登革2型病毒04株基因组全序列的测定

目的 对我国登革２型病毒０４株（Ｄ２－０４）基因组进行全序测定及分析，为了解其基因组织结构与生物功能的关系及研究开发登革病毒新型疫苗奠定基础。方法 根据登革２型国际标准株ＮＧＣ的序列，设计１３对重叠引物，通过ＲＴ－ＰＸＣＲ扩增同Ｄ２－０４株不同的ｃＤＮＡ片段，分别克隆到ｐＧＥＭ－Ｔ载体，转化受体菌ＤＨ５α，挑取阳性克隆进行ＰＣＲ、酶切鉴定及序列测定。结果 Ｄ２－０４株的基因组全长１０７２３个碱基，     

我国登革2型病毒43株基因组全长cDNA的构建

目的 构建我国登革2型病毒43株基因组全长cDNA,为进一步研究其体外RNA转录产物的感染性,阐明致病机理及探索新型疫苗奠定基础。方法 根据登革2型病毒参考株NGC株的核苷酸序列,利用DNASTAR软件设计覆盖登革2型病毒43株基因组的6对重叠引物。从感染登革2型病毒43株的乳鼠脑中提限病毒基因组RNA,采用RT－PCR分别扩增6条基因片段,并将其分别与pGEM－T载体进行连接。重组质粒用PCR进行快速鉴定,并在377A型自动测序仪进行序列分析。然后利用单一酶切位点,分别自阳性重组子上切下各基因片段,在体外分别进行5′半分子和3′半分子的连接,最后将5′和3′半分子连接成基因全长的cDNA。扩增各接头两侧长约457－691bp的基因片段,连接至T载体后测序,从而对全长cDNA进行鉴定。结果 共扩增出6条约1．5－2．5kb的基因自然,并在体外进行连接,获得了全长cDNA。结论 通过测序证实成功地构建了我国登革2型病毒43株基因组全长cDNA分子。本研究结果将为阐明我国登革病毒株的毒力及致病机理奠定基础。     

由构建的基因组全长cDNA所回收的我国登革2型病毒株的鉴定

目的 由构建的病毒基因组全长cDNA回收具有感染性的我国登革2型病毒株，为进一步阐明登革2型病毒的致病机制及其新型疫苗的研制奠定基础。方法 用SP6 RNA聚合酶系统制备我国登革2型病毒（D2－43）株基因组全长cDNA的体外RNA转录物，纯化后经电穿孔法转染C6／36细胞，观察致细胞病变作用以判断其感染性。从病变的细胞和培养上清中提取总RNA，通过RT－PCR扩增及克隆测序的方法证实细胞病变确为RNA转录物感染所致。同时收集可产生细胞病变的培养上清，再感染C6／36细胞以进一步证实所回收的登革2型病毒感染的稳定性。结果 以我国D2－43病毒株基因组全长cDNA为模板制备的体外RNA转录物可使C6／36细胞产生病变，从病变细胞和培养上清中可扩增获得病毒特异的基因片段。在培养细胞中进行连续传代仍可产生细胞病变作用。结论 构建的我国D2－43株基因全长cDNA的体外RNA转录物对传代蚊细胞具有感染性，表明可产生完整的病毒颗粒。本研究可为阐明登革2型病毒的致病机理及探索新的预防和治疗措施奠定基础。     

应用长链RT-PCR法扩增我国登革2、4型病毒株全长cDNA

目的：采用长链RT-PCR技术扩增登革2型及4型病毒基因组全长cDNA，为构建登革病毒全长cDNA克隆、表达，深入阐明致病机理及探索新型疫苗奠定基础。方法：根据已测定的登革2、4型病毒全基因组序列，设计上下游引物。从感染登革病毒的乳鼠脑中提取病毒基因组RNA，采用长链RT-PCR技术进行扩增。为检验扩增产物的特异性，以PCR产物为模板扩增覆盖基因组的10个片段。将含有复杂二级结构的5′非编码区扩增片段，在377A型自动测序仪进行序列分析。结果：扩增出登革2、4型病毒基因组全长近11kb cDNA分子，非编码区测序结果表明扩增产物为登革2、4型病毒所特有。结论：利用长链RT-PCR首次成功扩增出登革病毒全长cDNA分子。     

