基于网络药理学的穿心莲抗骨质疏松分子机制研究

目的基于网络药理学研究方法挖掘穿心莲的活性成分和预测其治疗骨质疏松症的靶点,探究其抗骨质疏松症的分子机制。方法在TCMSP数据库筛选穿心莲的活性化合物,通过PharmMapper反向对接获得药物作用预测靶点。从Gene Crads和CTD数据库搜索疾病靶点,建立药物-疾病靶标交互作用网络,筛选出穿心莲抗骨质疏松的特异性靶点,富集分析其信号通路。结果检索到49种穿心莲的活性化合物,筛选出入血活性成分21种。获得206个药物作用预测靶点和与骨质疏松症发生发展相关的691个疾病靶点,通过药物-疾病靶标交互作用网络筛选出36个关键基因。富集分析结果显示穿心莲直接参与骨质疏松症发生发展的信号通路有Adherens junction、MAPK等。它还间接通过神经营养蛋白、VEGF、Erb B、Toll样受体、胰岛素等信号通路调节骨代谢。结论穿心莲具有治疗骨质疏松症的药物潜能,其作用机制主要通过多靶点和多通路参与骨平衡的调控。     

基于网络药理学探讨黄芪治疗骨质疏松症的分子机制

目的基于网络药理学方法探讨黄芪治疗骨质疏松症的潜在作用机制。方法通过TCMSP数据库进行黄芪潜在化学成分获取和靶点预测,运用GeneC ards及OMIM数据库预测筛选与骨质疏松症相关的基因,采用R软件进行药物靶点与疾病靶点映射匹配。通过Cytoscape软件进行药物-成分-靶点-疾病可视化网络建立,借助String数据库在线平台进行蛋白互作网络构建,采用DAVID数据库进行生物过程及通路注释。结果通过筛选共得到黄芪主要化合物20种,药物靶点218个,与骨质疏松症相关的靶点22个,主要影响转录因子活性、配受体活性、细胞因子活性、类固醇激素受体活性等生物过程,涉及类风湿关节炎通路、破骨细胞分化通路、IL-17因子通路、AGE-RAGE信号通路、雌激素通路等。结论研究结果证实黄芪具有多成分、多靶点、多过程的作用特征,不仅直接参与骨代谢,还间接通过消化系统、循环系统、内分泌系统等影响骨微环境,调节骨代谢,治疗骨质疏松症; Toll样受体信号通路、炎症性肠病、PI3K-Akt信号通路等与消化系统、脾脏相关通路的富集,可能是黄芪从脾治疗骨质疏松症的重要证据。     

基于网络药理学和生物信息学补肾活血胶囊抗骨质疏松的分子机制分析

目的基于网络药理学和生物信息学挖掘补肾活血胶囊的活性成分靶点和骨质疏松症的靶点,探究补肾活血胶囊抗骨质疏松的分子机制。方法通过采用网络药理学和生物信息学的相关手段,对补肾活血胶囊进行活性成分筛选、药物疾病靶点预测,明确补肾活血胶囊防治骨质疏松症的特异性靶点,分析其信号通路富集程度以探究其分子机制。结果通过TCMSP数据库检索共发现补肾活血胶囊相应成分1186个,根据OB值和DL值筛选出入血活性成分249个,在此基础上获得其预测靶点145个。通过二次挖掘GEO数据库的基因芯片筛选出明显的差异基因124个;检索疾病基因相关数据库共发现与骨质疏松症发生发展相关的已知的靶点基因356个。通过cytoscape构建并结合网络拓扑分析共筛选出关键基因229个;利用Clue GO富集分析显示,补肾活血胶囊除与直接作用于骨质疏松症关键节点涉及的信号通路,如Wnt信号通路、TGF-β信号通路和Notch信号通路等有关,还对P13 K-AKT信号通路、VEGF信号通路和甲状腺素信号通路等同时进行调控。结论补肾活血胶囊治疗骨质疏松症具有多成分、多靶点的特点;其主要通路不仅直接参与骨重建的细胞分化,调节成骨、破骨代谢平衡,还通过全身其他系统,如循环系统、神经系统等来干预和影响骨微环境,与目前抗骨质疏松的作用机制相符合。     

