基于网络药理学及实验验证探讨黄连治疗龋齿的作用机制

目的探索使用网络药理学方法和动物实验研究黄连治疗龋齿的作用机制。方法通过中药系统药理学(TCMSP)数据库与分析平台筛选出黄连有效成分及其靶点,并通过GeneCards数据库在线检索疾病靶点。在Venny 2.1网站筛选出黄连和龋齿的交集靶点,并将交集靶点在线进行蛋白-蛋白相互作用分析和基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。然后,使用Cytoscape制作"成分-靶点-通路"网络图。将大鼠随机分为模型组和黄连组,建立龋齿大鼠模型。模型组大鼠用浸有150 μl 0.9%氯化钠溶液小棉球反复涂擦大鼠磨牙各面5 min,黄连组大鼠将浸有黄连(5.8 mg黄连融入150 μl 0.9%氯化钠溶液)的小棉球反复涂擦大鼠磨牙各面5 min。2组大鼠每周处理1次,连续处理4周。对变异链球菌菌落数进行计数,并采用酶联免疫法检测血清丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、JUN、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、B淋巴细胞瘤-2(Bcl-2)蛋白表达。结果黄连中有11个有效成分,通过干预54个靶点,调节多个分子通路,从而治疗龋齿。槲皮素、小檗碱、黄藤素、小檗浸碱和四氢小檗碱等是核心成分,AKT1、JUN、IL-6、TNF、Bcl-2为核心靶点。GO分析显示,BP主要包括细胞因子活性、信号受体激活剂活性、信号受体调节剂活性、细胞因子受体结合和受体配体活性等;CC主要包括对脂多糖的反应、对细菌分子的反应、细胞对脂质的反应、炎症反应和细胞群体增殖负调控等;MF主要包括膜筏、膜微区、细胞外基质、外部封装结构和质膜蛋白复合物等。KEGG分析显示晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)、TNF、IL-17、Toll样受体、缺氧诱导因子-1(HIF-1)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、核因子-κB(NF-κB)、表皮生长因子受体(EGFR)、Janus激酶-信号转导子与转录激活子(JAK-STAT)、磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)等信号通路与黄连治疗龋齿相关。动物实验结果显示,黄连治疗后血清Bcl-2蛋白表达增加,血清AKT1、JUN、IL-6、TNF等蛋白表达减少。结论黄连可以通过多种通路参与调控龋齿的靶点,具有良好的治疗效果和广泛的作用机制,有望成为开发治疗龋齿的中成药的重要组分。     

基于网络药理学及实验验证探讨雷公藤治疗肾癌的作用机制

目的采用网络药理学和实验验证的方法探索雷公藤治疗肾癌的作用机制。方法利用中药系统药理学(TCMSP)数据库与分析平台筛选雷公藤的有效成分,并通过Swiss数据库预测雷公藤的靶点。自DisGeNET、GeneCards和OMIM数据库收集肾癌相关靶点,并通过Venny 2.1.0获得交集靶点。使用STRING数据库和Cytoscape软件绘制蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,并进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。通过Cytoscape软件构建"成分-靶点-通路"网络。诱导肾癌皮下移植瘤模型,将裸鼠随机分为对照组和治疗组,每组5只,治疗组灌胃615 mg/ml雷公藤溶液(将1 845 mg雷公藤颗粒溶于3 ml水)2.46 g/kg,10 μl/次,1次/d,共给药21 d;对照组灌胃等量生理盐水。每5天测量1次肿瘤体积,并采用酶联免疫法检测丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、信号转导子与转录激活子3(STAT3)、肿瘤坏死因子(TNF)、T肿瘤蛋白p53(TP53)、JUN、丝裂原激活蛋白激酶8(MAPK8)和MAPK14表达情况。结果筛选出雷公藤有效药物成分28个,潜在靶点117个。识别出13 425个相关疾病靶点,最后获得113个药物和疾病交集靶点。在PPI网络中,AKT1、STAT3、TNF、TP53、JUN、MAPK8和MAPK14是核心靶点。GO分析显示BP主要包括核受体活性、配体激活的转录因子活性、RNA聚合酶特异性DNA结合转录因子结合、核类固醇受体活性、肾上腺素能受体活性等;CC主要包括对激素的反应、细胞对脂质的反应、积极调节细胞迁移、对TNF的反应、炎症反应、细胞对激素刺激的反应、对缺氧的反应、对金属离子的反应等;MF涉及膜筏、膜微区、质膜的外侧、膜侧、质膜筏、突触前膜、小窝、转录调控复合体、突触后膜、突触膜等。KEGG分析显示雷公藤治疗肾癌涉及脂质和动脉粥样硬化、晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)、TNF、Toll样受体、磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)和MAPK等信号通路。实验验证结果显示雷公藤治疗后肿瘤体积减小(P<0.05),TP53蛋白表达增加(P<0.001),AKT1、STAT3、TNF、JUN、MAPK8和MAPK14蛋白表达均降低(均P<0.001)。结论预测了雷公藤治疗肾癌的靶点及信号通路,为进一步研究其保护机制及临床应用提供参考依据。     

