桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的网络药理学和分子对接研究

目的 运用网络药理学和分子对接的技术,研究桃红四物汤作用于骨质疏松性骨折的潜在作用机制。方法 检索TCMSP,获取桃红四物汤药物的有效成分、潜在靶点,运用GeneCards、OMIM、DrugBank、DisGeNET数据库收集骨质疏松性骨折的相关靶点,获取药物和疾病的交集靶点,并通过Cytoscape 3.8.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病”可视化网络图,筛选出药物关键成分。将交集靶点上传到STRING数据库,并绘制PPI网络图,筛选核心靶点;并使用Metascape数据库进行交集靶点的GO以及KEGG通路的富集分析。最后运用 AutoDock Tools1.5.6和Pymol2.4.1软件,分子对接关键成分与核心靶点。结果 桃红四物汤与骨质疏松性骨折的交集靶点有152个,“药物-成分-靶点-疾病”网络图及PPI提示IL6、JUN、AKT1、MAPK1、TNF可能是桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的关键靶点。GO富集分析显示,桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的交集靶点的生物功能主要涉及炎症免疫、细胞增殖分化、细胞凋亡等方面。KEGG通路富集分析显示,桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的交集靶点主要涉及IL17、PI3K-Akt、HIF-1、甲状腺激素等信号通路。结论 桃红四物汤从多靶点、多成分及多通路作用于骨质疏松性骨折,主要起到调控骨细胞增殖分化、细胞凋亡、抗炎免疫等作用,今后从生物实验方面进一步深入揭示其作用机制具有研究意义。     

基于网络药理学探讨骨碎补治疗骨质疏松症的作用机制

目的运用网络药理学筛选骨碎补有效成分治疗骨质疏松症的作用靶标及信号通路。方法首先借助TCMSP分析平台、GeneCards数据库和OMIM数据库,分别筛选中药活性成分、疾病及相应的靶标,将中药靶标与疾病靶标取交集,得到中药-疾病共同靶标并构建中药-疾病-靶标调控网络。然后通过构建中药-疾病共同靶标的蛋白互作网络,筛选核心靶点基因。最后将中药-疾病共同靶标进行GO功能富集分析和KEGG功能富集分析,得出中药-疾病共同靶标相关的信号通路。结果筛选得到骨碎补治疗骨质疏松症的18个有效成分和98个中药-疾病共同靶标,并推断其作用机制可能与糖尿病并发症的AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、IL-17信号通路、HIF-1信号通路、Th17细胞分化信号通路等有关,且白介素-6基因、JUN基因、丝裂原活化蛋白激酶-1基因和表皮细胞生长因子基因可能起着关键性作用。结论基于网络药理学探讨了骨碎补治疗骨质疏松症的作用靶标及信号通路,为中药现代化研究提供了思路。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨通关丸治疗良性前列腺增生的作用机制

目的:通过网络药理学及分子对接技术探讨通关丸治疗良性前列腺增生(BPH)的作用机制。方法:查询TCMSP、BATMAN-TCM及ETCM获取通关丸的药物成分,在Swiss Target Prediction对药物成分的ADME进行筛选,并预测筛选后的药物成分的作用靶点;运用DisGeNET、Genecards及OMIM获取BPH的疾病靶点,利用venny2.1获取通关丸治疗BPH的作用靶点。使用STRING平台及Cytoscape软件构建PPI网络,利用Metascape进行GO富集分析和KEGG信号通路分析。使用Cytoscape软件构建"有效成分-作用靶点-信号通路"网络图。利用PubChem、PDB及PyMoL、AutoDock软件进行分子对接。结果:通关丸中的27个有效成分通过多个通路作用于88个疾病靶点治疗BPH,其中槲皮素、黄柏酮、Kihadalactone A、鬃毛酮、Melianone是核心成分,AKT1、MAPK1、PIK3CA、PIK3CB、PIK3CD、EGFR、MAPK14是核心靶点。GO富集分析发现通关丸主要参与血液循环、转移酶活性的正向调节、细胞对氮化合物的反应等生物进程,膜筏、转移含磷基团的转移酶复合物、谷氨酸能突触等细胞组分,磷酸转移酶活性、以醇基团为受体的蛋白质酪氨酸激酶活性等分子功能。KEGG分析结果显示通关丸主要参与肿瘤、PI3K-Akt、肿瘤中的蛋白聚糖等信号通路。分子对接表明核心成分与核心靶点结合性较好。结论:通关丸主要通过调节PI3Ks家族、EGFR、AKT1等疾病靶点,干预血液循环、转移酶活性、氧化应激反应等生物学过程及PI3K-Akt等信号通路进而治疗BPH。     