基于网络药理学探讨独活-桑寄生治疗骨质疏松症的活性成分及生物学基础

目的运用网络药理学探究独活-桑寄生治疗骨质疏松症的活性成分,并通过筛选分析阐述独活-桑寄生治疗骨质疏松症的生物学基础。方法中药独活、桑寄生的活性成分及靶标通过中药数据库TCMSP、BATMAN检索出,骨质疏松症的预测靶点通过疾病靶点数据库Gene Cards检索出,将药物和疾病靶点进行映射,利用网络可视化软件Cytoscape3.6.0整理并筛选出核心成分及有效靶点,再将有效靶点通过Omic Share云平台进行GO富集分析、David6.8数据库进行KEGG通路富集分析。结果独活和桑寄生活性成分根据筛选条件得到核心成分共3个,分别为槲皮素、蛇床子素和补骨脂素;核心靶点24个,包括PTGS2、PTGS1、ESR1、ADRB2等;获得2 509条GO生物过程,包括对含氧化合物的反应、对有机物的反应、细胞对化学刺激的反应等; 193条分子功能,包括对酶结合、同一蛋白结合、信号受体结合等; 113条细胞组成,包括膜筏、膜微区、膜区等;获得KEGG信号通路12条,肿瘤坏死因子信号通路、低氧诱导因子-1信号通路、PI3K-Akt信号通路等为治疗骨质疏松症关键通路。结论独活和桑寄生配伍的多成分、多靶点、多通路通过抗炎和抗氧化的作用,从而治疗骨质疏松症,为中药复方治疗疾病的作用机制提供科学依据。     

基于网络药理学探讨骨碎补治疗骨质疏松症的作用机制

目的运用网络药理学筛选骨碎补有效成分治疗骨质疏松症的作用靶标及信号通路。方法首先借助TCMSP分析平台、GeneCards数据库和OMIM数据库,分别筛选中药活性成分、疾病及相应的靶标,将中药靶标与疾病靶标取交集,得到中药-疾病共同靶标并构建中药-疾病-靶标调控网络。然后通过构建中药-疾病共同靶标的蛋白互作网络,筛选核心靶点基因。最后将中药-疾病共同靶标进行GO功能富集分析和KEGG功能富集分析,得出中药-疾病共同靶标相关的信号通路。结果筛选得到骨碎补治疗骨质疏松症的18个有效成分和98个中药-疾病共同靶标,并推断其作用机制可能与糖尿病并发症的AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路、HIF-1信号通路、Th17细胞分化信号通路等有关,且白介素-6基因、JUN基因、丝裂原活化蛋白激酶-1基因和表皮细胞生长因子基因可能起着关键性作用。结论基于网络药理学探讨了骨碎补治疗骨质疏松症的作用靶标及信号通路,为中药现代化研究提供了思路。     

基于网络药理学的三仙汤治疗骨质疏松症作用机制研究

目的通过网络药理学方法探讨三仙汤干预骨质疏松症(OP)的有效成分、作用靶点及信号通路等,从而明确其作用机制。方法应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索获得三仙汤中3味药物的化学成分,通过Uniprot数据库,将已筛选出的靶点名称进行标准化。通过Genecards、OMIM数据库检索骨质疏松症的相关靶基因。将药物靶点与疾病靶点取交集,筛选得到疾病-药物成分共同靶蛋白在String网站构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络模型。在Cytoscape软件中绘制药物、疾病、靶基因网络图,并进行基因GO功能和KEGG通路富集分析,探讨三仙汤治疗骨质疏松症的作用机制。结果通过数据库筛选得到三仙汤的28种有效成分以及与骨质疏松症相关的靶点127个,其中蛋白激酶、白介素6、血管内皮生长因子等基因为PPI网络中的核心基因; GO富集分析显示靶点主要影响核受体活性、转录因子活性、类固醇激素受体活性、细胞因子受体结合、蛋白质异二聚活性、血红素结合等生物过程;以及影响AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化通路、IL-17信号通路、前列腺癌通路、肿瘤坏死因子信号通路、乙型肝炎等信号通路。结论三仙汤中的有效成分通过关键信号通路作用于核心基因,影响细胞分化、凋亡、炎症、氧化应激等多种生物学过程发挥抗骨质疏松的作用,为其后续研究提供了科学依据。     