基于网络药理学分析牛膝-桑寄生药对治疗骨关节炎的作用机制

文题释义： 网络药理学：基于系统生物学的理论,对生物系统网络进行分析,从成分-靶点-通路进行整体预测及阐明药物在体内的作用机制。 骨关节炎：是以中年后可动关节的关节软骨退行性变和继发性骨质增生为特征的慢性关节疾病,以关节疼痛、活动受限和关节畸形为主要表现,又称退行性关节炎。 背景：牛膝-桑寄生是临床治疗骨关节炎最常用的药物组合,但其药理机制尚不明确。 目的：基于网络药理学的方法,对牛膝-桑寄生的主要活性化学成分进行筛选,并收集化合物对应的靶点,构建药物-活性成分-治疗骨关节炎潜在靶点网络,对其治疗骨关节炎的药理作用机制进行系统阐述。 方法：利用TCMSP数据库获取牛膝-桑寄生药物活性成分及靶点,与DisGeNET和GENE数据库获取的骨关节炎疾病靶点映射,筛选出牛膝-桑寄生治疗骨关节炎的潜在靶点;利用String数据库和Cytoscape 3.6.1软件构建药物-活性成分-治疗骨关节炎潜在靶点网络及潜在靶点间的蛋白互作网络,同时通过Omicshare云平台和DAVID数据库分析潜在靶点的GO生物学功能和KEGG通路富集分析。  结果与结论：①从牛膝-桑寄生中共筛选出了21个活性成分及48个防治骨关节炎的潜在靶点;②GO富集分析共获取1 970个GO条目,其中生物过程1 862个,细胞组分占29个,分子功能79个(P < 0.01);③KEGG通路富集分析筛选出了76条牛膝-桑寄生防治骨关节炎的潜在信号通路(P < 0.01);④表明牛膝-桑寄生通过作用于多个靶点,影响不同的代谢通路,相互作用、相互协调,从而起到对骨关节炎的防治作用;⑤初步阐述了牛膝-桑寄生通过多成分-多靶点-多通路防治骨关节炎的作用机制,为骨关节炎的防治提供了新的思路与线索。 ORCID: 0000-0002-2014-9844(黄泽灵) 中国组织工程研究杂志出版内容重点：组织构建;骨细胞;软骨细胞;细胞培养;成纤维细胞;血管内皮细胞;骨质疏松;组织工程     

基于网络药理学推测当归肉苁蓉配伍治疗功能性便秘的作用机制

目的:基于网络药理学方法探讨当归肉苁蓉配伍治疗功能性便秘(Functional constipation,FC)的作用机制.方法:基于公共数据库收集当归、肉苁蓉的活性成分、对应靶点信息和FC疾病靶点信息,交集靶点为共有靶点.Cytoscape 3.7.0构建"当归-肉苁蓉-活性成分-靶点网络"、"当归-肉苁蓉-活性成分-FC共有靶点网络",CytoNCA插件筛选关键基因,构建其蛋白互作网络,并通过DAVID数据库分别进行药物靶点和关键基因的GO功能和KEGG通路生物信息学分析.结果:收集到当归-肉苁蓉药对活性成分39个,包括β-谷甾醇、豆甾醇、阿魏酸等核心成分.成分相关靶点237个,FC疾病靶点2428个.当归-肉苁蓉药对靶点与疾病靶点的交集共有靶点132个,筛选到关键基因74个,涉及PTGS2、PTGS1、AKT1、VEGFA、TP53、CASP和MAPK等核心靶点.富集到TNF信号通路、p53信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等112条FC相关通路信息.结论:初步表明当归-肉苁蓉可能通过β-谷甾醇、豆甾醇、阿魏酸等关键活性成分,参与TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等调节肠道功能,发挥其多成分、多靶点、多通路治疗FC的作用.     

