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相似文献
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1.
目的:运用网络药理学方法探寻白藜芦醇治疗溃疡性结肠炎的关键靶点及分子作用机制。方法:通过SwissTargetPrediction数据库查找白藜芦醇的作用靶点;采用GeneCards数据库搜索溃疡性结肠炎的相关蛋白。将白藜芦醇作用靶点和溃疡性结肠炎靶点取交集,即为白藜芦醇治疗溃疡性结肠炎潜在靶点。采用STRING数据库找出靶点的作用关系,使用Cytoscape 3.9.2软件筛选核心靶点。使用基因微生信网站进行GO与KEGG通路富集分析,以Cytoscape3.9.2软件构建“成分-靶点-通路”网络。使用SwissDock进行分子对接。结果:从SwissTargetPrediction得到69个白藜芦醇作用靶点,GeneCards数据库得到的533个溃疡性结肠炎相关靶点,两者取交集后共得到22个白藜芦醇抗溃疡性结肠炎的作用靶点。在蛋白相互作用网络中EGFR、SRC、MMP9、MMP2处于核心位置。在GO富集分析和KEGG通路分析中,EGFR、SRC、MMP9、MMP2均存在于内分泌抵抗、松弛素信号通路、雌激素信号通路中。分子对接结果显示,白藜芦醇与核心靶点均有较强的相互作用。结论:白藜...  相似文献   

2.
目的 基于网络药理学与分子对接探讨丹皮酚治疗结直肠癌的靶点与作用机制。方法 通过PubChem、SwissTargetPrediction和TargetNet数据库检索丹皮酚的药物靶点,使用Genecards、OMIM和TTD数据库检索结直肠癌的疾病靶点,通过Venny在线工具获得交集靶点。利用Metascape数据库完成交集靶点的基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组数据库(KEGG)信号通路富集分析。交集靶点经STRING数据库与Cytoscape软件分析其相互作用关系并筛选枢纽节点。采用LeDock与CB-Dock2软件完成丹皮酚与枢纽节点的分子对接,以筛选丹皮酚的核心药物靶点。结果 经筛选得到21个药物靶点。富集分析结果显示,丹皮酚发挥作用的分子机制涉及癌症通路、Ras信号和Rap1信号等通路,而其涉及的生物过程包括细胞对缺氧的反应以及调控激酶活性等。蛋白质-蛋白质相互作用分析发现9个靶点为蛋白质相互作用的枢纽。分子对接结果显示,丹皮酚和枢纽节点中的SRC、EP300、MMP9具有最高亲和力,提示SRC、EP300以及MMP9可能是丹皮酚治疗结直肠癌的核心靶点。结论 丹...  相似文献   

3.
目的:基于网络药理学探究刺山柑治疗系统性硬化症(SSC)的分子机制。方法:使用GEO、GeneCards、PharmGkb、TTD以及DrugBank数据库获取SSC靶点,查阅相关文献及SwissTargetPrediction数据库获取刺山柑主要成分及其所对应靶点,取交集获取预测靶点。登录String数据库对预测靶点进行蛋白互作分析(PPI),进一步使用Cytoscape对网络拓扑分析获取核心基因,并将核心基因与刺山柑主要成分进行分子对接验证。使用R软件对预测靶点进行基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果:共获取刺山柑有效成分15个及其靶点178个,SSC靶点3 171个,取交集得到预测靶点66个。拓扑分析得到PPI核心基因VEGFA、TNF、AKT1、PTGS2、MMP9等10个,GO分析涉及活性氧代谢过程、蛋白激酶B信号、炎症反应的调节、磷脂酰肌醇3-激酶信号等多项生物过程,KEGG通路分析得到PI3K-Akt信号通路、蛋白聚糖与癌症、黏着斑、Rap1信号通路等信号通路。结论:通过网络药理学方法预测刺山柑治疗SSC的分子机制,为刺山柑治疗SSC...  相似文献   

4.
目的 基于网络药理学探讨康艾注射液治疗乳腺癌的作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和SwissTargetPrediction数据库获取康艾注射液中药活性成分及靶点,并利用UniProt数据库规范靶点基因名称;借助GeneCards、OMIM数据库筛选乳腺癌疾病靶点,通过STRING数据库及...  相似文献   

