miR-125a-5p在胃癌组织中表达的生物信息学分析及实验验证研究

目的 通过生物信息学分析方法,系统评价miR-125a-5p在胃癌组织中的表达及其与临床病理特征的相关性;通过实验观察miR-125a-5p在胃癌组织中的表达,分析其临床意义,并采用生物信息学方法,进行靶基因和信号通路富集分析。方法 采用实时荧光定量聚合酶链式反应(PCR)法检测miR-125a-5p在胃癌组织和癌旁组织中的表达,并分析其临床意义;采用UALCAN数据库分析miR-125a-5p在胃癌组织中的表达及临床病理特征;采用miRecords数据库的预测软件预测其靶基因,选择至少3个以上软件支持的靶基因,运用DAVID 6.7在线富集分析靶基因参与的信号通路。结果 生物信息学分析和实验研究均发现,相对于癌旁组织,miR-125a-5p在胃癌组织中表达明显下调(P<0.05),其表达与肿瘤淋巴结转移、浸润深度、肿瘤组织增殖阶段、肿瘤组织类型相关(P<0.05);生物信息学分析提示,miR-125a-5p与临床病理特征关系密切,其靶基因富集在33个与肿瘤相关的信号通路中。结论 miR-125a-5p是胃癌中下调表达的分子标记物,是潜在的具有临床相关性的抑癌基因,是与临床...     

miR-27在胃癌中的表达及其作用研究

目的:探讨胃癌组织中miR-27的表达情况及miR-27对胃癌细胞系MKN-45转移侵袭能力的影响,预测并验证miR-27的靶向基因。方法:选取16例胃癌组织及其对应癌旁正常胃黏膜组织,通过RT-PCR检测miR-27在胃癌中的表达情况,并分亚组比较有淋巴结转移组和无淋巴结转移组miR-27表达水平的差异;转染miR-27类似物(miR-27mimics)或miR-27拮抗剂(miR-27inhibits)及其NC对照后,用Transwell assay检测胃癌细胞系MKN-45转移侵袭能力的变化;用生物信息学软件预测miR-27的靶基因,并用RT-PCR及Western-blot验证miR-27对其靶基因表达和翻译的调节作用。结果:miR-27在胃癌组织中表达上调,有淋巴结转移组比无淋巴结转移组miR-27表达水平更高;转染miR-27 mimics后,胃癌细胞系MKN-45的转移侵袭能力增强,转染miR-27inhibits后,胃癌细胞系MKN-45的转移侵袭能力减弱;PicTar、Targetscan和miRbase三个生物信息学软件同时预测出ZBTB10为miR-27的靶基因,RT-PCR检测显示:miR-27的表达对胃癌细胞中ZBTB10 mRNA的含量无影响,Western-blot检测显示:miR-27抑制胃癌细胞中ZBTB10蛋白的含量。结论:miR-27在胃癌中表达上调,促进胃癌细胞的转移侵袭,其机制可能与其抑制ZBTB10蛋白的翻译有关。     

横纹肌肉瘤相关差异miRNAs和靶基因的生物信息学分析

目的:运用生物信息学分析人正常横纹肌和横纹肌肉瘤(rhabdomyosarcoma,RMS)差异miRNAs和靶基因,为研究RMS提供新思路.方法:GEO2R分析RMS组织的差异miRNAs,利用Sangerbox绘制火山图.TargetScan、miRDB、miRwalk预测靶基因并利用Veen分析交集靶基因.Enrichr分析靶基因的GO富集分析和KEGG信号通路.Cytoscape结合生存分析筛选hub基因及miRNAs与hub基因的分子调控网络.结果:GEO2R分析发现2549个差异miRNAs,上调和下调miRNAs分别有1318个和1231个,根据|log2FCl＞1.5,P＜0.05筛选出6个差异miRNAs(上调:miR-410-3p 、miR-381-3p、miR-483-3p和miR-376a-3p,下调:miR-29c-3p和miR-145-5p);TargetScan、miRDB、miRwalk分别预测6个差异miRNAs的靶基因后Veen图取交集的靶基因共计1262个;GO富集和KEGG信号通路分析靶基因富集于RNA聚合酶Ⅱ的调控、调节干细胞多能性的信号通路、Hippo信号通路等过程;Cytoscape筛选出top10 hub基因后结合生存曲线分析显示FBXL3高表达,SPSB4、VHL、SMAD4、NRAS、KRAS低表达时患者预后较好.结论:利用生物信息学分析正常横纹肌和横纹肌肉瘤组织的差异miRNAs-靶基因,筛选出miR-145-5p (SPSB4、FBXL3、SMAD4、NRAS)、miR-29c-3p(VHL)、miR-381-3p(KRAS),可为横纹肌肉瘤的研究提供潜在的分子靶点.     