基于网络药理学探讨青娥丸治疗绝经后骨质疏松症的作用机制

目的运用网络药理学的方法探讨青娥丸治疗PMO可能的分子作用机制。方法运用TCMSP、ETCM、SymMap数据库及文献挖掘获取青娥丸主要活性成分,通过SwissTargetPrediction平台进行成分靶标预测;经GeneCards、OMIM和DisGeNET数据库获取PMO相关靶点,与成分靶点取交集,获得青娥丸治疗PMO的潜在作用靶点;应用Cytoscape软件构建青娥丸治疗PMO的中药-活性成分-交集靶点网络图,使用String数据库及Cytoscape软件对交集靶点进行蛋白质相互作用网络分析,依据节点度值筛选关键靶点;通过DAVID平台对关键靶点进行GO和KEGG富集分析,以探究青娥丸治疗PMO的分子作用机制。结果筛选出青娥丸活性成分40个,包括飞燕草素、槲皮素、山奈酚等核心成分;青娥丸治疗PMO的潜在作用靶点178个;对交集靶点进行蛋白质互相作用网络分析获取关键靶点68个,包括MAPK1、AKT1、PIK3CA、JAK2等核心靶点;关键靶点基因的GO及KEGG富集分析显示:关键靶标主要在质膜、膜筏、细胞核等位置发挥作用,通过一氧化氮生物合成过程的正调控、信号转导、蛋白质磷酸化等生物过程,发挥激酶活性、与蛋白质结合、与蛋白激酶结合等功能。关键靶点主要通过参与癌症通路、PI3K-Akt信号通路、HIF-1信号通路、以及雌激素、催乳素、甲状腺素类信号通路对PMO进行调控。结论青娥丸中飞燕草素、槲皮素、山奈酚等核心成分,可能通过参与PI3K-Akt、HIF-1、雌激素、催乳素等信号通路,作用于MAPK1、AKT1、PIK3CA、JAK2等基因靶点,调节骨代谢,治疗PMO。     

基于网络药理学探讨仙灵骨葆胶囊治疗骨质疏松症的作用机制

目的运用网络药理学分析方法进行仙灵骨葆治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的药理机制分析。方法借助中药系统药理学数据库和分析平台以及中药综合数据库获取仙灵骨葆活性成分以及相关靶标,运用Cytoscape 3.7.1软件绘制“活性成分-靶标”网络图,以“osteoporosis”为关键词从GeneCards:The Human Gene Database获取OP相关基因,运用STRING数据分析平台进行PPI(protein-protein interaction)网络分析,运用DAVID数据分析平台进行基因本体(gene ontology,GO)生物过程富集以及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,并运用Cytoscape 3.7.1软件绘制“通路-靶标”网络图。结果共获取仙灵骨葆相关活性成分115种,核心活性成分有槲皮素、山奈酚、木犀草素、淫羊藿苷元、丹参酮IIA等。活性成分所涉及的靶标共有301个,核心靶标有PTGS2、PTGS1、ESR1等。PPI网络显示了111种核心蛋白之间的互作关系,主要与调节细胞周期有关。GO富集生物过程经筛选后共获得46项,所得生物过程亦与细胞周期有关,正调控NF-kappaB转录活性因子的过程是OP发生的机制之一,与现有研究符合。KEGG通路富集共获得37项,提示仙灵骨葆治疗OP作用集中于PI3K-Akt、TNF、MAPK、Estrogen等信号通路。结论仙灵骨葆核心活性成分中,黄酮类化合物主要通过调节OPG/RANK/RANKL,抑制破骨细胞,促进成骨细胞分化;淫羊藿苷元可增强成骨细胞活性。核心靶标PTGS2可限制M-CSF以及RANKL的表达,进而影响成骨/破骨细胞分化;雌激素受体与绝经后骨质疏松密切相关。核心通路如PI3K-Akt信号通路可增加骨量、促进成骨细胞分化;TNF信号通路、MAPK信号通路等均与成骨细胞分化有关;雌激素信号通路以及GnRh信号通路为仙灵骨葆干预绝经后骨质疏松提供依据。因此仙灵骨葆干预OP机制是通过多种途径、多种靶标、多种信号通路同时进行的,运用网络药理学方法可以在一定程度上对其进行预测。     