基于网络药理学与分子对接技术探讨宁脂胶囊治疗高脂血症的作用机制

目的 筛选降脂中药宁脂胶囊的潜在药理靶点,探讨其作用机制。方法 通过BATMAN-TCM数据库获取宁脂胶囊组成药物的成分及预测靶点;通过DisGeNET与GeneCards数据库获取高脂血症相关靶点。使用Venny2.1.0工具对药物靶点和疾病靶点进行映射,获得共同靶点,作为潜在药理靶点。接着对共同靶点进行蛋白质互作分析(STRING)、基因本体论及通路富集分析(DAVID)。最后使用SwissDock进行分子对接验证。结果 发现宁脂胶囊预测靶点1 432个,高脂血症相关靶点87个,筛选两者共同靶点32个,涉及宁脂胶囊64种潜在药理成分。其中郁金、姜黄、蒲黄的潜在药理靶点最多;决明子、姜黄、郁金的潜在药理成分最多。载脂蛋白E(APOE)、一氧化氮合酶3(NOS3)和过氧化物酶体增殖物激活受体α(PPARA)的高脂血症相关性评分最高,蛋白质互作较多,为潜在核心靶点。DNA转录相关生物学过程被显著富集,胆固醇代谢、cGMP-PKG、PPAR信号通路分别涉及APOE、NOS3、PPARA。分子对接显示结合活性较好。结论 宁脂胶囊的潜在药理成分较多,降脂的关键药物包括郁金、姜黄、蒲黄和决明子。...     

基于网络药理学的黄连治疗糖尿病的作用机制研究

目的 利用网络药理学手段研究黄连治疗糖尿病的作用机制。方法 从TCMSP数据库获取黄连的有效成分以及作用靶点,与GeneCards数据库中糖尿病的作用靶点取交集获取黄连治疗糖尿病的预测靶点,利用Cytoscape软件构建中药化合物-靶点网络及STRING数据库构建PPI网络,利用 DAVID在线工具进行GO功能分析及KEGG通路富集分析。结果 黄连的活性成分有14个,关键有效成分有11个,治疗糖尿病靶点137个。黄连主要活性成分作用的核心靶点为JUN、MAPK1、IL-6等靶基因,参与调控Insulin resistance,Regulation of lipolysis in adipocytes等多个信号通路。结论 黄连能发挥多靶点、多通路的协同治疗糖尿病作用。     

