血必净组方药效物质基础与脓毒症多靶点作用效应研究

目的 探讨中药血必净组方作用的药效物质基础,并对组方作用效应在分子网络层面上进行分析。 方法 选择16个脓毒症相关靶点,参照生物学功能分为炎症、免疫、凝血三大类;构建该组方化学成分分子数据库, 探讨其与炎症、免疫、凝血类靶点间相互作用关系。 结果 丹参、红花与凝血、炎症类靶点间有作用效应分子较多,具有广泛的抗凝血、抗炎症效应。与脓毒症靶点有较好作用效应的前10个分子分别为组分色氨酸、丹参素、没食子酸、 丹参酚酸D、 原儿茶酸、丹酚酸A、丹参素 C、 香草酸、 迷迭香酸、 苯丙氨酸。血必净组方中既存在1个组分与多个靶点存在较强相互作用,如丹参素与13个靶点有作用, 同时也存在不同组分作用同一个靶点蛋白的现象,如8个分子与MD-2有作用。 结论 该组方与各类脓毒症靶点均有一定的潜在协同效应; 为寻找新型脓毒症类药物提供一定的参考和借鉴。。     

基于系统虚拟药理学复方丹参滴丸抗血小板聚集药效物质基础研究

目的:基于系统虚拟药理学研究复方丹参滴丸抗血小板聚集药效物质基础,对该复方作用效应在分子网络层面上进行探析。方法:选择了16个血小板聚集相关靶点,构建该组方化学成分分子数据库,探讨数据库分子与血小板聚集靶点间相互作用关系。结果:该组方与16个血小板聚集靶点均有一定的潜在协同效应;并应用药理学实验对部分数据进行了验证。结论:本实验从分子层次上阐释了复方丹参滴丸抗血小板聚集系统药效物质基础,为该组方的临床应用提供了科学依据;同时,也为寻找血小板聚集药物提供一定的参考和借鉴。     

基于计算机模拟探讨六味地黄丸治疗骨关节炎的多成分-多靶点作用

目的:探讨六味地黄丸治疗骨关节炎的多成分-多靶点作用 方法:以六味地黄丸所含的183个化合物和与骨关节炎相关的13个靶点蛋白质为研究对象,利用描述符计算、主成分分析、分子对接等计算机模拟方法,分析六味地黄丸所含化合物的物理化学性质及其作用的靶点,并据此构建六味地黄丸多成分-多靶点作用网络结果:六味地黄丸所含化合物具有多样的物理化学性质,这些化合物与治疗骨关节炎药物分子、类药分子具有相似的化学空间 六味地黄丸多成分-多靶点网络模型中每个化合物的平均靶点数为2.24,平均每个靶点与5个化合物相关联结论:六味地黄丸治疗骨关节炎具有多成分、多靶点作用的特点,可能在治疗骨关节炎方面具有良好的应用前景     

基于网络药理学的四妙勇安汤在血管新生中的作用机制研究

目的采用网络药理学方法探讨四妙勇安汤的功效物质基础和在"异病同治"模式下对血管新生方面的作用机制。方法依托中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索四妙勇安汤全方4味中药相关的所有化学成分、作用靶点,进而构建化合物-靶点网络图;通过OMIM数据库、TTD数据库以及PharmGkb数据库筛选血管新生相关的靶点,进而构建疾病靶点相互作用网络图;筛选药物靶点和疾病靶点相互作用图的核心靶点,利用ClueGO对核心靶点进行GO分析,利用DAVID和KEGG数据库对核心靶点进行相关通路富集。结果选择口服利用度(OB)≥30%,类药性(DL)≥0.18作为化合物分子的筛选条件,筛选出四妙勇安汤中的120个活性成分和155个相应蛋白靶点;通过度、介度中心度、接近中心度等网络拓扑特征评价筛选出与四妙勇安汤在血管新生方面作用的核心靶点197个,GO分析共包含942条富集结果,其中生物过程685条,分子功能164条,细胞组成93条。利用KEGG数据库对相关通路富集,筛选出20条通路在血管新生方面具有作用。结论通过网络药理学验证了四妙勇安汤多成分、多靶点、整体调节的作用特点,预测了四妙勇安汤在血管新生中的主要作用机制,为其活性成分研究和实验研究提供理论依据。     

