利用噬菌体肽库序贯筛选组织因子靶向肽

目的: 建立一种高效的筛选跨膜受体靶向肽的噬菌体展示新方法,据此筛选出组织因子( TF) 高亲和力靶向肽。方法: 分别以纯化TF蛋白和具有TF高特异性表达的结直肠癌细胞株HT-29为靶标,用噬菌体七肽库进行序贯筛选(受体-细胞序贯筛选法,STRCA法),ELISA初步鉴定噬菌体克隆对HT-29亲和力。对噬菌体克隆进行测序,利用竞争抑制 ELISA比较各合成肽的TF结合力。重复实验检测筛选结果的可靠性。结果: 经过5轮筛选,与TF结合的噬菌体得到了富集,回收率由(2.25×10^-4)%增加到(1.32×10^-2)%;ELISA结果显示30个克隆中,阳性率为76.7%。噬菌体测序结果中,4种合成肽(分别命名为A、B、C、D肽)中A肽序列重复率为23.3%(7/30),B肽为23.3%(7/30),C肽为26.7%(8/30),D肽为10.0%(3/30);E肽为A、B肽合成的复合靶向肽。经竞争抑制 ELISA比较5种肽的TF亲和力,其IC₅₀分别为3.25 nmol/L、6.72 mol/L、3.24×10³ mol/L、2.08×10² mol/L和45.77 mol/L。重复实验所获得的阳性噬菌体克隆序列与第1次实验相比,重复率为33.3%。结论: STRCA法是一种理想的筛选跨膜受体靶向肽方法,采用该法获得的TF靶向肽对TF具有高度的亲和力。     

人类纤维化心脏瓣膜噬菌体表达文库的构建及质量分析

目的: 各种病因引起的心脏瓣膜纤维化是导致心脏瓣膜功能丧失的主要原因,样本来源有限和不可重获性是其分子机制研究的瓶颈。本研究旨在成功获取患者纤维化瓣膜的遗传信息物质,为探明瓣膜病变的分子机制提供直接证据。方法: 心脏换瓣手术中取纤维化瓣膜组织,提取高质量RNA,用SMART技术合成cDNA第1链,再用长距离PCR合成双链cDNA,经 Sfi I酶切后过柱分级收集长片段cDNA,经T4 DNA连接酶催化连接入λTriplEx2载体,最后经λ噬菌体包装后构建成原始文库,用PCR、X-gal等方法进行文库质量鉴定。 结果: 成功构建了纤维化心脏瓣膜噬菌体表达文库,原始文库滴度为8× 10⁹ pfu/L,重组率为99%,外源基因片段大小在500到3 000 bp之间,其中81.25%片段大于1 000 bp。 结论: 成功构建了高质量的人类纤维化心脏瓣膜噬菌体表达文库,该文库的库容量足够代表人类基因的复杂性,高重组率能保障功能筛选的高效性,长片段更有助于全长基因的获得和表达。     

HCV核心蛋白噬菌体随机展示肽库的构建与筛选

目的探讨噬菌体随机肽展示技术在筛选和鉴定病毒抗原序列研究中的应用前景。方法用噬菌粒展示载体pCANTAB5X,构建HCV核心蛋白噬菌体随机展示肽库。用抗-HCV核心单独阳性的血清对该库进行4轮筛选,获得多个阳性克隆,测定和分析8个杂交阳性克隆的DNA序列。结果构建的随机文库含1.23×105个不同克隆,噬菌体滴度为2×1012TU/ml（转化单位/ml）。所测定的7个阳性序列中的6个为HCV核心蛋白序列,这些序列均含有与免疫筛选结果相似的HCV核心抗原序列。另一个为大肠杆菌nrfa基因。结论所建的噬菌体文库有足够大的库容和较好的随机性,可以从该文库中筛选出正确的HCVC抗原序列。噬菌体展示技术完全可应用于病毒蛋白抗原序列的筛选,并具有简便、快速、准确的优点。     

