纳米金辅助不对称PCR扩增幽门螺杆菌23S rRNA基因的优化和建立

目的:建立纳米金辅助不对称PCR方法扩增幽门螺杆菌23S rRNA基因,为建立基因芯片法检测幽门螺杆菌耐药基因提供试验平台.方法:将幽门螺杆菌23S rRNA基因转化至感受态大肠杆菌JM109,小量抽提阳性构建质粒DNA,以质粒DNA为模板,设计引物对23S rRNA基因进行不对称PCR扩增.对PCR条件中引物浓度及浓度比例、纳米金浓度等进行优化.结果:限制性引物与非限制性引物浓度比例为1 ∶ 60,限制性引物与非限制性引物浓度分别为0.04 pmol/L、2.4 pmol/L时可获得理想的单链和双链DNA,纳米金浓度为0.8 nmol/L时非特异性产物最少,PCR的扩增效率最高.结论:通过对PCR扩增条件的优化,确立了扩增幽门螺杆菌23S rRNA基因纳米金辅助不对称PCR方法的最佳条件,为建立基因芯片法检测幽门螺杆菌耐药基因奠定基础.     

23S rRNA基因在临床常见致病菌检测中的应用

目的 根据临床常见致病菌23S rRNA基因序列的差异，建立可初步鉴别革兰阴性菌和革兰阳性菌的分子生物学方法。方法 分析常见细菌的23S rRNA基因序列，设计相应引物。采用多重PCR扩增标准菌株及临床分离株23S rRNA基因，并根据电泳结果作出初步分类。结果 革兰阴性菌株均出现1条DNA电泳条带(约为350bp)，而革兰阳性菌株则出现2条电泳条带(约为250和400bp)。60株临床分离菌经PCR扩增、电泳后，电泳分析结果与常规鉴定结果符合率达100％。结论 23S rRNA基因检测用于细菌初步分类鉴定，具有快速、灵敏、准确的特点，可为细菌感染的实验室诊断提供客观依据。     

TaqMan探针法荧光定量PCR检测脑脊液细菌方法的建立及应用

目的 建立TaqMan探针法荧光定量PCR检测方法,用于脑脊液标本细菌的快速检测.方法 针对细菌的16S rRNA基因,设计合成细菌的通用引物和革兰阳性菌、革兰阴性菌分型探针,通过构建质粒和制作脑脊液模拟标本来研究引物和探针的检测特异度和敏感度.结果 两种革兰分型探针只对相应的细菌可以检测到荧光信号,乙肝病毒DNA、白色念珠菌及人基因组DNA检测结果均为阴性,此方法最低可以检测到10个拷贝的质粒DNA以及102CFU/ml的金黄色葡萄球菌和大肠埃希菌.结论 TaqMan探针法荧光定量PCR检测细菌的特异度和敏感度高,检测快速,对脑脊液细菌的早期诊断有重要意义.     

聚合酶链反应诊断细菌和真菌性中枢神经系统感染的临床价值

目的探讨聚合酶链反应(PCR)在细菌和真菌性中枢神经系统感染快速诊断中的临床价值。方法收集137例中枢神经系统感染患者留存的脑脊液进行DNA提取,采用细菌和真菌通用引物扩增病原体DNA并进行序列测定,对比同期脑脊液培养方法与PCR方法的检测结果。结果 137份脑脊液标本中PCR检测到细菌50株,真菌6株,脑脊液培养检测到细菌38株,真菌5株;PCR检测法灵敏度为40.9%,特异度为100%,阳性预测值为100%,阴性预测值为38.2%,诊断效率为56.7%;传统培养法则分别为31.4%、100%、100%、34.7%、44.4%。PCR的灵敏度、阴性预测值和诊断效率均明显优于传统培养方法,特异度和阳性预测值与培养法相当,两方法鉴定菌种的符合率为97.7%。结论通用引物PCR扩增法具有快速、特异、灵敏、准确等特点,对细菌和真菌性中枢神经系统感染的病原学快速诊断具有重要的应用价值。     

巢式聚合酶链式反应检测脑脊液标本中病原体的方法评价

目的探讨巢式聚合酶链式反应(PCR)检测脑脊液标本中病原体的可行性,为疾病的快速临床诊断提供参考。方法源自细菌16S rRNA基因序列设计的巢式PCR技术方法,包括2对引物,2次PCR扩增,第1对引物首次PCR扩增脑脊液标本提取的核酸DNA,第2对引物再次PCR扩增,其DNA模板为第1轮PCR扩增产物。将第2轮PCR扩增产物进行测序,对序列进行比对分析,从而确定感染的病原体。使用DNA微量分光光度测定布鲁氏菌纯菌核酸DNA,将DNA进行倍比稀释,用于巢式PCR敏感性测试。结果巢式PCR能够检测的最低限约为1个核酸DNA拷贝数。应用巢式PCR检测40份临床患者的脑脊液标本,扩增结果表明有37份标本获得约1 460 bp的预期扩增条带(不同细菌扩增片段有差异),测序比对结果显示,检出脑膜炎奈瑟菌7份、产碱假单胞菌1份、草假单胞菌22份、嗜麦芽窄食单胞菌2份、肺炎链球菌1份、未知细菌性病原体4份、未检出3份。结论巢式PCR能够快速检测与鉴定脑脊液标本中的细菌性病原体。     