基于网络药理学及分子对接探讨复方柳菊片治疗肺结核的作用机制

目的：基于网络药理学方法研究复方柳菊片抗肺结核的活性成分、靶点,初步探讨其作用机制。方法：通过文献收集、中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、SwissADME数据库,以口服生物利用度≥30%、类药性≥0.18、类药性五规则作为活性化合物的筛选条件,借助TCMSP、Swiss Target Predition数据库得到化合物的作用靶点;借助OMIM、Gene Cards、DisGeNet等数据库得到疾病靶点,取交集,筛选出化合物与疾病共有靶点。采用Cytoscape 3.9.1软件构建可视化的“药物-成分-靶点-疾病”网络,利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用（Protein-protein Interaction,PPI）网络,应用DAVID生物学信息资源对关键靶点进行基因本体论（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。通过AutodockTools及Vina对活性成分与关键靶点进行半柔性分子对接。结果：预测筛选出复方柳菊片抗肺结核22个活性成分、126个作用靶点,PPI网络提示肿瘤坏死因子（Tumor Necrosis Factor,TNF）、白细...     

基于网络药理学的内异止痛方治疗子宫内膜异位症作用机制研究

目的 运用网络药理学研究方法筛选中药复方内异止痛方主要有效成分，并预测复方有效成分治疗子宫内膜异位症(EMs)的相关靶点，初步探讨“有效成分-靶点-通路”效应模型治疗EMs的作用机制。方法 运用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索中药复方内异止痛方药物化学成分，根据生物利用度(OB)和类药性(DL)2个药动学参数筛选复方中有效活性成分及对应靶点；将关键词“EMs形成”录入Genecard数据库(www.genecards.org)和OMIM数据库(www.omim.org)收集疾病相关基因，并将药物与疾病靶基因取交集，利用Cytoscape构建化合物-靶点-疾病网络。将上述所获得的交集基因信息导入在线STRING软件(http://string-db.org)数据库中，利用插件CentiScape得出核心基因，进行基因本体(GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 内异止痛方中满足生物活性的候选化学成分有221个，搜集到与疾病相关基因1388个，药物与疾病交集基因有61个。常春藤皂甙、反式性腺酸、β-谷甾醇、芒柄花黄素、豆甾醇、芍药甙、丁子香酚...     

基于网络药理学的黄连解毒汤治疗高血压潜在机制研究

目的利用网络药理学技术预测黄连解毒汤治疗高血压的作用机制。方法从中药系统药理学分析平台(TCMSP)中寻找与黄连解毒汤中4味中药相关的所有化学成分和作用靶点,构建化合物靶点相互作用网络图;通过OMIM数据库、TTD数据库以及PharmGkb数据库筛选高血压疾病相关的靶标;PPI数据库构建黄连解毒汤和高血压的交互靶标;筛选药物靶点和疾病靶点相互作用的核心靶点,采用Davidv6.8数据库对核心靶点进行GeneOntology(GO)分析,利用KEGG数据库对核心靶点进行相关通路富集。结果选择口服利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥0.18作为化合物分子的筛选条件,并通过文献查找加以补充,共筛选出黄连解毒汤的61个潜在活性成分和154个潜在靶点;通过度、介度中心度、接近中心度等网络拓扑特征评价筛选出与黄连解毒汤在高血压方面作用核心靶点228个,GO分析共包含118条富集结果,其中生物过程59条,分子功能31条,细胞组成28条。利用KEGG数据库对入选靶标进行相关通路富集,筛选出45条通路在高血压疾病方面具有作用。结论黄连解毒汤具有多成分、多途径、多靶点协同作用的作用特点,预测了黄连解毒汤治疗高血压疾病的可能作用机制,为寻找其有效成分和作用机制及临床应用奠定基础。     

苏荠黄酮抗新型冠状病毒肺炎并发症-脓毒症潜在靶点的筛选与鉴定

目的研究苏荠黄酮的分子特性,筛选并鉴定苏荠黄酮抗新型冠状病毒肺炎并发症-脓毒症的潜在靶点。方法通过TCMSP数据库分析苏荠黄酮的药理参数和分子特性;通过Swiss Targetprediction和DRAR-CPI软件筛选苏荠黄酮抗脓毒症的潜在靶点;通过OMIM、CTD和TTD数据库中已报道的与抗脓毒症相关疾病靶标进行筛选苏荠黄酮抗脓毒症的靶点,进一步通过分子对接软件鉴定苏荠黄酮抗脓毒症的潜在靶点。结果苏荠黄酮口服生物利用率为44.09%,药物相似度为0.25,具有很好的成药性;通过Swiss Targetprediction和DRAR-CPI软件共筛选到108个潜在靶点,与脓毒症直接相关的靶点有9个,经分子对接软件鉴定F9、ADORA1、ADORA2A、NOS2、NOS3、CTSG、PROC、SERPINE1和PTGS2为苏荠黄酮抗脓毒症的潜在靶点。结论苏荠黄酮能通过与筛选的9个靶标进行结合,通过调控ADORA1、ADORA2A、PTGS2、CTSG、NOS2和NOS3减少炎症,调控PROC、SERPINE1和F9抑制凝血并较少脓毒症的炎症反应及降低脓毒症凝血疾病,最终预防和治疗脓毒症。该研究为新型冠状病毒肺炎患者脓毒症并发症的预治研究奠定基础,具有良好的研究前景。     