基于网络药理学研究女贞子-淫羊藿药对活性成分抗骨质疏松的分子机制

目的基于网络药理学探讨女贞子-淫羊藿中活性成分,通过筛选抗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的活性靶点,完成“活性成分-靶点-通路”的图解,阐述女贞子-淫羊藿联合应用的分子调控机制及其配伍的科学性。方法女贞子和淫羊藿的活性成分使用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)进行筛查,采用维恩图对其进行筛查,OP的活性靶点运用疾病靶点数据库进行筛选,将以上数据导入网络可视化软件Cytoscape 3.7.1进行整理,对有效靶点可以使用KEGG数据库进行信号通路富集分析。结果女贞子、淫羊藿活性成分根据药物相似性(DL)和口服生物利用度(OB)值检索出潜在活性成分共33个,及其相对应的227个潜在作用靶点;检索疾病靶点数据库得出与OP密切相关的靶点190个;KEGG通路富集分析,治疗OP的关键通路主要为破骨细胞分化通路、癌症途径等12条信号通路。结论女贞子-淫羊藿配伍的多成分在治疗OP方面具有多靶点、多通路的中医药特点。     

基于网络药理学和分子对接挖掘黑骨藤治疗强直性脊柱炎的作用机制

目的：运用网络药理学技术研究黑骨藤治疗强直性脊柱炎的作用机制。方法：通过检索文献和TCMSP数据库获取黑骨藤的活性成分信息。疾病靶点基因由DISGENET数据库和GeneCards数据库获得,通过瑞士目标预测数据库预测药物成分靶点,借助cytoscape软件构建“中药-化合物-靶点”网络,使用STRING在线平台下载靶点相互作用数据,构建PPI蛋白相互作用网络,挖掘核心靶点;运用DAVID平台对所预测核心靶点网络中的蛋白进行GO功能富集分析、KEGG通路富集分析。最后将筛选出的主要活性成分与核心靶点在pymol、autotool等软件下完成分子对接。结果：筛选出黑骨藤12个有效成分及422个药物靶点,与强直性脊柱炎交集靶点71个,其主要成分有异丙基二烯酚、汉黄芩素、山奈酚等,核心靶点是STAT3、MAPK1、MAPK14、JAK2、JAK1等。GO功能和KEGG通路分析获得主要通路：参与生长激素信号通路JAK-STAT级联反应、JAK-STAT级联、STAT蛋白的酪氨酸磷酸化、Th17细胞分化、Th1和Th2细胞分化等。分子对接显示,成分与靶点都可有效结合,汉黄芩素与JAK1结构最优。...     

黄芪-生地治疗糖尿病肾病作用机制的网络药理学研究

目的:应用网络药理学方法探讨黄芪-生地干预糖尿病肾脏疾病(diabetic kidney disease, DKD)的物质基础及作用机制。方法:应用TCMSP及TCMID数据库及结合相关文献筛选黄芪、生地药物成分,运用Swiss Target Prediction分析平台获取活性成分关键靶点,GeneCards数据库获取疾病靶点信息;利用韦恩图获取药物和疾病交集靶点,String数据库对交集靶点进行PPI分析;将交集靶点上传至Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析,应用Cytoscape3.8.2软件构建“成分-靶点-信号通路”网络。结果:共查找符合筛选条件药物成分33个,活性药物靶点263个,疾病靶点756个,药物和疾病交集靶点67个,设定条件下,GO功能富集分析共得到53个条目,涉及分子功能、细胞组成及生物过程,KEGG富集分析筛选18条信号通路,关键靶点VEGFA、JUN、MET、EGFR、IGF等主要富集在肿瘤信号途径、c型凝集素受体信号通路、白介素17信号途径等相关信号通路。结论:黄芪-生地可通过多靶点、多途径干预DKD进展,预测中药潜在作用机制,为进一步...     

