靶点。利用STRING数据库获取蛋白间的相互作用信息,并通过R语言进行拓扑学分析及可视化。利用R包clusterProfiler对上述取得的药物和疾病的交集靶点进行GO和KEGG pathway分析。利用Cytoscape 3.7.2构建活性成分-靶点-疾病网络,并进行拓扑学分析,得到核心化合物,用分子对接对核心靶点和化合物进行验证。结果 槲皮素、木犀草素、山奈酚、谷甾醇可能是夏枯草治疗甲状腺癌的核心成分,AKTI、VEGFA、CASP3、MYC、JUN、MAPK8、IL6、EGFR、MAPK1、EGF可能是治疗的重要靶点。结论 夏枯草治疗甲状腺癌体现了多成分、多靶点、多通路的特点,为夏枯草有效成分的筛选及进一步研究提供了理论基础。     

羌活-独活治疗膝骨关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学筛选羌活-独活的主要活性化学成分,查找其对应靶点,构建羌活-独活治疗膝骨关节炎(knee osteoarthritis,KOA)潜在靶点网络,探讨羌活-独活治疗膝骨关节炎的作用机制.方法 在中药系统药理数据库(TCMSP)中通过口服生物利用度和药物相似性筛选羌活-独活的主要活性成分;再通过GeneC...     

基于网络药理学探讨六君安胃方减少结肠癌化疗期间消化道不良反应的作用机制研究

目的 通过网络药理学方法探讨六君安胃方减少结肠癌化疗期间消化道不良反应的作用机制.方法 通过检索中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)对六君安胃方中六味中药的化...     

基于网络药理学探讨二仙汤治疗骨质疏松症作用机制

目的基于网络药理学探讨二仙汤治疗骨质疏松症作用机制。方法借助TCMSP和Uniprot数据库筛选二仙汤活性成分和作用靶标;通过TTD、Genecards、OMIM、DisGeNET在线数据库搜索骨质疏松症基因;运用Cytoscape3.7.0软件构建“二仙汤药物-活性成分-交集靶标基因”网络图;使用STRING数据库构建PPI网络并基于CytoHubba插件中的MCC算法筛选获得关键基因;运用g:Profiler对关键基因进行GO分析和KEGG通路富集分析,并使用Omicshare工具绘制高级气泡图,使用R软件绘制通路机制图。结果二仙汤活性成分有104种,二仙汤作用靶标与骨质疏松症基因的交集靶标基因有145个,基于MCC算法得到关键基因50个。GO分析结果显示,生物途径主要包括信号转导、生物过程的阳性调节等;细胞组分包括胞内细胞器腔、核浆等;分子功能主要包括酶结合、信号受体结合等。KEGG富集通路结果显示关键基因主要富集在PI3K-Akt、MAPK、NF-kB、TNF、Wnt、雌激素等信号通路。结论二仙汤中的淫羊藿苷、槲皮素、山柰酚等活性成分可能通过PI3K-Akt、MAPK、NF-kB、TNF、Wnt、雌激素等信号通路,作用于JUN、TNF-α、IL6、AR等多个关键基因,起到调节骨代谢,促进成骨细胞生成和抑制破骨细胞分化,治疗骨质疏松症的目的。     

基于系统药理学和分子对接探讨青娥丸治疗绝经后骨质疏松症的作用机制

目的从分子层面探讨青娥丸治疗绝经后骨质疏松症的作用机制,并探索青娥丸的潜在治疗靶点。方法利用TCMSP及BATMAN-TCM数据库筛选青娥丸的化合物成分,随后在PharmMapper数据库进行潜在靶点识别。通过Gene Cards、PubMed及CTD数据库,检索绝经后骨质疏松症的相关靶点。而后使用David软件对青娥丸作用于绝经后骨质疏松症的关键靶点进行GO富集及KEGG通路富集分析,运用Bio GPS数据库对关键靶点进行器官定位,利用i GEMDOCK软件进行分子对接分析。结果通过网络药理学方法分析青娥丸的4味中药,发现其有效化学成分32个,对应100个作用靶点;通过GO分析,45个关键靶点富集出150个生物学过程、28个细胞组成及38个分子功能;通过KEGG分析得出关键靶点显著富集的信号通路有36条;通过Bio GPS软件进行器官定位分析,发现靶点富集于肺、肝、心、肾和卵巢等5个关键器官;通过分子对接分析发现关键靶点CYP3A4与主要化合物hirsutin_qt有较高结合度。结论青娥丸具有多成分、多靶点的作用特点,并通过参与多种生物过程,调控多条信号通路,调节多个组织器官以干预绝经后骨质疏松症发挥其药理疗效。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨六味地黄丸抗骨质疏松症的机制研究

