生物信息学分析导致类风湿关节炎性别差异的关键基因与信号通路北大核心CSCD

目的:通过生物信息技术分析探讨类风湿关节炎(RA)发病机制中性别间生物学差异的关键基因和通路。方法:从GEO数据库中获取GSE55457、GSE55584、GSE12021中正常男女性滑膜样本和RA男女性患者滑膜样本的基因表达数据,将数据整合并使用R软件对差异表达基因(DEGs)进行鉴定。使用在线工具DAVID数据库对DEGs进行GO分析和KEGG分析。使用Cytoscape 3.6.0构建DEGs的蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI),并进行模块分析。结果:男性组高表达基因416个,低表达基因336个,女性组高表达基因744个,低表达基因309个。在男性RA发病中,IL-6、MYC、EGFR、FOS和JUN被认为是关键基因;在女性RA发病中,IL-6、ALB、PTPRC、CXCL8和CCR5被认为是关键基因。结论:生物信息学分析筛选出的差异基因分别参与男性和女性RA疾病进展的不同机制,为RA发病机制的探究提供了理论依据。     

降植烷诱导小鼠类风湿关节炎的模型北大核心CSCD

目的：利用降植烷构建一种模拟人类风湿性关节炎发病过程的小鼠模型。方法：6-8周雌性BALB/c小鼠30只,随机分为模型组和对照组,每组15只。模型组于0周、9周、18周时经腹腔注射0.5 ml降植烷;对照组注射0.5 ml生理盐水。观察各组小鼠后足足掌厚度变化,并对关节炎的肿胀程度进行评分;H＆E染色评估滑膜增生和炎性细胞浸润程度;流式细胞术方法检测小鼠脾脏中巨噬细胞、树突状细胞、中性粒细胞、T细胞和B细胞的亚群变化。结果：21周时,模型组有11只小鼠出现足爪红肿,足掌平均厚度为（2.90±0.51）mm,与对照组（1.29±0.47）mm比较,差异有统计学意义（P〈0.05）;关节炎评分为9.55±2.80。H＆E染色结果显示模型组胫骨远端骨小梁吸收破坏,累及骨皮质,关节软骨可见坏死脱落、纤维化,呈现出明显的类风湿关节炎病理改变。流式细胞术分析结果显示,造模21周时,脾脏细胞中CD11b、CD11c和GR1表达明显增加,提示巨噬细胞、树突状细胞和中性粒细胞亚群数量增加;同时,CD4、CD8、CD154的分子表达也明显上调,与对照组比较,差异有统计学意义（P〈0.05）。结论：经腹腔注射降植烷能够成功诱导小鼠关节炎,并产生与RA患者类似的组织病理和免疫学改变。降植烷诱导的小鼠关节炎模型,能够较为准确地模拟临床类风湿关节炎的发病过程。     

天山雪莲口服液对类风湿关节炎的治疗作用及其机制研究北大核心CSCD

目的:观察天山雪莲口服液(SIOL)对类风湿关节炎(RA)的治疗作用,并探讨其作用机制。方法:将50只雄性SD大鼠随机分为健康对照组、阴性对照组、阳性对照组及SIOL低、高剂量组,10只/组。通过注射牛Ⅱ型胶原建立胶原诱导大鼠关节炎模型(CIA),健康对照组和阴性对照组灌胃生理盐水(2 ml/d),阳性对照组灌胃雷公藤多苷片[20 mg/(kg·d)],SIOL低、高剂量组分别灌胃SIOL(0.5 ml/d、2.0 ml/d),共给药28 d。给药期间每周测量并计算大鼠左后踝关节肿胀度;造模给药后采用HE染色观察大鼠关节滑膜组织病理形态表现;qPCR检测关节滑膜组织JNK、Bcl-2、Beclin-1、LC3 mRNA表达水平;Western blot检测JNK、p-JNK、Bcl-2、Beclin-1、LC3-Ⅱ相对蛋白表达水平。结果:与健康对照组相比,阴性对照组大鼠关节肿胀度明显加重(P<0.01),关节滑膜组织中JNK、Bcl-2、Beclin-1、LC3 mRNA表达均显著升高(P<0.01),关节滑膜组织中p-JNK、Bcl-2、Beclin-1、LC3-Ⅱ相对蛋白表达水平显著升高(P<0.05,P<0.01)。与阴性对照组相比,阳性对照组及SIOL各剂量组大鼠关节肿胀度明显减轻(P<0.01),关节滑膜组织中JNK、Bcl-2、Beclin-1、LC3 mRNA表达显著降低(P<0.05,P<0.01),关节滑膜组织中p-JNK、Bcl-2、Beclin-1、LC3-Ⅱ相对蛋白表达水平显著降低(P<0.05,P<0.01)。结论:SIOL对CIA大鼠具有治疗作用,其机制可能与抑制滑膜组织JNK/Bcl-2/Beclin-1介导的自噬通路激活有关。     

