miR-200b-3p和PAK2 mRNA在耐药卵巢癌组织中的表达及其临床意义

目的：探讨化疗耐药和化疗敏感患者卵巢癌组织中miR-200b-3p和PAK2 mRNA的表达水平及其临床意义。方法：采用生物信息学方法结合文献综合分析初步预测miR-200b-3p在卵巢癌组织中的靶基因为PAK2,收集山西省肿瘤医院2015-2018年的25例卵巢癌化疗耐药患者组织样本（耐药组）和25例卵巢癌化疗敏感患者组织样本（敏感组）,采用实时荧光定量PCR法（qPCR）检测miR-200b-3p和PAK2 mRNA的相对表达量。比较两组患者肿瘤组织中miR-200b-3p和PAK2 mRNA的表达差异,并分析miR-200b-3p、PAK2 mRNA表达水平与上皮性卵巢癌患者临床病理指标的关系。结果：耐药组卵巢癌患者癌组织miR-200b-3p的表达水平显著高于敏感组卵巢癌患者,是敏感组的15.78倍;耐药组卵巢癌患者癌组织PAK2 mRNA的表达水平显著低于敏感组卵巢癌患者,是敏感组的0.03。miR-200b-3p和PAK2 mRNA表达水平呈负相关（r=-0.560,P<0.01）。结论：miR-200b-3p在化疗耐药性卵巢癌组织中过表达,可能是通过靶向调控PAK2 mRNA参与调节化疗耐药和促进卵巢癌转移。     

miR-409-5p对肝癌细胞系HepG2增殖及迁移的影响

目的 观察过表达miR-409-5p对肝癌细胞系HepG2增殖及迁移能力的影响。方法 利用miR-409-5p mimics进行转染肝癌细胞系HepG2,并通过实时荧光定量PCR进行验证。高表达miR-409-5p后,使用MTT法和划痕实验分别检测HepG2细胞增殖能力及迁移能力的变化。结果 MTT实验显示,HepG2细胞转染miR-409-5p mimics后细胞增长趋势减缓,且随miR-409-5p mimics浓度和时间成正比。划痕实验显示,在24h和48h两个时间点三组间比较差异均有统计学意义(P＜0.05),证实过表达miR-409-5p mimics的细胞体外迁移能力明显低于转染阴性对照组(NC mimics)组和对照组。结论 上调miR-409-5p可抑制肝癌细胞系HepG2的增殖及迁移能力。     

MiR-195-5p对食管鳞癌细胞放射敏感性的影响及作用机制研究

目的：探讨miR-195-5p对食管鳞癌细胞放射敏感性的影响及作用机制。方法：采用4和8 Gy X射线照射KYSE510和KYSE150细胞,以未照射细胞为对照。采用CCK-8法检测细胞生长情况,qPCR检测细胞内miR-195-5p及survivin mRNA的表达水平,Western blot检测细胞内survivin蛋白的表达水平。KYSE510细胞分为转染miR-195-5p类似物组、转染miR-195-5p拮抗物组和相应的对照组,并采用X射线照射后,Incucyte实时动态活细胞监测和EdU掺入实验测定细胞增殖情况,克隆形成实验和流式细胞术分别测定细胞克隆形成率和凋亡率,双荧光素酶报告基因实验验证各组KYSE150细胞的荧光素酶活性。结果：经X射线照射后的KESE510和KYSE150细胞生长均受到明显抑制,与未照射组相比,照射组细胞miR-195-5p表达降低,survivin蛋白表达升高（P<0.05或0.01）。转染miR-195-5p类似物组的KESE510细胞在接受X射线照射后的存活率较阴性对照组降低,EdU阳性率和克隆存活率降低,凋亡率显著升高,细胞中survivin mRNA和蛋白表达较阴性对照组均降低（P<0.05或0.01）;转染miR-195-5p拮抗物组KESE510细胞的EdU阳性率和克隆存活率较阴性对照组升高,细胞中survivin mRNA和蛋白表达均升高（P<0.01）。在KYSE150细胞中过表达miR-195-5p能够抑制BIRC5 3' UTR报告基因的荧光素酶活性（P<0.05）。结论：MiR-195-5p可能通过靶向抑制survivin基因的表达增强食管鳞癌细胞的放射敏感性。     