基于分子对接和系统药理学探讨沙棘抗糖尿病的作用机制

目的通过分子对接和中药系统药理学平台探讨沙棘的物质基础及抗糖尿病作用机制。方法类药性评估筛选沙棘活性成分并查找相关靶点;通过OMIM、Genecards数据库搜索糖尿病相关靶点;将有效成分靶点和疾病靶点进行韦恩映射。借助Cytoscape构建药物、成分、靶点、疾病网络图;应用STRING数据库构建蛋白互作网络;筛选前5个核心基因与候选化合物利用Autodock vina做分子对接;利用Bioconductor对核心靶点进行GO和KEGG富集。结果从沙棘中获得33个候选成分,相关靶点蛋白170个;筛选糖尿病相关靶点9310个,韦恩映射得到159个交集基因,蛋白互作网络筛选5个关键靶标JUN、AKT1、MAPK1、RELA、IL-6,涉及AGE-RAGE、Fluid shear stress and atherosclerosis、TNF等通路发挥抗糖尿病作用。结论沙棘具有多成分、多靶点、多途径调节糖尿病的作用特点,为后续实验研究提供理论依据。     

青风藤治疗骨性关节炎药效物质基础多靶导向作用的计算机模拟研究

目的探讨青风藤治疗骨性关节炎(osteoarthritis,OA)的药效物质基础,并对青风藤多靶导向作用做出药效学阐释。方法 (1)构建青风藤化学成分分子数据库,应用分子对接探讨其与OA重要靶标的相互作用;(2)构建青风藤所含分子配体-靶作用网络及DrugBank药物库中有关OA的药物分子配体-靶作用网络,分析其网络特征,阐明青风藤治疗OA作用机制和特点。结果青风藤中共有14个化学成分分子与2个及2个以上靶点相互作用,其中6个化学成分分子对4个及4个以上靶点有作用效应。青风藤分子配体-靶作用网络与药物分子配体-靶作用网络的轮廓和特征相似。结论青风藤存在多成分、多靶导向效应,且部分成分存在多靶导向效应,为青风藤治疗OA的药效学分子机制提供了解释,同时也为寻找治疗OA的新型药物提供一定的参考和借鉴。     

UPLC-MS/MS结合网络药理学及分子对接技术研究彝族药小红参治疗痛经的质量标志物

目的：运用UPLC-MS/MS技术分析小红参的化学成分,结合网络药理学和分子对接技术初步分析小红参治疗痛经的多途径、多靶点、多成分微观机制。方法：通过实验分析小红参的化学成分,再采用网络药理学搜集与痛经相关的作用靶点,交集作用靶点富集分析得到药物和疾病共有靶点,最后对核心靶点进行GO和KEGG分析,建立“中药-活性成分-活性靶点-通路”网络图,最终选取活性强度前10的化合物作为配体与筛选后的疾病靶点基因进行分子对接。结果：共分析出小红参中的51个化合物,其中包括25个醌类、12个三萜类、3个有机酸类、3个苯丙素类、7个环肽类和1个酯类化合物;富集分析得到与痛经相关作用的133个潜在作用靶点,交集作用靶点得到KEGG通路165条(P<0.05)。“化合物-靶点-通路”网络共涉及20条KEGG通路,分子对接验证筛选出10个核心化合物(α-亚麻酸、对苯二甲酸二丁酯、齐墩果酸、茜草乔木酮B、茜草乔木酮D、茜草乔木酮E、rubianol-A、rubianol-B、RA-I、RA-V)与6个关键靶点(MAPK1、ESR1、BCL2、ESR2、MMP2、PIK3CA)的结合力。结论：该研究初步...     