炎症信号通路的DNA甲基化在类风湿关节炎发病机制中的研究进展

类风湿关节炎（RA）是一种慢性炎症性疾病,以进行性滑膜炎为主要特点,最终导致不可逆的关节破坏和全身并发症。越来越多的研究表明,DNA甲基化在RA的发病机制中起着关键作用。DNA甲基化通过调节基因表达,参与编码DNA的最终翻译。多个差异性DNA甲基化相互作用,可引起炎症信号通路的激活,从而导致免疫系统紊乱,免疫疾病活动。信号通路参与RA的发病和进展,是病理机制及差异性DNA甲基化位点研究的热点。本文总结了近几年RA的信号通路DNA甲基化研究进展,以期为该病发病机制的研究提供更多思路。     

类风湿关节炎脂肪酸代谢相关基因的生物信息学鉴定与验证

背景:研究表明,脂肪酸代谢基因与类风湿关节炎发展紧密相关,因此基于脂肪酸代谢基因探索类风湿关节炎发病进展具有重要的临床意义。目的:探究脂肪酸代谢基因是否可以作为预测类风湿关节炎进展的可靠生物标志物。方法:从基因表达综合数据库(GEO)下载与滑膜组织相关的基因数据,应用STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用网络分析,对其使用Cytoscape进行生物学注释(GO基因本体论)和信号通路富集分析(KEGG京都基因与基因组百科全书)。从分子特征数据库(MSigDB)筛选脂肪酸代谢相关基因,使用套索算法和支持向量机的递归特征消除算法筛选潜在生物标志物。通过CIBERSORT算法评估正常人和类风湿关节炎患者的免疫细胞浸润水平。最后,在GSE77298使用受试者工作特征曲线验证脂肪酸代谢相关基因的表达水平。结果与结论:①确定了361个类风湿关节炎差异表达基因,其中13个与报告的脂肪酸代谢相关基因重叠;②基于机器学习算法筛选出5个基因,受试者工作特征曲线显示有5个基因(PCK1、PDK1、PTGS2、PLA2G2D、DPEP2)可以预测类风湿关节炎的发展;③CIBERSORT算法结果表明上述5个基因和活化肥大细胞、中性粒细胞、静息肥大细胞、记忆性静息CD4^(+)T细胞浸润水平密切相关;④受试者工作特征曲线显示,PLA2G2D和PCK1具有较高的诊断价值;⑤提示脂肪酸代谢相关基因表达特征可作为预测类风湿关节炎临床结果的潜在生物标志物,可进一步提高类风湿关节炎预测的准确性。     

骨关节炎中铁死亡的生物信息学分析与实验验证

背景：靶向铁过载基因调节铁死亡或许是一种较快且有效延缓骨关节炎退变的方法,但目前对骨关节炎铁死亡相关分子机制及基因靶点尚不清楚。目的：通过生物信息学分析铁死亡在骨关节炎中的关键基因和途径,结合体外实验验证骨关节炎中铁死亡标记基因,探讨铁死亡在骨关节炎中的潜在作用。方法：以“Osteoarthritis”为检索词,通过GEO数据库检索2010-01-01/2021-01-01的公开数据,筛选得到基因微阵列数据集GSE55235,对GSE55235数据集进行数据矫正后分析获得差异表达基因;利用Ferr Db数据库检索得到铁死亡相关基因与GSE55235数据集差异表达基因作交集,对交集基因作基因本体(Gene Ontology,GO)与京都基因和基因组数据库富集分析(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)并绘制蛋白质-蛋白质相互作用网络,获得骨关节炎铁死亡HUB基因,筛选出铁死亡标记基因;将正常人软骨细胞设为对照组、人软骨细胞骨关节炎模型设为实验组,采用实时荧光定量PCR对两组铁死亡标记基因的m RNA表达进行验证。结果与结论：(1)共获得...     

