2013年克拉玛依市手足口病EV71型VP1基因特征分析

目的掌握2013年克拉玛依市手足口病EV71 VP1基因特征。方法 real-time PCR方法筛选手足口病患者中EV71阳性病例,RT-PCR方法扩增VP1基因片段,结合已知亚型利用Mega软件分析测序结果。结果 59例样本中由肠道病毒引起53例,阳性率为89.8%,其中EV71 36例(67.9%)、CA16 10例(18.9%)、非EV71非CA16的其他肠道病毒7例(13.2%)。男性、女性中各病原阳性率差异无统计学意义(χ2=3.1504,P=0.207)。12株测序毒株全部为C4亚型,与C4亚型相比较基因距离为0.031~0.046,部分氨基酸序列存在变异,12例EV71至少可以划分为2个传播链,lineage 2较lineage 1序列差异较大。结论各病原对于不同性别人群侵袭力无差异,2013年克拉玛依市手足口病主要病原为EV71。克拉玛依市EV71全部是C4亚型,属于中国大陆广泛流行的基因亚型;lineage 1为2013年克拉玛依市流行的优势分支,分支内同源性较大。lineage 1将来是否继续成为克拉玛依市流行分支,需要对EV71进行连续性监测。     

长沙市2010年手足口病EV71型VP1区基因序列分析

目的了解2010年长沙市手足口病（hand-foot-mouth disease,HFMD）重症和普通病例肠道病毒71型（human Enterovirus 71,EV71）VP1区基因特征。方法收集12例HFMD重症和普通病例的咽拭子或肛拭子标本进行VP1区基因RT-PCR扩增和核苷酸序列测定,测序结果利用sequin软件提交至GenBank,Lasergene和Mega5软件对测序结果进行氨基酸比对分析和构建进化树。结果 12株EV71 VP1区基因序列在进化树上与C基因型中的C4a亚型代表株属同一分支,在核苷酸同源性分析中,12株EV71与C4a亚型代表株（3254-TAI-98）的同源性达到92.6%-93.3%,高于与A、B、C1、C2、C3、CVA16型或亚型代表株的同源性（分别为79.9%-80.7%、83.1%-84.0%、87.9%-88.7%、89.1%-89.8%8、7.8%-88.2%和57.3%-58.4%）;12株EV71病毒VP1之间的核苷酸有高度的同源性：同源性为98.1%-100.0%,高于与C4亚型代表株的同源性（92.6%-93.3%和91.8%-92.7%）。2010年分离自长沙的重症和普通病例与2008年分离自北京、深圳和阜阳的EV71病毒VP1基因序列之间的氨基酸变异位点少。结论 2010年长沙市流行的EV71型病毒属于C基因型中的C4亚型;12例HFMD重症和普通病例的EV71 VP1区基因序列差异较小;不同时间、不同地区和不同病例来源的EV71 VP1区氨基酸变异位点无关联。     

贵阳市2013—2015年手足口病患儿EV71病毒VP1、VP4基因特征分析

目的 分析贵州省贵阳市2013—2015年手足口病患儿肠道病毒 71 型(EV71)VP1和VP4基因特征,为手足口病疫苗的选用和临床诊治提供参考依据。方法 采集2013年8月—2015年4月在贵阳市第五人民医院就诊的120例手足口病轻症患儿鼻咽拭子和(或)粪便标本进行EV71病毒 VP1和VP4 全序列的逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增和测序,并与美国国立生物技术信息中心公布的 EV71 A、B、C基因型代表株进行系统进化分析,根据进化分析结果对此2个片段随机抽取20例与其他地区相同基因型进行氨基酸位点变异分析。结果 所有样本病毒株均为C4基因亚型,与2008年北京、上海、安徽以及2011年深圳分离株成簇,20例EV71病毒株在VP1和VP4氨基酸位点变异与以上城市流行毒株相比,其中12例样本EV7的VP1片段氨基酸序列293位丙氨酸(A)变异为丝氨酸(S),其余位点均只有1例样本发生A26T、N31D、N282S突变,而VP4片段只有1个样本发生K52R突变。结论 贵阳市2013—2015年手足口病患儿的EV71流行株均属C基因型的C4亚型,VP1片段常见A293S、A26T、N31D 和N282S突变,VP4片段偶有K52R突变。     

我国部分省市手足口病EV71 VP1基因特征分析

摘要:目的　分析我国部分省市手足口病EV71 VP1基因特征。方法　对从NCBI 上获得我国部分省市和本实验室来源的VP1 基因序列99株进行分析,采用MEGA软件构建系统进化树,计算相同或不同基因型及基因亚型毒株的核苷酸与氨基酸的相似性。结果　研究序列中C4亚型占96.0%,A亚型（3.0%）和B5亚型（1.0%）较少;A亚型毒株氨基酸变异为非同义突变;部分毒株发生氨基酸突变位点与病毒致病力相关;南方株相对北方株基因序列变异较大,东部株相对中部和西部株基因序列变异较大。结论　我国EV71以C4亚型为主;南方株较北方株、东部株较中西部株基因序列变异较大可能与我国气候、交通和人口流动有关;我国A亚型毒株非同义突变及2011年分离自浙江的KF358275突变位点增多是否会引起新的流行需加强后续监测。     

