基因测序“鸟枪法”

基因测序“鸟枪法”先将整个基因组打乱，切成随机碎片，然后测定每个小片段序列，最终利用计算机对这些切片进行排序和组装，并确定它们在基因组中的正确位置。“鸟枪法”最初主要用于测定微生物基因组序列，美国塞莱拉公司先后利用改进的全基因组“鸟枪法”完成了果蝇和人类基因组的测序工作，证明了它在测定大基因组上的可行性和有效性。“鸟枪法”优点是速度快，简单易行，成本较低。但用它来测序，最终排序结果的拼接组装不太容易。中国科学家设计出了一种序列组装软件，能有效克服“鸟枪法”全基因组测序组装过程中的困难。在研究中，…     

科学家完成脑膜炎球菌的基因测序

脑膜炎奈瑟菌可以安静地贮留在许多人的鼻腔内或咽喉内而对人体无害。但在另外一些人中,脑膜炎奈瑟菌则可能侵袭大脑和脊髓周围的组织并导致这些组织发炎,从而引起脑膜炎,对大约10％的病例来说,这种病是致死性的。     

病理基因测序技术及临床应用

目的：应用基因测序仪对肿瘤及相关疾病进行临床病理基因直接测序，以指导医疗保健、疾病预防、基因治疗。方法：石蜡组织、血液标本提取DNA，经凝胶成像及核酸定量仪定量、定性，设计相应的引物及购买测序试剂盒，经PCR扩增后进行基因测序，通过Seq—Scap软件诊断分析测序结果，并对阳性结果做反向测序证实。结果：石蜡组织标本DNA提取成功率80％，总提取成功率90％以上，在此基础上的PCR扩增、纯化及测序成功率达99％。测序基线平整，平均信号强度在200—1000之间，噪音〈5，Raw基线接近0。预报分子靶向药物治疗有效率及无效率均达100％。结论：临床病理基因测序是癌症基因组计划的核心内容，基因测序技术可以快速准确地完成肿瘤基因序列分析，该技术重复率高、结果可靠、科学性强，是分子病理学发展的一个重要新领域。     

基因测序技术的发展与临床应用概述

基因检测技术是近年来伴随“精准医疗”概念的提出而迅速发展起来的一门科学技术,它可以从基因组机制上阐释遗传学、发育生物学、进化生物学等学科的经典概念,在全基因组水平延伸了染色体高级构象、细胞异质性、功能模块等新概念,为精准医学开辟了应用性新领域。     

人内皮抑素基因的克隆与测序

目的　获得人内皮抑素 (endostatin)功能区段基因片段 .方法　从人肝组织提取 m RNA,用反转录聚合酶链反应技术克隆 endostatin基因 ,2 0 g· L- 1 脂糖凝胶电泳后将其重组入 p UC19载体 ,双脱氧末端终止法测定其核苷酸序列 .结果　经 Genbank分析证实 ,所获得的 5 5 2 bp基因片段属于endostatin功能区段基因 ,序列正确 .结论　本研究为应用endostatin基因进行实体瘤抗血管生成治疗奠定了基础     

自动双向测序法检测基因的单核苷酸多态性

目的：通过检测21号染色体上的所有已知基因中存在的单核苷酸多态性(single nucleotide ploymorphism，SNP)，建立一种检测基因SNP的高通量的方法。方法：应用聚合酶链反应技术和荧光标记的自动双向测序法，对中国汉人、少数民族共96个人DNA标本，在21号染色体上所有已知基因的启动子区、全部编码区及其临近的内含子区进行自动测序，并通过Polyphred软件识别SNP。结果：应用聚合酶链反应技术和荧光标记的自动双向测序法在128个基因发现了许多SNP。汉族人与少数民族在一些基因有SNP的差异。结论：自动双向测序法检测基因的SNP是直接、可靠和高通量的一种方法。     