LncRNA NBAT1通过调控miR-3664-5p/Caspase 9分子轴对人乳腺癌细胞增殖的影响

目的 探究lncRNA NBAT1通过调控miR-3664-5p/Caspase 9分子轴对人乳腺癌细胞增殖的影响。方法 通过在线生物软件分析TCGA(The Cancer Genome Atlas)数据库比较lncRNA NBAT1在乳腺癌和正常乳腺组织中的表达量。RT-qPCR方法比较正常细胞株MCF-10A和乳腺癌细胞株MCF-7、MDA-MB-231及MDA-MB-453中lncRNA NBAT1的表达水平。生物信息学预测lncRNA NBAT1、miR-3664-5p、Caspase 9三者之间关系,并进一步通过荧光素酶报告系统进行验证;lncRNA NBAT1过表达载体转染乳腺癌MCF-7细胞株,RT-qPCR检测转染后lncRNA NBAT1的表达,qPCR检测miR-3664-5的表达,Western blot检测Caspase 9的蛋白表达水平;CCK-8和克隆形成实验检测细胞的增殖能力;同时将lncRNA NBAT1过表达载体和mimics miR-3664-5p转染MCF-7细胞,观察mimics miR-3664-5p对lncRNA NBAT1抑制细胞增殖能力产生的缓解效应。结果 TCGA数据库分析发现,lncRNA NBAT1在乳腺癌组织中的表达量显著低于正常组织(P＜0.001);qPCR检测发现lncRNA NBAT1在正常细胞株MCF-10A细胞中表达量最高(P＜0.001),MDA-MB-231和MDA-MB-453细胞中表达量比MCF-10A细胞低(P＜0.001),MCF-7细胞表达量最低(P＜0.001);通过生物信息学预测lncRNA NBAT1可以吸附miR-3664-5p,Caspase 9是miR-3664-5p的靶基因,并进一步通过荧光素酶报告系统进行验证;lncRNA NBAT1过表达载体转染乳腺癌细胞株MCF-7,qRT-PCR检测发现pc-NBAT1组比pc-NC组LncRNA NBAT1的表达增高(P＜0.001),miR-3664-5的表达降低(P＜0.001),Western blot检测发现pc-NBAT1组比pc-NC组Caspase 9的表达增高(P＜0.001)。CCK-8和克隆形成实验发现pc-NBAT1组比pc-NC组细胞的增殖能力降低(P＜0.001);同时将lncRNA NBAT1过表达载体和mimics miR-3664-5p转染MCF-7细胞,发现mimics miR-3664-5p能够对lncRNA NBAT1抑制细胞增殖能力产生缓解效应(P＜0.001)。结论 lncRNA NBAT1通过调控miR-3664-5p/Caspase 9分子轴抑制乳腺癌细胞的增殖,为乳腺癌治疗提供新的潜在靶点。     

miR-338基因簇与食管癌发病风险的病例对照研究

目的: 探讨miR-338基因簇在食管癌组织中的表达模式及其与食管癌发病风险的关系。方法: 选取86例经病理确诊的食管癌患者,分别提取食管癌和癌旁组织总RNA,采用实时荧光定量PCR法检测hsa-miR-338-3p、hsa-miR-338-5p与hsa-miR-657的表达,应用配对样本t检验分析癌和癌旁组织中miRNA表达差异,Pearson相关分析检验基因簇各miRNA表达的相关性,logistic回归分析miRNA异常表达对食管癌发病风险的影响。结果: hsa-miR-338-3p与hsa-miR-338-5p在食管癌组织中的表达均较癌旁组织降低(P均<0.05),hsa-miR-657在食管癌和癌旁组织中表达的差异无统计学意义(P>0.05),hsa-miR-338-3p与hsa-miR-338-5p表达显著相关(r=0.754,P<0.05),hsa-miR-338-5p的低表达增加了食管癌的发病风险(OR=1.264,P<0.05),可能是食管癌的危险因素。结论: miR-338基因簇可能抑制了食管癌的发生,hsa-miR-338-5p可能成为食管癌诊断的潜在标志物。     

