一株肠致病性大肠杆菌的全基因组序列分析

目的 分析并找出肠致病性大肠杆菌Deng(Enteropathogenic Escherichia coli Deng,EPEC Deng)的全基因组序列特点.方法 EPEC Deng来源于我国婴幼儿腹泻患者的粪便标本,菌株采用诊断血清鉴定血清型,通过自动细菌鉴定仪,使用微量肉汤法进行药敏试验.进一步提取细菌总DNA,构建测序文库,通过Illumina 2000仪器测序,然后利用多引物PCR等方法进行补缺口及拼接,最终获得完整的全基因组.采用相关软件获得基因序列,通过对比已知的蛋白数据库进行基因功能注释及生物信息学分析.结果 EPEC Deng菌株归属O119:H6,药敏结果显示该菌株对环丙沙星、左氧氟沙星、氨苄西林及氨苄西林/舒巴坦耐药,对其余的抗菌药物均敏感.EPEC Deng基因组包含5 233 046 bp,GC含量50.48％.基因组通过注释后总共有5 347个编码蛋白序列,80个tRNA的编码基因,以及22个完整的rRNA基因编码的操纵子.EPEC染色体基因组中含有致病岛,大小约为40Kb左右,与数据库中的一个37Kb的致病岛(AF200363.1)序列极为相似,相似度达到99％.结论 完成了肠致病性大肠杆菌基因组精细测序分析,PAI是EPEC致病的关键,为进一步研究菌株的进化关系提供了基因数据.     

利奈唑胺诱导粪肠球菌耐药50S核糖体蛋白突变位点分析

目的阐明体外诱导利奈唑胺耐药粪肠球菌的核糖体蛋白位点变异特征。方法收集1株血流感染的粪肠球菌利奈唑胺敏感株,通过体外浓度倍增法诱导利奈唑胺耐药;挑取单克隆,经E-test条测定MIC值,获得各菌株的耐药浓度梯度;提取耐药菌株基因组DNA,PCR扩增核糖体蛋白L3和L4(对应rpl C和rpl D基因),扩增产物经测序后与野生株比较,获得核糖体蛋白及对应氨基酸的突变位点。结果经体外多步法诱导利奈唑胺耐药的不同MIC值粪肠球菌共13株。PCR测序分析2株母株均无变异位点,rpl C基因对应的氨基酸位点不尽相同,rpl D基因普遍存在T301C位点变异,对应的氨基酸为Phe101Leu。结论体外多步法可诱导粪肠球菌利奈唑胺耐药,耐药机制与核糖体蛋白位点突变密切相关,但仍需进一步研究证实突变位点与耐药的关系。     

利奈唑胺体外诱导粪肠球菌中介耐药及机制研究

目的 研究利奈唑胺对粪肠球菌中介耐药的体外诱导作用并探讨其耐药机制.方法 采用多步诱导法对4株临床分离粪肠球菌以及质控菌株进行体外诱导耐药试验,采用琼脂平皿二倍稀释法测定诱导前后的MIC值,采用PCR测序法检测粪肠球菌4个23S rRNA V区基因的变异.结果 4株临床分离粪肠球菌和质控菌株均诱导出中介株和稳定耐药株,在中介株和耐药株中均检测到了G2576U、G2505A和C2424U变异,2株中介株和耐药株还同时存在G2576U和C2424U变异.结论 利奈唑胺可体外诱导粪肠球菌产生中介株和稳定性耐药株,粪肠球菌中介株即可出现23S rRNA V区基因变异.     

1例肺炎患者利奈唑胺耐药粪肠球菌定植规律研究

目的研究1例肺部感染患者体内利奈唑胺耐药粪肠球菌株突变以及定植特点。方法从1例反复发作肺炎(1年内反复发作5次)的急性白血病患者的气管分泌物中分离出10株粪肠球菌株,菌株的MIC值通过E-test测定,经PCR扩增细菌4个拷贝23S r RNA基因V区基因,测序分析突变位点,通过脉冲场凝胶电泳(PFGE)观察分离菌株同源性。结果患者5次肺炎发作从气管分泌物中分离的10株粪肠球菌株均为利奈唑胺不敏感株(4株为中介耐药株,6株为耐药株),通过PCR和测序发现4株利奈唑胺中介耐药株含有1个拷贝23S r RNA基因V区G2424U突变,而利奈唑胺耐药菌株同时含有G2424U和G2576U双突变。通过PFGE分型检测提示10株粪肠球菌株具有同源性。通过肉汤稀释法鉴定这些菌株均对万古霉素敏感。结论利奈唑胺耐药粪肠球菌株可能长期定植于患者体内,并导致反复感染。     