P53基因测序在恶性肿瘤诊断中的应用价值研究

①目的研究P53基因测序在临床肿瘤诊断中的应用价值。②方法采用聚合酶链式反应一直接测序方法对肺癌、胃癌、大肠癌、肝癌、乳腺癌、鼻咽癌、甲状腺癌、宫颈癌及支气管和胃粘膜非典型增生的活检标本,急、慢性白血病的外周血标本,肺癌胸水、肝癌腹水标本等临床肿瘤样本进行P53基因外显子5、6、7、8序列分析。⑧结果正常对照组未发现突变、所测的几种常见肿瘤样本的活检标本的突变率一般为30％～50％,胸、腹水标本突变率与相应肿瘤的活检标本相近,突变大多位于外显子7、8。存在突变的病例2年病死率明显升高。④结论P53基因测序在常见恶性肿瘤诊断和判断预后等有一定的参考价值。     

鸟分枝杆菌pncB基因的克隆及测序分析

目的：研究鸟分枝杆菌烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD）的代谢。方法：筛选基因库和亚克隆。结果：得到了鸟分枝杆菌的编码烟酸磷酸核糖转移酶的基因pncB的全序列。结论：用筛选基因库的方法寻找新基因的方法是可行的。     

基因DNA双链四色荧光单道测序的实验研究

作者采用四色荧光单道法对ＰＣＲ产物双链直接测序,通过改进操作方法,获得成功。1　材料与方法1.1　材料手术留标本或纤维支气管镜钳取病变或可疑病变组织,用生理盐水于4℃保存,同时送病检对照。310型ＤＮＡ测序仪,2400型ＰＣＲ仪为美国ＰＥ公司产,微量高速离心机为北京六...     

p53基因测序在恶性肿瘤诊断中的应用价值观察

目的研究p53基因测序在临床肿瘤诊断中的应用价值。方法采用聚合酶链反应一直接测序方法对肺癌、胃癌、大肠癌、肝癌、乳腺癌、鼻咽癌、甲状腺癌、宫颈癌及支气管和胃粘膜非典型增生的活检标本,急、慢性白血病的外周血标本,肺癌胸水、肝癌腹水标本等临床肿瘤样本进行p53基因外显子5、6、7、8序列分析。结果正常对照组未发现突变,所测的几种常见肿瘤样本的活检标本的错义突变率一般为30％—50％,胸、腹水标本突变率与相应肿瘤的活检标本相近,突变大多位于外显子7、8。存在突变的病例2年病死率明显升高。结论p53基因测序在常见恶性肿瘤诊断和判断预后等方面有一定的参考价值。     

芝麻开门的钥匙——个体化治疗之基因测序

2011年2月出版的《Nature》杂志刊载了时列腺癌基因测序研究的文章，题为“前列腺癌基因组的复杂性”。我们对该论文进行研读后，结合目前个体化治疗的研究进展进行了讨论并就此发表评论。我们撰写的comment于201年2月15日发表在《Nature》杂志上。     

IgA肾病J链基因cDNA的克隆和测序

目的：对IgA肾病（IgA nephropathy,IgAN）的J链基因cDNA进行克隆和测序，探讨J链基因在IgAN发病机理中的作用。方法：用PLS刺激体外培养的IgAN患的外周血淋巴细胞，RT－PCR扩增J链基因cDNA，并进行克隆测序。结果：J链基因cDNA序列与正常人一样，结论：未能在IgAN的J链基因表达水平上发现异常，但不能排排除J链基因修饰化或假J链基因在IgAN的病中的作用。     