胃癌组织miR-125a-5p和miR-125a-3p表达及其与临床病理特征的关系

目的：探讨miR-125a-5p和miR-125a-3p在胃癌中的表达情况及其与临床病理特征的关系。方法：采用茎环Real-time RT-PCR检测30例胃癌组织及其正常胃黏膜组织中miR-125a-5p和miR-125a-3p的表达并分析其表达与不同临床病理特征分组关系。结果：miR-125a-5p和miR-125a-3p在胃癌组织较癌旁正常组织表达均明显升高（P=0.012和P=0.025）,其中miR-125a-5p表达量约为miR-125a-3p表达量的30倍,但二者表达比值在胃癌组织及正常胃黏膜组织中差异未见显著性;扩大样本量后结果显示miR-125a-3p的表达在有无淋巴结转移组间差异存在显著性（P=0.001）;而miR-125a-5p的表达在不同分化程度组间差异存在显著性（P=0.003）。结论：正常胃黏膜及胃癌组织中均可以检测到miR-125a-5p和miR-125a-p的表达;miR-125a-5p和miR-125a-3p在胃癌组织和癌旁正常黏膜组织中的表达差异存在显著性,miR-125a-3p的表达在胃癌的不同淋巴结转移组间差异存在显著性;miR-125a-5p的表达在胃癌不同分化组间差异存在显著性。     

miR-629-5p对胃癌细胞生物学行为的影响及其靶基因MTRF1L的鉴定

目的：研究miR-629-5p对胃癌细胞生物学行为的影响并鉴定其靶基因。方法：通过实时荧光定量PCR（quantitative real-time PCR,qRT-PCR）检测miR-629-5p在16例胃癌组织和3种胃癌细胞中的表达水平;将细胞实验分为2个组：实验组（IN）和对照组（NC）;转染miR-629-5p抑制剂下调胃癌细胞MKN-45中miR-629-5p的表达;CCK-8实验和平板克隆实验检测MKN-45增殖;Transwell小室实验和划痕实验检测MKN-45迁移和侵袭;细胞流式技术检测MKN-45凋亡;通过miRWalk2.0工具预测miR-629-5p的靶基因,Western blot检测MKN-45中线粒体样转录释放因子1（mitochondrial translational release factor 1 like,MTRF1L）蛋白表达。结果：与癌旁组织[1.574（0.197,4.503）]相比,胃癌组织中miR-629-5p相对表达量[2.081（0.231,7.216）]明显增加（P=0.003）;与正常胃黏膜细胞（1.017±0.226）相比,胃癌细胞中miR-629-5p相对表达量（MKN-28：3.040±0.506;MKN-45：5.924±0.403;SCG-7901：3.377±0.372）均明显增加（P=0.000）。下调miR-629-5p表达后,胃癌细胞MKN-45的增殖减慢（IN：64±12;NC：102±12;P=0.018）,迁移（IN：106±9;NC：194±29;P=0.008）和侵袭（IN：25±7;NC：60±9;P=0.007）能力减弱,凋亡细胞数增加[IN：（19.257±2.440）%;NC：11.687±2.237;P=0.017]。miR-629-5p预测的靶基因共有46个,下调miR-629-5p的表达后,MTRF1L表达量明显增加（IN：0.923±0.101;NC：0.556±0.026;P=0.004）。结论：miR-629-5p在胃癌中表达上调,可促进MKN-45的增殖,增强MKN-45迁移和侵袭能力,抑制MKN-45凋亡;MTRF1L可能是miR-629-5p的靶基因之一。     