HLA-DR4与类风湿关节炎的相关性探讨

目的探讨HLA-DR4与类风湿关节炎(RA)的相关性.方法采用特异性引物聚合酶链反应方法对广东地区汉族人群52例类风湿关节炎患者及100例正常健康者的HLA-DR4基因进行分析,并测定其基因频率.结果 HLA-DR4基因在52例类风湿关节炎患者中的基因频率(48.1%)显著高于其在100例正常对照组中的基因频率(19.6%,p<0.01).结论 HLA-DR4基因与广东地区人群的类风湿关节炎易感性有关联.     

HLA-DR4与类风湿关节炎的相关性探讨

目的　探讨HLA -DR4与类风湿关节炎 (RA)的相关性 .方法　采用特异性引物聚合酶链反应方法对广东地区汉族人群 5 2例类风湿关节炎患者及 10 0例正常健康者的HLA -DR4基因进行分析 ,并测定其基因频率 .结果HLA -DR4基因在 5 2例类风湿关节炎患者中的基因频率 (4 8.1% )显著高于其在 10 0例正常对照组中的基因频率(19.6 % ,p<0 .0 1) .结论　HLA -DR4基因与广东地区人群的类风湿关节炎易感性有关联     

DKK-1在类风湿关节炎治疗中的研究进展

Dickkopf-1(DKK-1)属于富含半胱氨酸蛋白,是Wnt/β-catenin信号通路内源性抑制因子;Wnt/β-catenin信号通路是成人关节软骨和退行性软骨组织的调节器,对骨量调节尤为关键。经典Wnt信号通路受到多种细胞因子调节,其中DKK-1作为负调节蛋白,能够通过抑制该通路的传导,进而抑制新骨形成。类风湿性关节炎（RA）作为一种慢性自身免疫性疾病,可引起软骨和骨的破坏,最终导致关节畸形、残疾。因此,本文将DKK-1作为治疗RA的刺激靶点,对DKK-1的结构、作用机制及其对RA的影响进行分析,探讨DKK-1在RA治疗中的研究进展,为临床治疗RA提供新思路。     

基于生物信息与机器学习分析类风湿关节炎疾病特征基因与免疫细胞的关系

目的：利用生物信息学与机器学习方法探求类风湿关节炎（RA）的发病机制、特征基因与免疫浸润表现，并寻找特征基因与免疫细胞的相关性。方法：从GEO数据库获取RA相关芯片，利用R语言分析基因差异，并对其进行GO与KEGG富集分析；使用机器学习方法，即LASSO回归与SVM-RFE法筛选疾病特征基因，运用ROC曲线与样本芯片检测特征基因准确性，利用CIBERSORT算法分析RA免疫浸润情况，并分析特征基因与免疫细胞的相关性。结果：GSE12021和GSE55235共获得90个差异基因，包含64个上调和26个下调差异表达基因；GO分析共得到主要条目209个，主要涉及机体白细胞激活、淋巴细胞活化、B细胞受体信号通路等；KEGG分析显示趋化因子信号通路、IL-17信号通路、Toll样受体信号通路、PPAR信号通路等通路与RA密切相关；机械学习方法筛选出IGHM、SLAMF8、CXCL10、FNDC4、AIM2、EGR1、AKR1B10等10个关键基因，ROC曲线与样本芯片检测疾病特征基因为IGHM、SLAMF8、CXCL10、AIM2、AKR1B10；免疫浸润结果显示RA滑膜组织与正常组织中的浆细胞...     