miR-223-3p通过调控ECT2诱导非小细胞肺癌细胞凋亡的实验研究

目的：探讨miR-223-3p对非小细胞肺癌细胞增殖与凋亡的影响及其可能的作用机制。方法：选取24例非小细胞肺癌患者的癌及癌旁组织,实时定量PCR检测miR-223-3p的相对表达水平,免疫组化检测分析上皮细胞转化序列2（ECT2）蛋白的表达水平,并对两者进行相关性分析。将人非小细胞肺癌A549细胞分为正常对照组、转染对照组、miR-223-3p过表达组,其中正常对照组细胞未作任何处理,转染对照组细胞转染空质粒载体,miR-223-3p过表达组转染miR-223-3p mimics。MTT实验和平板集落形成实验检测各组细胞的增殖率,流式细胞术检测各组细胞的凋亡率,Western blot实验检测ECT2蛋白的表达水平;采用siRNA转染法沉默A549细胞中的ECT2后,检测细胞增殖及凋亡的变化。结果：miR-223-3p在癌组织中表达显著低于癌旁组织,而癌组织中ECT2蛋白表达高于癌旁组织,二者存在负相关关系（r=-0.666,P < 0.05）;与正常对照组和转染对照组细胞相比,miR-223-3p过表达组细胞的增殖率降低（P < 0.05）,ECT2蛋白表达显著降低,而细胞凋亡率显著升高（P < 0.05）;沉默ECT2对细胞增殖和凋亡的影响与过表达miR-223-3p基本一致。结论：miR-223-3p可能通过负向调控ECT2的表达,进而抑制非小细胞肺癌细胞增殖并诱导其凋亡,其作用机制有待进一步研究。     

乳腺癌中miR-221、miR-222表达水平对GATA3和FOXA1蛋白的影响及其作用机制

目的： 探讨乳腺癌中miR-221和miR-222（miR-221/222）表达水平对GATA结合蛋白3（GATA3）和叉头框蛋白A1（FOXA1）表达的影响及其作用机制。方法： 收集汕头大学医学院附属肿瘤医院2020年1月—2021年5月经手术切除的86例乳腺浸润性导管癌及其癌旁组织标本,分别采用茎环引物实时荧光定量PCR（qPCR）和免疫组织化学方法检测癌组织和相应癌旁组织中miR-221/222的表达水平及GATA3、FOXA1蛋白的表达水平,分析其与临床病理指标的关系。进一步在5种乳腺癌细胞系（MCF-7、T47D、SKBR3、MDA-MB-231和BT-549）中转染miR-221/222 mimics后,采用qPCR检测各细胞中miR-221/222的表达水平;采用Western blot检测转染后MCF-7细胞中GATA3、FOXA1、雌激素受体-α（ER-α）和钙黏蛋白E（E-cadherin）的表达;用细胞划痕和迁移侵袭实验检测转染后MCF-7细胞修复和迁移侵袭能力。结果： 在乳腺癌组织中,miR-221/222的表达水平明显高于癌旁正常乳腺组织（P=0.00）。miR-221/222表达水平在FOXA1、GATA3、ER-α及孕激素受体（PR）阴性表达组均显著高于阳性表达组（P<0.01）;在Her-2阳性和高表达Ki-67的乳腺癌中较Her-2阴性和低表达Ki-67组显著升高（P<0.05）;在三阴性和Her-2阳性亚型乳腺癌中显著高于Luminal A和Luminal B1型乳腺癌（P=0.00）;而miR-221/222水平与患者年龄、月经状况、肿瘤大小、组织学分级、淋巴结转移及TNM分期无显著相关关系（P>0.05）。在5种乳腺癌细胞系中,miR-221/222在MCF-7细胞中均低表达。与对照组相比,在MCF-7细胞中瞬时转染miR-221/222 mimics后miR-221/222表达显著升高（P<0.05）,且内源性的GATA3和FOXA1蛋白表达被抑制（P<0.01）,上皮细胞相关分子ER-α和E-cadherin表达显著下降（P<0.01）;划痕修复能力和迁移侵袭能力均显著增强（P<0.01）。结论： miR-221/222可能通过下调GATA3和FOXA1的表达促进乳腺癌的迁移和侵袭。     