基于网络药理学探究当归补血汤治疗骨质疏松症的分子作用机制

目的基于系统网络药理学方法探讨当归补血汤治疗骨质疏松(OP)的分子作用机制。方法通过TCMSP平台筛选当归补血汤主要化学成分、对应靶点及靶标基因,借助Gene Cards数据库获取OP已知的相关靶点,将药物靶基因映射到疾病靶基因获得当归补血汤作用于OP的预测靶点;利用Cytoscape 3.5.1软件构建有效活性化合物-疾病靶点网络图以及STRING数据库绘制PPI网络,最后借用R 3.6.3软件进行关键蛋白分析,GO功能分析和KEGG通路富集分析。结果获得当归补血汤有效活性化学成分共17个,关键成分7个,药物作用于疾病的交集靶点130个,关键靶点30个; GO功能分析揭示当归补血汤治疗OP涉及生物功能主要有核受体活性、配体转录因子活性、调控序列特异性DNA结合、类固醇激素受体活性、细胞因子受体结合、细胞因子活性等; KEGG富集结果显示与糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、乙型肝炎、前列腺癌、TNF信号通路等密切相关。结论本研究体现当归补血汤能通过多成分、多靶点、多通路作用于OP,可能与其发挥抗氧化作用和雌激素样作用有关,可为下一步实验验证提供理论基础。     

二仙汤防治骨质疏松症的网络药理学研究

目的通过网络药理学分析二仙汤防治骨质疏松症(osteoporosis,OP)的关键靶点,探讨二仙汤防治OP的可能机制及信号通路。方法检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),筛选二仙汤的入血活性成分并预测其作用靶点;利用基因表达数据库(GEO)获取GSE56116基因芯片原始数据,分析二仙汤的治疗靶点;从疾病相关数据库检索已知OP致病基因;通过STRING和Cytoscape软件映射获得二仙汤治疗OP的关键靶点,建立关键靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并进行KEGG和GO富集分析揭示其可能的作用机制。结果通过检索TCMSP获得符合筛选标准的二仙汤活性成分84个,21个活性成分预测出145个作用靶点;通过R语言对基因芯片进行分析筛选出84个可能致病靶点,通过疾病相关数据平台获得691个OP相关致病靶点,利用STRING和Cytoscape构建PPI网络筛选出40个关键作用靶点和9个核心作用靶点。KEGG和GO分析结果显示,二仙汤治疗OP的关键靶点主要富集在RNA聚合酶II启动子对转录的正向调节、一氧化氮合酶等生物学进程,主要富集的信号通路为TNF信号通路、低氧诱导因子1信号通路和雌激素信号通路等。结论通过网络药理学方法阐释二仙汤可能通过TNF信号通路和HIF-1信号通路治疗OP,本研究为揭开中药复方治疗疾病的作用机制提供了科学的方法。     

