南京地区肝病患者丙型肝炎病毒基因型与乙型肝炎病毒亚型分布

目的:了解南京地区丙型肝炎病毒(HCV) 感染及乙型肝炎病毒(HBV) 抗原亚型分布情况。方法:对1993 ～1995 年住院肝病患者2 157 例,应用RT- PCR、HCV 进行基因型、阳性克隆序列分析及HBV亚型的检测。结果:HCVRNA 阳性率为8.7 % 。对100 例HCV 基因型分析:Ⅱ型占91% ,Ⅲ型占6% 。HBV亚型分析:adr 占55.6% ,adw 占38.4% 。2 例HCV 阳性克隆均为Ⅲ型,与日本株(HC- J5 、HC-J6)密切相关。结论:中国南京的HCV可能是近代从日本传入的,HBV亚型以adr、adw 为主     

重庆地区HCV基因亚型的分布状态

目的:探讨重庆地区丙型肝炎病毒(HCV)流行的基因亚型分布状态.方法:在77份抗HCV抗体和HCV RNA均阳性的血清标本中,分别提取HCV RNA,通过逆转录巢式PCR(RT nested-PCR)扩增C基因的羧基端至E1基因的氨基端长度为474 bp的片段,测定其核苷酸序列,与GenBank中已知的HCV序列进行系谱分析,确定HCV基因亚型.结果:77份HCV感染者血清标本通过RT-nested PCR检测均获得阳性条带,该方法特异性和敏感性均较好.序列与系谱分析显示1b 29例(38%),2a 10例(13%),3a 12例(16%),3b 11例(14%),6a 15例(19%),未见1a和2b型.结论:重庆地区HCV流行的基因亚型有1b,2a,3a,3b,6a共5种,1b为流行的主要基因亚型.2a,3a,3b和6 a型均占相当比例,初步说明重庆地区HCV流行的基因亚型呈现多样性.     

广州地区丙型肝炎患者HCV基因分型研究

目的研究广州地区丙型肝炎患者HCV基因型分布的变化情况。方法收集207例HCV RAN阳性丙型肝炎患者血清,对其HCV Core区(C区)和NS5B区基因序列进行RT-nPCR扩增,两区扩增成功的PCR产物进行基因测序,测序结果分别与相应的参照株序列比对,构建系统进化树,两区基因分型结果一致者确定HCV基因亚型。结果 185例HCV C区和NS5B区都扩增成功,其中179例两区基因分型结果一致。共检出1、2、3、6型4种基因型和8种基因亚型,其中1b型占40.78%(73/179),6a型占27.37%(49/179),3b型占11.73%(21/179),3a型占8.94%(16/179),2a型占6.15%(11/179),1a型占3.91%(7/179),2b型占0.56%(1/179),6n型占0.56%(1/179)。1b株可分为A、B、C三大簇,A簇与中国广泛流行1b株接近、B簇与中国中部及南部地区流行1b株接近,6a株分为Ⅰ、Ⅱ两大簇,与献血人群及静脉吸毒人群中6a型株接近。结论广州地区丙型肝炎患者HCV基因型以1b、6a、3型为主,存在多种亚型;1b型株包含中国大部分地区的1b型株,6a、3型已取代2a型分别成为第二、三主要流行基因型;未发现6型变异株。     

反向点杂交法检测广东地区丙型肝炎病毒基因型和基因亚型

目的 建立并应用HCV基因分型技术PCR-反向点杂交法(PCR-RDH),调查广东地区丙型肝炎病毒(HCV)基因型和亚型的分布情况.方法 应用生物信息学软件针对HCV 5'端非编码区(5'UTR)和核心蛋白区(C区)设计特异性捕获探针及生物素标记引物,建立HCV基因分型的PCR-反向点杂交技术.应用本技术对115例慢性丙型肝炎患者血清标本进行HCV基因型和亚型检测,同时对其中38份标本中的HCV进行RT-PCR扩增、测序、系统进化树分析确定HCV基因型和亚型,以评价反向点杂交法的准确性及临床应用价值.结果 115份血清标本中,反向点杂交法HCV基因型及亚型检出率为96.5%(111/115),15份阴性对照全部为阴性.111例检出基因型的标本中1b型63例(56.8%)、2a型9例(8.1%)、3a型4例(3.6%)、3b型6例(5.4%)、6a型28例(25.2%)、1b/2a混合型1例(0.9%).经测序分型确定此法检测准确度为100%,特异度为100%.结论 HCV基因型反向点杂交法检测准确可靠、简便经济、高效,适用于临床检测.广东地区的HCV基因型分布以1b型为主,呈现出1b型比例下降,3a、6a型比例升高的趋势.     

云南省曲靖市非高危人群丙型肝炎病毒基因型分析

目的对曲靖市感染丙型肝炎的非高危人群进行丙型肝炎病毒(HCV)基因分型研究,寻找本地区流行基因型,为丙型肝炎的科学防治提供依据。方法采集住院病人血液,提取RNA,采用HCV特异性引物进行巢式RT-PCR扩增,PCR产物直接测序,采用生物信息学软件进行序列分析。结果共采集228例病人血清,排除具有高危因素影响的血清29例,非高危人群丙型肝炎病人血清199例。共检出4个基因型(1、2、3、6),5个基因亚型(1b、2a、3a、3b和6a),有37例不能鉴别的基因亚型。其中1b型78例(39. 2%)、2a型42例(21. 1%)、3a型15例(7. 5%)、3b型23例(11. 6%)、6a型4例(3. 0%)和未能分型37例(18. 6%)。根据文献检索提取云南省HCV基因分型流行情况,对于HIV/HCV共感染的静脉吸毒者(Intraductal Ultrasonography,IDUS)和静脉吸毒HCV感染者,前3位的基因亚型分别为3b、3a、1b;对于标本来源为医院病人,未进行感染途径分类,前3位的基因亚型分别为1b、3b、2a。结论曲靖市丙型肝炎非高危感染人群主要HCV基因亚型1b型和2a型与我国的主要基因亚型基本一致,与云南省主要的HCV基因亚型略有区别,但与同地区的HIV/HCV共感染的静脉吸毒者HCV基因型有着明显区别。     