乳腺癌患者组织中miR-6861-5p的表达及临床意义

目的:研究乳腺癌患者组织中微小RNA-6861-5p（miR-6861-5p）的表达水平及临床意义。方法:完全随机选取本院2013年7月至2017年7月住院患者乳腺癌组织139例、良性病变组织101例及癌旁组织79例,实时定量PCR检测miR-6861-5p表达水平并分析乳腺癌组织miR-6861-5p的表达与临床病理特征的相关性。以43例完成随访患者治疗前miR-6861-5p表达量的中位数,将其分为miR-6861-5p高表达组（24例）和低表达组（19例）,Log-rank单因素分析比较两组患者的生存期差异。结果:乳腺癌组织中miR-6861-5p的RNA表达水平（9.242±3.188）显著高于良性病变组织（7.224±3.249）（P<0.01）及癌旁组织（7.221±2.594）（P<0.01）,其表达水平与肿瘤分期、淋巴结转移情况及激素受体表达相关（P<0.05）;miR-6861-5p在Luminal B-like型的表达量（10.910±2.386）显著高于TNBC亚型（7.605±2.565）（P<0.001）;miR-6861-5p高表达组的3年生存率低于miR-6861-5p低表达组（P=0.023）。结论:乳腺癌组织中miR-6861-5p的表达水平显著增高,是乳腺癌疾病进展、淋巴结转移及分子分型的潜在生物标志物。     

miR-455-5p在上皮性卵巢癌中表达研究及其靶基因功能分析

目的 研究miR-455-5p在上皮性卵巢癌中的表达情况,分析其表达对上皮性卵巢癌发生发展的影响。方法 从GEO数据库中下载正常卵巢上皮组织与上皮性卵巢癌组织miRNA表达数据GSE83693,通过差异表达分析获得上皮性卵巢癌中miRNA差异表达数据,分析miR-455-5p在正常卵巢上皮与上皮性卵巢癌组织中的表达是否存在差异,应用qRT-PCR验证差异表达预测结果;应用生物信息学软件对miR-455-5p靶基因进行KEGG通路富集分析及GO基因功能注释,探究miR-455-5p表达失调在上皮性卵巢癌发生发展过程中的作用。结果 筛选出明显差异表达miRNA 101例,34例表达上调,67例表达下调;其中miR-455-5p呈明显下调(P＜0.01),差异倍数为-2.9019;qRT-PCR验证结果显示,上皮性卵巢癌细胞(SKOV-3,OVCAR-3,A2780)中miR-455-5p表达量明显低于正常卵巢上皮细胞(IOSE-80),差异均有统计学意义(P＜0.05);KEGG通路富集分析结果显示,miR-455-5p调控的靶基因主要参与的通路共5个,包括有TGF-β信号通路,Hippo信号通路,ECM-受体相互作用,癌症中的转录失调通路,慢性粒细胞白血病,这些通路均与肿瘤相关。GO功能注释分析结果显示上述通路中miR-455-5p调控的靶基因主要参与蛋白质磷酸化,促进细胞增殖、迁移,抑制细胞凋亡,促进上皮-间充质转化,转录调节及调控细胞周期等与肿瘤发生相关的功能。结论 miR-455-5p在上皮性卵巢癌中表达下调,miR-455-5p靶基因参与上皮性卵巢癌肿瘤相关通路与功能,与上皮性卵巢癌发生发展相关。     