利奈唑胺体外诱导粪肠球菌V区突变及耐药相关性研究

目的 观察利奈唑胺是否能在体外诱导肠球菌产生高水平耐药,同时探索其耐药机制与23S rRNA的V区突变的关系,以及突变的基因拷贝数是否与耐药程度(MIC值)相关.方法 5株耐药机制未明的利奈唑胺低水平耐药粪肠球菌(MIC:4～ 16 μg/mL)持续给予利奈唑胺进行体外诱导,观察其耐药水平变化;采用PCR技术扩增诱导菌和ATCC 29212的23S rRNA的V区片段以及编码核糖体蛋白L3、L4基因片段,分析有无V区和L3、I4突变及V区突变拷贝数.结果 通过利奈唑胺持续诱导,5株耐药菌的MIC值较原菌株获得8～32倍增加,最高MIC值超过256 mg/L;其中有3株菌23S rRNA的V583区发生G2576T突变,其余2株菌未发现V区突变;所有诱导菌未发现L3、L4核糖体蛋白氨基酸改变.结论 利奈唑胺在体外可诱导粪肠球菌MIC值迅速增加,其V区G2576T突变与高水平耐药密切相关,且突变拷贝数量与MIC值增高呈正相关.     

105株粪肠球菌耐药分析

目的:分析粪肠球菌在临床感染中的耐药特征.方法:采用手工方法测定分析分离出的105株粪肠球菌对11种抗菌药物的耐药特征.结果:粪肠球菌对万古霉素敏感率最高97.1%,氨卞西林96.2%、呋喃妥因93.3%,对庆大霉素、青霉素、氧氟沙星、氟哌酸等为50%以下,均有不同程度的耐药.结论:及时了解粪肠球菌感染情况及对其抗菌素的敏感程度对感染者的治疗康复十分重要.     

利奈唑胺耐药而万古霉素敏感的屎肠球菌1例

患者,男,32岁,既往体健。因车祸致左小腿毁损伤、右侧胫腓骨骨折、失血性休克、肺挫伤、成人呼吸窘迫综合征（ARDS）而于2008年5月25日急诊收住。予抗休克综合急救措施并急诊行左小腿截肢及双下肢清创缝合术等处理后转入ICU监护加强治疗。入科后,生化及血气检查结果显示患者存在心、肝、肾功能损害及ARDS、凝血功能障碍而一直予机械通气辅助通气,     

利奈唑胺治疗老年患者院内肠球菌感染的疗效和安全性

目的探讨利奈唑胺治疗老年患者医院内肠球菌感染的疗效与安全性。方法回顾性分析25例老年医院内感染肠球菌患者应用利奈唑胺治疗的临床资料。结果利奈唑胺应用临床总有效率为80.0%(20/25),细菌总清除率为72.0%(18/25)。不良反应除少数胃肠道反应、肝功能异常、头痛外,血小板减少发生率为64.0%(16/25),其中血小板≤50×10~9/L者3例、血小板≤30×10~9/L者2例。自用药至血小板减少的时间为6～25(11.1±4.9)d。血小板减少患者中出现出血并发症4例(16.0%),给予输注血小板治疗3例(12.0%)。结论利奈唑胺治疗老年院内感染肠球菌的疗效肯定,但要高度重视血小板减少的问题。     

338株粪肠球菌的临床分析

目的 探讨粪肠球菌在本院临床各科室的分布及对10种抗生素的耐药情况。方法 将临床分离到的338株粪肠球菌采用Kirby-Bauer纸片琼脂扩散法对10种抗生素的耐药情况进行分析。结果 粪肠球菌对大多数常用抗生素耐药率〉50％,只有呋喃妥因的耐药率较低,并发现12株耐万古霉素的粪肠球菌 。结论 临床标本分离出的粪肠球菌应根据药敏试验结果选用合理的抗生素,且注意万古霉素的使用,防止该类药物耐药率的升高。     

HPLC测定利奈唑胺的血药浓度

目的 建立人血浆中利奈唑胺浓度测定的高效液相色谱法。方法 以苯巴比妥为内标,血浆样品用乙腈沉淀蛋白,采用Luna C₁₈柱(250 mm×4.6 mm,5 μm)分析。流动相为乙腈-水(25∶75),流速为1.0 mL·min^-1,检测波长251 nm,柱温35 ℃。 结果 本法在0.1～40 mg·L^-1内线性关系良好(r=0.999 9),检测限为0.05 mg·L^-1,日内、日间RSD均小于4％。结论 本方法简单、灵敏、准确,适用于利奈唑胺临床血药浓度监测及人体药动学研究。     

