一类罕见硫化氢阴性山夫登堡沙门菌腹泻株的分子溯源

[目的]研究一类罕见硫化氢阴性山夫登堡沙门菌腹泻菌株遗传克隆特征。[方法]收集、分析本地区参加全球沙门菌监测(GSS)腹泻病例中分离的山夫登堡沙门菌生化、编码SPI-1毒力岛基因(hilA、invA)和耐药特征;应用Riboprinter(r)(RP)DNA指纹图谱系统比较表型典型与不典型菌株的核糖体分型;通过Pluse Net China数据库中同型菌株的脉冲凝胶电泳(PFGE)图谱聚类比较分子型谱。[结果]2006年长宁区GSS监测病例分离出19株山夫登堡沙门菌,其中10株属于硫化氢阴性和SPI-1毒力岛缺失的表型变异菌株。RP分型证实发生变异的山夫登堡沙门菌与典型菌株间分属2个不同的克隆。Pluse Net China数据库将包括长宁区19株山夫登堡沙门菌在内的36株山夫登堡腹泻株共分18种PFGE带型。长宁区的表型变异株优势型分属4型(2株)和6型(6株),典型菌株的优势型分属11型(1株)、17型(4株)和23型(2株)。聚类分析显示,表型变异株的克隆在遗传相似度上高于典型株。[结论]分子溯源证实,SPI-1毒力岛缺失的山夫登堡沙门菌变异菌株与典型菌株同样具有引发局部爆发的致病性。2006年长宁区分离的硫化氢阴性山夫登堡沙门菌变种腹泻株与2002年深圳市的1例食物中毒案例分离的2株SPI-1毒力岛缺失株存在同源性。     

一类罕见H_2S阴性山夫登堡沙门菌腹泻株的研究

目的:研究一类罕见H2S阴性山夫登堡沙门菌腹泻菌株遗传克隆特征。方法:收集、分析本地区参加全球沙门菌监测(GSS)腹泻病例中分离的山夫登堡沙门菌生化、编码SPI-1毒力岛基因(hilA、invA)和耐药特征;应用Riboprinter(RP)DNA指纹图谱系统比较表型典型与不典型菌株的核糖体型;通过PluseNet China数据库中同型菌株的脉冲凝胶电泳(PFGE)图谱聚类比较分子型谱。结果:2006年卢湾区GSS监测病例分离4株山夫登堡沙门菌中有2株属于H2S阴性和SPI-1毒力岛缺失的表型变异菌株。RP分型证实发生变异的山夫登堡沙门菌与典型菌株间分属2个不同的克隆。PluseNet China数据库将包括卢湾区4株山夫登堡沙门菌在内共36株山夫登堡腹泻株共分18种PFGE带型。卢湾区的2株表型变异株分属4型和5型,2株典型菌株分属11型和23型。聚类分析显示表型变异株的克隆在遗传相似度上高于典型株。结论:分子溯源证实SPI-1毒力岛缺失的山夫登堡沙门菌变异菌株与典型菌株同样具有引发局部暴发的致病性,2006年卢湾区分离的H2S阴性山夫登堡沙门菌变种腹泻株与2002年深圳市的1例食物中毒案例分离的2株SPI-1毒力岛缺失株存在同源性。     

张家港市15株山夫登堡沙门菌的分子分型和耐药性

目的 对张家港市健康体检中分离得到的山夫登堡沙门菌进行相关性和耐药性分析,为张家港市沙门菌菌型库的建立积累数据。方法 对检测中得到的15株山夫登堡沙门菌菌株采用脉冲场凝胶电泳（PFGE）进行分子分型,利用PulseNet China网络中的BioNumerics2.6.6软件对图谱进行分析;用全自动细菌生化鉴定仪进行18种抗生素敏感性分析。结果 15株山夫登堡沙门菌分9种带型,其中有6株高度同源,相似度达93.94 %;15株山夫登堡沙门菌的药物敏感性结果完全一致,对阿米卡星、头孢唑啉、头孢替坦、庆大霉素和妥布霉素耐药,其他均敏感。结论 张家港市的山夫登堡沙门菌条带呈多样性,同时存在优势带型。不同型的菌株耐药种类相同,且有多重耐药趋势。     

沙门菌毒力岛基因在不同血清型沙门菌中的分布特点

目的研究沙门菌毒力岛1(SPI-1)和3(SPI-3)部分基因在不同血清型和分离株中的分布特点,分析其与毒力进化的关系。方法采用变性高效液相色谱(DHPLC)法对分属于6个不同血清型的40株沙门菌毒力岛1上和3上的20个基因进行检测。结果鼠伤寒沙门菌、鸡伤寒沙门菌和肠炎沙门菌的20个基因全部为阳性;猪霍乱沙门菌和山夫顿堡沙门菌缺失SPI-3的sugR和rhu M基因。同一血清型、不同年代和不同地区的沙门菌分离株,其毒力岛基因分布完全相同。结论沙门菌毒力岛基因在不同血清型沙门菌中的变异,说明沙门菌的毒力岛是分阶段进化而来;同一血清型不同菌株的相似性,又说明其毒力基因的相对稳定性。     

