良恶性乳腺肿瘤外周血基因差异表达研究

目的:利用基因表达谱数据,探讨良恶性乳腺肿瘤患者外周血基因表达变化。方法:从GEO 数据库中获取良性和恶性乳腺肿瘤患者外周血单个核细胞(PBMCs)表达谱。GEO2R 在线工具筛选差异表达基因, DAVID 工具富集基因功能和通路。STRING 数据库构建差异表达基因蛋白产物相互作用的网络,筛选核心基因。结果:良恶性乳腺肿瘤分别筛选到563和237 个差异基因,乳腺癌差异基因涉及白细胞激活、血管生成等生物学过程以及白细胞跨内皮迁移信号通路。IL8、RHOB、ITGB1 等为关键基因。结论:良恶性乳腺肿瘤患者外周血基因表达模式存在明显差异,为将外周血作为替代材料应用于乳腺肿瘤的诊断及监测研究开辟了新思路。     

膀胱移行细胞癌免疫相关基因的研究

目的 探讨人膀胱移行细胞癌组织中免疫功能相关基因的表达变化。方法使用人肿瘤基因表达谱芯片检测11例膀胱移行细胞癌组织基因表达谱的变化，以寻找与免疫功能相关的差异表达的基因。结果以正常膀胱黏膜组织为对照，膀胱肿瘤组织中有87个基因表达明显下调，102个基因表达明显上调。其中与免疫功能相关的基因有17个，明显上调基因8个，明显下调基因9个。结论膀胱肿瘤的发生、发展与多种免疫功能相关基因的异常表达有关。     

相关向量机在肿瘤表达谱分类问题中的应用

基因芯片技术能够检测大量基因的表达水平,在肿瘤研究中得到日益广泛的应用。基于基因芯片表达谱的肿瘤分类诊断是肿瘤表达谱研究的一个热点,肿瘤表达谱分类是一个典型的高维度小样本分类问题,描述一个两步策略的分类方法。在测试的基因表达谱中存在大量的非差异表达冗余基因,通过一个有效的基因预选择策略得到一个较小的候选基因子集,然后建立基于相关向量机的分类预测模型。在4个真实的肿瘤表达谱数据上,与几种不同的方法进行比较,结果显示该方法可以得到更好的分类精度,同时表现出很好的稳定性。     

核糖体相关基因在大鼠再生肝及肝肿瘤中表达异同的比较

目的在基因转录水平了解核糖体相关基因在大鼠再生肝(RL)和肝脏肿瘤(LT)中的表达异同。方法用搜索网站资料和查阅相关论文等方法获得核糖体发生、组装和功能相关基因及它们在肝脏肿瘤中的表达变化,用大鼠基因组230 2.0芯片检测它们在大鼠再生肝中的表达情况,用统计学方法比较上述基因在再生肝和肝脏肿瘤中的表达异同。结果初步证实上述基因中75个基因与肝再生相关。其中,18个基因在再生肝和肝脏肿瘤中表达上调,6个基因在两者中表达下调,51个基因在肝脏肿瘤中未发生有意义的表达变化。结论再生肝的核糖体相关基因表达谱与肝脏肿瘤有相同之处,也有不同之处,前者的基因表达更具阶段性和复杂性。     

