基于网络药理学及分子对接技术探讨沙棘治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的:揭示沙棘治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制,为进一步探究沙棘治疗AD的药效物质基础提供理论参考。方法:通过TCMSP、Uniprot、GeneCards等数据库筛选沙棘活性成分、靶点及AD相关靶点基因;采用Cytoscope 3.7.1软件构建化合物-靶点-疾病网络图;通过STRING数据库制作靶点相互作用(PPI)网络,筛选度值较高的沙棘治疗AD的潜在靶点与沙棘活性成分进行分子对接;采用Clue GO插件对沙棘治疗AD的潜在靶点进行GO基因本体(GO)分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。取50只小鼠随机分为空白组、模型组[D-半乳糖120 mg/(kg·d)及AlCl₃溶液20 mg/(mL·d)]、阳性药物组[奥拉西坦260 mg/(kg·d)]、沙棘果油提取物组[1.6 g/(kg·d)]、沙棘多酚提取物组[1.6 g/(kg·d)],每组10只。各组小鼠分别灌胃相应药物的同时灌胃造模剂,空白组灌胃等体积蒸馏水,每天1次,连续给药60 d。通过Morris水迷宫实验测定各组小鼠学习记忆能力,采用酶联免疫吸附(ELISA)法检测小鼠海...     

基于网络药理学和分子对接探讨陈皮治疗阿尔茨海默病的作用机制（英文）

本研究通过网络药理学和分子对接阐明陈皮(Citri Reticulatae Pericarpium, CRP)治疗阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)的作用机制。首先,在陈皮中筛选出98个有靶点的化合物和628个相关成分靶点,在疾病数据库中检索得到2483个AD靶点。随后,构建CRP-AD交叠靶点图和蛋白互作(PPI)网络图,对PPI网络图进行拓扑属性分析得到66个与CRP治疗AD密切相关的靶点,对66个靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析,靶点在多条生物途径富集,包括松弛素信号通路、钙信号通路、HIF-1信号通路和IL-17信号通路。最后,对靶点和CRP活性成分进行分子对接验证,CRP的活性成分(黄烷酮、橘皮素、黄酮醇、香芹酚、紫苏醛)与靶点通过氢键连接,结合能小于0 kg/mol。本研究采用网络药理学和分子对接的方法系统的揭示了陈皮治疗阿尔茨海默病的作用机制,为以后科研以及临床研究提供理论依据。     

基于网络药理学和分子对接探究四君子汤治疗淋巴瘤的机制

目的 利用网络药理学及分子对接方法来探究经典方剂四君子汤抗淋巴瘤的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选四君子汤主要活性成分及其靶向基因,然后通过Venn在线平台与从Gene Cards数据库取得的淋巴瘤相关靶点取交集,求得潜在的互作靶点。在用String数据库以及Cytoscape软件筛选完核心靶点后,通过Metascape数据库作GO生物学功能以及KEGG通路分析。最后,利用Pymol和Autodock软件进行分子对接,来验证其可靠性。结果 经筛选,共得到四君子汤抗淋巴瘤的188个潜在作用靶点以及7个核心靶点。GO及KEGG富集分析显示,这些靶点与癌症通路,铂类相关耐药性等有关。分子对接结果表明,四君子汤可能是通过调控AKT1、TP53、MAPK3、STAT3、MAPK1、RELA、TNF靶点来发挥其药理作用。结论 四君子汤具有潜在的淋巴瘤治疗作用,其作用机制包括抗炎,细胞调控,调节抗癌药物的敏感性和耐药性等。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨补骨脂二氢黄酮甲醚治疗阿尔茨海默病的分子作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接技术探讨补骨脂二氢黄酮甲醚治疗阿尔茨海默病(AD)的分子作用机制。方法：通过Swiss Target Prediction数据库、PharmMapper数据库预测补骨脂二氢黄酮甲醚的作用靶点;分别在DisGeNET数据库、GeneCards数据库和Drugbank数据库检索获取AD相关靶点,再利用Venny 2.1.1绘制韦恩图获得两者共同靶点;将获得的两者共有靶点输入STRING数据库,构建共有靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;再将PPI网络导入Cytoscape 3.7.2软件,利用其内置插件CytoHubba获取排序居前10位的关键靶点蛋白;利用R语言Cluster Profiler GO.R插件对关键靶点进行富集分析;使用AutoDock Vina软件将补骨脂二氢黄酮甲醚与核心靶点进行分子对接验证。结果：补骨脂二氢黄酮甲醚干预AD的核心靶点主要有丝裂原激活的蛋白激酶(MAPK)1、MAPK3、原癌基因酪氨酸蛋白激酶Src和胱天蛋白酶3(CASP3)等,主要涉及对活性氧的应答、肽基-丝氨酸磷酸化、肽基-丝氨酸修饰及细胞对化学应力的应答等生物过...     