23S rRNA通用引物的设计及在气性坏疽快速检测中的应用

目的 设计23S rRNA通用引物并将其用于气性坏疽快速检测基因芯片.方法 (1)设计23S rRNA通用引物,并对气性坏疽的主要致病菌进行聚合酶链反应(PCR)扩增.(2)对外伤感染中常见其他微生物进行检测.(3)测定该通用引物PCR的灵敏度.结果 (1)设计出1对23S rRNA通用引物,该通用引物对气性坏疽主要病...     

16S rRNA 测序鉴定1株条件致病性人苍白杆菌

目的：探索一种基于16S rRNA 基因的细菌快速鉴定方法,为临床未知病原菌的诊断及治疗提供科学依据。方法对临床患者的痰标本分离培养纯菌落,直接以菌液为模板,以通用引物 PCR 扩增未知菌的16S rRNA 基因片段,产物直接测序。将测序结果进行 BLAST 比对,根据序列同源性鉴定病原细菌。结果未知病原菌经本实验鉴定为人苍白杆菌,经 ABI 细菌快速鉴定板条检测,确认结果一致。结论该研究简化了临床标本未知病原菌分离培养鉴定的步骤,建立了一种利用16S rRNA 基因扩增快速鉴定病原菌的简便方法。     

小儿常见感染菌16S—23S rRNA基因区间的分子生物学研究

目的：探讨聚合酶链反应（PCR）加限制性内切酶片段长度多态性（RFLP）分析在细菌rDNA区间检测中的应用。方法：以16S－23S RNA基因区间为靶序列,设计引物,选择合适的内切酶,采用PCR法加RFLP法检测标准菌株及临床菌株的rDNA区间。结果：26株不同的标准菌株经PCR扩增后,分别出现一条带,两条带,三条带及多条带的不同DNA图谱,敏感性试验可检出2．5CFU的细菌,与人类基因组DNA,真菌及病毒无交叉反应,其中14种菌经一步PCR扩增即可区分,另12种菌除肺炎克雷伯氏菌与坚韧肠球菌经Hinf I或Alu I酶切后仍不能区分外,其余经其中一内切酶酶切后均能区分,32例血培养阳性标本均扩增出与相应标准菌株相一致的图谱。结论：16S－22S rRNA区间基因PCR．扩增加RFLP技术检测细菌rDNA区间,具有特异,敏感,快速,准确的特点,为细菌感染的病原诊断提供新的科学依据。     

基于DPO的四重荧光PCR检测常见分枝杆菌方法的建立与应用

目的 利用多重荧光PCR技术,建立一种快速、准确、特异的检测常见分枝杆菌的方法.方法 以分枝杆菌16S rRNA作为检测靶基因,设计双启动寡核苷酸(DPO)引物和TaqMan探针,探针的5’端分别用FAM 、ROX、HEX和JOE进行荧光标记,3’端标记淬灭荧光.通过对4种分枝杆菌标准株基因组DNA的扩增,评价多重荧光PCR方法的特异性和灵敏度.采用建立的多重荧光PCR方法,采用该方法检测2010年6至12月杭州市红十字会医院68例结核科住院患者清晨痰液标本,结果与细菌培养和抗酸染色镜检进行比较.采用x2检验比较3种方法的阳性率.结果 该方法可准确、特异地鉴定结核分枝杆菌和3种常见非结核分枝杆菌,检测灵敏度均为1 ×101 cfu/ml.对68份痰液标本进行检测,结果显示31份检测结果阳性,阳性率45.6％,明显高于涂片染色镜检(阳性率14.7％),差异具有统计学意义(x2=15.4,P ＜0.05),其中28例为结核分枝杆菌,1例为鸟分枝杆菌,2例为胞内分枝杆菌,与细菌培养鉴定方法一致.1例培养阳性而PCR检测结果阴性标本经16SrRNA扩增测序鉴定为龟分枝杆菌.结论 本研究建立的多重荧光PCR方法敏感、特异、快速,能有效检测结核分枝杆菌和常见非结核分枝杆菌,可用于分枝杆菌感染者的实验室快速诊断.     