基于网络药理学探讨独活-桑寄生治疗骨质疏松症的活性成分及生物学基础

目的运用网络药理学探究独活-桑寄生治疗骨质疏松症的活性成分,并通过筛选分析阐述独活-桑寄生治疗骨质疏松症的生物学基础。方法中药独活、桑寄生的活性成分及靶标通过中药数据库TCMSP、BATMAN检索出,骨质疏松症的预测靶点通过疾病靶点数据库Gene Cards检索出,将药物和疾病靶点进行映射,利用网络可视化软件Cytoscape3.6.0整理并筛选出核心成分及有效靶点,再将有效靶点通过Omic Share云平台进行GO富集分析、David6.8数据库进行KEGG通路富集分析。结果独活和桑寄生活性成分根据筛选条件得到核心成分共3个,分别为槲皮素、蛇床子素和补骨脂素;核心靶点24个,包括PTGS2、PTGS1、ESR1、ADRB2等;获得2 509条GO生物过程,包括对含氧化合物的反应、对有机物的反应、细胞对化学刺激的反应等; 193条分子功能,包括对酶结合、同一蛋白结合、信号受体结合等; 113条细胞组成,包括膜筏、膜微区、膜区等;获得KEGG信号通路12条,肿瘤坏死因子信号通路、低氧诱导因子-1信号通路、PI3K-Akt信号通路等为治疗骨质疏松症关键通路。结论独活和桑寄生配伍的多成分、多靶点、多通路通过抗炎和抗氧化的作用,从而治疗骨质疏松症,为中药复方治疗疾病的作用机制提供科学依据。     

基于网络药理学探析金钱草作为石淋要药治疗肾结石的作用机制研究

目的:基于网络药理学方法探讨金钱草作为石淋要药治疗肾结石的作用机制。方法:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选金钱草的有效成分及相应的靶蛋白,通过Genecards、OMIM数据库筛选出肾结石的靶点,利用R语言获取药物与疾病的共同靶点并作出Venn图,运用Cytoscape3.7.1软件构建“化合物-靶点-疾病”网络图。使用String数据库绘制蛋白互作(PPI)网络,并对其有效作用靶点进行GO功能、KEGG通路富集分析。结果:在已知61种金钱草有效成分中共筛选出10个,对应有效作用靶点305个。通过Venn图获得81个药物-疾病共同靶点,PPI网络发现AKT1、IL6、JUN、MAPK1、VEGFA等可能是金钱草治疗肾结石的关键靶点。GO功能分析发现81个靶基因影响了100个生物功能,体现在分子的功能上对分子的代谢与合成等生物学功能普遍具有正向调节作用。KEGG通路分析发现81个交集靶点显著富集在141条通路上(P0.05),其中金钱草主要活性成分相关靶点富集最多的通路为AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications,其中包含了钙信号通路、MAPK信号通路等经典信号通路。结论:该研究初步揭示了金钱草治疗肾结石的关键靶点和涉及的生物学过程以及信号通路,发现其作用是多靶点、多通路的,从分子层面对金钱草作为“石淋之要药”治疗肾结石提供了一定的参考依据。     