TACC3和p53蛋白在原发性肝癌组织中的表达及其临床意义

目的 探讨TACC3蛋白和p53蛋白在原发性肝癌组织中的表达及其临床意义。方法 本院原发性肝癌患者138例,酶联免疫吸附法及免疫组化法测定癌旁组织、原发性肝癌组织中TACC3、p53蛋白的表达水平,分析其与临床病理参数和预后的关系。结果 原发性肝癌组TACC3蛋白、p53蛋白表达水平高于癌旁组(P＜0.05);原发性肝癌组TACC3、p53阳性率高于癌旁组(P＜0.05);TACC3、p53蛋白表达与年龄无关(P＞0.05);与TMN分期、病理学分级、复发、浸润深度、淋巴血管间隙浸润、肿瘤最大径、淋巴结转移有关,且TNM分期越高、病理学分期越高、有复发、浸润深度越深、有淋巴血管间隙浸润、肿瘤最大径≥5 cm、有淋巴结转移,TACC3、p53蛋白阳性表达率越高(P＜0.05);TACC3、p53阴性组3年生存率均明显高于TACC3、p53阳性组(P＜0.01)。结论 原发性肝癌组织中TACC3、p53蛋白表达量增加,其与原发性肝癌的进展呈正相关;TACC3、p53蛋白低表达能提高原发性肝癌患者预后。     

基于TCGA数据库分析肿瘤突变负荷在肌层浸润性膀胱癌预后评估中的价值

目的：探讨肿瘤突变负荷（TMB）在肌层浸润性膀胱癌（MIBC）预后评估中的价值。方法：从TCGA数据库下载MIBC测序数据，结合临床数据分析TMB在MIBC中的临床意义，从TMB分组中识别出差异表达的免疫相关基因进行预后分析；另外采用非负矩阵分解CIBERSORT算法确定免疫细胞与TMB亚型之间的相关性。结果：纳入的375例MIBC患者样品中单核苷酸多态性（SNP）和C > T是最常见的错义突变；TP53、TTN、KMT2D、MUC16、ARID1A基因的突变率较高；与低TMB组MIBC患者相比，高TMB组的患者预后较好（P < 0.01）；以KIR2DL4、IL1RL1、SSTR5构建的COX回归模型中低风险组MIBC患者较高风险组预后更佳，曲线下面积（ROC）为0.71；与正常膀胱组织相比，高TMB组的CD8⁺ T细胞、活化的CD4⁺ T细胞、嗜酸性粒细胞表达较高，而在低TMB组中记忆B细胞及未活化的肥大细胞表达比例较高（P < 0.05）。结论：TMB较高的MIBC患者可能在免疫治疗中获得较好的预后，TMB具有预测肿瘤免疫治疗疗效的潜在应用价值；还发现了不同组分的免疫细胞在TMB分组的MIBC肿瘤微环境中存在表达差异。     

基于生物信息学数据库探讨FOXO3基因在膀胱癌中的表达及临床意义

目的：探讨叉头转录蛋白O亚族3（FOXO3）基因在膀胱癌中的表达及临床意义。方法：利用GEPIA数据库分析FOXO3基因在膀胱癌与其癌旁正常组织中的表达情况,及其与患者预后的关系,利用UALCAN数据库分析膀胱癌中FOXO3表达与淋巴结转移的关系;通过TIMER数据库分析FOXO3基因表达与膀胱癌免疫浸润水平的相关性;通过String数据库分析与FOXO3相互作用的蛋白。结果：GEPIA数据库分析结果显示,FOXO3基因在膀胱癌组织中的表达显著低于癌旁正常组织（P < 0.01）;低表达FOXO3基因的患者总生存率（OS）和无疾病生存率（DFS）均显著高于高表达者（P < 0.05）。UALCAN数据库分析结果显示膀胱癌中FOXO3的表达与淋巴结转移无明显相关。TIMER数据库分析显示FOXO3基因表达与B细胞（r=0.133,P < 0.05）、CD8⁺T细胞（r=0.262,P < 0.01）、CD4⁺T细胞（r=0.12,P < 0.05）、巨噬细胞（r=0.252,P < 0.01）、中性粒细胞（r=0.242,P < 0.01）和树突状细胞（r=0.162,P < 0.01）的免疫浸润水平呈正相关。蛋白相互作用网络分析发现,AKT1、SIRT1、EP300、BCL2L11、SOD2、SGK1、AKT2、CREBBP、CDKN1B、SMAD4等蛋白与FOXO3具有明显相互作用。结论：基于肿瘤基因数据库分析发现,FOXO3基因在膀胱癌组织中低表达,其高表达与患者预后不良相关;FOXO3表达与膀胱癌免疫细胞的浸润水平有关。     