基于网络药理学、分子对接及分子动力学模拟探讨甘草查尔酮A治疗阿尔茨海默病的作用机制研究

目的 从分子层面探讨甘草查尔酮A治疗阿尔茨海默病（AD）的作用机制。方法 通过TCMSP、PharmMapper、SwissTargetPrediction、CTD及DisGeNET等数据库检索出甘草查尔酮A的作用靶点及其与AD相关的靶点的交集。利用Cytoscape 3.7.2软件的ClueGO功能对交集蛋白作KEGG通路富集分析。最终通过分子对接及分子动力学模拟方法从分子层面研究甘草查尔酮A作用于AD相关靶点的结合位点及结合能力。结果 甘草查尔酮A的作用靶点有128个,其中与AD相关的靶点112个,这些靶点涉及信号通路33条,包括MicroRNAs in cancer、Serotonergic synapse及Cell cycle等,从而构建出靶蛋白蛋白相互作用（PPI）、单一成分-靶点-生物学通路网络。分子对接及分子动力学模拟结果显示,甘草查尔酮A与PPI网络图中度值最高的20个靶蛋白均能很好地结合,其中结合性最好的3个靶蛋白分别为视网膜母细胞瘤相关蛋白、环氧合酶2和丁酰胆碱酯酶。结论 从分子层面对甘草查尔酮A治疗AD作用机制进行初步探讨,揭示潜在的生物学机制,为其应用提供理论依据。     

基于网络药理学探讨黄精治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的:利用网络药理学技术与方法,探讨黄精治疗阿尔茨海默病(AD)的主要活性成分、潜在作用靶点和机制。方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选黄精的有效成分,通过GeneCards数据库、TTD数据库、DrugBank数据库中检索AD相关疾病靶点。运用Cytoscape 3.7.2软件建立“黄精-成分-靶点”网络,导入STRING数据库获取靶点PPI网络,并通过“CytoHubba”功能筛选关键基因,并进行GO生物进程及KEGG通路富集分析。结果:黄精中β-谷甾醇、黄芩甙元、薯蓣皂苷元有效成分份可能通过AKT1,CASP3,TP53,VEGFA,HIF1,mTOR等关键基因靶点调控神经退行性变途径-多种疾病、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、细胞凋亡信号等通路发挥防治AD的作用。结论:黄精可能通过多成分、多靶点和多途径整合调节防治AD。     

基于网络药理学和分子对接探讨熊果酸治疗胃癌的分子机制

目的:研究熊果酸治疗胃癌的作用机制。方法:本研究通过TCMSP,SymMap,DrugBank,Uniprot,DisGeNET数据库预测及筛选出熊果酸抗胃癌的潜在靶点。依托STRING数据库构建蛋白互作网络,借助Cytoscape 3.7.1软件绘图。通过生物学信息注释DAVID数据库对靶点进行KEGG及GO的富集分析。使用AutodockVina进行分子对接,预测核心靶点和熊果酸的结合度,利用PyMOL软件绘图。结果:熊果酸治疗胃癌共有48个靶点,核心靶点包括血管内皮生长因子A(VEGFA)、信号转导与转录活化因子3(STAT3)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)、白介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)等靶点;筛选出与肿瘤相关的前10个通路,主要的信号通路包括:PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、p53信号通路。结论:本研究通过网络药理学的方法,揭示出熊果酸通过抑制肿瘤细胞增殖、诱导细胞凋亡、增强抗血管生成等通路发挥多靶点和多通路的抗胃癌作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨熊果酸治疗骨质疏松的分子机制

目的:探讨熊果酸治疗骨质疏松症(OP)的潜在分子机制.方法:运用中药系统药理学分析平台数据库、PubMed数据库、UniProt数据库筛选单体化合物熊果酸的作用靶点基因,借助GeneCards数据库检索OP相关靶点基因,并运用Venny 2.1在线作图工具获取成分-疾病的共有靶点基因;运用STRING数据库构建成分-疾...     