2008 - 2014年北京市山夫登堡沙门菌耐药性及分子流行病学特征分析

目的 分析北京市2008 - 2014年山夫登堡沙门菌临床分离株的分子流行病学特征。方法 对从腹泻病例分离到的91株山夫登堡沙门菌进行药敏试验、脉冲场凝胶电泳（PFGE）分子分型及多位点序列分型（MLST）。结果 2011 -2012年山夫登堡沙门菌在北京地区高水平流行,占所有分离株的87.9%,2008 - 2010年,2013 - 2104年各年份高度散发,病例主要集中在20～59岁成人组,5 - 6月为发病高峰;所有菌株对萘啶酸有较高耐药性（76.9%）,对磺胺异噁唑（53.9%）和链霉素（49.5%）中度耐药,对其他抗菌药物均较敏感;PFGE分型将91株腹泻株分成23种型别,形成三大克隆群,引起2011 - 2012年暴发流行的64株菌形成绝对优势克隆株;42株菌的MLST分型结果显示包括暴发流行在内的绝大多数菌株属于常见型ST14,5株散发菌株为新型ST1923。结论 北京市山夫登堡沙门菌具有明显的克隆株优势带型,引起2011 - 2012年的本地流行,对抗生素敏感性较高。     

一起山夫登堡沙门菌食物中毒的检测与溯源

目的查明一起食物中毒事件的病原,并对其进行溯源分析。方法对4份患者样本和8份食品留样进行病原菌的分离、培养和鉴定,对分离株进行药敏实验和脉冲场凝胶电泳分子分型。结果 4份患者样本和1份食品留样中检出山夫登堡沙门菌,5株分离菌株均对磺胺甲恶唑耐药,其PFGE图谱相似性系数为100.0%。结论本起食源性疾病暴发疫情是由进食被山夫登堡沙门菌污染的食品所致。     

福建省4种血清型沙门菌中毒力基因pagC与msgA携带情况分析

目的了解毒力基因pagC与msgA在福建省分离率较高的4种常见血清型沙门菌中的分布差异特征,为福建省沙门菌监测提供科学的实验数据,为进一步有效防控沙门菌病提供依据。方法选取福建省2010年以来分离留存的鼠伤寒沙门菌、肠炎沙门菌、德尔卑沙门菌及斯坦利沙门菌共166株,通过常规PCR进行pagC和msgA基因的检测。采用SPSS 17.0进行数据统计。结果 166株沙门菌中有68株携带毒力基因pagC,总检出率为40.96%;93株携带毒力基因msgA,总检出率为56.02%。毒力基因pagC与msgA在鼠伤寒、肠炎、德尔卑和斯坦利4种血清型沙门菌分离株中的携带率差异均有统计学意义(χ■=90.22、χ■=10.33,P0.01)。沙门菌有4种毒力基因携带模式:VP1:pagC+msgA-(4.85%)、VP2:pagC-msgA+(20.00%)、VP3:pagC+msgA+(36.36%)和VP4:pagC-msgA-(38.79%),后两种为优势基因携带模式。结论福建省沙门菌中均检出一定比例的毒力基因pagC与msgA。这2个毒力基因的分布存在血清型差异。而且这2个毒力基因携带模式呈多态性分布特征。     

临床分离沙门菌的耐药性及超广谱β-内酰胺酶类耐药基因

目的研究北京地区2012—2015年沙门菌临床分离株的血清型分布、耐药状况及超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)耐药基因特征。方法采用最小抑菌浓度法测定北京市肠道门诊分离的677株沙门菌株对16种抗菌药物的耐药情况,采用聚合酶链反应(PCR)方法对244株β-内酰胺酶类耐药菌株进行耐药基因检测。结果677株沙门菌分为68种血清型,其中肠炎沙门菌、鼠伤寒沙门菌和山夫登堡沙门菌位居前3位。沙门菌对氨苄西林和阿莫西林/克拉维酸的耐药率分别为42.54%、40.77%,至少耐3种以上抗菌药物的菌株占57.16%。244株对氨苄西林和阿莫西林/克拉维酸耐药的沙门菌,携带至少一种ESBLs基因的菌株174株(71.31%),146株bla_(TEM-1)型,30株bla_(OXA-1)型,18株bla_(CTX-M)型(其中7株bla_(CTX-M-15),6株bla_(CTX-M-55)和5株bla_(CTX-M-14));20株同时携带2种耐药基因。结论该地区沙门菌携带ESBLs耐药基因水平较高,以bla_(TEM-1)为主,同时伴有bla_(OXA-1)和3种bla_(CTX-M)基因亚型,呈现基因多样性。     