基于生物信息学数据库探讨FOXO3基因在膀胱癌中的表达及临床意义

目的：探讨叉头转录蛋白O亚族3（FOXO3）基因在膀胱癌中的表达及临床意义。方法：利用GEPIA数据库分析FOXO3基因在膀胱癌与其癌旁正常组织中的表达情况，及其与患者预后的关系，利用UALCAN数据库分析膀胱癌中FOXO3表达与淋巴结转移的关系；通过TIMER数据库分析FOXO3基因表达与膀胱癌免疫浸润水平的相关性；通过String数据库分析与FOXO3相互作用的蛋白。结果：GEPIA数据库分析结果显示，FOXO3基因在膀胱癌组织中的表达显著低于癌旁正常组织（P < 0.01）；低表达FOXO3基因的患者总生存率（OS）和无疾病生存率（DFS）均显著高于高表达者（P < 0.05）。UALCAN数据库分析结果显示膀胱癌中FOXO3的表达与淋巴结转移无明显相关。TIMER数据库分析显示FOXO3基因表达与B细胞（r=0.133，P < 0.05）、CD8⁺T细胞（r=0.262，P < 0.01）、CD4⁺T细胞（r=0.12，P < 0.05）、巨噬细胞（r=0.252，P < 0.01）、中性粒细胞（r=0.242，P < 0.01）和树突状细胞（r=0.162，P < 0.01）的免疫浸润水平呈正相关。蛋白相互作用网络分析发现，AKT1、SIRT1、EP300、BCL2L11、SOD2、SGK1、AKT2、CREBBP、CDKN1B、SMAD4等蛋白与FOXO3具有明显相互作用。结论：基于肿瘤基因数据库分析发现，FOXO3基因在膀胱癌组织中低表达，其高表达与患者预后不良相关；FOXO3表达与膀胱癌免疫细胞的浸润水平有关。     

MAP1A在膀胱癌组织中的表达及其与临床病理特征的关系

目的 探讨微管相关蛋白1A(Microtubule associated protein 1A,MAP1A)在膀胱癌组织中的表达及其与临床病理特征的相关性。方法 收集2011年1月—2016年1月西安交通大学第一附属医院膀胱癌及癌旁组织137例,qPCR及免疫组化分析MAP1A在膀胱癌及癌旁组织中的表达情况;并研究其表达与膀胱癌临床病理参数及预后的关系。结果 qPCR结果表明,MAP1A在20例膀胱癌组织中表达水平较配对的癌旁组织明显降低,差异有统计学意义(t=5.022,P＜0.001)。免疫组化结果同样表明,MAP1A在膀胱癌组织和癌旁组织中的阳性表达率分别为46.71%和79.56%,差异具有统计学意义(χ²=23.52,P＜0.0001)。MAP1A表达与患者的临床T分期、淋巴结转移及TNM分期密切相关(P＜0.05)。Kaplan-Meier生存分析发现,MAP1A低表达患者总生存期(Overall survival,OS)和无病生存期(Disease-free survival,DFS)均明显低于MAP1A高表达患者(P＜0.0001)。Cox多因素回归分析表明TNM分期(HR=1.46,P=0.038)和MPA1A表达(HR=1.213,P=0.030)是影响膀胱癌患者不良预后的独立危险因素。结论 MAP1A在膀胱癌组织中显著低表达,与临床TNM分期密切相关,MAP1A低表达可能提示膀胱癌患者不良预后。     