转基因食品PCR定性检测技术的研究

目的 建立简便、快速、灵敏、特异的植物源性转基因食品DNA检测技术.方法 针对转基因植物技术中载体上常用花椰菜花叶病毒的35S启动子和根农杆菌的NOS终止子特异基因序列,设计合成特异的引物对35S、NOS,利用基因PCR扩增技术检测转基因食品.结果 引物对35S、NOS分别成功从转基因大豆中扩增出195bp和180bp特异的DNA带.结论 基于35S启动子和NOS终止子基因序列的PCR扩增技术是一种简便、快速、灵敏、特异的转基因食品DNA检测技术.     

转基因食品PCR定性检测技术的研究

目的建立简便、快速、灵敏、特异的植物源性转基因食品DNA检测技术。方法针对转基因植物技术中载体上常用花椰菜花叶病毒的35S启动子和根农杆菌的NOS终止子特异基因序列,设计合成特异的引物对35S、NOS,利用基因PCR扩增技术检测转基因食品。结果引物对35S、NOS分别成功从转基因大豆中扩增出195bp和180bp特异的DNA带。结论基于35S启动子和NOS终止子基因序列的PCR扩增技术是一种简便、快速、灵敏、特异的转基因食品DNA检测技术。     

多重聚合酶链反应检测革兰阳性／阴性细菌、真菌和mecA基因的临床评价

目的：评价多重聚合酶链反应（PCR）直接检测革兰阳性／阴性细菌、真菌和耐甲氧西林葡萄球菌（MRS）的可靠性和准确性。方法：采用细菌16rRNA基因通用引物、革兰阴性细菌特异引物、全真菌通用引物和mecA基因特异引物，通过多重PCR对271份临床无菌性体液扩增检测革兰阳性／阴性细菌、真菌和MRS，同时对这些标本进行细菌、真菌培养和甲氧西林对葡萄球菌MIC测定。结果：多重PCR诊断无菌性体液体革兰阳性／阴性细菌、真菌和MRS感染的特异性、灵敏度、阳性预测值、阴性预测值和诊断效率分别为98.5％、97.0％、97.0％、99.0％、98.2％、99.1％、95.9％、95.9％、99.1％、98.5％、99.6％、100％、83.3％、100％、99.6％、100％、48.0％、100％、61.8％、71.7％。结论：多重PCR直接检测无菌性体液中革兰阳性／阴性细菌、真菌和mecA基因所致的MRS具有敏感、快速、特异、准确的优点，是一种可靠的实验诊断手段，但不能代替培养法。     

基于16S rRNA的聚合酶链反应技术用于肺部感染患者痰标本中军团菌的检测

目的建立实时荧光定量聚合酶链反应(real-time PCR)方法,检测肺部感染患者痰液中军团菌属特异性16S rRNA基因。方法利用军团菌属特异性16S rRNA基因保守序列设计引物和探针,优化反应条件和反应体系,对嗜肺军团菌、非嗜肺军团菌及其他病原菌标准菌株进行检测,验证该方法的特异性和敏感性。对150例肺部感染患者痰液标本进行检测,阳性者对基因扩增产物测序作验证试验。结果该方法检测军团菌属所有标准菌株均出现阳性信号,其他非军团菌属检测结果均为阴性,灵敏度为10 cfu/ml。150例肺部感染患者的痰液标本,经荧光定量PCR法检出军团菌阳性27例,阳性率为18.0%(27/150),经16S rRNA基因测序验证,阳性率为15.0%(22/150),经χ2检验二者差异无统计学意义(χ2=3.2,P﹥0.05),表明其较好的符合性和等效性。结论 realtime PCR法检测患者痰液标本中军团菌,具有快速、敏感、特异等特点,适用于临床军团菌感染调查及快速检测。     

临床常见病原菌16S rDNA单链构象多态性分析

目的 原核生物的rRNA基因位点具有高度的保守性,同时不同种属细菌之间又存在相对稳定的变异性,因此可被用于细菌的分类和鉴定.本研究试图利用16S rRNA基因结合分子生物学方法,达到快速鉴定临床常见病原菌的目的.方法 收集临床常见各种病原菌333株,筛选2对通用引物在5′端用不同荧光标记,然后对细菌基因组DNA进行聚合酶链反应（PCR）扩增,产物在测序仪上通过毛细管电泳-单链构象多态性（CE-SSCP）分析,通过不同细菌的峰谱不同达到快速鉴定病原菌目的.结果 所有受试细菌经过CE-SSCP分析后都有各自不同的峰谱出现,相互之间容易区别.结论 利用PCR-CE-SSCP作为病原菌鉴定手段,高效、准确,较传统方法省时,而且灵敏度较高,是一种很有应用前景的细菌快速鉴定方法.     