基于网络药理学研究寒湿痹颗粒治疗强直性脊柱炎的机制

文题释义： 寒湿痹颗粒：由附子、制川乌、黄芪、桂枝、麻黄、白术、当归、白芍、威灵仙、木瓜、细辛、甘草等10多味中药组成,具有温肾散寒、祛风、益气活血、止痛等功效,可用于治疗强直性脊柱炎、风湿性关节炎、骨关节炎等病。 网络药理学：基于系统生物学的理论,对生物系统网络进行分析,从成分-靶点-通路进行整体预测及阐明药物在体内作用机制。 背景：寒湿痹颗粒已被临床中用于治疗强直性脊柱炎,但其药理作用机制不明确。 目的：基于网络药理学的方法,对寒湿痹颗粒的主要化学成分进行筛选,并收集其化合物对应的靶点,并构建化合物-靶点网络,对其治疗强直性脊柱炎的药理作用机制进行系统阐述。 方法：寒湿痹颗粒化合物及与药物靶点的收集主要基于TCMSP数据库及文献报道,强直性脊柱炎疾病靶点来源于DRUGBANK、GeneCards、Home-OMIM-NCBI、PALM-IST数据库。所获得药物基因和疾病基因经过Uniprot数据库校正后使用Draw Venn Diagrams分析工具获得交集基因。结合STRING数据库与Cytoscape3.6.1对交集基因进行PPI分析。通过使用Cytoscape3.6.1插件ClueGO对交集基因进行GO富集分析及KEGG通路富集分析。 结果与结论：①从TCMSP获得69个活性成分,142个药物靶点,利用DRUGBANK、GeneCards、Home-OMIM-NCBI、PALM-IST数据库获得595个强直性脊柱炎疾病靶点;②使用Draw Venn Diagrams工具分析获得交集基因39个,通过PPI分析,肿瘤坏死因子、白细胞介素6、前列腺素内过氧化物合酶2在PPI网络中连接度较高;③通过GO富集分析发现,其主要涉及活性氧代谢调节、脂肪酸代谢、急性炎症反应、神经递质的生物过程、花生四烯酸的代谢等生物功能;④通过KEGG通路富集分析发现,其主要涉及AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化、白细胞介素17信号通路、核因子κB信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、Toll样受体信号通路等;⑤研究初步预测寒湿痹颗粒治疗强直性脊柱炎的药理作用机制,为老药新用及实验研究提供新思路。 ORCID: 0000-0001-9827-9537(王卓) 中国组织工程研究杂志出版内容重点：组织构建;骨细胞;软骨细胞;细胞培养;成纤维细胞;血管内皮细胞;骨质疏松;组织工程     

基于网络药理学及实验验证探究葛根素治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的：探索葛根素（PUE）对溃疡性结肠炎（UC）的治疗效果及作用机制。方法：利用网络药理学和分子对接技术对PUE调控UC的靶点进行筛选和分析。C57BL/6小鼠自由饮用2.5%DSS水溶液7 d后,观测PUE对小鼠体质量变化及疾病活动指数（DAI）评分的影响。HE染色观察小鼠结肠组织病理变化;阿利新蓝染色观察小鼠结肠组织杯状细胞变化;qRT-PCR和ELISA检测小鼠结肠组织炎症细胞因子表达。CCK-8检测PUE对MODE-K细胞活力的影响;流式细胞术检测PUE对MODE-K细胞凋亡的影响。结果：筛选得到AKT1、TNF、STAT3、CASP3、HIF1A等38个PUE调节UC的靶点,主要涉及TNF、IL-17和PI3K-Akt等信号通路。体内实验结果显示,与DSS组相比,DSS+PUE组小鼠结肠缩短程度、体质量减轻程度和DAI评分降低,结肠组织炎症细胞浸润减少,结肠组织TNF-α、IL-1β mRNA和蛋白表达降低。体外实验证实PUE减轻DSS诱导的上皮细胞凋亡。结论：PUE可减轻DSS诱导的小鼠UC发生发展。     

基于网络药理学和分子对接探讨蠲痹汤治疗骨关节炎的机制

目的采用网络药理学和分子对接探讨蠲痹汤治疗骨关节炎的机制。方法应用TCMSP数据库获取蠲痹汤的活性成分和对应靶点,检索GeneCards数据库、OMIM数据库、PharmGkb数据库和TTD数据库获得骨关节炎的治疗靶点。运用R语言软件(版本4.0.2)获得蠲痹汤治疗骨关节炎的交集靶点,使用Cytoscape软件(版本3.8.0)构建“活性成分—治疗靶点”网络并将关键成分进行排序,同时通过蛋白质相互作用(PPI)网络筛选出其核心靶点。运用R语言软件对蠲痹汤治疗骨关节炎的作用靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。运用AutoDockVina(版本1.1.2)等软件对上述核心靶点及关键成分进行分子对接验证。结果应用TCMSP数据库共得到蠲痹汤活性成分165个及对应靶点2529个,药物药效靶点与骨关节炎治疗靶点取交集得到115个靶点,关键成分有槲皮素、山柰酚、柚皮素等,核心靶点有STAT3、TNF、MAPK14等。GO富集分析得到2306个生物过程条目,144个分子功能条目,69个细胞组成条目;KEGG富集分析得到TNF信号通路、IL-17信号通路、PI3K-AKT信号通路等相关通路。分子对接结果显示,蠲痹汤治疗骨关节炎的关键成分槲皮素、山柰酚、柚皮素、甘草酮A、刺芒柄花素与其对应的核心靶点有较好的结合性。结论蠲痹汤可能通过多成分、多靶点、多通路的相互作用发挥对骨关节炎的治疗作用。     