目的基于网络药理学及分子对接方法探讨六味地黄丸在治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)过程中的有效成分及作用机制。方法通过TCMSP数据库获得六味地黄丸组方的药物有效成分及其预测靶点;利用疾病数据库筛选骨质疏松症相关疾病作用靶点;将获得的关键靶点上传至STRING数据库完成PPI网络分析;利用DAVID数据库完成关键靶点的富集分析;通过Auto Dock Vina等软件完成化学有效药物成分与关键靶点的分析对接验证。结果共获得六味地黄丸组方化学有效成分69个、药物靶点蛋白128个及药物与骨质疏松症共同相关靶点81个;获得了IL6、TP53、VEGFA、TNF、JUN、MAPK1、EGF、EGFR、ESR1、CAT等PPI网络中的关键靶点。富集分析结果显示,其通过参与细胞增殖与凋亡过程、药物代谢、雌激素反应调节与细胞抗缺氧、抗衰老等生物学进程,调控TNF、药物代谢过程、HIF-1、VEGF、雌激素调节等信号通路,参与骨质疏松症的治疗过程;分子对接结果显示,调控网络中的关键靶点与相关有效成分之间具有较高的结合活性。结论借助生物信息学手段和分子对接技术,初步揭示了六味地黄丸抗骨质疏松症的作用机制,为后续进一步的机制研究及实验验证提供了目标与思路。     

基于网络药理学探讨青娥丸治疗绝经后骨质疏松症的作用机制

目的运用网络药理学的方法探讨青娥丸治疗PMO可能的分子作用机制。方法运用TCMSP、ETCM、SymMap数据库及文献挖掘获取青娥丸主要活性成分,通过SwissTargetPrediction平台进行成分靶标预测;经GeneCards、OMIM和DisGeNET数据库获取PMO相关靶点,与成分靶点取交集,获得青娥丸治疗PMO的潜在作用靶点;应用Cytoscape软件构建青娥丸治疗PMO的中药-活性成分-交集靶点网络图,使用String数据库及Cytoscape软件对交集靶点进行蛋白质相互作用网络分析,依据节点度值筛选关键靶点;通过DAVID平台对关键靶点进行GO和KEGG富集分析,以探究青娥丸治疗PMO的分子作用机制。结果筛选出青娥丸活性成分40个,包括飞燕草素、槲皮素、山奈酚等核心成分;青娥丸治疗PMO的潜在作用靶点178个;对交集靶点进行蛋白质互相作用网络分析获取关键靶点68个,包括MAPK1、AKT1、PIK3CA、JAK2等核心靶点;关键靶点基因的GO及KEGG富集分析显示:关键靶标主要在质膜、膜筏、细胞核等位置发挥作用,通过一氧化氮生物合成过程的正调控、信号转导、蛋白质磷酸化等生物过程,发挥激酶活性、与蛋白质结合、与蛋白激酶结合等功能。关键靶点主要通过参与癌症通路、PI3K-Akt信号通路、HIF-1信号通路、以及雌激素、催乳素、甲状腺素类信号通路对PMO进行调控。结论青娥丸中飞燕草素、槲皮素、山奈酚等核心成分,可能通过参与PI3K-Akt、HIF-1、雌激素、催乳素等信号通路,作用于MAPK1、AKT1、PIK3CA、JAK2等基因靶点,调节骨代谢,治疗PMO。     

二仙汤防治骨质疏松症的网络药理学研究

目的通过网络药理学分析二仙汤防治骨质疏松症(osteoporosis,OP)的关键靶点,探讨二仙汤防治OP的可能机制及信号通路。方法检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),筛选二仙汤的入血活性成分并预测其作用靶点;利用基因表达数据库(GEO)获取GSE56116基因芯片原始数据,分析二仙汤的治疗靶点;从疾病相关数据库检索已知OP致病基因;通过STRING和Cytoscape软件映射获得二仙汤治疗OP的关键靶点,建立关键靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并进行KEGG和GO富集分析揭示其可能的作用机制。结果通过检索TCMSP获得符合筛选标准的二仙汤活性成分84个,21个活性成分预测出145个作用靶点;通过R语言对基因芯片进行分析筛选出84个可能致病靶点,通过疾病相关数据平台获得691个OP相关致病靶点,利用STRING和Cytoscape构建PPI网络筛选出40个关键作用靶点和9个核心作用靶点。KEGG和GO分析结果显示,二仙汤治疗OP的关键靶点主要富集在RNA聚合酶II启动子对转录的正向调节、一氧化氮合酶等生物学进程,主要富集的信号通路为TNF信号通路、低氧诱导因子1信号通路和雌激素信号通路等。结论通过网络药理学方法阐释二仙汤可能通过TNF信号通路和HIF-1信号通路治疗OP,本研究为揭开中药复方治疗疾病的作用机制提供了科学的方法。