5.
目的 通过网络药理学和分子对接技术探讨双氢青蒿素(DHA)治疗干燥综合征(SS)的潜在分子机制。方法 从PubChem、GeneCards、OMIM和TTD数据库中获取DHA和SS的交集靶点,通过STRING数据库和Cytoscape 3.8.2构建蛋白相互作用(PPI)网络分析,利用DAVID数据库进行GO功能富集与KEGG通路富集,最后使用AutoDock Vina对DHA和SS关键靶点进行分子对接。结果 共筛选出31个交集靶点和EGFR、ERBB2、 CASP1和MMP9等12个核心靶点。分子对接结果表明,DHA与EGFR、CASP1和MMP9之间有较好的结合活性。结合KEGG和GO分析显示细胞坏死性凋亡、内分泌抵抗等通路可能影响SS细胞异常凋亡和免疫炎症反应。结论 青蒿素衍生物DHA可能通过“多靶点-多通路”的方式调控细胞异常凋亡,减轻免疫炎症反应,发挥治疗SS的作用。  相似文献   

6.
目的 结合网络药理学和实验验证研究石丹颗粒治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选石丹颗粒的活性成分,并预测其作用靶点;通过GeneCards、OMIM数据库筛选整合慢性萎缩性胃炎相关靶点;将活性成分靶点与慢性萎缩性胃炎靶点取交集后,通过String11.0数据库构建蛋白互作网络,并运用Cytoscape 3.9.0软件筛选核心靶点;通过DAVID数据库对核心靶点进行GO和KEGG富集分析以预测作用机制;通过AutoDock平台进行分子对接验证。构建慢性萎缩性胃炎细胞模型,通过ELISA、qPCR以及Western blot检测验证网络药理学分析结果。结果 共筛选得到石丹颗粒活性成分靶点268个,CAG相关靶点484个,取交集后共得到石丹颗粒治疗慢性萎缩性胃炎靶点82个,其中核心靶点是IL-6、Akt1和TNF等。GO和KEGG富集分析提示石丹颗粒主要通过IL-17信号通路、TNF信号通路和PI3K-Akt等信号通路发挥作用。分子对接显示,大部分核心靶点与活性成分有较高的结合活性。细胞实验表明,石丹颗粒能通过调节IL-6、Akt1和TNF-α改善慢性萎缩性胃炎。结论...  相似文献   

7.
目的:基于网络药理学、分子对接和体内外高尿酸模型实验探讨筒鞘蛇菰治疗高尿酸血症(HUA)的作用,阐明其活性成分的主要作用靶点和信号通路相关机制。方法:通过台湾中医药资料库、本草组鉴数据库、化学专业数据库、 TargetNet数据库、 SwissTargetPrediction数据库、GeneCards数据库、药物靶点数据库(TTD)、DrugBank数据库、DisGeNET数据库、人类在线孟德尔遗传(OMIM)数据库和Venny数据库获取筒鞘蛇菰治疗HUA的潜在靶点;利用STRING数据库和Cytoscape软件构建筒鞘蛇菰活性成分-预测靶点网络和蛋白-蛋白互作(PPI)网络,并进行拓扑分析筛选筒鞘蛇菰主要活性成分和核心靶点,采用R软件进行基因本体论(GO)功能和京都基因组与基因百科全书(KEGG)信号通路富集分析,采用AutoDock Vina软件进行分子对接验证。NRK-52E细胞分为空白对照组、空白给药组、模型组和不同浓度(2.0、 10.0及50.0μmol·L-1)圣草酚(EDT)组,模型组和不同浓度EDT组细胞采用腺苷诱导制备高尿酸细胞模型,采用高效液相色谱(HPLC)法检...  相似文献   

8.
目的 基于网络药理学分析和体外实验探讨异甘草素(Isoliquiritigenin, ILG)治疗糖尿病脑病(Diabetic encephalopathy, DE)的作用机制。方法 利用HERB数据库和SwissTargetPrediction数据库预测ILG的作用靶点,再通过GeneCards、OMIM和PharmGkb获取DE相关疾病靶点,并通过Venny软件获得ILG作用靶点与DE相关疾病靶点的交集靶点;借助STRING数据库绘制PPI网络,使用Cytoscape 3.9.1软件筛选出核心靶点;利用R 4.0.3软件进行GO功能和KEGG信号通路富集分析;最后使用分子对接技术和体外实验进行验证。结果 共筛选出65个ILG-DE交集靶点;通过拓扑分析,得到8个核心靶点为EGFR、ESR1、PTGS2、PPARG、GSK3β、CDK2、PIK3R1和F3。GO功能和KEGG通路富集分析显示LIG抗DE涉及多个生物学过程,影响多种细胞组分和分子功能,如对脂多糖的反应、蛋白磷酸化、蛋白激酶活性、蛋白丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸激酶活性等。涉及的信号通路包括PI3K-Akt信号通路、癌症中的蛋...  相似文献   