多重实时PCR检测沙门菌、志贺菌和致泻性大肠埃希菌

目的 建立多重实时荧光PCR检测沙门菌侵袭蛋白A基因（invA）、肠产毒性大肠埃希菌（ETEC）不耐热肠毒素基因（elt）、志贺菌和肠侵袭性大肠埃希菌侵袭力基因（ipaH）的方法。方法 优化多重实时荧光PCR的反应条件,检测系列10倍稀释的阳性菌DNA提取物。90份腹泻患者粪便样品经缓冲蛋白胨水（buffered peptone water,BP）增菌6h后进行多重实时荧光PCR检测,并对阳性标本进行菌株分离和鉴定。结果 多重实时PCR方法最低可以检测到10CFU／μl的福氏2aF301株、10。CFU／μl的鼠伤寒沙门菌和ETEC44815株。检测腹泻患者粪便样品,elt基因阳性率为14．4％（13／90）,ipaH基因阳性率为5．6％（5／90）;并从阳性样品中分离到3株elt基因阳性大肠埃希菌和4株ipaH基因阳性大肠埃希菌。整个检测过程可在10h内完成,其中包括BP增菌6h。结论 建立了同时检测invA、elt、ipaH毒力基因的多重实时荧光PCR方法,具有高度的特异性,可用于沙门菌、肠产毒性大肠埃希菌、志贺菌和肠侵袭性大肠埃希菌菌株的毒力基因鉴定及临床腹泻粪便标本的快速筛检。     

一起肠炎沙门菌食物中毒病原学检测与溯源分析

目的调查一起由西式糕点引起的食物中毒事件,对分离出的沙门菌进行毒力基因检测和分子分型分析,为溯源提供依据,也为今后处理此类事件提供借鉴。方法采集患者粪便标本和剩余食物标本,分离致病菌并对病原菌分离鉴定,用脉冲场凝胶电泳(PFGE)对所分离的5株肠炎沙门菌菌株进行同源性分析,并用PCR方法对其毒力基因inv A、ipa B和sef A进行检测。结果 2份剩余的肉松面包和3份患者粪便标本均检出肠炎沙门菌,血清型为9,12:g,m:-。5株肠炎沙门菌PFGE图谱完全相同,同源性为100%。inv A、ipa B和sef A 3种毒力基因均被检出。结论结合本次流行病学调查资料、菌株分离鉴定结果和PFGE检测结果,证实本次食物中毒是由肠炎沙门菌污染肉松面包引起,且菌株均携带多种毒力基因。     

Outbreak of healthcare-associated infection and colonization with multidrug-resistant Salmonella enterica serovar Senftenberg in Florida.

BACKGROUND: In July 1999, a rare strain of multidrug-resistant Salmonella enterica serovar Senftenberg was isolated from the sputum of a trauma patient. Over a 6-year period (1999-2005) in northeast Florida, this Salmonella serovar spread to 66 other patients in 16 different healthcare facilities as a result of frequent transfers of patients among institutions. To our knowledge, this is the first outbreak of healthcare-associated infection and colonization with a fluoroquinolone-resistant strain of S. Senftenberg in the United States. OBJECTIVES: To investigate an outbreak of infection and colonization with an unusual strain of S. Senftenberg and assist with infection control measures. DESIGN: A case series, outbreak investigation, and microbiological study of all samples positive for S. Senftenberg on culture. SETTING: Cases of S. Senftenberg infection and colonization occurred in hospitals and long-term care facilities in 2 counties in northeast Florida. RESULTS: The affected patients were mostly elderly persons with multiple medical conditions. They were frequently transferred between healthcare facilities. This Salmonella serovar was capable of long-term colonization of chronically ill patients. All S. Senftenberg isolates tested shared a similar pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) pattern. CONCLUSION: A prolonged outbreak of infection and colonization with multidrug-resistant S. Senftenberg was identified in several healthcare facilities throughout the Jacksonville, Florida, area and became established when infection control measures failed. The bacterial agent was capable of long-term colonization in chronically ill patients. Because the dispersal pattern of this strain suggested a breakdown of infection control practices, a multipronged intervention approach was undertaken that included intense education of personnel in the different institutions, interinstitutional cooperation, and transfer paperwork notification.     