基于网络药理学分析三七治疗股骨头坏死的免疫炎症分子机制

文题释义： 三七：为五加科植物三七Panax notoginseng (Burk.)F.H.Chen的干燥根和根茎,具有通脉行瘀、和营止血、行瘀血而敛新血的功效。 网络药理学：融合了系统生物学和多向药理学的思想,从整体角度探索药物、靶点、疾病之间的相互关联性。 背景：近年来,临床上运用中药治疗早中期股骨头坏死获得了比较满意的疗效,但与西药相比,中药成分复杂、靶点和机制不清。网络药理学是一门新兴且热门的学科,网络药理学的整体性、系统性和注重药物间相互作用的特点与中医药学的基本特点相吻合, 符合中医药对疾病本质的认识。 目的：运用网络药理学方法筛选三七主要活性成分,构建活性化合物-靶点网络,对其治疗股骨头坏死的分子机制进行科学阐释。 方法：利用TCMSP数据库筛选出三七的作用靶点,OMIM、GeneCards数据库筛选出股骨头坏死疾病的作用相关靶点。利用STRING数据库进行蛋白互作网络分析,Cytoscape构建蛋白相互作用网络,利用Cytoscape软件构建化合物-靶点网络并进行网络拓扑学分析,通过生物学信息注释数据库(DAVID)分析靶点基因功能及信号通路,利用ClueGO插件进行GO分析和KEGG信号通路富集分析。 结果与结论：筛选出8个三七化学活性成分,98个三七药物作用于股骨头坏死的潜在靶点。GO富集结果表明三七主要涉及细胞过程、代谢过程、对应激的应答等生物过程,KEGG靶点分析表明三七主要通过Toll样受体信号通路、磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K-AKT)信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、核转录因子κB信号通路、氨基末端激酶/信号转导与转录激活子(JAK-STAT)信号通路影响来发挥免疫炎症作用。三七治疗股骨头坏死的过程体现了中药多成分-多靶点-多途径的作用特点,为三七抗免疫炎症作用机制的研究甚至进一步开展中药复方治疗疾病提供了新思路和新方法。 ORCID: 0000-0001-5801-8391(曾平) 中国组织工程研究杂志出版内容重点：组织构建;骨细胞;软骨细胞;细胞培养;成纤维细胞;血管内皮细胞;骨质疏松;组织工程     