9.
目的 采用网络药理学方法及分子对接技术,探讨人参治疗胃癌的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台搜索人参的有效化学成分及其相应的作用靶点,通过GeneCards?数据库、OMIM?数据库、DRUGBANK数据库检索胃癌相关靶点,运用Venny 2.1.0软件获取人参有效化学成分作用靶点与胃癌相关靶点的交集靶点。通过STRING数据库构建交集靶点的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络后,应用Cytoscape软件进行可视化处理及网络拓扑学分析以筛选核心靶点。利用STRING数据库构建核心靶点的PPI网络。基于Metascape平台对交集靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用AutoDock Tools软件对人参主要有效化学成分与核心靶点进行分子对接分析。结果 (1)共得到人参有效化学成分24个,作用靶点117个,胃癌相关靶点1 921个。人参有效化学成分作用靶点与胃癌相关靶点的交集靶点共60个,筛选出核心靶点21个,包括蛋白激酶B(AKT)1、Jun B原癌基因(JUN)、肿瘤坏死因子(TNF)、前列腺素内过氧化物合酶2(P...  相似文献   

10.
目的 基于网络药理学和分子对接技术探究白花蛇舌草治疗骨肉瘤的作用机制。方法 借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和中药综合数据库(TCMID)平台,检索白花蛇舌草化学成分和作用靶点,并通过基因卡(GeneCards)、人类在线孟德尔遗传数据库(OMIM)和疾病靶点预测数据库(TTD)获取骨肉瘤相关靶点,预测白花蛇舌草治疗骨肉瘤的共同靶点,构建“中药-活性成分-靶点-疾病”网络图。通过STRING平台构建靶点蛋白互作网络(PPI),并使用R语言对PPI中的靶点进行基因本体(GO)功能及京都基因和基因组(KEGG)信号通路富集分析。将相关度最高的前5位靶点和白花蛇舌草的活性成分进行分子对接,对结合能最大的活性成分-靶点构建对接模型。结果 共筛选出白花蛇舌草中8个活性成分,179个对应的靶点。检索得到3 596个骨肉瘤相关靶点,经R语言取交集得到124个共同靶点。“中药-活性成分-靶点-疾病”网络提示,白花蛇舌草的6个活性成分作用于124个靶点基因以治疗骨肉瘤。PPI图中,124个靶点相互作用关系密切,其中AKT1、TP53、IL-6、MAPK1、TNF等为核心靶点,与活性成分分...  相似文献   

11.
目的通过网络药理学方法探讨参苓白术散对慢性阻塞性肺疾病(chronic obstructive pulmonary disease,COPD)和溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)"异病同治"的作用机制。方法在TCMSP和TCMID数据库检索参苓白术散中10味中药的化学成分和作用靶点,在OMIM、GeneCards、TTD、DrugBank数据库中查找COPD和UC的疾病靶点,运用Venny 2.1.0工具获取参苓白术散、COPD及UC三者的交集靶点,在STRING数据库中分析蛋白互作关系,并运用Cytoscape 3.7.2软件构建药物活性成分-靶点-疾病网络图以及核心靶点网络图。利用DAVID6.8数据库进行基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果根据筛选条件检索得到参苓白术散活性成分118个,作用靶点195个,COPD靶点1026个,UC靶点835个,交集靶点52个,GO功能分析得到生物过程115个、细胞组成13个、分子功能22个,KEGG富集分析获得95条信号通路,主要涉及HIF-1信号通路、MAPK信号通路、NF-κB信号通路、TNF信号通路、TCR信号通路、PI3K-Akt信号通路。结论参苓白术散对COPD和UC"异病同治"的主要机制涉及免疫炎症、代谢以及氧化应激相关信号通路,为参苓白术散在临床中治疗COPD和UC提供理论依据。  相似文献   

12.
【目的】应用网络药理学及分子对接技术探讨独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎(KOA)的作用机制,并通过体外实验进行验证。【方法】检索TCMSP、中国药典、BATMAN-TCM数据库获取独活、牛膝的活性成分,筛选去重后应用TCMSP数据库确定作用靶点,运用GeneCards和OMIM数据库筛选KOA相关的靶点。采用Cytoscape构建药物活性成分-KOA-靶点网络模型并进行分析;运用STRING数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络,通过R 4.0.2软件对交集靶点进行基因本体论(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集;运用AutoDockTools对前5位的核心靶点进行分子对接。进而通过体外细胞实验验证有效成分槲皮素对核心靶点的调控作用。【结果】通过筛选得到14个有效活性成分、171个活性成分靶点、2 040个KOA靶点和99个交集靶点。GO分析结果显示独活-牛膝药对治疗KOA关键靶点的生物功能主要涉及炎症反应、细胞代谢、调节蛋白激酶及磷酸酶活性等。KEGG通路主要富集到肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、白细胞介素17(IL-17)信号通路、癌症通路等。分子对接结果显示独活...  相似文献   