Variant Salmonella genomic island 1 antibiotic resistance gene cluster in Salmonella enterica serovar Albany

Salmonella genomic island 1 (SGI1) contains an antibiotic resistance gene cluster and has been previously identified in multidrug-resistant Salmonella enterica serovars Typhimurium DT104, Agona, and Paratyphi B. We identified a variant SGI1 antibiotic-resistance gene cluster in a multidrug-resistant strain of S. enterica serovar Albany isolated from food fish from Thailand and imported to France. In this strain, the streptomycin resistance aadA2 gene cassette in one of the SGI1 integrons was replaced by a dfrA1 gene cassette, conferring resistance to trimethoprim and an open reading frame of unknown function. Thus, this serovar Albany strain represents the fourth S. enterica serovar in which SGI1 has been identified and the first SGI1 example where gene cassette replacement took place in one of its integron structures. The antibiotic resistance gene cluster of serovar Albany strain 7205.00 constitutes a new SGI1 variant; we propose a name of SGI1-F.     

Molecular epidemiological analysis and microbial source tracking of Salmonella enterica serovars in a preharvest turkey production environment

Epidemiological studies were conducted to source track and delineate horizontal transmission pathways of Salmonella serovars in a turkey production environment. Salmonella enterica serovar Heidelberg (n = 111), Salmonella Senftenberg (n = 14), Salmonella Muenster (n = 10), unidentifiable "roughs" (n = 5), Salmonella Anatum (n = 3), and Salmonella Worthington (n = 2) were isolated from the birds' cecal and crop contents, litter, environmental swabs, drinkers, and feed samples. These strains (n = 145) were analyzed for their antimicrobial susceptibility profiles and the bacterial horizontal transmission pathways were tracked by XbaI-digested pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) macrorestriction profiles. Nearly 79% of the strains were resistant to one or more antimicrobials, while 44% of the strains were resistant to two to six antimicrobials. Nearly 21% of the strains were susceptible to all of the antimicrobials tested. Twenty-seven distinct PFGE fingerprint profiles (90-95% similarity) were observed among 110 Salmonella Heidelberg strains (one strain was untypeable), and 13 of the 27 profiles (48%) elicited 100% similarity among the fingerprint patterns. The prevalence of Salmonella Heidelberg strains at weeks 2 (n = 20), 10 (n = 20), and 18 (n = 70) among the sampled pens suggested cross-colonization among pens during the 20-week production cycle. Salmonella Heidelberg strains were first isolated from the birds at week 2, and identical fingerprint profiles of this serovar were subsequently isolated from birds within the same pen; birds in other pens; and litter, air, and swab samples at weeks 10 and 18, suggesting possible horizontal transmission of this serovar across the production facility during the grow-out period.     

1992—2008年深圳HIV-1CRF01_AE重组株的流行趋势与进化规律

目的 了解HIV-1 CRF01_AE重组株在深圳地区的流行情况,并分析其流行趋势及进化规律.方法 收集深圳地区1992-2008年HIV确认阳性血液样本489份,应用巢式聚合酶链反应(Nested-PCR)技术,对样本膜蛋白(Env)基因进行扩增,并对其基因区核苷酸序列进行测定,判定亚型结果.对获得的CRF01_AE...     

上海市肠炎沙门菌流行特征和分子分型研究

[目的]分析上海市2006—2007年肠炎沙门菌菌株,了解上海市肠炎沙门菌分子流行病学特征。[方法]回顾2002—2007年肠炎沙门菌食品株来源并与肠炎沙门菌腹泻株作耐药性比较;对2006—2007年全球沙门菌监测(GSS)病例和食品分离的肠炎沙门菌进行表型验证、药敏试验和脉冲凝胶电泳(PFGE)分析。[结果]2006—2007年肠炎沙门菌在本市非伤寒沙门菌病例中列首位,而80%的食品株源自禽及禽肉制品,食品株的抗生素耐药性高于腹泻株。2007年肠炎沙门菌腹泻株的耐药谱和2006年有较大差异。包括13株食品株在内共76株肠炎菌株可分为21种PFGE带型,遗传同源性接近80%,优势带型依次为3型(34株)、1型(12株)、2型(5株)和5型(5株),除2型外均发现有与腹泻株同型的食源株。2006和2007年的PFGE 1/2型病例分别为4例和12例。[结论]上海市肠炎沙门菌病例与食用污染的鸡肉等禽类制品有密切关系,PFGE 3型肠炎沙门菌是目前上海市肠炎沙门菌流行株的优势菌型,2007年发现由鹅肝传播的1/2型肠炎沙门菌可能是3型的变异株并有取代之成为流行菌株的趋势。开展对腹泻病例和食物链的综合监测和以实验室为主的实时分子分型检测能快速预警肠炎沙门菌散在爆发和追溯污染源。