基于网络药理学探讨健脾养血排毒方治疗慢性肾脏病的作用机制

目的:基于网络药理学探讨健脾养血排毒方治疗慢性肾脏病(chronic kidney disease, CKD)的作用机制。方法:通过TCMSP数据库收集药物活性成分和潜在靶点,通过GeneCards和Disgenet数据库获取CKD靶点;利用软件Venny2.1获取药物-疾病交集靶点,采用STRING数据库构建PPI蛋白网络,并筛选核心靶点;通过DAVID数据库进行GO及KEGG富集分析,借助软件Cytoseape3.9.1构建活性成分-疾病-靶点-信号通路网络。结果:筛选得到健脾养血排毒方有效成分130种,主要为槲皮素、山柰酚、刺芒炳花素等,涉及257个靶点基因;疾病靶点1 817个,健脾养血排毒方-CKD交集靶点156个,经拓扑分析获得TNF、VEGFA、TP53等69个核心靶点;富集分析涉及PI3K-Akt、AGE-RAGE及MAPK信号通路。结论:本研究初步探析了健脾养血排毒方治疗CKD的活性成分、潜在靶点及信号通路,为其干预CKD的作用机制提供了理论依据。     

枸杞子治疗骨质疏松症的分子机制

目的 运用网络药理学方法分析枸杞子治疗骨质疏松症的药理学机制。方法 从TCMSP分析平台上获取枸杞子药物的活性成分及潜在的作用靶点,运用Citespace3.7.1软件绘制“有效成分-靶点”网络图;同时分别在OMIM、Drugbank和Genecards三种数据库平台上获取骨质疏松疾病的相关基因,并取并集作为疾病的潜在作用靶点。将枸杞子和骨质疏松疾病的潜在作用靶点取交集,得到中药-疾病共同作用靶点。运用STRING数据分析平台对共同作用靶点进行PPI网络分析,利用cytohubba插件选取前20位显著性基因并取交集即可得到核心基因。对核心靶点进行GO功能和KEGG通路富分析,而后使用R语言软件对上述的富集结果进行可视化绘图。结果 共筛选获得枸杞子中主要有效成分36个,其中主要核心有效成分有槲皮素、黄豆黄素、β-谷固醇、豆甾醇、谷甾醇α1。活性成分所对应的靶点基因有117个,其中核心基因16个：IL-6、JUN、TNF等。GO富集所得的生物过程主要与调控成骨细胞和破骨细胞的增殖、分化有关。KEGG信号通路富集结果提示,枸杞子治疗骨质疏松疾病作用集中于IL-17、TNF、AGE-RAGE、MAPK等信号通路。结论 枸杞子可能通过多种有效成分、多靶点作用于免疫炎性反应、细胞分化等多方面来发挥抗骨质疏松症的作用。     

基于网络药理学的半枝莲治疗膀胱癌相关作用机制研究

目的 通过网络药理学方法探讨半枝莲治疗膀胱癌的作用机制,为临床治疗提供理论依据。方法 利用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)数据库获得半枝莲化学成分及对应作用靶点基因,利用Gene Cards数据库获得膀胱癌相关靶点基因,利用Cytoscape软件构建半枝莲“成分-靶点-疾病”三者相互关系网络,采用STRING数据库对半枝莲作用于膀胱癌的潜在作用靶点进行蛋白相互作用网络分析并筛选关键靶点。利用在线工具Metascape对共同靶点进行基因本体功能富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。结果 半枝莲含29个活性成分、228个靶基因,膀胱癌含4 645个靶基因,共同靶点190个,关键靶点可能为AKT1、TP53、JUN、TNF、EGFR、MAPK1等。KEGG富集分析主要涉及癌症途径、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路等。结论 本研究借助网络药理学方法初步预测了半枝莲通过多靶点、多通路治疗膀胱癌,为临床治疗提供新靶点和新思路。     

金匮肾气丸防治骨质疏松症的机制研究

目的 探讨金匮肾气丸防治骨质疏松症的作用机制.方法 从TCMSP数据库中筛选金匮肾气丸活性成分与作用靶标,用Cytoscape3.6构建金匮肾气丸"药物-活性成分-靶标基因"网络图;在DisGeNET、GeneCards数据库中查询骨质疏松症疾病基因,与金匮肾气丸活性成分靶标基因取交集后,从STRING数据库获取PPI...     