祛痰逐瘀治疗股骨头坏死的网络药理学分析

文题释义：祛痰逐瘀法：是中医根据辨证论治理论对有痰瘀互结证的疾病提出的治疗方法。股骨头坏死属于中医“骨蚀病”范畴,中医认为早期的骨蚀病多表现为痰瘀互结证,因此提倡早期治疗股骨头坏死采用痰瘀同治法,常用桃红四物和二陈汤加减。 网络药理学：网络药理学是围绕生物信息学、系统生物学等学科的技术和知识,并在网络数据库检索基础上,进行生物信息网络的构建和分析,可构建药物的“成分-靶标-通路-疾病”网络,深入探究药物与疾病的关系,阐明药物的作用机制。 背景：中医认为早期的骨蚀病多为痰瘀互结型,故早期治疗股骨头坏死多采用痰瘀同治法。网络药理学可构建药物的“成分-靶标-通路-疾病”网络,深入探究药物与疾病的关系,从而多层次地阐明药物的作用机制。 目的：构建祛痰逐瘀方活性成分-股骨头坏死-靶点网络,探讨祛痰逐瘀方治疗股骨头坏死的关键靶点和作用机制。 方法：桃红四物汤合二陈汤是治疗早期股骨头坏死的有效方剂,截取其中代表药物：半夏、陈皮、茯苓、桃仁和红花,命名为祛痰逐瘀方。在中药计算系统药理学分析平台(TCMSP)检索并筛选祛痰逐瘀方的主要有效成分和作用靶点;通过人类基因数据库和人类孟德尔遗传数据库(OMIM)检索股骨头坏死的相关疾病靶点;制作韦恩图获取祛痰逐瘀方与股骨头坏死的共同靶点,利用Cytoscape软件构建中药-成分-疾病-靶点调控网络,然后通过STRING数据平台建立PPI网络,最后利用Bioconductor平台和R语言进行基因本体(GO)富集分析和基因相互作用(KEGG)通路分析。结果与结论：①祛痰逐瘀方中发挥治疗股骨头坏死的成分主要是sitosterol、naringenin等78个活性成分,发挥治疗作用的靶点可能包括NCOA2、PTGS1等61个关键靶点;②影响治疗股骨头坏死生物学过程主要为近端启动子序列特异性DNA结合、DNA结合转录活性调控等,发挥治疗的关键作用通路包括白细胞介素17信号通路、细胞凋亡等;③祛痰逐瘀方对股骨头坏死的治疗作用体现了中药多成分-多靶点-多通路的特点,提示其作用机制可能是通过多成分、多靶点、多通路实现。 ORCID: 0000-0002-0976-9735(凡一诺) 中国组织工程研究杂志出版内容重点：组织构建;骨细胞;软骨细胞;细胞培养;成纤维细胞;血管内皮细胞;骨质疏松;组织工程     

基于网络药理学和分子对接探析健脾丸治疗慢性胃炎的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接技术,分析健脾丸治疗慢性胃炎的作用机制。方法:通过TCMSP数据平台、化学专业数据库及SwissADME平台筛选出健脾丸的主要成分,通过TCMSP数据库及SwissTargetPrediction平台对主要成分进行靶点预测,通过UniProt数据库获得对应的靶点基因,通过GeneCards数据库获取慢性胃炎的靶点信息,在STRING平台分别构建健脾丸和慢性胃炎的PPI network,导入Cytoscape软件,获取健脾丸治疗慢性胃炎的靶点信息,导入Metascape数据库进行KEGG富集分析,通过PubChem数据库及ChemDraw软件获得健脾丸关键活性成分的3D结构,通过PDB数据库达到已验证的与慢性胃炎相关的BBC3、IL-17A的蛋白结构,导入Autodock Vina软件进行分子对接,将结果导入Pymol软件进行可视化分析。结果:健脾丸治疗慢性胃炎的潜在关键成分主要有黄柏酮、槲皮素、表儿茶素、木犀草素、柚皮素等,可调控88个核心靶点,通过细胞凋亡信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、C型凝集素受体信号通路等多个信号通路发挥作用。结论:健脾丸通过多个成分、多个靶点、多条通路发挥治疗慢性胃炎的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨郁金治疗乳腺癌的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨郁金治疗乳腺癌的分子机制。方法 利用中药系统药理学分析平台（TCMSP）检索筛选郁金的有效成分,查询有效成分作用的靶点,利用UniversalProtein数据库（Uniprot）进行靶点注释;在Genecards和人类孟德尔遗传综合数据库（OMIM）检索乳腺癌相关基因;绘制有效成分作用靶点和乳腺癌相关基因的维恩图;使用Cytoscape3.7.2软件构建郁金-有效成分-靶点-乳腺癌网络;使用STRING平台构建蛋白互助网络（PPI network）,并获取核心基因;运用Bioconductor进行GO生物过程富集及KEGG信号通路预测;运用Autodock vina软件对有效成分和靶点进行分子对接。结果 郁金筛选出有效成分15种,有效成分对应作用靶点78个,与乳腺癌交集靶点49个,预测郁金作用于乳腺癌主要成分为柚皮素（naringenin）、β-谷甾醇（beta-sitosterol）、谷甾醇（sitosterol）,核心基因为AKT1、MAPK3等,GO功能主要涉及磷酸酶结合、G蛋白偶联胺受体活性、抗氧化活性等过程,KEGG信号通路4条,柚皮素...     