人源性抗HBsAg抗体Fab段噬菌体呈现文库的构建、筛选及阳性克隆核苷酸序列测定

目的:构建一个经HBsAg主动免疫的人lgG1抗体噬菌体展示文库,通过特异的淘筛(panning)获得与HBsAg有较高亲和力的Fab抗体,并测定其编码序列。方法:从一经乙肝疫苗免疫的自愿者的外周血分离淋巴细胞提取RNA,逆转录合成cDNA。PCR扩增重链Fd和κ轻链cDNA。依次将PCR产物克隆进载体pComb3H相应的位点,构建成噬菌体呈现库,并以HBsAg包被的96孔板对抗体库进行3轮淘筛,将所获克隆分别与HBsAg进行ELISA反应,挑取显色大于对照20倍以上的阳性克隆进行DNA测序。结果:lgG1的Fd段和κ轻链cDNA得到扩增,构建了一实际库容量为1.8×10⁵的噬菌体呈现文库。通过特异性淘筛,获得与HBsAg有较高新合力的3株Fab抗体并测定其编码序列。DNA序列测定结果表明,3株抗体中两株的Fd段完全一样,且3株的轻链完全一样。结论:成功构建了一个经HBsAg抗原免疫的人源抗体Fab段噬菌体抗体库,筛选得到了3株特异性抗体的Fab片段。     

羊种布鲁氏菌05/43株侵染绵羊肺泡巨噬细胞cDNA文库的构建

 目的 构建羊种布鲁菌 05/43 株侵染绵羊肺泡巨噬细胞的 cDNA 文库。 方法 培养的绵羊肺泡巨噬细胞经羊种布鲁菌 05/43 株侵染后，以 Trizol 试剂提取其总 RNA， 用 cDNA 文库构建试剂盒构建巨噬细胞的 cDNA 文库。随机选取 cDNA 文库中的 18 个克隆进行表达序列标签（EST）序列测定，测序结果用 BlastX 和 BlastN 软件在 GenBank 蛋白质库和核酸库中进行序列同源性比对。 结果 构建的 cDNA 文库的库容量为 1.192 × 10⁶，重组率为 95.65%。18 个 EST 测序，12 个与 CD 抗原基因、细胞因子基因、蛋白酶基因等已知功能的基因序列相关，6 个为未知功能基因的 EST 序列。 结论 成功构建了羊种布鲁菌 05/43 株侵染绵羊肺泡巨噬细胞的 cDNA 文库，这将有助于阐明该菌株的致病机制。     

CYP2D6基因克隆及其序列分析

以高滴度的ＬＫＭ １抗血清为免疫探针,采用噬斑原位印迹法,筛选构建于λｇｔ１１噬菌体中的人肝ｃＤＮＡ文库。经噬斑分析,挑选阳性克隆;阳性克隆噬菌体经扩增后分离纯化其ｃＤＮＡ,在构建重组质粒的基础上,采用Ｓａｎｇｅｒ双脱氧链末端终止法对靶基因进行全序列测定,结果表明该ｃＤＮＡ含有１１９５个碱基,所测得碱基序列经计算机分析明确为ＣＹＰ２Ｄ６ｃＤＮＡ中的一段特定基因。     

应用酵母双杂交技术筛选与RANK蛋白新基序IVVY相互作用的蛋白

目的: 应用酵母双杂交技术筛选小鼠巨噬细胞中与核因子κB受体激活因子(RANK)蛋白上新基序IVVY相互作用的蛋白,以探寻RANKL/RANK系统中介导破骨细胞形成的RANK下游新信号转导蛋白。方法: 应用GAL4酵母双杂交系统3,构建仅包含编码新基序⁵³⁵IVVY⁵³⁸ 的一小段RANK的cDNA片段为诱饵质粒pGBKT7-IVVY,并与巨噬细胞cDNA文库质粒pGADT7-library共转化AH109酵母,筛选与RANK蛋白新基序IVVY相互作用的蛋白,通过回复性杂交实验验证其可靠性,并对阳性克隆进行测序和基因同源性分析。结果: 筛选出4个可能与IVVY基序有相互作用的蛋白,包括Ring1和YY1结合蛋白(RYBP)、ATP结合盒、E2F转录因子和热休克蛋白8,其中表达RYBP的阳性克隆出现频率高、速度快。结论: 应用酵母双杂交技术成功地筛选出4个可能与IVVY基序相互作用的候选蛋白,其中RYBP可能性最大。     