复方脑脉通治疗缺血性脑中风多靶点作用的分子对接

目的复方脑脉通用于治疗缺血性脑中风具有重要的意义,在分子对接的基础上筛选复方脑脉通的活性成分并阐明其作用机制。方法将缺血性脑中风的21个关键蛋白靶点与筛选得到的278个复方脑脉通活性分子进行对接。并将具有10个或10个以上靶点的活性分子通过Cytoscape 3.1.1软件建立成分-靶点网络模型进行网络分析。结果脑缺血关键蛋白靶点对接得分大于5.0的活性分子中,川芎有19个,大黄有19个,葛根有16个,人参有4个。结论经过分子对接技术筛选得到的58个活性小分子,仍然需要经过传统的药理学实验进行验证。     

基于网络药理学的补肾益髓胶囊治疗多发性硬化机制研究

目的应用网络药理学方法分析补肾益髓胶囊主要组成药物的核心组分及治疗多发性硬化可能的分子作用机制,为中药复方研究提供参考。方法检索中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)收录的补肾益髓胶囊主要组成药物(熟地黄、连翘、大黄、益母草、浙贝母)的化学成分,进行吸收、分布、代谢、排泄(ADME)分析,预测化合物对应的作用靶点。以口服生物利用度≥30%、类药性≥0.18或节点度≥5筛选核心化合物,采用Cytoscape3.2.0构建核心化合物-靶点网络,筛选多发性硬化相关靶点及对应化合物信息。运用STRING数据库构建靶蛋白互作网络,并进行KEGG信号通路富集和GO功能富集。结果筛选出核心组分23种、疾病相关靶点43个、GO生物过程229个、代谢通路54条。结论补肾益髓胶囊治疗多发性硬化主要从调节炎症因子、生长因子,调节细胞免疫,促进髓鞘、轴突再生等方面发挥作用,具有多成分、多靶点的特点,与多条信号通路存在直接或间接关系,是多因素诱导的综合效应。     

多组分多靶点中药药理作用机制研究中的问题和解决策略

中药复方作用机制十分复杂,在分子水平,中药复方强调多组分多靶点协同作用。虽然疗效显著,但中药成分多样,与人体相互作用非常复杂,很难揭示其分子作用机制。目前,研究中药复方药理机制的方法非常多,大致可分为化学研究、靶点研究和基于系统生物学的研究3种模式。这些方法虽然在一定程度上从动物、细胞及分子层次阐释了中药复方的作用机制,但仍然存在局限性和不足。近年来网络分析方法的提出,为多组分多靶点协同的中药药理机制提供了全新思路,但实际应用中,网络分析方法尚存在难点和不足:数据量大,生成网络极为复杂;模块识别方法众多,模块优化存在问题;缺少动态连续的定量研究。因此,为有效地寻找中药多靶点作用间的关系,笔者提出一种新的模块分析框架,模块结构的识别有助于大网络的降维和简化,探索模块结构是突破药物和疾病证候相关生物网络的关键环节。该框架包括模块识别,模块识别结果的判断和优化,模块结构相似度计算,模块功能富集分析4个步骤。基于模块层面的分析方法为研究多组分多靶点中药药理作用机制提供了新思路和新策略。     

基于超分子“气析”理论定量整合与验证中药成分及靶点群

应用现代科学理论和技术探索中药及其复方作用机制,是实现中医药现代化研究的关键问题之一。中药及复方通过多成分作用于多靶点而产生综合药效,阐明其作用机制的核心就要解决成分与靶点网络拓扑的“静态”关联和“动态”整合验证的关键科学问题。目前,阐明中药及其复方作用机制的有效方法是通过网络药理学静态关联体外成分与靶点的拓扑网络,尽管也有对成分-靶点的验证研究,但多借鉴“单成分-单靶点”研究思路,建立一种符合中医药特色的定量整合和整体验证方法较为迫切。根据中医药超分子“气析”理论,中药与人体微观作用机制实际上是中药有效成分群和人体靶点群这2个超分子主客体基于“印迹模板”的“气析”作用,宏观上表现出药性与药效。基于此,笔者提出以超分子“气析”理论为指导,结合超分子化学、网络动力学、定量药理学等方法定量整合并验证网络药理学预测得到的以“印迹模板”为核心的成分与靶点群,寻找最优质量标志物,极大降低中药及其复方多成分-多靶点实验验证难度。     

基于网络药理学方法预测银杏叶治疗心脑血管类疾病的有效成分及其潜在靶点

目的:采用网络药理学方法,研究银杏叶"成分-靶点-心脑血管相关疾病"复杂网络,预测银杏叶治疗心脑血管类疾病的有效成分及其潜在靶点。方法:建立药物分子-靶点相互作用的随机森林预测模型,对银杏叶化学成分进行靶点预测,然后构建和分析银杏叶"成分-靶点-心脑血管相关疾病"复杂网络。结果:对银杏叶的34个化学成分预测出多个作用靶点,结果得到了文献验证;进一步网络分析的结果初步揭示了银杏叶治疗心脑血管类疾病的有效成分和潜在靶点。结论:本方法可用于研究中药的物质基础和分子作用机制。     