基于网络药理学方法分析“龟板-鹿角”药对活性成分治疗骨质疏松症的分子机制

文题释义： “龟板-鹿角”药对：是龟鹿二仙胶、左归丸等经典补肾方剂发挥治疗作用的核心,具有补肾强骨之功,常用于治疗骨质疏松症。 网络药理学：融合多向药理学与系统生物学思维,通过对生物系统分子的网络构建分析,探索药物的成分-靶点-通路-疾病之间的整体作用关系,预测药物在体内的作用机制。 背景：“龟板-鹿角”药对是治疗骨质疏松症的经典中药配伍方式,临床被广泛应用,但其药理学分子作用机制目前尚不明确。 目的：基于网络药理学方法,探讨经典补肾中药药对“龟板-鹿角”治疗骨质疏松症的分子作用机制。 方法：从BATMAN-TCM、TCM-MESH、化学专业数据库及手工检索文献获取“龟板-鹿角”药对的活性成分及治疗作用靶点。从毒理组学比较数据库、人类基因数据库获取药物治疗骨质疏松症作用靶点,与“龟板-鹿角”作用靶点取交集确定治疗作用靶标基因。通过STRING网站构建靶标基因间蛋白互作网络关系;采用Cytoscape软件构建药对-活性成分-靶标基因网络、核心靶标基因互作网络;借助DAVID、KOBAS等在线工具对靶标基因进行基因本体论及通路富集分析,筛选具有统计学差异的过程或通路(P < 0.05);通过SwissDock进行核心基因与活性成分分子对接验证。结果与结论：①检索筛选得到“龟板-鹿角”药对含天冬氨酸、苯丙氨酸等21个有效活性成分,对应183个骨质疏松症治疗靶标基因,药对、活性成分、靶标基因形成紧密联系的互作网络关系;②筛选出INS、ALB、TNF等10个核心基因,靶标基因主要富集于衰老、药物反应等66个基因本体论过程,缺氧诱导因子1、卵巢类固醇生成等27个信号通路;③靶标基因INS与丙氨酸、雄激素,ALB与丙氨酸等获得了较高的分子对接评分,亲和力较好;④结果表明,“龟板-鹿角”药对的活性成分及其治疗骨质疏松症作用靶标基因存在复杂网络关系,靶标基因富集于多个联系密切且复杂的信号通路,涉及细胞增殖分化凋亡、炎症反应、性激素调控等多层次以调节骨修复重建的动态平衡,值得继续深入研究发展。 ORCID: 0000-0003-0247-9863(李绍烁) 中国组织工程研究杂志出版内容重点：组织构建;骨细胞;软骨细胞;细胞培养;成纤维细胞;血管内皮细胞;骨质疏松;组织工程     

基于网络药理学探讨白藜芦醇抗衰老的作用机制

目的:运用网络药理学方法探寻白藜芦醇抗衰老的关键靶点及分子作用机制.方法:通过PharmMapper数据库查找白藜芦醇的作用靶点;采用GeneCards数据库搜索衰老的相关蛋白.将白藜芦醇作用靶点和疾病靶点取交集,即为白藜芦醇抗衰老潜在靶点.采用STRING数据库找出靶点的作用关系,以DAVID数据库分析结果,Cyto...     

网络药理学联合动物实验探讨润燥止痒胶囊治疗湿疹的作用机制

目的 通过网络药理学和动物实验,揭示润燥止痒胶囊（RunZao ZhiYang capsule,RZZY治疗湿疹的药理学机制。方法 选取RZZY中23个成分为研究对象,利用数据库筛选方药靶点,使用Metascape数据库对靶点进行KEGG通路富集分析,Cytoscape软件构建“成分-靶点-通路”网络,筛选湿疹关联通路,开展动物实验评价RZZY对湿疹的疗效,验证RZZY对关键靶点调节作用。结果 RZZY与湿疹关联靶点72个,包括JAK2、STAT3、PIK3R1、AKT1、MAPK1等;KEGG富集得到AGE-RAGE、TNF、Th17 cell differentiation、PI3K-Akt等关键信号转导通路;动物研究发现RZZY显著减轻湿疹模型大鼠皮肤肿胀、表面溃烂和渗透,降低湿疹面积及严重度指数评分、皮肤厚度和病理评分,确证RZZY对湿疹关键靶点JAK2和STAT3蛋白有下调作用,与网络药理学预测结果相一致。结论 本研究联合网络药理学和动物实验验证RZZY对湿疹的作用机理,为其临床应用提供理论依据。     