基于网络药理学探究银杏叶治疗脑梗死的潜在作用机制

目的:基于网络药理学方法探讨银杏叶治疗脑梗死(CI)的潜在作用机制.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台筛选银杏叶高度活性化学成分,预测潜在靶点;通过GeneCards、人类在线孟德尔遗传数据库、DisGeNET、治疗靶点数据库和Drugbank数据库检索CI相关靶点.通过Uniprot数据库转换银杏叶有效成分潜在...     

加减薯蓣丸治疗阿尔茨海默病药理作用及分子机制研究

目的 探讨加减薯蓣丸治疗阿尔茨海默病(AD)的药理作用与分子机制.方法 依据中药系统药理学数据库和分析平台TCMSP筛选加减薯蓣丸药物有效成分及靶点基因.检索GeneCards数据库、OMIM数据库、Drugbank数据库、TTD数据库获取AD相关靶点基因,并与药物靶点取交集得到加减薯蓣丸干预AD的潜在治疗靶点.运用C...     

基于网络药理学探究黄精防治阿尔茨海默病作用机制

目的：基于网络药理学探讨黄精防治阿尔茨海默病（AD）的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库（TCMSP）、实验室获取以及查阅文献收集黄精化学成分并利用Swiss ADME筛选中药活性成分;Swiss target prediction平台预测其作用靶点;GeneCards、OMIM、Drugbank数据库获取AD的主要靶点,利用String PPI平台进行蛋白质相互作用分析,构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,Matescape平台分析“药物-成分-靶点”及其参与的生物过程及通路,利用Cytoscape 3.7.0软件构建“黄精防治AD成分-靶点-通路”网络图,Discovery Studio软件对黄精成分与靶点进行分子对接验证。结果：黄精中apigenin、（+）-Syringaresinol等活性成分及SRC（人原癌基因酪氨酸蛋白激酶）、EGFR（表皮生长因子受体）、STAT3（信号转导及转录激活蛋白3）等作用靶点与黄精防治AD相关,黄精防治AD主要涉及炎症反应、对无机物的反应、活性氧代谢过程等生物过程,并通过调节癌症信号通路、EGFR、酪氨酸激酶抑制剂抵抗等通路产生防治...     

基于网络药理学和分子对接探讨厚朴酚治疗胆管癌的分子机制

目的：基于网络药理学和分子对接筛选厚朴酚作用胆管癌的具体靶点,探讨厚朴酚治疗胆管癌的潜在机制。方法：基于TCMSP、Swiss Target Prediction、STITCH、GeneCards和DisGeNET数据库筛选出厚朴酚以及胆管癌的靶点基因,通过Venny 2.1.0平台分析得到两者的共同靶点。利用STRING数据库探索厚朴酚以及胆管癌共同靶点之间的相互作用关系,使用CytoScape3.9.1软件筛选Top10-Hub(核心)靶点。通过DAVID数据库对厚朴酚和胆管癌的共同靶点基因进行GO和KEGG富集分析,使用Auto Dock Tools-1.5.6软件进行分子对接验证结果可信性。结果：厚朴酚治疗胆管癌的交集靶点基因47个,核心靶点为AKT1、IL6、CASP3、CCND1、PTGS2、EGFR、ERBB2、MMP9、MMP2和KDR。GO生物过程富集分析中共得到230条结果,主要包括负调控凋亡过程、正向调节细胞增殖和蛋白质自身磷酸化等。KEGG信号通路分析得到120条,主要涉及癌症信号通路、内分泌耐药和膀胱癌等。分子对接结果显示核心靶点与厚朴酚的结合能均<-5...     

基于网络药理学及分子对接的紫草治疗乳腺癌作用机制研究

目的 利用网络药理学分析方法和分子对接探讨紫草多靶点、多通路抗乳腺癌作用机制.方法 通过TCMSP数据库收集紫草的活性成分与靶点,GeneCard与DisGeNET数据库检索与乳腺癌相关的靶点,基于Cytoscape 3.6.1软件及STRING数据库构建活性成分与作用靶点的网络与蛋白相互作用PPI网络,利用David...     

