miR-197在肝细胞肝癌组织中的表达及临床意义

目的探讨microRNA-197(miR-197)在肝细胞肝癌(HCC)中的表达及临床意义。方法从癌症基因组图谱(TCGA)中提取有关HCC的miR-197基因表达谱和相关临床特征及预后信息,利用SPSS统计学软件分析miR-197在HCC癌组织和癌旁正常组织中的表达情况,分析miR-197与HCC患者临床特征及预后的相关性。结果 miR-197在HCC癌组织中的表达量低于癌旁正常组织,差异有统计学意义(P<0.05)。TNM分期与HCC癌组织miR-197表达水平有关(P<0.05)。性别、年龄、病理分级、血清AFP水平与HCC癌组织miR-197表达水平无关(P>0.05)。miR-197高表达组HCC患者的整体生存率高于miR-197低表达组,差异有统计学意义(P<0.05)。结论 miR-197可参与HCC的发生发展过程,有望被作为早期诊断HCC的生物标志物。     

基于TCGA数据库分析CENPA在肝细胞肝癌中的表达及临床意义

目的 基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析着丝粒蛋白A(CENPA)基因在肝细胞肝癌(HCC)中的表达情况以及临床意义.方法 从TCGA数据库中通过筛选得到240例HCC患者和50例癌旁组织样本完整的临床病理及生存资料,评价CENPA基因在肝癌组织和癌旁组织中的表达情况.并根据CENPA基因中位表达水平将其分为低表...     

MLLT10在肝细胞肝癌中的表达及临床意义

目的探讨MLLT10的表达水平在肝细胞肝癌(HCC)中的表达及临床意义。方法利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库对MLLT10在HCC癌组织及癌旁正常组织中的表达水平进行分析,分析MLLT10的表达水平与HCC患者的年龄、性别、血清甲胎蛋白(AFP)、肿瘤TNM分期、病理分级、整体生存率和无进展生存率的关系。结果 MLLT10在HCC癌组织中的表达水平高于癌旁正常组织,差异有统计学意义(P<0.05)。性别、肿瘤TNM分期和病理分级与HCC癌组织MLLT10的表达水平有关(P<0.05)。年龄和血清AFP水平与HCC癌组织MLLT10的表达水平无关(P>0.05)。MLLT10高水平表达HCC患者的整体生存率和无进展生存率均低于MLLT10低水平表达者,差异有统计学意义(均P<0.05)。结论 MLLT10可能参与HCC的发生和发展,有望成为检测HCC的肿瘤标志物和预后判断因子。     

VPS45在肝细胞肝癌中的表达及临床意义

目的分析VPS45在肝细胞肝癌(HCC)中的表达与HCC患者临床特征及预后的相关性,探讨VPS45与HCC发生发展的关系。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中选取HCC中VPS45基因表达及相关临床、病理、生存资料,分析VPS45在肝癌组织和癌旁组织中的表达情况以及肝癌组织中VPS45表达水平与HCC患者临床、病理资料及预后的关系。结果 VPS45在肝癌组织中的表达高于癌旁组织,差异有统计学意义(P<0.05)。VPS45表达水平与HCC患者的病理学分级、血清AFP水平有关(均P<0.05),HCC患者病理学分级、血清AFP水平越高,VPS45表达水平越高。Cox多因素分析显示,VPS45高表达、有癌症家族史、血管侵犯均是影响HCC患者预后的独立危险因素(均P<0.05)。结论 VPS45在肝癌组织中高表达,是HCC预后不良的独立危险因素,有望成为早期诊断HCC的分子标志物和判断预后的指标。     

E2F2在肝细胞肝癌组织中的表达及临床意义

目的观察E2F2在肝细胞肝癌(HCC)组织中的表达水平,并分析其与HCC患者的性别、年龄、血清AFP浓度、病理学分级、TNM分期及预后的关系。方法下载并处理癌症基因组图谱(TCGA)中有关HCC的基因组学数据和所研究个体的临床资料,利用SPSS统计软件分析E2F2在HCC组织和癌旁组织中的表达水平,探讨E2F2表达水平与HCC患者性别、年龄、血清AFP水平、病理学分级、TNM分期等临床资料的关系以及对HCC患者预后情况的影响。结果 E2F2在HCC组织中的表达水平高于癌旁组织,差异有统计学意义(P<0.05);血清AFP浓度高的患者E2F2表达水平高于血清AFP水平低的患者,差异有统计学意义(P<0.05);病理学分级中Ⅲ～Ⅳ级HCC患者E2F2表达水平高于Ⅰ～Ⅱ级HCC患者,差异有统计学意义(P<0.05)。E2F2高表达组患者整体生存率低于E2F2低表达组,差异有统计学意义(P<0.05)。结论 E2F2参与肝细胞肝癌的进展过程,是早期诊断肝细胞肝癌的肿瘤分子标志物及预后判断因子。     

