基于16S rDNA测序技术分析新生儿败血症肠道菌群特征研究

目的基于16S rDNA测序技术分析新生儿败血症肠道菌群特征。方法临床标本收集及处理:收集医院新生儿败血症手术患儿及确诊的新生儿败血症非手术患儿粪便(肠内容物),同时搜集匹配对照患儿粪便(肠内容物),采用基于细菌16s rDNA高通量测序的方法分析两组患儿细菌组成差异;利用PICRUSt技术对两组患儿肠道菌群功能进行预测;采用LC-MS与GC-MS平台对两组患儿细菌代谢产物进行分析。结果新生儿败血症肠道菌群发生变化,变形菌门增加,厚壁菌门减少;基因功能预测结果显示患儿脂类物质(尤其是丙酸及丁酸)合成能力以及有害异物代谢能力不如对照组患儿,差异有统计学意义(P<0.05)。LC-MS代谢组学分析结果证实败血症患儿与对照组患儿肠内容物代谢产物有明显差异,差异最显著通路为丁酸酯类物质的合成。GC-MS靶向代谢组学结果进一步证实败血症患儿肠道乙酸(371.4μg/g)及丁酸(49.3μg/g)含量低于对照组患儿的乙酸(1242.9μg)及丁酸(107.9μg)含量,两组比较差异均有统计学意义(均P<0.05)。结论基于16s rDNA高通量测序技术为研究肠道菌群铺平了道路,通过PCR扩增将所有含有保守序列的微生物片段进行扩增、捕获,再根据细菌的变异序列(即每种细菌所特有的序列)进行测序分析及比对,以确定细菌的种属;相较于DGGE技术,高通量测序对样本DNA含量要求更低。     

16S rDNA测序检测胆道感染病原菌初探

目的探讨16S r DNA测序法用于胆道感染细菌病原体检测的可能性。方法采集潜在胆道感染患者胆汁标本,同时进行16S r DNA测序和常规培养,通过对比检测结果,评估16S r DNA测序用于临床实践的可行性。结果在19份标本中,2种方法均检出细菌的7份(36. 84%),均未检测到细菌的7份(36. 84%),16S r DNA测序阳性、培养阴性的5份(26. 32%)。在2种方法同时检出细菌的标本中,结果高度相关的2份;与培养法相比,16S r DNA测序能够检出多种细菌,结果可被宏基因组测序部分证实。尽管2种方法检测结果在属水平具有一定相关性,但判断16S测序法检出的细菌与感染的关系仍存在困难。结论 16S r DNA测序技术理论上具有高灵敏度、广覆盖等优点,随着测序和生物信息技术的发展,有望成为病原学诊断的辅助工具。     

不同16S rDNA引物对肠道菌群分析差异的比较

目的分析不同16s rDNA"通用引物"扩增靶序列在研究肠道微生物菌群分析时的差异,为选择合适的通用引物扩增肠道微生物菌群提供基础数据。方法从一健康成人的粪便中提取总DNA,以两对"通用引物"27F/519R和27F/533R扩增16S rDNA序列,扩增产物分别克隆到PGEM-T载体,建立克隆文库;两个克隆文库分别挑取65个克隆进行测序,通过序列同源性比对和构建系统发育树,比较两对引物在分析肠道菌群多样性上的差异。结果成功构建了L519和L533克隆文库,阳性克隆率分别达到95.3%和92.3%。533文库和519文库中非培养或不可培养的克隆比例分别占69.1%和76.6%(P0.05)。两文库优势菌群相同,均为梭状芽孢杆菌、拟杆菌、芽孢杆菌和变形杆菌,但各菌群的比例及低丰度菌群的分布稍有差异;在种群多样性上,533文库和519文库中分别得到22个和17个可操作分类单元,533文库比519文库有更丰富的种群多样性(P0.05)。结论在分析肠道菌群多样性时,引物27F/533R较27F/519R有更好的兼并性,更适宜于进行肠道菌群结构和多样性的分析。     