miR-130a-3p在胶质母细胞瘤中的表达与靶基因分析

目的 探索miR-130a-3p在胶质母细胞瘤(glioblastoma,GBM)细胞中的表达水平,预测并分析miR-130a-3p的靶基因.方法 采用实时聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)检测GBM细胞和正常人胶质细胞中miR-130a-3p的相对表达水平.选择miRanda、DIANA、TargetScan和PicTar工具预测miR-130a-3p的靶基因,对靶基因进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析和通路富集分析,基于STRING数据库进一步建立蛋白互作网络(protein-protein interaction,PPI)并利用Cytoscape软件进行可视化分析.结果 相对于正常人胶质细胞,miR-130a-3p在GBM细胞中的表达水平显著下调.四种预测工具取交集后共筛选出302个靶基因.GO富集分析表明miR-130a-3p靶基因主要参与转录调控、蛋白泛素化、Wnt信号、miRNA介导基因沉默、DNA损伤反应、细胞迁移等生物学过程和分子功能.通路富集分析发现miR-130a-3p靶基因主要富集于转化生长因子β(transforming growth factor-β,TGF-β)信号通路、磷脂酰肌醇信号通路、内吞、自噬调节、胶质瘤、FoxO信号通路等.结论 miR 130a 3p在GBM细胞中低表达,其靶基因涉及多个肿瘤发生相关的信号通路,为进一步阐明其在GBM发生过程中的调控机制以及开发靶向治疗提供参考.     

circ_0003159对胃癌细胞增殖、侵袭和迁移能力的影响及机制研究

目的探讨circ_0003159对胃癌细胞增殖、侵袭和迁移能力的影响及其作用机制。方法选取2015年6月至2018年12月嘉兴市第二医院肿瘤外科经手术切除的30例患者的胃癌组织和配对的癌旁组织。采用qRT-PCR法检测胃癌组织和癌旁组织中circ_0003159、miR-32-5p和第10号染色体缺失的磷酸酶及张力蛋白同源基因（PTEN）的表达水平;以及胃癌细胞株（BGC823、AGS、MKN45）和正常胃黏膜上皮细胞株GES-1中circ_0003159的表达水平。选取circ_0003159表达水平最低的胃癌BGC823细胞系,建立circ_0003159超表达模型,设立circ_0003159超表达组（转染circ_0003159模拟物）和阴性对照组（转染空载体阴性对照物）。采用CCK-8法和Transwell小室实验检测circ_0003159超表达对BGC823细胞增殖、侵袭和迁移的影响;生物信息学方法对circ_0003159或miR-32-5p进行靶基因预测,并通过双荧光素酶报告基因验证miR-32-5p与circ_0003159或PTEN的靶向关系;采用Westernblot法检测过表达miR-32-5p对PTEN蛋白表达的影响。结果胃癌组织中circ_0003159和PTEN的相对表达水平均明显低于癌旁组织（均P＜0.05）,但胃癌组织中miR-32-5p的相对表达水平明显高于癌旁组织（P＜0.05）。胃癌细胞系BGC823、AGS、MKN45中circ_0003159的相对表达水平均明显低于正常胃黏膜上皮细胞GES-1（均P＜0.05）,且BGC823细胞中circ_0003159的相对表达水平最低。相比于阴性对照组,circ_0003159超表达组在48、72h时OD450表达水平均明显下调（均P＜0.05）。与阴性对照组比较,circ_0003159超表达组中细胞侵袭数和迁移数均明显减少（均P＜0.05）。预测结果可知miR-32-5p为circ_0003159潜在的靶基因,PTEN是miR-32-5p潜在的靶基因。荧光素酶报告基因实验结果显示,与对照组比较,过表达miR-32-5p组中circ_0003159-MUT和PTEN-MUT相对活力值比较差异均无统计学意义（均P＞0.05）,而circ_0003159-WT和PTEN-WT相对活力值比较均明显下调（均P＜0.05）。与对照组相比,过表达miR-32-5p组中PTEN蛋白相对表达水平明显下降（P＜0.05）。结论circ_0003159超表达显著抑制了胃癌细胞增殖、侵袭和迁移能力,其机制可能是通过靶向下调miR-32-5p对PTEN的抑制作用。     

