环介导等温扩增技术检测铜绿假单胞菌的研究

用环介导等温扩增技术(LAMP)快速、灵敏地检测铜绿假单胞菌.利用铜绿假单胞菌gbca基因,特异性设计3对LAMP引物,在反应体系中添加羟基萘酚蓝(HNB)荧光染料,通过反应前后颜色的变化肉眼观察结果,并用琼脂糖凝胶电泳加以验证.对临床标本利用LAMP和PCR法平行检测,验证该法灵敏度、特异性.针对铜绿假单胞菌DNA特异性引物的LAMP法可以扩增,其他无扩增产物.本实验建立的LAMP法具备简便、快速、特异性强和灵敏度高的特点,适于实际应用.     

利用环介导恒温扩增法快速检测空肠弯曲菌

目的 利用环介导恒温扩增技术,以空肠弯曲菌的VS1基因设计引物,建立快速检测空肠弯曲菌的方法,以期能应用于急性腹泻和肠炎等疾病的快速检验.方法 ①通过基因比对与引物设计,设计针对空肠弯曲菌的环介导恒温扩增检测(LAMP)方法;②用钙黄绿素、亚甲基蓝、结晶紫、溴化乙锭4种DNA染料对扩增产物进行染色,评价各染料染色效果;③检测该LAMP方法对空肠弯曲菌及其他干扰菌的扩增情况,评价其特异性;④将该LAMP方法与培养法比较,进行统计学分析.结果 ①设计出针对空肠弯曲菌的LAMP检测方法;②钙黄绿素与扩增产物结合后颜色变化明显,是该LAMP方法中较好的DNA染料物质;③本LAMP检测方法只针对空肠弯曲菌有扩增,对其他干扰菌不扩增,显示出良好的特异性;④试验共检测了60株临床和标准菌株,对于菌株的培养物,LAMP检测结果与培养鉴定法比较差异无统计学意义(x2 =0.3333,P＞0.05).结论 本试验设计出了针对空肠弯曲菌LAMP检测方法,该LAMP法较好的DNA染料物质是钙黄绿素,该方法具有良好的特异性,与培养鉴定法比较具有较高的阳性、阴性及总体符合率,能够用于空肠弯曲菌的快速检验.     

铜绿假单胞菌质粒介导的喹诺酮耐药机制研究

目的探讨铜绿假单胞菌对质粒介导喹诺酮类耐药（PMQR）机制,为控制其耐药性传播提供依据。方法筛选住院患者对环丙沙星耐药的69株铜绿假单胞菌,PCR筛选质粒介导的喹诺酮类耐药基因[qnr,aac（6''）-Ib-cr],阳性产物进行DNA测序,接合转移试验验证PMQR基因。结果69株受试株中,12株aac（6''）-Ib-cr基因阳性,经DNA测序、BLAST比对,3株携带aac（6''）-Ib-cr基因（含有Trp-102→Arg和Asp-179→Tyr突变）,另有3株为aac（6''）-Ib野生型;质粒接合转移试验结果阴性;未检出qnr基因。结论铜绿假单胞菌PMQR基因以aac（6''）-Ib-cr基因为主,未检出qnr基因,aac（6''）-Ib-cr基因介导低水平耐药。     

EMA-PCR方法快速检测铜绿假单胞菌活菌研究

目的 探讨将叠氮溴乙锭(ethidium monoazide bromide,EMA)选择渗透性与PCR技术相结合（EMA-PCR）,建立有效快速检测铜绿假单胞菌活菌的方法。方法 以铜绿假单胞菌oprI基因为PCR检测靶基因,纯培养物提取模板进行PCR,检测PCR灵敏度、EMA使用浓度和曝光时间优化试验。结果 PCR检测灵敏度为3×103 CFU/mL;曝光处理时间为10 min;EMA浓度≤5 μg/mL对活菌DNA扩增没有明显抑制,终浓度为1 μg/mL EMA能有效抑制3×106 CFU/mL死菌扩增;1%活菌混合体系检测结果阳性。结论 EMA-PCR方法能有效快速检测铜绿假单胞菌活菌,能避免PCR检测可能造成的假阳性结果。     

铜绿假单胞菌随机扩增多态性DNA基因分型研究

目的采用随机扩增多态性DNA(RAPD)基因分型方法监测铜绿假单胞菌(PA)医院感染.方法以优化的反应体系和扩增条件对临床分离的49株PA进行RAPD基因分型,通过指纹图比较与分析,确证医院感染类别与爆发.结果 49株PA共得RAPD 29型,分型率100%;以周为时限, PA医院感染爆发流行共3起;9例个体连续感染的PA有7例为内源性医院感染,2例为外源性医院感染.结论 RAPD可对PA进行分子流行病学调查.     