2010一2011年湖南省郴州市手足口病EV71型VP1区基因序列分析

目的了解2010-2011年湖南省郴州市手足口病EV71病毒的基因特征,为手足口病的预防控制提供科学依据。方法从2010-2011年郴州市各县（市、区）送检的手足口病肛拭子标本中随机挑选60份标本采用RD细胞进行病毒分离,采用Realtime—RT—PCR方法检测肠道病毒核酸,挑选14株致细胞病变阳性且EV71核酸检测阳性的标本（其中2010年的4株均为郴州市手足口流行夏季高峰期分离株,2011年的毒株主要为冬季高峰期分离株）,采用RT—PCR法扩增出EV71分离株的VP1区片段,随后进行VP1区核苷酸序列测定和分析,并使用生物信息学方法作基因特性分析。结果郴州市14株EV71毒株在生物进化树上与CAa亚型的代表株属同一分支。14株EV71毒株之间核苷酸序列的同源性在96．1％～100．0％之间,氨基酸序列的同源性在99．3％～100．0％之间;与A、B、C各基因型和亚型代表株EV71VP1编码区核苷酸和氨基酸序列同源性分析表明,郴州各分离株与安徽阜阳2008年毒株C4a亚型代表株（EU703812）的同源性最高,其中核苷酸同源性在91．8％-93．3％之间,氨基酸同源性均为99．3％。14株分离株与安徽阜阳2008年毒株（C4a亚型代表株）VP1区段的氨基酸编码序列进行比较,发现K98E、S283T和A293S3处位点变异,重症病例与普通病例的EV71病毒VPI氨基酸变异无明显差异。结论2010-2011年郴州市手足口病的优势毒株EV71属于C4a基因亚型。郴州市各县（市、区）的EV71亲缘关系近,毒株基因较稳定,未发现氨基酸突变位点与病例类型有关联。     

2010-2013年江苏省泰州市非EV71和非CoxA16型手足口病肠道病毒病原谱及CoxA6VP1基因特征分析

肠道病毒（EV）71型和柯萨奇病毒（Cox）A16型是导致手足口病的主要病毒,也有部分非EV71和非Cox A16型病毒导致手足口病,针对这部分病毒的研究较少。本研究对泰州市各监测哨点医院诊断为手足口病患儿的1509份临床咽拭子和肛拭子混合标本进行研究。     

浙江省杭州地区手足口病病原谱分析和肠道病毒71型VP1基因分析

[目的]分析杭州地区手足口病的病原谱构成,并对肠道病毒(EV)71型的VP1基因进行核苷酸和氨基酸的序列的比对分析,了解杭州地区EV71的基因特征。[方法]采集98份手足口病确诊病例的粪便标本,用EV71和柯萨奇病毒A组(CoxA)16型特异性引物进行逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)鉴定,并选择6例EV71检测结果阳性的标本进行病毒分离并进行VP1基因的特异性扩增并进行测序,结合EV71各亚型的代表株构建系统进化树,并对VP1蛋白的氨基酸序列进行分析。[结果]通过RT-PCR特异性检测,发现EV71阳性结果22份,阳性率为22.4%;CoxA16阳性结果27份,阳性率为27.6%。测序结果表明6株EV71之间的VP1基因核苷酸同源性为92.2%～98.5%,氨基酸同源性为99.0%～100%。通过与各代表亚型进行核苷酸同源性比较后发现此次分离得到的EV71病毒都属于C4亚型。6株EV71与部分亚型代表株间在BCloop区域的氨基酸序列存在着差别,而SP70区域的氨基酸序列则完全一致。[结论]在手足口病患者中,由EV71感染引起的比例越来越大;此外,此次在杭州地区分离的EV71病毒都属于C基因型的C4亚型,尚没有证据说明此次在杭州地区分离的6株EV71毒株的毒力有增强。     

福建省2013-2014年EV71病毒VP1遗传特征分析

目的 开展肠道病毒71型(EV71)基因变异监测,为EV71型传染病防治提供依据.方法 对福建省2013-2014年手足口监测标本进行病毒分离和鉴定.选取34株(每年各17株)各地市具有代表性EV71型分离株进行VP1基因测序,对所得序列进行比对,构建进化树,并分析氨基酸变异情况.结果 34株EV71型分离株均为C4a亚型,VP1区的核苷酸和氨基酸同源性分别为93.3％～99.8％和98.3％～100％,2013与2014年毒株VP1基因未见明显变异.分离株的氨基酸同源性比较,共有22株在6个位点的氨基酸发生突变.结论 福建地区2013-2014年流行的EV71毒株基因型仍为C4a亚型,但序列进化和氨基酸变异分析提示,福建省存在不同的EV71传播链,应持续给予关注.     