噬菌体表面展示技术进展

噬菌体表面展示技术 (PhageDisplayTechniques ,PDT)是近年发展起来的 ,将外源肽或蛋白基因与噬菌体表面特定蛋白基因在其表面进行融合表达的新技术。可用来构建肽文库、抗体库 ,并从中筛选出有价值的活性肽或蛋白。随着该技术的不断发展和完善 ,已在许多领域得到了广泛应用     

083噬菌体表面展示技术进展

噬菌体表面展示技术(Phage Display Techniques,PDT)是近年发展起来的,将外源肽或蛋白基因与噬菌体表面特定蛋白基因在其表面进行融合表达的新技术.可用来构建肽文库、抗体库,并从中筛选出有价值的活性肽或蛋白.随着该技术的不断发展和完善,已在许多领域得到了广泛应用.     

噬菌体表面展示技术进展

噬菌体表面展示技术(Phage Display Techniques,PDT)是近年发展起来的,将外源肽或蛋白基因与噬菌体表面特定蛋白基因在其表面进行融合表达的新技术。可用来构建肽文库、抗体库,并从中筛选出有价值的活性肽或蛋白。随着该技术的不断发展和完善,已在许多领域得到了广泛应用。     

云南个旧肺鳞癌YTMLC-90细胞株cDNA文库构建和鉴定

目的 :构建云南个旧肺鳞癌YTMLC 90细胞株的cDNA文库。方法 :从培养的人肺鳞癌YTMLC 90细胞株中提取总RNA ,利用经修饰的oligo(dT)引物 (含SfiⅠB酶切位点 )合成cDNA第1链。同时 ,根据真核生物mRNA 5′端帽子结构的特点 ,利用SMART核苷酸 (含SfiⅠA酶切位点 )作为cDNA第 1链在mR NA 5′端延伸出去的模板。以此序列为引物 ,利用LD PCR(long distancePCR)合成双链cDNA。双链cDNA经SfiⅠ (ⅠA和ⅠB)酶切和过柱分级分离后 ,克隆入经SfiⅠ酶切的载体λTripIE× 2 ,经体外包装即为cDNA文库。结果 :人肺癌细胞株YTMLC 90的cDNA文库中 ,含有 1.0 1× 10 9pfu/L个重组子 ,重组率为 93.2 %。将该文库扩增后 ,克隆数可达 5 .2 4× 10 12 pfu/L ,插入cDNA的长度为 75 0～ 30 0 0bp。结论 :所构建的cDNA文库具有较好的质量 ,为进一步筛选、克隆肺癌特异性表达基因奠定了基础。     

与肝癌细胞系HepG2特异性结合单链抗体的筛选与序列分析

目的：从人源噬菌体抗体库中筛选与肝癌细胞系HepC2特异性结合的单链抗体，为寻找肝癌细胞表面特异性标志及靶向研究奠定基础。方法：以正常肝细胞系L02为阴性筛选细胞，以肝癌细胞系HepG2为阳性筛选靶细胞，从人源噬菌体抗体库(Griflfin．l Library)经三轮筛选后，阳性菌质粒PCR确定其中含有单链抗体基因的克隆，通过细胞ELISA及FCM筛选特异性的单链抗体噬菌体，通过ABL3130全自动荧光测序仪测序，并通过GeneBank比对进行同源性分析，IPTG诱导可溶性单链抗体表达，并检测其与肝癌细胞株结合的特异性。结果：获得了2个特异性较高的阳性噬菌体单个克隆。经DNA测序后，在Genebank中与人的免疫球蛋白库进行比对，并用IMGTF／V-Quest软件进行分析，确定为2个插入序列不同的单链抗体片段。经细胞ELISA证明其阳性克隆菌培养上清可与肝癌细胞株特异性结合。获得的序列成功登陆Genebank，序列号为AY686498-AY686499。结论：从人源噬菌体抗体库中筛选到与肝癌细胞系HepG2特异性结合的具有功能活性的单链抗体，为进一步寻找肝癌细胞表面特异性抗原及靶向研究奠定了基础。     