新分离登革2型病毒福建株基因组全序列的测定

目的 对新近分离的导致1999年福建省登热流行的登革2型病毒FJ－10株进行基因组全序列测定及系统发生树分析。方法 利用RT－PCR和5′、3′RACE法扩增FJ－10株cDNA,并进行克隆测序,利用DNASTAR折Clustal方法绘制系统发生树。结果 JF－10株基因组全长10723个核苷酸,有1个单一开放读码框架（ORF,第97－10269nt）,编码3391个氨基酸,5′和3′非编码区长度分别为96和454个核苷酸,通过与标准株NGC株和我国其他地区分离株DEN2－04、43、44株比较,核苷酸同源性分别为94.0%、92.8%、93.9%和93.9%,氨基酸同源性分别为97.9%、97.2%、97.7%和97.9%。以47株登革2型病毒E／NS1连接区240个核苷酸序列进行发生树分析,福建株与印度尼西亚和斯里兰卡分离株亲缘关系较近,同属第Ⅳ基因型。结论 FJ－10株基因组全序列一级结构与其他登革2型病毒类似,其基因型不同于我国其他地区分离株DEN2－04、43和44株。     

我国登革2型病毒43株包膜E蛋白MBP-B165抗原性的研究

目的 通过对我国登革2型病毒株包膜E蛋白包括B区在内的第267－432氨基酸编码基因片段的表达,研究MBP－B165蛋白的抗原性。方法 首先采用PCR方法扩增了编码B165蛋白的基因片段,并将其插入到pMal－C2核载体进行融合表达。采用蛋白印迹和ELISA法对表达产物进行特异性鉴定。用表达的融合蛋白MBP－B165免疫大白兔,产通过ELISA法检测兔免疫血清中登革2型病毒特异的抗体。结果 表达的融合蛋白MBP－B165可与我国登革2型病毒株抗体特异结合,而且与登革1、3和4型病毒参考株的多克隆抗体均具有较高的反应性。用表达蛋白免疫大白兔可产生针对我国登革2型病毒株E蛋白的特异抗体,并且该抗体与基他3个型病毒参考株有交叉反应。结论 我国登革2型病毒43株E蛋白包括B区在内的第267－432氨基酸序列具有一定的抗原性,而且具有黄病毒亚组特异的反应性表位,即4个型登革病毒的结构保守性表位。     

登革2型病毒04株5‘和3’末端的序列分析

目的 观察登革２型病毒０４株（Ｄ２－０４）基因组５’和３’末端序列。方法 从Ｄ２－０４感染的Ｃ６／３６细胞中提取总ＲＮＡ,以该ＲＮＡ为模板,利用ＲＡＣＥ法,分别扩增Ｄ２－０４株的５’和３’末端ｃＤＮＡ片段。将其分别与ｐＧＥＭ－Ｔ载体连接得到含有５’端５３５ｂｐ和３’端５０３ｂｐ ｃＤＮＡ的重组质粒,并测定上述ｃＤＮＡ插入片段的序列。将Ｄ２－０４的５’和３’端非编码区的核苷酸序列与其它登芏２型毒株进     

我国登革2型病毒E基因的克隆与表达研究

以我国登革２型病毒４３（Ｄ２－４３）株ＲＮＡ为模板，采用ＲＴ－ＰＣＲ技术扩增了Ｅ基因。扩增的ｃＤＮＡ片段约１２９０ｂＰ， 与预期大小相一致，经ＨｉｎｄⅢ酶切鉴定和Ｓｏｕｔｈｅｒｎ印迹杂交证实了Ｅ基因片段的特异性。将Ｅ基因的扩增片段首先克隆到ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐtⅡＫＳ~＋质粒ＤＮＡ中，利用重组子中载体的酶切位点，将该基因片段再克隆到高效表达载体ｐＢＶ２２０中。用ＰＣＲ技术从２０个重组子中筛选出６个阳性克隆　，经ＳａｌⅠ和ＰｓｔⅠ酶切进一步鉴定，证明这６个重组质粒中均含有Ｅ基因片段。采用温控诱导，４小时表达的蛋白量约占菌体总蛋白的２０％。经Ｗｅｓｔｅｒｎｂｌｏｔ分析证明，表达的蛋白可与该病毒株的多克隆腹水抗体和登革２型病毒标准株的单克隆抗体起特异反应。     

新分离的无乳鼠神经毒力的登革2型病毒福建株基因组结构特征的研究

目的 测定对乳鼠不致病登革2型病毒福建株（DEN2－FJ11）全基因组序列，探讨其基因组结构与功能关系。方法 采用RT－PCR和5′、3′端RACE方法测定病毒基因组的全序列，并运用DNASTAR软件的Clustal法将该毒株的序列与其它6株登革2型病毒进行比较，分析其进化关系。结果 DEN2－FJ11株基因组全长10723个核苷酸，含有1个单一的读码框架，编码3391个氨基酸。5′、3′端非编码区（NCR）长度分别为96和454个核苷酸。DEN2－FJ11与同时分离的对乳鼠致病的FJ10株之共有32个核苷酸不同及13个氨基酸的变化，其中8个氨基酸是其极性或电荷的改变。3′端非编码区134位的单个核苷酸变化导致其二级结构改变。DEN2－FJ11与FJ10株的核苷酸和氨基酸的同源性分别为99.7%和99.6%，这2株病毒与印度尼西亚株亲缘关系最近，同为Ⅳ基因型。结论 DEN2－FJ11株基因组与FJ10株及其它登革2型病毒株类似。位于病毒编码区的8个氨基酸差异及3′端非编码区134位的核苷酸可能与病毒的乳鼠神经毒力有关。     