13.
目的基于网络药理学方法探讨“防风-白术”两药配伍治疗结直肠癌的潜在靶点及作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(CMSP)数据库检索“防风-白术”的主要活性成分、作用靶点;借助GeneCards及在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)数据库获得结直肠癌相关标靶点;运用Venny2.1.0绘制出防风-白术与结直肠癌的基因交集,并将交集基因导入STRING在线网站构建PPI网络;利用cytoscape 3.7.1软件构建化合物-靶点(基因)网络;运用DAVID数据库进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果最终得到35个有效成分-疾病交集靶点;主要信号通路有靶点基因富集的蛋白功能主要包括诱导细胞凋亡、抑制细胞增殖、调节免疫等;  相似文献   

14.
目的 利用网络药理学及分子对接技术分析千金藤素(cepharanthine,CEP)治疗新型冠状病毒感染的作用机制。方法 通过PubChem及SwissTargetPrediction网站检索CEP的作用靶点;在GeneCards数据库获取COVID-19的疾病靶点;将Venny 2.1.0中得到的“药物-疾病”交集靶点导入STRING 11.5网站和Cytoscape 3.9.0软件中构建蛋白互作网络(protein-protein interaction network,PPI)分析其网络拓扑结构;通过DIVAD数据库进行基因本体(gene ontology,GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析,预测其作用机制;利用AutoDock软件将CEP与核心靶点以及COVID-19的明星靶点血管紧张素转化酶2(angiotensin converting enzyme 2,ACE2)和SARS-CoV-2产生的主要蛋白酶(3-chymotrypsin-likeprotease,3...  相似文献   

15.
目的 采用网络药理学以及分子对接技术分析续断促进骨折愈合的机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)检索续断有效成分,设定口服药物生物利用度(oral drug bioavailability,OB)≥30%和类药性指数(drug like index, DL)≥0.18作为筛选标准,并获得续断有效活性成分的作用基因靶点。在TTD、OMIM、GeneCards、DrugBank、PharmGkb等数据库进行搜索,获取骨折的相关基因靶点。将续断作用靶点与骨折相关基因靶点进行匹配,获取交集得到主要靶点基因。通过EVenn将结果可视化。通过DAVID、STRING数据库等对主要靶点基因进行基因本体(gene ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析以及构建蛋白相互作用网络。通过不同算法获得主要靶点基因中的关键基因。最后通过Pymol、Autoduck等软件进行分子对接,并计算最低结合能、结合位点以及确定定活性口袋。结果 通过TCMSP数据库筛选得到续断有效成分8个,作用靶点63个,删除重复靶点,最终得到作用靶点53个。通过TTD、OMIM、GeneCards、DrugBank、PharmGkb等数据库查询骨折相关作用靶点,得到5 115个相关靶点。通过匹配以及交集分析,获得续断促进骨折愈合的34个作用基因靶点。通过DAVID数据库,分析得到续断治疗骨折的作用基因靶点参与的生物学过程76个、细胞成分20个、分子功能20个。通过STRING数据库,构建续断治疗骨折的蛋白互作网络,共纳入34个基因,79个连接。平均degree参数为4.65。导入Cytoscape软件,通过计算degree以及betweenness,获取续断治疗骨折的关键基因为PTGS2、HSP90AA1、MAPK14。采用对子对接分析发现续断中生物利用度最优的有效成分(E,E)-3,5-Di-O-caffeoylquinic acid、Gentisin、Sylvestroside Ⅲ_qt与关键基因PTGS2、HSP90AA1、MAPK14最低结合能均小于0,并得到结合位点。结论 通过网络药理学及分子对接技术,阐明续断促进骨折愈合的可能的潜在靶点,预测了其发挥药理作用的有效成分以及关键基因。  相似文献   

16.
[目的]基于网络药理学预测壮肾固精方治疗IgA肾病的作用机制,为后续相关实验研究提供理论基础.[方法]通过TCMSP数据库和TCMID数据库获得壮肾固精方的有效化学成分和作用靶点,通过OMIM数据库、GeneCards数据库及PharmGkb数据库获得IgA肾病的相关基因,取交集后得到壮肾固精方和IgA肾病的核心基因....  相似文献   