16S rDNA检测在口腔厌氧菌鉴定中的应用

[目的]探讨厌氧菌16S rDNA保守序列及特异性序列在口腔厌氧菌感染诊断中的应用价值。[方法]采集2007年7月至2008年10月山东大学齐鲁医院口腔科门诊就医的病人临床标本18份,采用PCR技术扩增口腔厌氧菌16S rDNA保守序列和7种口腔感染常见厌氧菌特异性序列,同时采用厌氧菌标准菌株作对照;应用琼脂糖凝胶电泳方法检测PCR扩增产物。[结果]标准菌株和标本中厌氧菌16S rDNA保守序列检出率均为100.0%(标准菌株为7/7,标本为18/18),标准菌株鉴定准确率为7/7,标本厌氧菌16S rDNA特异性序列检出率为66.67%(12/18)。[结论]厌氧菌16S rDNA保守序列及特异性序列在口腔厌氧菌感染检出和鉴定方面具有较高的应用价值。     

基于16S和23S rDNA基因芯片检测和鉴定七种临床常见病原菌

目的 以细菌16S rDNA和23S rDNA基因为靶序列建立可检测临床七种常见病原菌寡核苷酸芯片系统.方法 采用双重PCR扩增标本中靶细菌16S和23S rDNA基因片段.构建能同时检测肠出血性大肠埃希菌O157:H7、副溶血性弧菌、沙门菌、霍乱弧菌、单核细胞增生李斯特菌、空肠弯曲菌和志贺菌的寡核苷酸芯片,并考核芯片的检测特异性、灵敏度和重复性.采用所建立的寡核苷酸芯片检测81例腹泻患者粪便样本.结果 双重PCR可同时扩增上述七种病原菌的16S和23SrDNA基因靶序列.所研制的寡核苷酸芯片检测灵敏度可达103 cfu/ml,非靶细菌无阳性结果 ,不同批间和批内芯片的变异系数为3.89%～5.81%.寡核苷酸芯片检测粪便样本的阳性率为39.5%(32/81),与常规细菌学检查法检测结果 的符合率达到96.3%(78/81),菌种鉴定结果 符合率为96.8%(31132).结论 研究建立的寡核苷酸芯片法在检测七种病原菌时具有简便、快速、准确、高通量等优点,适合于临床样本检测及流行病学现场调查.     

基于下一代测序技术的献血者血液细菌16S rDNA检测及分析

目的 基于下一代测序(Next Generation Sequencing,NGS)技术检测献血人群血液16S rDNA宏基因组,用于分析无偿献血者血液中细菌的分布情况.方法 收集20例无偿献血者抗凝全血并制备相应血浆标本,分别作为待测标本.随机选取另1例献血者血液制备成全血和血浆标本后,加入金黄色葡萄球菌和大肠埃希菌...     

布鲁菌16S rDNA基因遗传分析

目的通过分析临床分离的布鲁菌、其他盐杆菌科细菌以及临床常见致病菌的16SrDNA基因片段的差异并构建16SrDNA系统发育树,为进一步研究布鲁菌打下基础。方法 PCR扩增临床分离株的16SrDNA并测序;从EMBL下载常见盐杆菌科细菌和临床上常见致病菌的16SrDNA序列。利用CLUSTALX和MEGA程序进行16SrDNA比对并构建系统发育树。结果成功扩增了临床分离菌株的16SrDNA,得到测序结果,比对临床分离菌株和相关菌株后,发现了特异序列5′-ATCCCGGTCGCGGTTAGTGG-3′;系统发育树表明不同种的布鲁菌间的距离非常接近;布鲁菌和醋菌属的进化距离较近,但是和其他的盐杆菌的进化距离较远。结论在布鲁菌16SrDNA中存在特异序列5′-ATCCCGGTCGCGGTTAGTGG-3′,有可能作为探针来快速检测布鲁氏菌。     