2008年-2010年哈尔滨市哨点医院手足口病病原学检测结果及EV71 VP1基因特征分析

目的:了解哈尔滨市手足口病病原分布情况及基因特征,为哈尔滨市手足口病的预防控制工作提供参考。方法:收集哈尔滨市哨点医院的手足口病例样本,采用RT-PCR或real-time PCR方法进行病原核酸检测,病毒核酸阳性标本进行RD细胞培养分离病毒,将分离到的EV71采用RT-PCR的方法进行VP1区全基因扩增并测序,应用DNA Man和DNA Star软件序列整理分析。结果:2008年156份临床标本中EV71 59份,CA16 4份;2009年625份临床标本中EV71146份,CA16 82份,未分型别肠道病毒4份;2010年725份临床标本中EV71 202份,CA16 13份,未分型别肠道病毒36份。结论:通过基因比对2008年-2010年哈尔滨市EV71病毒感染手足口流行型别是EV71 C4亚型,未发现变异。     

2016-2017年盐城地区手足口病病原谱构成及EV71型肠道病毒VP1基因特征

目的 了解2016-2017年盐城地区手足口病肠道病毒病原谱分布情况,并对鉴定为EV71型肠道病毒VP1基因进行分子进化特征分析。方法 通过实时荧光RT-PCR方法对2016-2017年盐城市疑似手足口病咽肛拭子标本进行肠道病毒阳性标本的筛选,对非EV71非CVA16其他肠道病毒进行分子分型,RT-PCR扩增EV71型肠道病毒VP1基因片段并测序,采用相应的生物信息软件进行核苷酸及氨基酸序列比对及基因种系进化特征分析。结果 2016-2017年盐城市手足口病原主要以其他肠道病毒为主,EV71和CVA16仍占有一定比例。共有12个基因型肠道病毒的流行,分别为EV71、CVA16、CVA2、CVA4 、CVA6、CVA8、CVA9、CVA10、ECHO3、ECH09、ECHO13、CVB4。其中,CVA6型为绝对优势流行株。遗传进化树显示,盐城地区EV71型代表株属于C4基因型C4a基因亚群的毒株,盐城代表株在C4a基因亚群进化谱中进化为两个主流分支。其中,盐城地区2016年8株代表株和2017年26株共34株处于较强传播链中。重症病例EV71型代表株在进化树呈散在性分布,没有单独聚集成簇。结论 2016-2017年盐城市手足病病原有多种基因型的肠道病毒同时流行,CVA6是优势病原体,EV71型属于C4基因型C4a基因亚群的毒株,EV71型肠道病毒仍是引起重症的主要型别。     

2010-2014年临沂市手足口病病例 EV71和CoxAl6病毒株流行病学特征比较

摘要:目的　比较2010-2014年临沂市手足口病实验室诊断病例中病原体为EV71和CoxAl6病毒株病例的流行病学特征。方法　从国家传染病报告信息管理系统获取2010-2014年临沂市手足口病资料,以此范围中实验室检验病原体结果为EV71和CoxAl6两种病毒株的病例为研究对象,对性别、年龄、职业、发病时间等分别进行分析比较。结果　（1）2010-2014年临沂市共报告手足口病实验室诊断病例2249例,其中病毒株为EV71的1013例,为CoxAl6的874例,分别占45.04%和38.86%。（2）病毒株为EV71和CoxAl6的病例的男女比例分别为2∶1和1.95∶1;年龄分布均以0～3岁为主,分别占87.59％和83.41％;职业分布以散居儿童为主,分别占92.08%和87.30%;发病时间方面,CoxAl6发病高峰期出现在4-7月,而EV71除3-7月出现的第一个发病高峰外,在10-11月份又出现了第二个小高峰;在重症病例病毒阳性率上,EV71和CoxAl6分别占66.95%和27.12%。结论　2010-2014年临沂市手足口病的发病率居高不下,主要病原体依然为EV71和CoxAl6,二者在性别、年龄、职业分布方面无明显差异,但在发病时间分布上却有所不同,CoxAl6呈明显的单峰分布,而EV71则出现两个发病高峰,另外EV71仍是重症病例的主要致病病毒。     