基于TCGA数据挖掘筛选肺鳞癌预后相关lncRNA分子标签

目的：通过对TCGA数据库的挖掘,筛选与肺鳞癌预后相关的lncRNA。方法：提取TCGA数据库中肺鳞癌患者临床数据以及肺鳞癌和癌旁组织中的lncRNA表达数据,采用LASSO Cox回归筛选肺鳞癌预后相关的lncRNA,并构建lncRNA分子标签。采用Cox模型研究该分子标签的表达水平对肺鳞癌患者预后的影响。结果：首先筛选出322个在癌和癌旁组织中差异表达的lncRNA。经LASSO Cox回归分析从中筛选出6个与肺鳞癌预后相关的lncRNA,分别为KTN1-AS1、FAM83A-AS1、AF131217.1、RP11-108M12.3、CTD-2555C10.3和AC068831.16。根据这6个lncRNA构建的分子标签表达水平中位数-0.09将肺鳞癌病人分为高表达组和低表达组,高表达组病人死亡风险是低表达组的2.14倍（HR=2.14,95%CI：1.50~3.04,P < 0.01）。预测模型的Harrell's C统计量为0.69（95%CI：0.64~0.75）。结论：通过对TCGA数据库的挖掘,发现KTN1-AS1、FAM83A-AS1、AF131217.1、RP11-108M12.3、CTD-2555C10.3和AC068831.16对肺鳞癌的预后有影响,且构建的lncRNA分子标签表达水平与肺鳞癌病人的预后有显著性关联。     

WFDC1基因在肝癌中的表达及其诊断和预后价值

目的：研究WFDC1基因在肝癌组织和细胞中的表达变化,探讨其与肝癌临床病理指标及生存预后之间的关系,为肝癌的诊断以及预后判断提供参考依据。方法：采用qPCR法分别检测肝癌患者的肿瘤组织和癌旁组织、MC-LR诱导的人肝细胞L02恶性转化细胞和肝癌细胞株SMMC-7721、HepG2、Hep3B、Huh-7中WFDC1 mRNA的表达水平。基于TCGA数据库,分析WFDC1基因在肝癌患者肿瘤组织（331例）和癌旁组织（50例）中的表达及其与临床病理指标和生存预后的关系。结果：qPCR检测结果表明,与癌旁组织比较,WFDC1 mRNA在肝癌组织、MC-LR诱导的L02恶性转化细胞以及肝癌细胞中的表达均显著下调（P < 0.05）。TCGA数据库中WFDC1 mRNA表达分析也表明,肝癌组织的表达显著低于癌旁组织（P < 0.01）,且WFDC1 mRNA的表达下调与肿瘤分级和临床分期高度相关（P < 0.05）。Kaplan-Meier分析表明,WFDC1 mRNA高表达患者生存时间高于低表达患者（Log-rank=4.80,P < 0.05）。ROC曲线分析结果表明,WFDC1 mRNA是一个特异度和灵敏度较好的肝癌诊断指标（AUC=0.829）。结论：WFDC1基因可能是一个抑癌基因,检测该基因的表达水平对肝癌患者的诊断和预后判断具有参考价值。     

乳腺癌预后的相关基因生物信息学分析

目的：通过对肿瘤基因组图谱计划（TCGA）基因表达谱和microRNA测序数据的生物信息学分析,寻找乳腺癌预后相关的关键分子事件。方法：收集并整理TCGA数据库中乳腺癌基因表达谱和microRNA测序数据,通过线性模型和经验贝叶斯方法结合传统t检验筛选乳腺癌中异常表达的基因和microRNA,利用R语言包microRNA-mRNA预测microRNA潜在靶向调控的基因。另外通过基因集富集算法（GAGE）分析预测microRNA及其潜在靶基因在乳腺癌中参与的异常信号调控通路;Cox回归风险模型探讨影响乳腺癌患者预后的关键分子事件。结果：共发现17 533个基因中有344个基因在乳腺癌中异常表达,同时鉴定了135个异常表达的microRNA;通过预测分析发现8个microRNA及31个潜在调控的靶基因参与了139条乳腺癌中异常变化的分子信号通路;Cox回归风险模型结果显示SFRP1表达升高提示预后良好（HR=0.9,P=0.015）,has-miR-342-5p单独作用对乳腺癌预后无明显影响（HR=0.99,P=0.144）,然而,交互作用研究显示,has-miR-342-5p抑制SFRP1表达时提示乳腺癌病人预后不良（HR=1.88,P=0.016）。结论：通过对TCGA乳腺癌基因表达谱和microRNA测序数据深入挖掘发现了乳腺癌中表达异常的microRNA及其靶基因,进一步分析了它们所参与的关键信号通路,并揭示has-miR-342-5p抑制SFRP1表达的分子事件发生时,乳腺癌病人预后较差。     