miR-129-5p调控的COL1A1作为胃癌潜在治疗靶点的生物信息学分析

目的应用生物信息学技术探索胃癌发病机制,为胃癌的防治提供生物信息学依据。方法用GEO2R在线工具分析 GSE79973中胃癌组织和正常胃黏膜组织的差异表达基因（Differentially expressed genes, DEGs）,通过DAVID数据库对DEGs 进行GO分析和KEGG通路富集分析,然后通过STRING数据库构建蛋白质相互作用网络,用Cytoscape 软件进行关键基因 （Hub 基因）筛选和功能模块分析,并在GEPIA 数据库对Hub 基因进行验证,用Target Scan 数据库预测调控靶基因的 microRNAs,并用OncomiR分析microRNAs在胃癌组织中的表达及其与生存预后的关系。结果共筛选出181个在胃癌中差异 表达的基因。蛋白质互作网络筛选出10个Hub基因。DEGs功能分析主要涉及蛋白质消化吸收、PI3K-Akt信号通路、ECM-受 体相互作用、血小板激活信号通路。GEPIA数据库验证显示COL1A1 在胃癌组织中高表达,并和胃癌患者的不良预后有关。 miR-129-5p与COL1A1 mRNA的3’UTR结合。与正常组织相比,miR-129-5p在胃癌组织中表达明显下调,且与胃癌患者预后 具有一定相关性。结论miR-129-5p调控的COL1A1是胃癌潜在的治疗靶点。     

肾透明细胞癌hsa-miR-193a的生物信息学分析及靶基因预测

目的：分析肾癌组织中miR-193a的表达情况,预测其靶基因,探讨其参与恶性肿瘤调控的分子机制。方法：利用癌症基因组图谱（TCGA）数据库,分析miR-193a在肾透明细胞癌组织与正常组织之间的表达差异。利用Kaplan-Meier plotter数据库,对存在差异表达miR-193a的肾透明细胞癌患者进行生存分析。采用TargetScan7.2、miRDB、PicTar和miRTarBase进行靶基因预测,利用metascape网络在线分析数据库对hsa-miR-193a-3p的靶基因集合进行GO功能注释和KEGG通路富集分析。结果：miR-193a在肾透明细胞癌等多种肿瘤中表达上调,且其表达量与患者总生存时间存在显著负相关。hsa-miR-193a-3p靶基因GO功能主要包括发育过程、细胞成分组织或生物发生、生物过程的正负调节、节律过程等,KEGG信号通路主要富集在肾细胞癌、PI3K-Akt信号通路等方面。结论：hsa-miR-193a-3p可能通过调控多个靶基因参与肾透明细胞癌发生发展相关信号通路的调节,是一个非常具有研究价值的生物学靶标。     

MiR-199a-3p在胰腺癌中的表达水平及生物信息学分析

目的:探讨miR-199a-3p在胰腺癌中的表达水平及作为胰腺癌的诊断指标的意义,并进行生物信息学分析。方法:从GEO数据库收集胰腺癌和正常胰腺组织中miR-199a-3p的数据。汇总数据绘制受试者工作特征曲线,进行Meta分析,采用生物信息学方法预测miR-199a-3p的靶基因,并对靶基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果:收集到6个GEO数据,4个数据的ROC曲线表现出显著的诊断意义,Meta分析结果显示miR-199a-3p在胰腺癌中表达水平高于正常胰腺组织,差异有统计学意义（P<0.001）。预测到221个miR-199a-3p潜在的靶基因,其功能主要富集在基因表达的调控,细胞代谢的调控,蛋白质域特异性结合等生物学过程（P<0.001）,KEGG分析结果显示主要集中在PI3K-Akt通路、黏着斑、肌动蛋白细胞骨架调控、癌症通路、Hippo通路、鞘脂通路、ErbB通路、MAPK通路等通路（P<0.05）。结论:相比正常胰腺组织,miR-199a-3p在胰腺癌为高表达,可作为胰腺癌的一个潜在诊断指标,并可能在胰腺癌的发生发展中起到重要作用,为胰腺癌的研究和治疗提供了新的方向。     

miRNA-671上调抑制胃癌细胞增殖与迁移

目的 探索miR-671在胃癌组织和细胞中的表达,并研究其对胃癌细胞增殖和迁移的影响.方法 通过qRT-PCR实验检测miR-671在胃癌组织和细胞中的表达,通过CCK-8实验检测miR-671表达上调对MKN45胃癌细胞增殖,通过划痕和Transwell小室实验检测miR-671表达上调对MKN45胃癌细胞侵袭和迁移的影响.结果 与癌旁正常组织相比,胃癌组织中的miR-671表达明显下调(P＜0.01);与正常人胃黏膜上皮细胞相比,胃癌细胞中的miR-671表达也明显下调(P＜0.01);miR-671表达上调明显抑制MKN45胃癌细胞增殖、迁移和侵袭(P＜0.01).结论 miR-671可以抑制胃癌细胞的增殖、迁移和侵袭,在胃癌中发挥抑癌基因功能.     

miR-29a-3p/COL5A2信号轴对胃癌细胞耐药性的影响

目的:探究miR-29a-3p与胶原蛋白Ⅴ型2链(COL5A2)的靶向作用关系,以及它们对胃癌细胞MKN-28阿霉素耐药性的影响.方法:通过数据库查询胃癌组织中COL5A2的表达水平与癌症不同分期以及预后的相关性;检测miR-29a-3p在胃癌组织中的表达,并利用双荧光素酶报告基因分析COL5A2与miR-29a-3p...     