登革2型43株病毒包膜蛋白E基因的聚酶链反应扩增

以我国登革２型４３株病毒ＲＮＡ为模板，采用逆转录－聚合酶链反应技术扩增Ｅ基因片段。拟扩增的Ｅ基因片段始于登革病毒编码序列５＇端有１个ＥｃｏＲＩ位点。建立了扩增大片段的实验条件并制备出了大于１２００ｂｐ以上的片段。     

广东登革3型病毒株的分离培养和鉴定

目的对2009年发生于广东地区的3例家庭聚集性登革热患者血清进行登革病毒的鉴定和病毒株的培养分离。方法用胶体金法检测患者血清中登革病毒特异性IgM、IgG抗体;C6／36细胞培养患者血清中登革病毒;RT—PCR扩增C．PrM基因序列的片段以检测患者血清中登革病毒RNA,PCR产物经序列测定后进行生物信息学分析。结果3例患者血清学检测均为登革病毒特异性IgM阳性、IgG阴性;特异性RT—PCR产物长约290bp,经琼脂糖电泳和测序分析,证实3例患者血清中均存在登革3型病毒;从1例患者血清中培养分离到了登革病毒株,经RT—PCR和测序证实为登革3型病毒。结论2009年发生于广东地区的3例登革热患者经病毒培养和分子生物学鉴定,证实均为登革3型病毒感染。     

我国登革2、3、4型病毒全长cDNA体外RNA转录体的感染性研究

目的 研究我国登革2、3、4型病毒全长cDNA体外RNA转录体的感染性，为构建登革病毒的感染性克隆、深入阐明病毒的致病机理奠定基础。方法 以我国登革2、3、4型病毒基因组全长cDNA为模板，用SP6 RNA聚合酶系统制备体外RNA转录体，经电穿孔转染细胞，观察其致细胞病变效应。从病变细胞培养上清中提取总RNA，用病毒特异引物进行RT-PCR扩增，以证实细胞病变为转录体RNA的恢复病毒所致。结果 我国登革2、3、4型病毒全长cDNA的体外RNA转录体均可使细胞产生病变，从细胞培养上清中可扩增出登革病毒特异的片段。结论 构建的我国登革2、3、4型病毒全长cDNA的体外RNA转录体具有感染性．可在蚊传代细胞内恢复为登革病毒颗粒。     

贵州白纹伊蚊对登革病毒易感性的研究

目的 用细胞、分子生物学技术进行贵州省白纹伊蚊不同地理株对登革病毒(DEN)易感性的研究。方法 采集贵州省9个地(州)市共计15个县(区)白纹伊蚊幼虫标本，饲养为成蚊；取羽化后3～5日龄期的贵州不同地理株白纹伊蚊，用不同型别的DEN分别经口连续感染3d，于首次感染后的4、7、10、14d收集感染成蚊标本；制备蚊悬液，碘化钠法提取RNA，用DENNS1基因区通用引物经逆转录．聚合酶链反应(RT-PCR)检测DEN核酸；蚊悬液接种C6／36细胞进行病毒分离，制作细胞抗原片，经间接免疫荧光法检测DEN抗原；同时感染白纹伊蚊海南株作为对照。结果 DEN1-4型国际参考株感染白纹伊蚊贵州省不同地方株，其感染比率分别为12／15、12／15、8／15和13／15。结论 白纹伊蚊贵州省不同地方株对DEN1-4型国际参考株普遍易感，表明贵州省具备引起登革热流行的条件。     

Detection of flavivirus RNA in infected cells using photobiotin-labelled hybridization probes

Ten plasmids containing viral cDNA inserts of portions of the dengue virus type 2 (DEN-2) or Kunjin virus (KUN) genomes were biotinylated using photobiotin acetate and used as probes for the detection of flavivirus RNA in infected Vero cells. The viral cDNA inserts ranged in length from 0.19 to 2.7 kilobase pairs, and represented segments of the flavivirus genome coding for structural and nonstructural proteins. In spot hybridization assays (hybridization at 60 degrees C) with RNA extracted from cells infected with one of fourteen different flaviviruses or Semliki Forest virus, all DEN-2 and KUN probes hybridized specifically with RNA from cells infected with DEN-2 or KUN, respectively. At the reduced stringency of lower temperatures, specific hybridization to homologous viral RNA was still a feature of the probes, and only limited cross-hybridization to the RNA of some other flavivirus species was detected.