口腔鳞状细胞癌及癌旁正常组织基因表达谱芯片检测

背景：近年在整体水平上以高通量分子扫描手段为基础的基因组学、蛋白质组学以及计算机辅助设计等技术的整合及相互关联的“技术链”的应用已在乳腺癌、肺癌、胃癌、结肠癌、卵巢癌、黑色素瘤等的研究中取得了丰硕的成果,但关于口腔鳞状细胞癌的研究较少。 目的：实验通过基因表达谱芯片检测口腔鳞状细胞癌组织与癌旁正常组织的基因表达谱。 方法：收集广东省口腔医院2013年手术切除的口腔鳞癌及癌旁正常组织各2例,采用Roche NimbleGen全基因组表达谱芯片进行口腔鳞癌及癌旁正常组织的基因表达谱检测。 结果与结论：按差异基因筛选标准,从32 448条检测基因中筛选出口腔鳞癌肿瘤组织的差异基因共有7 872条,占筛选基因总数的24%;其中上调表达的基因有3 800条,下调表达的有4 072条。结果证实,通过基因表达谱芯片检测并根据表达差异1倍以上的筛选标准得到了7 872个表达差异的基因。由此可见肿瘤的发生发展不是单个或几个基因的作用结果,以往实验往往针对某个或某几个基因的研究有很大的局限性。同时也说明了肿瘤的产生是多基因成网络相互调节作用的结果,而且这个网络的作用关系是非常复杂的。 中国组织工程研究杂志出版内容重点：肾移植;肝移植;移植;心脏移植;组织移植;皮肤移植;皮瓣移植;血管移植;器官移植;组织工程     

p73：人类非小细胞肺癌细胞株中的肿瘤抑制基因(英文)

目的：p73基因是与p53相类似的基因,在人类神经母细胞瘤中被假定作为肿瘤抑制基因。为了证实p73在非小细胞肺癌中是否也是肿瘤抑制基因，我们应用StyⅠ内切酶多态分析法研究了6株非小细胞肺癌细胞的等位基因表达模式。方法：利用RT-PCR检测p73基因在这6株肺癌细胞中转录水平的表达，同时用免疫组织化学方法检测5株非小细胞肺癌细胞所诱发的裸鼠种植瘤中P73蛋白的表达。结果：p73基因在这6株非小细胞肺癌中均为纯合性等位基因表达，而GC/GC基因型为主要类型。p73基因在转录水平和蛋白水平完全丧失表达。结论：根据实验结果可推测，p73在这6株非小细胞肺癌细胞中仍扮演了肿瘤抑制基因的角色。     

p63蛋白在涎腺组织和肿瘤中的表达

关于p63基因的研究刚刚开始,目前认为p63基因是乳腺正常和肿瘤组织中肌上皮细胞的特异性标记物,也被认为可能是于细胞的标记物。因此我们通过免疫组织化学方法检测了p63蛋白产物在涎腺正常组织和涎腺肿瘤中的表达情况,以探讨p63基因表达与涎腺肌上皮细胞和干细胞的关系。     

人退变椎间盘组织的基因表达谱

目的：研究人类退变椎间盘的基因表达谱，分析人退变椎间盘基因表达水平的变化。方法：按条件优化的一步法抽提人退变及正常椎间盘组织的总RNA各3例，分别用cy3，cy5荧光标记，获得2组椎间盘cDNA的探针，与含有4096条人类全长基因的cDNA表达谱芯片杂交，扫描芯片荧光信号图像，对所获得的基因进行生物信息学分析。结果：在4096条基因中，有差异表达的基因706条，358条基因表达量明显下降，298条基因表达量明显上升。在有差异表达的基因中，细胞凋亡相关类蛋白8条，其中上皮细胞膜蛋白(EMP-1)基因的表达上调明显。结论：退变椎间盘的基因表达发生变化，细胞凋亡增加可能是椎间盘退变发生和发展的因素之一。     