基于网络药理学和分子对接探究二氢杨梅素调脂抗肝癌的作用

目的探讨miR-203a-3p通过ALOX15途径调控胃癌细胞铁死亡的机制。 方法检测胃癌组织和癌旁正常组织的铁死亡指标——活性氧诱导脂质过氧化(lipid-ROS)水平。对胃癌组织miR-203a-3p与lipid-ROS进行Pearson相关性分析。在胃正常细胞和胃癌细胞株中过表达或敲低相关分子后,检测其lipid-ROS和线粒体膜电位(MMP)。 结果miR-203a-3p水平胃癌组织高于癌旁正常组织,胃癌细胞株高于胃正常细胞;lipid-ROS水平胃癌组织低于癌旁正常组织,胃癌细胞株低于胃正常细胞(P＜0.05)。在胃癌组织中,miR-203a-3p与lipid-ROS呈负相关(P＜0.05)。胃癌组织ALOX15 mRNA低于癌旁正常组织(P＜0.05)。过表达miR-203a-3p后,胃正常细胞lipid-ROS、胃癌细胞MMP、所有细胞ALOX15 mRNA和蛋白水平降低;敲低miR-203a-3p后,胃癌细胞lipid-ROS、所有细胞ALOX15 mRNA和蛋白升高;敲低ALOX15时胃正常细胞lipid-ROS和胃癌细胞MMP降低,过表达ALOX15后胃癌细胞lipid-ROS升高(P＜0.05)。 结论胃癌细胞高表达的miR-203a-3p可靶向ALOX15,减少ALOX15表达,抑制其铁死亡发生。     

凋亡相关蛋白酶Caspase-10在早期妊娠丢失患者蜕膜组织中的表达研究

目的分析凋亡相关蛋白酶Caspase-10在早期妊娠丢失（EPL）患者蜕膜组织中的表达情况。方法通过生物信息学方法预测EPL患者蜕膜组织中差异表达miRNAs的相关靶基因,对其进行基因功能富集（GO）分析及靶基因信号转导通路富集（KEGG）分析。采用Westernblot和免疫组化实验检测EPL患者（EPL组,20例）与正常早孕要求终止妊娠行人工流产者（对照组,20例）的蜕膜组织Caspase-10的表达情况。结果3个下调差异表达miRNAs（miR-378a-3p、miR-422a、miR-378a-5p）同时靶向凋亡相关蛋白酶Caspase-10。EPL组患者蜕膜组织Caspase-10蛋白表达水平高于对照组（P＜0.05）。EPL组患者蜕膜组织Caspase-10在蜕膜细胞、腺上皮和腔上皮细胞中强阳性表达,而在对照组中弱阳性表达,并且主要表达在细胞的胞质中。EPL组患者蜕膜组织Caspase-10表达强度较对照组高（P＜0.05）。结论凋亡相关蛋白酶Caspase-10在EPL患者蜕膜组织中的表达上调,Caspase-10或参与EPL发生、发展。     

miR-32-5p对胃癌细胞增殖和凋亡的影响

目的 研究miR-32-5p对胃癌细胞MKN-45增殖、凋亡的作用及机制,以及与含硬化蛋白结构域蛋白1(sclerostin domain-containing protein 1,SOSTDC1)的关系。方法 通过R语言分析筛出相比于正常胃组织,胃癌组织中有2倍以上表达差异的所有miRNA,同时预测差异2倍以上miRNA的靶基因,在其中确定研究目标miR-32-5p及SOSTDC1。采用qRT-PCR研究胃上皮细胞(GES-1)及胃癌细胞(MGC-803、BGC-823、SGC-7901、MKN-45)中miR-32-5p的表达水平。对MKN-45细胞进行转染,使其分为miR-NC mimics组(Lipofectamine 2000与miR-NC mimics共同转染)、miR-32-5p mimics组(Lipofectamine 2000与miR-32-5p mimics共同转染)、miR-NC inhibitor组(Lipofectamine 2000与miR-NC inhibitor共同转染)、miR-32-5p inhibitor组(Lipofectamine 2000与...     