人免疫缺陷病毒1型CRF07_BC毒株准种间的重组

目的 通过研究人类免疫缺陷病毒1型（human immunodeficiency virus1，HIV-1）感染者个体内准种间的差异，探讨HIV的系统进化的发生模式。方法 从HIV-1感染者血浆中提取总RNA，通过逆转录多聚酶链反应（RT-PCR）获得HIV．1gp120全长基因，纯化后装入T载体，转化至TOP10大肠埃希菌内增殖，通过蓝白斑筛选获得阳性克隆，对所获得的目的克隆测序并分析。结果 获得同一患者的16个克隆的gp120全长基因序列，通过系统进化树分析，克隆序列均为CRF07_BC亚型，但在系统进化树上16个克隆可明显分为A、B两群，其中13个克隆属于A群，2个克隆属于B群，1个克隆（编号XPD7）位于A、B群之间，通过simplot软件的重组分析，发现XPD7克隆为A群和B群的重组株。结论 发现了我国广泛流行的HIV-1CRF07-BC毒株准种间的重组现象，准种间的重组作为HIV进化的一种有效手段将导致HIV毒株的快速进化的发生，可能更易逃脱宿主的免疫监控。     

乙型肝炎病毒前S2基因克隆及真核表达载体的构建

目的:克隆乙型肝炎病毒前S2基因,构建其真核表达质粒.方法:以乙型肝炎患者血清HBV DNA为模板,设计引物扩增全长前S2基因,再将目的基因插入到真核载体pcDNA3.1(+)中,经PCR、酶切和DNA测序确认.结果:从患者血清抽提的DNA中扩增得到约860bp大小的目的片段,经回收、纯化、酶切后转化大肠杆菌DH5α,...     

小鼠端粒酶蛋白亚单位真核表达载体的构建和序列测定

目的： 克隆小鼠端粒酶蛋白亚单位(mTERT)的cDNA，构建真核表达载体并进行序列测定。 方法: 从肝癌细胞中提取总RNA，采用RT-PCR 技术扩增mTERT的基因编码区序列，将序列定向克隆至真核表达载体pAC，并进行序列测定。 结果： 获得mTERT编码区 3 369 bp的cDNA片段，用PCR和限制性内切酶分析鉴定，表明获得重组质粒pAC-mTERT。通过对mTERT编码区cDNA序列测序证实其与GenBank中的已知序列一致。 结论： 成功克隆了mTERT编码区序列，并构建了其真核表达载体，为以TERT为基础的肿瘤生物治疗奠定基础。     

人源抗人免疫缺陷病毒1型噬菌体抗体库的构建及筛选

目的构建人免疫缺陷病毒１型（ＨＩＶ－１）特异性噬菌体抗体库，制备人源抗ＨＩＶ－１ｇｐ１２０单克隆抗体。方法以半巢式聚合酶链反应（ＰＣＲ）从ＨＩＶ－１感染者外周血单个核淋巴细胞中扩增抗体重链Ｆｄ和轻链（ｋ）基因，与噬菌体载体ｐＣｏｍｂ３连接，构建噬菌体抗体Ｆａｂ组合文库。对抗体库进行３轮吸附－洗脱－扩增的亲和选择后，以ＥＬＩＳＡ法筛选抗ＨＩＶ－１ｇｐ１２０噬菌体抗体，并进行ＤＮＡ序列分析和Ｆａｂ的可溶性表达。结果半巢式ＰＣＲ有效地扩增出Ｆｄ和ｋ基因，以此构建成容量为１９５×１０７的噬菌体抗体库。３轮亲和选择使特异性抗体得到高度富集，抗ＨＩＶ－１ｇｐ１２０噬菌体抗体阳性克隆占３２％。对一阳性克隆抗体基因ＣＨ１和ＣＬ部分ＤＮＡ序列进行了测定，并在大肠杆菌表达出可溶性Ｆａｂ。结论抗ＨＩＶ－１特异性噬菌体抗体库的构建和人源抗ＨＩＶ－１ｇｐ１２０单克隆抗体的制备为今后筛选抗ＨＩＶ中和抗体奠定了基础，具有重要的应用价值。     