基于网络药理学探讨六君安胃方减少结肠癌化疗期间消化道不良反应的作用机制研究

目的 通过网络药理学方法探讨六君安胃方减少结肠癌化疗期间消化道不良反应的作用机制.方法 通过检索中药系统药理学分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)对六君安胃方中六味中药的化...     

基于网络药理学探讨二仙汤治疗骨质疏松症作用机制

目的基于网络药理学探讨二仙汤治疗骨质疏松症作用机制。方法借助TCMSP和Uniprot数据库筛选二仙汤活性成分和作用靶标;通过TTD、Genecards、OMIM、DisGeNET在线数据库搜索骨质疏松症基因;运用Cytoscape3.7.0软件构建“二仙汤药物-活性成分-交集靶标基因”网络图;使用STRING数据库构建PPI网络并基于CytoHubba插件中的MCC算法筛选获得关键基因;运用g:Profiler对关键基因进行GO分析和KEGG通路富集分析,并使用Omicshare工具绘制高级气泡图,使用R软件绘制通路机制图。结果二仙汤活性成分有104种,二仙汤作用靶标与骨质疏松症基因的交集靶标基因有145个,基于MCC算法得到关键基因50个。GO分析结果显示,生物途径主要包括信号转导、生物过程的阳性调节等;细胞组分包括胞内细胞器腔、核浆等;分子功能主要包括酶结合、信号受体结合等。KEGG富集通路结果显示关键基因主要富集在PI3K-Akt、MAPK、NF-kB、TNF、Wnt、雌激素等信号通路。结论二仙汤中的淫羊藿苷、槲皮素、山柰酚等活性成分可能通过PI3K-Akt、MAPK、NF-kB、TNF、Wnt、雌激素等信号通路,作用于JUN、TNF-α、IL6、AR等多个关键基因,起到调节骨代谢,促进成骨细胞生成和抑制破骨细胞分化,治疗骨质疏松症的目的。     

基于生物信息学探讨骨质疏松症与肌少症的关系

目的基于生物信息学探讨骨质疏松症与肌少症的关系。方法通过7个大型疾病数据库(CTD、Disgenet、TTD、OMIM、GeneC ards、Drugbank、KEGG数据库)对骨质疏松症和肌少症的相关基因进行分析筛选,并对筛选结果进行基因GO富集分析以及KEGG通路分析,利用STRING网站对骨质疏松症与肌少症共同靶点基因进行蛋白互作网络分析,并进行基因富集分析和KEGG通路分析。结果通过疾病数据库筛选分别选出与骨质疏松症和肌少症相关基因1 782个、429个。通过基因富集分析和KEGG通路分析,骨质疏松症与肌少症相关通路集中在PI3K-Akt、Longevity调控、FoxO、AGE-RAGE、HIF-1、AMPK、JAK-STAT、MAPK、Insulin、TNF以及Apoptosis过程。结论骨质疏松症与肌少症均为复杂代谢性疾病,涵盖众多差异表达基因,但两种疾病发病过程中依然存在一些高度重合的差异基因表达,其可同时对两种疾病进行调控作用。这提示骨质疏松症与肌少症之间发病机制存在密切关联,共同靶点基因可作为同时干预两种疾病的治疗目标。     