肿瘤相关抗原基因OVA66特异的RNA干扰对肿瘤细胞生物学特性的影响

构建OVA66基因的特异小干扰RNA表达载体,转染HeLa细胞,分析对该基因表达和肿瘤生物学特性的影响。以RT-PCR、Westernblot方法检测OVA66基因在多种肿瘤细胞系的表达谱。利用计算机辅助设计和合成针对OVA66的特异小干扰RNA的DNA片段,定向克隆于特定的干扰载体(pSUPER)。利用脂质体法将重组载体转染于OVA66高表达细胞系HeLa,筛选得到shRNA-OVA66稳定表达细胞。采用Real-timePCR检测目的基因的表达;FACS、Westernblot方法分析目的蛋白的表达。MTT、3H-TdR掺入等方法检测干扰OVA66基因表达后对HeLa细胞增殖和凋亡的影响。双酶切鉴定得到针对OVA66基因特异的shRNA表达载体(pSUPER-shRNA-OVA66),并经序列分析证实。经检测pSUPER-shRNA-OVA66稳定表达的HeLa细胞(shRNA-OVA66)中目的基因mRNA水平降低;OVA66蛋白表达受到抑制,表明设计的靶片段对目的基因有显著的抑制效果。并显示shRNA-OVA66细胞DNA合成下降;细胞周期分析表明阻断OVA66基因表达可抑制shRNA-OVA66细胞增殖能力,并引发细胞凋亡。OVA66特异的shRNA表达载体构建成功,阻断OVA66基因表达可抑制细胞增殖,促使细胞凋亡,为OVA66蛋白肿瘤生物学功能与肿瘤发生、发展的研究奠定基础。     

利用基因芯片筛查大肠癌肿瘤相关基因

目的探讨大肠癌肿瘤相关基因的差异表达。方法采用含有8064个人类靶基因的基因表达谱芯片筛选大肠癌组织同正常大肠黏膜的差异表达基因,并用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）技术对其中4条差异表达基因加以验证。结果大肠癌差异表达基因有1807条,发现上调表达的基因有936条,下调表达的基因有871条,其中癌基因及抑癌基因共57条。这57条基因中,36条基因表达上调．21条基因表达下调。结论大肠癌的发生发展与多个原癌基因及抑癌基因的差异表达有关。     

实验性肺纤维化相关基因的表达谱研究

目的：通过研究小鼠肺纤维化组织和正常肺组织基因的差异表达，寻找与纤维化相关的基因。方法：以包含4 096个cDNA基因表达谱芯片研究不同时间肺纤维化的基因表达谱。结果：共筛选出差异表达基因271条，包括高表达的炎性基因43条和与细胞外基质代谢有关的基因46条，112条基因表达下降。结论：基于cDNA微矩阵技术的肺纤维化基因表达谱能够高通量筛选与肺纤维化发生密切相关的基因。     

激光捕获显微切割联合基因芯片在肿瘤差异表达基因研究中的应用

 目的 为激光捕获显微切割（LCM）联合基因芯片在肿瘤差异表达基因研究中应用摸索可行的技术方法。方法 采用 LCM 技术分别自原发性膀胱移行癌患者手术切除的癌组织和癌旁正常组织冻存标本获取细胞，提取 RNA，用 Agilent 2100 Bioanalyzer 芯片分析系统进行 RNA 完整度（RIN）检测。取总 RNA 100 ng 进行线性扩增和荧光标记，获得 aRNA 探针。取等量的癌组织探针与癌旁正常组织探针，与 Agilent 人全基因组寡核苷酸基因表达谱芯片杂交。通过自身比较实验分析芯片的假阳性基因数，计算假阳性率（FPR）。通过数据分析寻找癌组织与癌旁正常组织差异表达基因。 结果 LCM 所获微量 RNA 的 RIN 都在 8.0 以上，表明LCM 后 RNA 完整度较高。100 ng RNA 经过线性扩增与荧光标记，获 aRNA 产量约 16 µg，片段大小 0.5 ~ 2.5 kb。芯片自身比较实验结果良好，FPR < 1%，验证了实验系统的可靠性。相对于癌旁正常组织，癌组织发生表达上调的基因有 286 条，下调的基因 112 条。 结论 以 LCM 技术获得的细胞提取 RNA 用于制备基因芯片探针，获得了可信的芯片杂交结果，为肿瘤基因差异表达研究提供了可行的技术方法。     