人源抗SARS病毒噬菌体抗体库的构建及筛选

目的: 构建人源抗SARS病毒的Fab片段抗体基因的噬菌体表面呈现文库, 筛选抗SARS病毒特异性的噬菌体抗体。方法: 用PCR扩增人Fab片段抗体基因, 连入载体pComb3内, 构建噬菌体抗体库。以固相化的SARS抗原淘筛抗体库, 并用ELISA检测噬菌体抗体结合SARS病毒的特异性。结果: 用PCR共扩增出 13条Ig基因片段。电转化构建的噬菌体抗体库的库容为 1. 3×106, Fab基因的重组率为60%。以纯化的SARS抗原淘筛 3轮, 特异性富集了抗SARS病毒的噬菌体抗体, 并用ELISA法从中筛选出了 10个结合活性好、特异性强的克隆。结论: 成功地构建了人源抗SARS病毒的组合抗体文库, 从中获得人源抗SARS病毒的特异性抗体。     

hHBrk1与WAVE1蛋白相互作用位点的鉴定

目的: 鉴定微丝相关蛋白hHBrk1与WAVE1的结合位点。方法: 利用PCR的方法克隆人 WAVE1 及各结构域的基因片段,并将之亚克隆至真核表达载体;免疫共沉淀技术检测hHBrk1与WAVE1结合位点。结果: 获得了 WAVE1 及各结构域基因的真核表达载体;免疫共沉淀发现hHBrk1与WAVE1的Scar同源结构域(SHD)结合,而WAVE1蛋白结合于hHBrk1的羧基端,羧基端七肽重复(HR)结构域点突变后获得的蛋白失去了与WAVE1的结合能力。结论: hHBrk1可能通过HR结构域与WAVE1的SHD区结合,参与WAVE1蛋白的细胞亚定位或维持其稳定性,从而调控肿瘤细胞的迁移。     

Single DNA marker generated by "YAC-Alu PCR" that is end-specific.

A simple strategy for the rapid preparation of an end-specific linking-DNA probe from the YAC-human chromosome 21 DNA recombinant clone and the characterization of this single DNA probe are described. Synthetic oligodeoxynucleotide primers, based on the consensus Alu sequence, and the Sup4 DNA fragment in the YAC arms were used to amplify end-specific DNA sequences by the polymerase chain reaction (PCR) for screening of the linking YAC recombinant clones ("YAC-Alu PCR"). Nucleotide sequencing of the product of PCR from human genomic DNA in a YAC insert confirmed the boundary between the vector and the insert and the presence of the 3'-end Alu-like structure. The probe R1, prepared by "YAC-Alu PCR" amplification, was assigned to chromosome 21 by Southern hybridization of somatic cell hybrid DNAs. In situ hybridization allowed localization of the R1 DNA probe to the human chromosome 21q21-q22.1 region. Thus, this approach has significant advantages not only for isolation of a single DNA probe specific for human chromosome 21 but also for the screening of YAC linking recombinant clones for mapping of the human genome.     

人源抗丙型肝炎病毒噬菌体抗体库的构建、筛选及表达

用常规RT PCR法 ,直接从 5名丙型肝炎患者外周血混合淋巴细胞中扩增抗体重链Fd基因和κ轻链基因 ,构建噬菌体抗体Fab库。对抗体库进行 5轮吸附 洗脱 扩增的亲和选择后 ,以ELISA法鉴定抗HCV噬菌体抗体。 5轮亲和选择使特异性噬菌体抗体得到高度富集 ,抗HCV噬菌体抗体阳性克隆达 96 %。对一阳性克隆在大肠杆菌中表达 ,经ELISA及Westernblot分析鉴定 ,证实成功表达出人源可溶性Fab。对抗体基因VH和VκDNA序列进行测定 ,证实所获基因为抗体可变区基因。抗HCV噬菌体抗体库的构建和人源抗HCV单克隆抗体Fab段的制备 ,为HCV感染的诊断、治疗和发病机制的研究提供有效的分子工具。