基于竞争性内源RNA网络探讨豆甾醇干预肺鳞癌的作用机制

目的：利用生物信息学和网络药理学方法,对肿瘤基因组图谱（TCGA）数据库进行分析,探究豆甾醇与肺鳞癌（LUSC）发生发展相关的调控网络及药物作用机制。方法：综合TCGA RNA-seq数据,利用R 4.0.2进行加权基因共表达网络分析（WGCNA）、差异表达分析、基因本体论（GO）分析和蛋白相互作用网络（PPI）分析筛选核心基因,构建竞争性内源RNA（ceRNA）网络,基于网络药理学进行分子对接,分析豆甾醇作用于LUSC的机制。结果：WGCNA联合差异表达分析共确定801个信度高的基因,它们与染色体分离、有丝分裂核分裂、染色体着丝粒区域等功能密切相关。基于PPI分析得出前10个关键基因（CDC20、BUB1、CCNB2、BUB1B、CDK1、CCNB1、KIF2C、NDC80、CDCA8、CENPF）,且均与生存率密切相关,最终构建了CDCA8与上游miRNA hsa-let-7b-5p及与之关联的14个lncRNAs的ceRNA网络。豆甾醇与CDCA8对接良好。结论：14个lncRNAs与hsa-let-7b-5p竞争性调控CDCA8,可能在肺鳞癌发生发展过程中发挥重要作用,可能是豆甾醇干预LUSC的潜在机制。     

竞争性内源RNA与肿瘤病理机制

竞争性内源RNA(ceRNA)是一类RNA分子的统称,包括mRNA、假基因、长非编码RNA(lncRNA)、环状RNA(circRNA).ceRNA通过竞争性结合共同的微小RNA(miRNA)而削弱其对mRNA翻译的抑制作用.多项研究已证实ceRNA失调与乳腺癌、胃癌、淋巴瘤等肿瘤发生密切相关.随着ceRNA的研究深入,其或可作为肿瘤的临床诊断标志及治疗靶点.     

通过竞争性内源RNA调控网络筛查肝细胞癌预后相关分子

目的:通过构建肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的竞争性内源RNA(competing endogenous RNAs,ce RNA调控网络,寻找与HCC发生发展及预后相关的分子。方法:从TCGA数据库下载HCC转录组数据,通过\"Perl\"语言处理转化得到mRNA、lncRNA和miRNA的表达谱矩阵。通过\"Edge R\"包提取3种RNA的差异表达基因(differential expression genes,DGEs),其阈值为|log FC|>2.0且P<0.01。通过数据库比对得到差异lncRNA-差异miRNA、差异miRNA-差异m RNA关系对,导入至Cytoscape软件构建ceRNA调控网络图。整理3种DGEs相关的生存数据,通过\"Survival\"包及Kaplan-Meier Plotter分析软件进行生存分析,绘制DGEs的生存曲线,分析获取预后相关基因。结果:成功构建HCC的lncRNA相关ceRNA调控网络,通过该网络分析DGEs间的相互作用和调控关系,获取3条lncRNA-miRNA-mRNA调控关系对,其中1条调控通路(CCDC26-hsa-mir-141-EPHA2)符合ceRNA理论。预后分析显示,14个mRNA高表达组患者生存率低于低表达组,可作为HCC不良预后的生物标志物;1个lncRNA(TSPEAR-AS1)和2个mRNA(CPEB3和PROK2)低表达组患者生存率低于高表达组(P<0.05或P<0.01),可能是HCC的保护性基因。结论:通过HCC lncRNA相关的ceRNA调控网络筛查到高表达的14个mRNA可能为HCC不良预后相关分子,低表达的1个lncRNA和2个mRNA可能为HCC良好预后相关分子,研究结果为HCC治疗和预后测评提供了参考依据。     