利用TCGA数据库分析GRB2在肝细胞肝癌中的表达及临床意义

目的分析GRB2在肝细胞肝癌(HCC)中的表达与HCC患者临床特征及预后的相关性,进而预测GRB2与HCC发生发展的关系。方法从癌症基因组图谱(TCGA)中选取HCC中GRB2的基因表达谱及相关临床和病理资料,分析GRB2在HCC癌组织和癌旁组织中的表达情况以及HCC癌组织中GRB2表达量与HCC患者临床特征及预后的关系。结果 GRB2在HCC癌组织中的表达高于癌旁组织(P<0.05)。GRB2表达水平与HCC临床病理分级、TNM分期、血清甲胎蛋白(AFP)水平相关,HCC临床病理分级、TNM分期、血清AFP水平越高,GRB2表达量越高(P<0.05)。COX多因素分析显示GRB2高表达和TNM分期是影响HCC患者预后的独立危险因素。结论 GRB2可作为促癌基因在HCC患者的肿瘤组织中呈高表达,提示HCC患者预后不良,有望成为早期诊断HCC的分子标志物和判断预后的指标。     

基于生物信息学研究SOX4在肝细胞癌中的表达及临床意义

目的：研究SOX4在肝细胞癌组织中的表达及其与肝细胞癌患者临床病理特征和预后的关系。方法：采用生物信息学方法研究SOX4在肝细胞癌中的差异表达,分析SOX4表达与患者临床病理特征的关系;采用Kaplan-Meier方法分析SOX4表达与肝细胞癌患者预后的关系;通过基因富集分析(GSEA)探索肝细胞癌中与SOX4相关的信号通路。结果：SOX4在肝细胞癌组织中的表达水平显著高于癌旁组织,且与肝细胞癌患者的肿瘤分期和肿瘤大小显著相关(均P < 0.05)。SOX4低表达组肝细胞癌患者的总生存期和无复发生存期均长于SOX4高表达组的患者(均P < 0.01),且在肝细胞癌不同分期中均呈现这一趋势。SOX4主要通过调控DNA复制、未折叠蛋白反应、细胞周期、TP53和Wnt信号通路等在肝细胞癌中发挥致癌基因作用。结论：SOX4在肝细胞癌组织中显著增加,与肝细胞癌患者的不良预后显著相关,在肝细胞癌的发生发展中发挥重要作用。     

基于生物信息学分析NOP56基因在肝细胞癌中的表达及意义

目的：探讨NOP56(Nucleolar Protein 56)在肝细胞癌(HCC)中的临床意义及潜在机制。方法：利用HCCDB及Oncomine数据库对多个队列的研究分析NOP56的表达;从癌症基因组图谱(TCGA)下载肝细胞癌数据集及临床数据,分析NOP56 mRNA表达水平与临床指标的相关性;运用Kaplan-Meier plotter在线分析NOP56对肝细胞癌患者预后的影响,并基于多因素Cox回归模型探索独立危险因素。利用GeneMANIA数据库构建以NOP56为核心的基因网络,并使用WebGestalt数据库分析这一网络预测NOP56的靶向药物;使用R软件的clusterProfiler包对NOP56正负相关基因进行基因富集分析(GSEA)。结果：相对于正常组织,NOP56 mRNA在肝细胞癌的表达上调;NOP56 mRNA的表达与肿瘤分级、肝癌家族史及肝细胞癌周围炎症相关;NOP56 mRNA高表达与预后差相关,并且NOP56 mRNA的表达是总体生存期的独立危险因素;NOP56互作网络富集于核糖体生物发生和rRNA代谢过程,并且放射菌素D可能作为NOP56的靶向药物;对...     

基于生物信息学分析PRKCD在肝细胞癌组织中的表达及临床意义

目的：基于生物信息学分析蛋白激酶Cδ(PKCδ,PRKCD)在肝细胞癌组织中的表达及临床意义,以期为寻找肝细胞癌的临床诊疗潜在分子标志物和靶点提供参考。方法：利用The Cancer Genome Atlas(TCGA)和UCSC Xena平台获取肝细胞癌和癌旁组织中PRKCD的mRNA表达量和临床数据,比较PRKCD mRNA在两组样本中的表达差异;利用Human Protein Atlas数据库分析PRKCD蛋白在肝细胞癌和癌旁组织中的表达差异;利用TCGA分析PRKCD mRNA表达与肝细胞癌临床病理特征和预后的相关性;利用TCGA数据库对肝细胞癌中PRKCD表达进行GSEA富集分析,并从遗传和表观遗传学的观点分析PRKCD表达变化的原因。结果：PRKCD在肝细胞癌组织中的mRNA和蛋白质水平均显著高于癌旁组织;PRKCD表达与TNM分期、组织学级别、甲胎蛋白含量和患者生存状态相关,并且其表达水平具有一定的临床诊断准确性;Kaplan-Meier分析显示PRKCD低表达患者的预后显著优于高表达患者;单因素和多因素Cox回归分析显示,PRKCD是肝细胞癌患者独立预后因素,且TNM为...     