肺癌患者胸腔积液标配p53基因测序

用聚合酶链式反应－测序方法对３７例非小细胞肺癌并胸腔积液患者胸水及外周血标本分别进行ｐ５３基因外显子七、八测序，并用２５例正常人外周血标本对照。结果表明：胸水     

基于Cas9靶向富集的纳米孔高通量基因测序技术的应用进展

高通量测序已逐渐成为医学与生命科学领域的一种重要技术方法,但全基因组序列分析的复杂性和测序的高成本仍是目前高通量测序的障碍。靶向测序是一种捕获基因组特定区域DNA并进行高深度测序的方法,它在遗传性疾病、癌症测序和精准医学等方面具有广泛应用。目前常见的靶向富集方法主要有杂交捕获法和多重PCR扩增法。杂交捕获法过程繁琐、成本昂贵,PCR扩增法容易受扩增效率影响导致靶序列文库丰度不均匀,且会丢失DNA序列的表观修饰信息。近年来,基于纳米孔测序平台开发了CRISPR/Cas9靶向富集高通量测序方法（nCATs）,可在无需PCR扩增的条件直接对感兴趣的基因位置进行靶向测序。该方法具有直接识别碱基修饰、读长长、实时检测、速度快等优势,在基因结构性变异、突变检测和基因的甲基化修饰检测等方面展现了良好应用前景。尤其是在融合基因的检测方面,该技术通过结合生物信息学的分析工具可检测新的融合基因和断裂位点,在临床诊疗方面具有重要的指导意义。本文将对CRISPR/Cas9靶向富集纳米孔基因测序技术的基本原理和上述应用场景进行综述,并重点阐述该技术在融合基因检测方面的最新进展。     

肺癌患者胸腔积液标本p53基因测序

用聚合酶链式反应－测序方法对３７例非小细胞肺癌并胸腔积液患者胸水及外周血标本分别进行ｐ５３基因外显子七、八测序，并用２５例正常人外周血标本对照。结果表明：胸水标本检出外显子七点突变９例，外显子八检出点突变２例，３个碱基对缺失１例，累计阳性率达到３２．４３％：外周血标本仅检出３例阳性突变，总突变率仅８．１１％。两组标本检出率差异显著（Ｐ＜０．０１）。对照组未发现阳性突变。胸水标本阳性检出率与文献报道的用活组织标本检测的突变阳性率相近，对临床诊断和判断预后有一定的参考价值。     

贲门癌和其癌旁组织核黄素转运基因全基因外显子测序

贲门癌显著的流行病学特征与食管癌流行地域分布一致[1-3],且贲门癌与食管癌有着相似的发病风险因素如营养缺乏、蔬菜水果的低摄入量等[4-5]。研究[6]发现C20orf54是贲门癌和食管癌的高易感基因。C20orf54位于常染色体20p13,共有5个外显子,编码的蛋白为核黄素转运蛋白[1,5],其主要功能是将核黄素由细胞外转入细胞内[7]。研究[8]证实核黄素缺乏与食管癌和贲门癌的发生密切相关,补充核黄素能够降低发病风险。作者采用外显子测序     

全外显子组测序在耳聋基因检测中的应用进展

新一代测序技术(Next-generation sequencing NGS)在基因革命中发挥了核心作用。此类技术中,全外显子组测序(whole exome sequencing WES)已经成为遗传学家识别遗传性耳聋致病DNA变异的主要工具。研究显示,1%的人类基因表达产生听力功能。全外显子组测序可采用靶向富集方法将基因组中外显子全部捕获,在经高通量测序获取遗传信息,我们回顾了利用NGS治疗遗传性耳聋的最新进展,重点对全外显子组测序在遗传性耳聋基因的诊断中的应用进行综述。     

基于基因测序技术分析乳腺癌中微生物菌群的研究进展

乳腺癌中存在独特的细菌群落,与正常乳腺组织、乳腺良性疾病以及癌旁组织在数量和多样性上均存在显著差异。乳腺癌不同分子分型、病理分级和分期之间的菌群结构也不同,这表明微生物菌群可能在乳腺癌的发生、发展及治疗中发挥重要的作用。然而,受种族和地域差异、样本量、测序深度等方面的影响,目前的研究结果存在差异,且缺乏系统性的综述。因此,文章通过总结乳腺癌微生物菌群测序的最新研究进展,系统分析了乳腺癌组织与非癌组织、乳腺癌不同分子分型、病理分级和分期之间微生物的组成差异,并对微生物菌群在乳腺癌诊断及治疗中的作用进行展望和讨论,以期为基于微生物菌群的乳腺癌诊断及治疗提供全新视角。