长链非编码RNA HAGLR对乳腺癌预后的影响及其竞争性内源RNA互作网络的构建

目的探究长链非编码RNA(lncRNA)HAGLR在乳腺癌中的表达情况及其对乳腺癌预后的影响, 并构建竞争性内源RNA(ceRNA)网络。方法采用Atlas of Genetics and Cytogenetics in Oncology and Haematology网站检索HAGLR基因染色体定位及转录本表达情况。采用lnclocater网站预测HAGLR亚细胞定位。通过lnCAR数据库分析HAGLR在乳腺癌组织和癌旁组织的差异表达情况, 按HAGLR表达水平, 将lnCAR数据库患者分为HAGLR高表达组和HAGLR低表达组, 采用Kaplan-Meier法分析两组间总生存(OS)及无转移生存情况, 并通过UCSC Xena数据库进行验证。通过lnCAR数据库检索HAGLR共表达基因, 将排位前200个共表达基因提交至Metascape网站, 进行基因本体(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)功能富集分析, 构建蛋白互作网络(PPI)。采用生物信息学在线分析网站starbase预测HAGLR靶向的微RNA(miRNA)和可直接编码蛋白的mRNA, 通过Cytoscape3...     

基于竞争内源性RNA网络探讨槲皮素在肺腺癌中的作用靶点

目的:利用从肺腺癌（LUAD）数据集中筛选的差异表达基因（DEGs）、差异表达lncRNA（DElncRNA）及其上游miRNA,构建LUAD的竞争内源性RNA网络（ceRNA）,探索槲皮素可能的作用靶点。方法:从基因表达综合数据库（GEO）及肿瘤基因组图谱数据库（TCGA）中检索并筛选LUAD基因及lncRNA表达数据集,对差异表达基因（DEGs）进行富集和功能注释。使用在线数据库预测miRNA及lncRNA,建立ceRNA调控网络,并通过网络药理学分析槲皮素的药物靶点。结果:构建了AURKA与上游hsa-miR-363-3p及AP000553.1、LINC00858、AL354707.1的ceRNA调控网络,槲皮素与5DOS对接良好。结论:AP000553.1、LINC00858、AL354707.1与hsa-miR-363-3p竞争性调控AURKA,进一步影响LUAD预后,槲皮素可作用于AURKA。     

肺腺癌竞争内源性RNA网络的综合分析:基于肿瘤基因组图谱数据库

目的:基于肿瘤基因组图谱数据库（TCGA）架构肺腺癌（LUAD）竞争内源性RNA（ceRNA）网络,鉴定潜在的生存关联性生物标志物,并确定特异性治疗的小分子药物。方法:依据纳入研究标准,利用Edger软件筛选LUAD组织与正常组织(mRNA、lncRNA和miRNA)差异表达的基因。通过miRcode、miRDB、TargetScan和miRanda数据库对差异表达的RNA之间的关系进行分析,构建ceRNA网络。采用Kaplan-Meier方法分析ceRNA网络中的RNA表达量与生存预后的关系,通过富集分析对网络中的mRNA基因功能和调控通路进行分析。通过Cmap数据库筛选治疗LUAD的特异性小分子药物。利用D-lnc软件确定与关键的lncRNA相关的特异性小分子药物。结果:mRNAs(ELAVL2和PBK)、miRNAs(miR-13和miR-210)和lncRNAs(AP002478.1、DSCAM-AS1、LINC00269、LINC00470和LINC00483)与总生存期(OS)关系密切。喜树碱和甲萘醌有可能逆转LUAD的状态。卡铂、多西紫杉醇、帕比司他被确定为与关键lncRNA密切相关的药物。结论:ceRNA网络在LUAD中发挥重要作用,多种差异表达RNA与LUAD预后相关,可能成为潜在的肿瘤诊断标志物和治疗靶点。     