基于分子对接的车前草抗炎机制研究

目的:优选车前草具抗炎作用的化学成分。方法:以计算机辅助药物设计(CADD)中的分子对接技术为研究方法,以多个具有明确晶体结构的环氧化酶复合物为靶点,对车前草所含34种化合物进行联合筛选研究。结果:车前草中多个化合物与靶点有互补作用,其中桃叶珊瑚苷、京尼平甙酸、梓醇等互补性较强的化合物与文献报道的实验活性值相一致,提示很可能是车前草最主要的抗炎物质。结论:将分子对接结合多靶点研究技术应用于车前草具抗炎作用化合物寻找中是可行的,同时也给中药复方的多作用靶点研究提供新的参考。     

牛膝干预肾虚血瘀型多囊卵巢综合征的成分靶点和通路分析

目的：运用网络药理学方法和技术研究牛膝治疗多囊卵巢综合征（PCOS）的主要活性成分、靶点、通路等药理学作用机制。方法：通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选出牛膝的活性成分和潜在靶点;查询NCBI数据库获得PCOS疾病靶点,找到药物和疾病的共靶点;通过DAVID数据库对共靶点进行基因功能GO富集分析和KEGG富集分析;采用Cytoscape软件构建成分-靶标-通路网络。结果：筛选得到有靶点的牛膝候选活性化合物共24个,作用于128个靶点;与PCOS的22个共靶点主要涉及AGE-RAGE信号通路、核因子-κB信号通路、TNF信号通路等;共靶点涉及化合物23个,7个靶点涉及5个及以上化合物,ESR1和AR涉及化合物多达19个,还有GSK3B（12个）、ESR2（11个）、PPARG（11个）、ADRB2（9个）涉及较多化合物。结论：牛膝治疗PCOS具有多成分、多靶点协同作用的特点,通过干预分子网络、生物过程和信号通路来发挥抗炎、抗肿瘤、调节血脂、促进微循环及改善胰岛素抵抗的作用。     

基于文献计量学和系统药理学方法探究半夏泻心汤对慢性胃炎的作用＊

目的 利用文献计量学方法筛选出治疗慢性胃炎的主要方药，并通过系统药理学方法分析其作用机理。方法 从中国知网、万方数据库查找自建库以来所有与慢性胃炎相关的文献，筛选出中医药治疗慢性胃炎的主要药物或复方。利用TCMSP搜索复方或药物的有效药物组成及作用靶点，从TTD、CTD、OMIM等数据库查找与慢性胃炎发病机制相关的靶点，取复方的作用靶点和慢性胃炎发病机制相关靶点的重叠靶点，利用生物信息学方法分析重叠靶点并利用分子对接技术验证化合物与靶点的结合性。结果 经过文献计量学分析，得到治疗慢性胃炎的主要方药是半夏泻心汤，其有效化合物有125个，这些化合物共有81个作用靶点，其中与性胃炎发病机制相关靶点重叠的有29个靶点，这些靶点参与50种生物学过程并富集50条信号通路，分子对接结果表示药物对特定靶标的亲和力及结合特性良好。结论 本研究通过系统药理学方法初步探究了半夏泻心汤对慢性胃炎的作用机制，为下一步的基础研究提供参考。     

苏合香丸治疗蛛网膜下腔出血的网络药理学研究

目的采用网络药理学的研究方式,探讨具有醒脑开窍作用的苏合香丸治疗蛛网膜下腔出血的分子机制,以指导临床应用。方法利用中药相关数据库搜索出苏合香丸的有效化学成分,依据这些化学成分找到针对中枢神经系统的治疗靶点,并与蛛网膜下腔出血的疾病靶点相匹配,找到治疗蛛网膜下腔出血的关键靶基因,进一步应用Systems Dock完成分子对接验证,最后对其靶点采用GSEA法富集分析。结果根据口服生物利用度、类药性及血脑屏障筛选出苏合香丸的11种有效成分,对应着183个靶点,与蛛网膜下腔出血的382个靶点应用cytoscope软件得到最终关键节点21个,这些节点与蛛网膜下腔出血后的血管痉挛、昏迷患者促进苏醒等作用密切相关。结论本研究揭示了苏合香丸治疗蛛网膜下腔出血的作用机制,体现了中药复方多靶点的治疗优势,为进一步药理学研究提供了实验依据。