基于系统药理学和分子对接探讨青娥丸治疗绝经后骨质疏松症的作用机制

目的从分子层面探讨青娥丸治疗绝经后骨质疏松症的作用机制,并探索青娥丸的潜在治疗靶点。方法利用TCMSP及BATMAN-TCM数据库筛选青娥丸的化合物成分,随后在PharmMapper数据库进行潜在靶点识别。通过Gene Cards、PubMed及CTD数据库,检索绝经后骨质疏松症的相关靶点。而后使用David软件对青娥丸作用于绝经后骨质疏松症的关键靶点进行GO富集及KEGG通路富集分析,运用Bio GPS数据库对关键靶点进行器官定位,利用i GEMDOCK软件进行分子对接分析。结果通过网络药理学方法分析青娥丸的4味中药,发现其有效化学成分32个,对应100个作用靶点;通过GO分析,45个关键靶点富集出150个生物学过程、28个细胞组成及38个分子功能;通过KEGG分析得出关键靶点显著富集的信号通路有36条;通过Bio GPS软件进行器官定位分析,发现靶点富集于肺、肝、心、肾和卵巢等5个关键器官;通过分子对接分析发现关键靶点CYP3A4与主要化合物hirsutin_qt有较高结合度。结论青娥丸具有多成分、多靶点的作用特点,并通过参与多种生物过程,调控多条信号通路,调节多个组织器官以干预绝经后骨质疏松症发挥其药理疗效。     

类风湿关节炎与骨质疏松症的生物信息学分析

目的 利用生物信息学分析类风湿关节炎（RA）与骨质疏松症（OP）的关系。方法 通过Genecards、OMIM、TTD等数据库查找RA和OP的疾病基因,对两组疾病的基因取交集,将共同基因导入STRING数据库构建蛋白互作（PPI）网络图,使用R软件筛选出PPI网络中的关键基因,利用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析。结果 通过检索数据库筛选出RA相关基因5 388个、OP相关基因4 587个,取交集后获得共同靶点基因1 899个,PPI网络图显示IL-6、INS、AKT1、TNF、TP53、VEGFA、EGFR等为RA与OP的共同关键基因,GO富集主要与受体配体活性、细胞因子受体结合、囊泡、T细胞活化、肽分泌的调节等相关,KEGG信号通路包括PI3K-Akt信号通路、JAK-STAT信号通路、破骨细胞分化、细胞凋亡、Th17细胞分化等。结论 所获得RA与OP的共同关键基因和涉及的信号通路,有助于理解两者在疾病过程中的相关性,为药物的研发提供理论参考。     

探讨彝药恒古骨伤愈合剂治疗骨质疏松症的系统药理学作用机制

目的 借助系统药理学探讨彝药恒古骨伤愈合剂（osteoking,OK）治疗骨质疏松症（osteoporosis,OP）的药效成分、作用靶点及作用机制，并运用分子对接技术进行对接验证。方法 借助TCMSP筛选OK的活性成分及作用靶点；查询GeneCard、OMIM、DisGeNet、TTD等数据库，筛选OP相关的基因靶点；利用STRING和 Cytoscape 软件构建交集基因靶点蛋白互作网络（PPI），查找OK治疗OP的核心靶点基因，对核心靶点借助DAVID、KEGG Mapper数据库进行GO、KEGG分析。最后运用Autodock进行对接验证。结果 收集到槲皮素、山奈酚、反式十八烷酸、反11-二十碳烯酸、熊果酸、β-谷甾醇、委陵菜酸等主要活性成分；涉及到细胞对脂质、有毒物质、脂多糖、细菌源分子、无机物、有机环化合物、有机氮化合物的反应等生物学过程；可能通过PI3K/Akt、Ras、MAPK等多通路发挥作用。分子对接提示熊果酸与AKT1、ALB、IL-6结合效果较好。结论 初步明确了OK通过多靶点、多通路参与促成骨、抑制破骨的作用，为下一步实验研究提供理论支持与设计思路。     

基于网络药理学研究黄芪桂枝五物汤治疗类风湿关节炎的作用机制

目的:通过网络药理学方法探讨黄芪桂枝五物汤治疗类风湿关节炎的分子作用机制.方法:利用TCMSP数据库检索、筛选出黄芪桂枝五物汤中药活性成分和作用靶点,使用GeneCards预测类风湿关节炎疾病靶点,构建中药活性成分-靶点网络图,将获得的靶点导入STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用网络,对靶点基因进行GO和KEGG富...