C/EBP同源蛋白在紫檀芪抗人肺鳞癌Calu-1细胞中作用机制的研究

目的:探讨紫檀芪（PT）抗人肺鳞癌Calu-1细胞作用机制及内质网应激（ERS）相关蛋白C/EBP同源蛋白（CHOP）在其中的作用。方法:实验分为对照组、PT组（15、30、45 μmol/L）,分别检测各组Calu-1细胞活力值、凋亡率、ROS含量及Caspase-3活性,以及CHOP蛋白和凋亡相关蛋白（Bcl-2、Bax）含量的变化。CHOP小干扰RNA（siRNA）特异性抑制CHOP蛋白表达后,PT（0、30 μmol/L）处理细胞24 h,重复上述检测。结果:PT有效抑制Calu-1细胞增殖,促进凋亡（P<0.05）,显著增加ROS含量及Caspase-3活性（P<0.05）,并呈浓度依赖效应;Western blot检测结果显示PT上调CHOP及Bax的表达（P<0.05）,抑制Bcl-2的表达（P<0.05）;CHOP siRNA转染显著抑制CHOP表达,同时抑制PT对Calu-1细胞的上调CHOP蛋白表达和促凋亡作用（P<0.05）。结论:紫檀芪可有效抑制肺鳞癌Calu-1细胞活力、促进细胞凋亡,此作用可能与激活内质网应激相关蛋白CHOP有关。     

基于网络药理学及分子对接技术分析康艾注射液治疗肝细胞癌的物质基础与分子机制

目的:阐述康艾注射液(Kang'ai injection,KAI)治疗肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)的物质基础与分子机制.方法:基于中药系统药理学数据库和分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database ...     

基于生物信息学的食管鳞状细胞癌生物标志物的筛选

目的采用基因组学和生物信息学方法筛选鉴定出具有特异性筛查和潜在治疗靶标的基因集作为食管鳞状细胞癌诊断和治疗的分子标志物。方法从基因表达综合数据库(GEO)数据库中下载获得GSE17351和GSE20347的芯片数据,根据平台信息进行处理,应用生物信息学方法获得差异性表达基因,结合基因本体(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路及蛋白互作网络等分析,获得有价值的基因集,最后在大样本数据中验证富含脯氨酸小蛋白(SPRR3)、甲状腺激素受体相互作用因子13(TRIP13)和基质金属蛋白酶3(MMP3)的相对表达量。结果获得显著差异性表达基因150个,主要富集于核分裂、胶原分解代谢过程、细胞外基质组织、角化和表皮细胞分化等生物过程,主要参与白细胞介素-17(IL-17)信号通路、肿瘤中的转录失调、核因子κB(NF-κB)信号通路和化学物致癌等通路途径。食管癌组织中SPRR3 mRNA的相对表达量明显低于正常组织,MMP3、TRIP13 mRNA的相对表达量均明显高于正常组织,差异均有统计学意义(P﹤0.01)。结论 SPRR3、TRIP13和MMP3基因集可作为分子标志物,为食管鳞状细胞癌的诊断和治疗提供一定方向。     

空洞型肺鳞癌与非空洞型肺鳞癌的临床特征分析

Objective： To identify the differences between cavitating squamous cell lung carcinoma （cSLC） and non-cavitating squamous cell lung carcinoma （ncSLC）. Methods： Fifty-one patients with cSLC and 281 with ncSLC confirmed by surgery in our hospital between 1999 to 2000 were collected and their clinical, histological and survival features were retrospectively ana（yzed. Results： Patients with cSLC had more frequent manifestation of infection and weight loss. They usually experienced longer duration of pre-diagnosis and showed bigger tumor mass, larger primary tumor invasion with worse differentiated than ncSLC patients. There was no significant difference in age, sex, smoking history, family tumor history, personal tuberculosis history, disease location, TNM stage, lymph node invasion, and metastasis between the two groups. Median survival time was 29 months for cSLC and 35 months for ncSLC. One- and 3- year survival rates were 86.3% and 43.1% for cSLC vs. 91.1% and 47,0% for ncSLC respectively （P〉0.05）. Conclusion： Patients with cSLC presented with a bigger mass, a larger extent of primary tumor invasion, worse differentiated, more obstructed pneumonia that might result in longer duration of pre-diagnosis and more weight loss. As lack of differences in disease stages, lymph node invasion, metastasis and especially survival time with ncSLC, cSLC couldn＇t be classified as a special type of squamous cell carcinoma by present evidences.     