江苏省南通地区丙型肝炎病毒的分子流行病学分析

目的 :调查南通地区丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)的亚型分布特征。方法 :2012年5—9月间,在南通市第三人民医院收集到109例全血样本用以病毒的RNA提取,RT-PCR扩增和测序。所得的病毒序列与HCV参考序列构建系统发育树。结果:在收集到的109例HCV抗体(Anti-HCV Ig G)阳性样本中,有49例HCV RNA阳性,基于NS5B和C/E2片段构建的进化树显示,南通地区至少流行有1b、2a、3a、3b、6a 5个亚型病毒株。其中,1b是最主要流行的病毒株,占阳性样本中的63.3%;2a次之,占20.4%;3a、3b、6a 3个亚型分别占4.1%、8.2%和4.1%。相较于在普通人群中1b(68.9%)和2a(22.2%)为主要流行的病毒株,6a(50.0%)是静脉吸毒人群中最流行的亚型。结论:多个亚型的HCV病毒株共流行于南通地区,其中1b和2a是最主要流行的病毒株。     

贵州地区丙型肝炎病毒基因亚型分布状态

目的:探讨贵州地区丙型肝炎病毒(HCV)基因亚型分布状态.方法:在164份抗HCV抗体和HCVRNA均阳性的血清标本中,分别提取HCV RNA,通过逆转录巢式PCR(RT nested-PCR)扩增C基因的羧基端至E1基因的氨基端长度为474 bp的片段,测定其核苷酸序列,与GenBank中已知的HCV序列进行系谱分析,确定HCV基因亚型.结果:164份HCV感染者血清标本通过RT-nested均获得阳性条带,特异性和敏感性均较好,序列与系谱分析显示1a3例(1.8％)、1b 58例(35.4％)、2a 2例(1.2％)、3a 25例(15.2％)、3b 38例(23.2％)及6a 35例(21.3％).结论:贵州地区HCV流行的基因亚型有1a,1b,2a,3a,3b,6a共6种,主要为1b、3a、3b和6a亚型,提示贵州地区HCV流行的基因亚型呈现多样性.     

山东地区丙型肝炎病毒基因型及相关因素分析

目的 探索山东地区丙型肝炎病毒(HCV)基因分型及其相关关系.方法 采用基因芯片技术检出了448例HCV感染者的血清HCV基因型,同时检测了其中388例血清HCV RNA的含量,并对HCV基因型与HCV感染者的性别、年龄和HCV RNA含量进行了相关性分析.结果 检测到4种基因亚型(1a、1b、2a、3b),呈8种组合;其中1b和2a亚型多见,分别占61.2%(274例)和32.8%(147例).Logistic多因素分析表明,基因1b型与HCV高病毒载量独立相关.结论 山东地区HCV基因分型以1b型为主,且与HCV高病毒载量相关.     

中国南部和西南地区HCV感染的基因型分布特征

目的了解中国南部和西南地区HCV感染基因型分布特点。方法用丙型肝炎病毒(HCV)5'非编码区ABC复合酶切分型的方法,对49例广州和重庆HCV感染者进行基因分型,并对检出的6a型产物进行测序。将所得序列与GenBank参考序列比对,并作同源性分析。结果49例样品中共检出4例6a型,序列分析表明这4例样品都具有6a型特征性,即第-145位的CA插入,并与6a型参考序列同源性最高。分型结果表明,34例广州样品中,1b型25例(72.53%)、2a型5例(14.71%)、3b型1例(2.94%)、6a型2例(5.88%)、1b和2a混合型1例(2.94%);15例重庆样品中1b型8例(53.33%)、2a型1例(6.67%)、3a型1例(6.67%)、3b型3例(20.00%)、6a型2例(13.33%)。结论广州和重庆两个城市的基因型分布都以1b型为主,并首次在广州检出6a型感染,但感染率低于2a型;而重庆则为2a、3a、3b和6a型等多种基因型分布的特点,说明我国南部和西南地区HCV基因型分布与中国大陆其他地区的流行模式存在差异,这可能与其地理位置及静脉药瘾者的迅速增多有关。     

海南省163例汉族HCV慢性感染者中的基因型分布

目的了解丙型肝炎病毒(HCV)在海南省汉族HCV慢性感染者中的基因型分布特点。方法选择在海南省人民医院就诊的176份汉族本土HCV慢性感染者(HCV-Ab和HCV RNA均阳性)血清标本,通过提取HCV-RNA,然后使用RT-PCR、巢式PCR(Nested-PCR)方法来扩增Core-E1区并测定其核苷酸序列,最后与已知HCV基因型序列构建系统发育树分析、确定其基因亚型及分布。结果成功提取HCV-RNA和测序的海南省汉族HCV慢性感染者标本为163例,检出阳性率为92.6%,其基因型分布和比率如下:1a型占3.1%(5/163),1b型占33.1%(54/163),2a型占6.7%(11/163),3a型占8.6%(14/163),3b型占14.7%(24/163),6a型占33.7%(55/163)。结论海南省汉族HCV慢性感染者中基因型分布与全国的HCV基因型分布一样,基因型为1a、1b、2a、3a、3b和6a。海南省汉族同属我国汉族HCV传播圈,本研究发现6a是海南省汉族HCV慢性感染者中最主要的基因亚型,提示6a可能在海南省汉族人群中发生迅速传播。