16S rRNA通用引物在血小板制品细菌污染检测中的应用

目的评价16S rRNA通用引物在快速检出血小板制品中污染细菌的实用性,寻找新的能够快速、准确地检出血小板中污染细菌的方法。方法用分子生物学方法提取样本中细菌DNA,用设计合成的16S rRNA和16S—23S rRNA基因区间引物进行扩增,产物经HaeⅢ酶切,酶切片段与血小板污染常见菌的酶切图谱对比,确定有无污染及污染菌种类。结果16S rRNA通用引物法可以在4h内完成全部检测,其中在保存24h的血小板标本中未检出污染菌,保存48h的血小板标本中有2份分别检出了金黄色葡萄球菌和枯草芽孢杆菌,与全自动细菌培养仪的结果一致。结论16S rRNA通用引物是一种快速、准确检出血小板制品中污染细菌的方法,结果可靠,具有较高的临床应用价值。     

154例肝硬化并发自发性腹膜炎临床分析

目的：探讨肝硬化并发自发性腹膜炎的临床特点。方法：回顾性分析154例失代偿期肝硬化的临床资料。结果：多数患者缺乏腹膜炎的典型症状、体征，腹水细菌阳性率57．852；。结论：肝硬化并发SBP的诊断不能单纯依赖腹水中的白细胞计数，PMN计数是诊断SBP的重要指标。对符合SBP诊断者选择第三代头孢菌素治疗，预防和治疗内毒素血症可选用诺氟沙星口服。     

应用16S rRNA宽范围聚合酶链反应快速检测临床无菌体液感染

目的应用16S rRNA宽范围聚合酶链反应（PCR）快速检测临床无菌体液感染,并与传统培养方法进行比较分析。方法收集94份临床无菌体液（血液、脑脊液、胸腹水、关节液）标本,提取细菌基因组DNA,应用16S rRNA宽范围PCR扩增,并将PCR阳性产物测序,然后将测序结果在美国国家生物技术信息中心（NCBI）上进行BLAST比对,从而确定菌种。同时,应用常规培养方法检测94份无菌体液标本,并对2种方法的结果进行比较。结果 16S rRNA宽范围PCR敏感性高,最低扩增浓度为103 CFU/mL,且该技术特异性高,其阳性扩增产物经测序比对后结果和培养结果完全吻合。另外,94例临床标本中应用培养方法培养出阳性例数为9例,阳性率为9.6%,而应用宽范围PCR,除培养阳性的9例均为阳性外,另外扩增出6例阳性标本,阳性率为15.9%,而此6例经测序证实分别为4株铜绿假单胞菌、1株黏质沙雷菌、1株肺炎链球菌。结论 16S rRNA宽范围PCR与培养技术比较起来,敏感性高,特异性强,有望成为临床无菌体液病原体感染快速筛查的方法。     

采用PCR与RFLP方法快速诊断细菌感染

目的:探讨PCR与RFLP方法快速诊断细菌感染的临床应用价值.方法:选取14种下呼吸道常见病原茵制成DNA模板,用16S rRNA基因保守区建立一对通用引物对其进行PCR扩增,再分别用限制性内切酶Hae Ⅲ,Mnl Ⅰ,Alu Ⅰ,Dde Ⅰ和BstBⅠ酶切,根据RFLP分析鉴定细菌.结果:所有待测细菌经通用引物PCR扩增和HaeⅢ酶切后的电泳图谱呈现多态性,但有部分细茵图谱相同或相似,再分别用MnlⅠ、AluⅠ、DdeⅠ和BstBⅠ酶切,其产生的酶切图谱各异,可以相互区分,从而鉴定出痛原菌.结论:PCR与RFLP分析方法检测病原茵快速简便,是一种具有临床应用价值的快速诊断方法.     

肝硬化并发自发性细菌性腹膜炎临床分析

目的探讨肝硬化并发自发性腹膜炎的临床特点。方法回顾性分析53例失代偿期肝硬化的临床资料。结果多数患者缺乏腹膜炎的症状、体征,腹水细菌培养阳性率15．1％。结论肝硬化并发SBP的诊断不能依赖腹水中的细胞计数而PMN计数是诊断SBP的重要指标。     

反向斑点杂交法检测流感嗜血杆菌核酸

目的　探讨早期、快速检测流感嗜血杆菌的方法。方法　应用流感嗜血杆菌编码外膜蛋白特异的P6基因设计引物 ,通过聚合酶链反应合成特异探针 ,采用反向斑点杂交法检测生物素标记DNA ,并应用于痰标本的检测。结果　只有流感嗜血杆菌扩增出 35 1bp的DNA片段 ,该探针能检测出 10ng的细菌DNA ,与其他细菌、病毒、真菌无交叉反应。该方法和培养法分别检测 5 0份痰标本 ,两者的阳性率分别为 30 %和 2 2 %。结论　该方法快速、特异 ,对流感嗜血杆菌感染有早期诊断价值