miR-125a-5p对卵巢癌细胞的增殖迁移和侵袭能力的影响

目的探讨miR-125a-5p对卵巢癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响及其作用的靶基因。方法购入正常人卵巢上皮细胞HOSEpi C,卵巢癌细胞SKOV3、A2780、ES2和HO8910各1株,通过实时定量聚合酶链式反应(RT-PCR)检测人卵巢上皮细胞HOSEpi C以及卵巢癌细胞SKOV3、A2780、ES2和HO8910中miR-125a-5p的表达水平。利用生物信息学方法预测miR-125a-5p的靶基因,构建预测靶基因3’端非编码区(3’-UTR)的野生型(WT)和突变型(mut)荧光素酶报告基因质粒,通过双荧光素酶报告基因法验证miR-125a-5p与预测靶基因的靶向作用。利用慢病毒感染的方法建立稳定过表达miR-125a-5p的SKOV3细胞,使用荧光定量PCR和Western blot检测靶基因的表达水平。利用细胞计数试剂盒-8(CCK-8)分析过表达miR-125a-5p的SKOV3细胞增殖能力的变化,通过Transwell迁移和侵袭试验分析过表达miR-125a-5p的SKOV3细胞迁移和侵袭能力的变化。结果正常人卵巢上皮细胞HOSEpi C中miR-125a-5p的表达水平高于卵巢癌细胞SKOV3、A2780、ES2和HO8910中miR-125a-5p的表达水平,其中SKOV3中miR-125a-5p的表达水平最低,差异均有统计学意义(P <0. 05),选择SKOV3进行后续实验。生物信息学分析显示,miR-125a-5p能够靶向结合Rab3D的3’-UTR;双荧光素酶报告基因分析证实miR-125a-5p能够靶向作用于Rab3D的3’-UTR。筛选稳定表达miR-125a-5p和si-Rab3D及相应对照的SKOV3细胞,分别命名为SKOV3/miR-125a-5p组,SKOV3/si-Rab3D组,SKOV3/miR-NC组和SKOV3/si-NC组。在SKOV3/miR-125a-5p组中,Rab3D的表达水平低于SKOV3组和SKOV3/miR-NC组,差异均有统计学意义(P <0. 05)。细胞增殖能力检测结果显示,与SKOV3组和SKOV3/miR-NC组相比,SKOV3/miR-125a-5p组在72小时和96小时细胞增殖能力降低,差异有统计学意义(P <0. 05)。Transwell迁移和侵袭试验结果显示,SKOV3/miR-125a-5p组分别与SKOV3组和SKOV3/miR-NC组相比,细胞迁移和侵袭能力均显著下降,差异有统计学意义(P <0. 05)。结论 miR-125a-5p能够靶向作用Rab3D,抑制卵巢癌细胞的增殖、迁移和侵袭。     

肝细胞癌组织中调控CDK2基因的靶miRNA的表达

目的通过筛选肝细胞癌及癌旁组织中microRNA差异表达谱探讨肝细胞癌组织中调控CDK2基因的靶miRNA。方法通过芯片分析临床收集的3例肝细胞癌与癌旁组织样本的miRNA差异表达谱,与miRNA生物信息数据库反向预测的miRNA进行比对,通过实时荧光定量PCR初步确定调控肝癌细胞CDK2基因表达的靶miRNA。利用FUNRICH软件对差异表达的miRNA进行GO富集分析和转录因子分析。结果通过比对芯片结果和反向预测结果筛选出9个miRNA与芯片结果一致,经qRT-PCR验证确定miR-18a-5p、miR-222-3p、miR-200a-3p、miR-375与临床样本的miRNA差异表达谱上/下调一致,其中miR-18a-5p、miR-222-3p表达上调,miR-200a-3p、miR-375表达下调。GO富集分析显示转录因子活性、细胞黏附分子活性、细胞核与胞质、转移酶活性富集程度高;筛选到5个与miRNA结合能力强的转录因子EGR1、SP1、POU2F1、SP4、FOXA1。结论初步确定miR-200a-3p、miR-375为肝细胞癌组织中调控CDK2基因的靶miRNA,与CDK...     