基于TCGA数据库分析ASPM在肺腺癌中的表达及临床意义

目的：探讨异常纺锤体样小头畸形相关基因（ASPM）在肺腺癌中的表达水平，及其与患者临床病理指标和预后的关系。方法：从癌症基因组图谱（TCGA）数据库下载肺腺癌组织和癌旁组织mRNA表达水平和临床病例资料，比较ASPM mRNA在癌组织和癌旁组织中的表达差异，统计学分析ASPM表达水平与肺腺癌患者临床病理指标及预后关系。通过R语言ballgown和ggplot包筛选高低表达ASPM组间差异基因并绘制火山图；利用DAVID工具对差异基因进行GO分析，采用GSEA预测ASPM可能调控的信号通路；STRING和Cytoscape分析关键基因及差异表达基因间的相互作用。结果：ASPM mRNA在肺腺癌中表达水平显著高于癌旁组织（P < 0.05）；ASPM表达水平与生存期相关，高表达ASPM肺腺癌患者预后较差（P < 0.05），是肺腺癌患者预后的独立危险因素，R语言ballgown包筛选出ASPM高低表达组间的差异表达基因共183个，差异表达基因富集到生物过程（BP）、细胞组分（CC）、分子功能（MF）在3个类别共19个亚类和18条KEGG通路；Cytoscape软件发现4个枢纽蛋白。结论：ASPM mRNA在肺腺癌患者中呈高表达且高表达组预后差，可作为判断肺腺癌预后的标志物。     

基于TCGA数据库分析ASPM在肺腺癌中的表达及临床意义

目的：探讨异常纺锤体样小头畸形相关基因（ASPM）在肺腺癌中的表达水平,及其与患者临床病理指标和预后的关系。方法：从癌症基因组图谱（TCGA）数据库下载肺腺癌组织和癌旁组织mRNA表达水平和临床病例资料,比较ASPM mRNA在癌组织和癌旁组织中的表达差异,统计学分析ASPM表达水平与肺腺癌患者临床病理指标及预后关系。通过R语言ballgown和ggplot包筛选高低表达ASPM组间差异基因并绘制火山图;利用DAVID工具对差异基因进行GO分析,采用GSEA预测ASPM可能调控的信号通路;STRING和Cytoscape分析关键基因及差异表达基因间的相互作用。结果：ASPM mRNA在肺腺癌中表达水平显著高于癌旁组织（P < 0.05）;ASPM表达水平与生存期相关,高表达ASPM肺腺癌患者预后较差（P < 0.05）,是肺腺癌患者预后的独立危险因素,R语言ballgown包筛选出ASPM高低表达组间的差异表达基因共183个,差异表达基因富集到生物过程（BP）、细胞组分（CC）、分子功能（MF）在3个类别共19个亚类和18条KEGG通路;Cytoscape软件发现4个枢纽蛋白。结论：ASPM mRNA在肺腺癌患者中呈高表达且高表达组预后差,可作为判断肺腺癌预后的标志物。     

肺癌组织样本和血液样本EGFR基因检测对比研究

目的：研究肺腺癌患者不同样本EGFR基因检测结果的异同,以更精准地反映患者体内EGFR突变情况。方法：收集2016年7月—2017年12月收治的Ⅲ～Ⅳ期经病理确诊为肺腺癌患者175例,175例均有血浆样本,其中119例同时有活检组织样本,12例同时有胸水沉渣细胞样本。采用突变扩增系统(ARMS)-聚合酶链式反应(PCR)方法对收集到的活检组织样本、胸水沉渣细胞样本和血液样本进行EGFR基因检测,分析不同类型样本间结果的差异,以及与患者临床病理指标的关系。结果：联合检测的EGFR基因突变总阳性率较单纯血液样本阳性率提高了8.6%,较单纯组织样本提高了3.1%。EGFR突变在不同的性别(χ²=3.451,P=0.045)、肿瘤直径(χ²=8.911,P=0.002)、T分期(χ²=17.567,P=0.000)、淋巴结转移(χ²=18.511,P=0.000)、转移站数(χ²=3.341,P=0.047)和远处转移(χ²=10.874,P=0.001)组间的差...