基于网络药理学和分子对接探讨黄芪治疗卵巢癌的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接技术探讨黄芪治疗卵巢癌的可能机制。方法 利用靶点预测平台TCMSP数据库和PubChem数据库并结合文献,筛选黄芪活性成分及靶点;利用OMIM数据库和GeneCards数据库获取卵巢癌相关靶点;利用Cytoscape 3.7.1软件和String数据库绘制“黄芪活性成分-交集靶点”网络图和蛋白互作图。利用Metascape数据库对交集靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。利用Autodock Vina 1.2.2进行关键成分和核心靶点的分子对接。结果 获取到黄芪潜在活性成分19种,作用于109个潜在靶点,涉及5829个GO条目和238条信号通路。分子对接结果显示,关键成分与核心靶点结合较好。结论 本研究初步揭示了黄芪治疗卵巢癌的关键成分、核心靶点和主要生物学过程和信号通路,为进一步实验研究提供一定参考。     

基于网络药理学-分子对接探究三黄地榆油治疗烧烫伤的作用机制研究

目的:通过网络药理学方法探讨三黄地榆油治疗烧烫伤的作用机制.方法:从中药系统药理学分析平台(TCMSP)中以口服利用度(OB)≥30％,类药性(DL)≥0.18,AlogP≤5作为化合物分子的筛选条件寻找与三黄地榆油中五味中药相关的所有化学成分和作用靶点,构建化合物靶点相互作用网络图;通过在线人类孟德尔遗传数据库(OM...     

基于网络药理学和分子对接技术探究健神糖浆治疗失眠症的作用机制

目的 采用网络药理学方法及分子对接技术分析健神糖浆治疗失眠症的作用机制。方法 借助中药系统药理学数据库和分析平台（Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）、中医药整合药理学网络计算研究平台（Integrative Pharmacology-based Research Platform of Traditional Chinese Medicine,TCMIP）、中国知网（China National Knowledge Infrastructure,CNKI）检索搜集健神糖浆所含中药的化学成分和潜在作用靶点,借助Genecards数据库和OMIM数据库检索失眠症的人类相关靶点基因。使用Cytoscape 3.8.2软件构建网络图,筛选出核心成分。利用STING数据库制作蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络图,并使用Cytoscape-Cyto NCA拓扑分析筛选核心靶点基因。基于Metascape数据库进...     

基于网络药理学及分子对接探究定喘汤治疗儿童咳嗽变异性哮喘的作用机制

[摘要]目的：通过网络药理学和分子对接探究定喘汤治疗儿童咳嗽变异性哮喘（cough variant asthma,CVA）的作用机制。方法：基于文献研究和中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库挖掘定喘汤中各个药物的活性成分,并利用TCMSP数据库预测活性成分作用靶点,借用Uniprot数据库校正靶点蛋白对应基因;通过GeneCards、OMIM数据库获得咳嗽变异性哮喘的疾病靶点。取药物靶点和疾病靶点的交集靶点并制作韦恩图,运用Cytoscape 3.7.2软件制作“中药-活性成分-靶点”网络并进行网络拓扑分析,利用String数据库构建蛋白互作网络并筛选出核心靶点。基于DAVID对交集靶点进行GO生物过程分析和KEGG通路富集分析;通过AutoDock Vina和Pymol将得到的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果：收集定喘汤复方中活性成分218个,得到相关潜在靶点452个,CVA相关靶点689个,得到交集靶点131个。核心靶点主要为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、白细胞介素-6（IL-6）、肿瘤坏死因子（TNF）,共有靶点主要富集于PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、Toll样受体信号通路。分子对接结果显示核心成分与靶点具有较好的结合活性。结论：定喘汤治疗CVA具有多成分、多靶点、多通路的特点,为进一步研究定喘汤治疗CVA的作用机制奠定了基础。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨蛇床子治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的 运用网络药理学结合分子对接技术探讨蛇床子治疗阿尔茨海默病的作用机制。方法 借助TCMSP数据库获取蛇床子的活性成分及潜在作用靶点;检索GeneCards、OMIM、DisGeNET数据平台得到阿尔茨海默病的潜在作用靶点,筛选两者共同靶点;应用Cytoscape 3.7.1构建蛋白相互作用（PPI）网络图并筛选发挥治疗作用的关键靶点,再借助R语言进行基因本体（GO）功能分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;运用AutoDock Vina软件,对核心靶点和药物主要活性成分进行分子对接,验证网络分析结果。结果 蛇床子包含主要活性成分20个,化学成分与疾病共同靶点56个,网络拓扑分析显示B淋巴细胞瘤-2(Bcl-2)、雌激素受体α(ESR1)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、糖原合成酶激酶3β(GSK3B)、半胱氨酸蛋白水解酶3(CASP3)为关键靶点,通过调控神经活性配体-受体的相互作用、钙信号通路、p53信号通路、多种细胞凋亡、磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）/蛋白激酶B(Akt)信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路等发挥治疗作用。分子对接验证中...