铜绿假单胞菌消毒剂耐药基因检测

目的 调查铜绿假单胞菌(Pseudomonas aerllginosa，Pa)的耐消毒剂相关基因存在状况。方法 用聚合酶链反应(PCR)法对分离自湖北省襄樊地区住院病人的35株Pa菌对胺类(如新洁尔灭)、胍类(如洗必泰)耐药相关基因——qacE基因进行检测。结果 35株Pa菌中19株qacE基因阳性。Pa菌qacE基因携带率为54．3％。结论 多数所分离的Pa菌已携带耐消毒剂基因。     

重症监护病房铜绿假单胞菌随机扩增多态性DNA研究

目的建立随机扩增多态性DNA(RAPD)基因分型方法监测重症监护病房(ICU)铜绿假单胞菌医院感染。方法收集2005年1月~6月从各科ICU内分离出的21株铜绿假单胞菌,提取DNA后进行RAPD分型,同时进行抗生素敏感性试验。结果全部菌株均能产生指纹图谱,分型率100%。21株铜绿假单胞菌共分为14型,其中9株6型分布于脑外科,3株同型分布于神经内科,4株4型分布于呼吸科,5株3型分布于普外科。抗生素敏感性试验表明21株铜绿假单胞菌均为多重耐药菌株,对哌拉西林、头孢菌素类、喹诺酮类及阿米卡星等耐药,仅对亚胺培南/西司他丁、头孢哌酮/舒巴坦等敏感。结论ICU内存在铜绿假单胞菌感染局部流行,RAPD分型技术分型率高、简便快速。     

铜绿假单胞菌的治疗策略

近年来铜绿假单胞菌感染明显增多,且治疗困难,已成为临床医师十分棘手的问题。本文以作者的经验为主,结合国内外近期文献进行综述,提出治疗的策略。     

铜绿假单胞菌的耐药性分析

目的:了解本院2010年1-12月铜绿假单胞菌的分离情况及耐药特点.方法:从2010年1-12月老年住院患者的痰液、分泌物等标本中分离出102株铜绿假单胞菌,统计其样本来源、科室分布、对不同抗菌药物的敏感性.结果:在检出的102株铜绿假单胞菌中58株来自呼吸内科,占56.86%;其次为神经外科,占13.73%,比较敏感的抗菌药物依次是多粘菌素(100%)、亚胺培南(82.36%)、哌拉西林/他唑巴坦(74.51%).结论:铜绿假单胞菌为非发酵菌中的假单胞菌属,很容易造成机会性感染,临床应合理选用抗菌药物,从而减少耐药菌株的产生,有效抑制铜绿假单胞菌耐药率过快增长,同时应不断检测抗菌药物的敏感性,为临床合理用药提供科学依据.     

铜绿假单胞菌氯霉素耐药相关基因研究

目的了解铜绿假单胞菌（PAE）氯霉素耐药相关基因的携带状况。方法采用K-B法分别对山东（A院）、江苏（B院）二家医院PAE菌临床分离株进行抗菌药物的敏感试验。采用聚合酶链反应法（PCR）对氯霉素耐药相关基因（catB、cmlA）进行检测,并对相关基因进行序列分析。结果A院30株PAE对16种抗菌药物多药耐药;B院20株PAE对16种抗菌药物均耐药;二家医院PAE对氯霉素均不敏感。A医院30株多药耐药PAE菌catB、cmlA基因均阴性;B医院20株泛耐药PAE菌cmlA基因阳性18株（阳性率90．0％）,并经测序证实;catB基因均阴性。结论不同医院PAE氯霉素耐药机制可不相同,氯霉素耐药率高的原因需进一步研究。     