调节肠道微生态

微生态是人体的有机组成部分,其中肠道微生态最为复杂而重要。肠道微生态与人体健康之间的关系,近年来已进入大众视野,肠道微生态制剂在老年人群中的使用,也逐渐受到重视。为此,笔者采访了浙江省医学会营养与代谢学分会主任委员、浙江大学医学院附属第一医院老年病科杨云梅主任。肠道微生态具有多样性、高密度、高代谢、多功能几大特点。人体中肠道菌群数量多达400~500种,活性与人生理互补,能力与肝相当,可促进肠上皮生长,维护肠道的屏障工作(生物屏障),抗感染,稳定代谢内环境,促进消化吸收等。     

肠道致病菌16S rRNA基因的快速检测和鉴定

[目的]建立快速检测及鉴定常见肠道致病菌细菌种属的分子生物学方法。[方法]选择痢疾杆菌、霍乱弧菌、大肠杆菌等细菌的纯培养物进行培养,设计16S rRNA基因通用引物进行PCR扩增,对PCR产物经两种方法处理:一是PCR产物与质粒连接,克隆后进行DNA测序;二是对PCR产物纯化后直接测序;对两种方法的测序结果均与核酸基因库进行BLAST比对,鉴定细菌种类,并比较两种方法所得测序结果的差别。[结果]从几种细菌的纯培养物中均成功扩增出特异性目的产物,克隆后测序与PCR产物直接测序,两种方法均可鉴定出细菌类别。[结论]16S rRNA基因PCR产物的克隆后测序或直接测序,可用于常见致病菌的快速检测和鉴定,但PCR产物直接测序更方便、省时、省力。     

基于16S rDNA高通量测序技术的酱卤熟肉制品细菌多样性研究

目的探讨不同包装类型、不同品种肉类来源酱卤熟肉制品中的菌群组成及丰度。方法提取散装及预包装酱卤熟肉制品中的细菌基因组DNA,应用高通量测序技术对样品中细菌16S rDNA V4变异区域进行测序,分析样品中微生物群体分布和丰度、以及不同样品中的菌群差异。结果不同酱卤熟肉样品菌群结构各不相同且差异较大,其中弧菌属丰度均较高,其次为不动杆菌属、希瓦菌属及嗜冷杆菌属,部分样品尚存在葡萄球菌属、沙门菌属及李斯特菌属等食源性致病菌成分。Alpha多样性结果显示,所有样品菌群丰富度及均匀度均较高,散装样品菌群丰富度明显高于预包装样品;Beta多样性分析发现散装与预包装样品组间菌群差异有统计学意义,散装样品中菌群OTU数明显多于预包装样品。结论高通量深度测序技术可快速精确地掌握熟肉制品中微生物菌群多样性,弧菌菌属可能与酱卤类熟肉制品的变质密切相关,散装类酱卤熟肉制品微生物污染状况比预包装样品普遍要高,存在引发食源性疾病的风险。     

腹泻便中肠道腺病毒的分子流行病学研究

在病毒感染性腹泻中,轮状病毒(HRV)的感染流行得到公认且文献较多,肠道腺病毒(Enteric adenorirus EAde)作为第二个主要腹泻病原,日渐受到重视,国内外相继报道了其感染流行的情况。为掌握西藏腹泻中EAd感染和流行,我们于1990年5月-1992年4月对拉萨、昌都地区645例腹泻粪便标本,采用SDS-PAGE和电镜(EM)技术进行了EAd分子流行病学研究,现将所得出得结果报告如下。     

老年肠道微生态新进展

正人类的肠道中栖息着数以万计的细菌,它们多数为共生菌,与人类互利共存、相互作用,通过多种途径影响人类的营养吸收与能量代谢。肠道菌群产出多种营养物质,包括短链脂肪酸、维生素B、维生素K等,同时也释放多种细胞因子,从而影响机体代谢。因此,肠道微生态的失衡也将导致代谢性疾病、炎性反应性肠病、肿瘤等疾病的发生。本文将探讨肠道微生态在人类机体中起到的重要作用及其失衡对机体造成的影响。     