外周血中miRNAs表达水平对精神分裂症的诊断价值

目的:探讨外周血中miRNAs的表达水平对精神分裂症的诊断价值.方法:选取40例精神分裂症患者作为观察组,40例健康体检者作为对照组.实时定量聚合酶链反应(RT-qPCR)鉴定精神分裂症患者外周血液中miRNAs表达情况.通过受试者工作特征曲线(ROC曲线)评价miRNAs的诊断效能.采用可视化和集成发现数据库(DAVID)工具对miRNAs靶基因进行基因功能和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析.结果:两组受试对象外周血miR-30d-5p、miR-181b-3p、miR-652-5p、miR-193a-3p、miR-181b-5p、miR-346、miR-572、miR-7-5p、miR-564、miR-548d-3p和miR-30a-5p表达水平比较,差异无统计学意义(P>0.05);观察组miR-34a-5p、miR-449a和miR-22-3p表达水平高于对照组(P<0.05);miR-34a-5p、miR-449a和miR-22-3p的ROC曲线下面积(AUC)值分别为0.763,0.659和0.725,三者联合检测的AUC值为0.802.miR-34a-5p、miR-449a和miR-22-3p靶基因与突触结构和神经功能密切相关,三者共同靶基因SATB2和PER2在精神分裂症患者中异常表达(P<0.05).结论:miR-34a-5p、miR-449a和miR-22-3p在精神分裂症中异常表达,三者及其靶基因结合有望作为精神分裂症诊断规范和治疗监测的生物标记物.     

miR-9在宫颈癌组织中的表达及其靶基因的预测和生物信息学分析

目的：探讨宫颈癌组织中miR-9表达,并对靶基因进行预测及生物信息学分析,为深入研究miR-9的调控机制及生物学功能提供理论依据。方法应用miRNAs芯片检测宫颈癌组织及正常宫颈组织中miRNAs表达,利用生物学软件对其中上调较明显的miR-9进行靶基因预测,同时利用基因芯片技术筛选转染miR-9后宫颈癌Hela细胞中差异表达的基因,将两者预测靶基因的交集作为miR-9的靶基因进行GO富集分析和生物通路富集分析。结果与正常宫颈组织比较,宫颈癌组织中有15个miRNAs表达为上调,10个miRNAs表达为下调,其中上调较明显的是miR-21和miR-9,下调较明显的是miR-376a和miR-218。芯片所示的miR-9调控的下调基因与软件预测的靶基因交集中共有148个基因,miR-9的预测靶基因富集在细胞内的生物学调控、合成和代谢等生物学过程以及转录调控和蛋白结合等分子功能上,其信号通路富集于调节肌动蛋白细胞骨架、脂质代谢和细胞黏附通路。结论 miR-9在宫颈癌组织中高表达,miR-9预测的靶基因富集于多个生物学功能和生物学过程及与肿瘤相关的信号通路。     

miR-214-3p通过靶向调节p53增强胃癌细胞的转移能力

目的 观察miR-214-3p在胃癌组织中的表达情况,探讨其对胃癌细胞侵袭和迁移能力的影响及其分子机制.方法 通过实时荧光定量PCR(qPCR)检测41对胃癌及癌旁正常组织中miR-214-3p的表达及其与肿瘤临床病理特征的关系;将胃癌细胞MGC-803接种于培养皿,每组设3个复孔,分3组:miR-214-3p上调组(转染miR-214-3p模拟物)、miR-214-3p下调组(转染miR-214-3p抑制剂),以及阴性对照(NC)组;qPCR法分别检测各组p53表达水平,Transwell实验检测转染miR-214-3p抑制剂对MGC-803细胞的迁移和侵袭能力的影响;生物信息学分析和荧光素酶活性测定以确定p53是否为miR-214-3p的靶基因.结果 相比于癌旁组织,miR-214-3p在胃癌组织中上调,并且与肿瘤淋巴结转移相关;qPCR检测分析显示,相比于NC组,miR-214-3p上调组p53的表达下降,miR-214-3p下调组p53的表达上升;Tr-answell实验结果显示,与NC组相比,miR-214-3p下调组胃癌细胞的迁移和侵袭能力降低;生物信息学分析和荧光素酶活性测定结果显示miR-214-3p通过靶向结合p533′UTR从而抑制其表达.结论 miR-214-3p在胃癌发生发展过程中可能发挥了重要作用,miR-214-3p可作为胃癌的潜在靶向标志物.