RAD54L在肝细胞癌中的表达及临床意义

目的 探讨RAD54L基因在肝细胞癌(HCC)中的诊断及预后价值.方法 基于癌症基因组图谱(TCGA)的HCC数据,分析RAD54L对HCC的诊断价值以及与临床特征的关系.采用生存分析、单因素Cox回归、多因素Cox回归分析RAD54L在HCC患者中的预后价值.利用TIMER数据库分析RAD54L与免疫浸润细胞丰度的关...     

微小染色体蛋白家族和染色体结构维持蛋白4基因在宫颈鳞状细胞癌组织中的表达及其生物信息学分析

目的:通过生物信息学方法对癌症基因组图谱(TCGA)和高通量基因表达(GEO)数据库进行数据挖掘,探讨宫颈鳞状细胞癌(宫颈鳞癌)预后相关分子.方法:从TCGA和GEO数据库下载宫颈鳞癌相关数据,利用Perl软件和R语言软件进行数据整理和分析,筛选出2个数据库中在正常组织和肿瘤组织共有的差异表达基因(DEGs),并对DE...     

LSD1及其在肿瘤发生中的调节作用

赖氨酸特异性组蛋白去甲基化酶(LSD1)是一种黄素腺嘌呤二核苷酸依赖性单胺氧化酶,可以特异性地催化单甲基化和二甲基化的组蛋白H3第4位赖氨酸(H3K4me1、H3K4me2)及第9位赖氨酸(H3K9me1、H3K9me2)去甲基化,从而调节基因的转录活性。近年来功能研究发现LSD1通过调节靶基因的表达,在肿瘤的发生、胚胎分化、异染色质的形成以及诱导多能干细胞形成等多方面起到重要作用。现对LSD1的结构、作用方式以及与肿瘤发生的关系等方面进行综述。     

Lsd1对小鼠调节性T细胞发育及活化的影响

目的 探讨赖氨酸特异性去甲基化酶1(lysine-specific demethylase 1,Lsd1)对调节性T细胞(regulatory T cells, Treg)发育及活化的影响。方法 利用条件性敲除胸腺T细胞中Lsd1的C57BL/6小鼠(Lsd1^fl/flLck-Cre),取对照组及敲除组小鼠胸腺、脾和淋巴结,通过流式细胞术检测Treg的数量和比例,并统计效应Treg(activated effector Treg cell, eTreg)和静息Treg(naive-like central Treg cell, cTreg)比例(eTreg/cTreg)的变化。结果 与对照组相比,敲除组小鼠胸腺指数减小,胸腺中CD4⁺ T细胞减少,但Treg的数量和比例增加。在外周,脾和淋巴结中Treg的比例增加,eTreg/cTreg比值增加。结论 条件性敲除T细胞中Lsd1促进胸腺中Treg的发育,并可能引起脾和淋巴结中Treg的活化。     

赖氨酸特异性去甲基化酶6A及其在白血病中的研究进展

白血病是发生于血液系统造血干/祖细胞的恶性增殖性疾病,临床以化学药物治疗为主,但其复发及耐药仍是难题和瓶颈。最新研究显示组蛋白甲基化是通过调控基因转录参与了细胞增殖、分化、凋亡等过程的表观遗传调节机制之一。另有研究显示赖氨酸特异性去甲基化酶6A(KDM6A),又称X染色体上普遍转录的四肽重复序列(UTX),与多种肿瘤尤其白血病的发生密切相关。 KDM6A通过将H3K27me3去甲基化为H3K27me2或H3K27me1激活基因的表达;还可通过非去甲基化酶功能调控靶基因转录的激活,参与形成与Set1结构域相关的蛋白质复合体的亚基继而调节H3K4me1表达;与酵母交配型转换/蔗糖不发酵复合物的结合,从而促使染色质构象开放;促进H3K27ac生成。本文全面阐述KDM6A(UTX)结构和生物活性的最新进展,重点讨论其在白血病中的作用,为白血病的靶向治疗提供新的研究方向。     