尼妥珠单抗治疗晚期肺鳞癌的临床观察

目的：观察尼妥珠单抗治疗晚期肺鳞癌的临床疗效和安全性。方法回顾性分析12例使用尼妥珠单抗治疗肺鳞癌患者的临床资料,并进行疗效和安全性评估。结果3例ⅢB期患者中,2例一线使用尼妥珠单抗联合同步放化疗治疗,病情进展（PD）;1例二线使用尼妥珠单抗联合化疗,病情稳定（SD）,无进展生存时间为12.0个月。9例Ⅳ期患者中,7例一线使用尼妥珠单抗联合化疗,部分缓解（PR）患者4例,SD患者3例,客观有效率（ORR）57.1%,疾病控制率（DCR）100%;2例二线使用尼妥珠单抗联合化疗,均为SD。治疗期间出现的不良反应包括：中性粒细胞减少7例（58.3%）,血小板减少3例（25.0%）,呕吐1例（8.3%）,乏力3例（25.0%）,神经毒性5例（41.7%）,脱发10例（83.3%）。这些不良反应多与联合使用的化疗药物相关。结论尼妥珠单抗联合化疗治疗晚期肺鳞癌的客观有效率、疾病控制率高,且不良反应可控,值得临床推广。     

肺鳞癌组织Hsa-mir-182差异表达的研究

目的:寻找肺鳞状细胞癌组织中与正常组织中差异表达的微小RNA(miRNA),并对其进行生物学功能的预测及验证。方法:应用芯片技术筛选30例肺鳞癌组织中与正常组织中差异表达的miRNA。选取差异表达的mir-182家族进行定量PCR验证,通过生物信息学网站预测其靶基因,并在体外进行荧光素酶报告基因验证。结果:Hsa-mir-182家族在肺鳞癌组织中表达丰度较正常组织明显升高。生物信息学网站预测发现,RASA1可能是mir-182的靶基因。体外过表达mir-182后,发现RASA1表达量显著下降,验证了RASA1确实为mir-182的靶基因。结论:Hsa-mir-182家族在肺鳞癌组织中显著高表达,而且RASA1基因系mir-182的靶基因。     

X-刀结合外放射治疗Ⅲ期肺鳞癌的疗效观察

目的　观察X 刀结合外放射治疗Ⅲ期肺鳞癌的近期疗效及急性放射反应。方法　 2 5例Ⅲ期肺鳞癌患者进入X 刀结合外放射治疗组。常规外放射Dt40Gy后给予残留肿瘤X 刀治疗 ,4～ 8Gy/次 ,隔日 1次 ,肿瘤灶总剂量 2 0～ 3 0Gy。 结果　原发灶完全缓解 (CR)占 3 6% ,部分缓解 (PR)占 5 2 % ,总有效率 88% :纵隔转移淋巴结完全缓解占 45 .5 % ,部分缓解占 5 0 % ,总有效率 95 .5 % ,急性放射性食管炎占 44 % ,急性放射性肺炎占 16%。结论　X 刀结合外照射治疗Ⅲ期肺鳞癌能为患者耐受 ,有较好的近期疗效。     

人肺鳞癌组织中Caveolin-1的表达及预后意义

  目的   研究Caveolin-1在人肺鳞癌中的表达, 探讨Caveolin-1的表达与人肺鳞癌临床病理特征以及预后的关系。   方法   运用免疫组织化学法检测人肺鳞癌组织中Caveolin-1、PCNA的表达, 并结合患者的临床病理特征和生存情况进行分析。   结果   Caveolin-1在人肺鳞癌中阳性率显著低于正常肺组织(P < 0.001);Caveolin-1的表达与肺鳞癌的TNM分期(P=0.018) 及淋巴结状态(P=0.006) 有关。在人肺鳞癌组织中Caveolin-1与PCNA表达呈正相关(r=0.360, P=0.018)。生存分析显示肺鳞癌中Caveolin-1阳性组的生存时间显著低于阴性组(P=0.007), 在24例淋巴结未转移组中Caveolin-1阳性组的生存时间显著低于阴性组(P=0.002)。多因素Cox分析显示Caveolin-1阳性表达、高临床分期、支气管残端有癌残留的肺鳞癌患者术后生存时间较短。   结论   Caveolin-1的表达与肺鳞癌的恶性演进呈正相关; 其可促进肺癌细胞的增殖。Caveolin-1可作为评估肺鳞癌患者的不良预后指标。      

Differential diagnosis between primary lung squamous cell carcinoma and pulmonary metastasis of head and neck squamous cell carcinoma