伤寒减毒活疫苗Ty21a免疫前后小鼠肠细胞差异表达的基因

以基因表达谱芯片对Ty2 1a免疫前后小鼠肠细胞 (包括肠粘膜上皮细胞和肠上皮间淋巴细胞 )基因表达的差异性进行研究比较。将 490条经抑制消减杂交法筛选出的与小鼠Ty2 1a免疫相关的cDNA制备成表达谱芯片 ;利用免疫前后小鼠肠细胞的mRNA通过逆转录方法 ,将Cy3和Cy5两种荧光分别标记到两种组织的cDNA上 ,制备成cDNA探针 ,并与表达谱芯片进行杂交及扫描 ,单点重复 2次实验 ,通过计算机数据处理判定基因是否在上述两种细胞群中有表达差异。筛选出差异表达基因共 98条 ,其中 92条为表达上调基因 ,6条为表达降低基因。提示 ,基因表达谱芯片技术是高通量进行基因表达模式研究的方法 ,可同时定量研究大量的基因表达水平 ,从而鉴定可能参与免疫的基因。     

高良姜总黄酮对宫颈癌细胞生长和肿瘤干细胞标记物表达水平的影响及意义

目的：前期研究中,我们报道高良姜根来源的总黄酮（ general flavonoids, GFs）可抑制SiHa宫颈癌细胞增殖,诱导细胞凋亡。以往研究证明肿瘤干细胞是SiHa细胞群体的重要组成部分,故本研究探讨高良姜GFs影响细胞凋亡、细胞周期相关基因及肿瘤干细胞标记物表达调控的机理,为抗肿瘤药物研发提供依据。方法以0、100和200μg／ml剂量的高良姜GFs干预SiHa宫颈癌细胞24 h,提取细胞总RNA,采用荧光定量RT-PCR方法对CDK4、 bcl-2、 ALDH1 A1、 OCT4和Twist1等5种基因表达水平进行定量分析。结果高良姜GFs干预SiHa宫颈癌细胞后, CDK4和bcl-2基因表达水平显著下降（ P＜0.05）,呈剂量依赖性,说明该GFs可能调节细胞增殖和生存相关的基因表达调控,诱导细胞凋亡;随着药物剂量增加,肿瘤干细胞标记物ALDH1 A1、 OCT4和Twist1表达水平也梯度性下降,并有统计学差异（ P＜0.05）。结论本研究结果提示高良姜GFs可能抑制肿瘤干细胞基因表达水平,从而抑制细胞增殖,促进细胞凋亡,此为揭示宫颈癌发病机制及抗肿瘤新药研发提供重要依据。     

基于BP网络灵敏度分析的肿瘤亚型分类特征基因选取

基于肿瘤基因表达谱,提出了单隐层BP网络灵敏度分析法以有效选取肿瘤亚型分类特征基因。首先以Bhattacharyya距离为尺度滤除分类无关基因;然后从“功能基因组合”的角度出发,依据输入特征对BP网络输出的灵敏度生成候选特征基因子集;最后以BP网络作为样本分类器考察候选特征基因子集对肿瘤样本的亚型识别能力,得到具有最佳分类能力的基因子集作为肿瘤亚型分类特征基因。以小圆蓝细胞瘤基因表达谱数据集为例进行实验,结果表明了该方法的可行性和有效性。     

淋巴组织中新基因C14ORF44的生物信息学分析

目的研究淋巴瘤和反应性增生淋巴结的基因表达差异。方法将淋巴瘤淋巴结标本和反应性增生淋巴结标本的mRNA与表达谱芯片杂交,获得表达差异基因。用生物信息学方法对新基因C14ORF44进行初步分析。结果表达谱芯片共找出了152条差异表达基因。用生物信息学方法分析了C14ORF44的基因结构、染色体定位、编码蛋白质的理化性质、亚细胞定位等信息。对C14ORF44蛋白的多物种相似蛋白进行了系统进化分析,基本明确了该基因编码一个在胚胎和肿瘤细胞中高表达、进化中保守的核蛋白。结论生物信息学分析表明,C14ORF44是一个有研究价值的癌相关蛋白。这个蛋白可能参与正常的胚胎发育,但也与肿瘤形成有关。     

miRNA与肿瘤的研究进展

微小RNA(microRNA, miRNA)是一种长度约为22 nt的非编码RNA,它们通过miRNA介导的特异性的基因沉默导致靶mRNA降解及抑制蛋白质的合成调控转录后基因表达水平。miRNA对细胞的增殖、分化和凋亡有重要的调节作用,在正常组织和肿瘤组织中的表达显著不同,参与了肿瘤的发生、发展。本文主要讨论miRNA在肿瘤方面的研究进展。     