基于网络药理学的“淫羊藿-熟地黄”配伍治疗骨质疏松症作用机制研究

目的基于网络药理学方法探究"淫羊藿-熟地黄"药对治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的分子机制。方法BATMAN-TCM数据库收集"淫羊藿-熟地"药对化学成分及对应靶点; Gene Cards、OMIM数据库收集OP靶蛋白; Venny 2.1. 0在线工具找出映射,绘制韦恩图; STRING 11.0数据库建立蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction,PPI); cluster Profiler R包对所得共有靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析; Cytoscape3.7. 2软件构建相关数据分析网络。结果获得"淫羊藿-熟地黄"药对中13个主要化学成分和134个蛋白靶点,OP相关基因3 231个,映射后获得药物与疾病共有靶点57个,PPI分析显示前列腺素内过氧化物合酶(PTGS2)、雄激素受体(AR)、雌激素受体(ESR1)等可能是"淫羊藿-熟地黄"药对治疗OP的核心靶点。GO富集分析包含血液循环、细胞钙离子稳态、G蛋白偶联胺受体活性等生物功能。KEGG通路富集分析主要包括神经活性配体-受体相互作用、类固醇激素的合成、c AMP信号通路等11条相关信号通路。结论 "淫羊藿-熟地黄"配伍通过多途径、多靶点发挥治疗OP的作用。     

骨质疏松症与慢性心力衰竭的关系

目的基于生物信息学方法探讨骨质疏松症与慢性心力衰竭的关系。方法分别以骨质疏松及慢性心力衰竭在相关人类疾病数据库(Gene Cards、TTD、OMIM)中筛选靶基因,整合后映射两组预测靶点得到交集靶点,通过STRING v11.0平台得出靶点PPI互作网络,按照degree值大小筛选出核心靶点并通过Metascape数据库进行KEGG通路分析。结果骨质疏松症与慢性心力衰竭的核心交集靶点为VEGFA、STAT3、IL6、TNF、ESR1、IL10等,相关通路集中在PI3K-Akt信号通路、FoxO信号通路、HIF-1信号通路、MAPK信号通路等。结论骨质疏松症与慢性心力衰竭均是涵盖众多差异表达基因的复杂慢性病,但两种疾病在复杂基因网络背景下依然存在一些高度重合的基因表达,所涉及的信号通路能够同时对两种疾病产生干预作用,这提示两种疾病的分子机制存在密切联系,可能为药物同时调控两种疾病提示潜在靶点。应用生物信息学具有较高的置信度和参考价值,为探索疾病间关系提供了新方向与新思路。     

金匮肾气丸防治骨质疏松症的机制研究

目的探讨金匮肾气丸防治骨质疏松症的作用机制。方法从TCMSP数据库中筛选金匮肾气丸活性成分与作用靶标,用Cytoscape3.6构建金匮肾气丸"药物-活性成分-靶标基因"网络图;在DisGeNET、GeneCards数据库中查询骨质疏松症疾病基因,与金匮肾气丸活性成分靶标基因取交集后,从STRING数据库获取PPI网络信息,导入Cytoscape3.6构建网络图,再用CytoHubba插件中的MCC和Degree算法筛选并获得关键基因;用David对关键基因进行GO生物功能和KEGG通路富集分析,使用Omicshare绘制高级气泡图,通过KEGG数据库找出重要通路并标记关键基因。结果金匮肾气丸活性成分47种,对应196个作用靶标,与骨质疏松症疾病基因有145个交集靶标,筛选得到30个关键基因。GO富集分析结果表明,生物途径主要有药物反应、转录正调控和DNA模板化、RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录正调控等;分子功能主要有酶、相同蛋白、蛋白等的结合;细胞组分为核浆、胞浆、细胞核等。关键基因则主要富集在TNF、MAPK、PI3K-Akt及其他重要信号通路上。结论金匮肾气丸中的槲皮素、豆甾淳、β-谷...     