Differentiation between lung squamous cell carcinoma and pulmonary metastasis of head and neck squamous cell carcinoma is clinically important because the prognoses and therapeutic options are considerably different. However, the clinical, pathological, and immunohistochemical diagnostic methods have not yet been fully established. Although various molecular methods have been developed, they have not yet been practically applied. A combined approach involving molecular and immunohistochemical analysis, such as one that uses antibodies selected on the basis of comprehensive genetic analysis results, may be effective. We suggest a new diagnostic criteria using the clinical characteristics and the result of immunohistochemical analysis. However, there are two underlying problems in the development of new diagnostic methods: tumor heterogeneity and determination of the diagnostic accuracy.     

血清维生素水平与肺鳞癌转移特征的相关性

目的:检测并分析血清中九种维生素水平与肺鳞癌转移特征的关系。方法:回顾性分析2016年01月至2018年08月,就诊于我院的肺鳞癌患者,按照纳入及排除标准,共78例肺鳞癌患者纳入本研究,在初始抗肿瘤治疗时检测其血清中九种维生素水平,记录并比较血清中九种维生素水平在非转移组及转移组中分布特征;对肺鳞癌转移组进一步分析,按照转移部位及数目分为寡转移组与多发转移组,按照是否发生肝转移分为肝转移组与非肝转移组,比较血清维生素营养状态在肺鳞癌不同转移特征中的差异。结果:在肺鳞癌患者中,血清维生素营养状态水平在非转移组与转移组两组之间无统计学差异;对肺鳞癌转移组进一步分析,结果显示,寡转移组与多发转移组在血清维生素A、维生素D等方面存在差异,且具有统计学意义,而在维生素B族、维生素C、维生素E等方面无显著性差异;对于转移组中是否发生肝转移分组分析中,结果显示,肝转移组与非肝转移组,在维生素A、维生素B族等方面无差异,但在血清维生素D水平之间存在显著性差异。结论:对于肺鳞癌患者,血清维生素D水平在多发转移组中低于寡转移组,同时结果提示,对于伴有肝转移组,其血清维生素D水平亦低于非肝转移组;而对于肺鳞癌患者,发生多发转移与肝转移者具有更差预后,提示维生素D可能在肺鳞癌转移中起到一定抑制作用,对于肺鳞癌患者补充维生素D水平或许有助于抑制其转移,但限于为单中心研究,其结论有待进一步多中心研究证实。     

后程加速超分割放射治疗中晚期肺鳞癌的临床研究后程加速超分割放射治疗中晚期肺鳞癌的临床研究

目的 评价后程加速超分割放射治疗肺鳞癌的放射反应、并发症、近期疗效和远期疗效。方法 66例中晚期肺鳞癌随机均分至2个组。常规分割放射治疗（CF）组：2.0Gy/次,1次/d,5d/周。大野照至44Gy（分22次,4.4周完成）后缩野照射临床肿瘤区,总剂量达66～70Gy,总疗程为6.6～7.0周;后程加速超分割放射治疗（LCAF）组：前2/3疗程放射治疗方法同常规放射治疗组,缩野后加速超分割照射,1.5Gy/次,2次/d ,间隔6h;照射8～9个治疗日,总剂量68～71Gy,总疗程6.0～6.2周。照射野设计及放射线类型2个组均相同。结果 （1）疗效：完全缓解（CR）率和总有效（CR PR）率LCAF组分别为21.2%和87.8%,CF组分别为9.1%和63.6% ,2个组总有效率差异有显著性意义（X^2=5.280,P=0.022）。1、2年生存率和局部控制率LCAF组分别为75.7%、61.5%和69.7%、46.2%,CF组分别为57.6%、28.6%、和51.5%、21.4%,2个组差异有显著性意义（ X^2=4.476,P=0.037和X^2=4.087,P=0.043）。（2）放射性食管炎：LCAF组为81.8%,CF组为54.5%(X^2=5.657,P=0.018）。（3）2个组放射性气管炎、肺炎及肺纤维化均无差异。结论 后程加速超分割放射治疗肺鳞癌,患者均能耐受,近期疗效和1、2年生存率及局部控制率明显优于常规放射治疗,有望获得较好的远期疗效。