铜绿假单胞菌LCT-PA220菌株全基因组序列测定与分析

目的全基因组测序和分析铜绿假单胞菌LCT—PA220菌株,研究空间因素对细菌全基因组的影响,为宇航员的保健奠定基础。方法通过革兰染色鉴定LCT—PA220属性,提取基因DNA、构建文库并上机测序;加工处理原始测序数据后进行基因组组装、注释和分析。结果铜绿假单胞菌LCT—PA220菌株革兰染色阴性,基因组为6．87M,包括5829个编码序列,平均长度为962bp,预测到为54个tRNA基因,COG数据库和KEGG数据库比对共注释到22组COG功能和32条KEGG信号通路。结论铜绿假单胞菌LCT—PA220菌株全基因组测序和基因组清楚,为后续对该菌株的研究打下了基础。     

登革1型病毒GZ2002株全基因组测序与分析

目的对2002年分离自广州登革热患者的1型登革病毒GZ2002株进行全基因组序列测定及分析,为探讨其来源和基因组特征提供依据。方法利用C6/36细胞增殖GZ2002株,出现典型细胞病变后收集感染细胞及病毒液提取R NA。根据5株登革病毒1型标准株AY145123、FJ176780、FJ176779、DVU88536、EF025110全序列设计6对相互覆盖的引物。采用R T-PCR法扩增覆盖GZ2002株基因组全长的6个cDNA片段,并将其分别克隆到pMD-18T载体上,通过序列测定和重叠序列拼接获得全基因组序列。结果 GZ2002株基因组全长10 735 nt,单一阅读框长10 176 nt,推测编码3 392个氨基酸,5’及3’-UTR分别为94 nt和462 nt,无显著的密码子偏嗜性。GenBank登录号:JN205310。系统进化分析显示GZ2002株属于DENV-1型基因IV型。比较不同致病性的DENV-1型毒株发现,随DENV毒株致病力的增强,编码区氨基酸突变位点明显增多。GZ2002株、泰国16007株、柬埔寨株及印度尼西亚98901530株的5’-UTR二级结构高度保守,3’-UTR分析显示强毒力泰国16007株与柬埔寨株均存在高突变区。结论 GZ2002株属于DENV-1型基因IV型,可能与1998年印度尼西亚DENV-1流行株相关,编码区株特有氨基酸变异位点及3’-UTR高突变区的生物学意义值得进一步探讨。     

郑州市B19病毒分离株全基因的克隆及序列测定

目的：克隆和测定在郑州市得到的B19病毒分离株全基因序列。方法：采用聚合酶链反应(PCR)技术从l例B19阳性的流产患者血清中分段扩增B19病毒全基因,获得7个互相重叠的片段,分别长814bp(1～814),849bp(753～1601),663bp(1523～2185),738bp(2124～2861),1011bp(2790～3800),1014bp(3747～4760),914bp(4681～5594)。将其分别克隆入T载体,进行测序分析。结果：郑州市B19病毒分离株全基因长5594个核苷酸,有3个开放读码框架(ORF)。第1个ORF位于615～2630位核苷酸,编码672个氨基酸,第2个ORF位于2623～4968位核苷酸,编码782个氨基酸,第3个ORF位于3304～4968位核苷酸,编码555个氨基酸。在该基因中4种碱基在基因组中所占比例为：A,29.58％(1655／5594),T,26.52％(1484／5594),G,22．88％(1280／5594),C,21．02％(1175／5594)。郑州B19病毒分离株基因序列与GenBank中NC_000883高度同源;存在10个碱基改变,只有1个引起氨基酸改变(3752位C→G导致Ser→Cys)。结论：郑州B19病毒分离株和NC_000883属同一基因型。     

广州市登革1型病毒基因组测序及系统进化分析

目的：对引起2002年广州登革热的登革1型病毒分离株（71/02GZ）进行全基因组测序和系统进化分析。方法：采用C6/36细胞培养71/02GZ,分别采用RT-PCR,5’RACE和3’RACE扩增基因组中编码区序列、5’和3’末端非编码区序列,PCR产物克隆到载体并测序,拼接成全基因组序列,分别基于E基因序列、E/NS1连接区240 nt、基因组中10 016 nt进行系统进化分析。结果：71/02GZ株基因组全长10 735 nt,两端非编码区（NCR）长度分别为94 nt和462 nt。基于E基因序列、E/NS1连接区240 nt、基因组中10 016 nt的进化分析结果显示71/02GZ株和2002年广州分离株（GZ01/02,GZ/218/2002）,1995年广东分离株（GD23/95,GD01/95）、1995年广州分离株（GZ01/95）组成一个基因型;而1999年广东分离株（GD05/99）,1997年广东分离株（GD14/97）和1980年广州分离株（GZ/80）属于另一个基因型;另外,71/02GZ株同1998年印度尼西亚分离株（98901530 DF DV-1-ID）的同源性最高。结论：71/     