LAMP方法检测霍乱弧菌的研究

目的建立一种快速检测霍乱弧菌的方法。方法利用霍乱弧菌的hlyA基因设计特异性引物,建立LAMP检测方法,以及优化反应体系,并进行LAMP的特异性和灵敏度实验,同时与普通PCR和荧光定量PCR进行比较。结果成功建立霍乱弧菌的LAMP检测方法,得到最优的反应体系,在特异性实验中,霍乱弧菌均呈阳性,而副溶血弧菌、溶藻孤菌、最小孤菌、1梅氏孤菌等均为阴性;在灵敏度实验中,霍乱弧菌的最低检测限为6.2pg／tube,是普通PCR的1000倍。比荧光定量PCR低一个数量级。结论LAMP方法具有很高的特异性和灵敏度,可用于霍乱孤菌的检测。     

基于环介导等温扩增技术建立的假丝酵母菌快速检测方法

目的  基于环介导等温扩增技术（LAMP）建立一种假丝酵母菌的快速检测方法。方法  依据假丝酵母属18 S rDNA基因保守序列,采用Primer Explorer V4软件设计引物,建立LAMP扩增方法和反应体系,对体系的4种关键参数和3项性能指标进行优化和探讨,并用临床样本进行方法验证。结果  6种常见假丝酵母菌LAMP法检测均为阳性;最适扩增条件为：温度63～65℃、Bst酶活性4 IU、Mg2+浓度4 mol/L、扩增时间1 h;7种对照菌种及人全血DNA样本LAMP扩增结果均为阴性;检测限为102～107 CFU/ml。经52例临床样本验证,该法敏感性为100%,特异性为95%。结论  该研究建立的LAMP假丝酵母菌检测方法具有实用、简便、快速、特异和敏感的特点,可为临床提供一种新的假丝酵母菌诊断方法。

     

Rapid detection of Shigella and Salmonella in rhesus monkeys by loop-mediated isothermal amplification assay

Objective To establish a loop-mediated isothermal amplification (LAMP) method for detecting diarrhea pathogens (Shigella and Salmonella) in rhesus monkeys and evaluate the application of the LAMP method for detecting bacterial diseases in non-human primate laboratory animals. Materials and Methods A total of 205 fecal samples of rhesus monkeys were detected in this LAMP assay. The specificity and sensitivity of LAMP for Shigella and Salmonella were analyzed, and real-time polymerase chain reaction (REAL-TIME PCR) assay was employed as control. Results The LAMP method established here needed only 45 min to complete the reaction at 63℃. Its detection limit was 10 pg/μL and with a high specificity. The positive rate of Shigella and Salmonella was 1.5% and 6.3%, respectively. Conclusions Here we have established a fast and simple Shigella and Salmonella LAMP detection method that has strong specificity and high sensitivity and is suitable for rapid detection of bacterial disease in macaques. The development of this rapid detection kit is underway, and it will be helpful to the diarrhea detection.     

荧光定量环介导等温扩增技术检测恶性疟原虫方法的研究

目的建立一种简便、快速和高灵敏度的恶性疟原虫的荧光定量环介导等温扩增检测方法。方法针对恶性疟原虫环子孢子蛋白（CSP）种属特异性基因保守区域8个位点设计3对引物,同时使用PCR法扩增恶性疟原虫219bp保守序列,经克隆后转化入工程菌株JM109感受态细胞中并提取重组质粒作为模板。以探索建立恶性疟原虫荧光定量环介导等温扩增检测技术,并对其试验重复性、灵敏度、特异性及适用性子以评估。结果在重组质粒浓度为1．06×10^4∽10^9拷贝／反应的范围内,标准曲线循环阈值与模板浓度有良好线性关系（相关系数0．9995）,CT值变异系数为6．29％,无非特异性扩增,初步临床试验结果表明,试验的灵敏度为90．00％,特异度为93．33％,准确性为91．67％,试验可在30min内完成。结论荧光定量环介导等温扩增技术检测恶性疟原虫简便、快速、敏感,具有广阔的应用前景。     

LAMP技术检测弓形虫感染方法的建立

目的建立一种快速、简便的检测弓形虫感染的环介导等温扩增方法(LAMP)。方法根据弓形虫RH株SAG1基因序列合成2对特异性LAMP引物,优化扩增体系与参数。通过与常规PCR方法的比较,评估优化后的LAMP反应的特异性和灵敏性。利用建立的LAMP初步检测人工感染弓形虫4 d后白兔与大鼠的肌肉组织。结果 LAMP法检测弓形虫基因组DNA的灵敏度是传统PCR方法的100倍。LAMP法检测与其他常见寄生原虫、寄生虫无非特异性阳性结果。LAMP法检测人工接种动物的肌肉组织,阳性率达到100%,对照组为0,差异有统计学意义(P0.01)。结论 LAMP法检测弓形虫感染快速简便、敏感性高、设备要求低,具有较好的应用前景。     