基于TCGA数据库分析SLC5A1在胰腺癌中的表达及潜在促癌作用

目的 基于癌症基因组图谱（the cancer genome atlas, TCGA）数据库分析溶质载体家族5-成员1(solute carrier family 5-member 1,SLC5A1)在胰腺癌中的表达及其与临床病理、预后的相关性,探索其在胰腺癌发生、进展中的作用。方法利用GEPIA分析TCGA数据库中胰腺癌数据,比较SLC5A1在胰腺癌及正常胰腺组织中的表达情况,同时利用LinkedOmics和GEPIA分析其在胰腺癌中表达与不同临床病理特征的相关性;利用cBioPortal和LinkedOmics分析胰腺癌中与SLC5A1表达相关的基因,并利用DAVID和KEGG进行信号通路聚类;探讨SLC5A1与胰腺癌不同基因亚型标志物表达的相关性。结果SLC5A1 mRNA表达在胰腺癌组织显著高于非胰腺癌组织（P<0.05）。在胰腺癌中与SLC5A1高表达相关的基因大多位于细胞膜和细胞核,负责蛋白和离子的结合,参与细胞生物功能、代谢调节,其高表达与葡萄糖摄取、糖酵解/糖异生、胰腺分泌等的基因信号通路呈正相关。SLC5A1的表达与胰腺癌异常分化的内分泌外分泌（aberrant...     

基于生物信息学分析醛缩酶B在肝细胞癌中的表达及临床意义

目的 基于生物信息学分析醛缩酶B在肝细胞癌中的表达水平及临床意义。方法 从癌症基因组图谱数据库下载肝细胞癌组织和正常肝脏组织的RNA测序数据,利用人类蛋白质表达图谱数据库和R软件分析醛缩酶B蛋白和mRNA在肝细胞癌组织和正常肝脏组织中的表达情况。利用STRING数据库对与醛缩酶B直接相互作用的蛋白进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)分析,并对编码上述蛋白的基因进行基因本体论(GO)功能富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。分析醛缩酶B mRNA表达量与肝细胞癌患者临床病理特征的相关性,采用COX回归模型分析肝细胞癌患者预后的危险因素,绘制受试者工作特征(ROC)曲线分析醛缩酶B mRNA表达量预测肝细胞癌患者预后的效能。结果 醛缩酶B蛋白和mRNA在肝细胞癌组织中均呈低表达。PPI分析结果显示,醛缩酶B与二羟基丙酮激酶、果糖1,6-二磷酸酶1、果糖1,6-二磷酸酶2等10个蛋白直接相互作用。GO功能富集分析和KEGG通路富集分析结果显示,与醛缩酶B直接相互作用的蛋白参与的生物过程以单糖代谢过程、己糖代谢过程、果糖1,6-二磷酸代谢过程为主,细胞组分以转移酶复合物-转移...     

HIF-1α和Rac1在肝细胞癌中的表达及其意义

目的探讨缺氧诱导因子-1α（HIF-1α）和Ras相关的C3 肉毒底物1（Racl）在肝细胞癌中的表达及其临床意义。方法选取正常肝组织20 例、肝硬化组织42 例及肝细胞癌组织58 例,应用免疫组织化学链霉菌抗生物素蛋白- 过氧化物酶连结法检测组织中HIF-1α和Racl 蛋白的表达,分析其表达与临床病理特征的关系,并结合临床资料进行分析。结果HIF-1α主要为胞核或胞浆着色,Rac1 为胞浆着色。HIF-1α蛋白在正常肝组织中的阳性表达率为0.0%（0/20）,肝硬化组织为45.2%（19/42）,原发性肝癌组织为81.0%（47/58）,其中高分化阳性表达率为53.3%,中分化为83.3%,低分化为100.0%。HIF-1α蛋白在原发性肝癌发生、发展中的表达依次升高（p <0.05）。且原发性肝癌组织中HIF-1α蛋白表达与淋巴结转移有关。Rac1 蛋白表达在正常肝组织中的阳性表达率为0.0%（0/20）,癌旁肝硬化组织为40.5%（17/42）,原发性肝癌组织为77.6%（45/58）,其中高分化阳性表达率为60%,中分化为73%,低分化为94.7%。Rac1 蛋白在肝癌发生、发展中的表达依次升高（p <0.05）。肝癌组织Rac1 蛋白表达与淋巴结转移有关。HIF-1α蛋白的阳性表达率与Rac1 蛋白的阳性表达率呈正相关（p <0.05）。结论HIF-1α、Rac1 与原发性肝癌癌变及进展有关,联合检测两者蛋白的表达有助于判断肝癌的病变程度及预后。