17.
目的:对决明子治疗年龄相关性黄斑变性作用机制进行网络药理学分析与分子对接预测。方法:运用中医药系统药理学数据库及分析平台(TCMPS)数据库检索所需决明子有效药物成分,SwissTargetPrediction数据库获取其相关基因靶点。在DisGeNET数据库与GeneCards数据库中以关键字“Age-related macular degeneration”检索获得疾病相关基因。所有基因靶点在绘制Venn图筛选后,导入Cytoscape 3.8.0软件中构建决明子-化学活性成分-靶点可视化网络图谱。在STRING平台绘制蛋白质相互作用可视化网络,从DAVID在线数据库中获得GO生物功能富集分析与KEGG通路富集分析结果。计算机模拟关键蛋白靶点和药物成分的分子对接。结果:共检索到大黄酸、决明素等决明子有效活性成分9个,对应基因靶点208个,年龄相关性黄斑变性基因靶点1 977个,两者交集基因靶点75个;GO生物功能与KEGG通路富集分析分别得到518个条目与146条通路。结论:决明子可通过影响PI3K-Akt信号通路、脂质与动脉粥样硬化等通路作用于TP53、TNF、MYC等靶点治疗年...  相似文献   

18.
目的通过网络药理学及分子对接技术探究清肺饮治疗支气管哮喘的物质基础及分子作用机制。方法借助TCMSP检索清肺饮中麻黄、葛根、苦杏仁、知母、甘草、僵蚕、石膏的化学成分和作用靶点,在Genecards、OMIM数据库搜索关于哮喘疾病的靶点,通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因,运用Cytoscape 3.7.1构建药材-化合物-靶点网络,将交集靶点输入到String数据库进行分析,构建核心靶点的蛋白质-蛋白质互作网络,并通过DAVID对靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,最后通过Autodock软件对网络中度值较高的药物成分与核心作用靶点进行分子对接验证。结果清肺饮药材-化合物-靶点网络共含有活性成分133个,对应作用靶点121个;PPI蛋白互作网络结果筛选得到了14个核心靶点;GO富集分析得到GO条目252个,其中生物过程(BP)条目116个,细胞组成(CC)条目44个,分子功能(MF)条目92个,KEGG通路富集筛选得到79条信号通路。分子对接结果显示,豆甾醇、异鼠李素与哮喘潜在作用靶点具有较强的亲和力。结论清肺饮治疗支气管哮喘具有多成分...  相似文献   

19.
目的 采用网络药理学和分子对接的方法探讨解毒通利方治疗肝纤维化(HF)的可能作用机制。方法 借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、本草组鉴(HERB)获得解毒通利方所有有效活性成分,通过TCMSP数据库将这些有效活性成分进行成分靶点预测,并与GeneCards数据库、PharmGkb数据库、TTD数据库、OMIM数据库和DrugBank数据库中HF疾病基因相关靶点使用R语言软件取交集,从而获得解毒通利方治疗HF的靶点;通过STRING绘制交集靶点的蛋白互作(PPI)网络,筛选核心蛋白;利用Cytoscape 3.8.0软件构建“中药—关键化合物—核心靶点”网络;运用R语言软件进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测核心靶点的作用机制。最后,应用分子对接技术,将关键有效活性成分和PPI中核心蛋白进行分子对接。结果 共筛选解毒通利方药物活性化合物172种,作用靶点4 068个,构建PPI网络,运用“CytoNCA”插件筛选出IL6、AKT1、STAT1、RELA、MYC、FOS、STAT3、MAPK1、CCND1等19个核心蛋白...  相似文献   

20.
目的 采用网络药理学方法和分子对接,研究黄连治疗高脂血症的作用机制。方法 借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索黄连主要活性成分,利用SwissTargetPrediction数据库和TargetNet数据库,获取黄连活性成分对应的作用靶点。通过GeneCards、OMIM和Drugbank数据库筛选高脂血症相关靶点。使用Venny2.1汇总化合物靶点和疾病靶点交集基因并绘制韦恩图。运用Cytoscape 3.8.2绘制“黄连-成分-靶点-高脂血症”的网络图。通过STRING构建黄连-高脂血症核心靶点的PPI网络。采用R软件与Bioconductor工具包进行关键靶基因GO与KEGG功能富集分析,通过文献分析黄连治疗高脂血症的作用机制。最终对黄连主要活性成分与核心靶点进行分子对接验证。结果 获取黄连14个活性成分,关联138个作用靶点。黄连主要涉及脂质代谢过程的调节等生物过程,通过作用核心靶点AKT1、TNF、EGFR等并通过调节AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、AMPK信号通路、脂肪细胞中脂解的调节等信号通路来发挥降脂作用。分子对接结果证明黄连主要活性成分与核心靶点结合...  相似文献   

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