嗜肺军团菌环介导等温扩增检测法的建立

目的:建立一种快速简便的嗜肺军团菌分子检测方法.方法:运用环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP),设计一套引物特异性识别嗜肺军团菌毒力基因--mip基因的6个特殊区域,在恒温条件下,对8株嗜肺军团菌和5株其它细菌进行检测,并与普通PCR方法进行比对,验证该方法的特异性和灵敏度.结果:所有嗜肺军团菌扩增产物均产生肉眼可见的白色沉淀,而其它不同菌株均不产生沉淀;加入荧光染料smart green后,嗜肺军团菌扩增产物均产生强绿色荧光,其它菌株呈弱荧光.与普通PCR(检出限约为57.6 pg,)比,LAMP扩增反应的灵敏度大100倍左右,基因组DNA检出限为576 fg,阳性水样检出限为8 cfu/ml.结论:LAMP技术可在简易的实验环境中快速、特异、灵敏地检测嗜肺军团菌.     

淋病奈瑟菌porA基因实时荧光环介导等温扩增方法的建立

目的 运用实时荧光环介导等温扩增技术(LAMP)建立一种快速准确检测淋球菌的方法,以期用于淋病的早期临床诊断.方法 以淋球菌porA为靶基因,设计保守性和特异性良好的引物,以淋球菌标准菌株基因组DNA为模板,进行LAMP扩增,用23种其他在生殖系统中存在的微生物验证其灵敏度和特异性.结果 实时荧光LAMP法可检测到1 pg/μl(103CFU/ml)淋球菌基因组DNA,稳定性良好,其针对23种其他在生殖系统中存在的微生物均不能扩增,porA引物对淋球菌高度特异,阳性结果15 min可快速检出.结论 成功建立了检测淋球菌porA的LAMP技术,为淋球菌的快速检测提供了新的手段,有望成为淋球菌常规检测的简便方法.     

仙台病毒RT-LAMP可视化检测方法的建立

目的: 建立一种快捷、灵敏的检测方法,即反转录-环介导等温扩增方法(RT-LAMP)用于仙台病毒(SeV)的检测。方法: 根据GenBank 公布的SeV序列,在其保守区域设计了多套LAMP引物,利用LAMP Real Time Turbidimeter LA-320C仪监测反应进程并筛选最佳引物、反应条件,建立对SeV核酸进行特异性扩增的RT-LAMP 检测方法,并可通过加入目测荧光检测试剂肉眼判断结果。对所建立的方法进行了敏感性、特异性评估并对92份样品进行了检测。结果: 该方法在63℃恒温下作用60min,SeV RNA获得了高效率的特异性扩增,与其余常见小鼠病毒无交叉反应;其敏感性高,最低检出量为2.1TCID50SeV,比RT-PCR方法高102倍。在反应结束后加入荧光检测试剂肉眼判断结果,与RealTime Turbidimeter LA-320 仪监测结果一致。通过对92份样品的RT-LAMP,RT-PCR和间接ELISA方法的检测比对,三者符合率为100%。 结论: 本研究建立的SV RT- LAMP 检测方法具有快速、特异、灵敏,操作简单的特点,具有良好的应用前景。     

环介导等温扩增法直接检测阳性血培养瓶中大肠埃希菌

目的：应用环介导等温扩增技术（LAMP）建立一种快速敏感的直接检测阳性血培养瓶中大肠埃希菌的方法。方法根据美国国立卫生研究院基因序列数据库（GenBank）上大肠埃希菌的lacZ（登录号：M74750）基因序列,设计4条特异引物（2条内引物、2条外引物）,对lacZ基因进行扩增,对扩增反应进行优化。分别验证该方法的特异性及敏感性,并与传统培养法进行比较。结果在300份阳性血培养瓶中,采用LAMP法检测到68株大肠埃希菌,所设计引物对大肠埃希菌扩增的特异性及敏感性均较好,与传统培养法比较,灵敏度和特异性均达100％,但传统培养法的检出时间为3d,而LAMP法的检出时间只需1h。结论LAMP检测大肠埃希菌是快速、低成本、特异性强、灵敏度高的方法,适合临床开展。