苏丹红Ⅰ对人淋巴细胞基因表达谱的影响

目的利用基因芯片技术,研究苏丹红Ⅰ对外周血淋巴细胞基因表达谱的作用,着重探索其对人类肿瘤形成的影响。方法用10-5mol/L苏丹红Ⅰ处理人外周血淋巴细胞8h,提取实验组和对照组细胞mRNA,经逆转录和标记后与人类全基因组芯片(约35000个点)杂交。芯片扫描后提取并处理数据,筛选出与肿瘤发生相关的基因,进行生物信息学分析。结果306个表达上调的基因中有11个与肿瘤形成相关的基因;表达下调的181个基因中有16个与肿瘤形成相关的基因。结论苏丹红Ⅰ可引起淋巴细胞基因表达谱的变化,其中对肿瘤相关基因表达有影响,提示苏丹红Ⅰ有诱发肿瘤的倾向。     

基于TCGA数据库的食管鳞状细胞癌差异表达焦亡相关基因的筛选及GSDMC基因的验证

目的 通过对TCGA数据库中食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma, ESCC)组织基因表达谱RNA测序数据进行生物信息学分析，探讨与ESCC预后有关的焦亡基因，并通过体外实验对筛选出的基因进行验证和功能研究。方法 下载TCGA和GTEx数据库中ESCC和正常食管样本中mRNA数据及临床数据。从文献中获得细胞焦亡相关基因(pyroptosis-related genes, PRG),使用R语言及DESeq2软件获取差异表达的PRG。采用Cox单因素、多因素回归分析，筛选出与预后相关的基因。应用qRT-PCR验证差异表达的PRG在ESCC和正常食管上皮细胞的表达水平；运用siRNA干扰ESCC细胞中已筛基因的表达，qRT-PCR检测siRNA的干扰效率。干扰成功后分别采用CCK-8、平板克隆和qRT-PCR实验，检测干扰已筛基因后ESCC细胞的活力、克隆形成能力和凋亡。运用肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库，分析gasdermin家族蛋白C(GSMDC)的mRNA表达与食管癌免疫细胞浸润水平的相关性。结果 33个PRG中与ESCC相关的差异...     

一种新的土拨鼠α干扰素基因分型方法的建立及其意义

目的：建立新的土拨鼠α干扰素（IFN-α）基因分型方法，分析急性和慢性土拨鼠肝炎病毒（Woodchuck hepati-tis virus，WHV）感染的土拨鼠肝细胞中不同型别的IFN-α基因表达谱及其意义。方法：利用已知序列和基因型的土拨鼠IFN-α基因克隆质粒，建立基于土拨鼠IFN-α基因序列的限制性片段长度多态性的土拨鼠IFN-α基因分型方法。PolyIC体外刺激正常土拨鼠外周血单个核细胞（PBMC），调查正常土拨鼠PBMC受PolyIC刺激后IFN-α基因的表达谱。提取急性和慢性土拨鼠肝炎病毒感染的土拨鼠肝组织mRNA，RT-PCR扩增土拨鼠IFN-α基因，分子克隆后调查急性和慢性感染的土拨鼠肝细胞中IFN-α基因表达谱。结果：建立了土拨鼠IFN-α基因限制性片段长度多态性分型方法。急性和慢性感染的土拨鼠肝细胞中IFN-α基因的表达谱明显不同于正常动物的表达谱，假基因表达所占比例大。结论：新建立的土拨鼠IFN-α基因分型方法可用于分析土拨鼠不同组织中IFN-α的基因表达谱。