2013-2015年绵阳市手足口病流行特征及重症病例病原分析

目的 研究2013-2015年绵阳市手足口病(HFMD)的流行情况及重症病例病原学特点,为HFMD重点防控提供依据.方法 对2013-2015年绵阳市HFMD疫情资料进行描述性流行病学分析.结果 2013-2015年,绵阳市累计报告HFMD11 825例,发病率为74.4/10万,其中重症480例,死亡5例,2013-2014年总发病率及重症病例的发病率明显增加,2015年重症病例明显下降.男性重症HFMD的比例明显高于女性(X2=16.29,P＜0.05),发病年龄主要集中在1～3岁年龄组(68.75％).HFMD重症病例的发病高峰集中在4-6月,11-12月.重症病例病原以肠道病毒71型(EV 71)为主,占79.58％.结论 绵阳市HFMD尤其是重症病例的发病率明显下降,但仍呈周期性变化,需重点加强托幼机构及基层医院宣教、监测管理.     

2013-2015年上海市浦东新区手足口病流行情况及时空扫描分析

目的 了解上海市浦东新区2013-2015年手足口病的流行情况及其时空分布规律。方法 手足口病的发病数据来源于中国疾控传染病报告信息管理系统,街镇人口数来源于上海浦东统计年鉴,街镇的边界地图使用国家测绘局2015年版shp格式的地图数据。采用Excel 2010和SPSS 22整理分析数据,检验水准α取0.05。采用SaTScan 9.3进行时空聚集性扫描,使用ArcGIS 10.5将扫描结果进行可视化。结果 上海市浦东新区2013-2015年手足口病的发病率分别为188.17/10万、297.46/10万、200.95/10万;流行时间具有明显的“双峰性”特征,第一次峰值出现在6月,第二次在出现在9月至10月,第一次的峰值高于第二次;地域分布具有“南低北高”、“东西高中间低”的特点;男性发病人数占总人数的60.06%,年龄在4岁及以下的占85.18%,散居及托幼儿童占93.13%,流动人口占60.37%。单纯时间聚集出现在2014年4月20日至2014年7月17日期间;单纯空间聚集区共有11个,包括南半部2个、北半部9个;时空聚集区域有12个,包括2013年1个、2014年8个、2015年3个,其中北半部9个、南半部3个,发病率越低的地区出现时空聚集时发病的相对危险度就越大。结论 通过研究了解了浦东新区2013-2015年手足口病的流行特征,及其时空聚集区域分布,为今后本地区手足口病的防治提供了一定依据。     

洛阳市接种EV71疫苗后手足口病发病观察

目的了解EV71疫苗上市后洛阳市手足口病流行特征,评估EV71疫苗接种效果。方法对临床报告的手足口病人询问并核实疫苗接种信息,对接种疫苗者仍发病者进行流行病学调查。结果 2018年洛阳市共报告手足口病5 926例,接种疫苗后发病510例,占所有病例的8.61%。接种疫苗后发病者的地区、年龄、性别、重症等于总体无统计学差异。疫苗接种后发病的实验室诊断病例64例,其中EV71感染5例,占7.81%;疫苗来源于3个厂家,5例接种后仍感染EV71手足口病患儿临床表现轻微,无重症病例。结论接种EV71疫苗后手足口病流行特征无明显改变,需进一步推广应用,开展效果评价。     

手足口病患儿EV71的检测及分离鉴定

目的了解手足口病患儿感染EV71的情况,为科学防治疾病提供依据。方法采集手足口病患儿的咽拭子标本,接种于RD细胞,出现致细胞病变效应(CPE),运用RT-PCR方法,EV71引物检测样本和细胞培养物上清。结果标本直接用RT-PCR扩增,阳性率为30%(6/20),细胞培养后出现CPE的阳性率为45%(9/20),培养后经RT-PCR扩增阳性率为70%(14/20)。结论病毒分离和RT-PCR方法联合应用可以提高肠道病毒EV71的检出率,RT-PCR方法可以满足病毒流行期间同时处理大量样本的需要。     

2008年-2010年湖州市手足口病病原监测分析

目的:了解湖州市手足口病的感染情况,为制定预防和控制措施提供科学依据。方法:采用荧光定量RT-PCR方法,对2008年-2010年湖州市765份疑似手足口病感染者的疱疹液、咽拭子及粪便标本进行肠道病毒、肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型的核酸检测。结果:肠道病毒通用核酸阳性510例,阳性率为66.67%(510/765)。其中EV71阳性228例,阳性率为29.80%(228/765);Cox A16阳性134例,阳性率为17.52%(134/765);其他EV病毒阳性148例,阳性率为19.35%(148/765)。男女阳性率分别为67.46%(313/464)和65.44%(197/301)。5岁以下年龄组儿童阳性率为67.64%,是感染的主要人群。结论:EV71是引起湖州市儿童手足口病的主要病原,不同性别间EV、EV71及Cox A16的发病率无显著性差异。定期开展手足口病病原学监测,将有助于提出更好的预防和控制措施。