Hsp70的研究进展及其在类风湿关节炎中的作用北大核心

热休克蛋白70(heat shock protein 70,Hsp70)是一类高度保守的蛋白,在机体应激状态下表达增多,可介导一系列的细胞基本生理功能。Hsp70在自身免疫性疾病的发生和发展中起到了重要作用。Hsp70可以改善类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)疾病模型中的炎症损伤。该文就Hsp70的免疫功能及其在RA中的生物学机制方面予以综述。     

ERK信号转导通路与类风湿关节炎

丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinases,MAPKs)信号转导通路是细胞外信号引起细胞核内反应的重要通路,而细胞外信号调节激酶(extracellular signal-regulated kinase, ERK)通路是MAPKs家族中的重要成员,其异常活化与类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)关节破坏的病理过程密切相关.     

多重生物信息分析预测免疫相关基因FN1为干燥综合征发病核心基因北大核心CSCD

目的:利用多重生物信息分析挖掘和预测干燥综合征(SS)发病过程的核心基因及关键通路。方法:GEO数据库下载SS基因数据GSE97614,利用R语言中limma数据包进行均一化数据处理,GEO2R分析筛选差异表达基因(DEGs)。多重生物信息分析软件对GSE97614数据进行分析。DAVID在线软件对DEGs进行GO分析及KEGG信号通路预测。STRING在线软件对DEGs进行蛋白互作(PPI)网络分析。Cytoscape对互作网络结果进行可视化处理,并应用内置软件cytohubba筛选出SS发病的核心基因。结果:GSE97614包含9例SS患者及3例正常对照者,共对32321个基因进行检测,limma数据包均一化数据处理并筛选出96个差异上调和65个差异下调表达的基因。基因热图显示全部DEGs具有可聚类性。GO分析主要富集于细胞外基质、细胞外间隙及整合素结合过程。信号通路主要富集于MAPK通路及VEGF通路。PPI网络显示共有141个基因间存在224条联系,cytohubba计算出FN1、IL1B、TIMP1、THBS1、PLAU、SERPINE1、FOS、ITGB3、VCAN、ADAMTS1为前10位发病核心基因。其中FN1综合分析得分为32分,ADAMTS1综合分析得分为10分。结论:多重生物信息分析发现免疫相关基因FN1为SS发病过程的核心基因,可能作为SS快速诊断和治疗的血清标志物及潜在的药物干预靶点。     

基于IL-33/ST2信号通路探讨蛋白酶抑制剂硼替佐米治疗类风湿关节炎的作用机制

目的:基于白细胞介素33(IL-33)/基质裂解素2(ST2)信号通路探讨蛋白酶抑制剂硼替佐米治疗类风湿关节炎(RA)的作用机制。方法:将40只Wistar大鼠随机分为4组:对照组、模型组和硼替佐米低、高剂量组,每组各10只。除对照组外,其余组大鼠构建RA模型。硼替佐米低、高剂量组分别腹腔注射0.2 mg/kg和0.5mg/kg硼替佐米,对照组和模型组腹腔注射等量生理盐水,每天1次,连续给药21 d。观察各组大鼠一般情况,计算足跖肿胀度,并进行炎症评分;HE染色观察各组大鼠踝关节组织病理变化;全自动生化分析仪检测血红蛋白含量、血小板(PLT)总数、血清肌酐(SCr)水平和血尿素氮(BUN)水平;ELISA法检测各组大鼠血清中IL-6、肿瘤坏死因子α(TNF-α)、IL-33和ST2水平;Western blot法检测各组大鼠踝关节组织中IL-33和ST2蛋白表达水平。结果:在造模后7、14和21 d,与对照组相比,模型组大鼠足跖肿胀度显著升高(P<0.05);与模型组相比,硼替佐米低、高剂量组大鼠足跖肿胀度依次降低(P<0.05)。给药结束后,与对照组相比,模型组滑膜细胞增...     