如何养护肠道微生态

<正>肠道菌群及其所生活的环境,共同组成了“肠道微生态”,是目前已知人体中最重要和最复杂的系统,甚至出现了“万病之源,始于肠道”的说法。在科技飞速发展的时代,关于肠道菌群的探索仍在继续。了解肠道菌群人体的“肠道菌群”数量惊人,约为人体细胞总数的10倍(1014个),种类有1000余种,总重量超过1.5公斤。人体粪便干重的50%都是脱落的细菌或其“尸体”。     

肠道微生态与心理健康

<正>近年来,有关人类微生物菌群的研究逐步走进公众的视野,越来越多的研究者意识到微生物菌群对人类整体健康的重要性。这让一些主张消除微生物菌群的人感到震惊。相反,人们已经开始注意到自身作为微生物菌群的管理者,倾向于利用微生物来达到有利于健康的目的。近年来,肠道微生物与心理健康的关联开始得到关注,脑-肠轴的发现对揭示肠道微生态环境如何影响心理健康的神经生物学机制打开了一扇窗口。1人类肠道微生物的起源及其生态系统的多样性     

浅谈肠道微生态及微生态制剂的应用

健康成年人胃肠道内寄居着大约有400多种肠内菌,细菌之间保持着一种微生物平衡状态.由于某些原因使得原正常微生物群发生了定量或定性变化,菌群紊乱,微生态制剂则可以采用综合性手段,通过促进生理性细菌菌群的恢复、建立和稳定,来实现对有害细菌种群的控制,其克服了应用抗生素所产生的菌群失调、耐药性菌株的增殖,以及药物的不良反应,成为人类和细菌抗争的新武器.     

肠道微生态与疾病

作为人体微生态系统的重要组成部分之一,肠道微生态辅助人体进行营养物质的转化与吸收并与多个组织、器官存在密切的相互作用,是人体健康的重要保障。近年来利用宏基因组学和生物信息学技术对不同疾病人群的肠道微生态结构和特征进行分析表明,人体健康与肠道微生态存在密切而复杂的联系。在2型糖尿病、冠心病、肥胖、结肠癌、类风湿性关节炎等诸多疾病中开展的菌群研究为其复杂机制探索提供了新的思路,也为这些疾病的预防、预警、干预和治疗提供了新方法。同时,这些实践又进一步提升了我们对肠道微生态在人体健康中发挥作用的认知。     

肠道微生态评价研究进展

肠道微生态系统是由肠道菌群及其所寄居的肠道环境所组成,该系统的平衡对维持机体的健康有着重要的意义.因此,找到一个能全面地评价肠道微生态状况的体系就显得尤为重要.以下就目前已报道的对于肠道菌群、肠黏膜通透性、肠道菌群代谢产物和肠道免疫指标的主要评价方法进行综述和总结,为后续研究提供参考.     

肠道微生态的生理学研究进展

本文详细分析了关于肠道微生态的生理学方面的研究,主要包括组织结构发育、机体新陈代谢、肠脑轴、内分泌、免疫系统五个方面,为相关研究提供参考。     

克洛诺菌属分离株16S rDNA序列分析

目的对2株克洛诺菌属(原阪崎肠杆菌)模式株和29株食品分离株的16SrDNA进行序列分析。方法对菌株的16SrDNA进行PCR扩增、测序,获得目的菌的16SrDNA序列并通过BioNumerics软件对其进行多重对比分析和系统发育学分析。结果除ATCC51329和ES014外,其他克洛诺菌属与ATCC29544的16SrDNA序列均属于同一基因群,而ATCC51329和ES014分别属于另外一个分支。从16SrDNA序列分析可知,除ES014不能确定外,其它克洛诺菌属分离株均可从基因水平上得到准确鉴定。结论从基因水平上对国内克洛诺菌属食品分离株进行鉴定,并研究了相关菌株之间的系统发育学关系。