肠道病毒71型山东分离株全基因组序列分析

目的 探讨2008年山东省流行的肠道病毒71型(EV71)的基因特征。方法 以2008年山东省分离的一株EV71(JN200804)为样本,采用RT-PCR方法扩增并测定全基因组核苷酸序列,进行同源性比较和种系发生分析。结果 JN200804株的全基因组序列长度为7404个核苷酸,与其他EV71毒株相比,在编码区没有核苷酸的缺失和插入,5′ UTR和3′ UTR的长度和序列有差异。核苷酸同源性比较结果表明,JN200804株与安徽株(Fuyang/17.08/1)、浙江株(Zhejiang08)和北京株(BJ08)的核苷酸同源性均大于95%,与国际标准株BrCr的同源性仅为79.8%。氨基酸同源性比较结果表明,JN200804株与Fuyang/17.08/1同源性高达99.6%,与TW/2086/98同源性最低(94.5%)。根据P1、P2和P3区基因序列构建了种系进化树: JN200804株与C4亚型各毒株(Fuyang/17.08/1、Zhejiang08、BJ08、SHZH03、N3340-TW-02和SHZH98)同属一个分支,核苷酸同源性都在91%以上。结论 JN200804株属于EV71的C4亚型,与AnhuiFY08、Zhejiang08和BJ08的进化关系最为密切。     

2009年肠道病毒71型广州分离株的全基因组序列分析

目的分析2009年肠道病毒71型广州分离株GZHY09的全基因组序列,并与GenBank中的序列进行分析比对。结论从GenBank上选不同地区的EV71全基因组序列,设计相互重叠的覆盖病毒整个基因组序列的12对引物,采用RT-PCR扩增出12个基因片段,通过测序获得全基因组序列,并参考国内外各EV71基因型的分离毒株,用MEGA4软件进行进化树分析,用DNAStar软件中的MegAlign进行同源性分析。结果 12个重叠基因片段序列拼接获得EV71全基因组序列,共7404个核苷酸,同源性分析结果表明在VP1区,GZHY09株与中国大陆的Anhui08、Zhejiang08、Shenzhen08的核苷酸序列同源性比较高,其中以Anhui08最高(97.7%)。结论 GZHY09属EV71病毒的C4亚型,与近年我国大陆地区流行的EV71株在进化上属于同一基因型,与Anhui08、Zhejiang08、Shenzhen08具有高度的同源性。     

一组分离自男男性行为人群HIV-1毒株的近似全长序列分析

目的对5名北京市男男性行为者体内人类免疫缺陷病毒-1（HIV-1）全基因组特征进行全面分析。方法采用淋巴细胞共培养法分离出病毒,并采用RT-PCR法扩增出其近似全长基因组,测序后对其基因序列特征进行深入分析。结果经系统进化和重组分析,分离出的5株病毒分属CRF07_BC、CRF01_AE和B亚型。病毒虽然分属不同亚型,但膜区糖基化位点的数目和分布位置都趋于保守,V3环顶端序列存在GPGR和GWGR两种形式,嗜性预测皆为M嗜性。结论男男性行为人群中HIV-1流行毒株存在CRF01_AE、CRF07_BC和B亚型。本研究获得的全长序列将为研究HIV-1各亚型在男男性行为人群中的传播和进化提供理论依据。     

Analysis of Translocation of the CagA Protein and Induction of a Scattering Phenotype in AGS Cells Infected with Helicobacterpylori

Objective To investigate whether the presence of structured CagA proteins in Western- and Eastern-type Helicobacter pylori （H. pylori） induces different incidences of gastric diseases. Methods CagA and phosphorylatd CagA were expressed in AGS gastric epithelial cells infected with wild type and mutant strains. The ability of individual CagA was determined by immunoprecipitation and Western blot assay. Morphological changes of these cells were observed under microscope to evaluate the appearance of elongation hummingbird phenotype. Results The sizes of CagA proteins in different strains were different, and no phosphorylated CagA proteins were detected in wild-type strains. Meanwhile, the kinetics of CagA status in AGS infected with H. pylori was detected. The molecular weight of phosphorylated CagA with the same size of CagA proteins in H. pylori was different in infections with different wild-type strains. CagA and phosphorylated CagA increased in a time-dependent manner after the infection. The hummingbird phenotype with H. pylori for time-course was observed under microscope. Instead of HPK5 strain, the wild-type 26695 strain induced hummingbird phenotype in a time-dependent manner. Conclusion Translocation and phosphorylation of CagA are necessary, but not sufficient, for the induction of hummingbird phenotype in AGS cells.