基于生物信息学对骨关节炎Hub基因的筛选与验证

背景：骨关节炎是以关节疼痛、僵硬、肿胀为主要临床表现的一种退行性疾病,目前关于骨关节炎的发病机制尚不明确。目的：基于生物信息学筛选骨关节炎相关数据集的Hub基因,再用细胞实验加以验证,筛选骨关节炎的关键生物标志物。方法：从GEO数据库搜索骨关节炎相关的数据集,通过GEO2R分析筛选差异表达基因,对差异表达基因进行GO、KEGG富集分析,同时对数据集所有基因进行GESA分析,使用String网站构建差异表达基因的PPI网络,利用Cytoscape软件中的MCODE插件对PPI网络进行功能模块分析,使用插件CytoHubba筛选评分最高的10个Hub基因。提取SD大鼠膝关节半月板细胞,实验组以白细胞介素1β(10 ng/mL)干预细胞24 h复制骨关节炎症模型,以未干预组为对照,采用RT-qPCR法检测Hub基因的表达。结果与结论：(1)筛选出的差异表达基因中上调基因147个、下调基因212个,GO、KEGG和GSEA分析结果显示,富集的通路及生物过程主要涉及胶原纤维组织、细胞外基质的相互作用、Th17细胞分化和白细胞介素17等;利用Cytoscape软件中的插件CytoHubba筛选MC...     

Wnt/β-连环蛋白信号通路负调节蛋白SOST在类风湿关节炎中的研究进展

类风湿关节炎(rheumatoid arthritis, RA)作为一种慢性全身性的自身免疫性疾病,以滑膜炎症和增生、局灶性骨侵蚀及关节软骨变薄为特征,最终导致严重的关节损伤和残疾。Wnt/β-连环蛋白(β-catenin)信号通路被认为是成人骨和软骨内稳态的关键调节器,能够影响成骨细胞和破骨细胞的产生及功能,对骨量的调控非常关键。经典Wnt信号通路受到多种细胞因子的调节,其中硬化蛋白(sclerostin, SOST)作为该通路的内源性负调节蛋白,可通过抑制该通路的转导影响新骨形成。该文对SOST结构、作用机制及其对RA的影响进行综述,旨在探讨Wnt/β-连环蛋白/SOST在RA发病机制中的调控作用,为临床治疗RA提供更好的方案。     

miRNA参与类风湿关节炎的调控机制及中药干预研究的新进展

类风湿关节炎（RA）是临床常见风湿免疫性疾病，严重影响患者生活质量。RA发病机制尚未完全明确，目前认为主要涉及免疫紊乱、遗传易感性、环境因素等多个方面。近年来，众多研究发现微小RNA(miRNA)可通过多种通路与途径参与RA发生与发展，为研究RA发病及治疗提供新思路。本文仅就近年来miRNA参与RA发生发展机制，及中药通过影响miRNA及其通路调控治疗RA研究的最新进展简要综述。     

Notch信号通路在类风湿关节炎发病机制中的研究进展

类风湿关节炎(rheumatoid arthritis, RA)是以侵蚀性关节炎为主要特征的自身免疫性疾病,发病机制复杂,免疫细胞、滑膜细胞和破骨细胞均参与其发生、发展。Notch信号通路是一条存在于所有多细胞生物中高度保守的细胞内信号转导通路,在RA患者细胞中存在异常激活,与RA的发生发展密切相关。该文主要分析Notch信号通路在免疫细胞、滑膜细胞及破骨细胞增殖、分化、生存及效应过程中的作用,介绍Notch信号通路介导RA的可能途径,有利于从Notch信号通路角度认识RA的发病机制,为该病的临床治疗提供新的思路。     

类风湿关节炎继发干眼症的临床分析

目的提高类风湿关节炎继发干眼症的认识,重视继发干燥综合征的早期诊断。方法回顾性总结我院109例类风湿关节炎病人主诉是否有干眼并进行Schirmer试验,泪膜破裂时间,角膜荧光染色检查等三项眼干三项试验。结果109病例中有自觉症状者49.5%,Schirmer试验阳性者占66.6%,泪膜破裂时间阳性者占55%,角膜荧光染色阳性者占38.5%,其中二项以上检查阳性者占45.8%。结论类风湿关节炎易继发干眼病(干燥性结角膜炎),因此类风关患者常规进行Schirmer试验,泪膜破裂时间(BUT),角膜荧光染色检查,有助于早期发现干眼症,以利于继发干燥综合征的筛查,以便早期进行治疗。