基于网络药理学探究络石藤-牛膝药治疗关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学分析“络石藤-牛膝”药对治疗关节炎（Arthritis）的潜在作用机制。 方法 通过检索中草药系统药理学数据库平台（TCMSP）进行药对“络石藤-牛膝”有效成分及靶基因筛选;以“Arthritis”为关键词,在GeneCards数据库、NCBI基因数据库以及OMIM数据库进行人类基因检索并获得关节炎相关基因;将筛选出的药对靶点与疾病靶点输入韦恩图制作软件Venny2.1,获得共有靶点;运用STRING数据库进行PPI网络构建,Cystoscape构建“药物-成分-靶点-疾病”网络;运用R语言软件对关键靶基因进行基因本体论（GO）功能富集分析及与基因组百科全书（KEGG）通路的集分析。 结果 从TCMSP中筛选获得络石藤9种化合物成分,94个靶点;牛膝获得21种化合物成分,205个靶点。Venny映射得到128个共有靶点,STRING数据库筛选出5个基因簇和4个核心基因构建PPI网络。GO功能富集分析显示,“络石藤-牛膝”药对涉及2329条生物过程,150项分子功能相关,60项细胞组成相关。通过KEGG通路富集分析,“络石藤-牛膝”药对治疗关节炎富集到154条信号通路。 结论 基于网络药理学,从有效成分、基因靶点、信号通路等方面初步验证了“络石藤-牛膝”药对治疗关节炎的作用机制。     

加味逍遥散治疗肝癌并发抑郁症模型大鼠的网络药理学及蛋白质组学分析

背景:课题组前期研究表明,加味逍遥散具有调节肝癌并发抑郁大鼠海马中多巴胺、五羟色胺含量的作用,同时能明显改善肝脏病理形态,改善大鼠的抑郁症候,但其药理机制尚未完全阐明.目的:通过全面而整体的蛋白质组学及网络药理学技术筛选出加味逍遥散治疗肝癌并发抑郁模型大鼠的有效靶点,探讨加味逍遥散治疗肝癌并发抑郁症的活性成分及可能的作...     

基于网络药理学分析冬虫夏草防治急性肾损伤的分子机制北大核心CSCD

目的：基于网络药理学分析冬虫夏草（CS）防治急性肾损伤（AKI）的分子作用机制。方法：应用中药系统药理学数据库（TCMSP）筛选CS的有效成分和作用靶点,从DisGeNET、GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选AKI的疾病靶点,运用Cytoscape 3.8.0软件构建“药物-成分-疾病-靶点”可视化调控网络,采用String在线数据库构建CS与AKI共同靶点的蛋白互作网络,DAVID数据库和KEGG数据库对共同靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,探讨其潜在分子机制。结果：CS中筛选得到有效成分9种,防治AKI的作用靶点63个。GO功能富集分析主要包括对药物的反应、信号转导、衰老、细胞增殖调控、细胞凋亡调控等。CS防治AKI的主要富集通路有PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、细胞凋亡通路、TNF信号通路、P53信号通路等。结论：通过网络药理学研究方法预测了CS防治AKI的有效活性成分及作用靶点,并通过PPI网络和KEGG富集分析推测了CS通过多条信号通路调节防治AKI,涉及细胞自噬、凋亡及炎症反应等多环节生物学过程。     

基于网络药理学和分子对接探讨斑蝥复方制剂治疗宫颈癌的作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接技术,探讨斑蝥复方制剂治疗宫颈癌的生物活性成分以及潜在作用机制.方法:从中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)和文献筛选确定相应的活性成分和药物靶点,通过Genecards、OMIM数据库收集宫颈癌靶点.运用STRING数据库借助Cytoscape3.8.2软件构建PPI网络图和"药物...