基于网络药理学对龟甲抗骨质疏松的作用机制研究

目的 运用网络药理学探讨龟甲治疗骨质疏松（osteoporosis,OP）的作用机制。方法 通过中药系统药理学成分分析平台（BATMAN-TCM）数据库及文献获得龟甲活性化合物,再通过TTD、Drugbank 、DisGeNET、OMIM数据库获取OP疾病相关靶点,取二者交集得到龟甲-OP疾病靶点。采用在线分析工具Metascape对龟甲治疗骨质疏松靶基因进行基因本体论（gene ontology,GO）及京都基因与基因组百科全书（kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析。结果 获得龟甲成分共40个（氨基酸类、脂肪酸类、酯类、甾醇类、其他类）,龟甲-OP疾病交集靶点15个（UGT2B17、PTGS2、SLC22A6、SLC22A10、PTGER2、SRC、COMT、TNF 、ESR1、CYP19A1、ESR2、AR、PGR、ITGB3、FPDS）。龟甲活性化合物关键靶点的KEGG富集分析表明其主要与神经活性配体-受体相互作用、氨酰- tRNA生物合成、谷氨酸能突触等信号通路相关。龟甲抗骨质疏松靶基因GO富集分析表明其主要与对类固醇激素的反应、上皮细胞增殖的调控、脂质定位的调节等相关,KEGG通路富集结果解释15个基因主要与类固醇激素生物合成、甲状腺素信号途径、癌症的途径信号通路相关。结论 龟甲治疗OP的作用机制呈多靶点、多途径的特性,不仅影响骨代谢相关途径,还可影响体内多种代谢途径。     

基于网络药理学的济生肾气丸治疗骨质疏松症的分子机制研究

目的应用网络药理学分析技术研究济生肾气丸治疗骨质疏松症(OP)的分子作用机制。方法通过TCMSP数据库查询并筛选出济生肾气丸全方共10味中药的活性成分及有效靶点;检索Comparative Toxicogenomics Database (CTD)、Gene Cards、Online Mendelian Inheritance in Man(OMIM)三大疾病靶点数据库查询骨质疏松症相关靶点;利用Venny 2.1统计复方与疾病的交集靶点,并绘制Venn图。利用Cytoscape 3.6软件,绘制活性成分-交集靶点网络图。将交集靶点导入String数据库后获得的数据经Cytoscape的Cyto Hubba插件构建蛋白互作网络图。通过DAVID数据库进行基因功能GO分析和KEGG通路富集分析,并利用R-studio软件进行气泡图绘制。利用Cytoscape绘制核心靶点与KEGG通路的网络图。结果济生肾气丸中共得到63个活性成分,预测出211个相关靶点;经过三大数据库共检索出OP相关靶点3 126个;复方与疾病交集靶点132个。通过Cytoscape构建交集基因蛋白互作网络图与核心靶点-通路网络图,按照连接节点(degree)大小排列显示济生肾气丸主要通过作用于AKT1、MAPK1、IL6、MAPK8、JUN、VEGFA等靶基因及调控肿瘤坏死因子信号通路、白细胞介素17信号通路、AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化信号通路等发挥治疗OP的作用。结论济生肾气丸治疗OP具有多成分、多靶点、多系统的特点,其作用机制可能通过抑制破骨细胞的生成、刺激成骨细胞的活性、调节骨代谢平衡、降低炎症反应等途径有关。     

类风湿关节炎与骨质疏松症的生物信息学分析

目的 利用生物信息学分析类风湿关节炎（RA）与骨质疏松症（OP）的关系。方法 通过Genecards、OMIM、TTD等数据库查找RA和OP的疾病基因,对两组疾病的基因取交集,将共同基因导入STRING数据库构建蛋白互作（PPI）网络图,使用R软件筛选出PPI网络中的关键基因,利用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析。结果 通过检索数据库筛选出RA相关基因5 388个、OP相关基因4 587个,取交集后获得共同靶点基因1 899个,PPI网络图显示IL-6、INS、AKT1、TNF、TP53、VEGFA、EGFR等为RA与OP的共同关键基因,GO富集主要与受体配体活性、细胞因子受体结合、囊泡、T细胞活化、肽分泌的调节等相关,KEGG信号通路包括PI3K-Akt信号通路、JAK-STAT信号通路、破骨细胞分化、细胞凋亡、Th17细胞分化等。结论 所获得RA与OP的共同关键基因和涉及的信号通路,有助于理解两者在疾病过程中的相关性,为药物的研发提供理论参考。